3OU1B

Mdr769 hiv-1 protease complexed with rh/in hepta-peptide
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPIVTIKIGGQLKEALLNTGADDTVLEEVNLPGRWKPKLIGGIGGFVKVRQYDQVPIEICGHKTIGTVLVGPTPTNVIGRNLMTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/peptide
molecule keywords MDR HIV-1 protease
publication title Nine Crystal Structures Determine the Substrate Envelope of the MDR HIV-1 Protease.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-09-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3ou1B00
2I4VA 3SACA 5CLMA 5P8CA 5P7HA 2WEAA 3O9EA 4R95A 4J1KA 4D83A 4CP7A 5P5UA 5DGUA 5P8KA 5P0VA 1BDRA 2QCIA 1ZP8A 5J25A 5OZ3A 5P00A 1APVE 2FDEA 5P1SA 3O9GA 5P36A 3C9XA 5P15A 3B80A 5IVSA 1LEEA 2BBBA 1UH7A 3VV6A 5P0SA 1Q9PA 2AOHA 1MTRA 2WKZA 2HIZA 5FIVA 5P6ZA 4PZWA 3M9FA 3LITA 3SM2A 1BDLA 3EBZA 5P5PA 3Q4BA 3O9FA 5P81A 3LIXA 4JECA 2P3DA 2QHYA 1SDTA 4U7VA 1MRXA 3GGAA 4B72A 5P40A 2WJOA 3L5DA 4H3FA 4Y5PA 1BXOA 5P5MA 3HAUA 2PSUA 2ZJHA 5P7QA 1MRWA 4OBDA 1BV9A 1AAQA 5P7ZA 2OHRA 5P4KA 4XX3A 1APTE 1ZSFA 3TH9A 2R38A 4DJRA 5P4NA 4HLAA 2XYFA 5P48A 1YTIA 3K4VA 4B0QA 5IE1A 1CMSA 2AOIA 4FM7A 1GNMA 4F74A 2NXLA 3IGBA 5EZXA 5P4ZA 5P6FA 3MXDA 2NMZA 4QLHA 3GI5A 5P7DA 4FSLA 4Y9WA 1C6ZA 2NNPA 5P4EA 2ZDZA 2ZHVA 3VYEA 3OADA 4Y3DA 3PM4A 2ZHTA 5P71A 5P7TA 5P87A 4J17A 1FFFC 1T7JA 3L5EA 1Z1HA 3PI5A 1KJGA 1EPNE 3RSXA 5P8OA 2QD6A 4DJQA 5P66A 5P7EA 3Q5HA 5JFUA 3TL9A 2V13A 2WECA 4TRZA 5P7AA 5P0GA 1EC1A 1HWRA 5P8DA 3ZMGA 3ER5E 4MC9A 1LYAB 1A30A 4L6BA 3G70A 2IENA 2ER0E 5P2JA 4YA8A 1RL8A 4I0IA 4FM6A 5OZEA 2PH8A 4CMSA 3INEA 5P3PA 5I3VA 1EPRE 5HTZA 5KR0A 2Q5KA 5I3WA 3PHVA 4Y3GA 1LYWA 5P3DA 1E82E 3OU4B 4HA5A 4L7HA 5P35A 5P6TA 3TPJA 5KR1A 1K2CA 5P31A 1FLHA 3SKGA 5P16A 4MC1A 2PYNA 5P38A 5KQXA 3OU1A 4Y51A 5OZNA 2CEJA 5P10A 4EYRA 4FRSA 3VFAA 3SPKA 3GI6A 4GJ8A 3TPLA 3OK9A 3LZSA 1B6PA 5P5ZA 3I6OA 5P59A 2ZJIA 1FG8C 5ISJA 5P4SA 5OZOA 3T7PA 1BXQA 1YM4A 3OUCA 5IVTA 3QAAA 3PLLA 3GW5A 2O4KA 5P5KA 4Y3SA 5P0UA 2G22A 3EKXA 3SA3A 1C6XA 3L3AA 2WEZA 3FIVA 2G1OA 2OHUA 3N3IA 4ZPGA 5P7UA 4EP3A 1SGZA 5P02A 4D8CA 5P6NA 3HAWA 1TSUA 3OOTA 2NPHA 3SFCA 3LPKA 5P79A 5P89A 4Y4XA 5OYVA 5IS4A 3U71A 5P74A 5P0EA 5I3XA 3PMUA 3DCRA 4U7QA 4B1EA 1M4HA 3SKFA 5OZ2A 3DV1A 3NU4A 5P3JA 4B1CA 5P3BA 4GJDA 2QZLA 1SMRA 2VA6A 4Y3XA 5P1IA 3MSKA 5P1TA 1K6TA 5P8AA 5P4CA 5P69A 1EBYA 2PSVA 5EZZA 2OHKA 5P78A 5P18A 3QIHA 3HVPA 3T6IA 1A8KA 3S45A 2F80A 5P14A 2AIDA 5P60A 2FIVA 2OAHA 1EAGA 4CKUA 3MSJA 4OBZB 2I4DA 5OZCA 3BUGA 1AIDA 4GYEA 1KJHA 2QU3A 5P49A 3SQFA 4R92A 1HEGE 1G0VA 2WF2A 5P3QA 5IVRA 4DQCA 5P7CA 3O9BA 3T11A 3BXRA 1KJ7A 5P0WA 2B60A 4FM8A 1AZ5A 1GKTA 4LP9A 3JW2A 4OBJA 5P5VA 4FRJA 5DR1A 2ANLA 5P53A 3R1GB 1XDHA 2H6SA 3LIZA 4ZEAA 5P30A 4R91A 3VV8A 4YCKA 3OTYA 5P1DA 5P7KA 2V0ZC 3RTMA 4Z4XA 5OZAA 5P0QA 4OC6B 4DQHA 2G20A 4RROA 4OBZA 3ZKQA 3S7LA 3OWNA 5P4RA 4GJ5A 3K5CA 9HVPA 2QMFA 3S54A 3KM4A 3O9DA 2XFJA 3KF0A 4IVSA 3WB4A 2AVQA 5P2HA 5B18A 3IAWA 3FNUA 3SO9A 1GNOA 5P0YA 5P0OA 4DI2A 2VIYA 6APRE 2Q55A 5P3HA 4I0EA 4QJ8A 1AXAA 4YDGA 5E5JA 2O4LA 5P4AA 3CYXA 5P8BA 3APRE 3UDMA 5P2KA 5P6OA 3EM6A 3S43A 1TSQA 4Y3FA 3VEUA 1DMPA 1IBQA 1WKRA 4E43A 2QD7A 5P77A 4WY1A 5JG1A 4LXKA 3K5GA 3LIYA 4NJVA 4I0HA 3HDKA 3OQAA 4OBFA 1AJVA 1UH9A 1W5YA 3D1ZA 5P1ZA 5P47A 2JJJA 4Q1NA 4Y4BA 3PJ6A 1BVGA 3KYRA 2QHCA 3Q70A 3INFA 2AODA 1LF4A 4QJ9A 3PSUA 3DV5A 3GGXA 3ZPUA 3RTNA 4Y38A 5AH9A 5P07A 1LS5A 4Y44A 5P0NA 3BGBA 2ZHRA 4B05A 1DPJA 4EJLA 2XYEA 4HVPA 4Y3WA 1MSNA 5HCTA 1FEJC 4GJ7A 5P7OA 2WEDA 3DUYA 5P8FA 1CZIE 2BKSA 1IZDA 1FMBA 2UPJA 5P6KA 3QVIA 5P3ZA 5P1QA 5OZPA 4Y39A 3OXVA 5I3YA 1Z8CA 4ZPFA 3CKPA 5P6XA 6FIVA 2VNNA 5P64A 5P6QA 3S85A 1HSIA 4Y3AA 5P6LA 2G24A 2Q3KA 1PPLE 1DP5A 3UDPA 3S7MA 2IKUA 3PRSA 5DQ1A 3KT2A 4L1AB 3D3TA 4Y5GA 2VA7A 5P7JA 2XFIA 3KDDA 5PEPA 5AHAA 5P5FA 2Z54A 1ZPKA 4FCOA 2ER6E 4FGXA 5P5CA 1SDUA 2EWYA 5P0AA 4Y5BA 2P3BB 1HVIA 1PPKE 1HSGA 3BVAA 5P4QA 1ZLFA 2RKFA 4DJUA 1HTGA 3OQFA 3EL4A 5OYXA 1LYBB 1B6KA 1LF2A 2BPVA 3ZKNA 3UHLA 3OGQA 3RTHA 3VG1A 3UQXA 1SP5A 1T6EX 4D85A 5P2XA 4J54A 4J0TA 3IXJA 2VKMA 3PBZA 3NU9A 4J0YA 3FV3A 3I8WA 4DPFA 3LZYA 3UFLA 5P2ZA 5ER2E 2R3TA 1HPSA 5F00A 4LXAA 5P1PA 3Q6YA 3UDRA 2PSGA 2QI7A 4H3JA 2P3BA 4QJ6A 5P4DA 1W6HA 3DJKA 4Y45A 4DVFA 4RYCA 5COKA 4QJAA 2WEBA 1MEUA 5P0BA 5OZGA 2AVMA 3IVIA 5P19A 5OYRA 5P57A 3UCBA 3AUPA 5P2CA 4FRKA 2F3FA 4H3GA 2QNPA 1HOSA 5P88A 3K1WA 1YTJA 3UPJA 5P2UA 4Y41A 2AOFA 3NSHA 5P1XA 3K4VC 2HB3A 3BUHA 5DQ5A 4DJXA 3L5FA 3ZKGA 4PYVA 3SA8A 4HDBA 2P83A 1W50A 3PCWA 5OZ5A 2I4UA 5P5BA 5P6JA 1ENTE 1YM2A 4Y50A 4Y3ZA 4A4QA 3N4LA 3NDWA 5P34A 3TKGA 1B5FB 5P8EA 2ZJNA 3KFNA 5P3XA 5P61A 4EQJA 3PSYA 2XFKA 5P8VA 1ZAPA 2V00A 1GNNA 1SGUA 7UPJA 1FQ7A 3A2OA 4NJTA 2QU2A 4GJCA 3NWXA 1C6YA 2AOCA 5P3YA 5P7IA 4CPXA 3LZVA 3UDKA 3KFPA 4Y54A 5F01A 5P4HA 3OADB 5P33A 5P7LA 5OYQA 2IS0A 3L5BA 3NDTA 5P4JA 5P7GA 1T3RA 3INDA 5OZHA 5P06A 2PWRA 2JYSA 2QI1A 4ZPEA 2G1SA 4FSEA 4J1HA 5OYSA 4Y3HA 3QRMA 4AMTA 1BDQA 4JPCA 4LAPA 3LNKA 1B5FA 1D4JA 4J1FA 4DJPA 3Q3TA 3OUBA 2ZE1A 3CKTA 2BJUA 1JLDA 5P73A 5P6VA 4DQEA 2OHPA 3EL0A 5P2VA 5P5YA 4Y48A 1LYWB 1D4SA 3CIBA 3URJA 4ACUA 1KZKA 1W51A 5HDVA 1IVQA 4TVHA 4Q5MA 3O9AA 5P2EA 2AZ9A 4K9HA 3OU1B 2RENA 5P0IA 1EEDP 1IIQA 4YCYA 3WZ6A 2P3CA 3VLBA 5P3VA 4J5JA 3OHHA 5AH7A 3TOGA 1HIIA 6UPJA 3HW1A 5P5HA 4YD6A 5P5EA 2ZJLA 2HS2A 5P2WA 3EKWA 2R3WA 3OOZA 1YG9A 5P2QA 3SA4A 1ER8E 3NUJA 4DQBA 5P05A 3VSWA 5P41A 4Y58A 5OZRA 5AHCA 5T4SA 3EKPA 5P86A 2B8VA 4Y3TA 4U8WA 5OZ1A 4XXSA 5P5RA 4Z2ZA 4Y5KA 3EKVA 3TOHA 1MESA 3QN8A 3RVIA 3D20A 1APWE 2AOJA 3PBDA 1GVUA 4ZE6A 5P4BA 5TOLA 4AZYA 1AJXA 4GJ9A 3JVYA 5DR7A 1XN2A 5P25A 5P01A 1EC2A 2AOGA 2O4NA 1HXBA 3G6ZA 4Y5EA 3VFBA 4GB2A 4RCDA 1FIVA 2UXZA 5P6IA 2HB2A 4L7JA 2BPWA 5OYZA 4MC2A 1M0BA 2F81A 4L7GA 3SAAA 3S2OA 1K6PA 3I2LA 1FQXA 4NJSA 4I1CA 3VYFA 1ME6A 2BPXA 5OZ6A 4FIVA 4Y4ZA 3AIDA 4J0PA 4I10A 5OYUA 2OHNA 5P2BA 4Y4DA 1PPME 4I8ZA 3UF3A 1W5VA 3BVBA 5P5QA 4Q1YA 4DQGA 2O4SA 5P3RA 4B70A 4EXHA 1YX9A 4Y4JA 3GGVA 1UH8A 5OYTA 5P2LA 5P8RA 5JFPA 1ZJ7A 1IZIA 3KA2A 2QK5A 5HDXA 5P7WA 4D88A 3KN0A 4GMIA 2ASIA 2V11C 5P0TA 5P4XA 3SM1A 4FLGA 4WTUA 1GVXA 4DJOA 2J9JA 5P3IA 1MERA 5P2AA 5KQFA 2ER9E 3OXCA 1B6JA 1IZEA 2AVOA 2OHLA 5P3CA 2QI3A 1HVCA 3FSMA 3QBFA 1QRPE 5KQYA 5OZXA 2QI0A 1M43A 2IRZA 3OTSA 1XS7D 2AVSA 1K2BA 3OY4A 4H1EA 5P2MA 2HM1A 4ZSRA 3UQPA 3PMYA 4HE9A 4YOBA 4I0FA 4NKKA 4J1EA 3PWWA 5P7NA 5AGZA 5P4UA 5P3NA 2ZHSA 2PWCA 3FKTA 5HU0A 1HEFE 1HVLA 1XL5A 3HD8A 4I0ZA 4PHVA 3UDHA 4I8WA 3APPA 3ZPTA 3EL1A 1QBSA 5OZTA 4YBIA 5OZ0A 3KDBA 5HE5A 3HLOA 1RPIA 2G94A 5P7PA 2G26A 4I0GA 3EKTA 1K1TA 3TOFA 5P52A 3GI4A 3S43B 3QBHA 5P7VA 3INHA 3EL5A 4Y4AA 4YBFA 5P8IA 4Y5MA 4RVIA 5P5JA 3ZL7A 2NR6A 1TCXA 2BPYA 4APEA 3OUDA 4J0VA 5P65A 1FF0C 4DV9A 1MT7A 5P4TA 5C9BA 3IVHA 1EBKC 4ER1E 4X2LA 3BC4A 3URLA 4ZIPA 3GI0A 3DK1A 2FMBA 1T6GA 2P3AA 3EKYA 5P08A 3T7XA 5P0XA 2QD8A 5OZJA 5P13A 1QBUA 1E81E 5P50A 4ER4E 5P4IA 5P1YA 1D4YA 4PZXA 2R8NA 2PH6A 3UQRA 3WZ7A 5OZBA 1IDAA 1HPVA 1J71A 5P68A 1XE5A 5P2YA 4FS4A 3FNSA 3NWQA 2I4QA 3IA9A 4APRE 5P8PA 1XN3A 4FE6A 1BWAA 3U7SA 2A1EA 1FFIC 5P4OA 5HVPA 3VYDA 1EBWA 5P44A 2FS4A 2IDWA 1LF3A 4YCTA 1KJFA 4DJYA 1HPOA 1MTBA 3LPJA 3F9QA 5P3WA 5P8HA 3ZKSA 5P1GA 2AOEA 2V16C 5P6BA 5P32A 1B11A 4HZTA 1YTGA 4FAEA 1W5XA 5P6SA 3QRVA 5P67A 4Y5AA 5DQ4A 2CENA 4KUPA 4Q1XA 4YD7A 4J1IA 3LPIA 2RKGA 3ER3E 4NPUA 4Y3NA 1RV7A 5P6EA 2PYMA 2QAKA 1FB7A 5P6HA 2P8HA 3OAGB 3S53A 1ODXA 2ZJMA 2FGUA 1F7AA 2JJIA 4CPWA 4YOAA 5OZFA 4BFDA 3O9HA 3D91A 4AUCA 2QZWA 5ENMA 5KOSA 5P63A 1EPQE 4OD9A 1MSMA 3T7QA 5P0LA 2QZKA 5P84A 5ER1E 2FNTA 2FXEA 2OHTA 2VA5A 4GZFA 4H3IA 5P82A 4COEA 3VF5A 3CYWA 4RGHA 1FMXA 2VIZA 2ZGAA 3JVWA 4DFGA 2QMDA 2PK6A 1B6MA 5DR0A 4CPUA 1EPME 3ZKMA 4Y5NA 4R93A 1YT9A 1ZSRA 2PMAA 2VIEA 1SIPA 3TLHA 1B6LA 1VIKA 4FRIA 5P1VA 1NPAA 1G2KA 3OAGA 5ISKA 2B7ZA 4RLDA 5P6DA 3DCKA 3SA5A 1HXWA 5P8GA 4Y53A 3R0WA 5OYWA 5APRE 1XL2A 3MXEA 5P5WA 1RQ9A 5DQ2A 4HDFA 5COPA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2I4V A;  3SAC A;  5CLM A;  5P8C A;  5P7H A;  2WEA A;  3O9E A;  4R95 A;  4J1K A;  4D83 A;  4CP7 A;  5P5U A;  5DGU A;  5P8K A;  5P0V A;  1BDR A;  2QCI A;  1ZP8 A;  5J25 A;  5OZ3 A;  5P00 A;  1APV E;  2FDE A;  5P1S A;  3O9G A;  5P36 A;  3C9X A;  5P15 A;  3B80 A;  5IVS A;  1LEE A;  2BBB A;  1UH7 A;  3VV6 A;  5P0S A;  1Q9P A;  2AOH A;  1MTR A;  2WKZ A;  2HIZ A;  5FIV A;  5P6Z A;  4PZW A;  3M9F A;  3LIT A;  3SM2 A;  1BDL A;  3EBZ A;  5P5P A;  3Q4B A;  3O9F A;  5P81 A;  3LIX A;  4JEC A;  2P3D A;  2QHY A;  1SDT A;  4U7V A;  1MRX A;  3GGA A;  4B72 A;  5P40 A;  2WJO A;  3L5D A;  4H3F A;  4Y5P A;  1BXO A;  5P5M A;  3HAU A;  2PSU A;  2ZJH A;  5P7Q A;  1MRW A;  4OBD A;  1BV9 A;  1AAQ A;  5P7Z A;  2OHR A;  5P4K A;  4XX3 A;  1APT E;  1ZSF A;  3TH9 A;  2R38 A;  4DJR A;  5P4N A;  4HLA A;  2XYF A;  5P48 A;  1YTI A;  3K4V A;  4B0Q A;  5IE1 A;  1CMS A;  2AOI A;  4FM7 A;  1GNM A;  4F74 A;  2NXL A;  3IGB A;  5EZX A;  5P4Z A;  5P6F A;  3MXD A;  2NMZ A;  4QLH A;  3GI5 A;  5P7D A;  4FSL A;  4Y9W A;  1C6Z A;  2NNP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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