3OUBA

Mdr769 hiv-1 protease complexed with nc/p1 hepta-peptide
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPIVTIKIGGQLKEALLNTGADDTVLEEVNLPGRWKPKLIGGIGGFVKVRQYDQVPIEICGHKVIGTVLVGPTPTNVIGRNLMTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/peptide
molecule keywords MDR HIV-1 protease
publication title Nine Crystal Structures Determine the Substrate Envelope of the MDR HIV-1 Protease.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-09-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3oubA00
5P5PA 3UDMA 3Q70A 4FAEA 3IXKA 3RTNA 5P0KA 5P4GA 3PLDA 5P58A 2J9JA 1QBRA 4R5NA 5P38A 2I1AA 5P1OA 5OYSA 5P68A 1PSAA 4DJVA 1YTGA 3NXEA 4E43A 3T7QA 1ENTE 1K6TA 3QROA 4H3JA 5P0DA 4HLAA 3SA5A 5P8LA 5P0PA 1D4LA 1E80E 1EBYA 1KZKA 1B6PA 4Q1WA 5OZWA 3BC4A 4Y54A 3I25A 1EC2A 5P3ZA 4AA8A 3AIDA 3KFNA 5P46A 2QNNA 5P2ZA 5IS4A 2QNQA 4KE1A 4FRSA 2JJJA 3MXDA 3PWMA 4NJTA 4J55A 5P22A 5P0VA 3S7MA 3VFAA 5OZRA 1YT9A 1FQ5A 2QMPA 2I0DA 3OOTA 2B7ZA 4Y3EA 2QU3A 3TOHA 1FEJC 2QK5A 2HS2A 2R8NA 1W5XA 1K2CA 1HPVA 5P6MA 3NDXA 1XS7D 5HE5A 5P1JA 2OHLA 3LZVA 1QRPE 5OZLA 1T6GA 2AZCA 3L5EA 2VIJA 4PEPA 4GJDA 1HIHA 3ZKSA 5P2NA 4Q5MA 1FB7A 1RV7A 5P3GA 5OYQA 1B6JA 2AVQA 1BIMA 4RYCA 5P2IA 1MSNA 3WB4A 3OUDB 2HC0A 3SLZA 5ISKA 3FNTA 5P34A 1HVJA 2F3EA 5P7IA 2QHZA 4Y4UA 5P0MA 5P1XA 5P7YA 1U8GA 4YD7A 2IKOA 1VIJA 4GZFA 2UPJA 2PK5A 2WF3A 3BUGA 4RYGA 3GI6A 4YD6A 1HIIA 4ZSMA 2FIVA 3B80A 4FRJA 4FLGA 2F3FA 4UPJA 3N4LA 5AHBA 1PPLE 5OZKA 5P4HA 2BKSA 5P48A 5OZ6A 4R91A 1OEWA 3TPJA 5ER1E 5P47A 5P73A 4J5JA 3LINA 3MXEA 4J0TA 3OXWA 3KDBA 2Z54A 1MRXA 2FNSA 5OYWA 3AUPA 5OZDA 5P1UA 2HB3A 5ENKA 5P2DA 2AZ9A 2ANLA 1K6VA 4M8XA 3OOZA 3APRE 5P3MA 4OD9A 5P8NA 1GNMA 2B60A 2F8GA 4GJBA 3TOFA 2BPYA 5P4IA 2AQUA 2BPZA 5P54A 4OD9B 3EM6A 5P5KA 3DV1A 5OYUA 3PMYA 3VSWA 4Y3YA 5AHCA 5P6NA 5P23A 5P2JA 5OZHA 1HVIA 4IVTA 1CMSA 3UFLA 2B42A 5P06A 5AGZA 3T7XA 1PROA 4L7JA 5HVPA 2WJOA 5OZYA 5DR0A 2VA6A 1D4HA 4DVFA 3EC0A 1FLHA 1BVEA 5P7WA 1C6YA 3CMSA 3IVHA 4YCTA 3KYRA 4Y3DA 5COOA 4ZSRA 3ZKNA 5KOSA 2V11C 5P6IA 4DH6A 2HIZA 3VFBA 1HWRA 4J1KA 1ZSRA 5P20A 3NUOA 2NNPA 5P2BA 5HDUA 1EBKC 3SA8A 2R5QA 5HU1A 5P6FA 3UCBA 2F81A 1WBKA 3UQRA 5P39A 5OYRA 2ASIA 5P5AA 1LYAB 1W51A 5P0BA 5P24A 5P7UA 1W5WA 4EJKA 6APRE 2H6TA 5P6LA 5P78A 2Q64A 1HHPA 5P85A 1XE6A 3S43B 5P82A 5KR0A 3HAWA 1MT7A 1W6HA 5P0HA 2AOHA 4TRYA 5AH9A 3VUCA 9HVPA 3CKRA 1FMBA 3U6AA 5OZUA 4Y5LA 3T7PA 5P2EA 2P3BA 5P3BA 4K4PA 5P6OA 5P32A 3KMXA 4PYVA 5P7MA 5UPJA 5P2FA 5IE1A 3PJ6A 4DQEA 3BXSA 3QRMA 1IZEA 2V13A 3K5FA 3SO9A 1ZP8A 4J1FA 1GVXA 4Y51A 1ME6A 1D4YA 3G6ZA 5P15A 2AOGA 1D4JA 2RKGA 2R9BA 3TLHA 4YD5A 4Y58A 5P7GA 5P16A 1K6CA 2OHPA 5P8CA 3ZKQA 5P26A 4Y5EA 1PPKE 3FNUA 1SMRA 1YTIA 2AOIA 4MC6A 3CIBA 1FG8C 2NNKA 5P18A 5P50A 5P6EA 4Y44A 1FIVA 1AVFA 3EL1A 1TCXA 3QBHA 5P00A 3WZ7A 2Q11A 5ER2E 4D89A 1MERA 4K8SA 4GYEA 1MPPA 1IDBA 4HDFA 3OXCA 5OZZA 2VIZA 4I0FA 5P0XA 5P6SA 3K4VC 3DK1A 4FSLA 3O9EA 5AH8A 2HAHA 5P6KA 2OHKA 1PFZA 5P0FA 3KFSA 5KAOA 1MSMA 5P2YA 4HE9A 4Y3QA 4FL8A 3D91A 3OU1A 5DQ2A 1LZQA 5P4XA 1APWE 4ER1E 7UPJA 3IN3A 3VF7A 3ZOVA 4B70A 4Y5NA 1MT9A 5P02A 5P6CA 5P4MA 1ZPAA 2PK6A 5OZSA 3O9CA 1MEUA 5P6VA 4KUPA 5P4WA 4F76A 3OAGA 1KJHA 4LC7A 4B1EA 5OZNA 2I4XA 5P5RA 4Y5AA 3UDNA 3PCWA 1DMPA 5P19A 1XDHA 4YHQA 5I3XA 3NLSA 2AVOA 4NJUA 5P4QA 1ZSFA 3LZYA 4J0VA 4RCDA 3K5CA 2VNMA 4Y3AA 3ZPTA 1T6EX 2FNTA 5DGWA 2QU2A 5P0QA 3SAAA 5P3WA 5P56A 5P5UA 4LXAA 5IVRA 2P83A 5P74A 4HDBA 5P8MA 5P1HA 4DJUA 5P7ZA 4B1CA 3S56A 4QJAA 5P1CA 5P7OA 4Y5KA 4QJ6A 1MTRA 3OUCA 3ZKXA 4HZTA 5P6HA 4EXHA 4L1AA 2R5PA 1AIDA 2IGYA 2V0ZC 1ODYA 2QAKA 5P52A 2FXDA 3O9GA 4AA9A 1BILA 2O4PA 5DGUA 2NXMA 4B78A 1HPOA 3LIXA 3NU6A 1APVE 3BGBA 2ZJHA 4Y4EA 1M4HA 1MESA 2BBBA 2FLEA 5P89A 1AAQA 2HS1A 2QZWA 1RPIA 3RSXA 5P3KA 2ZJLA 2ZYEA 5P1PA 1ZPKA 2B8LA 1EC0A 1DPJA 2I4DA 1A9MA 4FRKA 5P1BA 4EP2A 2R38A 3NWQA 5P44A 3OQ7A 5P13A 2B8VA 1UH7A 5P0TA 4YCYA 1HVCA 1A30A 3ZL7A 3TOGA 5P3DA 5P69A 4I0GA 3EKTA 2XFKA 3OADB 3R0WA 3KA2A 3PRSA 1APTE 2AOJA 5P4NA 5P8BA 5HDXA 2NMZA 3L5BA 5P3YA 3SA4A 4I10A 4COEA 1GVVA 1T7KA 5P2SA 1IVQA 3TH9A 2VA5A 5DR8A 5P3EA 2OHQA 3UQWA 5P0IA 4ZE6A 3GGAA 3NWXA 3EMYA 2G27A 3HVGA 4H3IA 4ZIPA 2O4NA 2IGXA 4XXSA 3LIZA 4J1CA 1TQFA 2A1EA 4DQGA 4Y50A 4PZWA 1FGCC 4ZPEA 5HU0A 4Z4XA 5P2LA 2QI1A 4EQJA 4JECA 1YM2A 5DQ4A 1B6MA 3KDDA 1DP5A 4Y3RA 1NPVA 4PPHA 5P3VA 2NMYA 1E82E 5P8HA 1HPSA 3RSVA 5P4FA 3CICA 4GJ8A 5KQYA 4DJQA 1BWBA 3L5DA 4DFGA 4QJ9A 4OC6A 3VYEA 5P7KA 2PSVA 4MC2A 3ER5E 2WF1A 1BV9A 3EKYA 4D83A 3JW2A 4J0YA 2QZKA 4Y3TA 4GB2A 5P2OA 3CYXA 2I4VA 3UQUA 1W50A 3IN4A 3JVYA 1XE5A 5P53A 2AZBA 2J9JB 3S7LA 3IXOA 4D88A 1BXQA 2IDWA 5P37A 5P7BA 4J17A 5P1NA 1G6LA 3GGUA 3S53A 1EPRE 5P67A 3HZCA 2P8HA 3APPA 5OZGA 1UPJA 5P7DA 1IZHA 4U7VA 5OYTA 4EPJA 3UF3A 1META 3DJKA 3SM1A 2VA7A 5P7PA 4TRWA 5P5MA 2OF0A 3L38A 4NJSA 1JLDA 4QGIA 1D4SA 1FQ8A 3VF5A 5P49A 5P8IA 3S2OA 5OZOA 4A6BA 2G1RA 1OHRA 2O4LA 1XL5A 4DV9A 1BAIA 5P7SA 2ER6E 2PC0A 5DQ1A 5P4PA 3OHHA 2XYFA 2BJUA 5P2WA 4H1EA 5SXNA 4FM8A 1YX9A 3PSUA 5P75A 5P79A 2JYSA 4HA5A 2AOCA 2AOEA 3OQDA 5P59A 5SZ9A 5P1ZA 3Q4BA 4FS4A 4RLDA 3URIA 5OZQA 5P7VA 1HEFE 5OZ3A 3ZLQA 2FDEA 3HLOA 2QP8A 4FSEA 3PLLA 2BB9A 3D3TA 1OD1A 3D1XA 2PYNA 2OHSA 2HPEA 4GJ9A 5P5XA 1Q9PA 2CEMA 2WF2A 4Y6MA 1GNNA 4Y43A 5P0WA 3U7SA 3QVCA 5P8PA 5P6WA 3OWNA 3KT2A 5P5EA 5P05A 3PI5A 5P0GA 4Y3HA 5P3FA 5BWYA 2WEDA 3PVKA 5OZ2A 2JE4A 4YOAA 4HDPA 5P5NA 4J1IA 1IIQA 2XYEA 1IDAA 2OHMA 1HOSA 3VCMA 5P5ZA 5KOQA 5P5WA 5P0JA 5APRE 2Q15A 5P81A 3R0YA 5P5HA 4L7HA 3QS1A 1EPME 5BS4A 3BUFA 3JVWA 2IS0A 2VKMA 4B1DA 2WF0A 5P7RA 3BGCA 1GVUA 4RVXA 4LP9A 5P7JA 5P7TA 5P4DA 3UQPA 1W6IA 5OZ4A 4DQCA 3TKGA 5OZBA 1Z1HA 3MSJA 1TSQA 3ECGA 3M9FA 4YDGA 5P2CA 3LHGA 5OZVA 2IENA 2P3AA 5EZXA 5P7LA 3HDKA 3UQXA 5P3XA 3ZPSA 1M43A 4LXKA 3OK9A 5COPA 4S1GA 2ER7E 2JXRA 4Y3PA 2O4KA 5P6AA 3SKFA 2NR6A 5P10A 1PPME 1QDMA 2QZXA 3VF3A 3KDCA 1FFFC 4TVHA 4D8CA 3LPJA 2I0AA 1EEDP 3DV5A 3BVBA 4PHVA 2P4JA 2XFIA 4LBTA 5P5DA 2NXDA 3PSGA 1EBZA 1HRNA 4Y57A 1C6ZA 3OU4A 5HCOA 5P6YA 5P12A 2Q55A 3C9XA 5OZPA 1IBQA 2VJ9A 3NUJA 2PSUA 4BFDA 3NYGA 5P25A 5P33A 4DJRA 3TKWA 4Y37A 4R95A 3GI0A 4Z22A 1ER8E 3CKTA 5P70A 2QD8A 4GJAA 5P0ZA 4FCOA 1G0VA 4Y3MA 4I0HA 3EKXA 4DQFA 1IZIA 4Y9WA 1B6LA 4D85A 3LIQA 3GI4A 1EPOE 4B77A 1T7IA 5P86A 4GJ7A 5P87A 4H3GA 1SH9A 2NPHA 4CMSA 4LL3A 4FE6A 5EZZA 5P2QA 3UDRA 1AJVA 4A6CA 2I4QA 1XN2A 3TNEA 4CPTA 3RTMA 3LIVA 3QVIA 5JFUA 4GJ6A 4L6BA 3GI5A 3O9AA 3OUBA 2P3BB 3NU5A 4NJVA 5P8KA 5P08A 5AH7A 4YD4A 3FNSA 4Y3LA 1K1UA 5E5JA 4TRZA 2V10C 3NU4A 3UDHA 1UH8A 3URLA 5P43A 1AXAA 3QBFA 2BPVA 4CPQA 2G69A 2V00A 2P3CA 2QI4A 5P0AA 1ZLFA 5P4RA 1EPQE 2ZGAA 3PWRA 5F00A 5P1YA 1YG9A 2ZJIA 2CEJA 5OZTA 5CLMA 4N00A 5DQ5A 4K4RA 5C9DA 4ZSQA 1AM5A 2OHTA 3ZPUA 2A4FA 4CP7A 1HVLA 1D4IA 5DR3A 4ZLSA 3O9DA 4QJ7A 5KQXA 5P1KA 2R3WA 2VS2A 1EBWA 2HB4A 1E81E 3UDJA 3KMYA 5P4YA 1FG6C 4U7QA 1SDUA 5P77A 5P2TA 5P6ZA 2F80A 3L5CA 5P83A 1HVRA 4Y4XA 3OU1B 1LS5A 2O40A 5AHAA 1GNOA 3R4BA 3KT5A 4Y5CA 3D20A 5P36A 3TL9A 1HTFA 2G26A 3OAGB 2JJIA 5P14A 4M8YA 1ODXA 1FKNA 2ZE1A 3Q6YA 3S8IA 3DCRA 3SA7A 3SACA 1ZBGA 1FFIC 4I1CA 3S54A 2QZLA 5P5SA 1A8GA 3D1ZA 2I4WA 2RMPA 5P8JA 3SFCA 3NDTA 3IGBA 5HD0A 3S85A 2MIPA 2WHHA 4FGXA 1HVSA 4JOOA 1SIPA 3NSHA 5P1LA 4Y3JA 1HTEA 5P2UA 5P8OA 1C6XA 3IXJA 5P5LA 4Z2ZA 4QJ8A 4DJYA 5JG1A 3QAAA 3MWSA 3OY4A 3PBDA 4OBHA 4Y36A 2VJ7A 3A2OA 5B18A 5BRYA 4L1AB 3ST5A 4RGHA 5P4KA 1WKRA 4I8ZA 2QCIA 1G35A 2G94A 3NDWA 6UPJA 2G24A 4I8WA 3F9QA 3EL0A 1A94A 5P5CA 1FQXA 4X2LA 4LHHA 5JFPA 3LNKA 5P4LA 5P11A 3OQKA 4Y3ZA 4ACXA 4DJOA 4Y5BA 1TCWA 5ENMA 5P6TA 1EC3A 1VIKA 1Z8CA 5P1EA 3Q3TA 4MC1A 3RU1A 3PHVA 5HDZA 1NH0A 2WECA 4OBJA 5P61A 4Y3GA 2FMBA 5P64A 2QI6A 1HTRB 2B7FA 2RENA 5P8AA 4Y3XA 3IVIA 5OZ8A 4HVPA 4ZPGA 4XX4A 4DPFA 3KFRA 2QMFA 3HVPA 5KR2A 3QN8A 5P5BA 1T3RA 5P6JA 5T4SA 1BXOA 5P45A 1W5VA 4RVJA 1UH9A 5OYZA 5P4OA 5P5YA 4JPCA 1SDVA 2ZJMA 5P1QA 5P3PA 5P6BA 4QJ2A 2R3TA 1MVPA 4DUSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P5P A;  3UDM A;  3Q70 A;  4FAE A;  3IXK A;  3RTN A;  5P0K A;  5P4G A;  3PLD A;  5P58 A;  2J9J A;  1QBR A;  4R5N A;  5P38 A;  2I1A A;  5P1O A;  5OYS A;  5P68 A;  1PSA A;  4DJV A;  1YTG A;  3NXE A;  4E43 A;  3T7Q A;  1ENT E;  1K6T A;  3QRO A;  4H3J A;  5P0D A;  4HLA A;  3SA5 A;  5P8L A;  5P0P A;  1D4L A;  1E80 E;  1EBY A;  1KZK A;  1B6P A;  4Q1W A;  5OZW A;  3BC4 A;  4Y54 A;  3I25 A;  1EC2 A;  5P3Z A;  4AA8 A;  3AID A;  3KFN A;  5P46 A;  2QNN A;  5P2Z A;  5IS4 A;  2QNQ A;  4KE1 A;  4FRS A;  2JJJ A;  3MXD A;  3PWM A;  4NJT A;  4J55 A;  5P22 A;  5P0V A;  3S7M A;  3VFA A;  5OZR A;  1YT9 A;  1FQ5 A;  2QMP A;  2I0D A;  3OOT A;  2B7Z A;  4Y3E A;  2QU3 A;  3TOH A;  1FEJ C;  2QK5 A;  2HS2 A;  2R8N A;  1W5X A;  1K2C A;  1HPV A;  5P6M A;  3NDX A;  1XS7 D;  5HE5 A;  5P1J A;  2OHL A;  3LZV A;  1QRP E;  5OZL A;  1T6G A;  2AZC A;  3L5E A;  2VIJ A;  4PEP A;  4GJD A;  1HIH A;  3ZKS A;  5P2N A;  4Q5M A;  1FB7 A;  1RV7 A;  5P3G A;  5OYQ A;  1B6J A;  2AVQ A;  1BIM A;  4RYC A;  5P2I A;  1MSN A;  3WB4 A;  3OUD B; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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