3OVNA

Fragment-based approach to the design of ligands targeting a novel site on hiv-1 integrase
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
152
structure length
143
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACDWAGIKQEDGIPESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Fragment-based design of ligands targeting a novel site on the integrase enzyme of human immunodeficiency virus 1
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL polyprotein
molecule tags Viral protein/transferase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 52
structure length 143
sequence length 152
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-09-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3ovnA00
4IFVA 1JLEA 3D45A 2Q3SA 4F2RA 3AO5A 5D3GA 3KK1A 2HHUA 1ASWA 1JLQA 3MXIA 3LPUA 2HHSA 3VQCA 4LH5A 5CZ1A 3PO5A 2XHBA 1I3AA 1QE1A 4CEFA 3RRHA 2YNFA 1IKXA 1YT3A 1JLCA 4FM0A 4XIUA 4E7HA 4M3RA 4Y1CA 2D0CA 3VQPA 1MU2A 2E6MA 4DTMA 3HVTA 4CJRA 1FXXA 1J53A 3WNGA 1SV5A 4DTSA 1X9SA 3LAMA 3VQDA 3SYZA 4W5NA 1BCMA 3I8DA 4BDPA 2DY4A 3VA0A 5C24A 3KD5E 2DTUA 3AA5X 3HPGA 4FJ8A 4M3XA 4B9TA 4B9NA 4F4KA 4DG1A 4CJ4A 1RT3A 3VN5A 4DTOA 4ELVA 1S9EA 2IGIA 3CYMA 4DQIA 1KVCA 1VSMA 2ATQA 2ZE2A 3TR8A 4DFJA 1X9WA 1UOCA 2VG6A 2PYLA 2O4IA 2B6AA 2HNDA 4Y1DA 4CE9A 3AA4A 4KTQA 3G0ZA 4DLEA 1X1PA 4CJLA 2P5OA 3SNNA 1CXUA 3SZ2A 4AILC 3DLRA 1KVAA 4FZXC 5HBMA 3L2RA 2F8TA 1NKBA 3KJVA 1EXQA 1YVUA 3V9WA 1D9DA 3AA2A 4KB1A 3CM6A 3AO2A 5FROA 4ELUA 4KKOA 4E19A 1NK0A 2YKMA 3DI6A 4OPJA 3AVCA 2VG7A 4IKFA 4DQQA 4G1QA 1NKEA 3KKSA 1TGOA 4CIGA 1TKDA 4C8MA 3VQ7A 1KSPA 3DM2A 1BHLA 3SQ1A 2LSNA 4OLBA 3HPOA 4CHQA 3EZ5A 1WSJA 1SL2A 4M3WA 1ASVA 2GBZA 4FZYA 3O4NA 2Z1IA 2HMIA 1RDAA 4CGJA 3SUOA 1UAXA 3RWUA 1A5WA 4M3ZA 1YTUA 1LW2A 3CFOA 2YKNA 4DFMA 3AVHA 4QAGA 3AVGA 4CJSA 4DTRA 2GUIA 3QEXA 1QTMA 2G8FA 4W5QA 1KTQA 4CEOA 4BE2A 3LWMA 2IS3A 1EP4A 3ZSQA 1VSIA 3DRRA 1N6QA 5FRMA 1HPZA 2NUBA 4CJPA 3K59A 4DQRA 2FBVA 4FJNA 4CFDA 3V9UA 1FK9A 4FLUA 4GVMA 4OLAA 4QCLA 4RW8A 1SKSA 4CJQA 3OYNA 1G15A 2DFHA 1BI4B 2D0BA 3NF8A 4RG8A 1NJZA 1VSFA 3ALYA 1FKPA 3D0PA 1WLJA 3DOLA 1Q8IA 1JXBA 3PV8A 3RMDA 2KZZA 3NGYA 4B8AB 3OYJA 2P51A 3S3OA 4KI6A 2KZMA 4FLTA 4F2SA 1RBVA 4Z0UA 3VQBA 4OVLA 3DLHA 3LP3A 1TL3A 4DU4A 4DF4A 2YV0X 3KTQA 4BE0A 2HW3A 3L2WA 4J2AA 2HNZA 1NJXA 4W5TA 3ISNC 1A5XA 3QESA 2P1JA 3QINA 1D9FA 4EZ9A 4FJGA 1BISA 3PO4A 3OS0A 1A5VA 1VRTA 1ZBIA 1R0AA 4I2QA 4PUOA 5HROA 4CFAA 4DQSA 1JLGA 1IH7A 3V1QA 3AO3A 4AHVA 4HCBA 4OKEA 1U45A 3HK2A 4FJ5A 4FJ7A 3NDKA 4CERA 3TAGA 4LD0A 2HHQA 2IDOA 3DMJA 1UA1A 5J1EA 4N76A 1VRUA 1WSFA 3ZSXA 3MECA 1O1WA 3KK3A 2OA8A 2KTQA 4CJ5A 2X6SA 4CJ3A 1NJWA 5C25A 1B9DA 1HNIA 4FJXA 1TKXA 4HUFA 4DQPA 4KPYA 4FJ9A 4DU3A 3SI6A 4F3OA 2G8HA 1VSLA 2RKIA 4L8RB 2FBYA 1K6YA 3QIOA 2B5JA 4B3OA 3M8QA 3OY9A 3SUQA 1CXQA 1HQEA 1F21A 3ITHA 1TK5A 4CIFA 3KLGA 1JL1A 4I7FA 2FBXA 4N47A 4CEDA 3OYAA 1TVRA 3HP6A 4BDYA 3DLBA 2F8SA 3ZSZA 2KFNA 1U48A 4CFCA 3HYFA 1XHXA 3ZT4A 3SQ2A 2P5GA 1HJRA 3HXMA 4DSFA 3ZSWA 4HVJA 2OZMA 1BQNA 2ZQBA 1LAVA 4CHNA 3ZT1A 5FRNA 4ICLA 2B4JA 1C1AA 3HM9A 1RT5A 1LWEA 4RW9A 3S9HA 1NKCA 4ZHRA 4JS4A 4DFKA 1DLOA 3DLGA 4JRQA 4DS4A 4LH4A 1JLAA 4AHSA 1GOBA 5J2NA 4KTZA 1TV6A 1IKVA 4CHOA 5KI6A 1FKOA 1T8EA 3OVNA 1S5JA 1D8YA 3DOKA 2XY7A 3LDSA 5HP1A 1RT1A 2VWKA 3MEGA 1LWFA 3AO4A 3T19A 1S1XA 3QETA 2XRIA 3K5OA 2R7YA 3ULDA 4Z4FA 4AHCA 1VSEA 3DYAA 3RMAA 3S3MA 4OJRA 1HMVA 1BL3A 2IOCA 4CEAA 3M8RA 3PX6A 4KHNA 2HHWA 4E3SA 3QEPA 1T05A 1NK9A 1S1WA 1WAFA 4FZZA 4Q0BA 3HVRA 1UA0A 3DLKA 4B8CA 3NH1A 3AVLA 4DWIA 4FYDA 3DRPA 3O3HA 2JLEA 1Y97A 3H08A 3KIOA 4I9QA 4DSKA 3NBPA 3CM5A 3TAEA 2BE2A 1RCHA 3VQ8A 1QQCA 1RBRA 3RRGA 1VK0A 2YNHA 3MXJA 4M42A 4HHTA 3EY1A 1TAQA 2OYQA 4B9LA 3U6FA 4Z4HA 3LP0A 2XO7A 4OKJA 4CF1A 1CZ9A 2KW4A 1RT4A 4KB0A 1J5OA 1Z25A 2QKKA 4F3TA 2WOMA 4FJMA 4DU1A 4NCGA 1JL2A 2Z1JA 4CF9A 1C0TA 2XY5A 3V9SA 3LALA 2I5JA 4FLZA 3TAQA 2XY6A 3OYBA 4HUEA 1BQMA 4LSLA 1WSEA 4MFBA 1JXEA 3KLIA 1RILA 3WNEA 1SL0A 3LZJA 4WE1A 3SUNA 4ID5A 2F96A 2HHTA 3SPYA 3LZIA 2WONA 4AHRA 4N41A 3VA3A 1RDCA 3JYTA 1ZBFA 3IG1A 3PUFA 2D5RA 1QSLA 4KI4A 4CK3A 4W5OA 3U3GA 3VQ5A 2ITGA 4AH9A 4EP5A 4DSEA 3P83D 4OKKA 4BDZA 1VSKA 4HUGA 1KFDA 4E7IA 1RDBA 1BI4A 1EETA 1LAWA 2Y1IA 4LY7A 1RT6A 5FDLA 3LP1A 3OJUA 4O0IA 4DS5A 1L3SA 1XHZA 2AJQA 3OJSA 3JSMA 3B6PA 3KD1E 4FJJA 4M3UA 4C8KA 5J2MA 4M41A 1JLFA 1XWLA 3PY8A 4E89A 3AVAA 2OPPA 3O4QA 3IRXA 4FK2A 4RW6A 4FW2A 4CF8A 4DMNA 3NE6A 1WN7A 2DFEA 1U49A 5EU7A 1C0UA 1NK5A 4CFBA 4CEQA 5DK5A 4CGFA 3IAYA 4FJKA 4FVMA 1HRHA 1IKWA 1VSDA 1S1VA 1S1TA 3L2QA 4CJTA 2QKBA 3AV9A 3TAMA 1IO2A 4AHTA 2G8KA 4Z4EA 4PQUA 5T7BA 4CIEA 5HRRA 2OPRA 3KLFA 4C8LA 3LPTA 4Z4GA 3C6UA 3V9ZA 3AVFA 3TWHA 4LSNA 3QO9A 3VQ4A 1KLMA 2QXFA 2G8WA 3LANA 4EP4A 5K14A 3WNFA 2VWJA 4I2PA 3RMBA 2BANA 3VQ6A 1WAJA 1HYZA 4CF2A 4RW7A 1NK8A 1RTJA 1RTIA 3I0SA 5J2QA 2ETJA 4JS5A 3V9XA 1EX4A 1GOAA 4BACA 3PX0A 1TK0A 1T7PA 1TKTA 1RNHA 4FJIA 4DTNA 4E7KA 4KHUA 3MEDA 4E0DA 4B08A 1C1CA 5HRNA 1NOYA 1KVBA 2KFZA 3L2UA 5SZTA 4DFPA 3RR8A 2W42A 3QERA 3G10A 3K58A 1HQUA 2HVHA 3TANA 3I0RA 1J54A 4IG3A 4CEZA 5SWMA 1B92A 2BDPA 4KO0A 4CJEA 3LAKA 4PA1A 4E1MA 3QLHA 3NGIA 2X78A 1C0MA 4KV8A 4FK4A 2OZSA 2HHXA 3AVMA 3OYFA 2KQ2A 1J9AA 3K2PA 3OYGA 3SQ4A 4QOZB 5C42A 1SKWA 4O55A 4CJWA 1SUQA 4KTWA 5CY4A 3OS2A 4E1NA 3FFIA 4UQGA 1LV5A 4CGHA 1U47A 1XI1A 4CESA 3QEVA 2PZSA 5I3UA 1ZBUA 4YNQA 4W5RA 1VSJA 1YTAA 1QS4A 3NF9A 5KRTA 2ZD1A 1L3VA 1Q9YA 4K8ZA 3V1RA 5CZ2A 1Z26A 3LP2A 2DFFA 4I9LA 5E41A 3A2FA 4M45A 3LWLA 3ASMA 3SUPA 3BGRA 1ITGA 2Z1HA 5DMRA 1ZBLA 4J2EA 4Q5VA 4KHYA 2X74A 3OYDA 4KHWA 4IBNA 3BDPA 4BWJA 1KLNA 2G8UA 4DTJA 4CK1A 4CEEA 3NF6A 4CHZA 5KRSA 1HYSA 1CZBA 3ZSVA 1REVA 1ASUA 2YHBA 4FLYA 3S3NA 3OYIA 4B9MA 1BIUA 5KGWA 2HVIA 4CJFA 1TAUA 3P1GA 4O44A 3C94A 3ZSYA 4FLXA 1EKEA 3B6OA 4FLWA 4E7LA 5KTQA 1IG9A 3NHGA 3ZSOA 3THVA 1VSHA 2A1RA 1L5UA 2YNGA 3DLEA 4BE1A 1U4BA 5CYQA 4AHUA 3MAQA 4O5BA 1QSYA 3SJJA 4B9UA 3NGZA 1BGXT 4H8KA 3WNHA 4DSLA 1TKZA 3HSTB 1RT7A 3TAFA 3K57A 2RN2A 3T3FA 3V4IA 1S1UA 5KGXA 3K5LA 3MEEA 5HRSA 4B9VA 3AA3A 3HO1A 4FM1A 3MXMA 4DTXA 1C6VA 2E6LA 3L3VA 3SPZA 1ZYQA 3M8PA 4BWMA 4Z4CA 4Z4IA 4KAZA 3VQAA 3F73A 4J2BA 3EYZA 4B9SA 1LWCA 1S6QA 4CJKA 5JS1A 1BCOA 1DTTA 4CCHA 4M3YA 2G8IA 2GV9A 4C8NA 3O3FA 1KCFA 4CJUA 4FLVA 4KHQA 3NH2A 3TARA 1RTHA 4N56A 3QEWA 1WSIA 4ID1A 4CJVA 4CHPA 4JRPA 2Y1JA 4ZTFA 4GW6A 2EHGA 2D0AA 4YFUA 4DLGA 4NYFA 3HPHA 1TL1A 4FJHA 3OYEA 1NK7A 1QHTA 3TAPA 3HJFA 4ZTJA 2HHVA 1W0HA 4GMJB 3CFPA 4DTPA 3RMCA 3AVKA 1L3TA 4TSXA 1SL1A 1IKYA 2HNYA 1KFSA 3AO1A 1ZBHA 3KK2A 4RW4A 1X9MA 4CK2A 4EZ6A 4N5SA 4O0JA 3VQ9A 1LW0A 3PX4A 2G8VA 3SV3A 4NCAA 4DTUA 3RR7A 4DSJA 3SV4A 3NF7A 3ZSRA 1JKHA 3QNOA 3QNNA 3TABA 4CGIA 2PY5A 2YHAA 4CGDA 4KFBA 3CQ8A 2IC3A 3AVIA 1NK6A 2FBTA 3HL8A 1Q9XA 3UIQA 1B9FA 2IAJA 1RDDA 3C6TA 3KKRA 3NH0A 3K5NA 5I42A 2A1SA 2OPSA 3L3UA 3V81A 4K8XA 4FW1A 4ELTA 4F8RA 1NOZA 3VQEA 2HB5A 3NFAA 5HLFA 4KREA 3C95A 1TK8A 4IDKA 1U04A 4CF0A 3KLEA 3L2VA 3QEIA 4M3TA 3HT3A 3M8SA 5J2PA 1RTDA 2JGUA 5CYMA 1HNVA 1W9HA 3L8BA 1UWBA 3OS1A 2XY8A 2X6NA 3CG7A 4HCCA 3OYLA 4DSIA 4OGCA 1NJYA 1RBUA 1WSGA 4CEBA 3K5MA 4R5PA 1KRPA 1QSSA 3ZT3A 4C8OA 3E01A 1SKRA 3ZT0A 3T1AA 3ZT2A 4DF8A 1S9GA 4NCBA 3VQQA 2YNIA 1RBTA 4J2DA 4FM2A 1BIZA 3SQ0A 1CLQA 3IS9A 4IFYA 3QIPA 3OYHA 2EX3A 3NCIA 3OYKA 3AVBA 5JS2A 3NAEA 4HTUA 1T03A 4FJLA 2PYJA 2OPQA 1GOCA 3DRSA 3V1OA 1RBSA 4H4OA 4CGGA 4H4MA 2E4LA 3TI0A 1NK4A 1N5YA 2BGGA 4KRFA 4CECA 3U3YA 2RF2A 3OYCA 1L3UA 3F9KA 2O4GA 3CFRA 3AVNA 3P5JA 1WNSA 3AVJA 3ZCMA 5HRPA 3KLHA 3HP9A 3SCXA 1DTQA 1XC9A 4CHYA 1WSHA 4KHSA 1S6PA 4MQ3A 1HYVA 2Z1GA 2VG5A 1C1BA 4OPKA 4O4GA 4PWDA 2QK9A 4JLHA 1JLBA 1I39A 4FK0A 4E7JA 1RT2A 4IG0A 3V6DA 1D5AA 4NYNA 4PY5A 4OGEA 4FCYA 2FC0A 3RTVA 4FXDA 3O3GA 2RPIA 3OYMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1JLEA 1GLBG 4BR0A 3AO5A 4XH5A 3MXIA 4E1JA 4LH5A 1E4GT 4A62A 3I33A 2A5XA 4FM0A 4XIUA 2E6MA 4JK9A 1WBDA 1X9SA 3OBYA 1RGIA 1BCMA 1VQ8N 3HBTA 3AA5X 3SMPA 4PL7A 4ELVA 3VESA 4AM7A 4DQIA 4PUOA 2ZE2A 3TR8A 4CE9A 3AA4A 4KTQA 2P5OA 1QQNA 4CJLA 3G71N 1NM1A 4AILC 4X64K 3V9WA 3G25A 3SMSA 2PBDA 4KKOA 2VGMA 1NK0A 3DI6A 4OPJA 3AVCA 3K0SA 4B9QA 3KKSA 1TGOA 2HHHK 1EQYA 4CIGA 4C8MA 4YOWA 1BHLA 2LSNA 1K73O 5BR8K 3HM8A 1WSJA 1YJ9N 1VQMN 4M3WA 3T7ZA 4CD1A 4FZYA 2HMIA 1RDAA 3KWGA 3AVHA 4CJSA 1QTMA 2G8FA 4DUZK 4I6MB 4BE2A 2FSJA 4BRNA 1VSIA 1VQ4N 1HPZA 3K59A 5M1FA 4A5AA 3QMLA 4FJNA 1FK9A 4RW8A 1G15A 2DFHA 3O9TA 3NF8A 4QS7A 4JKGB 1VSFA 1FKPA 3D0PA 3PV8A 3RMDA 3NGYA 2P51A 5E84A 4KI6A 3D2EA 3QBXA 3D2FA 3CPWM 4DF4A 3KTQA 2QI2A 4J2AA 4FWPA 2VWBA 3QESA 4ILHA 3EKUA 3QINA 2ZWHA 3ZX2A 1A5VA 1Z6RA 2HF3A 3EE8A 4CFAA 1OKJA 1JLGA 3TAGA 1O13A 3E9LA 1VRUA 1O1WA 1NJWA 4LFAK 3P31A 2FSKA 4DQPA 4L8RB 3VF2A 3QIOA 1K6YA 2B5JA 4B3OA 4B1YB 4JI2K 1CXQA 5GAGP 3SUQA 1SZ2A 1JL1A 4CEDA 2F8SA 4BDYA 4FWOA 3TTFA 4CFCA 3HYFA 1XHXA 3VENA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 5AQR A;  3MN7 A;  5BRH A;  1RNH A;  5AQZ A;  2A6A A;  4B08 A;  1C1C A;  1J5E K;  4DFP A;  4G9Z A;  1OVQ A;  3ZET B;  2BDP A;  4CZK A;  4MLE A;  2KQ2 A;  3SQ4 A;  4BG9 A;  2P9S A;  2UXC K;  1SKW A;  3MN6 A;  1SUQ A;  1EWR A;  3UKU A;  4UQG A;  1LV5 A;  4CGH A;  1U47 A;  5I3U A;  1VSJ A;  5KRT A;  3V1R A;  2DFF A;  4JKF A;  3ASM A;  3SUP A;  1ZBL A;  3ENH A;  4LF5 K;  1T44 A;  5DMR A;  2V52 B;  4OO1 J;  4XH4 A;  5JIC A;  3BUZ B;  3P38 A;  4CEE A;  1ZXO A;  2ZGZ A;  5KPT A;  3C7N A;  4MDA A;  4JKE A;  1TAU A;  3C94 A;  4FLX A;  1HKB A;  4ISE A;  5KTQ A;  1IG9 A;  3MX2 A;  4CI6 A;  2A1R A;  1VSH A;  4MO4 A;  3D7E O;  3M3Z A;  2Q31 A;  1T6C A;  1QSY A;  3M6G A;  3NGZ A;  3HST B;  3J7Y P;  3CC4 N;  3T3F A;  1JJ2 M;  3V4I A;  2BUP A;  1S1U A;  2YHX A;  4JAX A;  5HRS A;  5BN9 A;  3SPZ A;  1W97 L;  3VQA A;  3SAF A;  4B9S A;  1LWC A;  1S6Q A;  1DTT A;  3LDN A;  4KHQ A;  1KCF A;  4CJU A;  4JI4 K;  3NH2 A;  4N56 A;  1WSI A;  3ZLJ A;  3VER A;  5AQJ A;  4IOA L;  2O8F A;  4YFU A;  1YXQ A;  3VPZ A;  3Q7B A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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