3OVNA

Fragment-based approach to the design of ligands targeting a novel site on hiv-1 integrase
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
152
structure length
143
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACDWAGIKQEDGIPESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Fragment-based design of ligands targeting a novel site on the integrase enzyme of human immunodeficiency virus 1
pubmed doi rcsb
molecule tags Viral protein/transferase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords POL polyprotein
total genus 52
structure length 143
sequence length 152
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-09-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3ovnA00
1ITGA 3DYAA 3HT3A 2G8IA 3K2PA 5J2MA 2FBYA 3T3FA 5DMRA 4L8RB 4E3SA 4FJ8A 5FRMA 3NGYA 2KZZA 4DFJA 4KB1A 4DQRA 1BI4A 4RW9A 4E7KA 3RR7A 4TSXA 4CGHA 2ZE2A 4Y1CA 1D9FA 3SYZA 1A5VA 4CE9A 4E7JA 2HNDA 1SV5A 4JRPA 4HCCA 1Z25A 4CF0A 1ZYQA 4E7IA 3HP9A 1SL0A 4DLEA 4DSFA 2E6LA 4DF8A 4FLYA 1NJXA 1RTHA 2DFFA 1HYVA 3AO4A 4Z4CA 3IRXA 4NYFA 2YNIA 4F2SA 1TK0A 4OGEA 1QSSA 2ZD1A 4KTZA 4N5SA 3AVLA 1HYSA 4CEDA 1VSIA 1GOCA 1VSEA 4LSLA 3NF6A 4DTMA 3AVIA 2Z1IA 1XC9A 4E1NA 4DQIA 3KIOA 4ZHRA 1JLQA 1IO2A 2D5RA 4KKOA 3WNFA 4E7HA 4Z4EA 4AHVA 3MXIA 1S1TA 4CJPA 3HPOA 4DFKA 3QEXA 4F3OA 1NK6A 1WSGA 1JKHA 2WOMA 3HK2A 4KRFA 2RPIA 3AO2A 1HNIA 4FK2A 1Q9XA 4QCLA 3SZ2A 3SUOA 1I39A 3OY9A 3OYMA 3PY8A 2KFNA 4M3TA 3ZSZA 4KHUA 2YNHA 1KFDA 1QSLA 4DSJA 1VSHA 4O0IA 1IG9A 2OPPA 3HXMA 3VQDA 4CEEA 4BE2A 1NKBA 3TWHA 1NJWA 4J2BA 4B8CA 4I2PA 1KLMA 3C6UA 5CZ2A 1XWLA 4OPJA 1S6QA 4F3TA 3LZIA 3V81A 4EZ9A 2YNGA 1I3AA 3ZSXA 2AJQA 4KAZA 3KD5E 1L3TA 4W5RA 3OS0A 1G15A 4OKEA 3SUNA 1GOBA 4OLAA 2Q3SA 2IAJA 3L3UA 4CEAA 1U04A 2D0AA 3S9HA 2ITGA 1RDCA 2IC3A 3UIQA 4M3RA 4FK0A 1VK0A 1L5UA 1R0AA 5FDLA 3TR8A 4CF1A 3RTVA 4OPKA 4M3WA 4IBNA 2OZMA 1IKXA 3K5LA 3NGZA 4M3YA 3VQPA 1BCOA 3C6TA 3V1QA 3OYLA 2XHBA 3ULDA 2Z1JA 3L2RA 4FLUA 3RMAA 5HROA 3VQEA 1UA0A 1QTMA 4CEFA 4IFVA 3O3HA 3RMCA 2O4GA 4WE1A 3KTQA 1NK8A 3ZSVA 1B9DA 1KLNA 4DTNA 3PO5A 4DF4A 1L3VA 3RRGA 3CQ8A 4FJNA 2O4IA 1DTQA 3RR8A 4FLXA 3ZSQA 3VQ5A 4DQQA 3M8RA 1U45A 3LP3A 1JLCA 3OYFA 2GBZA 1L3SA 3L2QA 1RT4A 3LP1A 1ASVA 2YHAA 4RW4A 3D0PA 2OYQA 3P1GA 1L3UA 3DLKA 4CK2A 3PUFA 1KRPA 3KK3A 1ZBHA 3TABA 2QXFA 3AVAA 5I3UA 4CEQA 4DG1A 3OS1A 1YT3A 3AVNA 2BANA 4DTXA 5CZ1A 1KFSA 2B4JA 3AVFA 3V9SA 4HUGA 1LWEA 3THVA 4F8RA 4CESA 4PUOA 3OYHA 4QOZB 3QIOA 4CJ5A 2XY6A 4Z4HA 3A2FA 1C6VA 4FJXA 1JLEA 4DU3A 5J2PA 3HPGA 4CECA 1HPZA 3WNHA 5I42A 2HHUA 1CXUA 4GW6A 4CF8A 4HVJA 3K5NA 3ISNC 3WNEA 1X9SA 1T8EA 4J2DA 3VA3A 4GVMA 4N56A 2E6MA 4HTUA 4KREA 3EYZA 4ELTA 3B6PA 1HJRA 3V9XA 5C24A 1RT5A 1RBTA 2GV9A 4Z0UA 4CGGA 3TAPA 1U47A 4AHUA 3HVRA 3AO5A 5CYMA 3U3YA 3V6DA 4NCBA 1YVUA 4EP4A 5HRSA 3HP6A 4RW8A 1UOCA 1LAVA 1NOZA 1BISA 1S1WA 2HNZA 4FM0A 1A5XA 4DSIA 4FJJA 4FJ5A 4C8NA 3MXMA 1ZBLA 3KLGA 4FW2A 2B5JA 3VQ4A 3TI0A 4B9UA 3L3VA 3QEWA 4MFBA 5HLFA 1ZBFA 2HB5A 3LPTA 5D3GA 3KD1E 2F8SA 1NK0A 3KK1A 3EY1A 1SKWA 4KFBA 1TKTA 3QIPA 4IFYA 3VQ9A 3QEPA 2HHTA 1D8YA 3L8BA 5DK5A 4CEZA 3NGIA 1U49A 3CYMA 1S5JA 1CXQA 1QQCA 1TL3A 2A1SA 1EXQA 5C42A 3QETA 1SL1A 4DLGA 2E4LA 3P5JA 4KTQA 4CJ3A 1SKRA 5HRNA 3LP2A 2R7YA 3SPYA 4CIFA 2G8FA 1VSLA 3DMJA 3I0RA 5SWMA 1LAWA 3MECA 3L2UA 4PA1A 3PX0A 3SI6A 4HCBA 1VSJA 4KHWA 3OYDA 3VQQA 2B6AA 4FJIA 1VSKA 2FBTA 4W5QA 3HJFA 5FROA 4PWDA 2KFZA 1BQMA 2YKNA 4DMNA 4M3ZA 4KTWA 3VN5A 5KTQA 3CM6A 3LANA 4YFUA 4KHYA 4KI6A 2QKBA 2RN2A 2EHGA 4OLBA 3LPUA 4IG0A 4CIEA 1KCFA 4CERA 3OYIA 4E7LA 3O4QA 3PX4A 4H8KA 1TL1A 4W5TA 2ZQBA 3G10A 4N47A 1VSDA 4DTRA 3C94A 1MU2A 1KSPA 4FXDA 4NCAA 3AA3A 4CJEA 2PY5A 3ITHA 2NUBA 4B8AB 2F8TA 3TAGA 4BWJA 4CF9A 3VQ7A 1WSFA 3LAMA 3ZT4A 3HM9A 1BI4B 1IKWA 1F21A 4H4MA 3AVHA 3TANA 3OYJA 3KLIA 4HUEA 3SCXA 3ASMA 4OVLA 1LW2A 1WAJA 1VRUA 3DLEA 3LAKA 3OYKA 1XHZA 1NOYA 4O5BA 2HHXA 3RRHA 4DTSA 5SZTA 3DLBA 3H08A 3OJSA 3O4NA 3NF9A 4CJUA 4CGDA 2X78A 4N41A 4JRQA 3SNNA 2HHQA 1BIUA 3OVNA 1C0UA 4CHYA 1RTDA 3QNNA 2PZSA 3DOKA 3F73A 4ELVA 2BDPA 1RILA 4KI4A 4CHPA 1W0HA 2VG6A 3SQ0A 4CEOA 1CLQA 1C0TA 4FYDA 4CJSA 1RTIA 4CIGA 1C0MA 2G8UA 2PYLA 2HW3A 2IGIA 2RKIA 1JL2A 2KW4A 2VWKA 4BDYA 3K58A 4KPYA 2OPRA 1SL2A 1K6YA 1RBUA 1RDAA 2LSNA 5K14A 3RMDA 4CGFA 3S3MA 4CCHA 2P5GA 3V9WA 4Z4GA 3NCIA 4FJLA 3NBPA 3VQ8A 3SQ2A 4EZ6A 4W5NA 4KHQA 1BHLA 4IDKA 1X1PA 1NK4A 2Z1HA 1YTAA 3EZ5A 3IG1A 1TAUA 2VWJA 1RT7A 3HVTA 4H4OA 4FLWA 3LDSA 4CEBA 2Y1JA 4J2AA 1BQNA 4C8MA 1TGOA 1UA1A 3OYNA 4FZXC 5HBMA 3NE6A 1LV5A 3KKRA 2DY4A 3T1AA 4DU4A 1NK5A 1RDBA 3DI6A 1UAXA 4KHNA 2BGGA 5HRPA 1JLFA 3VQAA 5KGXA 3NHGA 3DM2A 3ZCMA 1RCHA 3TAFA 1TKDA 1CZBA 1S1VA 5HRRA 4QAGA 5KRSA 1UWBA 3QEIA 4O55A 2KTQA 1VRTA 2KZMA 1HQEA 2XO7A 3ZSWA 5KGWA 3V1OA 2IOCA 4Q0BA 1VSFA 3HO1A 1ASWA 1EETA 4R5PA 3L2VA 3LWMA 4JS4A 1Q9YA 2OPSA 3LALA 3VQ6A 2G8HA 4JS5A 4DS4A 4DSEA 3BGRA 3M8QA 4O44A 2X6NA 4B08A 1NK9A 4OJRA 3SUPA 2OZSA 1HQUA 3AVGA 3T19A 1O1WA 4F4KA 3OYCA 1TV6A 3L2WA 1U4BA 4CJWA 1N6QA 3QINA 3OJUA 3ZSOA 1D9DA 2FBVA 4CFBA 1FXXA 3OS2A 3O3FA 3NAEA 3QLHA 1T05A 4DTJA 2P5OA 4B9TA 4BDZA 1S9EA 5FRNA 2HHSA 1BGXT 1RT3A 3IS9A 3MEEA 4I7FA 1JLGA 4OGCA 3QERA 4ZTFA 4AILC 2W42A 4ICLA 2YHBA 2X6SA 4FK4A 4M3XA 4CHZA 3RMBA 4LH4A 1NJZA 4CJRA 1HYZA 2ATQA 4E89A 4CFDA 1NKEA 3IAYA 3AVKA 1VSMA 1J54A 4UQGA 2Z1GA 3V9ZA 4DQSA 4M41A 2DFHA 1ZBIA 3C95A 4MQ3A 4ZTJA 4DS5A 3E01A 5C25A 2XY5A 5JS2A 3OYGA 1FKOA 2F96A 1CZ9A 1B92A 4AH9A 2HVHA 2HHVA 3AA5X 2JGUA 3PV8A 1RT1A 1Y97A 4E19A 4FJGA 1BL3A 4FLVA 3NFAA 4Q5VA 3SUQA 1LW0A 4BE1A 1J5OA 1NKCA 2G8KA 5T7BA 4DTOA 1KTQA 2P1JA 3KKSA 2DFEA 3S3OA 1QHTA 4CHQA 4FM1A 4J2EA 3K5MA 4M45A 4LD0A 2EX3A 5CYQA 1RT2A 1S6PA 2QK9A 3DLGA 4HHTA 3KLEA 4KO0A 1WSIA 4B3OA 4C8KA 4M3UA 4OKKA 4I9LA 1QE1A 2PYJA 2D0CA 1TVRA 1LWCA 3ZT2A 3DLRA 3WNGA 4CJFA 4Z4IA 4CJKA 1BCMA 5HP1A 3QNOA 4CJVA 5J2QA 3F9KA 1LWFA 4HUFA 1HNVA 1HRHA 4DFPA 4BE0A 4K8XA 4LY7A 3KLHA 4PQUA 2KQ2A 3I0SA 2HMIA 3ZT1A 1QS4A 1IH7A 2IDOA 4KV8A 1WN7A 4FM2A 2OA8A 3S3NA 4ELUA 4CHNA 3QESA 1KVCA 4FVMA 1T7PA 2OPQA 3V9UA 1TK8A 4B9VA 1RT6A 1JLAA 2WONA 3M8PA 1WSJA 2JLEA 3OYAA 4FCYA 4CF2A 1QSYA 1GOAA 3NH0A 3K59A 5E41A 3AV9A 4IKFA 3CFPA 4JLHA 3U6FA 3K5OA 1JXEA 2P51A 3AA2A 4CFAA 1A5WA 3NF8A 3V1RA 1WSHA 1XI1A 3AO1A 4G1QA 4FLZA 3ZSRA 4FLTA 2HHWA 1Z26A 4O4GA 4BACA 1W9HA 4CJTA 4YNQA 1BIZA 1TK5A 1SUQA 2YKMA 3SV4A 3TARA 1KVAA 4NCGA 2DTUA 1J9AA 3I8DA 3NF7A 1S1XA 2HNYA 2XY8A 1JLBA 3AA4A 3RWUA 1WSEA 2FC0A 1B9FA 3SJJA 4XIUA 4F2RA 4RW6A 2D0BA 2VG7A 3OYBA 1FK9A 3AVMA 4E1MA 4DFMA 4M42A 3SPZA 2FBXA 2QKKA 4C8LA 4DTPA 4CHOA 4B9MA 1RNHA 3B6OA 1NJYA 1FKPA 1XHXA 3SQ1A 1S9GA 3DRRA 1IKYA 3ZT0A 3LP0A 3PO4A 4N76A 1JXBA 4NYNA 4KHSA 4OKJA 3TAQA 4FZZA 3ZT3A 1HMVA 4E0DA 4CFCA 2I5JA 3M8SA 3TAEA 3DLHA 3QEVA 2G8VA 1KVBA 1ZBUA 3MAQA 1DTTA 4DSKA 2XY7A 1RDDA 1SKSA 4B9NA 3HL8A 3P83D 1TAQA 4CJ4A 1RBSA 4CK3A 4I9QA 2RF2A 1ASUA 1EX4A 1D5AA 3MXJA 4LH5A 5CY4A 4CGIA 1EP4A 3VA0A 3DRSA 4ID1A 1N5YA 3CFRA 1DLOA 1EKEA 1RBVA 4RW7A 4DU1A 3MEGA 2XRIA 4ID5A 3CM5A 3FFIA 4K8ZA 3ALYA 1IKVA 4O0JA 2BE2A 2ETJA 4DTUA 3KJVA 5JS1A 4AHCA 3MEDA 4BDPA 3QO9A 3O3GA 1C1CA 1YTUA 5KI6A 4PY5A 3KK2A 5EU7A 5KRTA 2HVIA 1C1AA 4Y1DA 3AVJA 2IS3A 3LWLA 3NDKA 1TKXA 4KB0A 1X9WA 1T03A 1REVA 4DSLA 4AHSA 3HYFA 4B9SA 4GMJB 1X9MA 2X74A 2YV0X 4AHTA 3LZJA 4FJ7A 1WNSA 3CFOA 1U48A 4LSNA 1J53A 2YNFA 3BDPA 2Y1IA 4FJMA 4CJQA 3NH1A 3G0ZA 3JSMA 4AHRA 3DOLA 3HSTB 3AO3A 2VG5A 4RG8A 4CK1A 3AVBA 1RTJA 1WLJA 4DQPA 4I2QA 4IG3A 4BWMA 3OYEA 4FZYA 3DRPA 1C1BA 3HPHA 3VQBA 4B9LA 3CG7A 3AVCA 3TAMA 3VQCA 3K57A 4Z4FA 4CJLA 4FW1A 1S1UA 3D45A 3NH2A 3JYTA 4EP5A 3SQ4A 4DWIA 1TKZA 4W5OA 3SV3A 4FJHA 5J1EA 4FJ9A 3U3GA 1WAFA 2A1RA 1JL1A 1Q8IA 4CGJA 4FJKA 3KLFA 1RBRA 3PX6A 3V4IA 3ZSYA 1NK7A 5J2NA 2G8WA 4C8OA 2GUIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5M1PA 1H1VA 2G8IA 3T3FA 3NGYA 4O8KA 4DV6K 3OTOK 4KB1A 3THWA 2O8DA 3WQUA 1K8KA 1HR0K 2F7TA 4Y1CA 3SYZA 4E7JA 1NBWA 5AQLA 1Z25A 2HBLA 2CGLA 4DSFA 2E6LA 1NJXA 1RTHA 3CJ1A 4K42A 1TK0A 1QSSA 5CHIA 5CE3A 3AVLA 3PLAA 2UYTA 4CEDA 1VSIA 5B8HA 1GOCA 1VSEA 4BREA 1RDWX 2P9IB 2O8FA 3WNFA 5KPRA 1NGCA 3HK2A 1GLBG 4BR4A 5DM6L 3SZ2A 2KFNA 4DKWA 3ZSZA 4JKGB 4KHUA 3G71N 1KFDA 4O0IA 2UXCK 2OPPA 3HXMA 3VQDA 1NKBA 4BE2A 1SAZA 1YI2N 1NJWA 4I2PA 4OPJA 5AQMA 2OTLN 1K73O 1OVYA 5HL7L 1Z6RA 3J8AA 4KH6A 1HKCA 1OH5A 3SUNA 2IAJA 4CEAA 4M3RA 1VK0A 1L5UA 5FDLA 4CF1A 3AARA 3OHRA 4M3WA 4IBNA 1HUXA 3C0BA 3K5LA 2OZMA 5IT9O 3VQPA 4B9TA 3C7NA 3O6WA 3ULDA 3RMAA 3L2RA 5HROA 5BN8A 1UA0A 3O1BA 3H46O 3ENBA 1B9DA 2HBMA 4DTNA 4DF4A 4DR6K 4DQQA 2GBZA 2UU9K 4RW4A 2YHAA 4BROA 3DLKA 2V52B 4AF1A 4UY8O 1ZBHA 3AVAA 1BDGA 2YHWA 3AVNA 1IJJA 1RDUA 4HUGA 1TYQA 4BRQA 1W2BM 5C0YA 3A2FA 2E8AA 4YORA 5AQIA 1HPZA 5TKWA 3WNHA 1CXUA 4GW6A 3WNEA 1T8EA 5AQZA 4N56A 2E6MA 5JVGL 3B6PA 2Q2RA 3V9XA 1RT5A 4Z0UA 1U47A 2BTFA 4PHTX 3HVRA 5CYMA 3U3YA 3U4LA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3UKU A;  5AR0 A;  2Q36 A;  1KVB A;  3U8X A;  3R3L A;  1RDD A;  3MN6 A;  4CBU A;  3HL8 A;  3P83 D;  3O80 A;  2ASO A;  5MLC Q;  1LOT B;  4CJ4 A;  2UUC K;  4ELT A;  1ASU A;  1D5A A;  3ZX0 A;  3ID8 A;  1N5Y A;  3SBT A;  2W6K A;  3CFR A;  3A5N C;  4K25 A;  3ZEU B;  1DLO A;  1EKE A;  4RW7 A;  4JI4 K;  4DU1 A;  4ID5 A;  3CM5 A;  3FFI A;  4K8Z A;  3ALY A;  4DTU A;  3KJV A;  3ENO A;  5JS1 A;  3O3G A;  3OA9 A;  1Q82 O;  1YTU A;  1N32 K;  5KI6 A;  4PY5 A;  1GLL O;  2QWL A;  5EU7 A;  5KRT A;  4JKA A;  2IS3 A;  1TKX A;  4IOX A;  5EVZ A;  1REV A;  4B1W B;  4DSL A;  4FJ7 A;  3EZW A;  2YV0 X;  2E1Y A;  3LZJ A;  4LFB K;  1WNS A;  1U48 A;  4LSN A;  3Q7C A;  2JWL A;  2AP1 A;  5C2F A;  2D1K A;  4IG3 A;  5ELZ A;  3EN9 A;  3HPH A;  4H5R A;  3HBT A;  3VQC A;  1BU6 O;  4CJL A;  1S1U A;  4DWI A;  3SV3 A;  4FJ9 A;  1NGJ A;  3EE9 A;  1Q8I A;  4FJK A;  1MDU B;  4X66 K;  2P9P A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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