The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
49
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sequence length |
186
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structure length |
186
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Chain Sequence |
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
23S RIBOSOMAL RNA
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| molecule tags |
Ribosome
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| total genus |
49
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| structure length |
186
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| sequence length |
186
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-09-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| M | PF17144 | Ribosomal_L5e | Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1KD1 O; 3CPW M; 5JVH L; 3G71 N; 2ZJR L; 4WFA L; 4UY8 O; 4WFB L; 1QVF M; 1Q7Y O; 1YI2 N; 1K8A O; 2ZJP L; 2QA4 N; 4IOA L; 1VQ6 N; 1KQS M; 1QVG M; 3CCU N; 1JJ2 M; 1YIJ N; 1M90 O; 3CCV N; 4WFN L; 3CCS N; 1VQM N; 4IO9 L; 5H1S Q; 5HL7 L; 1ILY A; 3OW2 M; 3CCM N; 1YHQ N; 3I55 N; 1YJ9 N; 5GAG P; 1N8R O; 1VQN N; 3CCE N; 3DLL L; 1Q82 O; 3CCJ N; 2QEX N; 3PIO L; 3CXC M; 1VQO N; 3CC2 N; 1VQL N; 1YJW N; 3PIP L; 4U67 L; 3CD6 N; 5MLC Q; 2ZJQ L; 5GAE P; 1YJN N; 3J7Z O; 1OVY A; 1YIT N; 1VQ7 N; 2OTJ N; 1M1K O; 4WCE L; 2OTL N; 1VQ9 N; 1K73 O; 3CCL N; 3I56 N; 3G6E N; 5DM6 L; 1VQP N; 3CC4 N; 3CCR N; 1VQ8 N; 3CCQ N; 1K9M O; 1Q81 O; 3G4S N; 4IOC L; 3CME N; 1VQ5 N; 1VQ4 N; 1S72 N; 5GAH P; 1W2B M; 5JVG L; 3CMA N; 4WF9 L; 1VQK N; 5GAD P; 1KC8 O; 5DM7 L; 1NJI O; 3CF5 L; 3CC7 N; 1Q86 O; #chains in the Genus database with same CATH topology 1TAU A; 4OKE A; 5JVH L; 4CEB A; 2RF2 A; 2GTD A; 3G25 A; 5M1K A; 4NCG A; 5AQN A; 3DAW A; 4JI3 K; 1RT4 A; 2UYT A; 3DRR A; 1TK0 A; 1D8Y A; 1EKE A; 5AZJ B; 3PX6 A; 4DB3 A; 4CJT A; 4K42 A; 4KAZ A; 2R7Y A; 5AQZ A; 1XQS C; 3P4I A; 3MK6 A; 4FJ5 A; 3AVI A; 4IO9 L; 4CHN A; 3EL2 A; 5FRN A; 3C7N B; 1F21 A; 3HYF A; 4H5V A; 1WAF A; 4B3T K; 1S9E A; 5C12 A; 3CCM N; 1T44 A; 1QHT A; 3IUC A; 2XHB A; 3QIP A; 2FXU A; 1VSH A; 1NOZ A; 2O8D B; 3SPY A; 4MDB A; 5HP1 A; 3QIC A; 3IMX A; 2IVP A; 4JS5 A; 1TKD A; 4BDP A; 4RTF D; 1NM1 A; 1NK0 A; 3PIP L; 2D0P A; 2DFH A; 3QNO A; 4Z94 A; 4O44 A; 2E8A A; 2YHA A; 2ASP A; 2AA4 A; 3I33 A; 3RR7 A; 4RW7 A; 4B8A B; 4WCE L; 2H3G X; 4FK0 A; 3SQ4 A; 2OTL N; 1IBK K; 1VQ9 N; 3O3H A; 4DR1 K; 4F8R A; 3G6E N; 2I7P A; 4YDU A; 1LWC A; 4BGB A; 4CZJ A; 4BRQ A; 2IGI A; 4JHD B; 3VEZ A; 2P9L B; 3CME N; 2OPQ A; 4HUF A; 2P1J A; 3CJ9 A; 4OO1 J; 4H0Y B; 4C1N I; 1RT5 A; 4GW6 A; 2P9S B; 5M1N A; 2PYJ A; 4OKJ A; 2HF4 A; 2PFU A; 2ZWH A; 4BC3 A; 1DTT A; 3AA5 X; 3C0B A; 3L2W A; 4JNE A; 1T6C A; 4YOR A; 1NJX A; 3DOK A; 3V9U A; 5KRT A; 5M1O A; 2E20 A; 3DMJ A; 2UU9 K; 3LDQ A; 1ASW A; 2W6L A; 4BRD A; 2CH6 A; 3R9P A; 3BY5 A; 4GVM A; 3RMB A; 1P90 A; 2NNW A; 3QEX A; 4CGH A; 1N6Q A; 2BUP A; 1KVC A; 1ZBS A; 4CFA A; 4CGF A; 1QE1 A; 2W6K A; 4JD2 A; 4DFK A; 4Z4G A; 1N34 K; 1M90 O; 3K5N A; 4DUY K; 4HWI A; 1NKB A; 4F2S A; 5EY4 A; 1OH8 A; 2DFF A; 2FBY A; 3MN7 A; 1N33 K; 4BR9 A; 4H5W A; 4JKG B; 1TYQ B; 1YT3 A; 3T19 A; 4OPK A; 3AO3 A; 3O9S A; 3M8P A; 3DXK B; 4QCL A; 4MFB A; 3IAY A; 2CGJ A; 1NKE A; 1IBM K; 3T7Z A; 2NUB A; 3ZET B; 3THX B; 2NRH A; 2VG6 A; 1WSF A; 3MN6 A; 1V4S A; 4IFV A; 3SPZ A; 1QQO A; 2KZZ A; 1CXQ A; 4CK1 A; 4CJ4 A; 3OYJ A; 2IAJ A; 3ZSO A; 3AGK A; 4BR7 A; 4E3S A; 2GBZ A; 3AVA A; 5E84 A; 4CHY A; 1YJN N; 5AZI B; 3SUO A; 4OPA A; 3NGY A; 2V7Z A; 2IIR A; 3EN9 A; 3KTQ A; 3KD1 E; 3CJA A; 4DV4 K; 3TAM A; 3E9O A; 2Q97 A; 2G8F A; 3K0S A; 3THY B; 1SL0 A; 4DTS A; 3QIN A; 3CCR N; 1OH6 A; 1XI1 A; 4Z4E A; 4OX9 K; 3C6U A; 3RSE A; 3VEV A; 3KLH A; 3G4S N; 4GVE A; 3R8E A; 1WNS A; 3LAM A; 4FWM A; 3KLF A; 1W2B M; 3DXM A; 4E1M A; 4FJJ A; 4M3Y A; 1G15 A; 1KVB A; 3RRH A; 1TL3 A; 3GBT A; 4FOI A; 5DM7 L; 1TK8 A; 3VA3 A; 1QSL A; 2G8V A; 3L8B A; 4Z4I A; 1NK5 A; 2F8S A; 3HZ6 A; 1LWE A; 4Y1D A; 3DM2 A; 3J8A A; 3AA2 A; 1C0T A; 4FJL A; 3TTF A; 3HSC A; 1RBT A; 3OHR A; 2VYP A; 4G9Z A; 1QS4 A; 3RTV A; 3T1H K; 3V1Q A; 1BIS A; 3ZT1 A; 1LV5 A; 2HND A; 4DTR A; 1BUP A; 1RIL A; 1BA1 A; 2Z1I A; 4PKI A; 3VQ4 A; 3O1W A; 3K57 A; 4XEI A; 2X74 A; 1DKG D; 4RW9 A; 2HF3 A; 3O9T A; 1IKX A; 1BQM A; 3CCS N; 1RDA A; 4BRN A; 4F4K A; 3RMC A; 1T05 A; 5HRR A; 3QLH A; 4B9N A; 4BRE A; 3A2F A; 4CEZ A; 2KZM A; 4FLX A; 3W3D A; 4B9S A; 1D9F A; 1XUP O; 3O3G A; 3QNN A; 2ZGY A; 2WOM A; 4K8X A; 3MWP A; 3L2V A; 4FK4 A; 2P9K B; 5BRE A; 1KSP A; 3M8Q A; 2G8I A; 1FKO A; 3BP8 A; 2X78 A; 4JK7 A; 2HHV A; 3S3N A; 3OS2 A; 3QBX A; 1TKT A; 4DQP A; 2HVI A; 3AA4 A; 5AQW A; 3L2U A; 4WYB A; 1HR0 K; 1FW6 A; 3A0I X; 4CZL A; 3U9D A; 1HJR A; 4U7B A; 1IH7 A; 4HTU A; 2FF6 A; 5CYQ A; 3P39 A; 1BL3 A; 2FSJ A; 3THV A; 4FW2 A; 3QEV A; 2VWJ A; 3HM9 A; 1ASV A; 4FJK A; 4MLE A; 1TUU A; 4B9U A; 4DS4 A; 2A42 A; 3AVH A; 4B3R K; 2F9W A; 3BUZ B; 3NH0 A; 5AQU A; 1IJJ A; 1RTH A; 4H0T B; 2IVO A; 3NF6 A; 3VQ7 A; 3SBG A; 4MLH A; 1X9J A; 2P51 A; 2O8F A; 3EZW A; 5GIN A; 3TPQ A; 3WNH A; 3O8M A; 3DLG A; 5M1P A; 4DMN A; 3CQ8 A; 4EZ6 A; 3TAB A; 2E4L A; 1T3V A; 5JS2 A; 2O8E B; 2HBK A; 4KI4 A; 2F9T A; 1I94 K; 3VQC A; 3P38 A; 1K8K A; 2QXL A; 4KTZ A; 3QFU A; 4NCB A; 4YOW A; 2P9N B; 3PSI A; 3VEN A; 3ZSZ A; 3QEW A; 1JLQ A; 2OZS A; 3VTI A; 1RTI A; 3NBP A; 4YFU A; 1U6Z A; 3VQQ A; 3VMF B; 2A6A A; 4WQ4 C; 3T1Y K; 4JK8 A; 4BC2 A; 4PA1 A; 4JKE A; 3HTV A; 3PLA A; 3OW2 M; 3S9H A; 4BQL A; 3OYM A; 4CZG A; 4OLB A; 3OYL A; 5KPZ A; 2HNZ A; 4M45 A; 3MEE A; 3VPZ A; 1YTU A; 1U2V A; 5BPM A; 1FKP A; 2HB5 A; 5I9E B; 3HPO A; 3ULE A; 1HYS A; 1RBV A; 5T7B A; 3V4I A; 3CM6 A; 1RDC A; 3F2K A; 3JYT A; 1TGO A; 3TAG A; 3OYF A; 4FJN A; 2HNY A; 4QS8 A; 2YNF A; 4W5T A; 1YAG A; 5AQG A; 5AQK A; 1Z6R A; 3ZSW A; 4DV0 K; 3VET A; 3OBW A; 4I2Q A; 1RT2 A; 2ITG A; 3VQ9 A; 4JKA A; 2HMP A; 3J7Y P; 1FK9 A; 1C0G A; 3C65 A; 1JLE A; 5AQP A; 4Z4F A; 2DFE A; 3NAE A; 2O8B B; 4GNI A; 3VTH A; 3J80 O; 3LWM A; 4DSE A; 1K73 O; 1KXP A; 3I56 N; 1BGX T; 3EKU A; 3FGU A; 3QO9 A; 4KHN A; 1WSG A; 4CJ7 A; 5LY3 A; 4PHT X; 3PV8 A; 4F9O A; 3H6E A; 4FWO A; 4JI4 K; 3TI0 A; 3K58 A; 4AHC A; 5BR8 K; 3FE1 A; 3VN5 A; 4KHY A; 1ZBI A; 3S3O A; 4M3Z A; 3CJ7 A; 5GAD P; 4JKB A; 4LD0 A; 4X64 K; 4R79 A; 4K0K K; 5KQD A; 4EHU A; 3T69 A; 4JI5 K; 3D0P A; 3CC7 N; 5E26 A; 3OJU A; 2WBN A; 4DFP A; 5J1E A; 4CJ3 A; 4H0P A; 4BRG A; 3QB0 A; 4CJK A; 4KH5 A; 2XY6 A; 4DTM A; 3VQA A; 1BCM A; 4CZI A; 4LH5 A; 3L2R A; 1JLF A; 2RE2 A; 2PYL A; 3H1V X; 1GLD G; 3SJH A; 1XWL A; 3RR8 A; 3RRG A; 2F8T A; 4EP4 A; 4AM6 A; 3TAF A; 5AQX A; 4CJP A; 3RMA A; 1BOT O; 1KQS M; 4M3U A; 3O5B A; 4CBW A; 4WFN L; 2IOC A; 4B3S K; 1RTD A; 1HQU A; 3V9S A; 2O8C B; 2O4G A; 4N5S A; 4NO7 A; 3F73 A; 3K9J A; 4XH1 A; 4DR5 K; 4DLE A; 4DG1 A; 1RNH A; 3ENO A; 3TAQ A; 1YJ9 N; 1YUW A; 4WQ5 C; 3ZLJ A; 3DOL A; 4IXC A; 4LH4 A; 4E19 A; 2Q2R A; 1UWB A; 4DTX A; 3FZF A; 4C1N K; 3OYK A; 3AO4 A; 1NLV A; 3CXC M; 4CJL A; 5BPN A; 3LAL A; 3ZEU A; 1VQL N; 4FWS A; 1RBS A; 4IG0 A; 1VRT A; 3VF4 A; 3TTD A; 1CZB A; 4H5T A; 5FPE A; 3OYD A; 4FM0 A; 3KWI A; 1KVA A; 3AAP A; 1EXQ A; 2A1S A; 5TKW A; 4XH4 A; 2VWB A; 4DF8 A; 2OTJ N; 1KAX A; 5C25 A; 3JAM O; 5C42 A; 2PAV A; 3OYN A; 5LMN K; 3WEE A; 3WQU A; 3TR8 A; 5BRF A; 5LJW A; 1N36 K; 4L8R B; 3VES A; 2E88 A; 3U4L A; 3NCI A; 4BE2 A; 5CE3 A; 3M3Z A; 3BDP A; 3WXL A; 1L3S A; 3KJV A; 3B6O A; 2YNG A; 4JI7 K; 4ILJ A; 4C23 A; 2E2N A; 3LDL A; 4IKF A; 4RWT A; 3LPT A; 5E41 A; 1IV0 A; 1GLL O; 3L3U A; 3TSP A; 3CMA N; 1XNR K; 2HHW A; 1YTA A; 4DV5 K; 1NJZ A; 4YOU A; 2E2P A; 4O8K A; 2KTQ A; 3N4Q A; 3C95 A; 2EWS A; 1BIZ A; 1HNX K; 3V9X A; 4N41 A; 3TU5 A; 1NJI O; 4KTQ A; 4DR4 K; 4OGC A; 3UIQ A; 1SKS A; 4Q5V A; 3HL8 A; 1Q86 O; 3L2Q A; 3W0L A; 4DS5 A; 1VHX A; 4Z4C A; 4QS9 A; 1GLB G; 3SZ2 A; 5FPD A; 3G71 N; 2FSK A; 3MX2 A; 2P9P A; 2ZD1 A; 4I6M A; 3CPE A; 4WFB L; 1KAZ A; 4DU4 A; 4M7X A; 5C2D A; 1RCH A; 1J5E K; 1NK9 A; 3LWL A; 2HHT A; 3THW A; 2EHG A; 1GOC A; 3C94 A; 4DQQ A; 1S3X A; 4ELT A; 1ESV A; 2GEM A; 1Q8I A; 4LFC K; 1RT3 A; 2VGM A; 5H1S Q; 2BDP A; 3KWG A; 3SAF A; 3SCX A; 2P5G A; 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1NK4 A; 1HPZ A; 1JXB A; 4DQR A; 3DLE A; 1RBU A; 3MCA B; 1DGK N; 3FR0 A; 2E2Q A; 3L4I A; 3VEY A; 1P8Z A; 2HBL A; 4M3X A; 1S1U A; 1BI4 B; 3LM2 A; 2BE2 A; 2LSN A; 3HOT A; 1LCU A; 1IBL K; 4G1Q A; 5HLF A; 4I9L A; 1BU6 O; 1WN7 A; 1L3U A; 4BE1 A; 3FZM A; 3FZL A; 3AA3 A; 3MWT A; 1C0U A; 4FPB A; 4KRF A; 5AQJ A; 4FWK A; 3RSE B; 3LDO A; 2XRI A; 4MO5 A; 1ZBH A; 2E1Z A; 4PL8 A; 3OS0 A; 2D0B A; 3ZYY X; 4JKC A; 2UXD K; 1W0H A; 4DU1 A; 4F2R A; 4W5N A; 2ZJQ L; 2JGU A; 5AQY A; 2AP1 A; 2D0A A; 2ZM6 K; 1N5Y A; 1RDW X; 2E2O A; 1VQ7 N; 2QM1 A; 4I9Q A; 2Q0U A; 3NF8 A; 4A62 A; 5GIP A; 3WT0 A; 4ISF A; 3SBT A; 4KPY A; 2X6N A; 1VQ8 N; 2UUC K; 1WBD A; 2A41 A; 2A5X A; 3HM8 A; 1RFQ A; 2GUI A; 1NJW A; 3L3V A; 4CZE A; 3KVG A; 4M3R A; 2XY8 A; 2ZQB A; 1VQ4 N; 3SAG A; 1Z25 A; 5GAH P; 2NZT A; 1B9D A; 4O5F A; 5EVZ A; 5SWM A; 3ZT0 A; 3HJF A; 4X62 K; 2P9S A; 3MXJ A; 4RW8 A; 5AQH A; 4CIE A; 3O4N A; 4AHR A; 4JLH A; 2KKZ A; 2YX6 A; 1Z26 A; 4BRO A; 4B08 A; 4DWI A; 2IVN A; 2PY5 A; 3ALY A; 3PUF A; 4CGI A; 1W97 L; 3B6P A; 1LWF A; 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