3OW2M

Crystal structure of enhanced macrolide bound to 50s ribosomal subunit
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 23S RIBOSOMAL RNA
molecule tags Ribosome
total genus 49
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-09-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
M PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ow2M00
3CCVN 1VQ8N 1VQON 3J7ZO 4IO9L 1S72N 1YIJN 1Q82O 1KQSM 1VQLN 4U67L 1VQ9N 3CPWM 2OTJN 1M90O 2ZJPL 1VQ5N 2QA4N 1Q86O 4IOAL 3CCJN 1VQ4N 5GAEP 3G4SN 1K9MO 1ILYA 1VQMN 2ZJRL 5H1SQ 3CC4N 3CCMN 3CMEN 4UY8O 1QVFM 1YJWN 1YJNN 1KC8O 1Q7YO 5GADP 1Q81O 1N8RO 5JVHL 3PIOL 1VQKN 3CCLN 3CC7N 1VQ6N 4WF9L 1YJ9N 1VQPN 1YI2N 3DLLL 5GAHP 1OVYA 3CMAN 4WFNL 5GAGP 1YITN 1NJIO 1YHQN 3CCSN 3CCQN 3PIPL 4WCEL 5HL7L 1M1KO 1K73O 3CCUN 3CD6N 5MLCQ 4WFBL 3CXCM 3OW2M 3CF5L 1W2BM 2ZJQL 3CCEN 1KD1O 2QEXN 5DM7L 3CC2N 4WFAL 1QVGM 3CCRN 3I56N 5DM6L 3G71N 2OTLN 3I55N 1K8AO 4IOCL 3G6EN 5JVGL 1VQ7N 1JJ2M 1VQNN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2FSKA 3TR8A 2IVOA 2P9SA 1VQON 3NE6A 3FGUA 3LPUA 4B1WB 1NWKA 4UQGA 1B92A 4BE1A 2VYPA 4CZHA 5FROA 3AA2A 2ZJPL 4PKGA 4O0JA 3MX5A 3V9SA 4IFYA 1XI1A 4HTLA 1N6QA 3H45C 4J8FA 3OTOK 1NGJA 1J5OA 5FLXO 4CHZA 1RDBA 3LDSA 1IG8A 4FJJA 1WAJA 1NKBA 3UKRA 3GBTA 4O8UA 5AQYA 2LSNA 1TV6A 2CGJA 4FK0A 2DTUA 5J2NA 4DFPA 4PL8A 3TSUA 4NLCA 3SBTA 2X74A 5DK5A 4RG8A 1VQ6N 4CZMA 1BA0A 4FPAA 4C1NI 4JKHA 5E41A 2GUIA 3V6DA 4FWKA 2RN2A 2RHKA 1BIZA 3SLCA 4DQPA 4XEIA 4KHWA 4ILJA 4I2QA 2IDOA 3CJ9A 3CCSN 2E4LA 1FXXA 3LPTA 4IEEA 3V1OA 2UXBK 5MLCQ 4RWTA 2A1SA 1N34K 4Z4FA 2KTQA 5JS1A 3CF5L 1NOZA 3IFRA 5CY4A 2W41A 3MEEA 1WSIA 3EN9A 4IKFA 3PSIA 2UXCK 3CIPA 3VTIA 2BE2A 4I7FA 5DM7L 3LM9A 1EQYA 2YHYA 3VQ9A 3VQPA 5DM6L 4B9LA 3D2EB 1RFQA 2QWNA 3KLHA 1NK5A 1RT1A 1IKYA 2V51B 1W9HA 3VERA 2G8IA 3THYA 4AHSA 3VQCA 3C65A 1S6QA 4OPKA 3O80A 2VQEK 4CK3A 4CGFA 4QOZB 3L4QA 4KPYA 4IJAA 4CJUA 4YOTA 3LDOA 3AA3A 5CHIA 3VQAA 2ITGA 4GKJK 4LF4K 1RT5A 4ISGA 4X62K 5C10A 4W5TA 4E7KA 4BE2A 1C0TA 3TI0A 1C1BA 1QHAA 3SUNA 4B9TA 2F7TA 2O4GA 4M3TA 3MEDA 1DLOA 3DXKB 3QESA 2W6LA 2FLOA 4FSVA 1HNWK 1EWRA 1FJGK 4JRQA 3DLHA 4F3OA 4YFUA 4DMNA 1RTDA 4CIEA 4O5BA 3JXUA 3VENA 1IBKK 3CCLN 3E9PA 3MEGA 3NMUA 1HUXA 4QAGA 5AQXA 1WN7A 3QDKA 5JMVA 3AA4A 3ENBA 3V9XA 1NK9A 3AAPA 3C95A 4R5PA 4IOXA 1ASUA 3LP0A 5GAGP 4XH1A 1S1XA 2G8HA 4PY5A 3ZETB 1SKRA 3OVNA 3MXJA 2HHXA 1BWFO 2BH1A 4F4KA 1K73O 1D9FA 3D0PA 3SMPA 3KVGA 3VF4A 3EY1A 4CJRA 1TUUA 3NF6A 1N36K 3HT3A 4K8XA 1KSPA 3T1YK 2QWPA 3QIOA 1Z25A 3A2FA 1Q9YA 4J2AA 4J2DA 4Z4CA 5J2QA 3RR8A 3S9HA 3LAKA 3RVCA 4Q5VA 5AJ3K 4RW7A 1YXQA 3PV8A 1T6DA 1N5YA 3F9MA 2XY5A 2HBLA 1VSDA 5BRDA 1S5JA 2YJFA 5E84A 5AQFA 3TABA 5CZ2A 3QLHA 2YHAA 4M3RA 4BRKA 4H5WA 3AVMA 4BR4A 5AQGA 1MWMA 3O5BA 1C6VA 3VQ6A 3OS1A 2VGMA 1M90O 2KZZA 1SZ2A 4FJ8A 4AM6A 3AO4A 5AQQA 3ZETA 3O9SA 4CE9A 3U3GA 3H08A 3RMCA 3PY8A 1WAFA 2Q97A 3OYEA 3DOKA 5ADXH 3NFAA 1TGOA 4FZYA 4BRGA 4BG8A 5H1SQ 5K14A 4FWRA 3CMEN 4CBWA 4BACA 5AQKA 2JLEA 4FYDA 2A5XA 3QO9A 4AILC 4IO8A 4YOXA 2E1ZA 4ZHRA 4DTXA 1E4FT 1RDWX 3SUQA 1E3MA 2ZD1A 4FLTA 1RTIA 4IWVA 3ENHA 4JKFA 5M1PA 3KIOA 3UIQA 5DMRA 4YY3K 3FZHA 2NNWA 3OBYA 2B5JA 4ID1A 1VSJA 4FJ9A 2IAJA 3NF7A 4BQLA 1NJZA 2HBJA 4M3WA 2B6AA 3VQQA 1P90A 1IBMK 5FDLA 3ASMA 1M1KO 4CJ3A 5M1QA 1RCHA 4KKOA 4JKCA 3HPOA 4LF6K 1YTUA 3M1FA 2UUAK 4C1NK 2P9NB 4JHDA 1QZ5A 2NRVA 2D1KA 4X64K 4CFBA 4CJSA 5AQTA 3HZ6A 1U6ZA 1JLBA 3OYHA 1ZBIA 3ZSRA 3SV4A 3MK6A 4A62A 1BI4B 1YTAA 3WEEA 3VGMA 4M45A 4JD2B 3G6EN 5AQJA 4AHVA 1BGXT 4CK1A 4Z4EA 5AQLA 3HM8A 4O4GA 3CPEA 3WQTA 2O4IA 3F73A 4N47A 4F2RA 3D6RA 3N4QA 2ATQA 5HRNA 3OYNA 4CHQA 4HCCA 5SZTA 4DG1A 1IKXA 3O1BA 1NKCA 3RRGA 4F9OA 1YVUA 2GX9A 3MXMA 3MMVA 2B4JA 2A1RA 5D3GA 4W5RA 3V1RA 4LY7A 1UAXA 1QQNA 3TAMA 4CGGA 4CJ5A 4AHRA 2V7YA 2O8EA 1QVFM 3I33A 3NVMA 2A3ZA 1U04A 1KXPA 1BQNA 1G99A 1FW6A 1RDAA 3A5OC 4DSKA 3MX2A 4CFCA 4ELUA 5JLFA 4JS5A 1RT4A 4BGBA 2FBYA 3ZSYA 4KB0A 1KFDA 1MWKA 3MN6A 4B9VA 2KQ2A 5GAHP 3LDPA 5C24A 4CF0A 4A2AA 3TARA 1S1WA 2P9KB 5AQWA 1EETA 2OPPA 2ZF5O 3AVGA 3WNEA 2CH5A 4B1UB 5BPMA 2WOMA 3EZWA 5BPNA 1S1VA 5EOYA 4C8KA 4GV9A 5M1KA 3TAFA 1UA1A 1FKOA 4MDBA 3IAYA 1Y64A 4GMJB 4WQ5C 3MWTA 4LH5A 3QERA 1YF5L 4H5VA 2D0BA 3TSPA 1GLCG 1EX4A 3CCEN 3D2FA 5FPEA 3HL8A 1VSIA 2ZE2A 1QZ6A 1QS4A 2HNZA 4BE0A 3A5MC 3SYZA 2IIRA 1KVAA 3HPGA 1ITGA 2KFNA 1GOCA 2IC3A 2F8SA 1XNQK 3SUOA 3J7ZO 4IO9L 2QKKA 1U47A 1BU6O 1BOTO 1C1AA 3CYMA 4AF1A 2VCPA 4LF9K 4DR4K 1T6CA 1RBSA 2X6NA 4PA1A 2PY5A 4FJIA 3QEVA 3HK2A 3OBWA 4H4MA 3ZEUB 4C8OA 4KI4A 3J7AP 1NGGA 3E9OA 4GY2B 3C6UA 3THWA 2YHWA 3UKUB 3ZX0A 1JLGA 4DUYK 5B8HA 3ZSXA 5I42A 2JWLA 4C8NA 3AVHA 3J80O 3CCMN 1IKWA 3PX0A 4IFVA 3ULEA 4B1XB 1HJRA 2VWJA 4JK8A 2R7YA 2QWRA 4PKHA 5KQ8A 1EO1A 1VSHA 5A2QO 4A5AA 2HNDA 3NF9A 4I2PA 5CE3A 1SL2A 3CM5A 3J7YP 1FKPA 1TK8A 3V4IA 1T05A 4AM7A 4YOYA 4LF7K 3AVKA 2P9IA 4RW6A 3MXIA 1YVNA 1JLEA 4Y1CA 4H03B 4FJXA 3LP2A 3C6TA 2VG6A 5BRFA 2A42A 3E66A 1BQMA 4OKJA 3ZEUA 2GEMA 2IGIA 3DLGA 1ATSA 4ICLA 3MCAB 2KLAA 4AHTA 4BRDA 4HTUA 2DY4A 2UUBK 3SPZA 4JI8K 2QWMA 4B8AB 3SI6A 1BHLA 2QTDA 1IO2A 1NGAA 1CXUA 4K25A 3O4NA 3S3MA 3NVKA 1KAZA 4JRPA 4E7JA 1GLDG 4CEDA 5LY3A 3MECA 2FBXA 4OKEA 1QHTA 3QFPA 4IOCL 1CZBA 3J8AA 3KLGA 3VN5A 4NCBA 1CLQA 2Q2RA 4DTOA 3G10A 3BUZB 1S1UA 2ETJA 3K5OA 4GVMA 1TUYA 3KHYA 1C0FA 4BG9A 3QEIA 3IG1A 3AVFA 3UKRB 1BIUA 4DF4A 1RBUA 1KAXA 3E01A 1NKEA 3KD1E 1SAZA 4RW8A 3OHRA 3M5RA 1SS6A 1V4SA 1JL2A 4NCAA 4DLEA 5ELZA 5J1EA 3AGKA 3P4IA 4BY9C 2UUCK 4XH4A 3WNGA 3WT0A 5J2MA 4B9SA 4KHPK 4ELVA 4B3TK 1MA9B 1X9MA 2AA4A 3SMSA 2I7NA 1LWEA 2F9TA 3RTVA 4DSIA 3ID8A 1RT3A 4UY8O 5CYMA 2YHXA 3T1AA 4LSNA 2F96A 4DR3K 4DU1A 3RMBA 3L2WA 1HLUA 2A41A 3R9PA 1O1WA 1RDUA 2D0CA 3AVAA 3FZKA 3PIOL 2BTFA 1NOYA 2HHQA 1I3AA 1XHXA 1YJ9N 2E6LA 4YOVA 2QKBA 1KLMA 4N5SA 3LZJA 3VPZA 3CJAA 4BRCA 3U4LA 3R6MA 1JCGA 5FPMA 3CMAN 2FSNA 1TVRA 1HKBA 4BWJA 3QEPA 3VQ5A 2FSJA 4HWIA 3QETA 3AVCA 4R79A 3GL1A 4JLHA 5BRHA 4CF9A 1SQKA 2OPRA 3U3YA 1XMQK 4J2EA 3TPQA 3ATVA 4CZJA 5GIOA 3THYB 4LFBK 4PHTX 4FXDA 2IVNA 4CJEA 3MCPA 3AAQA 3QB0A 1L3SA 1QE1A 4JKBA 3FZFA 4CJLA 4DR2K 1DGKN 4M3YA 4IBNA 4I9QA 1J53A 3DOLA 3RMDA 4FLWA 4PWDA 1Z05A 2AP1A 1HKCA 2E88A 2CH6A 1ZBFA 2OA8A 3ID6A 3HVRA 1VSKA 2YHBA 3ZYYX 4TSXA 3O9UA 3UB5A 4N41A 1NK7A 1KQSM 4QS8A 3AVLA 1ATRA 2Q0RA 5T7BA 3Q7BA 4RW9A 3EO3A 1JLAA 3V9UA 2YNGA 4Z4GA 3NGZA 3R8EA 5TKWA 1NJYA 4CBXA 4DSLA 5BPLA 1EP4A 3AO3A 1IJJA 3K2PA 5C15A 3DRPA 3SAFA 4OO1J 3ZT4A 3I0RA 4EP4A 4H5TA 3VEWA 4BR5A 3KZBA 3TTDA 4AQYK 3O1WA 1WSGA 1W97L 3HI0A 3VOVA 4BRFA 3FR0A 4B1YB 3K5MA 4CF8A 5F1XA 4CGIA 4ILHA 1IV0A 1REVA 4DV2K 1D5AA 1GLEG 4KAZA 1N8RO 5KPRA 1BL3A 3T7ZA 3CFRA 4CEFA 2GBZA 4MO5A 3AVIA 3O9TA 3DAWA 3I0SA 3HM9A 1XC9A 4PL7A 4FM2A 4ZTFA 2V52B 3KKRA 2YCHA 2WBNA 1J54A 4MO4A 2X6SA 5AZIA 3ENOA 5C25A 2NRWA 4CF1A 2WC9A 2KFZA 1NMDA 3WQUA 4WFNL 1NJIO 4FLXA 1Q8IA 3WXLA 3HSTB 1NMNA 4L8RB 2E6MA 3CCUN 2UXDK 1DT9A 5HBMA 3LP1A 3DYAA 4CZKA 4LFCK 4DR1K 1LOTB 4H0VB 3CJBA 1OKJA 4Y1DA 4DUZK 4ZTJA 3L3VA 3F2KA 3LANA 1TAUA 4MFBA 4EIAA 3I8BA 5AR0A 3TU5A 2ASMA 3MAQA 3L8BA 1KVCA 3HBTA 3C0BA 3K5LA 2F4VK 1Q9XA 1J6ZA 4DSEA 4U7BA 4M7XA 1MU2A 3NF8A 5AZJA 5J2PA 1ZBUA 4H5RA 1VQNN 1VRUA 2O8CA 2IS3A 1NGCA 3U8XA 4DTSA 1NLVA 1Z26A 4LF5K 4CEAA 4L3QA 2Q3SA 3LDLA 1XUPO 1XNRK 1NU0A 3QMLA 4QS7A 4U67L 3ZT1A 3H46O 2OTJN 1C1CA 1VQ5N 4I9LA 5EU7A 2P9PA 3OYAA 3CJCA 3CCJN 2VGNA 2G8FA 3SAHA 4DQSA 4F2SA 3VA0A 3G0ZA 2V7ZA 4FOIA 5C2FA 4WQ5A 3ZSQA 4OX9K 3QEXA 4JI0K 5LL6Z 1YJWN 3AV9A 2EX3A 3QFUA 4CHYA 2D0AA 3CI5A 3S41A 1CXQA 2NRTA 5TKYA 1A5XA 3OYBA 3IDHA 2HF4A 5KPZA 4CIGA 3CM6A 4CZFA 5AQMA 3HSCA 2HW3A 4GW6A 1GLAG 1P8ZA 1YI2N 4Z0UA 4C8LA 1OH5A 1I39A 1HYSA 4JHDB 2GUPA 5FPDA 2XY7A 4ISEA 4CEEA 2D0OA 3G25A 3QIPA 4CECA 4MLEA 1YHQN 3U9ZA 1LV5A 4IDHA 2RPIA 4BVPA 3WEEB 5KGWA 5BN8A 3VA3A 4DFKA 1ZC6A 4CJPA 3R3LA 3LAMA 3M6GA 5BN9A 4B1ZA 4E0DA 4DWIA 5AQNA 3WXJA 5SWMA 5IT9O 2FF3B 2BGGA 2ZGYA 2ZQBA 4KV8A 1B9DA 1TKZA 3NH0A 3P38A 3PSFA 2P9UA 3DRSA 4DTNA 3GG4A 4HCBA 2ASOA 4DFJA 2E5LK 4O8KA 1D8YA 1XMOK 2IOCA 4NLBA 1HYVA 3BGRA 4E7IA 3RWUA 2E2QA 4H4OA 2O8EB 4W5NA 4JYAK 3SAGA 4BWMA 3W0LA 4JS4A 3V9ZA 4H0XB 2E2NA 4IXCA 4JI2K 2HBMA 4ILGB 3L0QA 4OPHA 5I9EB 3ULDA 3ATUA 4CEBA 2ZM6K 1LAWA 1U49A 1TKTA 4KB1A 4CJ4A 1RGIA 2D0PA 3VF2A 3B8AX 4FCYA 3NAEA 1NJXA 4KFBA 1KFSA 3K58A 2O8FB 4FK2A 1RTHA 3T19A 1NG9A 3VQBA 2BDPA 3HO1A 1JLFA 2P9LA 5EY4A 5GADP 2A6AA 2X78A 1T03A 2EHGA 4M63C 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2FSK A;  3TR8 A;  2IVO A;  2P9S A;  1VQO N;  3NE6 A;  3FGU A;  3LPU A;  4B1W B;  1NWK A;  4UQG A;  1B92 A;  4BE1 A;  2VYP A;  4CZH A;  5FRO A;  3AA2 A;  2ZJP L;  4PKG A;  4O0J A;  3MX5 A;  3V9S A;  4IFY A;  1XI1 A;  4HTL A;  1N6Q A;  3H45 C;  4J8F A;  3OTO K;  1NGJ A;  1J5O A;  5FLX O;  4CHZ A;  1RDB A;  3LDS A;  1IG8 A;  4FJJ A;  1WAJ A;  1NKB A;  3UKR A;  3GBT A;  4O8U A;  5AQY A;  2LSN A;  1TV6 A;  2CGJ A;  4FK0 A;  2DTU A;  5J2N A;  4DFP A;  4PL8 A;  3TSU A;  4NLC A;  3SBT A;  2X74 A;  5DK5 A;  4RG8 A;  1VQ6 N;  4CZM A;  1BA0 A;  4FPA A;  4C1N I;  4JKH A;  5E41 A;  2GUI A;  3V6D A;  4FWK A;  2RN2 A;  2RHK A;  1BIZ A;  3SLC A;  4DQP A;  4XEI A;  4KHW A;  4ILJ A;  4I2Q A;  2IDO A;  3CJ9 A;  3CCS N;  2E4L A;  1FXX A;  3LPT A;  4IEE A;  3V1O A;  2UXB K;  5MLC Q;  4RWT A;  2A1S A;  1N34 K;  4Z4F A;  2KTQ A;  5JS1 A;  3CF5 L;  1NOZ A;  3IFR A;  5CY4 A;  2W41 A;  3MEE A;  1WSI A;  3EN9 A;  4IKF A;  3PSI A;  2UXC K;  3CIP A;  3VTI A;  2BE2 A;  4I7F A;  5DM7 L;  3LM9 A;  1EQY A;  2YHY A;  3VQ9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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