3OW2M

Crystal structure of enhanced macrolide bound to 50s ribosomal subunit
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 23S RIBOSOMAL RNA
molecule tags Ribosome
total genus 49
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-09-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
M PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ow2M00
3CCLN 3G71N 4IO9L 3CCJN 1W2BM 2ZJPL 1YJNN 1M90O 1KD1O 4WFBL 3J7ZO 3CCSN 1QVFM 3CMAN 5GAHP 5DM7L 3CMEN 3CD6N 1YJWN 3CCEN 1VQ5N 1YHQN 3CPWM 4WFAL 1K8AO 3CC4N 1KC8O 1KQSM 3CCRN 1VQ9N 3PIOL 5JVHL 1VQPN 5GADP 3CCUN 1K9MO 5GAGP 1Q82O 1VQMN 3G6EN 5HL7L 5GAEP 3CCMN 2ZJQL 2QA4N 1VQKN 3G4SN 3I56N 3CCQN 1VQ4N 1YITN 5DM6L 4UY8O 1Q81O 1N8RO 2ZJRL 5MLCQ 3CXCM 1VQLN 1JJ2M 1VQ8N 3CCVN 3OW2M 4U67L 3CF5L 1YIJN 2QEXN 3I55N 1YJ9N 1VQNN 4WF9L 1M1KO 1VQ7N 3CC2N 4IOAL 1ILYA 1QVGM 1OVYA 1NJIO 2OTLN 1K73O 1Q86O 1YI2N 4WFNL 1VQON 1S72N 4WCEL 5H1SQ 1Q7YO 3CC7N 5JVGL 1VQ6N 3DLLL 2OTJN 3PIPL 4IOCL
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3GOIA 4CEAA 1IKVA 2NRRA 1LOTB 3R9PA 2ZJPL 3B6PA 3D2EA 4EHUA 1BGXT 3CMAN 3VERA 2E2QA 1O1WA 4B9QA 4CD3A 4DV0K 3ULEB 3F9KA 1TKXA 2CGKA 3CJBA 3NGZA 3L8BA 3MEGA 4J2EA 2FBVA 4A62A 3A8YA 1UOCA 3KLGA 2P9PA 2ATQA 4YHHK 4B3SK 4G9ZA 3J81O 3WNFA 3QETA 3AO5A 4KH4A 5JICA 4JI7K 2HBJA 4FJNA 2RN2A 5BREA 1ASVA 5HL7L 1ZXOA 1JLFA 2ITMA 1UA1A 3SUOA 5AFUA 1VQKN 4DTXA 1FKPA 5CZ2A 4UY8O 2UUBK 4KTWA 4FJHA 4K43A 2HNZA 5FRMA 1VQ8N 4F9OA 3NF7A 4OJRA 3WEEB 4Z4EA 3CF5L 4U7BA 1G15A 2QWNA 3DXKA 1QZ5A 1YJ9N 4B9VA 4NCAA 4NB4A 3ZEUA 3ZSZA 3WXLA 4FK4A 3J80O 2KFZA 4DTNA 3CFRA 4IG0A 4CJPA 1KFSA 2YHWA 3V9UA 1WSFA 4Q0BA 4DF8A 3NF8A 1YI2N 4H0OA 3AARA 4KREA 4CJTA 3FE1A 4QAGA 1I39A 1J9AA 3CC7N 5AQQA 3Q7CA 1W9HA 2A41A 2F8SA 2Z1JA 3VQEA 2UUCK 4N47A 4M3YA 1XHXA 4NYNA 3F2KA 3HSCA 3CCLN 4JRQA 4M3TA 2E6LA 3AVBA 4W5NA 4WFBL 1T05A 3O8MA 2YNGA 4BRIA 4BRMA 3W3DA 4DFKA 1NK8A 3LL3A 4M41A 3S3NA 4A61A 3BP8A 4FLZA 1VSJA 4JV5K 2RPIA 3OJSA 1KXPA 1S1XA 4JK9A 3SAHA 4E7JA 1BI4A 1EWQA 2V7ZA 1JL1A 2FF3B 3H3NO 4XH1A 4JK8A 3KLFA 3AO3A 3SQ4A 1SAZA 4DHYA 4B3MK 1CZAN 1C6VA 4DMNA 2JWKA 3AVMA 4H5RA 4EIAA 2P9KA 4BRQA 1HNZK 1Z26A 5AZIB 3SBTA 4OKJA 4M45A 4JLHA 4DTRA 1VSKA 1HPMA 4MLEA 1WUAA 3L4QA 4Y1CA 4H4MA 3KZBA 4B9UA 4J8FA 5KRTA 3AVHA 4WQ5C 4OX9K 1V4SA 3TANA 2E4LA 3DRRA 1SKSA 1BIUA 1HPZA 3VEVA 3JYTA 1Q18A 2FSJA 4AHSA 3SPZA 3AVIA 3SV3A 1NK4A 2QM1A 4BROA 4JI0K 1LCUA 2HHWA 4BC3A 2IDOA 1K6YA 3JAMO 1XHZA 1M1KO 4R79A 3E9PA 1W0HA 3AA4A 5AQXA 3CC2N 1YTAA 4BRCA 1QSYA 1KVAA 3LDQA 1L3SA 3MEEA 1TKZA 3CJ9A 1XI1A 4JEPA 1VSMA 3QEPA 5AQZA 2A40A 4BRAA 3LP0A 1QS4A 5JMVA 1TL1A 3DRSA 1S72N 1TYQB 3VESA 2QK9A 3GDQA 1NG9A 2IGIA 2ASMA 3O3GA 5AQPA 1SV5A 3TSPA 1TL3A 2HBLA 3KKSA 4RW7A 4CIEA 5FRNA 4PQUA 1HRHA 3THYA 4BR7A 1JCGA 3SAGA 3CCJN 4RW8A 5TKYA 4DQSA 3LM2A 5CR4A 4RTFD 1S3XA 5FPNA 3AV9A 4FJGA 1JLQA 1JLCA 4KI4A 4BACA 1HNXK 1LAVA 1KVBA 4UQGA 3IDHA 2FC0A 4LF9K 1FXXA 4FM2A 2YHBA 4B1VA 3B8AX 4CZJA 3CPWM 3NH2A 2WFBA 5E84A 3VQAA 4IZ9A 1KQSM 1IG8A 3CJ1A 3OBWA 4CJWA 3O9SA 2D0CA 3L2QA 4FLVA 2FLOA 4DSKA 3C6AA 2G8UA 1BWFO 3SMSA 4BQLA 2HB5A 4LY7A 1J53A 3K9JA 3UB5A 4E1MA 3AVLA 2E88A 2W6LA 1ASWA 3CM5A 4QOZB 3ZLJA 3HOSA 4A5AA 5GAEP 2HW3A 4HWIA 2QA4N 5KPRA 3G4SN 4CEEA 5ADXA 3HVTA 4RW6A 4Z4CA 4AHUA 2P51A 5CYQA 4M3RA 2ZJRL 4JI5K 3LM9A 1W97L 5F2RA 2GV9A 4FWSA 4EP5A 3PO4A 3HPOA 4GW6A 4FOEA 3IRXA 4BG9A 5AQWA 3SI6A 3ISNC 5C2DA 2XY8A 1QHAA 3FGUA 3H1QA 4BDYA 4F8RA 1RTDA 4CJRA 1FJGK 3SV4A 4RW4A 2QXFA 4K41A 3RSEA 2YX6A 4WFNL 4KAZA 1EX4A 5LMUK 4CFAA 3RVCA 2FSKA 1RDCA 3EE9A 5J2NA 1RBUA 4KTZA 3NBPA 3BUZB 4LFAK 1Y64A 2NZTA 3K5MA 3U3YA 1SS6A 2B5JA 1HYZA 3AO4A 5LL6Z 4ICLA 3M6GA 4LF8K 3SUPA 3LZJA 1UAXA 3E9OA 5KQ8A 3QNOA 1NGAA 4DV3K 2CH5A 5AFUH 3WNGA 4AQYK 4IXCA 2D5RA 2W41A 5IWAK 4FJ9A 2QWRA 3O3FA 3V9ZA 1RDDA 4E19A 4WFAL 4B3RK 1ATNA 3QO9A 3LZIA 4B9SA 4TSXA 2NUBA 3SLCA 2E5LK 1TAQA 4CJ5A 3DLKA 5FROA 3AA5X 5HP1A 3MN9A 4GVMA 4CGHA 3IMXA 4OKEA 5KPZA 5B8HA 2HF4A 3UKUB 4DQQA 2D1KA 2YJFA 3V1OA 4BE2A 2YJEA 1NLVA 3BZCA 3K58A 2ZGZA 3TAMA 1A5XA 4NLCA 2DY4A 2OZMA 1XMOK 1JLAA 4KFBA 4M3XA 2A42A 4BREA 4DTMA 3DXMA 4F3TA 1C0FA 3HRGA 4CF9A 1VSHA 3RMCA 1HR0K 4FPAA 4DV5K 1OH7A 1C0UA 1DT9A 1TK8A 1Z25A 3O9QA 2QXLA 4FLUA 3OS0A 1KFDA 1WSGA 3D45A 3CXCM 2ASPA 4X66K 3TTDA 3QLHA 2UUAK 3ZETA 4WQ5A 4V19S 4MDBA 4BWJA 4DR2K 4C8NA 1CLQA 1JLBA 2J4RA 4Y0WA 3KD5E 1GOAA 4E3SA 3QEWA 5FPEA 3PY8A 5K14A 3S3OA 4EZ9A 1I3AA 2HSTA 1REVA 3QBXA 2F9WA 1MWKA 2GUPA 4LD0A 3IFRA 4DR5K 4NYFA 2IOCA 5E41A 2X78A 4C23A 2VG7A 2P9IA 3PO5A 2WTUA 4C1NI 3WNEA 2ITGA 3T7ZA 4FWKA 2D4WA 4RG8A 4IOCL 3THXB 2PZSA 3WXIA 2WONA 3VQPA 1ZBIA 3T19A 4CF8A 5HLFA 4IDHA 1RGIA 1HKCA 2HNYA 4FW2A 3P38A 5CZ1A 4Z4IA 5AQRA 1GLDG 1QVFM 3ENOA 5GIOA 3AGKA 3FZLA 4CF0A 5M1KA 1JCFA 3TSUA 4O8KA 4DUYK 4FK0A 4CJFA 4I2PA 1YJWN 1BOTO 4RCHA 1YF5L 4DV4K 1S1VA 5AQVA 3OHRA 4GKKK 3H6EA 4DQPA 4MLHA 4O44A 4ZTJA 3G10A 3KWIA 1RT1A 3VEXA 4ILJA 1A5WA 2F96A 3O1WA 4EHTA 3O9UA 3CPEA 3AGRA 4OLAA 3TSQA 3TTCA 1S1UA 4OVLA 2UXBK 4CZMA 5M1QA 3VF6A 3WXKA 3BGRA 3EO3A 5GAGP 2KKZA 3WNHA 1IG9A 1BUPA 4KHSA 2BH1A 1VQMN 2Q36A 2D0PA 3ATVA 3G6EN 1ASUA 1X3MA 4PA1A 1QTMA 4ELVA 3O1BA 3O9RA 2ZJQL 1TVRA 3VEZA 4G1QA 4IEIA 1MWMA 4OPKA 4B3TK 4BVOA 2EWSA 1N8RO 2BGGA 3S9HA 2I5JA 2O8CB 2W6KA 4DV6K 2Q0RA 4YORA 4CFDA 2XY6A 4XH4A 4U67L 1WSIA 3WEEA 3OYBA 1RDBA 2QEXN 5JS1A 3FR0A 1S6QA 1ILYA 1K8KA 4MO5A 3HSTB 3NGYA 3DXMB 3CETA 4CW7B 1WSJA 1NOYA 4PL8A 2P5OA 1Q86O 3AA3A 4DU1A 3WXJA 1KRPA 4OPHA 4BGAA 1SQKA 3HI0A 4JKFA 3EZ5A 1KSPA 1HJOA 3QEXA 4CHYA 3DLLL 4CERA 4JKBA 3TAGA 4CHOA 3HVRA 4DLEA 2HF3A 1OH5A 1TKTA 1W2BM 1U47A 4OGEA 4NXMK 3VPZA 4E0DA 3ENHA 4GKJK 1NGFA 2VQEK 1T44A 5DM7L 4YOTA 1RT4A 3VQ6A 2DPNA 3LDPA 5I42A 5ADXH 2P9IB 4CZHA 1CXUA 3MN5A 4LH4A 3S3MA 3L2WA 4JKAA 3ASMA 1BHLA 1RNHA 3K2PA 3TPQA 4CZLA 2NNWA 3NHGA 4CJ4A 1W7AA 3C65A 4CF1A 4Z0UA 5AZIA 4OKKA 3UKRB 3CCUN 4CFBA 3KK3A 1MDUB 3KD1E 1BDGA 2OPQA 4ZHRA 4JYAK 4DTPA 3OYCA 2E2OA 3MK6A 2OANA 3QIPA 4IEEA 1KAXA 1NM1A 4FPBA 4QS8A 5BR9A 1ZBHA 4DKWA 3LWLA 4EZ6A 1OH6A 3VF2A 4IO8A 4Z4HA 1RBTA 3PUFA 3DLHA 3RR8A 2AJQA 4ISEA 1HKBA 2D0AA 1NGHA 2JGUA 1NJYA 4KHUA 3FFKB 2NRHA 4FCYA 3ZSOA 2E2PA 1IBKK 3TR8A 2F4VK 3HYFA 4HCBA 1NWKA 2V51B 4JKCA 2A1RA 1LWCA 1R59O 4IOAL 3MCPA 1QVGM 5M1OA 4H5VA 1QHTA 4IWVA 3VGLA 4HUFA 4CZIA 4QS7A 3LP2A 1CZBA 1L3VA 4LC9B 2IS3A 4CGGA 1TK0A 1TYQA 2VG6A 3VENA 1WOQA 2G8IA 3VQ7A 3OYGA 1YAGA 2Z1HA 1VQ6N 4CJSA 3K0SA 1D9FA 2OA8A 5FDLA 1K8KB 5HRNA 3AVCA 1YJNN 1SKRA 1M90O 1IBLK 1B9DA 2HHHK 3RRHA 1TUYA 1RDUA 5DMRA 3R8EA 3PX0A 3FLCO 3CM6A 1U6ZA 1NNEA 1MU2A 3N4QA 5BPLA 4CBXA 3W0LA 4DQIA 2PYJA 2QWOA 4H5TA 4C8OA 4HHTA 1WBBA 4JKGA 3OYLA 2G8VA 1KC8O 2VWJA 3CJ7A 1NKCA 4E7LA 3CQXA 2VGNA 4HUEA 3E01A 3PIOL 4B1XB 3NVMA 2O4IA 3GBTA 4IBNA 5GADP 3BF1A 3HM9A 3OYJA 2CGJA 5C25A 1XWLA 5KI6A 4AM6A 1S9EA 3EYZA 4JHDB 3LWMA 1ATRA 4DS5A 1RT3A 1RT7A 2UYTA 4YNQA 1JLGA 4H5NA 2O8BB 1ZC6A 1BL3A 1S22A 4IFEA 4H0TB 1VSFA 2JLEA 3TAQA 1BQMA 3RR7A 2BUPA 1VQ4N 2W40A 1GOCA 1I94K 2HHTA 4B9LA 2YKMA 4DR3K 4Z4FA 3WUHA 4O5FA 4KH5A 1S5JA 1LWEA 4FJ7A 4CEQA 3H46O 4Y1DA 3DJCA 1FK9A 4CBUA 4W5QA 1VQ7N 3VQ9A 2IVNA 2KZMA 3AA2A 4JNEA 3QDKA 3DAWA 4WE1A 3D2FA 1U04A 4GV9A 4H5WA 4CK2A 1VQON 5AQUA 2NRTA 2E6MA 2PBDA 4FZYA 1BQNA 3DM2A 2GUIA 3HXMA 4KRFA 1Y97A 4OPAA 3DWLA 3G71N 4BR0A 4C8KA 4E1JA 2D0OA 1X9WA 3DLGA 5BRHA 4BY9C 1V4TA 3LP3A 4F2SA 3CD6N 3SQ2A 4BC4A 2KLAA 4RWTA 1GLAG 1UA0A 2YCHA 1IKXA 2YNIA 5EOYA 3VQDA 1HKGA 1NGJA 2HBKA 4CGDA 4ID5A 1JXBA 4KHQA 1E3MA 3L2RA 2WOMA 1B92A 3PSIA 4RW9A 1NU0A 3DI6A 2QWPA 4PL7A 3T1HK 3L4IA 3I0RA 5C10A 4CCHA 2VG5A 3QBWA 1RBSA 4CEZA 3UKUA 2F7TA 1NK7A 4KBOA 3TU5A 3CHWA 4DTJA 3QNNA 3AAPA 3EL2A 1L3UA 2P5GA 4M3ZA 3M3ZA 3LANA 4O5BA 2YHYA 3QB0A 1VK0A 4AHTA 4OO1J 4IFYA 1A5VA 1MA9B 3L3UA 1BA0A 2YNFA 4JKGB 3UIQA 3TAEA 4E89A 3CG7A 1GLFO 1HUXA 2EX3A 3R6MA 2O8DA 3OYNA 1BIZA 2A5XA 3V4IA 5C15A 4A2BA 4CHPA 5SWMA 1NK9A 1ZBSA 3RTVA 3AVAA 3PLAA 1JCEA 2XRIA 4CZKA 3PV8A 3BZKA 1ZBFA 2QWMA 4FW1A 1RT6A 3NF6A 3SNNA 2B6AA 4XIUA 3E1YA 2VQFK 3SCXA 1GLJO 2P1JA 4I2QA 4C8LA 3QMLA 4B1WB 3VQCA 3KLHA 4FJXA 3CYMA 4L8RB 3L6QA 3SYZA 5JLFA 2DFEA 2ZE2A 5EVZA 4B8AB 3ZSWA 4BDPA 5HROA 4BR2A 4M42A 3WQTA 3ZT2A 2BANA 3SAFA 3THXA 1J54A 1B9FA 3OS2A 3OVNA 4BRPA 4AILC 2HHVA 4M7XA 1RBRA 1IBMK 3KWGA 4DB3A 3IKMA 5AQLA 2RF2A 3D2FB 3ZX2A 4J2AA 3ZSRA 4IDKA 1NOZA 5AQYA 3T69A 1LWFA 4DFPA 3CCEN 2HHSA 3P1GA 2YKNA 1D4XA 5BRFA 1YHQN 1WNSA 4LF4K 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3CCL N;  3G71 N;  4IO9 L;  3CCJ N;  1W2B M;  2ZJP L;  1YJN N;  1M90 O;  1KD1 O;  4WFB L;  3J7Z O;  3CCS N;  1QVF M;  3CMA N;  5GAH P;  5DM7 L;  3CME N;  3CD6 N;  1YJW N;  3CCE N;  1VQ5 N;  1YHQ N;  3CPW M;  4WFA L;  1K8A O;  3CC4 N;  1KC8 O;  1KQS M;  3CCR N;  1VQ9 N;  3PIO L;  5JVH L;  1VQP N;  5GAD P;  3CCU N;  1K9M O;  5GAG P;  1Q82 O;  1VQM N;  3G6E N;  5HL7 L;  5GAE P;  3CCM N;  2ZJQ L;  2QA4 N;  1VQK N;  3G4S N;  3I56 N;  3CCQ N;  1VQ4 N;  1YIT N;  5DM6 L;  4UY8 O;  1Q81 O;  1N8R O;  2ZJR L;  5MLC Q;  3CXC M;  1VQL N;  1JJ2 M;  1VQ8 N;  3CCV N;  3OW2 M;  4U67 L;  3CF5 L;  1YIJ N;  2QEX N;  3I55 N;  1YJ9 N;  1VQN N;  4WF9 L;  1M1K O;  1VQ7 N;  3CC2 N;  4IOA L;  1ILY A;  1QVG M;  1OVY A;  1NJI O;  2OTL N;  1K73 O;  1Q86 O;  1YI2 N;  4WFN L;  1VQO N;  1S72 N;  4WCE L;  5H1S Q;  1Q7Y O;  3CC7 N;  5JVG L;  1VQ6 N;  3DLL L;  2OTJ N;  3PIP L;  4IOC L; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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