3OW2N

Crystal structure of enhanced macrolide bound to 50s ribosomal subunit
Total Genus 34
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
34
sequence length
115
structure length
115
Chain Sequence
SKTNPRLSSLIADLKSAARSSGGAVWGDVAERLEKPRRTHAEVNLGRIERYAQEDETVVVPGKVLGSGVLQKDVTVAAVDFSGTAETKIDQVGEAVSLEQAIENNPEGSHVRVIR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S RIBOSOMAL RNA
total genus 34
structure length 115
sequence length 115
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-09-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF00828 Ribosomal_L27A Ribosomal proteins 50S-L15, 50S-L18e, 60S-L27A
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.100.10.10 Alpha Beta Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 3ow2N00
3CCLL 1VQLL 3CMEO 1YJNL 3CCRL 1VQOO 1Q7YP 3CCVL 1VQ8L 2OTJO 3I55O 1KC8P 1M1KP 1N8RM 1VQ5O 1Q82P 1YITO 3CCMO 3CPWN 1QVGN 3CCEL 1VQNL 3G6EL 1YJ9O 1K8AP 1KC8M 3G71L 2QEXO 3CCUL 2QA4L 1KQSK 1VQML 1VQ7L 3CCJO 1Q81M 1N8RP 3CMEL 1NJIM 1VQOL 3CCQO 1VQ9O 2OTJL 3I55L 3CMAL 3CXCN 3OW2N 1W2BN 1S72L 1VQ5L 1YITL 3CC7O 1VQ4O 1VQKO 3CCML 1YHQO 1QVFN 1Q81P 3CC2L 2OTLO 1NJIP 3CCSO 3CD6O 1JJ2K 3CCLO 1VQLO 3I56L 1YJNO 1YJWO 1YIJO 1VQ8O 3CC4O 1Q86M 1M90P 1YI2O 3G4SO 3CCEO 1VQNO 1VQPO 1KQSN 1VQ6O 1YHQL 3G71O 3CCUO 2QA4O 1YJ9L 1M90M 1KD1P 2QEXL 3CCSL 1VQ7O 1Q86P 3CPWK 3CD6L 1QVGK 1QVFK 3CCJL 3CCRO 1KD1M 1YJWL 1YIJL 3CC4L 3CCVO 3CCQL 3CMAO 1K73M 1VQ9L 1K9MM 1S72O 1YI2L 3G4SL 1Q7YM 1VQPL 1VQ4L 3CC7L 1VQKL 1JJ2N 1VQ6L 3CC2O 1M1KM 3G6EO 2OTLL 3CXCK 3OW2K 1W2BK 1Q82M 1VQMO 1K73P 1K8AM 3I56O 1K9MP
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CCLL 1VQLL 3CMEO 4WJ0A 3CCRL 1YJNL 1VQOO 1Q7YP 5DQTA 3CCVL 1VQ8L 2OTJO 3I55O 1KC8P 1M1KP 1N8RM 5DS5A 1VQ5O 1YITO 1Q82P 3CCMO 3CPWN 1QVGN 3CCEL 1VQNL 3G6EL 1YJ9O 1K8AP 1KC8M 3G71L 2QEXO 3CCUL 2QA4L 1KQSK 1VQML 1VQ7L 3CCJO 2YZSA 1Q81M 5DS6A 1N8RP 3CMEL 1NJIM 1VQOL 3CCQO 3GODA 1VQ9O 2OTJL 3I55L 3CMAL 3CXCN 3OW2N 1W2BN 1S72L 1VQ5L 1YITL 3CC7O 1VQ4O 1VQKO 3CCML 4QDLA 4N06A 1YHQO 1QVFN 1Q81P 3CC2L 2OTLO 5FCLA 1NJIP 3CCSO 3CD6O 1JJ2K 4P6IC 1VQLO 3CCLO 3I56L 1YJNO 1YJWO 1YIJO 1VQ8O 3CC4O 1Q86M 1M90P 1YI2O 4W8KA 3G4SO 3CCEO 1VQNO 1VQPO 1KQSN 1VQ6O 1YHQL 3G71O 3CCUO 2QA4O 1YJ9L 1M90M 1KD1P 2QEXL 4XTKA 3CCSL 1VQ7O 1Q86P 3CPWK 3CD6L 1QVGK 1QVFK 5DQZA 3CCJL 3CCRO 1KD1M 1YJWL 1YIJL 3CC4L 3CCVO 3CCQL 3CMAO 1K73M 1VQ9L 1K9MM 5DS4A 1S72O 1YI2L 3G4SL 1Q7YM 5DLJA 1VQPL 3CC7L 1VQ4L 1VQKL 1JJ2N 1VQ6L 3CC2O 1M1KM 3G6EO 2OTLL 3CXCK 3OW2K 1W2BK 1Q82M 3NKDA 1VQMO 1K73P 1K8AM 3I56O 1K9MP
chains in the Genus database with same CATH topology
3CCLL 1VQLL 3CMEO 4WJ0A 3CCRL 1YJNL 1VQOO 1Q7YP 5DQTA 3CCVL 1VQ8L 2OTJO 3I55O 1KC8P 1M1KP 1N8RM 5DS5A 1VQ5O 1YITO 1Q82P 3CCMO 3CPWN 1QVGN 3CCEL 1VQNL 3G6EL 1YJ9O 1K8AP 1KC8M 3G71L 2QEXO 3CCUL 2QA4L 1KQSK 1VQML 1VQ7L 3CCJO 2YZSA 1Q81M 5DS6A 1N8RP 3CMEL 1NJIM 1VQOL 3CCQO 3GODA 1VQ9O 2OTJL 3I55L 3CMAL 3CXCN 3OW2N 1W2BN 1S72L 1VQ5L 1YITL 3CC7O 1VQ4O 1VQKO 3CCML 4QDLA 4N06A 1YHQO 1QVFN 1Q81P 3CC2L 2OTLO 5FCLA 1NJIP 3CCSO 3CD6O 1JJ2K 4P6IC 1VQLO 3CCLO 3I56L 1YJNO 1YJWO 1YIJO 1VQ8O 3CC4O 1Q86M 1M90P 1YI2O 4W8KA 3G4SO 3CCEO 1VQNO 1VQPO 1KQSN 1VQ6O 1YHQL 3G71O 3CCUO 2QA4O 1YJ9L 1M90M 1KD1P 2QEXL 4XTKA 3CCSL 1VQ7O 1Q86P 3CPWK 3CD6L 1QVGK 1QVFK 5DQZA 3CCJL 3CCRO 1KD1M 1YJWL 1YIJL 3CC4L 3CCVO 3CCQL 3CMAO 1K73M 1VQ9L 1K9MM 5DS4A 1S72O 1YI2L 3G4SL 1Q7YM 5DLJA 1VQPL 3CC7L 1VQ4L 1VQKL 1JJ2N 1VQ6L 3CC2O 1M1KM 3G6EO 2OTLL 3CXCK 3OW2K 1W2BK 1Q82M 3NKDA 1VQMO 1K73P 1K8AM 3I56O 1K9MP
chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3CCL L;  1VQL L;  3CME O;  1YJN L;  3CCR L;  1VQO O;  1Q7Y P;  3CCV L;  1VQ8 L;  2OTJ O;  3I55 O;  1KC8 P;  1M1K P;  1N8R M;  1VQ5 O;  1Q82 P;  1YIT O;  3CCM O;  3CPW N;  1QVG N;  3CCE L;  1VQN L;  3G6E L;  1YJ9 O;  1K8A P;  1KC8 M;  3G71 L;  2QEX O;  3CCU L;  2QA4 L;  1KQS K;  1VQM L;  1VQ7 L;  3CCJ O;  1Q81 M;  1N8R P;  3CME L;  1NJI M;  1VQO L;  3CCQ O;  1VQ9 O;  2OTJ L;  3I55 L;  3CMA L;  3CXC N;  3OW2 N;  1W2B N;  1S72 L;  1VQ5 L;  1YIT L;  3CC7 O;  1VQ4 O;  1VQK O;  3CCM L;  1YHQ O;  1QVF N;  1Q81 P;  3CC2 L;  2OTL O;  1NJI P;  3CCS O;  3CD6 O;  1JJ2 K;  3CCL O;  1VQL O;  3I56 L;  1YJN O;  1YJW O;  1YIJ O;  1VQ8 O;  3CC4 O;  1Q86 M;  1M90 P;  1YI2 O;  3G4S O;  3CCE O;  1VQN O;  1VQP O;  1KQS N;  1VQ6 O;  1YHQ L;  3G71 O;  3CCU O;  2QA4 O;  1YJ9 L;  1M90 M;  1KD1 P;  2QEX L;  3CCS L;  1VQ7 O;  1Q86 P;  3CPW K;  3CD6 L;  1QVG K;  1QVF K;  3CCJ L;  3CCR O;  1KD1 M;  1YJW L;  1YIJ L;  3CC4 L;  3CCV O;  3CCQ L;  3CMA O;  1K73 M;  1VQ9 L;  1K9M M;  1S72 O;  1YI2 L;  3G4S L;  1Q7Y M;  1VQP L;  1VQ4 L;  3CC7 L;  1VQK L;  1JJ2 N;  1VQ6 L;  3CC2 O;  1M1K M;  3G6E O;  2OTL L;  3CXC K;  3OW2 K;  1W2B K;  1Q82 M;  1VQM O;  1K73 P;  1K8A M;  3I56 O;  1K9M P; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3CCL L;  1VQL L;  3CME O;  4WJ0 A;  3CCR L;  1YJN L;  1VQO O;  1Q7Y P;  5DQT A;  3CCV L;  1VQ8 L;  2OTJ O;  3I55 O;  1KC8 P;  1M1K P;  1N8R M;  5DS5 A;  1VQ5 O;  1YIT O;  1Q82 P;  3CCM O;  3CPW N;  1QVG N;  3CCE L;  1VQN L;  3G6E L;  1YJ9 O;  1K8A P;  1KC8 M;  3G71 L;  2QEX O;  3CCU L;  2QA4 L;  1KQS K;  1VQM L;  1VQ7 L;  3CCJ O;  2YZS A;  1Q81 M;  5DS6 A;  1N8R P;  3CME L;  1NJI M;  1VQO L;  3CCQ O;  3GOD A;  1VQ9 O;  2OTJ L;  3I55 L;  3CMA L;  3CXC N;  3OW2 N;  1W2B N;  1S72 L;  1VQ5 L;  1YIT L;  3CC7 O;  1VQ4 O;  1VQK O;  3CCM L;  4QDL A;  4N06 A;  1YHQ O;  1QVF N;  1Q81 P;  3CC2 L;  2OTL O;  5FCL A;  1NJI P;  3CCS O;  3CD6 O;  1JJ2 K;  4P6I C;  1VQL O;  3CCL O;  3I56 L;  1YJN O;  1YJW O;  1YIJ O;  1VQ8 O;  3CC4 O;  1Q86 M;  1M90 P;  1YI2 O;  4W8K A;  3G4S O;  3CCE O;  1VQN O;  1VQP O;  1KQS N;  1VQ6 O;  1YHQ L;  3G71 O;  3CCU O;  2QA4 O;  1YJ9 L;  1M90 M;  1KD1 P;  2QEX L;  4XTK A;  3CCS L;  1VQ7 O;  1Q86 P;  3CPW K;  3CD6 L;  1QVG K;  1QVF K;  5DQZ A;  3CCJ L;  3CCR O;  1KD1 M;  1YJW L;  1YIJ L;  3CC4 L;  3CCV O;  3CCQ L;  3CMA O;  1K73 M;  1VQ9 L;  1K9M M;  5DS4 A;  1S72 O;  1YI2 L;  3G4S L;  1Q7Y M;  5DLJ A;  1VQP L;  3CC7 L;  1VQ4 L;  1VQK L;  1JJ2 N;  1VQ6 L;  3CC2 O;  1M1K M;  3G6E O;  2OTL L;  3CXC K;  3OW2 K;  1W2B K;  1Q82 M;  3NKD A;  1VQM O;  1K73 P;  1K8A M;  3I56 O;  1K9M P; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
 3CCL L;  1VQL L;  3CME O;  4WJ0 A;  3CCR L;  1YJN L;  1VQO O;  1Q7Y P;  5DQT A;  3CCV L;  1VQ8 L;  2OTJ O;  3I55 O;  1KC8 P;  1M1K P;  1N8R M;  5DS5 A;  1VQ5 O;  1YIT O;  1Q82 P;  3CCM O;  3CPW N;  1QVG N;  3CCE L;  1VQN L;  3G6E L;  1YJ9 O;  1K8A P;  1KC8 M;  3G71 L;  2QEX O;  3CCU L;  2QA4 L;  1KQS K;  1VQM L;  1VQ7 L;  3CCJ O;  2YZS A;  1Q81 M;  5DS6 A;  1N8R P;  3CME L;  1NJI M;  1VQO L;  3CCQ O;  3GOD A;  1VQ9 O;  2OTJ L;  3I55 L;  3CMA L;  3CXC N;  3OW2 N;  1W2B N;  1S72 L;  1VQ5 L;  1YIT L;  3CC7 O;  1VQ4 O;  1VQK O;  3CCM L;  4QDL A;  4N06 A;  1YHQ O;  1QVF N;  1Q81 P;  3CC2 L;  2OTL O;  5FCL A;  1NJI P;  3CCS O;  3CD6 O;  1JJ2 K;  4P6I C;  1VQL O;  3CCL O;  3I56 L;  1YJN O;  1YJW O;  1YIJ O;  1VQ8 O;  3CC4 O;  1Q86 M;  1M90 P;  1YI2 O;  4W8K A;  3G4S O;  3CCE O;  1VQN O;  1VQP O;  1KQS N;  1VQ6 O;  1YHQ L;  3G71 O;  3CCU O;  2QA4 O;  1YJ9 L;  1M90 M;  1KD1 P;  2QEX L;  4XTK A;  3CCS L;  1VQ7 O;  1Q86 P;  3CPW K;  3CD6 L;  1QVG K;  1QVF K;  5DQZ A;  3CCJ L;  3CCR O;  1KD1 M;  1YJW L;  1YIJ L;  3CC4 L;  3CCV O;  3CCQ L;  3CMA O;  1K73 M;  1VQ9 L;  1K9M M;  5DS4 A;  1S72 O;  1YI2 L;  3G4S L;  1Q7Y M;  5DLJ A;  1VQP L;  3CC7 L;  1VQ4 L;  1VQK L;  1JJ2 N;  1VQ6 L;  3CC2 O;  1M1K M;  3G6E O;  2OTL L;  3CXC K;  3OW2 K;  1W2B K;  1Q82 M;  3NKD A;  1VQM O;  1K73 P;  1K8A M;  3I56 O;  1K9M P; 
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