The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
20
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sequence length |
81
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structure length |
81
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Chain Sequence |
SWDVIKHPHVTEKAMNDMDFQNKLQFAVDDRASKGEVADAVEEQYDVTVEQVNTQNTMDGEKKAVVRLSEDDDAQEVASRI
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
23S RIBOSOMAL RNA
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| molecule tags |
Ribosome
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| total genus |
20
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| structure length |
81
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| sequence length |
81
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-09-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| R | PF00276 | Ribosomal_L23 | Ribosomal protein L23 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | Alpha-Beta Plaits |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1YJ9 S; 3G8S A; 2LCW A; 2J8A A; 2X1A A; 2AYG A; 3D2W A; 3EGZ A; 1FT8 A; 1UP1 A; 1SXL A; 1VQ7 S; 2A3J A; 2XB2 D; 3HHN B; 5LXR A; 4CQ1 A; 2PE8 A; 2LQ5 A; 1FO1 A; 2LEA A; 3NNC A; 4Y00 A; 2CQD A; 2DHS A; 2AYB A; 5CYJ A; 4FXW A; 3VAK A; 2BZ2 A; 1R8P A; 1QVF R; 2FC9 A; 1RKJ A; 2MZ1 A; 2MZS A; 5LSL A; 2AYE A; 4ED5 A; 3CC4 S; 5GAD U; 2CPI A; 3LPY A; 2CQB A; 1WEY A; 2LYV A; 1X5S A; 3CCE S; 2LEB A; 1Q82 T; 5DDQ C; 1DHM A; 3J7Z T; 3I56 S; 1X4G A; 5GAG U; 1H2V Z; 1NU4 A; 2DHG A; 3MD1 A; 2MGZ A; 3MUV P; 1X5T A; 1WHY A; 2DGX A; 1DBD A; 5IFM A; 4C0O C; 2MZR A; 2FHO B; 1M5P C; 2XNR A; 4LIR A; 5ITH A; 2MKI A; 2JWN A; 1G2E A; 2KRB A; 2X1B A; 2KH9 A; 1FJE B; 2XSF A; 3ULH A; 2WBR A; 2RVJ A; 2MPU A; 2CQG A; 1SJQ A; 3H2V E; 3CUN A; 2OIH A; 2J0S D; 2X1F A; 2YKA A; 2MKH A; 2DGS A; 2DH7 A; 1VQK S; 1DZ5 A; 3CTR A; 3RW6 A; 5GVQ A; 3IRW P; 4WKR A; 2CPE A; 2G0C A; 4F25 A; 4RU2 A; 3BO4 A; 3MUR P; 2DGO A; 4EGL A; 3SDE A; 1KD1 T; 2MGZ B; 3U1M A; 3K0J A; 2Q79 A; 5D78 A; 2JVR A; 3CCS S; 2D9O A; 2F9J A; 1B7F A; 1OWX A; 2D3O R; 1N52 B; 3TO8 A; 2DO4 A; 1QM9 A; 1ZZN A; 4WF9 Q; 5CXT A; 5DM6 Q; 1Q7Y T; 2KRR A; 2KU7 A; 3R1L A; 1X0F A; 1N8R T; 3CMA S; 1KOO A; 2YWK A; 2M9K A; 5CA5 A; 2M0G B; 1R8H A; 2M88 A; 2OSR A; 2X1G A; 4WFN Q; 2KM8 B; 1U1R A; 2DNY A; 2MYF A; 4P6Q A; 1IQT A; 2HGN A; 2LXI A; 2U1A A; 1VQ4 S; 2YH0 A; 2N3L A; 2LA4 A; 3MD3 A; 2E5J A; 2DH9 A; 2RNE A; 4QPT A; 5GMK a; 3LQV A; 1P1T A; 1U1Q A; 2EK6 A; 3SDE B; 2FC8 A; 3P3D A; 3CXC R; 2D9P A; 2DGQ A; 3VAG A; 1HD1 A; 4TLQ A; 2ZJP Q; 3CF5 Q; 3SXL A; 1S72 S; 1YJW S; 1M5O C; 2DHA A; 1UW4 A; 2XNQ A; 3MXH P; 2RQC A; 2CQI A; 4WCE Q; 1VQN S; 2E5H A; 5HO4 A; 3MUT P; 1WEZ A; 4C7Q A; 2MSS A; 3VAI A; 1AUD A; 5JVG Q; 3TP2 A; 1VQ8 S; 1URN A; 4LMZ A; 2KT5 A; 3S6E A; 2MQP A; 4IOC Q; 4ERD A; 2CQP A; 2PEH A; 2DB1 A; 4Y0F A; 1VC5 A; 2FY1 A; 3BS9 A; 2RQ4 A; 3L3C A; 1Q81 T; 1WHW A; 3Q2S C; 4QU7 A; 2DNR A; 2HZC A; 2M8H A; 2CPZ A; 1HA1 A; 3CCR S; 2MQQ A; 1VQ5 S; 1WI8 A; 4OZ0 A; 2CPX A; 1ZZF A; 4U67 Q; 3J7Y U; 3R27 A; 4FXV A; 3G96 A; 1WEL A; 2VOD A; 2DNO A; 4CIO A; 2F9D A; 2QA4 S; 1WF2 A; 3CCQ S; 1YHQ S; 2MKK A; 3S8S A; 3THP A; 3ZZY A; 4F02 A; 2L08 A; 3H2U B; 1HL6 A; 2LXU A; 1X4C A; 1X4F A; 2YTC A; 4UQT A; 4QQB A; 2ZJR Q; 2MMY A; 2MKS A; 2YH1 A; 1U6B A; 2NZ4 A; 2M4M A; 3RW7 A; 3P49 B; 3BO3 A; 3R1H A; 3MOJ B; 3NNA A; 4ZKA A; 1OIA A; 3NS6 A; 2ZJQ Q; 1UFW A; 3CCJ S; 1JJ2 R; 1JJ4 A; 1S79 A; 3CCL S; 4W90 B; 1XN9 A; 2M52 A; 2DGU A; 2QFJ A; 2DNH A; 1U1O A; 1K9M T; 1KC8 T; 5IM0 A; 1U6F A; 3B4M A; 4PR6 A; 1U1K A; 3TYT A; 4WFB Q; 2VON A; 1M5K C; 3G9C A; 2DIU A; 1WF0 A; 1U1L A; 1YIJ S; 5LJ3 Y; 3CUL A; 2RU3 A; 2J76 E; 2CPJ A; 3US5 A; 2KVI A; 3G71 S; 2ERR A; 3S01 A; 5DDR C; 5GAH U; 3Q2T C; 2U2F A; 4WFA Q; 2VOO A; 3IWN C; 2MST A; 1JMT A; 2OTJ S; 3MUM P; 1U1N A; 2JX2 A; 3OW2 R; 2B0G A; 2KFY A; 2E5I A; 1BY9 A; 5EN1 A; 1WG4 A; 2DNP A; 2K8G A; 1CVJ A; 4TU8 A; 2DK2 A; 2DNL A; 1SJF A; 5DDO C; 2RRA A; 3UCZ P; 1P27 B; 2RT3 A; 3ZZZ A; 3B4D A; 2MJU A; 2MQM A; 3P5T L; 5JVH Q; 3UD3 P; 2AD9 A; 2CQ3 A; 2GHP A; 2MQL A; 4A8X A; 4OZ1 A; 2DNG A; 2CQ2 A; 2DNZ A; 2KYX A; 5IM0 B; 3VAJ A; 1X4D A; 1FJC A; 1YIT S; 4WII A; 4IOA Q; 1O0P A; 5HL7 Q; 2HYI B; 1DRZ A; 1H2U X; 3THT A; 1VC0 A; 2I2Y A; 1RK8 A; 2KG1 A; 2N7C A; 4LJM A; 2KXH A; 1WEX A; 2V94 A; 4W92 B; 2VOP A; 3G4S S; 2DGT A; 3UE2 A; 1X4B A; 3HI9 A; 1SJ4 P; 1VQL S; 4UY8 T; 1H6K X; 2E5G A; 2K3K A; 2EK1 A; 2M7S A; 2MJN A; 3JB9 k; 5LJ5 Y; 2MKC A; 2KN4 A; 1WWH A; 2CQ1 A; 2DGW A; 2L9W A; 2MY8 A; 1OO0 B; 2DNM A; 1M1K T; 1NJI T; 2MZJ A; 1X5P A; 2MQN A; 1KOH A; 3VAF A; 2QEX S; 1WHV A; 2CPH A; 5LXY A; 2DNN A; 2CPD A; 3G8T A; 4F26 A; 1X4E A; 2M2B A; 3V4M A; 3S7R A; 3BEG B; 3P6Y C; 2ADB A; 2MXY A; 2L41 A; 3UD4 P; 1U1M A; 3UCG A; 5BJR A; 3EGN A; 2HGL A; 5LSO A; 3DXB A; 2XS5 A; 2OSQ A; 2DIT A; 1NO8 A; 2LKZ A; 1SJ3 P; 2MB0 B; 2ADC A; 3CPW R; 3VAH A; 4TU7 A; 2G1D A; 1WTB A; 1FJ7 A; 1A7G E; 1WF1 A; 2CQC A; 3U1L A; 2CPY A; 1FHT A; 1X4H A; 2MZT A; 2M8D B; 3NMR A; 1N54 B; 3CC2 S; 1OPI A; 1ZH5 A; 4J5O A; 2LMI A; 2RUG A; 3NNH A; 1U2F A; 2OTL S; 1SJR A; 1FNX H; 3UWT A; 1U1P A; 4IO9 Q; 1UAW A; 5DM7 Q; 5D77 A; 2JRS A; 1WHX A; 1VQO S; 1K73 T; 2XS2 A; 2KM8 C; 2RS8 A; 2MQO A; 4M5D B; 2HVZ A; 1F9F A; 1WI6 A; 3VAL A; 1PGZ A; 1WG1 A; 2KXN B; 1VBZ A; 1VQ6 S; 1M5V C; 2FPH X; 2JVO A; 3CME S; 4PKD B; 1WG5 A; 2O3D A; 3MI7 X; 3PIP Q; 2DH8 A; 2DHX A; 1L3K A; 2RS2 A; 1X4A A; 1M90 T; 2EVZ A; 4CH0 S; 2DO0 A; 3CCV S; 2MZQ A; 3N9U C; 5MLC V; 2N82 B; 3CC7 S; 2RRB A; 4BS2 A; 1H2T Z; 2AYM A; 1KQS R; 2J0Q D; 3EX7 B; 5DDP C; 1VBX A; 1VBY A; 4PRF A; 2F3J A; 1Q86 T; 1PO6 A; 1VQ9 S; 5FJ4 A; 1VQM S; 4YOE A; 2DGV A; 5IQQ A; 5GAE U; 1X5O A; 2KI2 A; 1FXL A; 3G6E S; 2CQH A; 2OJ3 A; 5DET A; 2SXL A; 4CH1 A; 1VQP S; 1D9A A; 2E44 A; 4Z2X A; 4IUF A; 2GO9 A; 1K8A T; 2UP1 A; 3MDF A; 2DIV A; 2DIS A; 4V19 X; 1YWX A; 2DNQ A; 2KHC A; 1JJH A; 3FEY B; 5H1S V; 3FEX B; 4YUD A; 3SMZ A; 2MY7 A; 2CQ0 A; 3I55 S; 1YI2 S; 4YB1 P; 4TU9 A; 3CCM S; 2LEC A; 2CJK A; 3DLL Q; 2N3O A; 4QU6 A; 2KG0 A; 2HGM A; 1D8Z A; 2CPF A; 1YJN S; 4C4W A; 2XS7 A; 3UCU P; 1YTY A; 3PIO Q; 2LA6 A; 2G4B A; 3VAM A; 3BO2 A; 3CCU S; 1W2B R; 1QVG R; 2I38 A; 2MHN A; 2CQ4 A; 2BOP A; 2M70 A; 2MKJ A; 2DNK A; 1A9N B; 1HD0 A; 3NS5 A; 1N88 A; 1VC6 A; 3CD6 S; 2NLW A; 2KXF A; 3VF0 B; #chains in the Genus database with same CATH topology 4PWD A; 2V0N A; 3DFE A; 1TAQ A; 1VCT A; 3CJ2 A; 4CQ1 A; 5H9F K; 1FDD A; 3TVY A; 4I2P B; 4V19 J; 1RU1 A; 1KQG B; 2PFF B; 1H38 A; 3EZO A; 6FDR A; 5KAK A; 3M1V B; 2Q3P A; 1J5O A; 5GAD U; 2CPI A; 3MMJ A; 1SIW B; 1JLC A; 2QYG A; 1SC4 B; 3CT9 A; 1Q82 T; 2DR7 A; 4JV0 A; 2DHG A; 2FQQ B; 3GV8 B; 2MLX A; 1N0V C; 2KTQ A; 3HP6 A; 3AXK A; 2BW2 A; 2KZM A; 4IYQ A; 3K8W A; 4OZN A; 1NME B; 4DPW A; 2R42 A; 3DYA A; 4L3N A; 4DQR A; 3MUR P; 3TZY A; 3IBC B; 3W7B A; 1EB0 A; 2JL9 A; 1IKV A; 2KKH A; 2DVI A; 5B0B A; 1RHQ B; 3M8P B; 1VJW A; 2G0J A; 4QIF A; 1GMW D; 1U1R A; 2YH0 A; 4AL7 A; 4CH7 A; 1FRI A; 3IM9 A; 4B08 A; 2GJF A; 1U1Q A; 1N0U A; 2A2D A; 3CD5 A; 2RSQ A; 4QIV A; 3U27 A; 2D69 A; 4OI0 A; 3NXZ A; 1WEZ A; 4Y3C A; 1ZBT A; 1R8A A; 4ERD A; 4EZ6 A; 5KG5 A; 1VC5 A; 3FQK A; 2Z56 B; 2FJA B; 4IG0 B; 2HZC A; 2RHQ B; 1P9Y A; 1KTV A; 1OMS A; 4QW9 A; 3RRH A; 1KDN A; 2YWE A; 2EXU A; 3NGD A; 3EGV A; 2QTW A; 4USU A; 2B5J A; 1D1U A; 5J2P B; 1LW2 A; 3RAM A; 2EEY A; 4QQB A; 2AJ2 A; 4B3T J; 4OI4 A; 2HS4 A; 2QGF B; 4ZJL A; 4CTA B; 1ACM B; 3Q8P B; 5M2U A; 1CJU A; 5IS2 A; 4RNH A; 1UJ6 A; 2ZDP A; 2A1B A; 3D3C J; 1GK8 A; 5D4N A; 3CUL A; 3J80 U; 4ED2 A; 3C19 A; 4F3Q A; 4ZVQ B; 4BC9 A; 3G71 S; 2L9N A; 5KFM A; 2NQP A; 2QL7 B; 3HJV A; 2MST A; 2HBZ B; 3HZE A; 2OTJ S; 5C7P A; 4WYL A; 2HHT A; 1EX8 A; 2FJB B; 3T5K A; 3LOU A; 4TU8 A; 1KLN A; 3OFG A; 3EIC A; 3ONQ A; 2DNG A; 2CQ2 A; 4KE5 A; 4ZCI A; 1C0T B; 1FEE A; 2FVP A; 1H2U X; 3P4U B; 3THT A; 3GR0 A; 1C1B A; 3JTO A; 5A2Q U; 3CO0 P; 4UY8 T; 3QT5 A; 3D6T B; 2YKN A; 3PW2 A; 3ETM A; 3GCW P; 2CNL B; 2M7S A; 4KO0 B; 1RTD A; 4CLS A; 4DMZ A; 5IV4 A; 4E8U A; 2L9W A; 2PA3 A; 2DNM A; 4NLR A; 1GMV A; 2V2Z A; 2LXF A; 2RHS B; 5KFY A; 3V4I A; 2JLF A; 4HKQ A; 1U48 A; 3UCG A; 2BR0 A; 3IA0 A; 3PXG a; 2MB0 B; 2NR0 A; 2ADC A; 1UW9 A; 2QX0 A; 5E3C A; 4DPO A; 3RB3 A; 2OEM A; 2NUH A; 2GX8 A; 2CPY A; 2A6M A; 4CO3 A; 1T11 A; 5KFL A; 1LK7 A; 1B7Y B; 2OTL S; 1I94 J; 2G2Z A; 1WHX A; 2HQC A; 3NAI A; 2HFS A; 3MED B; 2VPZ B; 4J9R A; 2FTR A; 2Q43 A; 4FKX A; 4ZLN A; 2BMB A; 1UPM B; 4K5S A; 1CJV A; 2FZK B; 1TV6 A; 2OEK A; 2OEJ A; 3N9U C; 2N82 B; 1AYE A; 3R5C A; 2A18 A; 4LSL B; 2VH7 A; 2QT7 A; 4PRF A; 2FY8 A; 2PEB A; 5AXK A; 1TKX A; 1TL1 B; 4IUF A; 1ZM2 A; 4ZCM A; 2W9C A; 3W63 A; 1YJN S; 3UCU P; 3DM2 B; 2BQU A; 3BKF A; 3EUN A; 2MKJ A; 4I64 A; 1HYS A; 1T9Y A; 2FJW A; 5HJY A; 2G2Y A; 2ZH9 A; 4YP3 A; 5A6P A; 4NCG A; 3NNC A; 4UOH A; 4EI2 A; 4HHJ A; 4USH A; 4DV0 J; 4Y00 A; 3M8R A; 4DG1 B; 3M8Q A; 4MKB A; 2GJ2 A; 3KHR A; 4ZVP B; 4DV1 F; 5CYQ B; 3I31 A; 4ED5 A; 1HMV B; 1FRX A; 3HLU A; 2DEI A; 1NK9 A; 3IGV A; 1S6Q B; 2HNZ B; 4YDD B; 4PYA A; 4K0K J; 2LEB A; 3HK2 A; 3J7Z T; 4XAK A; 1MG7 A; 1RWM B; 2W2M P; 4Q45 A; 2BUN A; 1TUG B; 5KFB A; 1VDH A; 3C46 A; 3D4J A; 2F4F A; 3ILI A; 2GC8 A; 4KKO B; 2FGO A; 4C48 A; 1RAB B; 2XTJ P; 4ZCK A; 4K4U A; 1MRO A; 3ULH A; 4ILL A; 3LPE A; 2E5L J; 5KFP A; 4CO0 A; 2DT9 A; 2QMX A; 3HFV A; 2OAU A; 4MFB A; 1N32 J; 1KD1 T; 2EKN A; 4J9Q A; 3D9B A; 4KPC A; 3V6J A; 2Z2Z A; 1T8E A; 3H7H B; 3R1L A; 3X1L B; 4PXB A; 2HAF A; 1NPR A; 2ILY A; 1TP7 A; 2C22 A; 5GMK a; 4NYZ A; 2XWX A; 2ZBR A; 4ECR A; 3GZ7 A; 4DWI A; 3D5M A; 1QAX A; 2G2O A; 2QG9 B; 2JSX A; 1HBN A; 2LDI A; 4I6Y A; 2MSS A; 1FD2 A; 2A6O A; 2PEH A; 2DB1 A; 1S9F A; 1IVZ A; 2H65 B; 1R8C A; 1QTN B; 3DRP A; 1RP5 A; 1C1B B; 1ZOT A; 2E9Z A; 1QAI A; 1DJ0 A; 2MQ8 A; 3CO9 A; 4X4Q A; 3HHL A; 3OLB A; 2UV8 A; 3OR2 A; 2NZ4 A; 2C28 A; 2R2R A; 4DR1 F; 2JLG A; 1RTD B; 3T5L A; 4ZP7 A; 1B0V A; 1KSP A; 3P8B B; 3OTE A; 1JJ4 A; 2Z58 B; 1XN9 A; 3U02 A; 1RBL A; 4M8L A; 5I3Q A; 4WJB A; 4KGX B; 2YPY A; 5IC6 B; 2AJ0 A; 4LSZ B; 2J76 E; 3ITH B; 1FVQ A; 4U6P A; 2K2P A; 3CSK A; 3DKD A; 2V8H A; 5AE2 A; 5KFO A; 1BY9 A; 3CCZ A; 2DNP A; 1L5U A; 1FCA A; 3W8P A; 3MR6 A; 1FE0 A; 2XYH B; 2BJ7 A; 3BJY A; 4B9T A; 2DR5 A; 3P96 A; 3W5Y A; 4CP5 A; 5K14 A; 1OPZ A; 2H54 B; 3OFH A; 3D6M B; 5D4P A; 4ETX A; 4A8Y A; 1Q5Y A; 1FKP B; 1N34 F; 5HQM A; 4CM0 A; 4B9M A; 1XR7 A; 4RBT A; 2UUC J; 4ZDN A; 3WZ0 A; 2CQ1 A; 2IYG A; 3ENW A; 3VAF A; 2ASJ A; 1XNR J; 4NI2 B; 1YRT A; 5G0R B; 4U7C A; 2XUL A; 2YXL A; 3G82 B; 4MKA A; 3J80 Y; 3GWC A; 1JNR B; 2X51 A; 2ZEJ A; 4DPX A; 1JKH B; 2CKW A; 1X4H A; 1KS2 A; 2MZT A; 2M8D B; 1P8G A; 4DV5 J; 4FYD A; 3M6W A; 2FLN A; 4WYW A; 3NNH A; 2J7K A; 4QR2 A; 4ZK7 M; 3OTB A; 3V81 B; 4P7T A; 2B4O A; 1HNI A; 1HHQ A; 1WG1 A; 4KHR A; 2P9C A; 2C2O B; 4ED4 A; 3KJN B; 1HQE A; 4EZ9 A; 5EWF A; 1WG5 A; 2O3D A; 3CNQ P; 3TRG A; 2RS2 A; 2GQ2 A; 5A2Q Y; 3TQE A; 5BYR A; 1S12 A; 2HVH A; 4HR2 A; 2WVB A; 2W4P A; 3PY8 A; 3KJV A; 5MLC V; 2R7S A; 2CUY A; 4XTT A; 4QIE A; 3FFI A; 2QE5 A; 2RAQ A; 5ETO A; 2UVW A; 3ENQ A; 3OR1 A; 2SXL A; 1I1G A; 2DIV A; 1YWX A; 1B0T A; 1WKK A; 4P10 A; 5HMW A; 3CCM S; 2YKQ A; 4QYZ J; 2IM2 A; 1H98 A; 2UVU A; 2UZA A; 4KT0 C; 1Q16 B; 2RE1 A; 4X65 F; 1ZTT A; 2I38 A; 3VQT A; 3OHB A; 1CS4 A; 4N56 A; 4ZVO B; 3V6D A; 3TAM B; 1HNV B; 2IRU A; 1LXJ A; 1TUW A; 5M2R A; 2X1A A; 4PG5 A; 5DQI A; 2PII A; 3QT6 A; 3GQC A; 3EXC X; 3NBP A; 4AE5 A; 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