The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
30
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
SKQPDKQRKSQRRAPLHERHKQVRATLSADLREEYGQRNVRVNAGDTVEVLRGDFAGEEGEVINVDLDKAVIHVEDVTLEKTDGEEVPRPLDTSNVRVTDLDLEDEKREARLESEDDSA
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
23S RIBOSOMAL RNA
|
| total genus |
30
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-09-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| S | PF00467 | KOW | KOW motif |
| S | PF16906 | Ribosomal_L26 | Ribosomal proteins L26 eukaryotic, L24P archaeal |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3CCS A; 1VQM T; 3CC2 A; 3OYY A; 1VQN T; 1VQM A; 1VQN A; 3LGF A; 1K8A C; 1YIJ T; 1VQ6 T; 1QVG A; 2QEX T; 1YHQ T; 1YIJ A; 1VQ6 A; 2LCL A; 2QEX A; 1YHQ A; 1M90 U; 4ZN3 A; 5J3B A; 4YTL A; 1VQ9 T; 1BKB A; 2KVQ G; 1Q7Y C; 1VQ9 A; 5DLQ E; 3CCS T; 1KC8 C; 1X6O A; 3LGL A; 1VQK T; 3CXC S; 3CCV T; 3CD6 T; 1VQK A; 3CCV A; 4ZN1 A; 3CD6 A; 2IG0 A; 2JNG A; 3J81 E; 2E6Z A; 1NJI U; 2JOY A; 4RG2 A; 5A2Q E; 3DLL A; 3CCL T; 1M1G A; 1YJW T; 3CCE T; 3CCL A; 1YJW A; 1Q86 U; 3CCE A; 2JVV A; 4QQD A; 4CRI A; 3HKS A; 1NZ9 A; 2MI6 A; 1JJ2 S; 1YBY A; 3ER0 A; 1KHI A; 1VQL T; 3CCU T; 1VQL A; 2LQ8 A; 3CCJ T; 3CCU A; 1XNI A; 3CCJ A; 1Q81 U; 4TVR A; 2MWP A; 1NJI C; 1VQO T; 3CCR T; 3CMA T; 1IZ6 A; 1VQO A; 3CMA A; 1K73 C; 3CPF A; 1KD1 U; 3J80 E; 3CC7 T; 1YJ9 T; 1Q86 C; 3CC7 A; 1YJ9 A; 1N8R U; 1W2B S; 1S72 T; 1NPR A; 1S72 A; 3DB3 A; 2KDS A; 5DM7 R; 3I56 T; 3A5Z B; 1JJ2 A; 1SSF A; 4X34 A; 3I56 A; 1EIF A; 1M90 C; 1VQ7 T; 3CC4 T; 2MWO A; 1VQ7 A; 3CC4 A; 1KQS S; 1M1K U; 3PIO A; 5IT9 E; 1K9M U; 3CXC A; 1Q81 C; 3CCM T; 1KD1 C; 3CCM A; 1NPP A; 2JUF A; 3OW2 S; 3JAM E; 1YJN T; 1QVF S; 1YJN A; 2E70 A; 2OTJ T; 2OTJ A; 1Q82 U; 2EIF A; 3LH0 A; 3CCR A; 3G6E T; 3CME T; 3G6E A; 3J7A F; 3CME A; 3G71 T; 3CPW S; 1YIT T; 3G71 A; 3PIP A; 1YIT A; 2DO3 A; 2OTL T; 3I55 T; 2G3R A; 3CCQ T; 2OTL A; 3I55 A; 3CCQ A; 3G4S T; 1YI2 T; 1KQS A; 3G4S A; 2QA4 T; 1YI2 A; 1UEB A; 1M1K C; 2QA4 A; 1K8A U; 1VQ8 T; 1VQ8 A; 1K9M C; 2L3R A; 5LL6 S; 1VQ4 T; 1QVG S; 1RL2 A; 1VQ4 A; 1QVF A; 3OW2 A; 1VQP T; 2XHC A; 1VQP A; 1Q7Y U; 1VQ5 T; 2LVM A; 1VQ5 A; 1Q82 C; 2CKK A; 3CPW A; 1KC8 U; 5FLX E; 3P8B B; 1W2B A; 3DB4 A; 1K73 U; 3KBG A; 1N8R C; 3TRE A; 5IAY A; 1XTD A; 5J26 A; 5HY6 A; 3CC2 T; #chains in the Genus database with same CATH topology 2LDM A; 3WVE B; 3MCA B; 2B8A A; 4LN2 A; 3LWH A; 5GAN 8; 4RTZ A; 2YLB A; 2RJC A; 2HZY A; 1X01 A; 3J81 E; 2K7A A; 5I11 A; 4M78 C; 4OP0 A; 1UE9 A; 2J6F A; 2V8J A; 2KXD A; 4JZ3 A; 3CCL A; 2M51 A; 1EZZ B; 2OJ2 A; 2E4H A; 1JEG A; 1AOJ A; 3VS5 A; 4LUD A; 4KH1 B; 3CCU A; 2EKH A; 2OAW A; 4DBQ A; 2KRS A; 3NGP A; 2YRD A; 3MP8 A; 3V7R A; 2EKO A; 4PJN A; 3MEA A; 4LXC A; 3EH2 A; 3UT1 A; 1M30 A; 3QO3 A; 1NLP C; 4QVZ A; 4F7U F; 1EX4 A; 4E7H A; 3CC4 T; 2KI7 A; 3EGD B; 2FPE A; 3TVT A; 4JRQ A; 2MIO A; 1N9S A; 1GBQ A; 3CXC A; 3M0S A; 1R0C B; 2CZ1 B; 1MV0 B; 5EC7 A; 1QVF S; 1YP5 A; 4N4G A; 4D8D A; 3CXC P; 3A8H B; 1SG5 A; 2EBP A; 4FW1 A; 1M2V A; 4B9X A; 1VYT A; 4FU6 A; 1VQ8 A; 2L3R A; 2NLU A; 1BK2 A; 5FWC A; 5D6W A; 2M0Y A; 2V26 A; 1PG5 B; 2LVM A; 2I0N A; 2X4W A; 4IUU A; 4M78 E; 1YNZ A; 3RMQ A; 1WQW A; 1MMA A; 2CSI A; 4X9D A; 1K8A C; 3G7Z A; 4II1 A; 3OSS C; 5KYW A; 2YSQ A; 3CBO A; 3FRN A; 3M9Q A; 2YUO A; 1Q7Y C; 1VQ9 A; 3SB2 A; 2VXF A; 3EGX A; 1GXI E; 1OZ2 A; 4PFZ A; 3CD6 T; 1CKB A; 3L2R A; 1VQK A; 3CCV A; 1D0Y A; 3EG0 A; 3PMT A; 4J83 A; 3OW2 P; 2PVO B; 2RJD A; 1SPK A; 3P8H A; 3DLL A; 2DIQ A; 3HPW A; 4RUG A; 5CKE A; 1UJ0 A; 1MMG A; 1ZX6 A; 3JB9 J; 3OMC A; 4FYX B; 5GAN g; 1YBY A; 4F7U G; 4JZ4 A; 2CDT A; 2GFA A; 1I5L A; 2L3S A; 1NJI C; 3BY7 A; 2DL3 A; 1YCY A; 2K57 A; 2RI2 A; 4ZGD B; 4B9W A; 3S6W A; 3EAE A; 1PM3 A; 1W70 A; 4KGV B; 3INZ A; 1OZ3 A; 5A0G A; 4PJO D; 1KSW A; 2MWO A; 1BCO A; 1DJ7 B; 3M4G A; 2XKO C; 1B07 A; 4E7Z A; 2DRM A; 4JS4 A; 2DPP B; 1FXX A; 2FZK B; 2QTX A; 4NL3 A; 3CCS Q; 3CC2 Q; 2VC8 A; 5GJW B; 4M77 D; 1H3Z A; 1ARK A; 1WHJ A; 2KYB A; 3M0R A; 4C8Q F; 1QCN A; 1R77 A; 3JV3 A; 5IHN A; 2WSF E; 3CCQ T; 2DEQ A; 3PVL A; 2DXB A; 4HCC A; 2D8J A; 2DTO A; 1E7O A; 4PJO B; 3OB9 A; 7AT1 B; 1K73 R; 4ESR A; 1QKX A; 3EGD A; 4BI8 B; 4MZT A; 2C0I A; 2D8H A; 3CQT A; 3FJ5 A; 3M59 A; 4A4K A; 1KHC A; 1S1N A; 4M7A B; 4M77 B; 2CP5 A; 2R5M A; 1VQ6 T; 2QK0 A; 1QVG A; 2QEX T; 4LDY A; 4Y92 A; 1ZUY A; 2DER A; 4J9D A; 4EMK B; 2JXB A; 2KT8 A; 1OYX A; 1LPL A; 1RLQ C; 2CP0 A; 3H6Z A; 3EG9 A; 1AWO A; 2ECZ A; 3R6N A; 2COW A; 2KRO A; 3UAT A; 4FSX A; 3MEU A; 4N4I A; 2E6Z A; 2XG8 D; 1AD5 A; 2L3P A; 4MDX A; 4GBQ A; 5GAO p; 4OGC A; 3VKI A; 5GAN h; 2MK5 A; 4MZP A; 3SDZ A; 1MMN A; 2KRN A; 1WHH A; 2D6F A; 1X27 A; 2X3X D; 2PVG B; 3FEO A; 4JJD A; 4AFU C; 3LLR A; 2YUN A; 2J6K A; 1TS9 A; 2PTK A; 3OYK A; 4ELY C; 1VQO A; 1WA7 A; 2H3J A; 3UF4 A; 1RI0 A; 3CC7 T; 3NTH A; 3E19 A; 4M7D D; 1S72 A; 1ZA1 B; 3I56 T; 1JJ2 A; 1QQJ A; 4E7S A; 2RQR A; 3HSB A; 5EG2 A; 1U1T A; 2YUP A; 4C8Q G; 2VVK A; 3OMG A; 4AFS C; 2BIV A; 5GMK l; 1KQS S; 3PIO A; 1U5S A; 2CH4 A; 1GRI A; 3QJ6 A; 3SWN A; 3L2Q A; 3CCM T; 1ABQ A; 1NPP A; 3RR6 A; 2P0Q A; 3L2V A; 3CCQ Q; 2OTJ A; 3LX7 A; 1BIB A; 3G6E T; 3M4Y A; 3WXM B; 1OPL A; 4LE9 A; 2JN0 A; 2CP2 A; 4PFO A; 3X28 B; 2DZ9 A; 1PWT A; 4P5N A; 2RJE A; 1UHF A; 4M7D B; 5IXF A; 1OQK A; 1VQ4 A; 3OQ5 A; 2P4T A; 1G3Y A; 1B7T A; 1ZSZ B; 1U3O A; 4OVA A; 3M54 A; 2EVR A; 4C0D C; 1HSQ A; 4J6Y A; 3VS6 A; 3SEM A; 1OX9 A; 4C5H A; 1VQ6 Q; 4KT0 E; 1R8O B; 2QEX Q; 5GAO r; 1T0H A; 4OB2 B; 1IB8 A; 3OYY A; 3C4S A; 1VQN A; 4CI0 C; 1PC0 A; 2JZ2 A; 1UJY A; 1JU5 C; 1YHQ A; 2CRE A; 4ELZ C; 4JJN K; 2XDP A; 5GAN j; 1MGQ A; 5IN1 A; 1B3Q A; 4PJL A; 1AEY A; 4C92 G; 1V1C A; 3OYB A; 1ZSG A; 4XTU A; 5FRM A; 1M27 C; 2GGR A; 2KY9 A; 4PJO A; 3DLM A; 4CC4 B; 1SSH A; 1Y96 B; 1RAI B; 3QJY A; 3CCE A; 5GJV B; 1U06 A; 2DD5 A; 4O6J A; 4M75 B; 4M78 F; 1BI3 A; 2LX9 A; 4HVV A; 1VQL T; 3V8L A; 2X9H A; 5GAN d; 4TVR A; 4J9I A; 1K73 C; 3I56 Q; 2YUQ A; 1GFC A; 3RNJ A; 3DB3 A; 2ZPH B; 2E3H A; 3JRZ A; 2RHX A; 3RKY A; 3A8M B; 2GNC A; 5GAM g; 3EFO B; 3SWN C; 2VXE A; 3O5Z A; 2BE7 D; 3EHQ A; 3LYI A; 3MET A; 5J39 A; 3MJX A; 3G6E Q; 1Q82 R; 4FW2 A; 1LOJ A; 2LJ3 A; 5GAO m; 1D1A A; 3TSW A; 4J6X A; 5A0D A; 3CCR A; 1TOV A; 5GAN 5; 1WXT A; 3PIP A; 2EWN A; 4OMQ A; 2FRW A; 3I55 A; 5GAN f; 1OPK A; 4AFQ C; 4AG2 C; 3VRY A; 2E12 A; 1Y0M A; 5FU6 B; 2FB7 A; 2GF7 A; 4A54 A; 1WFW A; 3H9N A; 3RES A; 4BE0 A; 3R6O A; 1PHT A; 3OYC A; 2CUD A; 4E7J A; 1TXQ A; 1K73 U; 5CCA A; 2BTT A; 4XAX B; 5KYX B; 1N6A A; 4XTW A; 3TCJ A; 3HL8 A; 1VQM T; 4JDS A; 2HQE A; 5HK3 A; 4AT1 B; 2QG9 B; 4M78 G; 3JB9 F; 1ZBX A; 1WHK A; 2NUT A; 3RER A; 4AG1 C; 1ACM B; 2QQS A; 3V7S A; 4M7D A; 2RF0 A; 4CC7 A; 5FRO A; 1LVK A; 2K79 A; 3BW1 A; 2DE0 X; 1RAG B; 1KJW A; 1NZ9 A; 2XMF A; 4HVU A; 1VQL Q; 2P4R A; 2OX7 A; 3NHN A; 5CVI A; 1OU8 A; 3HRT A; 1GL5 A; 4FYY B; 4PL6 A; 1BI2 A; 3E2U A; 4GLK A; 2CH4 W; 2MMP A; 1Y57 A; 2D0N A; 2CP6 A; 5CK9 A; 1TU0 B; 2LNH B; 5GAM h; 4C92 C; 2DNU A; 2HBW A; 2VKN A; 5IHI A; 3FC3 A; 4XU3 A; 5CKH A; 1VQ7 A; 3A8O B; 3VS1 A; 2GCX A; 2COZ A; 4A53 A; 1Y96 A; 1M3B A; 2F69 A; 2E65 A; 2YT6 A; 2ATC B; 4X1V A; 3FB9 A; 2EIF A; 2HBP A; 2EQK A; 3ME9 A; 1YIT A; 1K8A R; 3HTR A; 4OML A; 5GAN e; 3OY9 A; 3G4S A; 1NYF A; 3PGG A; 1YI2 A; 2CS7 A; 1Q7Y R; 1O9S A; 3EG1 A; 4PJJ A; 2K2V A; 2PUK B; 3M0Q A; 4PJO E; 1VQP T; 2J6O A; 3CCL Q; 2RPN A; 3H8Z A; 1VQM Q; 3JB9 G; 1WI7 A; 2AZV A; 2M0O A; 3H0I A; 2DJZ A; 1BYM A; 2EYW A; 3CCU Q; 3UA6 A; 4LD9 K; 1RAE B; 4ZN3 A; 2J05 A; 1BKB A; 1IO6 A; 3M55 A; 5GMK j; 2A28 A; 4IUT A; 3IQL A; 4IKF A; 2DVE A; 5DY9 A; 4ZN1 A; 2PVD B; 3EG3 A; 4KBM B; 4JJB A; 3M5A A; 4XU0 A; 5FU7 C; 2F2X A; 5A2Q E; 2O31 A; 1U1S A; 3FDR A; 5GAM j; 2DRK A; 3LH5 A; 2X4Y A; 2EQI A; 1KHI A; 4E7I A; 1I0C A; 2YHT A; 5HCK A; 8AT1 B; 3CMA A; 1BI0 A; 3QUI A; 2RN8 A; 1YJ9 A; 2FL7 A; 2SEM A; 3UWN A; 1K76 A; 2A08 A; 3VUZ A; 5C0M A; 2MAM A; 3A1P A; 2G6F X; 2O4X B; 1KK7 A; 2AK5 A; 4V2S A; 2V8I A; 2LX7 A; 1VYU A; 2JM9 A; 3GIB A; 1W6X A; 5GAM d; 2DFU A; 1KD1 C; 1BI1 A; 2DTI A; 1Q82 U; 1WIE A; 2KRM A; 3J7A F; 1RAA B; 1VQ9 Q; 2NWM A; 1IHV A; 1VQP Q; 1UEB A; 2QA4 A; 1RI9 A; 4AFZ C; 5FW9 A; 3H0F A; 4M7D E; 1QVG S; 4HA8 A; 3L1A A; 2EYZ A; 4F7U B; 1UUE A; 4QVD A; 2CKK A; 3ZEH A; 3JCM b; 3CPW A; 1SEM A; 2K3B A; 4HXJ A; 3TRE A; 3X25 B; 5C6S A; 3SFM A; 1AWX A; 3CCS T; 3CC2 T; 3A98 A; 1JBM A; 2LMJ A; 5GAM f; 1PSF A; 2YWW A; 1Y71 A; 3LGF A; 3QZ5 B; 1UFF A; 4BY6 C; 1IXD A; 5CKD A; 2GTO A; 3VS2 A; 4JLG A; 5J3B A; 4J9F A; 1T0J A; 3THK A; 5IH2 A; 4RCC A; 4Z89 A; 3GLX A; 1I5O B; 1YCS B; 2HKQ B; 2M1H A; 2RI5 A; 4BI4 A; 2FZC B; 1PSE A; 2EW3 A; 3OYF A; 4JJC A; 3OYM A; 1M1G A; 2HD0 A; 2FO0 A; 2Y90 A; 1EFN A; 1ZLM A; 1ZQ1 A; 1OU9 A; 1D3B B; 1HD3 A; 1JJ2 S; 5KH6 A; 2KMT A; 2M16 A; 2KAF A; 4XTX A; 1MUZ A; 2D1X A; 3EFS A; 1VUB A; 1B34 B; 1GCQ A; 1WXB A; 2O9V A; 1IZ6 A; 5AT1 B; 4E2F B; 2RK2 A; 5HK0 A; 2HNI A; 2JW4 A; 1IRX A; 3PVQ A; 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