The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
30
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sequence length |
119
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structure length |
119
|
Chain Sequence |
b'SKQPDKQRKSQRRAPLHERHKQVRATLSADLREEYGQRNVRVNAGDTVEVLRGDFAGEEGEVINVDLDKAVIHVEDVTLEKTDGEEVPRPLDTSNVRVTDLDLEDEKREARLESEDDSA'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
23S RIBOSOMAL RNA
|
| molecule tags |
Ribosome
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| total genus |
30
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-09-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| S | PF00467 | KOW | KOW motif |
| S | PF16906 | Ribosomal_L26 | Ribosomal proteins L26 eukaryotic, L24P archaeal |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2KVQ G; 1K8A C; 1NJI U; 3CPW A; 1VQP T; 1Q86 C; 1VQ7 A; 2OTJ T; 1VQ5 T; 1BKB A; 1VQN T; 3CME A; 1VQ9 T; 3KBG A; 1Q81 U; 2LVM A; 3DB3 A; 1YIJ A; 3CCU A; 2OTL A; 1VQ6 T; 1VQK T; 1QVG A; 3CME T; 1S72 A; 1VQ8 T; 1NJI C; 1KHI A; 5J26 A; 1Q82 C; 3CCE T; 2LQ8 A; 1YIT T; 4YTL A; 3A5Z B; 1K8A U; 1Q86 U; 1Q81 C; 3G71 A; 2IG0 A; 3J81 E; 3CCV A; 3CC2 A; 4ZN3 A; 2DO3 A; 2G3R A; 2MWO A; 2MI6 A; 3OW2 A; 1VQO T; 3CC4 A; 1QVF A; 3CPW S; 1XTD A; 1UEB A; 1W2B A; 1VQM T; 5DLQ E; 3CC4 T; 1YJW A; 1IZ6 A; 3CXC A; 1JJ2 A; 1Q82 U; 3CMA A; 3CCS T; 1QVG S; 1KD1 C; 1YI2 A; 3PIP A; 1EIF A; 3TRE A; 3J80 E; 5HY6 A; 1VQ4 A; 1YHQ A; 1VQ7 T; 4RG2 A; 2E6Z A; 1XNI A; 2XHC A; 1YJN A; 3I55 A; 5IT9 E; 1YIJ T; 2LCL A; 3CCU T; 1VQL A; 2OTL T; 2JNG A; 3LGF A; 5FLX E; 3I56 A; 3OW2 S; 1S72 T; 2QA4 A; 1NPP A; 1QVF S; 5A2Q E; 3CCR A; 1KD1 U; 1W2B S; 3CXC S; 3G6E A; 3G71 T; 3J7A F; 1JJ2 S; 3G4S A; 3CCJ A; 3CCV T; 1YJ9 A; 1SSF A; 1M90 C; 3CC2 T; 4X34 A; 2MWP A; 2QEX A; 1KC8 U; 3CD6 A; 4TVR A; 3CC7 A; 1N8R C; 1YJ9 T; 1M1K U; 1X6O A; 3CCL A; 5DM7 R; 3CCM A; 1YJW T; 3CD6 T; 3JAM E; 3CMA T; 3LGL A; 5IAY A; 1YI2 T; 3DLL A; 3P8B B; 1KQS A; 3HKS A; 4ZN1 A; 1VQ4 T; 1YHQ T; 1KC8 C; 1M90 U; 3CCQ A; 5LL6 S; 1M1K C; 2JUF A; 1YJN T; 1VQP A; 3I55 T; 1N8R U; 3DB4 A; 2OTJ A; 2JVV A; 1VQ5 A; 1VQL T; 1VQN A; 3I56 T; 1VQ9 A; 2QA4 T; 1M1G A; 1Q7Y U; 1K73 C; 3CCR T; 1VQ6 A; 1VQK A; 2E70 A; 1VQ8 A; 2KDS A; 3G6E T; 3PIO A; 3G4S T; 3CCJ T; 1YBY A; 4QQD A; 3CCE A; 2CKK A; 3ER0 A; 1YIT A; 2QEX T; 1KQS S; 1K9M U; 2L3R A; 3CC7 T; 3CCL T; 1Q7Y C; 1NPR A; 2EIF A; 1VQO A; 3CCM T; 2JOY A; 3CPF A; 1RL2 A; 1K73 U; 3LH0 A; 1VQM A; 5J3B A; 4CRI A; 3OYY A; 1NZ9 A; 1K9M C; 3CCS A; 3CCQ T; #chains in the Genus database with same CATH topology 2FPE A; 4O5V A; 1PM3 A; 2F2V A; 2FB7 A; 3BW1 A; 2FHD A; 1ZQ1 A; 3HHT B; 1V76 A; 1T0H A; 3DB3 A; 1X2K A; 2NUT B; 5CVI A; 5LJ5 j; 4RMO A; 4M7A A; 2F1L A; 4JS5 A; 5GAM d; 2HSP A; 1ZSZ C; 2DER A; 4KH1 B; 2A28 A; 2JT4 A; 4ZN3 A; 3VS5 A; 1K9A A; 3FJP A; 1YCY A; 4LXC A; 2L3Q A; 4C0G A; 4HCB A; 3CC4 T; 2OI3 A; 1B7T A; 1O75 A; 4EIK A; 3CBM A; 3UA7 A; 1YHQ A; 2RB6 A; 2XID A; 3EH1 A; 3LGF A; 2HEQ A; 3V7R A; 3CCJ Q; 2CSI A; 2YUQ A; 1TWB A; 5A0G A; 3JB9 D; 2QAZ A; 1WFW A; 3CCV T; 2QG9 B; 4HXJ A; 2YDL A; 4JLG A; 4R55 A; 4TVR A; 3CCL A; 2D1X A; 4RTV A; 4C0D B; 4M7A F; 1KJW A; 1RI9 A; 4C8Q C; 1XOV A; 1KQS A; 1W6X A; 5GMK l; 1VQP A; 1DJ7 B; 1M2V A; 2PQW A; 2OTL Q; 1Z9Q A; 3CCE Q; 1U3O A; 3SWN B; 3ULR B; 3OYM A; 3QZ5 B; 2Z0W A; 3RKX A; 1GCP A; 1O9S A; 2VYT A; 2AZV A; 2RA2 A; 1NPR A; 1IHV A; 2JOY A; 3M0S A; 1F1B B; 4XTX A; 2C0I A; 3C4S A; 1QWF A; 2CYZ B; 1YJW Q; 1RAE B; 3CMA Q; 2CRE A; 2E12 A; 2HKN A; 2KE9 A; 1ABQ A; 3OBY A; 2RHI A; 3VKI A; 1SHF A; 5GAM e; 4XTU A; 4C92 B; 2K3B A; 1BKB A; 3QUI A; 1VQ5 T; 2ZGW A; 2K9G A; 3MP1 A; 2V26 A; 2BZY A; 1JRI A; 4J8O A; 1W2B P; 2PU9 B; 4M7A E; 3OS2 A; 3CXC P; 4QVZ A; 2DRM A; 3UA6 A; 1UJY A; 1QVP A; 3ME9 A; 4EMG A; 2J6K A; 4E7Z A; 5LJ3 f; 4KGX B; 3DKM A; 4WTO B; 2M1H A; 4LD6 A; 3VUB A; 2FL7 A; 5KE3 A; 1X75 C; 1UE9 A; 2PNI A; 4QT7 A; 5KYN A; 4C8Q D; 3P8H A; 2K3X A; 2QA4 Q; 2RMO A; 2YRD A; 4HCK A; 4PFO A; 4GBQ A; 5CKF A; 1QVF S; 2O4X B; 2CUB A; 2LMJ A; 2KSS A; 2RK2 A; 5GAM j; 1JJ2 S; 3I35 A; 4FSS A; 1FYN A; 1YJ9 A; 4XTV A; 4F14 A; 2P84 A; 2QEX A; 5GAN d; 5J39 A; 2G6F X; 3JSC A; 2RJF A; 4LDV A; 2HL3 A; 2A08 A; 2D0N A; 3M59 A; 4MZM A; 4PFP A; 5DY9 A; 7AT1 B; 3DLL A; 1HD3 A; 2GQI A; 1ZLM A; 2M51 A; 1KC8 C; 1CSK A; 5KYU A; 3CCQ A; 3OS1 A; 5LL6 S; 4Q5W A; 3UT1 A; 4F04 B; 3M57 A; 5GAN 4; 3EGD A; 5GAN 5; 3JCM P; 2V1Q A; 1QCF A; 1YIT Q; 1VQ6 A; 4OGC A; 5IH2 A; 4LDU A; 2E4H A; 1B34 B; 4DA4 A; 1FMK A; 4LD9 K; 5CO7 A; 4J9F A; 4A4K A; 3F70 A; 1I5L A; 3CC7 T; 3CPW P; 3PGG A; 2BZX A; 1RL2 A; 2LJ3 A; 1HXD A; 4DBR A; 2E65 A; 2ABL A; 1NZ9 A; 3HFO A; 4CC7 A; 1YIJ Q; 1UEC A; 3M53 A; 5CAI A; 1S72 Q; 3I55 Q; 3CME A; 1WHJ A; 1G2B A; 3CCU A; 3URG A; 3CC2 Q; 4DOV A; 5AT1 B; 1MMA A; 4ZNX A; 2JMC A; 2K6D A; 2EWN A; 2JXB A; 1JB0 E; 2QDY B; 4KGZ B; 5GMK m; 5LJ3 h; 1PD1 A; 1QVF A; 5GMK e; 3QZ9 B; 2CUD A; 2XDD A; 4E7S A; 4EMK B; 4PK4 A; 4AFU C; 1JJ2 A; 3UWN A; 1YI2 A; 1EIF A; 3J80 E; 4FYW B; 2JZ2 A; 4EMH A; 5I2S A; 2A7Y A; 1HYO A; 2OAW A; 4X9C A; 4AFS C; 1RAI B; 3OSV A; 1EZZ B; 2SRC A; 5GAN e; 4MZT A; 2OTL T; 3PT9 A; 2E10 A; 3HRS A; 1ZSG A; 1PHT A; 5D6W A; 2QDL A; 3EG2 A; 4C5I A; 3GF5 A; 1H64 1; 4M7A C; 3GBQ A; 1FWZ A; 1N9R A; 3HRT A; 5EC7 A; 4MDW A; 3GOX A; 4X34 A; 3EG3 A; 3EGX A; 3QWX X; 1QCN A; 3EAE A; 1YJ9 T; 1OV3 A; 3QWY A; 1YJW T; 4Z8A A; 2EYX A; 1RAG B; 1Q82 R; 3CMA T; 2DXT A; 5I11 A; 4C5E A; 4ATO A; 2QYZ A; 3OY9 A; 2DEQ A; 3T9N A; 5GMK j; 2EKH A; 4XTW A; 2DNU A; 1TXQ A; 4C92 G; 4OB3 B; 1M1G A; 2JM8 A; 5C6S A; 2R57 A; 5CCA A; 4FT4 A; 1UDL A; 4OMP A; 3G6E T; 8AT1 B; 4N4I A; 2M02 A; 2LC4 A; 4N4G A; 2AK5 A; 1PCX A; 3FB9 A; 3UDC A; 5GAN j; 4BD3 A; 1WGS A; 2EIF A; 3CCS Q; 1X6B A; 1WHL A; 5GAN 7; 1VQM A; 3INZ A; 1QWE A; 3PFS A; 3JV3 A; 1ZX6 A; 1VQ4 Q; 4F7U B; 3MET A; 3JCM g; 2ROT A; 3JB9 H; 2RJE A; 4FW1 A; 1GFC A; 2DBM A; 1VUB A; 2E3I A; 1A0N B; 3CME T; 2MOX A; 2DVE A; 5ECA A; 1CKB A; 4E6R A; 3FIF A; 3SEM A; 4Z88 A; 1LPL A; 3OYB A; 4M7A D; 3J81 E; 1D0Y A; 2MI6 A; 3GIB A; 2RQU A; 3GLX A; 1Y0M A; 2FZK B; 3TQ7 P; 2K5F A; 2DYB A; 2HBP A; 5DLO A; 1H3H A; 3JCM b; 4DOW A; 2IIM A; 4HCZ A; 2EW3 A; 2DIQ A; 1R0B G; 1VQK Q; 2DA9 A; 5KYU B; 2COZ A; 2VB6 A; 3VS4 A; 1TOV A; 3S3O A; 4P5N A; 4M78 B; 2BKD N; 1KQS P; 1K4U S; 5CK9 A; 3M0R A; 2COW A; 2E1H A; 3PNW C; 1U06 A; 1RAC B; 3M9Q A; 2PVG B; 2RJC A; 2KMT A; 5I2M A; 4M7D B; 4XU0 A; 2LX7 A; 1OX8 A; 2B86 A; 3I55 T; 1UJ0 A; 3OYA A; 3EHR A; 4JPB W; 3EG0 A; 2M0O A; 3FRN A; 2HQE A; 1Y57 A; 1ZUY A; 3CCR T; 4A53 A; 2HZY A; 2VUB A; 2DFU A; 5GAM h; 4L6V 5; 4JJB A; 4IUU A; 4M75 B; 3CC4 Q; 1Q7Y C; 2JTM A; 4IUV A; 3MCA B; 2DPP B; 3QBY A; 1UUE A; 2DL7 A; 5D6X A; 3FJ5 A; 1K9M C; 3OS5 A; 1ABO A; 4PJJ A; 2H8H A; 2LRQ A; 2E5K A; 5HK3 A; 2ATC B; 2LVM A; 2EQI A; 5I22 A; 3E9G A; 1VQ8 T; 9ATC B; 2ED1 A; 3S3M A; 3VS3 A; 2A0F B; 2EQM A; 2LNV A; 1K8A U; 3C0C A; 3JCM W; 3NTH A; 3R6N A; 3E9F A; 1VQO T; 1G3S A; 1IGU A; 4AFZ C; 1ZUK A; 2KR3 A; 3SWN A; 2EQU A; 1OPL A; 1Y96 B; 4FT2 A; 3EH2 A; 1OU9 A; 2BE9 B; 3LWI A; 1QVG S; 2D6F A; 4L5G A; 1BU1 A; 2HL5 C; 2LQN A; 2LCL A; 2EYQ A; 5FLX E; 3I56 A; 4F16 A; 1YWP A; 1KD1 U; 3MEA A; 1EFN A; 3BFM A; 3J7A F; 3V8L A; 4A4G A; 4C92 A; 1QW1 A; 2MWP A; 3CD6 A; 3NMZ C; 2OJ2 A; 2EJF A; 1AT1 B; 3JAM E; 4BUG A; 4DEY A; 1QLY A; 1VQ5 Q; 2M16 A; 1VQ4 T; 1M90 U; 3R6O A; 4J7F A; 1M1K C; 2DLP A; 2MAM A; 5EG2 A; 1WQ7 A; 4F7U G; 1H8K A; 1K8A R; 1WJQ A; 2EAY A; 2O9V A; 4HKE A; 4N0A A; 1K73 C; 2O9S A; 2D9T A; 2EYW A; 5IHI A; 2DD5 A; 4PLI A; 2A36 A; 3OYC A; 1AWW A; 3QXE B; 1C1A A; 2ECZ A; 4PJO G; 3CPF A; 1I0C A; 3QHS A; 3A8H B; 2O4X A; 1R77 A; 1AEY A; 1K0X A; 3OYY A; 2EJG A; 1ZHI A; 4QKU A; 1YHQ Q; 2NUP B; 4C92 F; 4RKU E; 1GXI E; 5GMK h; 2VXF A; 1VQK T; 1QVF P; 1QVG A; 3PTA A; 2EGE A; 3PMT A; 4F17 A; 4YTL A; 1JJ2 P; 1TS9 A; 1D1B A; 4M78 G; 1KIK A; 2HAX A; 5GAN h; 2LNH B; 3M55 A; 2DJQ A; 5CIU A; 1M90 R; 4LDX A; 1FMW A; 3L2V A; 5CKH A; 4R56 A; 4QW2 A; 1B34 A; 2XI9 A; 5FWC A; 2C06 A; 3OYJ A; 1FXX A; 5HY6 A; 1VQ7 T; 4BY6 C; 4DBQ A; 4RG8 A; 1VQP Q; 3A8L B; 4M7D G; 3SHW A; 1TUC A; 3JB9 J; 1OZ2 A; 2CP5 A; 4HT9 A; 4ZGJ B; 3OYH A; 2BIV A; 5FU7 B; 5I21 A; 1IRX A; 3CC7 Q; 2XKO C; 3G4S A; 2GF7 A; 4AG2 C; 1KC8 U; 2DXC A; 4C92 E; 4RTW A; 4LUE A; 1N8R C; 3HSB A; 3SFM A; 1KHC A; 4M75 G; 2EKO A; 3CD6 T; 3RER A; 2F2W A; 3H41 A; 4PLL A; 1T3S A; 3P8B B; 2KI7 A; 5FRM A; 3FLG A; 1MMD A; 4JRK A; 1JBM A; 2JUF A; 1YWO A; 1YJN T; 3NGP A; 3VS1 A; 2OTJ A; 4ZTF A; 1VQL T; 1KG1 A; 1VQ9 A; 2QTV A; 4EMK A; 1M4Z A; 5KYX B; 1PSF A; 2E70 A; 3M4G A; 4OB0 B; 4D6W A; 4PJM A; 3QSU A; 2DZ9 A; 2DET A; 2ZPB B; 1N9S A; 3CCM T; 2DXB A; 3RKY A; 2CZ6 B; 1AOJ A; 4XAX B; 4HT8 A; 1MND A; 1MV0 B; 1M30 A; 3HL8 A; 1BCM A; 1XJW B; 1E6H A; 3UPU A; 1ARK A; 1VYV A; 2DTI A; 1OEB A; 4Y28 E; 1M3B A; 2KYB A; 1OI1 A; 2XG8 D; 2F5T X; 1KC8 R; 1KHI A; 3VYG A; 3ZBD A; 1V1C A; 2QQA A; 1WHM A; 5KYW B; 2E5Q A; 3G71 A; 1YJ9 Q; 1I07 A; 3OB9 A; 2FRW A; 3G7Z A; 2KRO A; 2QXF A; 2ED0 A; 4OMO A; 2QQ9 A; 4B9X A; 2K2M A; 2EGC A; 2M0Y A; 1WQW A; 1IB8 A; 4BDY A; 1WIE A; 4BI3 A; 3NPF A; 1UGS B; 2DTO A; 2P0P A; 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2M9U A; 4KGV B; 3TRE A; 3WXM B; 2VVK A; 4M75 A; 2HD0 A; 4J9B A; 3A8O B; 4QVC A; 3N5B B; 5CKB A; 3ZFJ A; 3CCR Q; 2YHT A; 4Y91 A; 1PKS A; 4OGE A; 2QA4 A; 2KRN A; 1ZUU A; 4M78 F; 2CZ7 B; 4RUG A; 1SSF A; 4F7U E; 1NEB A; 1QMC A; 1MGQ A; 2BUD A; 3VYH B; 4C92 D; 2CSQ A; 1HK9 A; 3Q1J A; 2CP2 A; 4RCC A; 1WHH A; 3PVQ A; 4M7D F; 4FYX B; 1BB9 A; 4BDZ A; 3A8M B; 2XD0 A; 4MML A; 4PJO E; 5LJ5 h; 5D6Y A; 4OF1 A; 4LNP A; 1NEG A; 2YSQ A; 1VQ8 Q; 2EYZ A; 4NL2 A; 1Y96 A; 1Q7Y U; 4J9G A; 3QJ6 A; 2PUO B; 1VQO Q; 2RI2 A; 4QQD A; 1YIT A; 1ZA2 B; 3JCM d; 2QEX T; 1K9M U; 3VV0 A; 2KT1 A; 1BK2 A; 3X25 B; 3V8K A; 3WVD B; 3KUF A; 3TEE A; 4D8D A; 4NOY A; 5KCO A; 1QVG P; 3VUZ A; 3CCQ T; 3QYH B; 3MPU B; 5C0M A; 1PKT A; 4M78 E; 1M27 C; 2ROL A; 3OYI A; 1RAB B; 3HPW A; 3REB B; 4CC3 A; 3V7C A; 1YIJ A; 1N6A A; 2CZ1 B; 2I2L A; 1D0X A; 1VQ6 T; 2ZPI B; 4RTZ A; 2F2X A; 1S72 A; 4EMK C; 5GAM f; 1Q86 U; 3JCM c; 1M8M A; 2BZ8 A; 3QG1 A; 4M7D E; 3CC2 A; 2RD1 A; 1IRE B; 2GTJ A; 1UEB A; 1NE8 A; 1VYT A; 1X27 A; 2DZC A; 2LCS A; 4A4F A; 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