3OXCA

Wild type hiv-1 protease with antiviral drug saquinavir
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Protease
publication title Atomic resolution crystal structures of HIV-1 protease and mutants V82A and I84V with saquinavir
pubmed rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.16: HIV-1 retropepsin.
pdb deposition date 2010-09-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3oxcA00
4TRZA 3UDQA 2WL0A 4M8XA 3OUBA 1IDAA 5P6TA 5BRYA 4Y4EA 2BPVA 2Q11A 1B6MA 1HEGE 5JFUA 5P7VA 3PEPA 5P5WA 4I12A 4IVSA 4K4RA 5P0GA 3QRMA 4OBZB 5P5UA 3SFCA 3ZKSA 5P7JA 4I8ZA 1HSGA 4OBHA 2Z54A 1YM2A 5P2VA 1XE6A 1MEUA 3IXKA 5P37A 2QZLA 4M8YA 2H6SA 4A6CA 4TVGA 2G1OA 5OZ4A 5P3TA 4EWOA 4ZIPA 1HVCA 3LPKA 1B6KA 4J0TA 5P2KA 5APRE 4Y4UA 4YDGA 5JG1A 1SIPA 3TPRA 5P61A 1EPRE 5B18A 1ER8E 1G35A 3FNTA 3G6ZA 3NXEA 4JPEA 3VLAA 3RVIA 4I0DA 1SGUA 1PPLE 1WKRA 2AVVA 2F80A 5P29A 2A4FA 1FQ4A 1IZEA 5P1PA 1TSQA 2CENA 3PI5A 4DPFA 3UHLA 5OZ5A 4OBDA 5OZWA 1MT7A 1Z1HA 2F8GA 3QRSA 3KFNA 2P3AA 5JODA 2FGUA 4Y4AA 4J1HA 5DQ2A 5IS4A 5P8AA 3QPJA 3VFAA 3UDKA 4HVPA 1KZKA 1KJ4A 1HOSA 2QD8A 5P14A 1MRWA 3UCBA 1B6LA 2NXDA 5KAOA 1XE5A 1M4HA 3QN8A 3L38A 1MTBA 3IA9A 2ASIA 3OU1A 1LYAA 4LHHA 5ENKA 3BGCA 5KR2A 4EQJA 1OEWA 2IEOA 5OZHA 3PLDA 1META 5P6EA 3WZ8A 1MESA 2VIEA 3FSMA 2P3BA 3SKGA 1TCXA 1GNMA 4NKKA 4RCDA 1NH0A 5P6SA 3BUFA 4CMSA 1HVKA 2I1AA 1YTJA 1ODWA 1A30A 4BFBA 5CLMA 1ME6A 3PMUA 5P2HA 3QIHA 3EBZA 1UPJA 2O4NA 5P26A 5P36A 5HVPA 5P58A 4Y43A 1ZSFA 3KFPA 3OADA 5P06A 1SDVA 3HD8A 2PH8A 4K4PA 1NSOA 2F3KA 1GVTA 5P3EA 3VYDA 3OU4B 3EM3A 5P8EA 5J25A 2J9JB 4AA9A 4Y4JA 3IGBA 4EJLA 4Y45A 3LIQA 4F75A 3UQPA 3CMSA 2AZCA 7UPJA 4APEA 1B6JA 1A94A 3BXSA 2WF4A 4FLGA 3KT5A 4ZSMA 4CPSA 3AUPA 3UPJA 1MTRA 2ZJHA 4LXKA 3UDPA 2PWRA 1Z1RA 2Q54A 2RKGA 3NUJA 2FXDA 5COPA 2QHZA 5IVTA 2MIPA 2G1SA 3S56A 3PCZA 5OYWA 5P8SA 3UDMA 2WF1A 4QGIA 3ZKQA 5P5SA 4I11A 3S2OA 1PSOE 5P6VA 5KQFA 1SGZA 5P1QA 3TKWA 3SA8A 5P5NA 4FAFA 5P17A 1EC2A 5P1IA 3SM2A 3Q4BA 4QJ9A 3L5DA 3UDYA 1APUE 3VV7A 2OHSA 5AHAA 3HAUA 5P2FA 5HE7A 3EL1A 3OAGB 5OZYA 3HVGA 3ZMGA 3VYFA 5OZAA 5P5TA 5T4SA 4CPQA 5P75A 1ZBGA 3PWWA 3UDRA 2WJOA 3S7MA 3CIDA 3SA7A 4GMIA 5P88A 3B80A 5P7EA 2OHUA 4PEPA 4Q1WA 4R95A 5UPJA 5P0AA 2I4VA 3RSVA 1QRPE 5P2UA 5P1XA 4L7GA 3UDNA 2QMFA 5P4SA 3M9FA 4Y5GA 1FFIC 3DJKA 4GJDA 3OUAA 1LEEA 2VKMA 3OTYA 4QJ8A 3NUOA 5P8MA 5P8IA 5P2OA 1SIVA 1GVWA 3QP0A 5P3VA 3I8WA 1E82E 5P24A 3OY4A 5OYZA 3OXXA 5AHBA 5P8LA 4COEA 3MWSA 5P18A 5P71A 5P48A 3S43A 2WF2A 5P5LA 3L5EA 3VEUA 2PSVA 3T3CA 2A1EA 1IZDA 5OYTA 3SKFA 2JYSA 3FV3A 2G24A 5P3QA 3JVWA 4I0EA 1HRNA 5EZXA 3VSWA 3A2OA 3TOFA 4B1EA 4EXHA 1E5OE 1GNOA 3D1ZA 4RGHA 1HWRA 3EKPA 3TPLA 1LV1A 5P12A 3KYRA 3ZPTA 5P15A 3OXWA 2HS1A 4Y44A 4FM6A 5P8CA 4DJVA 5P0XA 1AJVA 4QJ7A 4RYGA 5P8OA 3QAAA 2ANLA 1G6LA 4RCEA 1A8KA 4Y6MA 3QBHA 2FDEA 2AVQA 3SA3A 3Q6YA 5P0MA 1HVSA 4D8CA 3D1XA 3HZCA 2QNQA 4FM7A 3LPIA 3PJ6A 5C9BA 3EKQA 4HE9A 1TW7A 4OBGA 5P13A 4Y5MA 4MC2A 4I0GA 4Y4TA 4EJDA 2ZJJA 4Y58A 2ZE1A 4B1CA 3HLOA 1T7JA 5P6UA 5HU0A 3UF3A 5P5CA 3K5GA 4ZSQA 3EKYA 3PLLA 3O9GA 2NMYA 4D88A 3TNEA 3K4VA 2QMGA 2BQVA 2I4XA 3EKXA 2HS2A 5P56A 2FDDA 4YD3A 1HTEA 5P7FA 5OYQA 4YDFA 4EP3A 3PBZA 1BVEA 3O99A 5P5RA 3UFLA 3OUDB 2B7FA 2WECA 3OK9A 2ZHVA 1EPME 5P1AA 4GJBA 2FMBA 3DV5A 3O9HA 4HZTA 2P3CA 5OZUA 3EKVA 4FM8A 3R1GB 1XS7D 2G20A 5P6BA 5P7SA 2QZKA 5P0OA 5P5EA 4J1FA 2QI7A 1C6XA 5P1LA 5P2EA 1HSHA 5I3VA 5ISKA 2R43A 5PEPA 5P5DA 2BBBA 2PYMA 4Y5KA 2QCIA 5HDZA 2PWCA 1EBWA 5HCOA 5P6IA 2AQUA 1GVVA 1OHRA 3IN3A 2OHKA 5OZQA 5OZNA 5HE4A 5P7OA 1HIIA 3PBDA 2V00A 2G1RA 1EC1A 5P7AA 4KE0A 4NJUA 2PH6A 2G94A 5P8TA 5P4FA 5OZTA 2BKSA 5OZ8A 3I6OA 1E81E 5P09A 4Y3PA 3NWXA 5P01A 3KFSA 3NWQA 5P76A 1FEJC 1VIJA 5P2SA 2IS0A 4AUCA 5P7QA 5IVQA 3KMYA 2Z4OA 5P25A 3ECGA 4LBTA 4YOAA 5P2DA 4OBZA 5P4EA 5P2RA 5P27A 4AA8A 5OZLA 2G27A 2G69A 2ZYEA 5P6GA 4D85A 1DPJA 3L5CA 2H6TA 5OZEA 1HHPA 4EYRA 5P4QA 4CPWA 5P3FA 4FRIA 4XKXA 3KDDA 2ZHSA 1HTFA 4Q1YA 1B6PA 1LS5A 5C9DA 3URLA 3URIA 4ZPGA 1IBQA 2RSPA 5P5IA 1ENTE 3EKTA 5P1RA 5P0RA 2QAKA 5P2TA 5CONA 5P4BA 5P34A 3KA2A 5P3KA 5P1NA 4Y3NA 4R5NA 4FL8A 3D1YA 1MPPA 3HW1A 1QBTA 1QBRA 3G70A 3PM4A 4JOOA 5OZXA 1ZJ7A 5SY3A 1XDHA 3JW2A 5DGWA 1FMXA 3IAWA 5AH8A 3FX5A 2R9BA 1FKNA 4B70A 1A8GA 1E80E 3GGVA 3TPJA 5DPZA 5COOA 1ZPKA 5P8FA 5P0KA 5P1MA 5P28A 1EPLE 5P79A 4J0PA 5P3NA 4GJ7A 3U6AA 5P2GA 3NR6A 5P78A 1YM4A 5P1OA 3UQWA 3D20A 1TZSA 3UTLA 4GJ5A 5P3UA 4EXGA 3SACA 2IKUA 4YCYA 4YA8A 5OYYA 5KR1A 3UDJA 8HVPA 1W6IA 4NJTA 4RVXA 5HTZA 2QMPA 4AZYA 1BAIA 3KMXA 3TTPA 5OZ7A 4L1AB 4WY1A 5ISJA 2R5PA 3UQXA 5P1UA 5P0QA 2NMZA 5HU1A 5P0SA 3ER3E 4HDFA 4TRYA 5P57A 1M43A 5P7XA 2ZHUA 2B8LA 4ZLSA 4F73A 5HD0A 3O9EA 3OWNA 5P7DA 3VLBA 4B72A 4YD6A 5IVSA 4OD9B 3VSXA 4CPTA 1HPXA 4Y5AA 5P89A 3KN0A 1YT9A 1AIDA 1BDLA 3BXRA 3WZ7A 4Z2ZA 3OU4A 3DOXA 5P2LA 5P4RA 4FRSA 5P84A 1RL8A 2J9JA 2HB2A 3BVAA 3ZKNA 5P1DA 5P1WA 3OOZA 2VIYA 3INEA 5P3XA 4YCTA 1AJXA 2P4JA 5P74A 1PSNA 4E43A 4ZE6A 2QU2A 1CZIE 4R92A 1F34A 5P47A 3NU6A 4YBIA 3GI5A 4LL3A 3PMYA 4FE6A 5P0PA 5OZKA 4H3GA 1MUIA 1SBGA 4Y37A 4U7QA 4YOBA 2AZ8A 2WHHA 1B5FA 2VJ6A 5OZVA 4EQ0A 2EWYA 1T3RA 1T6GA 5P1HA 3IXOA 4KB9A 4B05A 4OC6B 4B78A 4PPHA 5P3GA 3O9AA 5P3YA 1PPKE 2HC0A 5P5OA 4LXAA 5P6CA 4XX3A 4JPCA 4Y3ZA 3OAGA 1IZIA 3LNKA 2AIDA 4Y4DA 2V0ZC 3MXDA 5IE1A 3URJA 5HDVA 2QI4A 5P23A 2ZJIA 4B00A 5P6FA 4I0HA 3APPA 3IXJA 1K1UA 1YTIA 3T7QA 3EL4A 5OZ9A 2HM1A 2PQZA 2AOGA 5BS4A 3LIXA 1AM5A 3HBOA 5P16A 5P0ZA 3OGQA 4Y5LA 1BVGA 2QI6A 5P0UA 2NNPA 1FQ5A 1XL2A 5C9FA 5P3OA 5P50A 3ZKIA 5P3PA 3KT2A 3DK1A 4DQCA 3PI0A 2VIJA 5EZZA 4YE3A 4HDBA 1XN3A 1EPOE 4DJPA 1KJGA 2O4KA 3T7XA 5P4AA 4Y3QA 2ZJNA 2JE4A 2XFIA 5AH6A 5OZGA 4EHCA 5JFPA 1BXOA 2QNPA 2JJIA 3SA4A 4BFDA 3KDCA 3S8IA 5P3ZA 4Q1NA 2AOCA 5OZRA 4X7IA 1FIVA 2HIZA 5P38A 4WTUA 5FIVA 5P49A 5KR0A 2AVSA 2ER9E 3ZKXA 1AAQA 2F81A 3T11A 3BGBA 5P1FA 3T6IA 5P32A 3PSUA 5P8PA 3SQFA 1FF0C 5HDXA 5DGUA 5P1CA 4H3JA 2XYEA 5P6MA 4DJOA 5P0LA 4ZPFA 1K2BA 4J1CA 4RLDA 2FNSA 3SO9A 2IGXA 4ER2E 1SP5A 4DJRA 2IGYA 2IKOA 1HXWA 1ZPAA 2IDWA 1LYBB 3L58A 2HAHA 1LYAB 3INFA 5P1YA 2AVMA 4ER4E 3R0YA 4PYVA 3D91A 2P3BB 3G72A 5P1ZA 1EPPE 2R3WA 5OZMA 4CP7A 3S53A 1T7KA 5P4MA 5P7YA 4EJKA 2Q55A 2QHCA 4DJQA 1NPWA 3L5FA 1RV7A 2OHNA 3OQDA 5P46A 5P35A 3WB4A 5OYVA 4CPRA 3GGXA 5P0JA 3FNSA 3OQFA 2VA6A 5P4YA 1FGCC 5P66A 1K6TA 4R93A 5P6LA 3DCKA 5P4KA 3PSGA 4FAEA 5P31A 5P1KA 5KQXA 3I2LA 4Y54A 5P8JA 1UH8A 4GJAA 4K4QA 1ZP8A 5P77A 1EEDP 2ER0E 4DJXA 3INHA 5P30A 1SDUA 4GB2A 1FMUA 1EC0A 4Y53A 3GI6A 4YD7A 1D4YA 3OUDA 4J5JA 2HB3A 2BPZA 5P4JA 5P5KA 3NXNA 2ZJLA 1BDQA 1HVLA 1W6HA 4YCKA 5P0VA 5P3BA 5P8DA 4Q1XA 3GW5A 1ZTZA 3S7LA 4GZFA 1YTHA 5P7NA 3MXEA 5P2WA 3D3TA 4PZXA 3AIDA 4YD4A 5P6JA 5P7LA 5P62A 4D83A 4A6BA 5OZZA 5OZFA 3PHVA 5P3AA 3CYXA 3PB5A 4MC1A 5TOLA 3WB5A 2UPJA 2ZHRA 5P10A 3PWRA 2UY0A 2F3FA 4APRE 1HTRB 4ER1E 5P8GA 2QD7A 5P1JA 2ZGAA 5P0FA 5P7MA 3NU5A 4ZEAA 1BIMA 5P72A 1GKTA 3OU3A 4DUSA 4GJCA 2IENA 1ZSRA 4GYEA 1BV7A 3LZYA 1PFZA 5P3IA 3S54A 3EKWA 5P43A 3GI0A 1LF2A 2CEJA 3NLSA 4HEGA 3U71A 4DI2A 5P5MA 7HVPA 2QI1A 1IZHA 5DR7A 5P5ZA 1LZQA 5P1TA 2G21A 4TRWA 4RYCA 5P7WA 2AVOA 2ER7E 3CYWA 4DQHA 1T6EX 5DQCA 2PK6A 2Q3KA 1HVIA 2NNKA 2FNTA 1DAZC 1RNEA 5KQZA 1W51A 4RROA 5P0IA 4K9HA 1AXAA 2QZWA 5P7BA 5OYXA 1OD1A 1C6ZA 4Y3GA 5P3HA 5P67A 1D4JA 5P2IA 1B11A 5E5KA 4OBFA 5AHCA 1PPME 2AOIA 5P1SA 3O9IA 5P04A 1HEFE 1YG9A 4X2LA 2I0AA 3VG1A 4GJ6A 3LITA 5P4PA 3R2FA 4B0QA 3RSXA 4Y39A 5P83A 2VA5A 5P2YA 3EM6A 3EM4A 2G22A 4I0IA 3S45A 1FQ7A 2Q63A 1HPVA 1ZAPA 1D4HA 5HE5A 3DUYA 2P83A 5P7ZA 2RMPA 2QHYA 3I25A 1M0BA 4FRJA 1W5YA 5SZ9A 3ZKGA 4U7VA 5P2MA 5P8HA 3APRE 5P82A 5P5AA 3NU3A 2Q64A 1YX9A 2OF0A 2WF0A 5P87A 2R8NA 3GI4A 5P8VA 5P0YA 3IN4A 1LYWB 4FSEA 2QNNA 3VV6A 2I4DA 3NU9A 4PZWA 5P3LA 4DH6A 3SLZA 2VIZA 1LF3A 2V10C 3H5BA 3PSYA 1FG6C 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4TRZ A;  3UDQ A;  2WL0 A;  4M8X A;  3OUB A;  1IDA A;  5P6T A;  5BRY A;  4Y4E A;  2BPV A;  2Q11 A;  1B6M A;  1HEG E;  5JFU A;  5P7V A;  3PEP A;  5P5W A;  4I12 A;  4IVS A;  4K4R A;  5P0G A;  3QRM A;  4OBZ B;  5P5U A;  3SFC A;  3ZKS A;  5P7J A;  4I8Z A;  1HSG A;  4OBH A;  2Z54 A;  1YM2 A;  5P2V A;  1XE6 A;  1MEU A;  3IXK A;  5P37 A;  2QZL A;  4M8Y A;  2H6S A;  4A6C A;  4TVG A;  2G1O A;  5OZ4 A;  5P3T A;  4EWO A;  4ZIP A;  1HVC A;  3LPK A;  1B6K A;  4J0T A;  5P2K A;  5APR E;  4Y4U A;  4YDG A;  5JG1 A;  1SIP A;  3TPR A;  5P61 A;  1EPR E;  5B18 A;  1ER8 E;  1G35 A;  3FNT A;  3G6Z A;  3NXE A;  4JPE A;  3VLA A;  3RVI A;  4I0D A;  1SGU A;  1PPL E;  1WKR A;  2AVV A;  2F80 A;  5P29 A;  2A4F A;  1FQ4 A;  1IZE A;  5P1P A;  1TSQ A;  2CEN A;  3PI5 A;  4DPF A;  3UHL A;  5OZ5 A;  4OBD A;  5OZW A;  1MT7 A;  1Z1H A;  2F8G A;  3QRS A;  3KFN A;  2P3A A;  5JOD A;  2FGU A;  4Y4A A;  4J1H A;  5DQ2 A;  5IS4 A;  5P8A A;  3QPJ A;  3VFA A;  3UDK A;  4HVP A;  1KZK A;  1KJ4 A;  1HOS A;  2QD8 A;  5P14 A;  1MRW A;  3UCB A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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