3OYHA

Crystal structure of the prototype foamy virus (pfv) intasome in complex with magnesium and the insti mk0536
Total Genus 106
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
106
sequence length
368
structure length
368
Chain Sequence
LDAELDQLLQGHYIKGYPKQYTYFLEDGKVKVSRPEGVKIIPPQSDRQKIVLQAHNLAHTGREATLLKIANLYWWPNMRKDVVKQLGRCQQCLITNASNKASGPILRPDRPQKPFDKFFIDYIGPLPPSQGYLYVLVVVDGMTGFTWLYPTKAPSTSATVKSLNVLTSIAIPKVIHSDQGAAFTSSTFAEWAKERGIHLEFSTPYHPQSSGKVERKNSDIKRLLTKLLVGRPTKWYDLLPVVQLALNNTYSPVLKYTPHQLLFGIDSNTPFANQDTLDLTREEELSLLQEIRTSLYHPSTPPASSRSWSPVVGQLVQERVARPASLRPRWHKPSTVLKVLNPRTVVILDHLGNNRTVSIDNLKPTSHQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Recombination,viral protein/dna
molecule keywords PFV integrase
publication title Molecular mechanisms of retroviral integrase inhibition and the evolution of viral resistance.
pubmed doi rcsb
source organism Human spumaretrovirus
total genus 106
structure length 368
sequence length 368
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
A PF17921 Integrase_H2C2 Integrase zinc binding domain
A PF18103 SH3_11 Retroviral integrase C-terminal SH3 domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.2300 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Arc Repressor Mutant, subunit A 3oyhA04
1.10.340.70 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Endonuclease III; domain 1 Endonuclease III; domain 1 3oyhA01
2.30.30.140 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 type barrels. 3oyhA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3oyhA03
3AVJA 3VQBA 4F4KA 3KK3A 4LSNA 1RDAA 1XHZA 1T7PA 2EHGA 2YKMA 4FK2A 3DRRA 2EQMA 1HJRA 3ULDA 1TK8A 1TL1A 1S6QA 5D6YA 4W5OA 4M3TA 4IURA 3NH2A 2DFFA 2VG5A 1T05A 2RHYA 3LLRA 4XIUA 4GY5A 3FLGA 4EP4A 5JS1A 3KJVA 4FJLA 1J9AA 1RDDA 3VQ9A 4IUUA 1W0HA 3L2RA 1DLOA 3SUNA 2R57A 4CJSA 3OS0A 4E19A 2YNGA 1C0TA 3AO3A 3ZT3A 1LWFA 3QERA 1RBVA 3V1RA 4ID5A 4DS4A 5KRTA 3UIQA 1HPZA 3KKRA 3CG7A 1VSIA 2QXFA 3NF9A 3ITHA 2PQWA 3HM9A 2FHDA 3L2QA 2HHWA 2LCCA 4AHVA 1JLGA 3LAMA 1X9SA 2KFZA 4FJXA 1VRTA 4PQUA 4FZYA 3MEVA 1U49A 3AO4A 4CGJA 3SPYA 4DTMA 3SI6A 3SD4A 3DB4A 4NYFA 1UAXA 1S9EA 3RRGA 4DLEA 4CF0A 4E7KA 4OPJA 1NJWA 2JZ2A 1JLFA 2RHUA 2FBTA 2G8FA 4DSFA 3MXJA 3OVNA 3P8HA 3SUQA 1EKEA 3CQ8A 5KGWA 4RW4A 3MEGA 1HNIA 1NOYA 2RN2A 5FROA 4QQGA 4NCBA 2OPQA 1D9FA 4B9VA 4CF2A 3HVTA 2E6MA 4L59A 3K2PA 1JXEA 1QHTA 4Z02A 4KTQA 2VYTA 2IGIA 4HUGA 4X34A 1RTDA 4EDUA 5CYQA 3SV4A 2OPPA 3ZSWA 5C42A 3OYBA 3PO5A 4CHQA 2LRQA 4F2SA 3S9HA 4OKJA 3M8QA 1IKXA 3OYLA 5D3GA 3AVMA 3QINA 4DTJA 3ME9A 1G15A 3K5OA 2Y1IA 2YNFA 4CF9A 3SQ1A 4O55A 1UWBA 4IUQA 3VQ4A 4CK1A 4E0DA 4CJ4A 3OS1A 3LPUA 1NKEA 4FJNA 5JS2A 4QW2A 1W9HA 4PLLA 1RNHA 4CFAA 2EQKA 1BISA 4NCGA 4OKKA 3THVA 1R0AA 1T03A 3RRHA 2R58A 3NGZA 4CIEA 3L2UA 3KIOA 3VQEA 4FVMA 2M1HA 2CKKA 4FJKA 4FW2A 2G8KA 4EZ9A 2KZMA 5DMRA 2EX3A 3E9FA 4DU1A 1XWLA 1NK4A 3BDPA 2HQEA 4B8AB 4LSLA 2M0OA 3TI0A 3HSTB 3CFOA 3G0ZA 3AV9A 4FM2A 2GFUA 3L3UA 4C8NA 2QK9A 1WAFA 5CZ2A 2NUBA 1N5YA 2HVHA 4EP5A 1RT3A 2JTFA 5J2QA 4FLWA 2AJQA 2G8WA 3LGLA 4N4GA 4KI6A 3OYMA 1IKVA 1KLMA 3H8ZA 3NCIA 3LDSA 2VG7A 4CE9A 4N41A 1B9DA 1KRPA 3AVNA 4RW6A 1YTUA 4HCZA 3F73A 4KREA 2BKDN 4KI4A 5HRPA 4QAGA 2R5MA 4M41A 4DQRA 1KHCA 3EY1A 2B5JA 1X1PA 2GBZA 5KCOA 2WOMA 1IKYA 3PV8A 4E7LA 4FJJA 5HRNA 4NCAA 3DOLA 4NZGA 3DLHA 1ASVA 1RI0A 4N4IA 4F3OA 1C0MA 2ZQBA 4CJVA 4DQPA 1EXQA 2XK0A 1BQMA 1SKWA 4CFCA 4FJHA 4BDPA 4AHRA 4CGHA 3DLRA 3NE6A 3HPHA 5SZTA 2BANA 3HXMA 1OZ2A 2KZZA 1BGXT 3DLGA 2RJFA 2F8TA 1WJSA 4ELUA 4DLGA 3PO4A 1RBUA 2WACA 4C5HA 3OYIA 3KK1A 3VQDA 3VQAA 4CJ5A 4M3XA 3QIOA 3ZSYA 1L3TA 4DQIA 4CK3A 4J2EA 2R7YA 3QNNA 4H8KA 4FLUA 1ZBLA 4DFJA 1JLAA 2HW3A 4YFUA 3AO2A 1Q8IA 2X35A 1VSEA 2RJDA 2IOCA 1BHLA 4M45A 3AVIA 1RT6A 3C95A 3DLMA 4B9UA 5HP1A 1NK7A 2RI5A 3META 4CJ3A 3ZT0A 4B8CA 1N27A 4JRPA 4PUOA 4KAZA 4F2RA 3I0RA 2JGUA 4OGCA 3LX7A 1CZBA 5CYMA 2X6NA 2LSNA 1X9WA 4DFPA 2BUDA 3QIPA 5HRRA 4DU3A 3VQ6A 3LPTA 3WNGA 4OVAA 2A1SA 3F9KA 1S9GA 3SYZA 1BCOA 4CFDA 3K5MA 1ITGA 4DSLA 2GV9A 3EZ5A 3RMDA 4UQGA 5CIUA 2ITGA 3TAGA 3NTHA 3ZEHA 5J2MA 4EZ6A 1RILA 3FFIA 3UWNA 4ZTJA 4LY7A 3H08A 4FLVA 3TWHA 2DFHA 4CCHA 3JYTA 1EX4A 3JSMA 4BE2A 1TL3A 4BDYA 5KE2A 4CEBA 3DB3A 4CJKA 2YV0X 2X4XA 2O4GA 4B3OA 3HVRA 4PL6A 1WSHA 1JLQA 4RG8A 5J1EA 3MO8A 3ZSQA 4DF4A 3PX0A 3OYAA 4W5QA 2ETJA 3OYEA 3IRXA 4KHQA 4Z4GA 3C94A 1S6PA 3PMIA 3FDRA 3OYGA 1MU2A 1BIUA 3NH0A 4OLBA 1C0UA 4C8LA 4UC4A 4JS5A 4A4HA 4N47A 4B9XA 2YNHA 4KRFA 2M16A 2L3RA 5SWMA 3PUFA 4M42A 2KFNA 4CIFA 3NDKA 3ZT1A 4ELVA 3AVHA 2RI3A 4IUVA 3OA6A 4CGDA 3NAEA 4E7JA 4FXDA 1TK5A 3DLBA 1KLNA 1BIZA 2G8IA 2QQRA 1WSJA 3G10A 1K6YA 3DRPA 3MEAA 2B6AA 4KTZA 3LYIA 1N6QA 1KSPA 3RMBA 3EYZA 3QLHA 4CJQA 4E7HA 1IH7A 3SZ2A 1RBSA 2HHQA 2G8UA 4OVLA 5C24A 3ZT4A 3HK2A 4CHPA 3SCXA 3QEPA 4Z4EA 4DQQA 1LWEA 4KHNA 4CJEA 4JRQA 4AHSA 3KD5E 3DLKA 4AHUA 1NOZA 5KTQA 4N4HA 4CEEA 1SL1A 4CEQA 3LP3A 3PNWC 3MXIA 4AH9A 3I8DA 3VQCA 4M3YA 3PFSA 4FJMA 4FZXC 5I42A 2PYLA 4CEAA 4W5TA 2PZSA 3DOKA 4RW8A 3OB9A 2HHTA 4RW9A 2RJCA 2IS3A 2RO0A 1NKCA 4F8RA 1EP4A 2RPIA 4DTNA 3GOXA 4KHWA 4B9SA 3DRSA 1U4BA 3M8SA 5FRMA 2PY5A 1S1TA 1XI1A 1XHXA 4KTWA 1IG9A 3P8DA 3SQ4A 4DS5A 4BD3A 3VQPA 4CFBA 1WSGA 1RDBA 2NLUA 3CEYA 5KE3A 3LZJA 1SL0A 2Z1GA 1Z26A 4I9LA 3NBPA 4NS5A 4FJ8A 4Q0BA 4E89A 5CZ1A 2D9TA 2X78A 1UOCA 4Y1DA 3SPZA 4KB1A 1C1AA 2HNDA 5C6SA 3V9SA 1C1CA 5I3UA 3LH0A 2E5QA 3C6UA 2E6LA 1WSIA 3NFAA 3I0SA 4DTSA 2BE2A 4CIGA 4CJTA 5C25A 4PY5A 4A4GA 2DTUA 3ZCMA 1CXQA 1DTTA 4LD0A 4OLAA 2VG6A 5KH6A 3S3OA 5J2PA 1RT5A 4CF8A 3ZSXA 2KTQA 2HHSA 1ASWA 4MQ3A 4CJWA 1RCHA 5J39A 2OPSA 4A4EA 2YKNA 3ISNC 2Z1IA 2F8SA 2IDOA 4JS4A 1NK0A 3V4IA 2XY7A 3M9QA 2K3YA 3OYCA 3EAEA 3PX6A 3NNQA 3HP9A 3KLHA 3OYJA 4AILC 4FW1A 3BDLA 1O1WA 3RR7A 3MEEA 3P5JA 4A4FA 3TARA 3KLEA 1NJYA 1B92A 3RTVA 2RKIA 3VN5A 1ZBFA 1U47A 1RTJA 1RT2A 1YT3A 4Y1CA 3C6TA 3OS2A 1RDCA 1VRUA 3B6PA 4KHYA 1CXUA 4YNQA 1TKTA 3AA2A 1ASUA 1TK0A 1D9DA 1NK8A 3AO1A 2ZE2A 2RHZA 4OJRA 2Y1JA 3PMTA 2XO7A 4FLZA 3QJ6A 4E1NA 4O44A 5HBMA 4J2BA 4HTUA 4KV8A 1SUQA 4G1QA 3VQ7A 5KRSA 2LTOA 3OJUA 1LAVA 1FXXA 3RMAA 4Z4CA 4CECA 1TVRA 4J2AA 2X4WA 5HRSA 2IC3A 2EQUA 4C5IA 3KLGA 3ASMA 1QSSA 3O8VA 1DTQA 4DSIA 3NF6A 4QQ6A 2D0AA 1TKDA 4QOZB 1GOCA 4MFBA 4AHCA 3L2WA 3S3MA 1JL2A 3CFRA 1WSEA 1BI4A 3SUOA 4IG0A 3LP0A 1U04A 3VA0A 3DLEA 5T7BA 4ICLA 3AVCA 3QEVA 3O3GA 4QQDA 1NK9A 2HVIA 1EETA 3LANA 2X74A 3PY8A 3MAQA 1MHNA 4CHNA 2IAJA 3T19A 3ZSZA 1BCMA 3ASKA 4O0IA 3DMJA 4F3TA 4FCYA 1I3AA 3AVGA 1ZBHA 2MWOA 4CGGA 3NF8A 2X6SA 4FK0A 2FBXA 3V1OA 2HMIA 4IUTA 4KHUA 3S6WA 2X4YA 3AVBA 4DTUA 4I9QA 3MXMA 3OJSA 5EU7A 3VQ8A 3HJFA 2HHUA 1JL1A 2RJEA 3D45A 2YHAA 1JXBA 4Z4HA 5K14A 4BE0A 3KK2A 3K58A 2HHXA 3LGFA 3S3NA 1FKOA 1L3UA 5C0MA 3U6FA 3NF7A 1LWCA 4Z0UA 1NK6A 3HPOA 4PA1A 3HL8A 2FBYA 2G8HA 5HLFA 3T1AA 3TAMA 3QETA 2LVMA 4AHTA 3ZT2A 4B9TA 1KVBA 1CLQA 4LH5A 3M8RA 4BACA 2BGGA 3V9XA 1JLEA 4DTXA 1WAJA 4FJIA 1L5UA 1WJRA 3K57A 2DY4A 4QVZA 1RT4A 4FJ7A 5FDLA 1BI4B 4B9MA 4BDZA 4J2DA 4Z4IA 4KKOA 1NK5A 2MWPA 5E41A 1Q9YA 2P5OA 1KVCA 3MP8A 3K5NA 2YRVA 3AVFA 3LWMA 4FM0A 2RHIA 2O4IA 1HNVA 3MEWA 3ALYA 3OMCA 3QEXA 4CJUA 3LAKA 1QQCA 3TAEA 4L8RB 2I5JA 2A1RA 1VSHA 4N5SA 4IUPA 1TGOA 3TR8A 5KGXA 3O4QA 4GVMA 5HROA 4B9WA 1TAUA 4LD6A 4HVJA 4ELTA 2L89A 4CEDA 3TANA 3FC3A 3HPGA 4CHYA 4BWJA 3AA3A 3E9GA 2E4LA 3AVAA 2VWKA 1C6VA 1WN7A 3OYHA 3TAQA 1XC9A 3ZSVA 1FK9A 1ZYQA 5M9OA 4W5NA 1HMVA 4BWMA 5KI6A 1S5JA 3KLFA 1VSFA 3C4SA 5IAYA 4DWIA 3L8BA 1OI1A 1HQEA 3SV3A 3V6DA 4GW6A 1UA0A 1IKWA 3QBYA 4CERA 3SQ0A 3QEIA 1JKHA 4Q5WA 1VSLA 2B8AA 4CJPA 4C5GA 1Q9XA 3RMCA 4C8OA 4RG2A 2FBVA 1QE1A 2Z1HA 4I2PA 2DIQA 4DQSA 4JLHA 4GMJB 3QIIA 2HHVA 3ZSOA 1VSKA 1BQNA 2G8VA 3OY9A 4QCLA 1SL2A 2OZMA 1KFDA 1C1BA 3OYNA 2K3XA 1WGSA 1YTAA 3L2VA 4DU4A 2B4JA 1JLCA 2HNZA 2YNIA 3CM6A 1NKBA 4CJLA 3SQ2A 1SSFA 3QKJA 1HYVA 2HB5A 3O3FA 3LZIA 4HCCA 3OQ5A 4RW7A 1GOAA 2QQSA 1D5AA 4B9LA 4FK4A 1SKSA 1RT1A 4O5BA 4Q5VA 1A5XA 1A5VA 4CEFA 4FU6A 3KUFA 3HP6A 3IG1A 4BE1A 4FZZA 3O4NA 1BL3A 4DTRA 3Q1JA 2WONA 4HCBA 2HQXA 3V9WA 1TAQA 4FLYA 1RT7A 3A2FA 4OPKA 3QEWA 1S1VA 3BGRA 2LDMA 3OYKA 2OA8A 1VSDA 3ZSRA 3NHGA 2F5KA 4IFYA 3RR8A 1S1WA 2P51A 3TABA 1WSFA 4CJFA 3SJJA 2D0BA 3LP2A 3U3GA 4M3ZA 3HYFA 3OMGA 2Q3SA 3SUPA 2E6NA 1WLJA 3LALA 4DSJA 3AVLA 4IFVA 2OPRA 4HUEA 1VSJA 1LAWA 4I7FA 4OKEA 4DFMA 1RBRA 4M3WA 1TKZA 3L42A 2D0CA 4DSEA 1T8EA 4KO0A 1L3VA 1VK0A 4IDKA 1GOBA 2G3RA 4K8XA 3MEUA 1OYXA 3OYDA 3P83D 3KLIA 3T3FA 4CRIA 1QS4A 4H4OA 3V9UA 1SV5A 3AVKA 3PX4A 4DMNA 3NH1A 3F70A 3QESA 3VQ5A 2O4XA 2RHXA 1NJZA 2XY5A 2OZSA 4B08A 4O0JA 4DTPA 1KTQA 5CY4A 3IS9A 2XRIA 2VWJA 4CK2A 4O4GA 2QKKA 3L3VA 4ID1A 1JLBA 3D0PA 3MEDA 1LV5A 4KPYA 3V9ZA 4M3RA 2KW4A 1S1XA 4ZHRA 3WNEA 3FEOA 2EQJA 1H3ZA 5DK5A 1S1UA 1WNSA 2DAQA 1HQUA 2ATQA 1J53A 4CGIA 4KFBA 2IG0A 4C5EA 3NGYA 4II1A 1LW2A 4K8ZA 2GF7A 1CZ9A 4CEOA 1D8YA 4I2QA 1SKRA 3QNOA 1Z25A 4FYDA 2XHBA 4PLIA 3B6OA 3LP1A 1A5WA 4HUFA 2D5RA 3KKSA 4Z4FA 1REVA 5D6WA 3DI6A 3CYMA 4M3UA 5D6XA 1RTHA 4CGFA 1F21A 2FC0A 2XY8A 4N76A 2KQ2A 4LH4A 4FM1A 4FLTA 4C8KA 4E3SA 1J5OA 5KCHA 3IAYA 4FL6A 4WE1A 4OGEA 2GFAA 4NYNA 1KVAA 3M8PA 2JLEA 2F96A 3AA4A 2OYQA 4DFKA 3KD1E 1HYSA 4E1MA 3WNHA 4TSXA 1QTMA 3VQQA 3UT1A 3AO5A 1OZ3A 1TKXA 4N56A 1VSMA 4CESA 4R5PA 3O3HA 3SNNA 2O4XB 2P1JA 2P0KA 4H4MA 1NJXA 4FJGA 1I39A 3K59A 3E01A 4CHZA 5IN1A 1QSYA 2XY6A 3H6ZA 4W5RA 3HO1A 3HT3A 3CM5A 3OYFA 2EFIA 2BDPA 2GUIA 4CF1A 1RBTA 5J2NA 3WNFA 1QSLA 3LWLA 2P5GA 2DFEA 4DSKA 4IG3A 3NTIA 1KFSA 2R5AA 3NGIA 4DF8A 3KTQA 2QKBA 4CEZA 1XNIA 2L8DA 1RTIA 1X9MA 3V1QA 3TAPA 5J26A 2EKOA 4CJRA 4HHTA 3V81A 1KCFA 1UA1A 4E7IA 2W42A 2DIGA 4DG1A 1G5VA 1YVUA 4PWDA 3DM2A 4C8MA 2RI2A 3NTKA 2PYJA 4FJ5A 1J54A 2ZD1A 3DYAA 1WJQA 4IKFA 1U45A 3MP1A 1IO2A 3QO9A 2XDPA 3P1GA 1TV6A 3AA5X 2Z1JA 3TAFA 1ZBUA 4FLXA 1LW0A 3CFPA 3VA3A 3U3YA 4KHSA 1HRHA 2YHBA 4FJ9A 3MECA 3K5LA 1L3SA 4KB0A 2BIVA 4DTOA 2HNYA 4IBNA 1U48A 1FKPA 2RF2A 5FRNA 1ZBIA 1HYZA 3RWUA 4ZTFA 1B9FA 4B9NA 1Y97A 4CHOA 3MP6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1CZAN 3AVJA 1OH8A 1RDAA 1XHZA 3W2AA 2YKMA 4JZ3A 4L9NA 4FK2A 1GCQC 1HJRA 4JKBA 3ULDA 3DU6A 1TK8A 1S6QA 3TU4K 3CCQA 4W5OA 4M3TA 3OW2A 3O2PE 1VQ8I 2D1KA 4HAMA 4HYEA 3TOBA 5AQJA 5BRHA 5EYRA 1ZRDA 3THYB 2PMUA 3Q0WA 1T3SA 1HJOA 3PFYA 2KAFA 5J8FA 3S1RJ 3BG6A 2ISYA 3U9DA 2DEQA 3LLRA 3KHYA 4DB3A 1T98A 3JRGA 2O8FA 4HF1A 3OBYA 1A36A 4IUUA 2HOAA 4S0HB 3R6NA 1NLVA 3HOWJ 2YNGA 2V7YA 3W3DA 1TLHB 2ETHA 5LFAA 3CCLQ 2K4YA 1LDJA 2E7WA 3V1RA 1WHLA 4M75E 1XMKA 4RB3C 2ABLA 5KRTA 3I56A 4LG0B 3PE0A 3LSMA 1HX1A 1F36A 2Y48A 2H3JA 1B6AA 3EGXB 1C0WA 2BY3A 4BRPA 1DKGD 1ZH5A 2Z1DA 4WX9A 5FB2A 3KVGA 3KZYA 2P4RA 1RI7A 5EDNA 2LCCA 5I21A 2QTVA 3LAMA 4F52A 2KFZA 1X3ZB 1E4GT 3K4BA 1R1UA 2P81A 2O6GE 4JJCA 1U49A 5CAIA 4B1ZA 2CV2A 2GM4A 1D0YA 2QQ8A 3SI6A 4XRSG 2E8AA 3ZETB 2XF5A 4R56A 4NYFA 3SBTA 1UAXA 1RETA 4CF0A 3QOEA 2V9KA 2DPUA 4FWLA 2DA7A 2GXBA 1NJWA 2JMAA 3VEWA 2DYSH 2F2WA 2FBTA 3P8HA 4C8QD 3SUQA 3CQ8A 3M54A 5KGWA 2YUSA 3MEGA 2CW0F 1R59O 4Q48A 3EUHC 2KL4A 2KYBA 3SMPA 1D9FA 1J7KA 4FWRA 2FD5A 3HVTA 2O88A 1HSJA 3CC2A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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