3P4ZA

Time-dependent and protein-directed in situ growth of gold nanoparticles in a single crystal of lysozyme
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title Time-dependent, protein-directed growth of gold nanoparticles within a single crystal of lysozyme.
pubmed doi rcsb
total genus 45
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2010-10-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3p4zA00
2WARA 2YSSC 4AGAA 1IO5A 4EOFA 3EBAB 1JKBA 3W6BA 1JKDA 1XGTC 4XADA 3T6UA 1HEMA 5APDA 1JTPL 3P66A 3WXTA 4BS7A 1GFEA 4TTDA 5B59A 1AM7A 3LZ2A 1LJKA 5II3A 4G4CA 1NHEA 4N9RA 3IWRA 4BADA 4NHSA 4NSGA 5APEA 4YOPA 2ZNWY 1HSWA 1WVUA 1HSXA 4DD3A 1LOZA 3A92A 1IC4Y 1O23A 2NWDX 3WMKA 1FLWA 4Z46A 1LJHA 2BQNA 1QUTA 3A3QA 3M3UA 1FLYA 2ZNXY 4YF2A 2XTHA 2G4NA 3E3DA 4H9BA 2BQOA 5JENB 133LA 1HEPA 2MEBA 5E4PA 1INUA 5APFA 1HMLA 4IASA 3EMSA 4N5RA 1JWRA 1UIFA 3B0KA 1YAQA 3AZ4A 2MECA 1FLUA 4TSBA 1YAPA 1T6VL 1C43A 1LZ5A 1P2CC 4FDYA 1ZMYL 2CDSA 4QGZA 4B49A 1PZYA 1TAYA 3J6KA 1FDLY 1F10A 4HJVA 4CFPA 4DD9A 5KY1A 3A90A 1NBZC 1BHZA 1IC5Y 1LZAA 2Z2FA 4GCFA 3TXGA 1G7HC 4WM6A 4MSTA 4XENA 1GF3A 2ZILA 5LVKA 1C45A 1VAUA 1LSFA 2BQJA 2BQDA 3D3DA 4RW2A 1GF9A 4J1AA 5T3FA 4PGJB 5C6JA 4QEQA 5FELA 1V7TA 1YAMA 2LZTA 3WXUA 1QTEA 1GBXA 1JTTL 1D0KA 2HEEA 1LJ4A 4WLXA 4DD1A 2ZWBA 1W6ZA 4OOTA 1IWZA 3FI7A 2MEIA 1DPXA 1NBYC 1JKCA 3QY4A 5HQ1A 5I4WA 5LVHA 1I20A 1KIRC 1B7PA 4ET9A 4BAPA 2BQBA 4ET8A 2LYOA 5EBHA 2LZ2A 4H9CA 4B4IA 4OWEA 2HEDA 4RDSA 1LZRA 7LYZA 4HTNA 4J1BA 2F30A 2BQHA 4XJDA 1OUFA 1JSEA 1QDTA 3N9CA 2LHMA 5KXYA 1B7OA 1UC0A 1D0MA 1JEFA 1VDPA 4WG1A 1GE1A 3WUMA 1RI8B 2BPUA 3CT5A 4R0FA 4A7DA 2LYZA 2YBLA 1GFRA 3LYMA 1BB7A 3AZ5A 4NWEA 5LA5A 2ZIJA 1GWDA 1QSWA 3WU8A 9LYZA 1LSDA 4RW1A 2VB1A 2BQLA 1DI5A 1GE0A 1JJ1A 5LVIA 5B05A 4KL7A 4LGKA 3HBDA 1GB8A 4WO9A 3VWOA 3GXRA 3ZVQA 1BWHA 4N1EI 3QE8A 4YM8A 1CJ9A 5ILCA 1KXWA 1YANA 2DQIY 1IWWA 4NHIA 2DQGY 5KXWA 4WLTA 4NGKA 3CQLA 1JIYA 5DN5A 4HP0A 1DQJC 1JTOL 2C8PA 207LA 3J4GA 1XEKA 1WTNA 1IWYA 5FEKA 4NGLA 4H8XA 4H9IA 3AW6A 4YENA 4DD7A 1CJ8A 4G4HA 1YIKA 1FBIX 4I8SA 4H93A 4ZFPA 1B7SA 2BQAA 4HPEA 1LZ4A 4IATA 4XJIA 2MEAA 1GF5A 5DL9A 5I53A 1IWTA 5KXSA 1A2YC 4IJ4A 3WUAA 1I1ZA 1LHKA 1NF5A 2FBDA 3G3BB 3A6BY 3WPKA 2BLYA 1VDTA 1MLCE 4H8YA 1RJCB 3A94A 4PRUA 5F9UA 3IJVA 3F6ZA 1DZBX 1B5XA 3W6AA 2YBJA 1QUSA 1ZVYB 1IR7A 1VDSA 1LSMA 1REZA 1KXYA 4NGJA 4C5FA 1WTMA 4ZEEA 2BQGA 1BQLY 2EIZC 4LZTA 4NHPA 4ETDA 4XJHA 1JJ3A 1TEWA 1WQNA 134LA 5HMJA 4II8A 3WW6A 4DWXA 4CGEA 1RCMA 2DQCY 1QIOA 5M1YA 3WH1A 1CNSA 3B6LA 4DD2A 5LVJA 3BKHA 5I5QA 1B7LA 1EQ4A 1LJEA 5KXNA 1LSNA 3RU5A 4M6DA 5LIOA 5I54A 1JISA 4XJGA 1B5UA 4WLDA 1CKFA 1HMKA 3M18B 4KPMA 3ULRA 1TCYA 5ILFA 1G7MC 1UA6Y 1YAOA 2CGIA 5DN4A 4RLMA 1GE2A 5B07A 1HEWA 3ZEKA 1IORA 2CWIA 2W1XA 3A34A 3CSZA 4NIJA 1OUGA 4UWUA 5B1GA 3W6CA 4ANRA 2I6ZA 3A95A 1OUBA 3FE0A 1GBZA 1LZGA 3TXFA 1AZFA 5F9XA 4WM5A 2MEEA 2HEFA 1GFHA 1HC0A 4NSHA 1BVXA 1IOSA 1LPIA 1BB5A 1GHLA 1GB3A 2DQEY 4MCKA 2BQMA 1YL0X 1GF7A 3IJUA 5F14A 193LA 4H90A 4OWHA 1LKSA 3OK0A 5B06A 1LJ3A 4NGOA 4ML7A 3W6EA 1LZSA 1G7LC 1IWUA 1GPQC 5A3EA 2PC2A 4AXTA 2YBHA 5AMYA 1GB6A 4TSCA 1G7IC 4NSJA 4Z41A 2Z19A 4HV2A 2LYMA 4PJ2C 1DXJA 1YKXX 2YBNA 5LXWA 3CSRA 153LA 3N9EA 5FDJA 1LYYA 2ZYPA 1IVMA 1TBYA 5LINA 1IP3A 1LKRA 1GEVA 4E3UA 1LSBA 3AJNA 1UIDA 5LA8A 1J1OY 2FYCA 4LYMA 3RW8A 4CJ2A 4HSFA 1UICA 1DI4A 4WM2A 4WO6A 5L3IA 2H9KA 5LYTA 154LA 3W6DA 4LFPA 1C7PA 3B0OA 4NGYA 1LJNA 4ETAA 1WQRA 3P4ZA 4W94A 1W08A 1HHLA 4CFOA 2ZIKA 4GCEA 4DDBA 4OW1A 4LYCA 4WLYA 3WU7A 5IELA 1HFZA 4LYZA 2H5ZA 1VDQA 4NSIA 2ZQ3A 4NEBA 5FCPA 1FKVA 2C8OA 5KXMA 1KIQC 1GDXA 1I56A 2DBTA 4H91A 4GCDA 4GLAA 1H6MA 2HEBA 1SQ2L 2BLXA 1IR9A 4NGIA 3RZ4A 4WG7A 1D9UA 2W1YA 8LYZA 1BB6A 4HJZA 4NHQA 2DQDY 3WULA 4M4OA 4DD0A 1RFPA 1AT5A 2EKSC 1LZ9A 1LMPA 2DQAA 4H92A 5LAFA 1QTKA 1LZEA 4H9HA 3WU9A 1ALCA 4KT3A 1UIAA 1XGRC 2HEAA 4UWVA 3LHMA 2CJLA 2DKVA 4WM4A 1JPOA 1HFXA 3A3RX 3LN2A 3EO5A 1PS5A 2N5ZA 2D4IA 4G49A 1FKQA 1LJIA 1FN5A 3A96A 3TXHA 1B7NA 1LJJA 1LTMA 2BQCA 3N9AA 2EQLA 3WW5A 3TXJA 3WVXA 5HMVA 5KXRA 5LVGA 5LAGA 3A6CY 2GV0A 2YBMA 4N1CC 2D4KA 1LCNA 1AKIA 5KKJA 5LYMA 4DDCA 5HNLA 2XJWA 1LMNA 2MEHA 4GN3A 4NHTA 4B4EA 2Z39A 2A7DA 5C6IA 2FYDA 3WYHA 4LYBA 3MGWA 3TXDA 1LMTA 1IWXA 4EMNA 5KXPA 1B7RA 1IEEA 4J7VA 4UWNA 4HTKA 1D6QA 1RE2A 1DI3A 1LSPA 3RNXA 1GFKA 1EQEA 1C46A 1CJ7A 1T3PA 2Z38A 3KAMA 1OP9B 2HUBA 1IY3A 1YROA 3CT0A 4NGWA 1GFAA 1IR8A 1NMMA 1LZ1A 1GB9A 1LZ8A 1IY4A 2W1MA 5F16A 1LZTA 1JUGA 4QDNA 2AUBA 2DQJY 5FHWA 1MELL 2HU1A 1OUEA 194LA 1LSGA 4NG1A 4WMGA 2Z12A 5I4YA 1B5VA 4HPIA 1B9OA 3CT1A 4GCBA 2F4GA 1OUDA 5IDDA 1QDRA 1HEOA 5HNCA 1F6RA 4PRQA 4C3WA 1GFJA 1F0WA 1H87A 1UUZC 3WPJA 5DLAA 1HELA 1LAAA 3T36A 3WPLA 1DPWA 1IP1A 1BVKC 1VATA 1IP2A 4LFXA 5K7OA 4L41A 1GXXA 1YILA 1REXA 1CJ6A 1QQYA 1KXXA 1WVVA 2RSCA 3AGGG 3D9AC 3GXKA 4WM1A 1WQMA 1GE3A 3TMVA 2IHLA 5J7CA 4XJFA 4P2EA 4B1AA 4NG8A 4H8ZA 1C08C 3A93A 3K3TA 4G9SA 1D6PA 2Z37A 3WL2A 5KJ9A 1IP4A 1GF6A 3TXEA 1BB4A 5L9JA 5C6LA 1GFGA 1OUIA 2MEDA 1DKJA 1G7JC 1GFVA 1NDGC 4TWSA 1GEZA 3W3EA 5HLLA 3ATOA 4H9AA 1GE4A 1CKCA 4I0CA 1LZDA 2YBIA 5KXTA 1BB3A 1SLYA 4O34A 1LZNA 1LJFA 2D6BA 4D9ZA 1NWGA 5L3HA 1LMCA 2EPEA 1FLQA 1XEIA 3B0IA 2DQHY 4OOOA 4FJRA 4Z3MA 5D5FA 4ETEA 4H94A 1OUHA 2X0AA 4TUNA 1UIBA 4OWAA 3WVYA 1REYA 1B0DA 4MR1A 1GB0A 4U3XB 1UACY 1IWVA 1GD6A 4NGVA 1IX0A 1GAYA 2XBRA 4QY9A 2B5ZA 1OUJA 1REMA 1GB5A 1F6SA 4XYYA 1BGIA 1JITA 4GLVA 1NKHA 1UCOA 5IHGA 3TXIA 1B7QA 1LHJA 1JSFA 1IP7A 1VFBC 1WQQA 4NFVA 2ZQ4A 1YKYX 1XGQC 1LHMA 2Z2EA 2Z18A 3AGHA 135LA 1UIHA 2ZYCA 1GDWA 5KXZA 2DQFC 3CSQA 2XBSA 1Z55A 3P65A 1OUCA 1A4VA 4ETBA 4NWHA 1LHHA 4NGZA 1HEQA 3AZ7A 5F81A 4H9EA 1BWIA 2Q0MX 4BAFA 2MEFA 4ETCA 5D5CA 1GFTA 1HENA 4DC4A 5FSTA 3AGIA 1ZVHL 4PHIA 1CKGA 4WM3A 3WUNA 1XGPC 3TXKA 3P64A 3TXBA 1LZCA 3AW7A 3OJPA 4OWBA 4G4BA 3HBEX 2G4PA 1LHIA 1UBZA 1KIPC 4Z98A 1IP5A 4TX7A 1AT6A 1LHLA 5KKIA 2Y8PA 1IP6A 4PPOA 1B5YA 6LYTA 1LSYA 1XSFA 2HTXA 4KXIA 1J1XY 4YEMA 3ATNA 5I4XA 1UIEA 4XJBA 4HTQA 1UIGA 4LYOA 4DT3A 5KXLA 132LA 1GB2A 1IIZA 1HERA 3TMUA 5KXKA 1XFPL 1WQOA 5APCA 5KXXA 1IOQA 4LT1A 3G3AB 2BQKA 1JKAA 2F2NA 1IC7Y 1ZV5L 1GF0A 1TDYA 2BAAA 4RLNA 1YQVY 4CHXA 4DYGA 1GB7A 1LJGA 2F4AA 4WL7A 4B4JA 1CKDA 1LMAA 4R6CA 3AZ6A 1LZYA 2YDGA 3AB6A 1LZBA 2BQIA 4W96A 4B0DA 4GN4A 4HJYA 1GXV2 1BWJA 3BKVA 1CKHA 1YL1X 1B7MA 1LSEA 2FBBA 5DM9A 2W1LA 4N0JA 4N8ZA 1NDMC 1XGUC 3CB7A 3P68A 1B2KA 1HF4A 3ZVQB 1J1PY 2I26L 4LT2A 1YKZX 1C10A 1N4FA 1QSAA 3A67Y 1GBYA 3HFMY 1JJ0A 4LT0A 3RT5X 4J0LA 2D91A 4H9FA 4X3BA 5A3ZA 1GF8A 1V7SA 3A91A 2I25L 1LYSA 1LYOA 3LYOA 3LYZA 1IOTA 1HFYA 1OQMA 1VEDA 1WQPA 3A8ZA 2HECA 1LMOA 4GCCA 2HU3A 1D0LA 1XEJA 4HV1A 4OWCA 1IOCA 1B5ZA 3LYTA 1EL1A 4GN5C 4LYTA 2YVBA 1EQ5A 1GAZA 1GF4A 2A7FA 3EXDA 1E8LA 1B5WA 4ZIXA 2MEGA 4XN6A 2IFFY 4DDAA 208LA 3HBHA 1OUAA 3SP3A 3AYQA 1GFUA 1LSZA 4H1PA 4WOAA 2BQEA 5B1FA 1LMQA 4YEOA 1LYZA 2BQFA 1NQIA 4LT3A 4WL6A 3TMXA 1GBSA 1LSAA 2G4QA 2H9JA 2D4JA 1JHLA 3B72A 1GBOA 1GBWA 5LYZA 1DKKA 3QNGA 3TMWA 6LYZA 5KXOA 5E9RA 4NY5A 3W6FA 1LSCA 1LZ6A 1HNLA 3LZTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2WARA 3L64A 1IO5A 4EOFA 3EBAB 4XADA 1HEMA 3DN2A 4BS7A 5B59A 1SSWA 1C6PA 1WVUA 1HSXA 1G0LA 1T8GA 3WMKA 4Z46A 1LJHA 2BQNA 3C81A 1OVJA 1L24A 2G4NA 2BQOA 3HDEA 139LA 1HEPA 2HUKA 138LA 3G3WA 4TSBA 190LA 1T6VL 1LZ5A 3F8VA 4FDYA 4QGZA 4S0WA 4LDEA 4DD9A 4HJVA 5KY1A 3A90A 1BHZA 4PJZA 4GCFA 3TXGA 1L13A 257LA 4MSTA 3OE0A 2BQDA 3D3DA 122LA 4DQJA 1GF9A 3SBBC 4QEQA 3WXUA 2HEEA 4OOTA 1IWZA 4I7LA 3QY4A 1C6DA 4ET8A 5EBHA 174LA 2F30A 1OVHA 1D0MA 4WG1A 1CU6A 2A4TA 2LC9A 3LYMA 4W56A 1L75A 5LA5A 2ZIJA 2VB1A 1DI5A 1GE0A 1JJ1A 2XQOA 4KL7A 218LA 3HBDA 3VWOA 126LA 1BWHA 4N1EI 4YM8A 1YANA 4EKRA 1IWWA 5KXWA 4ARQB 109LA 4NGKA 4WLTA 1JTOL 173LA 3J4GA 1XEKA 4H8XA 3AW6A 4YENA 230LA 1FBIX 4ZFPA 1L50A 1GF5A 5DL9A 5KXSA 4W55A 3HUKA 1I1ZA 1NF5A 2QARC 1MLCE 5F9UA 3F6ZA 2Q9EA 2YBJA 3HUAA 224LA 2O7AA 1WTMA 1BQLY 4LZTA 4NHPA 4ETDA 4XJHA 1TEWA 2RBNA 134LA 5HMJA 4CGEA 4DD2A 1SX7A 3BKHA 3HT8A 5I5QA 1B7LA 1EQ4A 1LJEA 3RU5A 4DQ7A 1TCYA 1G7MC 1IORA 2W1XA 1OUGA 5B1GA 151LA 1OUBA 1GFHA 2ANVA 4NSHA 4W53A 1LPIA 198LA 1BB5A 1GHLA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2WAR A;  2YSS C;  4AGA A;  1IO5 A;  4EOF A;  3EBA B;  1JKB A;  3W6B A;  1JKD A;  1XGT C;  4XAD A;  3T6U A;  1HEM A;  5APD A;  1JTP L;  3P66 A;  3WXT A;  4BS7 A;  1GFE A;  4TTD A;  5B59 A;  1AM7 A;  3LZ2 A;  1LJK A;  5II3 A;  4G4C A;  1NHE A;  4N9R A;  3IWR A;  4BAD A;  4NHS A;  4NSG A;  5APE A;  4YOP A;  2ZNW Y;  1HSW A;  1WVU A;  1HSX A;  4DD3 A;  1LOZ A;  3A92 A;  1IC4 Y;  1O23 A;  2NWD X;  3WMK A;  1FLW A;  4Z46 A;  1LJH A;  2BQN A;  1QUT A;  3A3Q A;  3M3U A;  1FLY A;  2ZNX Y;  4YF2 A;  2XTH A;  2G4N A;  3E3D A;  4H9B A;  2BQO A;  5JEN B;  133L A;  1HEP A;  2MEB A;  5E4P A;  1INU A;  5APF A;  1HML A;  4IAS A;  3EMS A;  4N5R A;  1JWR A;  1UIF A;  3B0K A;  1YAQ A;  3AZ4 A;  2MEC A;  1FLU A;  4TSB A;  1YAP A;  1T6V L;  1C43 A;  1LZ5 A;  1P2C C;  4FDY A;  1ZMY L;  2CDS A;  4QGZ A;  4B49 A;  1PZY A;  1TAY A;  3J6K A;  1FDL Y;  1F10 A;  4HJV A;  4CFP A;  4DD9 A;  5KY1 A;  3A90 A;  1NBZ C;  1BHZ A;  1IC5 Y;  1LZA A;  2Z2F A;  4GCF A;  3TXG A;  1G7H C;  4WM6 A;  4MST A;  4XEN A;  1GF3 A;  2ZIL A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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