3P4ZA

Time-dependent and protein-directed in situ growth of gold nanoparticles in a single crystal of lysozyme
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
publication title Time-dependent, protein-directed growth of gold nanoparticles within a single crystal of lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
total genus 45
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2010-10-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3p4zA00
2LYOA 5LAGA 3AZ6A 1GBYA 1VDSA 4KPMA 1IVMA 1JEFA 2A7FA 2H9JA 4XJIA 5C6LA 1BQLY 4HSFA 4G49A 1NKHA 5T3FA 1F0WA 1HSWA 1QDTA 1E8LA 1C43A 5B06A 1LKRA 2YBHA 3ZVQA 2MEBA 1UUZC 3MGWA 4WL7A 4WO9A 1KXWA 4RLMA 2MEDA 1YAMA 2DQCY 4LGKA 4DDBA 4XJDA 5LINA 4GN5C 1LKSA 3WPJA 1VATA 5F14A 1GEZA 1GDWA 1TCYA 1OUJA 1HFXA 4H9FA 3A92A 2I26L 1GDXA 5I4WA 1YAQA 1LJKA 3WYHA 4BADA 5HQ1A 4LYZA 5KXNA 1DKKA 3TMWA 3K3TA 5E9RA 2G4QA 4H9HA 4H9AA 1GE1A 1HMLA 4NGLA 5LXWA 2HEFA 1JJ1A 2BQHA 3QE8A 1IWXA 5B07A 5LVGA 2HUBA 4ETAA 2YBNA 4HPEA 4H9BA 4HJVA 1REMA 1GB8A 5A3ZA 4NWEA 5KXKA 1GB6A 1GF8A 2D6BA 4H90A 4B49A 3E3DA 1IOSA 4A7DA 4WLDA 1OUAA 1A4VA 1LSEA 1GFHA 4NSIA 3AGHA 2F4AA 4XJFA 5KXSA 2EIZC 1UIHA 1ALCA 2BQKA 1YILA 4I8SA 5APFA 5FSTA 2Z38A 3P65A 4GN4A 1QUSA 4LFPA 4WLTA 1WQQA 1B7MA 3N9CA 1KIRC 1NF5A 4NGVA 1LZEA 1GF5A 1I1ZA 1VDQA 1IP1A 1TEWA 2YBLA 4WLXA 1CNSA 1HSXA 4EMNA 5J7CA 1C08C 1GAYA 4LYMA 4UWVA 5B59A 3WVXA 3KAMA 2LYMA 2HEDA 4J1BA 4P2EA 4ETCA 3ATNA 3LYOA 1DI5A 5KXXA 1HEOA 1LZGA 1VDPA 2H5ZA 4OOOA 4NSJA 4OWAA 2D4JA 4R0FA 4GCBA 1GXXA 1JWRA 4LYBA 5F9XA 3ZEKA 1PS5A 4DD3A 3RU5A 3WUAA 1LMOA 4UWUA 4Z3MA 1GWDA 3W6FA 3HBHA 5APEA 5M1YA 4C5FA 5I53A 1GFVA 4L41A 1CKHA 9LYZA 1CKDA 4D9ZA 1IP2A 5L3HA 1CJ9A 2BLYA 4LT1A 2LZTA 2ZWBA 4TTDA 1IR8A 1FLYA 1YQVY 1BB5A 1LSYA 2XJWA 1UC0A 1LZSA 2HEBA 1A2YC 3LZ2A 4WO6A 4YEOA 4HV1A 1D0KA 1GFKA 5IHGA 4GCFA 3CT0A 1QDRA 3EXDA 1B7QA 4N9RA 2YSSC 2Z37A 1JISA 3CB7A 4N0JA 4PHIA 1LAAA 1QSWA 2FBBA 3TXEA 1IC5Y 1P2CC 1IORA 3LHMA 1OUEA 3GXKA 4HJYA 3AW6A 4H93A 1IY3A 3AZ5A 2XBRA 3EBAB 1WQRA 4XJBA 5FEKA 4ETEA 1IWUA 4TX7A 4MCKA 2FYDA 194LA 1GFGA 4MSTA 1LCNA 1ZV5L 4DT3A 2Z18A 2BQFA 5AMYA 1WQPA 4B4JA 4H92A 3WPLA 1DQJC 1JKAA 1O23A 1CKFA 3TXHA 1BVKC 4YEMA 1LZRA 5JENB 2HEEA 5LA8A 1LZ8A 2C8OA 2MEEA 4NGYA 3J4GA 5LIOA 1DI4A 4WOAA 4TSBA 3TMXA 1ZVHL 4LT3A 4NGWA 4ET9A 4KL7A 2H9KA 4RLNA 5B05A 5C6IA 2W1MA 1KXYA 3WXUA 4ZFPA 4YENA 5LYZA 3A3RX 5B1FA 5DL9A 1GHLA 1YKYX 1GAZA 2NWDX 2MEAA 1D0LA 3A91A 1EL1A 1UCOA 5DLAA 2D91A 5LYMA 1HEQA 3OK0A 4HP0A 2YBIA 1GFUA 1V7TA 1YL1X 4CHXA 3F6ZA 1BWJA 4WLYA 2C8PA 1T3PA 1WQOA 1XGUC 1HENA 1B7LA 4QEQA 3LZTA 1XGQC 1CKCA 1GBOA 6LYTA 1JKBA 1HELA 4NG1A 1JIYA 2F30A 1AKIA 2Z2FA 1LSPA 1IR9A 1B5UA 1GFRA 1DI3A 4HTQA 3WH1A 1ZMYL 4GCDA 1QUTA 2WARA 3SP3A 1LSCA 2DQIY 1UA6Y 2Z19A 4J1AA 3AW7A 4UWNA 3QY4A 4DD1A 1LZ1A 3AGGG 4ETBA 4ML7A 1OUFA 1LMAA 1XFPL 3P66A 4FJRA 3A8ZA 2BQMA 2BQIA 1T6VL 3HBDA 5KXLA 1JPOA 1RJCB 4NHSA 1GBWA 4LT0A 1G7IC 4PPOA 1SLYA 3A94A 1GFEA 5KXOA 1F6SA 1I56A 4H1PA 4GLVA 1FDLY 1OUBA 208LA 2ZQ4A 4ZEEA 1IWVA 4IJ4A 1GFTA 2BQNA 3TXKA 5A3EA 4H9EA 4NHIA 2YBMA 2DQEY 1F10A 2VB1A 4H9CA 4M4OA 4PJ2C 4HJZA 2GV0A 4CJ2A 5HMVA 5KXMA 1IC7Y 5KXZA 1B9OA 1IWWA 1W6ZA 1AT6A 4NY5A 4U3XB 1YAPA 3A3QA 5FCPA 1IOCA 4DDCA 4W96A 2RSCA 1B2KA 5L3IA 2DQFC 2HEAA 1LSBA 1B7NA 1IP3A 1BWIA 1GB0A 1JSFA 4LYOA 2PC2A 4LZTA 3WU8A 1LJHA 1EQEA 3WUNA 3TMUA 4HTNA 4DWXA 1NHEA 3WW5A 4BS7A 4LFXA 5F81A 3CQLA 4NWHA 3CT5A 3W6CA 1LZDA 1NWGA 1YANA 1HERA 1CJ6A 2DKVA 1IX0A 1RFPA 4Z41A 3CSZA 3P68A 5FHWA 2BQBA 2Q0MX 153LA 1VDTA 2Z39A 4X3BA 4I0CA 1GB3A 2IHLA 1EQ4A 2Y8PA 4NGKA 1NDGC 5APDA 6LYZA 3FE0A 1NBYC 1XEKA 4NSGA 3T6UA 1JUGA 4CFPA 4XN6A 4NGJA 1BB4A 3CSRA 1KXXA 1FKVA 1LZCA 3RT5X 4H91A 4TUNA 4B4IA 1GBZA 2BPUA 1AT5A 2MEIA 1AZFA 2BAAA 1DXJA 1GE3A 2YBJA 1GEVA 2Z2EA 4N8ZA 2FBDA 4HTKA 4J7VA 4NGIA 1GD6A 1XEIA 2BQOA 3N9EA 1LPIA 1QTEA 5I4XA 1OUDA 1IWTA 1GF7A 1LSMA 3B6LA 1F6RA 4IATA 4Z46A 1HEMA 1LMTA 3BKHA 4QGZA 4NGZA 2CJLA 1OQMA 1B7PA 4GCEA 1WQNA 2YVBA 1LHIA 3CT1A 3J6KA 1LJIA 1LZ9A 1JTPL 2LHMA 5KXTA 1GFJA 4NGOA 1Z55A 1V7SA 5E4PA 1QTKA 4H8ZA 1JKCA 3G3BB 3P4ZA 4WM6A 1LHJA 1GB9A 1LJ4A 4DD0A 4DYGA 4ET8A 1N4FA 2DQHY 5HLLA 2W1XA 3TXFA 1XGTC 1D9UA 3T36A 1GF6A 4YOPA 1IOTA 1LTMA 1QIOA 1RI8B 1NQIA 1J1PY 2CGIA 1GB7A 2CWIA 3W3EA 1JTTL 1G7LC 2DQJY 4GCCA 1VFBC 2G4NA 3LYZA 1B7OA 2I25L 1IY4A 3CSQA 1BHZA 1OUHA 1UIFA 4PRQA 3RW8A 1LHLA 1WVUA 3ATOA 3ULRA 4AXTA 4CFOA 1YROA 3OJPA 5EBHA 1LZNA 1WTNA 3A6CY 5C6JA 3RZ4A 3EO5A 1LZBA 3A95A 3LYMA 1CKGA 1IIZA 3WVYA 4NIJA 1GB2A 1JSEA 5B1GA 1C10A 1FN5A 1I20A 2BQGA 1LSGA 4O34A 1IP4A 1B5ZA 1JTOL 1W08A 2XTHA 4WM1A 5F16A 1FBIX 5HMJA 2LZ2A 2MEGA 4RW2A 3WU9A 1GF9A 4LYCA 2F4GA 5KKJA 2X0AA 1H6MA 5DN5A 1BB3A 4EOFA 3WU7A 4HV2A 1BB6A 1OUIA 5APCA 1LSDA 5L9JA 3GXRA 4M6DA 1JKDA 3W6DA 1GBXA 1BWHA 2MEHA 1J1XY 4WM3A 4E3UA 1QSAA 1IO5A 5KKIA 2EQLA 2HECA 4PRUA 1UACY 2Z12A 154LA 3LN2A 1HHLA 1B5XA 4DC4A 1UIEA 2BQCA 4NFVA 1LMPA 5KXWA 1HFYA 4NHQA 5I4YA 1NMMA 4DDAA 3N9AA 1LMQA 1VEDA 3A93A 4MR1A 4NHPA 1IOQA 1YKZX 3TMVA 135LA 1IWZA 3A34A 1GBSA 1RCMA 1UIAA 3FI7A 5K7OA 5LVHA 1DPXA 3TXJA 2W1LA 1DZBX 1JITA 2LYZA 1LOZA 3B72A 3TXIA 3TXGA 3W6AA 3W6EA 2YDGA 1D0MA 1TBYA 2DQGY 4G4CA 4XJHA 5FELA 1IC4Y 1XGPC 2A7DA 1YIKA 1LJGA 4H8YA 1LJEA 3TXDA 5I54A 1LZ5A 1NBZC 1VAUA 1REXA 1LMCA 1CJ7A 1DPWA 1HF4A 1LJFA 1NDMC 3WW6A 5II3A 7LYZA 1HFZA 1GE0A 4WL6A 2W1YA 2ZYPA 2ZIJA 5LVIA 1BGIA 1LSAA 1LZTA 1IR7A 3M18B 1UIGA 4LT2A 3ZVQB 2XBSA 1ZVYB 4LYTA 3AGIA 3B0KA 4QDNA 4XJGA 2ZIKA 1JJ3A 1H87A 1B5VA 3A6BY 3AJNA 5KXRA 4IASA 1B0DA 1B7RA 4N1CC 5KXYA 1MELL 3AYQA 4ETDA 1GE2A 1LHHA 5D5CA 4BAPA 1UICA 3RNXA 4R6CA 1XSFA 4II8A 1KIPC 1GXV2 4Z98A 4WMGA 1LYZA 4HPIA 4WM4A 1FKQA 8LYZA 5ILCA 1QQYA 4N1EI 3QNGA 1GB5A 4KXIA 1OUGA 1LJJA 1REYA 4RDSA 2IFFY 3W6BA 5HNLA 1CJ8A 4OOTA 1LSFA 4H9IA 4TWSA 1HNLA 1JJ0A 5LVJA 3M3UA 1LJNA 133LA 2ZNXY 1JHLA 2BQDA 2I6ZA 3WULA 2EPEA 1B7SA 2B5ZA 5F9UA 4NEBA 4B0DA 1B5YA 2F2NA 1LYSA 4OWHA 5KJ9A 3P64A 4G4BA 4TSCA 4W94A 2BQLA 1TAYA 1LSNA 1LSZA 1OUCA 3G3AB 5LYTA 3HFMY 4NG8A 4WM5A 1MLCE 3D9AC 3WXTA 1LMNA 4WG7A 2ZILA 4XYYA 4DD7A 1J1OY 4RW1A 4WG1A 1TDYA 4H8XA 2D4IA 3A90A 1PZYA 3LYTA 5IDDA 1IWYA 1WVVA 3AZ4A 1HMKA 1WQMA 4GN3A 4OWBA 4WM2A 1EQ5A 2DQAA 2EKSC 1G7JC 4OWCA 4DD9A 4C3WA 4G4HA 1LHKA 2ZNWY 1YKXX 2FYCA 4KT3A 3AZ7A 1D6PA 134LA 2BQJA 3HBEX 5LAFA 5LVKA 3IJUA 3IWRA 5I5QA 5KXPA 4YM8A 4B4EA 1YL0X 1HEPA 1G7HC 3IJVA 132LA 2G4PA 2HTXA 3A67Y 1BVXA 1UIDA 1OP9B 3TXBA 1LYOA 1LZ4A 4ZIXA 4GLAA 3WPKA 1IP5A 4NHTA 2N5ZA 1LYYA 1WTMA 5DN4A 4N5RA 4FDYA 1UBZA 4XADA 3WMKA 1FLUA 1GPQC 3A96A 5KY1A 1C46A 4CGEA 2BLXA 1LHMA 4XENA 4H94A 1GF0A 5D5FA 1G7MC 1C7PA 193LA 1SQ2L 1GF4A 2MEFA 1REZA 1B5WA 1LZAA 4J0LA 3B0OA 3EMSA 1RE2A 1YAOA 1KIQC 2DQDY 1GFAA 1XGRC 4B1AA 1GE4A 2AUBA 2ZQ3A 4QY9A 1D6QA 1HC0A 3BKVA 2BQEA 5FDJA 4NSHA 1UIBA 1AM7A 1DKJA 2MECA 2CDSA 2D4KA 3AB6A 1FLWA 1XEJA 1C45A 3WUMA 3B0IA 4YF2A 1BB7A 4OW1A 4AGAA 1IEEA 2ZYCA 4OWEA 4BAFA 1LZYA 2DBTA 5DM9A 1HEWA 4G9SA 1LZ6A 4ANRA 207LA 1IP6A 1IP7A 5HNCA 1INUA 2HU1A 5IELA 3VWOA 1FLQA 5LA5A 3WL2A 2BQAA 5ILFA 4DD2A 1GF3A 2HU3A 3D3DA 4PGJB 1LJ3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2RBPA 1IVMA 1L32A 1QTVA 4HSFA 1E8LA 1C43A 143LA 2YBHA 1L0JA 1UUZC 1KXWA 4RLMA 1C6KA 2MEDA 1YAMA 2DQCY 4DDBA 1DYGA 4XJDA 4GN5C 3SN6R 1L01A 1KY1A 2RBNA 1C64A 4H9FA 1HFXA 1L80A 2B6XA 2OE7X 3WYHA 5HQ1A 5KXNA 1SWYA 2HEFA 5B07A 5KXKA 1L39A 1GB6A 4H90A 1DYBA 4A7DA 1L33A 213LA 4NSIA 176LA 256LA 4GRVA 2EIZC 5APFA 3P65A 3QAKA 1B7MA 1KIRC 1LZEA 226LA 1VDQA 1IP1A 2RBQA 2RAZX 3WVXA 1LI2A 2HEDA 3ATNA 5KXXA 3CDOA 1LZGA 103LA 4OOOA 1KW5A 246LA 4DD3A 1JWRA 3WUAA 1LMOA 1GWDA 3W6FA 3HBHA 5I53A 9LYZA 1CKDA 2BLYA 1D9WA 1LZSA 4DKLA 4GCFA 1QDRA 192LA 3CB7A 4N0JA 142LA 1LAAA 2FBBA 1CV5A 1CU5A 3TXEA 3GXKA 4HJYA 3AW6A 4XJBA 1IY3A 5FEKA 1JTNA 200LA 1GFGA 1LWGA 191LA 187LA 1L12A 1L28A 4H92A 3WPLA 3TXHA 4YEMA 151LA 2HEEA 1DYAA 1G0KA 1NHBA 3J4GA 4NGWA 1L06A 1L27A 4RLNA 2W1MA 5DL9A 2NWDX 4LDLA 3DN1A 2NTHA 1HEQA 2B6YA 3OK0A 2YBIA 1L93A 1V7TA 182LA 1LLHA 4EKRA 1L18A 2C8PA 1T3PA 1CKCA 4NG1A 2L78A 1LSPA 4HTQA 2RB2X 1L97A 3SP3A 2Z19A 1UA6Y 4DD1A 3QY4A 4ML7A 3P66A 3A8ZA 2BQMA 2BQIA 3HBDA 1JPOA 3RZEA 1I56A 4GLVA 1D2WA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2LYO A;  5LAG A;  3AZ6 A;  1GBY A;  1VDS A;  4KPM A;  1IVM A;  1JEF A;  2A7F A;  2H9J A;  4XJI A;  5C6L A;  1BQL Y;  4HSF A;  4G49 A;  1NKH A;  5T3F A;  1F0W A;  1HSW A;  1QDT A;  1E8L A;  1C43 A;  5B06 A;  1LKR A;  2YBH A;  3ZVQ A;  2MEB A;  1UUZ C;  3MGW A;  4WL7 A;  4WO9 A;  1KXW A;  4RLM A;  2MED A;  1YAM A;  2DQC Y;  4LGK A;  4DDB A;  4XJD A;  5LIN A;  4GN5 C;  1LKS A;  3WPJ A;  1VAT A;  5F14 A;  1GEZ A;  1GDW A;  1TCY A;  1OUJ A;  1HFX A;  4H9F A;  3A92 A;  2I26 L;  1GDX A;  5I4W A;  1YAQ A;  1LJK A;  3WYH A;  4BAD A;  5HQ1 A;  4LYZ A;  5KXN A;  1DKK A;  3TMW A;  3K3T A;  5E9R A;  2G4Q A;  4H9H A;  4H9A A;  1GE1 A;  1HML A;  4NGL A;  5LXW A;  2HEF A;  1JJ1 A;  2BQH A;  3QE8 A;  1IWX A;  5B07 A;  5LVG A;  2HUB A;  4ETA A;  2YBN A;  4HPE A;  4H9B A;  4HJV A;  1REM A;  1GB8 A;  5A3Z A;  4NWE A;  5KXK A;  1GB6 A;  1GF8 A;  2D6B A;  4H90 A;  4B49 A;  3E3D A;  1IOS A;  4A7D A;  4WLD A;  1OUA A;  1A4V A;  1LSE A;  1GFH A;  4NSI A;  3AGH A;  2F4A A;  4XJF A;  5KXS A;  2EIZ C;  1UIH A;  1ALC A; 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 1WVV A;  3AZ4 A;  1HMK A;  1WQM A;  4GN3 A;  4OWB A;  4WM2 A;  1EQ5 A;  2DQA A;  2EKS C;  1G7J C;  4OWC A;  4DD9 A;  4C3W A;  4G4H A;  1LHK A;  2ZNW Y;  1YKX X;  2FYC A;  4KT3 A;  3AZ7 A;  1D6P A;  134L A;  2BQJ A;  3HBE X;  5LAF A;  5LVK A;  3IJU A;  3IWR A;  5I5Q A;  5KXP A;  4YM8 A;  4B4E A;  1YL0 X;  1HEP A;  1G7H C;  3IJV A;  132L A;  2G4P A;  2HTX A;  3A67 Y;  1BVX A;  1UID A;  1OP9 B;  3TXB A;  1LYO A;  1LZ4 A;  4ZIX A;  4GLA A;  3WPK A;  1IP5 A;  4NHT A;  2N5Z A;  1LYY A;  1WTM A;  5DN4 A;  4N5R A;  4FDY A;  1UBZ A;  4XAD A;  3WMK A;  1FLU A;  1GPQ C;  3A96 A;  5KY1 A;  1C46 A;  4CGE A;  2BLX A;  1LHM A;  4XEN A;  4H94 A;  1GF0 A;  5D5F A;  1G7M C;  1C7P A;  193L A;  1SQ2 L;  1GF4 A;  2MEF A;  1REZ A;  1B5W A;  1LZA A;  4J0L A;  3B0O A;  3EMS A;  1RE2 A;  1YAO A;  1KIQ C;  2DQD Y;  1GFA A;  1XGR C;  4B1A A;  1GE4 A;  2AUB A;  2ZQ3 A;  4QY9 A;  1D6Q A;  1HC0 A;  3BKV A;  2BQE A;  5FDJ A;  4NSH A;  1UIB A;  1AM7 A;  1DKJ A;  2MEC A;  2CDS A;  2D4K A;  3AB6 A;  1FLW A;  1XEJ A;  1C45 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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