3P64A

Time-dependent and protein-directed in situ growth of gold nanoparticles in a single crystal of lysozyme
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Time-dependent, protein-directed growth of gold nanoparticles within a single crystal of lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
total genus 43
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2010-10-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3p64A00
1IOCA 5C6JA 5J7CA 2BLXA 1JTPL 3TXKA 1GEZA 2A7FA 4LYBA 2MEGA 132LA 1F10A 1TCYA 1IC7Y 2XJWA 3WXTA 4G9SA 5HNCA 3RU5A 4QGZA 1QQYA 3HFMY 3LYZA 3P4ZA 1B5YA 1IWXA 1GB5A 1RFPA 1FBIX 1W08A 5FSTA 1NMMA 2BAAA 1TDYA 4WOAA 3TXHA 1GXXA 1FLYA 1A2YC 1JHLA 2BQGA 1GBSA 1GFEA 4YEMA 1D0MA 4ETDA 4XENA 1BWHA 2CWIA 208LA 1HEPA 4LYCA 4LFPA 5F9XA 1WTNA 4NSGA 1DKJA 4RW2A 4TX7A 4M4OA 1D9UA 1VFBC 2W1MA 2W1LA 4NGYA 1IWWA 4TSCA 1CKFA 1LZTA 1OUCA 4QDNA 1IR8A 1V7TA 2AUBA 1H6MA 1IC5Y 3D9AC 1LMTA 4H94A 1GB0A 1OUGA 1IC4Y 3B0IA 4NGJA 1O23A 3AW6A 3AW7A 1FLUA 4G4BA 2CJLA 2DQFC 3AGIA 1FLWA 4HTQA 1GB2A 3A91A 4ETCA 1OUDA 1HEQA 193LA 1LSYA 1XEJA 3OJPA 4WM1A 3D3DA 3T6UA 1IOQA 4M6DA 5I5QA 1JKAA 1GAZA 4ML7A 1D0LA 3HBEX 2BQIA 3LYTA 1OUJA 4ANRA 5KXKA 1C7PA 1JEFA 5LYMA 1OUAA 4G4CA 1HFYA 1F6RA 1I20A 2MEAA 3CT0A 1CKGA 2FYCA 1GE3A 4HV1A 5L3IA 3ZVQB 5LA5A 4NG1A 5LYZA 1YIKA 1GFKA 1SLYA 4H8XA 2G4NA 1IP4A 2YBIA 134LA 1GAYA 1N4FA 1FDLY 1OQMA 1LOZA 1B5VA 2ZYCA 4NGVA 5APDA 3QNGA 4TWSA 1IORA 1FKQA 4Z46A 3BKHA 3CT5A 3TXBA 1WQNA 4N0JA 5A3ZA 3RW8A 3AGHA 1GWDA 5B05A 1LMOA 4NG8A 1C45A 4QY9A 5ILFA 1BB4A 4KXIA 1QDTA 5LXWA 1TEWA 3CT1A 3RZ4A 2VB1A 2BQMA 4HTKA 2BQDA 4HJVA 2EKSC 3WPKA 3WVXA 1LSBA 1WQPA 1LPIA 3W6FA 3IJUA 1TBYA 1V7SA 4C5FA 2CGIA 1IOSA 2F4AA 1LSAA 4WG7A 1GBYA 4NGKA 5T3FA 1LJ4A 1QTEA 4XADA 2Z12A 5KJ9A 1BWJA 1XGPC 5ILCA 4H1PA 1ALCA 1UIEA 4CHXA 5IDDA 3FI7A 1GFRA 5KXWA 1LHHA 2Z38A 2F2NA 3WW5A 1LJNA 3QE8A 3WU7A 3RT5X 1LSGA 4XJBA 1LHLA 1GD6A 4WLXA 3W6DA 1LYOA 4N9RA 1NBZC 1B7RA 3A6BY 5KXZA 5LAFA 1LKRA 1D6QA 3EO5A 1LSDA 2YSSC 1B7PA 4NIJA 5I4XA 1TAYA 1NHEA 1NBYC 1DZBX 4FJRA 4ZFPA 2NWDX 3CSQA 3BKVA 4II8A 4OOTA 2YBLA 1C43A 4B4JA 4XJFA 3WUAA 1HEWA 3LN2A 4N1EI 1D6PA 4DWXA 1HC0A 2EPEA 1EL1A 4O34A 4TUNA 8LYZA 1IIZA 5LYTA 1EQ4A 2Q0MX 3A93A 4LYZA 2Z19A 2PC2A 2DQEY 3TXFA 4BAPA 1B7OA 4N1CC 1NF5A 207LA 4OWAA 1LHKA 4BS7A 1I56A 4GN5C 3WUNA 1LYYA 2N5ZA 5LA8A 4Z41A 3QY4A 1RJCB 1LMCA 1KIRC 4HPEA 3EMSA 1JJ3A 1ZV5L 1UACY 1D0KA 1VDSA 3N9AA 1UIGA 4LGKA 1WQQA 1GB6A 4HJYA 3GXKA 1IP1A 1B7MA 3A92A 4NEBA 1LZYA 2CDSA 4H8YA 7LYZA 3CQLA 1IP7A 2G4PA 1HFXA 2BPUA 1IWZA 4H9FA 1LAAA 1C46A 2YBHA 1VDPA 3ATNA 2EQLA 3W6CA 4IJ4A 1OP9B 1KXXA 1PZYA 3AJNA 3TXEA 1IWUA 2DQHY 4KT3A 1BHZA 1F0WA 5LIOA 5F9UA 2B5ZA 2H9JA 4OOOA 1BGIA 2LZ2A 3OK0A 3W6AA 4OWEA 2RSCA 4R0FA 2EIZC 4LZTA 4GLVA 3TMUA 1LMQA 1MELL 2BQCA 1NDGC 4DD3A 2BQJA 1LSCA 194LA 4XN6A 1AKIA 4I0CA 1YAOA 1DI5A 4NSIA 3T36A 4H93A 2Z2EA 1YAPA 1LSZA 2BQFA 4NSJA 4MSTA 1GE4A 1B5ZA 2Z18A 4BAFA 4DDBA 1UA6Y 1QUTA 3TXGA 1JKBA 5HQ1A 1GF4A 1WVUA 3AB6A 1QSWA 1GEVA 4ETAA 1LJIA 4LT1A 1WQOA 2IFFY 2ZNWY 2ZQ3A 3A3RX 1IEEA 5I4WA 1LMNA 4ET8A 3A6CY 1LSNA 1GFVA 3TXDA 1B5WA 5KXSA 2ZILA 1JKDA 1YL0X 3A34A 4GCFA 4NHTA 3CB7A 1RCMA 1REXA 2D6BA 5JENB 1LJJA 1BVKC 1YILA 2W1XA 1UIDA 1QTKA 1LYZA 4DD2A 1JITA 3TMXA 5KKJA 5DN5A 1JUGA 4GLAA 4RW1A 3TXIA 2BQOA 2MEBA 1LZCA 1XGTC 3IWRA 4HPIA 2Z2FA 4J1AA 4D9ZA 5L9JA 1LMPA 1Z55A 2BQNA 4HSFA 4WG1A 1BVXA 1DPXA 135LA 4GCEA 2D4IA 1UIAA 2W1YA 4L41A 3ZVQA 2HU1A 5KXPA 3LHMA 1B2KA 3A67Y 4NGOA 5FDJA 1G7IC 4DYGA 2LZTA 2YBNA 1REYA 3IJVA 1HF4A 1HFZA 3M18B 4WM5A 2ZYPA 1DI4A 1T6VL 3AZ7A 2F4GA 3WU9A 3LYOA 5B07A 4HJZA 1JJ1A 3WU8A 3WL2A 1GB9A 4ETEA 1B0DA 4NGLA 1B9OA 1HMLA 4GN4A 1HERA 2HEEA 1XSFA 3A3QA 2BQLA 1HSWA 3LYMA 5KY1A 1JSFA 2YDGA 4NWEA 2HEAA 3A90A 1LZ1A 4WL6A 5KXLA 1GBXA 1GDWA 1LSFA 4XJIA 3AZ5A 3J6KA 2Y8PA 4WM4A 1G7MC 6LYZA 3KAMA 4WLYA 4RLMA 1JWRA 2FYDA 3MGWA 4W96A 4NFVA 2H9KA 4HTNA 4E3UA 1GFUA 1NWGA 2C8OA 1P2CC 2LHMA 1LZ4A 4LT2A 4AGAA 4WM2A 5B59A 1LJ3A 1LZGA 1IP5A 1W6ZA 4GCCA 5KXXA 1KXWA 1IY3A 4ETBA 1YAMA 1YROA 2LYOA 1LZRA 4NGWA 1BB6A 1CJ8A 3FE0A 1G7JC 2HEBA 1LHMA 4XYYA 1E8LA 4QEQA 1GBOA 1VAUA 3EBAB 3AZ4A 1LSEA 4BADA 6LYTA 2DKVA 5HMJA 1OUIA 5D5CA 4G4HA 2ZWBA 5LVHA 2MECA 1XGUC 4DD7A 4H9CA 153LA 1HEOA 5KXOA 2MEEA 1LZ6A 1YKZX 2DBTA 5II3A 1F6SA 5HNLA 1QIOA 5LAGA 2MEFA 3W6EA 5A3EA 4HP0A 1DQJC 1LSPA 3CSRA 4H91A 5I54A 1EQ5A 5AMYA 5APCA 4C3WA 1OUEA 1LJGA 133LA 4LYOA 3B0OA 1DKKA 1LZEA 4CJ2A 2Z37A 4Z98A 4WO6A 4YENA 2XTHA 4PRUA 4H92A 4NGIA 4DD0A 5IHGA 4TTDA 3ZEKA 4ET9A 1UCOA 4X3BA 5IELA 1GB3A 1B7NA 4NWHA 2DQGY 1IY4A 3LZTA 1FKVA 1WQRA 1LCNA 3GXRA 1YKXX 2DQIY 1GXV2 1BB5A 1BWIA 1GFGA 1JPOA 1OUFA 2HECA 4J1BA 4OWHA 4PGJB 5B1GA 1AT5A 2YVBA 3ULRA 9LYZA 1GE2A 1CKDA 3B0KA 4UWNA 4YM8A 4GCBA 4YOPA 1WVVA 2HU3A 1IR9A 2MEHA 1LSMA 4WLTA 1VDTA 5B1FA 3WXUA 3WMKA 1QDRA 1LZ8A 4B4EA 1LZNA 3TMWA 4DD9A 3WULA 4DC4A 1IWVA 1FN5A 1OUBA 4N8ZA 4B1AA 3EXDA 4RDSA 1AM7A 5D5FA 1GF3A 1DPWA 2DQAA 5APFA 3A94A 1B7SA 1GF5A 4PJ2C 1RI8B 5LVGA 3A95A 1A4VA 1LKSA 1GF7A 1IP3A 1LHIA 1IP6A 1IX0A 1REZA 2YBJA 4CFPA 1RE2A 2X0AA 1KXYA 2BQEA 4P2EA 1C10A 1CJ7A 3TMVA 5DLAA 5KXRA 4W94A 1LZBA 5DN4A 3WYHA 4B49A 1HHLA 2BQBA 2IHLA 2BQKA 1GF0A 1H87A 1LJKA 2G4QA 5FEKA 1B5XA 4NY5A 1ZVHL 3WW6A 1JIYA 2H5ZA 3W6BA 1LJHA 1QUSA 3F6ZA 1LJEA 3VWOA 1IP2A 3TXJA 1BQLY 1KIPC 3WPLA 1JSEA 5FCPA 1GDXA 4YEOA 2FBDA 2MEIA 3P65A 1NDMC 3HBDA 4WLDA 4WM6A 4I8SA 3WVYA 1AT6A 2FBBA 2D4JA 3P66A 4OWBA 5APEA 1CKCA 3A8ZA 2ZIKA 2BQHA 2A7DA 3B72A 1G7LC 1YQVY 2D4KA 4OWCA 4MR1A 1HENA 1GHLA 1REMA 1UBZA 3N9EA 154LA 4B0DA 1XEIA 4IATA 5E9RA 5FHWA 5E4PA 5B06A 4EMNA 5LVJA 2HUBA 4Z3MA 1JISA 1IR7A 2XBRA 5FELA 4LYTA 3G3AB 1IVMA 3P64A 1CJ9A 4H9BA 4U3XB 1UUZC 1GFTA 4MCKA 3WH1A 1JTOL 1J1OY 3WPJA 5K7OA 5HMVA 3HBHA 4PHIA 1HEMA 1HMKA 4R6CA 4H9HA 1GF9A 1HSXA 1IO5A 2ZIJA 1IWYA 1G7HC 1GB7A 1J1XY 1LMAA 4H9EA 4LT3A 5C6IA 4UWUA 1B7QA 2DQCY 5KXNA 5I4YA 4KPMA 4TSBA 1GBWA 5KXMA 5I53A 1BB7A 4EOFA 1UC0A 1XFPL 4H9IA 1JJ0A 2ZQ4A 1NKHA 3AYQA 5KXTA 4ZIXA 1I1ZA 2DQDY 1GE0A 4CFOA 3P68A 1LZ9A 2I26L 4YF2A 3AGGG 4WL7A 1XEKA 4G49A 1XGRC 4HV2A 1B7LA 1CNSA 4N5RA 4GCDA 5DL9A 1VATA 3WUMA 4PPOA 1OUHA 1B5UA 1GF6A 1GFAA 1UIFA 1UICA 5F16A 5LVIA 3RNXA 2LYMA 2DQJY 1J1PY 5F81A 1LHJA 5M1YA 1FLQA 1SQ2L 2Z39A 1CJ6A 1LYSA 1AZFA 4NHPA 3A96A 4WM3A 1HNLA 2BQAA 2HEFA 2HEDA 1NQIA 2HTXA 1LTMA 1LZAA 5KXYA 2BLYA 2ZNXY 3W3EA 1UIHA 1GB8A 4IASA 4DT3A 5HLLA 4CGEA 2I6ZA 1ZMYL 1JTTL 4H90A 4NSHA 1GF8A 2MEDA 3N9CA 3LZ2A 1CKHA 4WO9A 4ZEEA 1GBZA 1IOTA 1DXJA 4A7DA 5F14A 2D91A 4NHSA 2XBSA 1GFHA 2LYZA 1LZSA 3G3BB 2C8PA 5L3HA 4DDCA 4NHQA 1KIQC 1UIBA 2I25L 3J4GA 4H9AA 4B4IA 4LFXA 3B6LA 3M3UA 4UWVA 1INUA 1EQEA 3SP3A 5LVKA 1LJFA 5KKIA 1LZDA 1T3PA 4XJDA 5LINA 3AZ6A 4FDYA 1C08C 1WQMA 3ATOA 4LYMA 1ZVYB 4OW1A 4DD1A 1YL1X 1LZ5A 3K3TA 4XJGA 1BB3A 1DI3A 2YBMA 1MLCE 4KL7A 1YKYX 4J0LA 4NGZA 1YANA 4AXTA 4RLNA 1PS5A 1VEDA 4DDAA 1JKCA 2GV0A 1YAQA 5DM9A 2WARA 1GE1A 4NHIA 4H8ZA 4PRQA 4WMGA 4LT0A 4XJHA 5EBHA 1XGQC 4GN3A 3CSZA 4J7VA 3E3DA 1GFJA 1GPQC 1VDQA 5C6LA 1WTMA 1QSAA 1IWTA 1HELA 2F30A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2BLXA 1L0KA 1JTPL 4LYBA 3SBAA 132LA 1TCYA 1IC7Y 4QGZA 1C6AA 174LA 1GB5A 5FSTA 1GXXA 1A2YC 1L44A 1D0MA 4ARQB 4ETDA 4XENA 1BWHA 1WTNA 1L83A 4M4OA 3CDTA 1D9UA 2W1MA 1CKFA 1PQJA 1H6MA 4H94A 206LA 4G4BA 1FLUA 3AGIA 1FLWA 2OU0X 1GB2A 3A91A 1OUDA 1HEQA 4WM1A 1QTZA 164LA 4M6DA 5I5QA 4ANRA 2NTHA 2BQIA 5KXKA 1C7PA 1OUAA 1L94A 2MEAA 1F6RA 1I20A 3CT0A 4HV1A 4OO9A 1GE3A 1YIKA 4H8XA 3GUIA 1OVKA 1GAYA 1B5VA 235LA 1L87A 1IORA 1FKQA 4Z46A 1L40A 3BKHA 2O79A 3CT5A 2F32A 3AGHA 3PBLA 3CT1A 5I14A 2BQDA 4HJVA 1L71A 1LSBA 1WQPA 1TBYA 1CV5A 1LI3A 212LA 4NGKA 3NY8A 4DQ7A 4H1PA 1UIEA 3GUMA 108LA 5KXWA 2B72A 209LA 1G0PA 1LJNA 1QSQA 3WU7A 1LHLA 1GD6A 1L32A 4N9RA 4DJHA 215LA 1B7RA 5LAFA 2F2QA 3EO5A 1L13A 4EPIA 4DQ5A 4ZFPA 1XJTA 2NWDX 3CSQA 2YBLA 205LA 4N1EI 6LZMA 1EL1A 4O34A 115LA 5LYTA 3DMZA 1L01A 3HH4A 2O4WA 1LHKA 1I56A 4GN5C 1RJCB 1LMCA 1CTWA 3HTGA 3EMSA 1L02A 3N9AA 1IP1A 3A92A 2CDSA 3GULA 3RUNA 1C6BA 2G4PA 1HFXA 4H9FA 1PQOA 3W6CA 1OP9B 3HH3A 3TXEA 1F0WA 5F9UA 2H9JA 3HH5A 1BGIA 199LA 4R0FA 1PQKA 4LZTA 1P56A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1IOC A;  5C6J A;  5J7C A;  2BLX A;  1JTP L;  3TXK A;  1GEZ A;  2A7F A;  4LYB A;  2MEG A;  132L A;  1F10 A;  1TCY A;  1IC7 Y;  2XJW A;  3WXT A;  4G9S A;  5HNC A;  3RU5 A;  4QGZ A;  1QQY A;  3HFM Y;  3LYZ A;  3P4Z A;  1B5Y A;  1IWX A;  1GB5 A;  1RFP A;  1FBI X;  1W08 A;  5FST A;  1NMM A;  2BAA A;  1TDY A;  4WOA A;  3TXH A;  1GXX A;  1FLY A;  1A2Y C;  1JHL A;  2BQG A;  1GBS A;  1GFE A;  4YEM A;  1D0M A;  4ETD A;  4XEN A;  1BWH A;  2CWI A;  208L A;  1HEP A;  4LYC A;  4LFP A;  5F9X A;  1WTN A;  4NSG A;  1DKJ A;  4RW2 A;  4TX7 A;  4M4O A;  1D9U A;  1VFB C;  2W1M A;  2W1L A;  4NGY A;  1IWW A;  4TSC A;  1CKF A;  1LZT A;  1OUC A;  4QDN A;  1IR8 A;  1V7T A;  2AUB A;  1H6M A;  1IC5 Y;  3D9A C;  1LMT A;  4H94 A;  1GB0 A;  1OUG A;  1IC4 Y;  3B0I A;  4NGJ A;  1O23 A;  3AW6 A;  3AW7 A;  1FLU A;  4G4B A;  2CJL A;  2DQF C;  3AGI A;  1FLW A;  4HTQ A;  1GB2 A;  3A91 A;  4ETC A;  1OUD A;  1HEQ A;  193L A;  1LSY A;  1XEJ A;  3OJP A;  4WM1 A;  3D3D A;  3T6U A;  1IOQ A;  4M6D A;  5I5Q A;  1JKA A;  1GAZ A;  4ML7 A; 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 5DL9 A;  1VAT A;  3WUM A;  4PPO A;  1OUH A;  1B5U A;  1GF6 A;  1GFA A;  1UIF A;  1UIC A;  5F16 A;  5LVI A;  3RNX A;  2LYM A;  2DQJ Y;  1J1P Y;  5F81 A;  1LHJ A;  5M1Y A;  1FLQ A;  1SQ2 L;  2Z39 A;  1CJ6 A;  1LYS A;  1AZF A;  4NHP A;  3A96 A;  4WM3 A;  1HNL A;  2BQA A;  2HEF A;  2HED A;  1NQI A;  2HTX A;  1LTM A;  1LZA A;  5KXY A;  2BLY A;  2ZNX Y;  3W3E A;  1UIH A;  1GB8 A;  4IAS A;  4DT3 A;  5HLL A;  4CGE A;  2I6Z A;  1ZMY L;  1JTT L;  4H90 A;  4NSH A;  1GF8 A;  2MED A;  3N9C A;  3LZ2 A;  1CKH A;  4WO9 A;  4ZEE A;  1GBZ A;  1IOT A;  1DXJ A;  4A7D A;  5F14 A;  2D91 A;  4NHS A;  2XBS A;  1GFH A;  2LYZ A;  1LZS A;  3G3B B;  2C8P A;  5L3H A;  4DDC A;  4NHQ A;  1KIQ C;  1UIB A;  2I25 L;  3J4G A;  4H9A A;  4B4I A;  4LFX A;  3B6L A;  3M3U A;  4UWV A;  1INU A;  1EQE A;  3SP3 A;  5LVK A;  1LJF A;  5KKI A;  1LZD A;  1T3P A;  4XJD A;  5LIN A;  3AZ6 A;  4FDY A;  1C08 C;  1WQM A;  3ATO A;  4LYM A;  1ZVY B;  4OW1 A;  4DD1 A;  1YL1 X;  1LZ5 A;  3K3T A;  4XJG A;  1BB3 A;  1DI3 A;  2YBM A;  1MLC E;  4KL7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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