The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
30
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sequence length |
124
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structure length |
124
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Chain Sequence |
b'QETLEQVHLTEDGGVVKTILRKGEGGEENAPKKGNEVTVHYVGKLESSGKVFDSSRERNVPFKFHLGQGEVIKGWDICVASMTKNEKCSVRLDSKYGYGEEGCGESIPGNSVLIFEIELISFRE'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural insights into substrate binding by PvFKBP35, a peptidylprolyl cis-trans isomerase from the human malarial parasite Plasmodium vivax
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
70 kDa peptidylprolyl isomerase, putative
|
| source organism |
Plasmodium vivax
|
| molecule tags |
Isomerase
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| total genus |
30
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| structure length |
124
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| sequence length |
124
|
| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature |
ec
5.2.1.8: Peptidylprolyl isomerase. |
| pdb deposition date | 2010-10-18 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00254 | FKBP_C | FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Chitinase A; domain 3 | Chitinase A; domain 3 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4O2T A; 1NMV A; 2MNT A; 2PPO A; 3O5P A; 4JFM A; 3KCE A; 4DRH A; 2MLY A; 3PA7 A; 5J6E A; 4JYS A; 3O5J A; 1JNT A; 1FKF A; 2KI3 A; 4JFI A; 3JYJ A; 2F2D A; 2XP8 A; 1FKK A; 4IQ2 A; 1FKB A; 3IKG A; 1PBK A; 1QPL A; 1J4R A; 4G2P A; 5D75 A; 5HT1 A; 2RUR A; 5HW6 A; 2XP5 A; 2KFW A; 3EY6 A; 1JNS A; 1NMW A; 1D7H A; 2DG9 A; 2XP6 A; 1FKG A; 1NSG A; 4JFL A; 4DRP A; 2ZQS A; 1EQ3 A; 5DIV A; 1F8A B; 1P5Q A; 2KR7 A; 2XP3 A; 3IKD A; 3KAD A; 5HKG A; 4TNS A; 4W9O A; 4TW7 A; 2FAP A; 4DRI A; 1T11 A; 2ITK A; 4TX0 A; 2F4E A; 3NI6 A; 4FN2 A; 1FKL A; 4ODP A; 1Q6H A; 4TW8 A; 1FKI A; 2VN1 A; 3LUO A; 1Q1C A; 1FKS A; 3O5E A; 4MGV A; 4C02 B; 4DRQ A; 2KO7 A; 4IPX A; 4ITZ A; 4J4O A; 1QZ2 A; 4G50 A; 2ZR4 A; 1J6Y A; 3RGC A; 3WH0 A; 5B8I C; 4N19 A; 5DIU A; 2XPA A; 4NNR A; 1KT0 A; 2AWG A; 1PIN A; 5HUA A; 1EYM A; 4ODK A; 3JYM A; 4ODM A; 4JFJ A; 4LAX A; 3UQB A; 4ODL A; 4U84 A; 1BKF A; 2DG3 A; 2RQS A; 4TW6 A; 1FJD A; 3TCZ A; 3FAP A; 3O5M A; 4U86 A; 1ROT A; 3O5I A; 4GIV A; 4QT3 A; 2F21 A; 5I98 A; 3UF8 A; 2LPV A; 5HW8 A; 2M08 A; 2PV3 A; 3KAB A; 4MSP A; 3UQI A; 4W9P A; 1FKJ A; 3PRD A; 2KGJ A; 4DZ3 A; 3NRK A; 3O5Q A; 4IQC A; 3O5D A; 3I6C A; 1N1A A; 4ODQ A; 1C9H A; 5HW7 A; 1D7I A; 1U79 A; 3KAG A; 1FD9 A; 2LGO A; 3O5G A; 4QIB A; 2N87 A; 3KZ7 A; 4DRK A; 2MPH A; 1R9H A; 1ZCN A; 4DRJ A; 4J4N A; 3TC5 A; 2VCD A; 5HTG A; 1FAP A; 3O5O A; 4DZ2 A; 4ODO A; 4DRM A; 3O5F A; 1J4I A; 4ODR A; 2UZ5 A; 2MLZ A; 5HWC A; 1M5Y A; 3O5K A; 3TDB A; 1YAT A; 3CGM A; 4LAW A; 3H9R B; 4DT4 A; 3VAW A; 1BL4 A; 3MDY B; 2D9F A; 2PPP A; 2PBC A; 3PRB A; 4ODN A; 2LKN A; 2M1I A; 2K8I A; 1W26 A; 2RUC A; 1Q6I A; 1YW5 A; 1L1P A; 1QPF A; 2MF9 A; 2RUD A; 4W9Q A; 1FKD A; 3KAH A; 3UI6 A; 4DRO A; 2XP9 A; 1J4H A; 4DH0 A; 2KE0 A; 2RUQ A; 1FKT A; 2MLX A; 3O5R A; 5BXJ A; 2ZR5 A; 1D6O A; 2Y78 A; 3OOB A; 5GPG A; 2OFN A; 4FAP A; 2ZR6 A; 1FKR A; 3IHZ A; 1D7J A; 2RSE A; 1KT1 A; 2XP4 A; 3UI5 A; 1Y0O A; 3JXV A; 1Q6U A; 4JFK A; 4BF8 A; 4DRN A; 4LAV A; 4DIP A; 4U85 A; 4R0X A; 2DG4 A; 2LJ4 A; 1ROU A; 2XPB A; 2ZQT A; 4TYO A; 3ODK A; 2FKE A; 3RFW A; 5HWB A; 1JVW A; 3UQA A; 1ZK6 A; 2IF4 A; 2L2S A; 3GPK A; 2XP7 A; 3B7X A; 2PPN A; 3CGN A; 3IK8 A; 4GGQ A; 1A7X A; 3UI4 A; 1FKH A; 3KAF A; 1B6C A; 3KAC A; 2ZQV A; 4QT2 A; 1F40 A; 1HXV A; 3KAI A; 4LAY A; 1TCO C; 2PV2 A; 2ZQU A; 3NTP A; 2PV1 A; 3O5L A; 2JZV A; 5DIT A; 2Q5A A; 2M2A A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4URI A; 2MLY A; 5J6E A; 3B9D A; 4JYS A; 1W1T A; 3ARV A; 1JNT A; 4ZS6 A; 1E15 A; 1ZU8 A; 3FXY A; 4G2P A; 4HAR A; 3WKZ A; 2KFW A; 4HBO A; 1GPF A; 2DG9 A; 4JFL A; 2ZQS A; 3OA5 A; 2KR7 A; 3IKD A; 1XHG A; 3G6M A; 4R5E A; 3NI6 A; 3G6L A; 1E6Z A; 3WD4 A; 4MGV A; 3LUO A; 1Q1C A; 4IPX A; 1J6Y A; 3WH0 A; 5B8I C; 4N19 A; 2DSV A; 1FFR A; 4LAX A; 4ODL A; 1BKF A; 1WB0 A; 1FJD A; 3AS1 A; 4QT3 A; 3UF8 A; 3UQI A; 2WK2 A; 2WM0 A; 1E44 A; 1FKJ A; 4W9P A; 1LL4 A; 2KGJ A; 4DZ3 A; 3NRK A; 3AS2 A; 1E6R A; 1U79 A; 1ZB5 A; 1H0G A; 1FD9 A; 3O5G A; 4QIB A; 3RM9 A; 4DWS D; 1ZCN A; 3BMB A; 4ODO A; 1FFQ A; 1EIB A; 4ML4 A; 2MLZ A; 2F23 A; 3O5K A; 3ARX A; 2PBC A; 2K8I A; 4W9Q A; 5GQB A; 3W4R A; 4Z2J A; 3O5R A; 2DSW A; 5GPG A; 1NH6 A; 2ZR6 A; 2AOS A; 1W9U A; 2WLZ A; 1W9V A; 3UI5 A; 4JFK A; 2LJ4 A; 2ZQT A; 3RFW A; 3UQA A; 1LL7 A; 4P8W A; 1FKH A; 2A3E A; 2P4V A; 2ZQV A; 4QT2 A; 1F40 A; 1JND A; 4MNJ A; 2PV1 A; 3O5L A; 2JZV A; 3FY1 A; 2Q5A A; 2M2A A; 4O2T A; 4JFM A; 1EDQ A; 4DRH A; 3PA7 A; 1GOI A; 2A3C A; 4JFI A; 3JYJ A; 4WKA A; 2XP8 A; 1FKK A; 2B31 A; 5D75 A; 1LG1 A; 1D2K A; 5HT1 A; 4S3K A; 5DO2 A; 5HW6 A; 4QZV B; 4DRP A; 1EQ3 A; 3ARR A; 5DIV A; 2XP3 A; 1IX5 A; 3GU0 A; 4TX0 A; 3GTY X; 2F4E A; 4Q22 A; 4DRQ A; 5GPR A; 1FKS A; 2KO7 A; 4Z2G A; 1QZ2 A; 3QOK A; 2ZR4 A; 4LGX A; 5DIU A; 4L3N A; 1PIN A; 5HUA A; 2DG3 A; 3CHD A; 3FAP A; 3O5M A; 1W9P A; 5I98 A; 4Z2I A; 4MSP A; 3KAB A; 4MPK A; 3WQV A; 2B5U B; 4P8U A; 2PN0 A; 2A3A A; 1NWU A; 2O9O A; 3O5D A; 1W1Y A; 1N1A A; 1C9H A; 5HW7 A; 1D7I A; 3KAG A; 1ZBW A; 4WK9 A; 2LGO A; 1OGB A; 3KZ7 A; 2MPH A; 1R9H A; 2OLH A; 4J4N A; 2VCD A; 3O5O A; 4DZ2 A; 5HWC A; 2UZ5 A; 1SR0 A; 1YAT A; 4LAW A; 4AY1 A; 1WAW A; 1X6L A; 1HJV A; 3ARS A; 3PRB A; 2LKN A; 2M1I A; 2RUC A; 1W26 A; 4W5U A; 1Q6I A; 2WLY A; 1L1P A; 1QPF A; 2MF9 A; 1ITX A; 4Z2L A; 1FKD A; 3KAH A; 4DRO A; 5BXJ A; 2ZR5 A; 3OOB A; 4DWS B; 3IHZ A; 1Y0O A; 4DRN A; 3WD2 A; 4DIP A; 2DG4 A; 4TYO A; 1HKJ A; 3ALF A; 2FKE A; 2QF8 A; 1X6N A; 3AS0 A; 3PRA A; 2XP7 A; 3B7X A; 2PPN A; 1EHN A; 3KAC A; 1KFW A; 1HXV A; 3KAI A; 4LAY A; 1TCO C; 4UDM A; 2PV2 A; 4KR0 B; 5DIT A; 2MNT A; 2PPO A; 3O5P A; 3KCE A; 2DT3 A; 3RM8 A; 1HJW A; 4WKF A; 3O5J A; 2KI3 A; 1W1V A; 1FKB A; 3IKG A; 2DT1 A; 1J4R A; 3AS3 A; 3WQW A; 2RUR A; 3EY6 A; 1XRV A; 1NMW A; 1D7H A; 2XP6 A; 1FKG A; 1P5Q A; 4MNL A; 4Z2H A; 3CH9 A; 1LG2 A; 4TNS A; 4W9O A; 3WL0 A; 1JCH B; 3B9A A; 3WIJ A; 1FKL A; 3ARY A; 2VN1 A; 1TFV A; 4WKH A; 4J4O A; 3ART A; 1LJY A; 3BXW A; 2G41 A; 1VF8 A; 2XPA A; 1NWS A; 1KT0 A; 2AWG A; 1EYM A; 4ODK A; 4ODM A; 3CZ8 A; 4U84 A; 4TW6 A; 3ARP A; 4U86 A; 3O5I A; 4GIV A; 3ARO A; 2F21 A; 2LPV A; 5HW8 A; 2DT0 A; 4PTM A; 2PV3 A; 3PRD A; 2DSU A; 4NZC A; 3O5Q A; 4IQC A; 3WD1 A; 1NWR A; 1GUV A; 4ODQ A; 4DWS A; 1E6N A; 2N87 A; 5HTG A; 1LQ0 A; 3TC5 A; 5HBF A; 1M5Y A; 3TDB A; 1UR9 A; 2DT2 A; 3B8S A; 3VAW A; 3MDY B; 2G8Z A; 2D9F A; 1WNO A; 4ODN A; 1J4H A; 2RUQ A; 4MNM A; 1FKT A; 1HKK A; 3CHE A; 1H0I A; 2OFN A; 4FAP A; 1FKR A; 4WJX A; 1D7J A; 2RSE A; 2PI6 A; 2XP4 A; 3CHC A; 4BF8 A; 1Q6U A; 1ROU A; 2XPB A; 5JH8 A; 3RM4 A; 4XAK A; 5HWB A; 2DPE A; 4KQZ A; 2IF4 A; 3GPK A; 3AQU A; 3ALG A; 3CGN A; 3IK8 A; 4ZPW R; 1A7X A; 3ARQ A; 3UI4 A; 3KAF A; 4MAV A; 1B6C A; 2YBU A; 2ZQU A; 3NTP A; 1UR8 A; 1NMV A; 4Q7N A; 1OGG A; 4L72 B; 1FKF A; 1LL6 A; 2F2D A; 4IQ2 A; 4HBE A; 3PR9 A; 1PBK A; 1QPL A; 4P8X A; 2EUL A; 2XP5 A; 1JNS A; 4DWS C; 5DF0 A; 1NSG A; 4P8V A; 1F8A B; 3KAD A; 5HKG A; 4TW7 A; 2FAP A; 4DRI A; 1T11 A; 2ITK A; 4FN2 A; 4ODP A; 3ARZ A; 1HKM A; 1Q6H A; 2DSZ A; 4TW8 A; 1FKI A; 3O5E A; 1JNE A; 4C02 B; 4ITZ A; 4Z2K A; 4G50 A; 4NSB A; 1E6P A; 3RGC A; 4NNR A; 3B9E A; 3JYM A; 3WD0 A; 4JFJ A; 2YBT A; 3UQB A; 2RQS A; 2IUZ A; 3TCZ A; 1OWQ A; 4IT6 A; 1ROT A; 1ZBK A; 2ESC A; 2M08 A; 1O6I A; 5DEZ A; 1NWT A; 1ZBV A; 1HKI A; 3I6C A; 1K9T A; 1SYT A; 1W1P A; 4WIW A; 4DRK A; 1GRJ A; 4MNK A; 4DRJ A; 1FAP A; 2FDM A; 4DRM A; 3O5F A; 1J4I A; 1E9L A; 4ODR A; 3ARW A; 2O92 A; 3CGM A; 4DT4 A; 3H9R B; 1BL4 A; 4IT4 A; 4S3J A; 2PPP A; 4ZPT R; 4ZPV R; 1HJX A; 1YW5 A; 2ETN A; 2RUD A; 1RD6 A; 3UI6 A; 2XP9 A; 3CHF A; 4DH0 A; 2KE0 A; 2MLX A; 3EIP A; 1D6O A; 2Y78 A; 1ZBC A; 1KT1 A; 3ARU A; 3JXV A; 4LAV A; 4U85 A; 4R0X A; 3ODK A; 1CTN A; 1JVW A; 1ZK6 A; 2L2S A; 4GGQ A; 3WD3 A; 4MTV A; 2A3B A; 3RME A; 3WL1 A; 1ZL1 A; #chains in the Genus database with same CATH homology 4URI A; 2MLY A; 5J6E A; 3B9D A; 4JYS A; 1W1T A; 3ARV A; 1JNT A; 4ZS6 A; 1E15 A; 1ZU8 A; 3FXY A; 4G2P A; 4HAR A; 3WKZ A; 2KFW A; 4HBO A; 1GPF A; 2DG9 A; 4JFL A; 2ZQS A; 3OA5 A; 2KR7 A; 3IKD A; 1XHG A; 3G6M A; 4R5E A; 3NI6 A; 3G6L A; 1E6Z A; 3WD4 A; 4MGV A; 3LUO A; 1Q1C A; 4IPX A; 1J6Y A; 3WH0 A; 5B8I C; 4N19 A; 2DSV A; 1FFR A; 4LAX A; 4ODL A; 1BKF A; 1WB0 A; 1FJD A; 3AS1 A; 4QT3 A; 3UF8 A; 3UQI A; 2WK2 A; 2WM0 A; 4W9P A; 1FKJ A; 1LL4 A; 2KGJ A; 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2MPH A; 1R9H A; 2OLH A; 4J4N A; 2VCD A; 3O5O A; 4DZ2 A; 5HWC A; 2UZ5 A; 1SR0 A; 1YAT A; 4LAW A; 4AY1 A; 1WAW A; 1X6L A; 1HJV A; 3ARS A; 3PRB A; 2LKN A; 2M1I A; 2RUC A; 1W26 A; 4W5U A; 1Q6I A; 2WLY A; 1L1P A; 1QPF A; 2MF9 A; 1ITX A; 4Z2L A; 1FKD A; 3KAH A; 4DRO A; 1ZL1 A; 5BXJ A; 2ZR5 A; 3OOB A; 4DWS B; 3IHZ A; 1Y0O A; 4DRN A; 3WD2 A; 4DIP A; 2DG4 A; 4TYO A; 1HKJ A; 3ALF A; 2FKE A; 2QF8 A; 1X6N A; 3AS0 A; 3PRA A; 2XP7 A; 3B7X A; 2PPN A; 1EHN A; 3KAC A; 1KFW A; 1HXV A; 3KAI A; 4LAY A; 1TCO C; 2PV2 A; 4KR0 B; 5DIT A; 2MNT A; 2PPO A; 3O5P A; 3KCE A; 2DT3 A; 3RM8 A; 1HJW A; 4WKF A; 3O5J A; 2KI3 A; 1W1V A; 1FKB A; 3IKG A; 2DT1 A; 1J4R A; 3AS3 A; 3WQW A; 2RUR A; 3EY6 A; 1XRV A; 1NMW A; 1D7H A; 2XP6 A; 1FKG A; 1P5Q A; 4MNL A; 4Z2H A; 3CH9 A; 1LG2 A; 4TNS A; 4W9O A; 3WL0 A; 3B9A A; 3WIJ A; 1FKL A; 3ARY A; 2VN1 A; 1TFV A; 4WKH A; 4J4O A; 3ART A; 1LJY A; 3BXW A; 2G41 A; 1VF8 A; 2XPA A; 1NWS A; 1KT0 A; 2AWG A; 1EYM A; 4ODK A; 4ODM A; 3CZ8 A; 4U84 A; 4TW6 A; 3ARP A; 4U86 A; 3O5I A; 4GIV A; 3ARO A; 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