3PB0A

Characterisation of the first monomeric dihydrodipicolinate synthase variant reveals evolutionary insights
Total Genus 125
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
125
sequence length
300
structure length
300
Chain Sequence
GIDPFTMFRGVGTAIVTPFKNGELDLESYERLVRYQLENGVNALIVLGTTGESPTVNEDEREKLVSRTLEIVDGKIPVIVGAGTNSTEKTLKLVKQAEKLGANGVLVVTPYYNKPTQEGLYQHYKYISERTDLGIVVYNVPGRTGVNVLPETAARIAADLKNVVGIKEANPAAAQIDRTVSLTKQARSDFMVWSGNDDRTFYLLCAGGDGVISVVSNVAPKQMVELCAEYFSGNLEKSREVHRKLRPLMKALFVETNPIPVKAALNLMGFIENELRLPLVPASEKTVELLRNVLKESGLL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Characterization of monomeric dihydrodipicolinate synthase variant reveals the importance of substrate binding in optimizing oligomerization.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Dihydrodipicolinate synthase
molecule tags Lyase
source organism Thermotoga maritima
total genus 125
structure length 300
sequence length 300
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.3.3.7: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase.
pdb deposition date 2010-10-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3pb0A00
2E1DA 2Z1BA 4EWND 3EX6A 2NV1A 3ZR4A 2C13A 1K3UA 1XBZA 3W1XA 4QQ3A 3M5VA 1JUKA 1XI3A 1XXXA 3PULA 1CI1A 1G4PA 3BLIA 4ZMGA 4TU1A 3O6CA 1SFLA 4HPXA 4O54A 1W1ZA 1HUVA 4DF1A 3O1NA 1IF2A 1BTMA 1R2SA 2J6XA 3LLFA 4FIRA 3UNDA 3ZWTA 3TW6A 3EKZA 3G1SA 3EEGA 3Q37A 3W7HA 5C2XA 3NGJA 3W7OA 2PC4A 3TC6A 4MY8A 4LVFA 4JYDA 1G4SA 4RX0A 2PRHA 3FIGA 5H2ZA 3EX3A 3TNOA 1WA3A 4GJ1A 3G18A 2VFHA 4XKYB 1XUUA 1KA9F 2Y7FA 4OQVA 5CPNA 3QFEA 2QF7A 3GLCA 3UWZA 3PAJA 3T44A 3EWXA 1M7PA 1O5KA 2ISWA 3VI2A 4MZ1A 3NQMA 5D2WA 4JN6A 3PVFA 2C3ZA 2NZLA 3STGA 5TQLA 2V5BA 3GNNA 3GX9A 5BRBA 3MBDA 3L0NA 4BK9A 1VLWA 5HR7A 3HGRA 1S5WA 1JRCA 5AB3A 4N9BA 1VCFA 2Z6IA 4D2JA 1H5YA 1GPWA 3HB9A 1ZCOA 1VCVA 5D2XA 4GWEA 4LWWA 2B7OA 2B7QA 1MSSA 1VCGA 4QNEA 1EIXA 1I2RA 3NNTA 2YFOA 1W3TA 1IIGA 3W7PA 4N4PA 3BG9A 2C19A 2JK2A 4KFNA 1JUEA 4BI7A 2NX9A 4ZQPA 2WNQA 4A22A 4ML9A 3TSMA 2DZUA 4ZZ9A 4N9DA 1ZENA 4AMAA 5D09A 1J4EA 5LNVA 1F7BA 2WJZA 5E1QA 3MJYA 3E9AA 3QC3A 2V2CA 4AWTA 4JDYA 2FPVA 2E6YA 2R94A 1MO0A 4Z08A 2YW4A 5DCEA 4UTKA 4IQLA 2DJLA 3DXIA 5FEXA 3LHWA 5DBUA 3L68A 2YR1A 4DBEA 2GUUA 3W1RA 4LS0A 2AQWA 2H8XA 3NDOA 3O07A 3W7LA 1QOPA 3LDVA 5CZSA 3G3MA 3DFPA 2RFGA 1AW2A 8TIMA 2DJXA 3LXBA 3W7CA 3PG9A 1FWWA 4LTSA 2E5CA 2Y61A 2ZDRA 2A1YA 3P82A 4WOQA 4UTLA 2VFDA 4I7WA 4GUJA 4PH6A 1QAPA 1TV8A 2YYTA 3GDMA 1KTNA 2QJHA 3SGUA 3PUOA 3L5MA 1K03A 3W86A 4P61A 4FO4A 4OWGA 1A53A 3HF3A 4MFDA 3F4WA 1GOXA 1U83A 2ZCGA 4WX2A 4AHQA 2RH9A 4QITA 5I3FA 1VPXA 5I3IA 4HNVA 3S9YA 4O10A 2EKCA 2WNZA 3ABOA 4NJKA 4UIOA 4K39A 2DZWA 3BPWA 3C2FA 2YPIA 1J5TA 2B7NA 3G0XA 1VLIA 3NA8A 3NO5A 1Q45A 4IGHA 4XBSA 3SR7A 3EWBX 3INPA 4DQWA 1BWLA 4GBUA 3MI6A 4O13A 1FDYA 5T26A 4K36A 3GR8A 3EWUA 4ZQOA 2V30A 3Q58A 1I2QA 3LCWA 2X30A 5FF7A 1R46A 3BGGA 1EWEA 2E77A 4NXKA 4U28A 2QCDA 1PHWA 4UC5A 2A2IA 3TCEA 2E6AA 2Y70A 3M41A 3TFCA 4OT7A 2QUVA 4JR5A 3UQNA 4L4LA 2LLEA 2JBMA 3NQFA 3W1TA 2J9YA 1LRNA 1QO5A 2VFEA 3IIOA 3PSVA 4K7VA 4R7JA 3WFAA 1VS1A 3IIZA 2NXGA 2Y85A 1SR9A 4QAIA 4CCCA 2NXIA 2Z0IA 3BO9A 4JY8A 4UFMA 1CW2A 5EMUA 1X7FA 3LBMA 4DF0A 4MY1A 1VGAA 3LXCA 3WJXA 1V7YA 1F5ZA 3B03A 4IPJA 2VEMA 1HO4A 1MZHA 1L9WA 4PCFA 3O6YX 4IUOA 5CZTA 4LW7A 4Z1CA 1TPDA 2W6RA 3BK0A 1F2JA 5EPDA 4E2DA 2ALDA 1VJIA 4UTTA 2C16A 5KITA 2YSWA 3G8RA 4O16A 4UFHA 1RPXA 4WD0A 1JULA 5HWNA 2EAWA 4NVTA 2TPSA 4MZYA 1TO3A 4QJ1A 3I6RA 2DZXA 3EB2A 3O8AA 4OGZA 5G5IA 5K3VA 4UMAA 1QNVA 3A9IA 3GXNA 2OZ0A 3DKLA 4DBDA 5AYYA 3M9YA 4LVAA 3B4UA 3L2IA 1IXOA 4HSNA 3W75A 3C8FA 1YLVA 2QJIA 3HJZA 1A5CA 1SO5A 5LNUA 1W31A 4JYFA 3FOKA 2CZ5A 4JTJA 5D30A 5FF2A 3IGUA 3B0PA 1GYLA 4N02A 4AHPA 1YTDA 4ADUA 4KFOA 3I7QA 2CLMA 2F7FA 2ZZ1A 1KFJA 1FCBA 4GC4A 4LT9A 1PCKA 4UTMA 2GOUA 3TQKA 4MJMA 3NQCA 2VFGA 1WQ5A 3TSBA 3L65A 1K8XA 3I7RA 1G69A 2FFCA 1PV8A 2QCGA 1W5PA 4UTUA 5L9FA 1IXNA 5LGXA 3QMRA 5FF4A 1F74A 1SO4A 1TPEA 4AH7A 3TC7A 2B7PA 4GRSA 1GWJA 4NU7A 3E96A 2GQ9A 3MI2A 4OBTA 4OV9A 3MWAA 4H6KA 4FEZA 3BV4A 4OU1A 2VKZG 3CWNA 1YPIA 4JTFA 3BW4A 4Z1BA 1G7UA 4Z1DA 1JCNA 2Y7EA 2CZEA 5K7JA 4AB4A 1VRDA 1W54A 4GUGA 5HULA 3EX2A 4NUWA 1KV5A 3DFQA 4WXYA 3W88A 4JS3A 3PWAA 4E2BA 1QMLA 4WUIA 3L5LA 3NAVA 2ZA1A 3PBVA 5D05A 3UZJA 2QCHA 1QFEA 4LUIA 1SW7A 1Z42A 2A21A 2ZZ5A 3IIXA 4AWSA 4ZQRA 3BLEA 5EYWA 2OJPA 3FS2A 5AN7A 1H63A 4WY0A 1SU5A 1FCQA 5K4ZA 5BMWA 1L6YA 4RXGA 1JQXA 4GE8A 1DOSA 1LOSA 4QNWA 3W71A 2CFFA 4RZ6A 2QCDB 4ZQMA 5AC7A 3KVKA 2HSAA 1JJKA 5U7SA 1I4NA 2ZRWA 5CZJA 4UMCA 3TR2A 1G4EA 3IRDA 3WK3A 3M7WA 4BWLA 3W3OA 4O8RA 3NQ2A 1H7PA 1KM1A 4C1KA 1XM3A 4A2SA 5CZ0A 5CGQA 2CWNA 1G6CA 4IWWA 1TPUA 4FNQA 1DORA 5LNSA 1D9EA 5D2VA 2X16A 1Q6LA 1THFD 3TUUA 1DL3A 3C6CA 4NNBA 4I9AA 3HGOA 3NQ6A 3W72A 1QPNA 3GNDA 1KFBA 1KBJA 1X8FA 2QCLA 3UPWA 1H7OA 2CW6A 4EOUA 1W5MA 2E09A 2A4AA 4L4MA 4UNLA 2Q3OA 3PS7A 3KVLA 3F4NA 4IJBA 4PEKA 5AC6A 2RDTA 3L67A 1H7RA 3DFOA 3HG2A 4LRSA 3WJSA 1JRBA 3TIMA 2Q8LA 3TFXA 2QKFA 3OG3A 2OT1A 3IVUA 4RZ5A 1D3GA 3TQVA 1EP2A 3E49A 5K9DA 3G3DA 5D32A 4RXFA 3PC0A 2V81A 4FNUA 2HS6A 4XBKA 1A5SA 3QQ0A 4AVFA 2QDGA 3LTSA 4NZJA 1AK5A 3UPBA 2VEPA 1ZAIA 4O18A 3S1XA 4YMZA 4EVZA 3LRLA 4S1FA 1IXPA 5AYXA 3V1PA 3S1WA 2GQAA 5D03A 1GT8A 1GQNA 1YXCA 3TH6A 1XDMA 3QEZA 5AHNA 1KTCA 4MJZA 3M47A 1L2UA 1KFLA 1RVGA 2Q8ZA 4QISA 5D2TA 4CQ9A 3GDLA 5HJLA 1SZEA 4UTJA 1AW5A 2ZZ3A 5AC8A 4JTHA 2I9EA 4S2BA 2GPTA 2FPTA 4Z1AA 3CU2A 3ZFHA 1JUBA 3L0GA 3W7KA 5G1TA 3IIVA 3ELFA 1LZOA 1VYPX 3IVTA 3NEVA 3G22A 3LHTA 5LSMA 4YCOA 4IPIA 5A5WA 4JNMA 2A85A 2EF9A 1OFQA 4PL2A 2XN2A 5F2MA 4MIMA 1SFJA 1X6UA 1QWGA 2R14A 2ZRVA 4NZFA 1O5XA 1KLYA 1W3IA 4UMBA 1UUMA 2FJKA 3PBYA 4FIQA 3DBPA 4NJGA 2ZRUA 2Y7GA 3QSRA 2V2DA 5F2LA 4O57A 4R53A 1T99A 2I1OA 3S42A 3OVQA 2E6FA 4DO5A 3IEBA 1WXJA 3ABQA 4YWIA 3QZEA 4FXRA 1TPC1 2RDWA 4XZ9A 1DHPA 3DI0A 3NPUA 5SWUA 1I8JA 3B05A 1GG1A 4CNOA 2BTMA 3BARA 2A7PA 3W7QA 1VYRA 3YPIA 1TREA 2A7NA 4N6EA 3LCIA 5DXYA 4IX2A 4O12A 3O6DA 1XL9A 5BW6A 1TTIA 3O16A 4MLRA 2V5LA 3IVSA 3R2GA 1GVRA 1M6JA 4LV4A 3RLVA 5MHBA 1EA0A 3QYQA 3TE9A 1FCUA 1S5TA 1WV2A 4H3DA 5HINA 1OK4A 3N3MA 4WOZA 3G1VA 4DPPA 1OJXA 4EIVA 1SO3A 1TV5A 2TMDA 3EKLA 1ICQA 3GR7A 1LP6A 5AHMA 2AAMA 3W1NA 4G1KA 4LNYA 5F2IA 3W87A 4RK8A 4BFAA 4TR9A 3TQ0A 1TCDA 1TPH1 5AHEA 1F76A 3PB2A 3BLFA 3OHIA 4UTWC 3CIWA 5DBTA 4O1CA 4K7YA 1GEQA 3GAKA 2C14A 2WV8A 3P60A 5AOUA 5DY3A 1F6PA 5D02A 3HO8A 5LHFA 3PF3A 1OFRA 1JCXA 3R13A 4R33A 5HR6A 4GXMA 4PA8A 5DXXA 1OF6A 2YDAA 4IOTA 4AF0B 1OFAA 2CZFA 3M1ZA 4A3UA 2DU2A 3SI9A 4AAJA 5EBUA 1SZNA 3LI0A 4FNTA 2FTPA 1O4UA 5KZDA 3USBA 2VFIA 3GXPA 3FLUA 4HHPA 3FFSA 4CCEA 3M6YA 1FCVA 4WQ6A 3B0VC 1W0MA 1XKYA 4CNNA 3QW3A 2V82A 1EP3A 2NWSA 4JTIA 4LC8A 3UXAA 2VELA 2ATMA 4IMCA 3MUXA 3JS3A 3W1AA 2J88A 4M7SA 1RZMA 1BWKA 1W56A 3EWWA 1A50A 2ZRZA 3RF9A 1TPB1 1YTKA 1ZAHA 1H51A 3U6WA 2P1FA 2RKXA 1N55A 4N9CA 3HG4A 2R8WA 5CPMA 4QM1A 2O7SA 3CPRA 1TPFA 2FDSA 5G4WA 3C3NA 2NLIA 1ZHAA 3FYOA 4K38A 5HQEA 3T4CA 4DF2A 2HTMA 2NX1A 1X1ZA 1KTBA 3W6YA 1LLZA 3QW4B 1SO6A 4HNUA 4DO4A 1OABA 5KZEA 1K7FA 4RCXA 3OEXA 4GUHA 3NPXA 2EPHA 2GJNA 3CQ0A 1OVDA 3W1PA 3W1UA 4HT3A 4JTTA 3N14A 1RQEA 1NF7A 3TA6A 1YDOA 3OIXA 1XFBA 3LRKA 3N9SA 4LY8A 3IIPA 2H90A 1HG3A 3TXVA 4M19A 4UFKA 3R5EA 3HIJA 3O15A 1JR1A 3O63A 1ZY9A 2CU0A 3ABSA 1B3OA 3S0CA 3MHUA 3E12A 3LTPA 3N73A 3M5ZA 3LBCA 3W2UA 1LYXA 4Z0JA 1JCYA 4DEFA 3S5OA 1DJQA 4O19A 2GQ8A 2RHGA 4PC8A 2PE4A 5HMSA 2CLEA 3DKJA 3M16A 4DO6A 5C5YA 2Y62A 3W07A 3W2LA 1QPQA 5G4EA 2CLFA 1QDSA 3O06A 4O15A 1FWTA 1FXPA 2J27A 2JKAA 3R8RA 3G1XA 4UNKA 3C2VA 3S8HA 1KV8A 3QSTA 4ZQCA 5FF3A 3S5NA 4NJIA 4CQAA 1FDZA 3ATZA 4A2RA 4HNTA 4JTUA 1DJNA 4JX6A 4S2CA 1P4CA 5FEPA 5EA9A 4BF9A 1DQXA 1SW0A 3TV8A 1D3HA 1VH7A 3S5YA 1M5WA 4TIMA 2DORA 3HG5A 1KBIA 3TMLA 1JCLA 4FB7A 1I2NA 4IMGA 3P61A 5K9XA 5DLCA 3DGRA 1FUYA 3LHVA 5DN1A 3CIXA 2CLLA 4O50A 1KFCA 4NXSA 2C0AA 2G96A 3DZ1A 3LV5A 3H55A 3SW6A 1LBMA 3L0KA 2OCZA 3ANYA 1AL8A 1S5VA 3UWUA 1WOAA 2ABBA 5FEWA 3NXFA 1QOQA 4FHAA 5CPOA 1PIIA 1B9BA 4HSOA 1FQ0A 5LZLA 1MEHA 3W2JA 2ZA3A 5CSRA 3PSWA 1OX4A 1RV8A 1GTEA 1WBJA 1QPOA 3WK1A 3E0IA 1HFBA 3C61A 1TTJA 5F1UA 3G8EA 2QCEA 5FF0A 3UYCA 3KRZA 5BNKA 5F2GA 5I3KA 4C1LA 2QCFA 4RJEA 3RNDA 5K4XA 3TKFA 3M44A 3KAOA 3MO7A 4O1BA 3HG3A 1OFBA 3MBFA 5HWMA 5D04C 4X22A 3FA5A 2QUUA 3LLDA 3LCGA 3TDFA 1SSGA 2DZTA 3W7IA 2IQTA 3W70A 1EWDA 3GB6A 1K8ZA 2J9XA 3PUDA 3P8JA 3MI3A 5F4XA 2YFNA 1K7XA 3T78A 1ALDA 4JX4A 1TIMA 2QCMA 1YADA 3BW3A 3PY2A 3I68A 2ZTKA 4QSHA 1VQTA 3FKRA 1ME8A 3LCHA 2V0TA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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