3PB5A

Endothiapepsin in complex with a fragment
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Endothiapepsin
publication title A small nonrule of 3 compatible fragment library provides high hit rate of endothiapepsin crystal structures with various fragment chemotypes.
pubmed doi rcsb
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2010-10-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3pb5A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3pb5A01
4AZYA 3ER3E 3VSXA 2B60A 1QBRA 1W5VA 2AOEA 4DQCA 3VYFA 3NWQA 1NSOA 5OYSA 1B6LA 5P6XA 5P1BA 3OUDB 4OBGA 3VF7A 3ZKXA 4B77A 4EJKA 5P69A 5JFPA 3PI5A 3B7VA 3S2OA 1CZIE 3CYWA 5P2NA 5P5BA 4F75A 3KYRA 5P49A 5P0GA 5B18A 3PI0A 9HVPA 5P8JA 3U71A 3O9DA 5UPJA 5P8RA 4Y3HA 5P5YA 3R1GB 1OEWA 3NU4A 5P07A 1PPME 4B0QA 2I4VA 4R93A 2V10C 4QJ9A 7UPJA 1PSNA 3PEPA 2BPVA 5P1QA 3S7MA 3D1YA 2AVVA 2ZJKA 5P5CA 3RVIA 5P82A 4B1DA 5P3HA 5P8UA 5P4FA 4L6BA 2XFKA 3OQAA 4RYGA 1BILA 5P59A 5P1ZA 5P5MA 5P6GA 5P5DA 4Y3DA 5P4WA 6UPJA 2ANLA 1IDAA 2FXEA 1XS7D 1ZPAA 1MT9A 3CICA 3CIBA 3D20A 4DJUA 3INEA 1ZAPA 1D4JA 5ER1E 1LV1A 3DM6A 3S56A 2V13A 1HVLA 3UQXA 1E81E 3OU3A 3APRE 5P8QA 2J9KA 5AGZA 3GI4A 4HVPA 4DQHA 4FL8A 4LXKA 5DQ2A 5OZRA 4YOBA 1JLDA 5P6HA 4Y43A 2AOHA 2MIPA 4Y48A 5P2SA 5J25A 5P1TA 1B6JA 5P0ZA 7HVPA 2I4WA 1LF4A 5P2BA 5P3LA 2QNNA 1K6VA 5P43A 2O4PA 5P86A 1BDLA 5P63A 4CP7A 3VG1A 3SA4A 3KFSA 5P1LA 5BRYA 2PH8A 1T7IA 1MPPA 1SIPA 5P2XA 3KDCA 5KR8A 2VJ9A 3LPJA 4YCYA 5P0CA 1D4HA 3PRSA 4Q1NA 4Y3NA 4OBFA 1XDHA 3HBOA 4PZXA 5P8BA 3OHHA 2PSUA 5P8OA 3EKVA 4RCEA 4K8SA 2NXLA 5P1HA 1MIQA 2VIJA 4I0FA 4BELA 3A2OA 3NR6A 5P7HA 4Y5AA 5P7KA 1KJFA 5P7CA 5P1WA 4TVGA 4J1HA 3N3IA 1UH9A 5P06A 1B5FA 5OZUA 5P5IA 3BVAA 4Y5MA 3S43A 2VA7A 1SP5A 3KM4A 2XFIA 3ZKQA 3KFNA 3O9LA 1WBMA 3ZL7A 1QDMA 4DJOA 5JODA 5P7SA 5P6AA 4U8WA 5P1VA 4YCKA 3TOHA 1J71A 1BWAA 5P68A 5P2EA 3KMXA 1SDTA 4RVJA 2OHUA 1E5OE 3TNEA 3NDTA 5KQXA 5P4LA 3K5GA 4MC1A 5P5SA 3SA9A 2Q55A 4GZFA 4FM8A 4Y3GA 5P8IA 3LIZA 5P3SA 2B7FA 5P1NA 2HM1A 5P0OA 5P7FA 3MXDA 4Y57A 4ZSQA 2ZGAA 3PGIA 4Y35A 5P3NA 2OF0A 1B6PA 5P79A 2PK5A 4NJUA 4DPFA 5HDUA 4Y45A 3IN3A 3T7PA 1TCWA 5OZYA 1C6YA 4Y36A 2ZYEA 4J1KA 5DGWA 5P0TA 4Q1WA 1C6XA 1B5FB 4D88A 3CKTA 1M0BA 1HOSA 1K1TA 4COEA 1ZJ7A 4YD5A 3S43B 1ODYA 5OZSA 3L5DA 4Y5LA 1HVSA 5PEPA 1LEEA 3O9LB 5P25A 3WZ8A 4Z22A 2OHNA 1FEJC 3NU3A 4GB2A 5IVSA 5P6UA 1YTGA 1W51A 2WF2A 4TRWA 5P42A 3QVCA 2HC0A 5P73A 5P1SA 4EJLA 5P38A 1IBQA 1APUE 3QRVA 4UPJA 4YHQA 3SPKA 4JPCA 4LXAA 4BFBA 1DP5A 1HXBA 2NR6A 2Q5KA 1ZSRA 4PZWA 2VJ7A 2ZJIA 2QI3A 3R4BA 5JFUA 1FB7A 5P7RA 1FIVA 1EPRE 4EPJA 5P2FA 3Q6YA 3S54A 5P5UA 5P1KA 3NXNA 4JP9A 5P1XA 5P4HA 4OD9A 5KR2A 4X2LA 1GNOA 1W6HA 1C6ZA 2WEDA 3Q4BA 5P27A 5P7YA 1EPME 5P6CA 2PQZA 1K6CA 5P4KA 5DGUA 4B1EA 5P3UA 3VV7A 2AOIA 1HSIA 2ZHUA 1EBYA 1EC2A 4D85A 2BKTA 4GJ9A 4Y3QA 3OOZA 2R5PA 2Q64A 2XYFA 3GI5A 4WTUA 5P7LA 4Y4AA 3UCBA 5HD0A 5P8EA 4U7VA 2QMDA 3EKYA 4EQ0A 5P6BA 2I4XA 4HDBA 1DMPA 2I0AA 3IAWA 4PHVA 5P6IA 4Y3EA 4Y41A 4IVSA 5P09A 1BWBA 4RRNA 5OZ9A 2FS4A 5P2HA 6APRE 1ME6A 2CEMA 3H0BA 3LHGA 4BFDA 3O9HA 1BV9A 5DQ4A 1PFZA 1NPWA 1HVJA 1C70A 4OD9B 5P6MA 3PLDA 5P1IA 5P35A 2QZLA 1SBGA 1U8GA 3KDDA 1MRXA 3VYDA 1HTRB 1YX9A 3GI0A 5ENMA 3NU9A 5P8DA 3OXWA 4FCOA 5P8VA 5DR0A 1DAZC 4JPEA 2VNNA 1HBVA 5DR7A 4DJRA 3FNTA 4J1CA 4YD7A 3R0YA 1A94A 5AHBA 5P70A 5P6PA 5OZNA 4LL3A 4DV9A 4Y3TA 5P7ZA 1BDRA 3IA9A 5ISKA 5P3FA 3EM4A 5OZVA 4I1CA 5P39A 5P3OA 4LXMA 2O4KA 1XL2A 1QBSA 2APRA 4Y53A 5P46A 4F73A 1OEXA 4H3GA 4OBHA 4GJ6A 5E5JA 3LIVA 5P5NA 4J0VA 3PBZA 1IZIA 3QIHA 4NJSA 5P7OA 2JYSA 2HB3A 3TPRA 2OHKA 1FG6C 4I8ZA 4OBJA 1Q9PA 5E5KA 5P7IA 5P3EA 3VYEA 3Q70A 5P6KA 1AJXA 4J1EA 3OUBA 5P8AA 3KF0A 1DPJA 2F3FA 3ZOVA 5P5LA 2VIYA 2FDDA 4DQGA 5P08A 5P53A 4J1FA 2WF4A 2AZBA 5P1OA 1APVE 2QCIA 5CONA 5P7JA 4CKUA 5P1EA 2O4NA 4U7QA 4Y47A 5P20A 5SY2A 5P13A 5P0IA 2WEZA 5AH8A 5HU0A 1SMEA 4RCDA 1GVTA 5P0PA 3HD8A 4I0HA 4YBFA 3UDNA 5ER2E 5P8MA 3EKTA 3S7LA 4HE9A 5P11A 1BIMA 5P0YA 3L5CA 5P0SA 2NNPA 3EKPA 2FXDA 5P1YA 5P0EA 5OZ2A 1CPIA 1K2CA 3EC0A 3UQUA 4GYEA 5P6TA 3SQFA 3SKFA 3BVBA 4ZSRA 5P4XA 3M9FA 5SY3A 2I0DA 4AA9A 5OZHA 3SFCA 3PHVA 5P2LA 4YCTA 1UH8A 2FGUA 2I4QA 3ZPUA 2IQGA 2V11C 4HDPA 4CPQA 1VIJA 4Y5EA 5P3IA 3DOXA 2HS2A 1HIHA 1SDVA 2IEOA 5P1FA 2F80A 4J5JA 4Y4ZA 1HVKA 5P3YA 2ER0E 2IKOA 3HDKA 4Y4UA 3UDQA 4APEA 5P77A 2AVMA 5P71A 3IXKA 5P88A 2IKUA 3GW5A 3VV8A 4Y56A 3PSGA 3UF3A 2Q15A 5IVRA 3PMYA 5P4RA 2FIVA 2V0ZC 1FFFC 5P67A 5P4DA 1ER8E 5KQZA 4Y3AA 5HE7A 3I6OA 3NSHA 3IGBA 5TOLA 2QD6A 3OGQA 5P7QA 3TL9A 5P64A 3PM4A 5P87A 5P4UA 4F76A 1TSQA 2R38A 3SO9A 5OYUA 3CKPA 3GI6A 2A4FA 2G1SA 1HTFA 3FNUA 1KJ7A 1ODWA 4K4PA 2FDEA 3I8WA 2WL0A 4Z50A 3ZMGA 4Y5KA 1MVPA 2QHZA 3SLZA 4FRSA 1ZSFA 1HRNA 3OU1A 3OGPA 2ZJLA 1HVIA 5P5JA 6FIVA 2AODA 2QHYA 1MTBA 2VIEA 5P3DA 4Y4EA 4OBKA 3HW1A 3T7XA 5P5HA 4DJWA 4KUPA 1WKRA 5P7WA 4DPIA 1MERA 1PPKE 4Y54A 3D3TA 3K4VC 3EXOA 5P28A 3EL9A 2UXZA 2ER7E 4Y37A 1EAGA 2JJJA 2OHPA 1EEDP 2Z4OA 4LAPA 5P32A 1ZPKA 1MT8A 3KDBA 2IENA 1EPNE 4RRSA 3G70A 5KQYA 3PLLA 4Y4BA 4Y58A 3EMYA 1XL5A 3S45A 3DUYA 3GGAA 2BPWA 4R5NA 2AOJA 5P50A 5OZ5A 1B11A 5EZZA 4CPWA 3CIDA 4Y3LA 1GVXA 1MSNA 5P04A 4J1IA 5P7DA 3TKWA 3MXEA 4Y3FA 5P2UA 1K1UA 1UPJA 2NXDA 1ZLFA 2G24A 3NUJA 3OU1B 1XE5A 5HDXA 5P2DA 5APRE 3K1WA 3UPJA 1TW7A 4QGIA 5F01A 4ZE6A 1LYBA 4EJ8A 5P4BA 3VFAA 1XN2A 4F74A 3ZKSA 2R9BA 3UQPA 2FDPA 3PWMA 1FF0C 3WZ7A 2FLEA 2PYMA 1HEFE 3S85A 3S8IA 3WB5A 4Y3PA 2AOFA 5P2WA 1FG8C 1SMRA 2UPJA 4M8YA 5OZEA 4Y3JA 1D4SA 3T3CA 4CPTA 1HPXA 5P30A 4S1GA 2P3DA 5P7BA 5P1RA 5HU1A 5P40A 2ZJNA 5DQCA 1D4LA 4DFGA 2JXRA 3BGCA 3L5EA 3QAAA 3CYXA 3QP0A 1RL8A 1EPOE 2QI0A 3VSWA 4Q5MA 5P6JA 2PMAA 1K2BA 4RVIA 4EP2A 4K9HA 5KAOA 4YA8A 3I2LA 2CENA 5P34A 4GJ8A 5OYVA 5OZCA 5P3TA 1QBTA 5OZQA 5FIVA 2QMGA 3L59A 4XKXA 3WSJA 2IRZA 2V12C 4Y4XA 1W50A 4PPHA 1IVQA 4RCFA 4H3IA 5P0VA 5IS4A 1LYBB 3O99A 4RYCA 3TTPA 5P2AA 4J54A 4I11A 2FNSA 1LF2A 5KQFA 2H6TA 2R43A 4NJTA 4Y5CA 4FLGA 3QVIA 4KE1A 5P24A 5DPZA 3DJKA 4GJAA 2P3CA 1IZEA 3PJ6A 3UHLA 3URLA 4Y5GA 4MC6A 4J55A 2QHCA 2B42A 2QMPA 2SAMA 4KE0A 1FQ4A 4QJ7A 4XX4A 5P74A 4DJYA 4Y9WA 3BHEA 4DQFA 2EWYA 5P4GA 1B6MA 3KN0A 5HE4A 1GVUA 2HIZA 3UDPA 2PSVA 5P7TA 2B8VA 4Y3XA 5P6OA 4L7GA 2HB4A 3OTSA 3LIXA 1KJ4A 4B70A 5HVPA 1BVEA 4HEGA 1GVWA 4B78A 5P60A 3VEUA 2QP8A 1SGUA 1APWE 1FMXA 1FQ8A 5I3VA 2R3WA 5OZ7A 3NWXA 5P5QA 5ENKA 5F00A 5P5FA 1HVRA 1VIKA 5P6YA 5P5TA 3TPLA 5P0RA 2G20A 3UFNA 4ACUA 2QI7A 3QRSA 2ZHRA 5P17A 3UQRA 2OHLA 4I0DA 2CEJA 4J0PA 5P6RA 2VIZA 2G69A 5P8SA 1Z1HA 2F3EA 3L3AA 5P4TA 1BAIA 1HWRA 2ZHVA 2O40A 5P4JA 5KR1A 2AOCA 1AVFA 5P7VA 1SDUA 5P54A 5HDVA 4NPUA 3KT2A 2NMZA 5P2RA 4FAEA 2BPYA 4CPSA 1AAQA 1QS8A 3OXCA 2P83A 5OZ6A 3TH9A 4Z4XA 2BB9A 2J9JA 2NNKA 2QAKA 4DJXA 3JW2A 4I0ZA 2O4SA 5P4OA 3OTYA 4YD3A 1ZP8A 5P0AA 3EKWA 3MSLA 1D4IA 3H5BA 5P1CA 4A6CA 2IS0A 5OZ1A 2HB2A 5HE5A 2R5QA 5AHCA 4E43A 5P29A 5P15A 1MESA 3GGUA 2XYEA 2AIDA 3OOTA 3OQKA 5P2CA 5P1AA 1N49A 2WJOA 5P22A 1SH9A 5P8FA 1HHPA 5P76A 3D1XA 5OZOA 4LP9A 5P23A 3QROA 3OUAA 4J0YA 5P45A 1IVPA 4OBZA 1A8GA 3ZPTA 5P51A 4EXHA 3OWNA 4XXSA 2AZ9A 3KFRA 4FGXA 4ER2E 5P47A 1SGZA 2G1NA 5P7MA 4EXGA 1M43A 3OQ7A 4RVXA 4K4RA 2J9JB 4RLDA 3KFPA 3URIA 3EM6A 2P3BA 2B7ZA 3SA8A 3SM2A 5P5AA 1EPQE 1MSMA 3K4VA 2OHMA 5OZ8A 5P02A 3L38A 2P8HA 5P1PA 4ZLSA 3B80A 1F34A 2AQUA 3NUOA 4EQJA 5P4YA 2Q54A 3INFA 5P65A 5OYWA 5COKA 5C9BA 3OUCA 5P8CA 5BWYA 2V16C 1MRWA 1ZBGA 3HLOA 4I0EA 5P3GA 3D1ZA 4OBZB 5P12A 3DCRA 1QBUA 5OYTA 3NXEA 4I8WA 3UDHA 2I4UA 2UY0A 5C9DA 3HAUA 1HPVA 5P6NA 4DH6A 3VV6A 4HZTA 3TPPA 2QI4A 4ZPEA 5OZKA 3WZ6A 4A6BA 1XE6A 1Z1RA 1AXAA 2P3BB 3BUGA 5OZJA 1QRPE 4ZEAA 4L7HA 3UDKA 3EBZA 4EJDA 5P3ZA 1OHRA 4DJVA 3FV3A 5SZ9A 3NLSA 2O4LA 3BXSA 5P0KA 5P26A 5OZIA 2WECA 5OZDA 1FMBA 4FRIA 5P4IA 4CMSA 5DR8A 4FRJA 4LBTA 3SKGA 3ZLQA 1HPSA 3UQWA 3DK1A 4DJPA 5P3CA 5P2YA 4Y3WA 4EYRA 4ZPGA 2PC0A 4B05A 5P8TA 5P4SA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4AZY A;  3ER3 E;  3VSX A;  2B60 A;  1QBR A;  1W5V A;  2AOE A;  4DQC A;  3VYF A;  3NWQ A;  1NSO A;  5OYS A;  1B6L A;  5P6X A;  5P1B A;  3OUD B;  4OBG A;  3VF7 A;  3ZKX A;  4B77 A;  4EJK A;  5P69 A;  5JFP A;  3PI5 A;  3B7V A;  3S2O A;  1CZI E;  3CYW A;  5P2N A;  5P5B A;  4F75 A;  3KYR A;  5P49 A;  5P0G A;  5B18 A;  3PI0 A;  9HVP A;  5P8J A;  3U71 A;  3O9D A;  5UPJ A;  5P8R A;  4Y3H A;  5P5Y A;  3R1G B;  1OEW A;  3NU4 A;  5P07 A;  1PPM E;  4B0Q A;  2I4V A;  4R93 A;  2V10 C;  4QJ9 A;  7UPJ A;  1PSN A;  3PEP A;  2BPV A;  5P1Q A;  3S7M A;  3D1Y A;  2AVV A;  2ZJK A;  5P5C A;  3RVI A;  5P82 A;  4B1D A;  5P3H A;  5P8U A;  5P4F A;  4L6B A;  2XFK A;  3OQA A;  4RYG A;  1BIL A;  5P59 A;  5P1Z A;  5P5M A;  5P6G A;  5P5D A;  4Y3D A;  5P4W A;  6UPJ A;  2ANL A;  1IDA A;  2FXE A;  1XS7 D;  1ZPA A;  1MT9 A;  3CIC A;  3CIB A;  3D20 A;  4DJU A;  3INE A;  1ZAP A;  1D4J A;  5ER1 E;  1LV1 A;  3DM6 A;  3S56 A;  2V13 A;  1HVL A;  3UQX A;  1E81 E;  3OU3 A;  3APR E;  5P8Q A;  2J9K A;  5AGZ A;  3GI4 A;  4HVP A;  4DQH A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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