3PBGA

6-phospho-beta-galactosidase form-c
Total Genus 190
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
190
sequence length
468
structure length
468
Chain Sequence
MTKTLPKDFIFGGATAAYQAEGATHTDGKGPVAWDKYLEDNYWYTAEPASDFYHKYPVDLELAEEYGVNGIRISIAWSRIFPTGYGEVNEKGVEFYHKLFAECHKRHVEPFVTLHHFDTPEALHSNGDFLNRENIEHFIDYAAFCFEEFPEVNYWTTFNEIGPIGDGQYLVGKFPPGIKYDLAKVFQSHHNMMVSHARAVKLYKDKGYKGEIGVVHALPTKYPYDPENPADVRAAELEDIIHNKFILDATYLGHYSDKTMEGVNHILAENGGELDLRDEDFQALDAAKDLNDFLGINYYMSDWMQAFDGETEIIHNGKGEKGSSKYQIKGVGRRVAPDYVPRTDWDWIIYPEGLYDQIMRVKNDYPNYKKIYITENGLGYKDEFVDNTVYDDGRIDYVKQHLEVLSDAIADGANVKGYFIWSLMDVFSWSNGYEKRYGLFYVDFDTQERYPKKSAHWYKKLAETQVIE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Lactococcus lactis
publication title Crystal structures and mechanism of 6-phospho-beta-galactosidase from Lactococcus lactis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 6-PHOSPHO-BETA-D-GALACTOSIDASE
total genus 190
structure length 468
sequence length 468
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.85: 6-phospho-beta-galactosidase.
pdb deposition date 1997-02-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3pbgA00
1EO7A 4D71A 3BAYA 5CGTA 1W1TA 1VRXA 1QHOA 3WUBA 1YQ2A 1G94A 1A3HA 1MQQA 4P8VA 1W9DM 4W86A 3EDJA 4W5ZA 4LYQA 1KGUA 2Y4SA 3FXYA 4AD3A 1LWHA 4H8HA 1W9XA 1VJSA 1GVIA 4HPGA 5I23A 1I1WA 4OZOA 2O9PA 4DWSC 1LL6A 4P7QA 1QI4A 5D8ZA 3EMQA 2WZEA 3K8LA 1G5AA 2DQXA 1B9ZA 4W7VA 3AQUA 1XGZA 1MQRA 4BA0A 3NUKA 4LXFA 4BCEA 2W4XA 1CTNA 3CLWA 3NCOA 3KEHA 3CZEA 2V38A 4QDMA 3AHVA 4HU8A 1B3WA 2XVGA 4MNLA 3PZUA 3LPOA 3WBAA 3VDAA 2VRJA 3CPUA 3L4ZA 3OGSA 3K8MA 5A6BA 1BYDA 2D3LA 2WC3A 2WHKA 4PUEA 1HKMA 1V3MA 3B9EA 1G01A 1PIFA 1J0YA 4M80A 5TD4A 2RGLA 5E6YA 5EB8A 2PWDA 4FMVA 1AQHA 3NIYA 3ZR6A 2V5CA 1KBBA 4P8WA 1E72M 3CUJA 1LG1A 2BHUA 1OWQA 4PMNA 4DUWA 1R7OA 3FAXA 1U33A 5HXMA 1DWFM 2EEXA 3OLIA 1QNPA 4RL3A 1OT2A 3SCSA 3UG4A 4CVUA 3SUUA 3GYCA 4WSJA 1NWTA 1UZ4A 2XVNA 1E55A 4PMXA 5LA0A 1UA7A 3BMWA 3PZQA 3VDCA 3MUY1 4J7RA 4M29A 2VI0A 3T2PA 5HPOA 2PI6A 3ZT7A 1R85A 2WHJA 3NSXA 4QLJA 4PCSA 4A4AA 4W7WA 3WNNA 1QI5A 1FFRA 4WIWA 1B1YA 2XVLA 1UWTA 3POHA 4Z2HA 2QMKA 1W3JA 1V3JA 2G3IA 2XIIA 3DHUA 1J0HA 5I0DA 1HVXA 4XX6A 2PWHA 3TOPA 1CNVA 1XV8A 1LL7A 3MSDA 4S3JA 1BYCA 3RIKA 3U5YA 2VX6A 1WZAA 1JF5A 1HX0A 4GPNA 3NYDA 4U5KA 3WKZA 3VMOA 5D9MA 2JIEA 1BHGA 1GVYA 4IUGA 2WVVA 3L4YA 2X8RA 5ABEA 3U57A 4CCEA 1ZU8A 3CUFA 3N9KA 4QLLA 3M07A 5CPTA 4M24A 2X05A 3QOKA 4OOZA 3K1DA 3BMVA 4B9YA 3MV11 1GUVA 1KXQA 5I24A 1J9YA 1QHPA 2WCAA 1LQ0A 1E71M 1O7AA 2VX7A 5A8OA 1KQZA 1XH1A 2Z1KA 1DHKA 3WQ4A 1GONA 4MPKA 1KB3A 2DGAA 2OWCA 2ZIDA 1QI2A 1QW9A 4Z2LA 1U2YA 1MFVA 3WDRA 3AIQA 2YIHA 2D0HA 4QFUA 8A3HA 1QHZA 2DSVA 5A69A 1OT1A 2WBKA 3WUGA 3VILA 2DT1A 3ARSA 2BFGA 3WEMA 1V6VA 3WFZA 4M81A 3I3DA 2DIJA 2XG9A 4WJXA 1MW1A 2F61A 3L4TA 3AIUA 5FKYA 3RO8A 3VIGA 3ZMRA 3AYSA 5HNNA 2ZUMA 1WP6A 4CCDA 3CZGA 2VVSA 2VUYA 3VIIA 1HL9A 4AWEA 2BHYA 1XH0A 4W7UA 4LYRA 3VX0A 2YBUA 3WUEA 1HN1A 1NQ6A 2CNCA 2OWWA 1JYWA 3WDQA 2XFFA 1UKTA 1V02A 2BY1A 3LPFA 1CPUA 4GXPA 1MXDA 3WD1A 1EO5A 9CGTA 1DEDA 2EO7A 2J8GA 4LQ1A 1KCKA 2CHOA 4J3SA 3BCFA 3AIVA 3BAWA 2J79A 3ARXA 2GJXB 2G3MA 3QOMA 3EDKA 2PWEA 4PMOA 5EFDA 1V6YA 1AQ0A 3WMSA 2GFTA 2XWDA 1WAWA 4GZIA 2X2YA 1AQMA 1ZB5A 4CVWA 3AJ7A 3VIFA 2GDUA 1Q4NX 3AYRA 4PN2A 4P7RA 1BFNA 1UWQA 1Q6GA 2WLZA 5GPRA 2ZXDA 1B31A 1TA3B 1BPLB 3T0BA 1GQJA 3T08A 2QPSA 1JZ3A 2DIEA 5AC4A 1JDDA 3THDA 1WDSA 2ZX9A 4MJ4A 2XSAA 3AISA 4HMDA 4DWSD 4Z2KA 3CUHA 3KWXA 1JG9A 3VINA 3RJYA 3VIHA 4ZE4A 5CG0A 1XSJA 1D7FA 1LG2A 4Y7EA 1JI1A 3N1AA 2YL8A 5ABGA 3VUPA 2EPNA 5CPSA 3ARYA 1QNQA 3AROA 2ZUVA 2WZIA 4J27A 1M03A 3RDKA 4JIEA 2EPKX 3TTYA 4CD4A 5JBFA 1V3KA 5GQBA 2DSKA 2E9MA 2E8ZA 1BTCA 1JFXA 1OD0A 1WB0A 1XYZA 2FH8A 1GJWA 3VKKA 3WF2A 4HA1A 4MDOA 3WFLA 3WD0A 4ML4A 5IDIA 1OGBA 1UWUA 1S46A 1XHGA 5A6SA 2D20A 4HTYA 1ZJAA 4TVUA 4C7FA 2J77A 3KL5A 1E6PA 5D8WA 2YA0A 2DPEA 3UG5A 1C8XA 4NRSA 1XD0A 3UERA 3AXHA 4JHOA 3SCNA 2PB1A 4CU8A 1W32A 1W2PA 1W1YA 2FDMA 4QCFA 3NJ3A 3ZR5A 1F4HA 2XGBA 5I77A 3T2OA 1NWUA 4BZYA 3AMGA 4AD5A 4CKQA 2C7FA 1JAKA 1W9PA 5EBAA 4AZ6A 4CU6A 2V3EA 3WN6A 4B3LA 1GPFA 4F8XA 4OUEA 1ZBKA 3VPLA 4PEEA 3NDZA 1Q6DA 1EOMA 3AHYA 3VNZA 1R86A 3IAPA 4TTUA 4L4PA 2WB5A 1B3YA 1UD5A 4L4OA 2VL4A 3AIRA 1GCYA 2YBTA 1HJUA 1M53A 3MUIA 3AFBA 4X0VA 1PX3A 4ATWA 4WF7A 2WSKA 4A3YA 4D6IA 2OSWA 4V27A 2G8ZA 3ZM8A 3CBWA 4PYSA 5A8NA 2D22A 4TX8A 4OIFA 1ZBCA 4D6FA 1E6ZA 1CECA 1HVQA 2PBGA 3PTKA 4U3CA 2CESA 4D1JA 1CEOA 1E70M 1PPIA 4GQQA 4D72A 1BYBA 2VZUA 1W3HA 4B3KA 3VDBA 4CN1A 1X6LA 2PF0A 2CKRA 5A6MA 3W6LA 2J7GA 1VBUA 3GNRA 4JHZA 2GDVA 4UFLA 1WCGA 4EK7A 1E5NA 1K9EA 5C8BB 1HP5A 3W24A 3PZGA 1KBKA 3VD3A 1H1NA 3AICA 4HZ7A 1QW8A 1XSIA 3PZVA 4AXNA 1FH8A 4PTWA 6CGTA 3K4DA 2IUZA 1EH9A 3PZMA 4UQBA 3CIVA 3MUZ1 1EQCA 1CLVA 1VFMA 3L2MA 4AZGA 5KZ6A 2O9OA 1E0WA 2CHNA 1UH3A 4ACZB 5IFPA 5I78A 3EMZA 3O6AA 3CHFA 2WK2A 2XM1A 5DEZA 1QI0A 1CBGA 3B8SA 1GHRA 3A6OA 3WELA 2E4TA 2ZXBA 4LX4A 4M56A 4PMZA 4J3TA 4PMQA 1E6RA 1H0IA 1JNEA 2DSZA 2NT1A 3VGFA 2J74A 1DWGM 1NWSA 2QPUA 3U7BA 2QMJA 1MQPA 2WPGA 1NARA 2XIBA 4N42A 3QR3A 1UR1A 2CIPA 4FLSA 1UOKA 4R5EA 2OYKA 3M7SA 4AZ7A 2GK1A 3NSMA 5CZKA 1VB9A 7CGTA 3FY1A 1V08A 4B16A 5AC5A 2WCGA 3WNKA 4H7VA 3W38A 5EMYA 4JL1A 4JL2A 4PMUA 5BXPA 2XVPA 2VCBA 1MWOA 5BWFA 5DT7A 4UQ9A 1DP0A 1UWRA 3AIEA 5KEZA 2W91A 1A47A 3ARTA 1J10A 2AOSA 1C7TA 1C90A 3OA5A 3D5HA 4W8BA 5CXPA 4AEFA 4AC1X 1GHSA 3VIPA 3AOFA 1ZBVA 2V3FA 3THCA 3W81A 1CGXA 3WF0A 3WH8A 3VD7A 1JL8A 3AIWA 3LPPA 4AZCA 1US2A 3AS2A 5GNYA 5F7UA 1PX8A 4LGXA 1KFWA 1DWIM 5E9AA 4D6EA 4W8AA 3L4UA 4DM2A 1UKQA 1TG7A 4KMQA 5A95A 4WKFA 5HBFA 3WEZA 1FP8A 2WAGA 5A6BD 2VZSA 1E6QM 5BROA 5D9PA 3F5KA 3BCDA 4EE9A 5DF0A 3TTQA 4QLKA 1W3LA 4J3XA 5C71A 1L0PA 1RD6A 5ABHA 1F4AA 4JCMA 2A3BA 4KRTA 2W67A 2WMIB 5CSUA 1J11A 3K4AA 1TE1A 3W28A 4KWUA 3DC0A 1UD2A 2BY2A 2G3NA 4ZENA 2Z1SA 5IXEA 1UHVA 3ZO9A 1PZ3A 3DYMA 2A3HA 3K8KA 2XHYA 3WUFA 3OZOA 4JFWA 4AEEA 5IFTA 4TOQA 3PZTA 3TONA 3SCRA 3WENA 4M1RA 1ISVA 2CBVA 3OGVA 2JF7A 4X0NA 4TVCA 5BXRA 2WW5A 1QNRA 3GTNA 3RM9A 1RPKA 3BLPX 2VCAA 1B0IA 4H2CA 1VFOA 1LL4A 3OG2A 1NM9A 4PTMA 5A2AA 4NRRA 2FGZA 1HJSA 2WVUA 1UD8A 3IANA 2NW0A 1UKOA 4CGTA 1CXKA 4MB3A 1LJYA 1RH9A 1HKIA 4DWSB 1N82A 5AY7A 1Z32X 3U7VA 3T0AA 5A3HA 3IK2A 1RP9A 2ZX7A 2EPMX 3CZLA 4FLRA 4MNJA 1C8YA 1HJQA 5I79A 3DYOA 2CEQA 1E3XA 3MSGA 4TUFA 4PMDA 3PTMA 2X0HA 1AVAA 4JFUA 1H2JA 1XD1A 1GOQA 1WNOA 1BLIA 1VENA 4MAVA 4TVDA 1GQLA 3BAXA 4GI8A 4W88A 4ZXOA 1E4IA 1Y7VA 4UFHA 3OB8A 3W6MA 1UR4A 3ZJ7A 1V02E 1V3LA 2FHBA 4U31A 4F9DA 4P7NA 4RE4A 1GNXA 2Y8KA 1H09A 1EDQA 2AMGA 1IT0A 4W89A 4P7LA 3WNOA 4GQRA 2XTKA 1B2YA 3UCQA 3AMLA 1CGTA 3CUGA 5I2UA 5C70A 3DYPA 5IHRA 4PRWA 4D1IA 1DWAM 1E73M 1OGSA 1Q6CA 1UKSA 4FF5A 4W87A 3I3EA 3LMYA 1GQKA 3ARZA 1RP8A 4J28A 4PMYA 1KGXA 3UEQA 1CIUA 3DHPA 2XUCA 1E40A 1HF6A 1EDTA 2WNWA 4ATLA 1CXFA 1J0KA 1HNYA 1QVBA 1BAGA 4W84A 5M03A 1B90A 3L2LA 1WE5A 3LPGA 4ZXLA 5DMYA 3II1A 1G0CA 1H49A 2EJ1A 4XV0A 3W25A 1SYTA 3MMWA 1Q6FA 4W85A 4E8DA 4AZHA 4OKDA 4V28A 4HP5A 4CUCA 4IPLA 1MW3A 1V0NA 1QNSA 4A3HA 2VZVA 4TXEA 3SUVA 3OZPA 1BYAA 4HU0A 4K68A 4W8LA 3WDJA 3AHXA 2X0YA 1UD6A 4LYPA 5ECUA 3WEOA 4ATDA 3BH4A 3WNPA 2WMJA 1WDPA 2UY5A 3HJEA 1KWKA 1V0LA 2BVDA 4B15A 2YL6A 3PZIA 5CPQA 3KL0A 5A2BA 1XC6A 2WMKA 2E8YA 3I3BA 4UOJA 4UFJA 4N0RA 3PZ9A 5M5DA 2F8QA 3ZT6A 3CHEA 4UQDA 2AAAA 4XB3A 2EBNA 3CH9A 1YHTA 3W53A 3CZ8A 3WBEA 4WKAA 3W27A 1WKYA 3AS3A 4MJ2A 4UOZA 2WZHA 2YLAA 5CLWA 4EAMA 1ZL1A 2CETA 4XZWA 3VIJA 5M3WA 1GJUA 2BS9A 1UZ1A 2VCCA 1QNOA 4D6HA 1NP0A 1FOBA 4UFKA 3W26A 4EKJA 1C8QA 3CO4A 2E9BA 3F5JA 3GXIA 1K6AA 1CXIA 4JKLA 5BRQA 3JUGA 1G9HA 3L4XA 1VEMA 3TP4A 4GZJA 2BXYA 2ZX6A 4NI3A 4U2ZA 4MB4A 2O9TA 1E5JA 2EQDA 1EA9C 1JI2A 5A6LA 1MVYA 3F4VA 4QAWA 2A3EA 5BRPA 1TFVA 1OCQA 2G4FA 1BVNP 4MB1A 2GJPA 4AD0A 2W61A 2YL9A 3OGRA 3VOCA 1E0VA 5I6SA 1NH6A 5LA2A 3GH4A 1ITCA 3N18A 3ZOAA 4UQEA 1EGZA 1BSIA 2WHMA 3AZTA 4DM1A 3WL1A 3FAWA 1LLOA 3EDFA 4QP0A 1MW2A 3WIJA 3SUWA 3SCTA 2DEPA 4HMEA 1NOFA 1HL8A 3M6DA 1CDGA 1EOKA 2XM2A 1V6XA 2VTFA 4KGJA 3WF3A 1VIWA 3FHAA 1KXTA 1SMAA 1ISYA 3HMCA 1DTUA 1JXJA 4F66A 1C3FA 4UQCA 1EHNA 5AYIA 3PZOA 7A3HA 4AZCB 3T2QA 4BQ4A 1JZ6A 1FP9A 1CXHA 3B9DA 2WMFA 3E1F1 1I75A 3VMPA 3SUTA 1CGYA 1D2KA 5JUVA 1ECEA 3VNYA 3WH7A 4E4PA 1WO2A 2GSJA 1KQYA 3BAKA 3GXMA 3AMDA 4MDPA 3WY1A 4AZBA 2BY3A 3CMGA 4AZ5A 1FH9A 2CBUA 1JGIA 3OBAA 1B3VA 4F9JA 5IHSA 1VAHA 1JZ4A 2A3CA 1JF6A 5A8MA 3CHDA 3FN9A 1GW1A 3MKKA 1UH4A 1W9VA 1W9UA 2WKLA 1HJVA 1UA3A 2BV9A 4HMCA 3A4XA 3N15A 1R7AA 2OYMA 3WNMA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1EO7 A;  4D71 A;  3BAY A;  5CGT A;  1W1T A;  1VRX A;  1QHO A;  3WUB A;  1YQ2 A;  1G94 A;  1A3H A;  1MQQ A;  4P8V A;  1W9D M;  4W86 A;  3EDJ A;  4W5Z A;  4LYQ A;  1KGU A;  2Y4S A;  3FXY A;  4AD3 A;  1LWH A;  4H8H A;  1W9X A;  1VJS A;  1GVI A;  4HPG A;  5I23 A;  1I1W A;  4OZO A;  2O9P A;  4DWS C;  1LL6 A;  4P7Q A;  1QI4 A;  5D8Z A;  3EMQ A;  2WZE A;  3K8L A;  1G5A A;  2DQX A;  1B9Z A;  4W7V A;  3AQU A;  1XGZ A;  1MQR A;  4BA0 A;  3NUK A;  4LXF A;  4BCE A;  2W4X A;  1CTN A;  3CLW A;  3NCO A;  3KEH A;  3CZE A;  2V38 A;  4QDM A;  3AHV A;  4HU8 A;  1B3W A;  2XVG A;  4MNL A;  3PZU A;  3LPO A;  3WBA A;  3VDA A;  2VRJ A;  3CPU A;  3L4Z A;  3OGS A;  3K8M A;  5A6B A;  1BYD A;  2D3L A;  2WC3 A;  2WHK A;  4PUE A;  1HKM A;  1V3M A;  3B9E A;  1G01 A;  1PIF A;  1J0Y A;  4M80 A;  5TD4 A;  2RGL A;  5E6Y A;  5EB8 A;  2PWD A;  4FMV A;  1AQH A;  3NIY A;  3ZR6 A;  2V5C A;  1KBB A;  4P8W A;  1E72 M;  3CUJ A;  1LG1 A;  2BHU A;  1OWQ A;  4PMN A;  4DUW A;  1R7O A;  3FAX A;  1U33 A;  5HXM A;  1DWF M;  2EEX A;  3OLI A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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