3PD9A

X-ray structure of the ligand-binding core of glua2 in complex with (r)-5-hpca at 2.1 a resolution
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
258
structure length
258
Chain Sequence
b'KTVVVTTILESPYVMMKKNHEMLEGNERYEGYCVDLAAEIAKHCGFKYKLTIVGDGKYGARDADTKIWNGMVGELVYGKADIAIAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLSKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVFDKMWTYMRSAEPSVFVRTTAEGVARVRKSKGKYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSSLGNAVNLAVLKLNEQGLLDKLKNKWWYDKGEC'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Biostructural and pharmacological studies of bicyclic analogues of the 3-isoxazolol glutamate receptor agonist ibotenic acid.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutamate receptor 2
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Membrane protein
total genus 80
structure length 258
sequence length 258
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-10-22
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3pd9A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3pd9A02
1QUKA 4U4SA 1M5CA 1LCFA 2H5YA 1QUIA 3T9HB 4QRZA 4RA1A 3E9XA 4KYSA 3CI8A 4LQ5A 3R7XA 1Z7ME 4U1ZA 2UVGA 2IEEA 3T9VA 4KCDA 4G4PA 1GR2A 1B4HA 3JV9A 1MQGA 1O7TA 1LSTA 4PFTA 4NWDA 4IGTA 1R6ZA 2DYXA 1UIVA 2XXIA 1YTVA 3UORA 3JZJA 3OOAA 3T96B 3DLNA 2XXVA 5KCJB 2I0CA 2UYEA 3FV1A 2XX8A 3MBPA 3KJTA 2O84X 4NF4A 1MY3A 1XVXA 4O3AA 3A3CA 3UP9A 4BDMA 1I6BA 3O9PA 3EHTA 3HO7A 2I48A 4X1BA 3FVOA 3B6QA 1AL3A 1Y3QA 4HCWA 3TODA 2UXAA 2H4IA 1IIWA 3MAMA 4XTCQ 5ICTA 4OMBA 5B7DA 1ATGA 3OO8A 1MPCA 3PUXE 3TAJA 4THIA 3CRBA 4QSCA 2NUVA 2OBGA 1IZ1A 3ILTB 4FEDA 1BLFA 5KDTA 3LSXA 1M5EA 3QK6A 3UK4A 1OVBA 1S7YA 1NNPA 5L9MA 3MPLA 3MUQA 3TELA 3N6TA 3TKDA 3K6VA 3N26A 1CE2A 4U21A 1N7WA 4MFIA 2HFBA 4YMAA 1IEJA 1GV8A 1JVXA 4ESXA 3M3KA 1Y4CA 4BDRA 1GGGA 1LCTA 4BDQA 2ZNUA 2XXQA 1I69A 1II5A 4GL8A 4ELPA 1MDQA 3VDFA 5JK4A 3T9UA 3O6IA 1VSOA 4I1DA 1NH8A 5H8FB 4BDLA 3LR1A 3PUYE 4H5FA 3Q25A 5FTIA 1LAFE 2XX9A 4LUBA 1HSJA 2OZZA 4R6KA 1FQBA 3K1NA 1XOCA 3MVZA 1VFEA 4R2BA 1EZ9A 1H45A 2DWIA 2ESNA 4H8IA 4ZEFA 3EPEA 1WVJA 1VFDA 4IY5A 4F19A 3OMBA 2DQVA 1MY2A 2CMOA 4QSDA 1BP5A 1ZLQA 4ZZEA 2F7BA 3D4GA 2F5XA 3B6WA 3PGFA 5HPQA 4H8JA 4ZE9A 5KCJA 2Z22A 3H03A 5I2NA 1SI1A 4NWCA 2DXYA 3VFJA 3UIFA 4PFWA 1Y3NA 4WEDA 4OTEA 2GHAA 5ICQA 3KGCA 3RN8A 3H6UA 1XVYA 1SI0A 4DXBA 3TCFA 4WXJA 4YU0A 1SYIA 3OELA 3VVDA 2E1SA 1XC1A 1B40A 5DEXB 5DYHA 3TEPA 3F11A 5HM4B 4YZZA 2PX1A 1B4ZA 4LATA 4FE8A 3MPKA 1DTZA 4P11A 3FATA 4F22A 3K2DA 5CBRA 4DLDA 1JW5A 4QFNA 5CRYA 2F6GA 1MXZA 5A5XB 4ELRA 3QIMA 2VD3A 3PMVA 3SKPA 2B3BA 5I59B 3C4MA 4O3CA 3IO6A 3JYRA 5AA1A 3GBBA 2AL4A 1TWYA 3KSXA 2O1LA 3MWBA 3PU5A 4EQBA 1QW0A 4ZZAA 4XXUA 1B3FA 2DE2A 3EHUA 1B1HA 1I6AA 3G3KA 4F3BA 3KOSA 3R6UA 3RTFB 4EF1A 4HS7A 3ODBA 3HPIA 5IKBA 1ZU0A 4H1XA 3I3VA 4QFOA 1B6HA 1B3EA 2UVJA 4P0GA 2QL3A 4F1UA 4U2RA 4Q8RA 3O29A 3ZKLA 1JW4A 3VLUA 1Y1ZA 1RYXA 2FNCA 3PD9A 4POWA 2O6AA 4AQ4A 1LFIA 1YCJA 4OERA 1WDNA 4YB6A 3TPAA 1SDXA 3FJGA 3LSFB 2HAUA 4G68C 3CVGA 3UN6A 1B05A 4IO2A 2LAOA 3M3LA 2I58A 1XHYA 2XXTA 3T22A 2DE3A 3C31A 5CBSA 1F9BA 3Q29A 3MC2A 2HCAA 2Y7PA 5TP9B 1MM7A 3QSLA 5L9SA 3TCHA 3Q27A 1ANFA 3HN0A 4DE8A 1LFGA 3THIA 1OMPA 4POXA 3ZKKA 4UACA 1N3WA 3Q28A 2Z23A 4M1VA 4G8MA 1OQHA 2F78A 5EYFA 4HW8A 3OO9A 4FIMA 3IB0A 4ONYA 3HCQA 1B46A 2Z8FA 4KYDA 3N6UA 4HCYA 5DEXA 2W7YA 1MQHA 1M5BA 1P99A 2AIXA 4NEDA 4ELQA 3EF7A 1PEBA 3PPOA 4R74A 2D3IA 3K4UA 4OESA 2GFEA 4C0RA 2O7IA 1IXCA 3IORA 3HV1A 2I4BA 4G8NA 3RUMA 2VD2A 3RY3A 4YKKA 4JWYA 1B1XA 5I59A 3CFXA 5FHMA 1PDAA 5L8DA 1FTOA 5DVJA 4ZECA 3OSQA 2DWAA 4OXVA 1B3LA 1MQJA 3TQWA 2ZYOA 3K1MA 2A5SA 3FVKA 4FAJA 1EH3A 2DXRA 3H6TA 4XIGQ 1MH4A 3MP1A 3G3IA 4UA8A 2D21A 5KZTA 3PMXA 3LC8A 3S9EA 4YMBA 4LZ7A 4MF3A 1EZPA 3BFTA 4F3GA 1N3XA 2R71A 3D4CA 3DP6A 3SEWA 1NNFA 3FGSA 1FQCA 2F35A 5ITPA 1LBCA 5ISUA 3HHFA 3KEIA 3W9WA 1GVCA 1FQDA 1D9VA 1Y3PA 1P1WA 4OFOA 4QFKA 4TLMB 5I58B 2IA4A 1D3KA 1B2HA 2AL5A 1B0HA 3O6GA 1P1NA 5JEIA 4GOTA 3CSBA 3V83A 4IO7A 1Y9UA 4MLQA 3L6HA 3DELB 4AB6A 3RGYA 2F6PA 2OWTA 3S9NC 3VV5A 3C33A 1T0KA 3T66A 3DP8A 4H5GA 3CG1A 1SQYA 2P2AA 3H6VA 2FYIA 2DWHA 1B3HA 1QJMA 1BKAA 5AA4B 5TP9A 1R9LA 3G3FA 2B3FA 3T93B 4PP0A 2PT1A 4OEVA 2I6EA 2NOOA 3IK6B 4H67A 3OXNA 3RNNA 1D4NA 4H65A 1JEUA 1XS5A 4LA9A 2OLBA 3H7MA 3K1PA 2Y7IA 3MW0A 4IB2A 4GL0A 1N84A 3EHSA 4RXLA 5K2YA 1OIBA 1WODA 4OETA 1J1NA 3VVEA 1B51A 2I3WA 3IJOB 4MH5A 5H8QA 4R72A 2QS3A 1PB8A 3KN7A 4X9TA 1SYHA 1SW5A 4X48A 3E4RA 4LQ2A 1ZMGA 2NWJA 3IB2A 3CR9A 1FTLA 1UQWA 4G68B 1MY4A 4DXCA 1Q1KA 2OK2A 4ESWA 5AA2D 3IOVA 3SEUA 4EQ7A 4R2FA 4EQ9A 1S9TA 3RTWB 5I2KB 4YKPA 1TFAA 4OENA 5CM6A 3CIJA 3A3UA 3FIRA 4RPOA 4NF5A 1DSNA 3CG3A 4XKNA 1IUDA 1NFTA 2Z8EA 2ZYNA 1PB7A 2RCAA 3O28A 2GRVA 4R9GA 3PUZE 2BJJX 3FXRA 2RF1A 1DOTA 3ZS6A 5I57B 2Q8JA 2Z8DA 3S4UA 3U1OA 2OCUA 3E13X 4RNSA 1LB8A 3MVWA 5AA2B 4BDNA 4DZ1A 5EHMA 4FJPA 3SEVA 4NF8B 4GVOA 4RYAA 1IITA 3ECRA 2ONSA 1R1NA 2PVUA 5AE4A 2GHBA 2H9BA 5CMMA 2QSXA 2Q2AA 2XD3A 3TYHA 4YKIA 5I58A 4DCXA 1FTKA 2HZLA 3QXMA 4I8CA 4ZEDA 4IY6A 4BDOA 3MZ1A 5TU0A 4PE5B 4PETA 1MXXA 3MVXA 1P1UA 5F7VA 3KG2A 3OSRA 4R75A 3VLWA 2F34A 2VP1A 4F1YA 4NE4A 2QJEA 3O2AA 3FJMA 4H6DA 5AA4A 3G7WA 4KYEA 1A55A 5EHSA 3B6TA 1A7LA 2RC7A 3H4ZA 3USDA 1A8EA 4U1OA 3TUSA 2O7UA 1YPNA 1POTA 3W9VA 3DM0A 4GIZA 1MY0A 1AH5A 3TTKA 4C1TA 3TMGA 3IR1A 1A40A 4KFQA 4R6HA 2DS9A 2XXYA 3VXBA 4E0XA 2A5TB 5LOMA 5DTBA 5M2VA 3DP4A 3T9XB 4QFLA 3O66A 3IOTA 2YLNA 4P0IA 3V89B 4RK9A 4G68A 1A8FA 1OVTA 2Y7RA 2DOJA 3S9LC 1MXUA 5FTHA 5CI5A 4OWDA 2FA7A 5I2KA 2QRYA 1PBPA 4KQPA 3S2VA 3H3GA 4NTLA 5H8HB 5H8NB 4I62A 1B58A 2DSFA 1RYOA 3U93A 4PFUA 3QAXA 1MY1A 3K6UA 2GH9A 4X1DA 4O3BA 4KCCA 2ZYMA 3SESA 1LFHA 4GLIA 4AB5A 3ZSFA 2H98A 1H76A 4IO3A 3FV2A 3LSLA 4FORA 5I57A 1IXHA 1QUJA 1FQFA 1DTGA 5H8FA 2RC9A 2V3UA 5AA2A 3IAZA 4NF8A 3O6HA 4FECA 2VHAA 4ELOA 2I3VA 2KLFA 4F29A 1MDP1 4ZE8A 1PBQA 1JNFA 3H6WA 3Q26A 1ZIUA 1USYE 3U92A 4RK2A 3PV0E 1B7ZA 3TTNA 4GF8A 1US5A 2X7PA 4KPTA 1NH7A 2V3QA 1D9YA 1IXGA 3MJNA 2F7AA 4DCYA 1B9JA 1URDA 1SW4A 2I0BA 4OVJA 2F8DA 4F3PA 4Z7EA 5DT6A 4N6PA 4EF2A 1BIYA 1MXYA 4GXSB 3OEKA 3K0VA 5CMCA 1OLCA 1KWHA 2XHDA 1B7UA 3PD8A 1Q35A 1N04A 2ZNTA 2VGQA 1B32A 3LSWA 3OO6A 1TFDA 5BWJA 3E3KA 3PMWA 4TOZA 2PMSA 5I84A 1MG1A 1LAHE 4QSEA 4TQUQ 3EN3A 2A5TA 4KD5A 2V93A 5J1DA 1POY1 3KZGA 5IAIA 3OENA 3M3FA 2DE4A 4ECFA 1ZKBA 5A5XA 3PPPA 2V25A 2YPNA 4F39A 3C36A 1OLAA 2F97A 4JSDA 2XD2A 4L17A 1M5DA 1CB6A 1SW2A 5H8HA 3QUFA 5H8NA 3RPWA 4RJZA 4QF9A 5AA3A 3ILUB 2AYSA 4IO6A 1LAXA 4R9FA 3P7IA 4IO4A 1XT8A 4GQOA 4M4GA 3K01A 3C9HA 3BBRA 1SVXB 3M8UA 1DMBA 4ND9A 1NKXA 4G8HA 4PFYA 1AIVA 1B7HA 4ZDMA 4GFRA 2I4CA 4LZ8A 4LONB 4GD5A 1UTBB 3W15C 4OZ9A 3K00A 2RINA 2M8CA 3PPQA 3OO7A 4XKRA 2V84A 2THIA 3MZBA 4U23A 3S9MC 2H99A 1URGA 1MRPA 2XXPA 2YJPA 1MPDA 2HEUA 4R73A 3RT6B 4MBPA 3HHGA 1P1OA 3BFUA 5CMKA 4DIGA 5CC2A 1M5FA 3FXUA 5I2NB 3GBAA 4KHZE 2O69A 4QHQA 2V3TA 4F3SA 3OEMA 2Q2CA 3UA8A 2DWJA 1MH3A 4TLLB 5I56B 3CFZA 3H06B 3PUVE 1LB9A 1O63A 4MLVA 3N5LA 1PB9A 3MQ9A 2R6GE 3TCGA 4LP2B 4WEPA 4JBZA 4YB5A 1MQIA 1OQGA 3CSGA 3WAFA 1MXVA 3FUZA 4XKPA 3VXCA 2ONKE 3A09A 4RPNA 4G77A 4YKJA 5K2XA 3V8XB 3GLBA 2XXWA 4ZEIA 4R6YA 2QS2A 4DXUA 3TTLA 2E0SA 5BUUA 4PQJA 2HQ0A 5H8SA 2I49A 3PPRA 2HXWA 1QKBA 3RQTA 1Y20A 3U72A 3C34A 4JWXA 1TXFA 3V5AA 4EXLA 1PC3A 2P0SA 4BLAA 3FZVA 1Y1MA 3RLFE 1UTBA 4HTGA 3MVYA 5JTYB 4KR5A 1H44A 1IQ7A 3TQLA 1JETA 4GRKA 5DVFA 2R9JA 3IOWA 3I5OA 1S50A 4I9DA 3C35A 4N13A 2QS4A 5TPAB 4OQOA 5HBCA 4N07A 1FW0A 3OD7A 4F18A 1EU8A 1NNTA 2Q88A 2ZNSA 3R26A 4EUOA 1ZTYA 2X7QA 1IXIA 3KN8A 2ALUA 5F1QA 3K6WA 4DDDA 2ABHA 3SDFA 4U4XA 4NF6B 2QS1A 3TDJA 2UYFA 1H3DA 1B5HA 2PBWA 2ANJA 2UVIA 2WKYA 3B7DA 1BTJA 3SEXA 1UTHB 4Q0CA 3K02A 2Y7WA 2O51A 3K6XA 1LLSA 5FHNA 5B70A 2F36A 1NL5A 1B5IA 1B3GA 1ZBMA 5ITOA 1R9QA 1N0TA 1VE4A 3N94A 5I56A 1L5TA 1P1QA 2VOZA 4H0WA 3KN3A 2REJA 3PUWE 3IOUA 3CFLA 4RY1A 2XX7A 4Q5TA 3HSTA 1I6QA 5FHOA 2HAVA 3GZGA 2RKMA 3QYTA 1DPEA 1TT1A 4F2OA 4OFJA 4ZS9A 1B5JA 5ELVA 3U8QA 1ZJLA 2Q9TA 3LUYA 4OFLA 4JXIA 3FVGA 4WKMA 3IJXB 3LBSA 3TTRA 1SW1A 2DP8A 3U94A 4E0WA 4EXKA 1O64A 2ZXTA 3TFLA 3IX1A 1RKMA 1LAGE 3RT8A 3TTMA 1HSLA 3KSJA 3MP6A 4LVQA 4OHNA 1MS7A 2DVCA 1MM6A 1B52A 1GTKA 2PYYA 3IO4A 3L6GA 3MZ9A 2QPQA 1US4A 1ELJA 2OJTA 3TZAA 4FATA 2NVUB 1FTMA 3FXQA 4JSOA 4IO5A 4GWOA 1JEVA 4JDFA 2NXOA 1A54A 5JTYA 4G2ZA 1FQAA 4GXAA 3SERA 1UIUA 3FJ7A 4XKQA 2XXXA 2XXHA 5L9OA 1QKAA 5TPAA 4F1VA 1FQEA 3KBRA 1AMFA 4YAHX 1YAEA 1MPBA 4IGRA 3VE1B 2O68A 3WAEA 3BKIB 1VR5A 1FTJA 1JVYA 1URSA 4NF6A 4FEBA 4K3FA 2ZYKA 3VVFA 4JWOA 3G3JA 1MQDA 4EDPA 4OYVA 1UTHA 4QFPA 1SD3A 3G3GA 4NF4B 3C32A 1USYH 3G3HA 2O1MA 3KFMA 1NMUA 1A99A 3UGWA 2QMXA 3IB1A 4U22A 2CZLA 2REGA 1DPPA 1LGBC 2Y84A 3FVNA 5DVIA 4ISUA 3PPNA 2QMWA 3KOTA 3EQ1A 3AXFA 2ONRA 2F7CA 4ZEKA 1LBBA 3O97A 2ZMBA 1AOVA 3FD3A 1H43A 2P1SA 4KI0E 2UVHA 1JQFA 1N76A 1N7XA 1QVSA 4C1UA 5H8QB 4YB7A 2PT2A 2Y7KA 2G29A 1B0LA 3FASA 3ONMA 2RC8A 2H25A 2B65A 5KDTB 4ZEBA 1SBPA 2G93A 1HSEA 4OEUA 1EZOA 2Q89A 3GXAA 3SEYA 4Q30B 2D5WA 1FCKA 3SETA 2XXUA 1MXWA 2DVZA 4NMYA 4F31B 4Z0IA 3MP8A 1JW1A 4JB7A 2X26A 1NNKA 1QULA 5CMBA 4NF5B 2RCBA 3I6VA 1Y4TA 3KJ7A 2OWSA 2HZKA 4YICA 3IL1B 1Z7NE 4F2QA 3QUJA 3VLVA 2XXRA 4LZ5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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