3PD9A

X-ray structure of the ligand-binding core of glua2 in complex with (r)-5-hpca at 2.1 a resolution
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
258
structure length
258
Chain Sequence
KTVVVTTILESPYVMMKKNHEMLEGNERYEGYCVDLAAEIAKHCGFKYKLTIVGDGKYGARDADTKIWNGMVGELVYGKADIAIAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLSKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVFDKMWTYMRSAEPSVFVRTTAEGVARVRKSKGKYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSSLGNAVNLAVLKLNEQGLLDKLKNKWWYDKGEC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Biostructural and pharmacological studies of bicyclic analogues of the 3-isoxazolol glutamate receptor agonist ibotenic acid.
pubmed doi rcsb
molecule tags Membrane protein
source organism Rattus norvegicus
molecule keywords Glutamate receptor 2
total genus 80
structure length 258
sequence length 258
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-10-22
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3pd9A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3pd9A02
3O66A 3TODA 3UGWA 4GXAA 4P0IA 1M5BA 4IO2A 5H8NB 3T9UA 4AB6A 2F6PA 2UVJA 1H3DA 1ZLQA 5TU0A 4FIMA 1BTJA 2BJJX 4THIA 4FORA 4F18A 4ISUA 1S50A 4KPTA 3EF7A 4OHNA 3IB1A 1FCKA 4ZZEA 3ONMA 5TP9A 2ZMBA 4G2ZA 3QIMA 2Y84A 3K1PA 2X7QA 3SEYA 4YMBA 1B1HA 1SD3A 2QMXA 4F3SA 3LSWA 3B6WA 3Q29A 2XX9A 3TEPA 1NH8A 4LQ5A 4AQ4A 1NMUA 2O84X 2UYFA 4YKJA 1H76A 4F2OA 3PPRA 2Z8DA 1IIWA 3G3JA 1POTA 4M4GA 5CMKA 1LAXA 2UVGA 2RC8A 4YB6A 1JW1A 3MBPA 4LP2B 4R72A 1UQWA 1TFDA 1N7WA 1US5A 3LSLA 4RPNA 4Q0CA 4YB7A 3MPKA 3PMXA 5H8QA 3IJXB 2HCAA 3FXUA 1R9LA 1TT1A 4RK2A 3KOSA 5L9SA 4ELPA 1B3GA 3QYTA 2DE4A 4H6DA 5AE4A 1MH4A 1MPBA 3OENA 3IL1B 4BDQA 2HZLA 3I3VA 1B6HA 1Y9UA 1H44A 2CMOA 1MXVA 2I3WA 2RKMA 1MY0A 1B0LA 2O1LA 2DE3A 5BUUA 3CFLA 4OZ9A 2P1SA 3AXFA 1DMBA 3TCFA 1B1XA 1B40A 1Y4CA 1T0KA 2O7IA 4M1VA 4GVOA 3B7DA 3O97A 3TMGA 3H4ZA 4ZE8A 5IKBA 3F11A 3U94A 2UYEA 3LUYA 3R26A 2DVCA 5AA1A 3JYRA 3A3CA 1PBPA 2OWTA 1O64A 2YJPA 1UTHA 1IZ1A 5B70A 3RT6B 3THIA 2NOOA 4X1DA 5JTYA 2LAOA 3K4UA 4G68A 2PT1A 2Y7RA 4XIGQ 4EF2A 4I9DA 3FVNA 5EHSA 1B05A 1MY1A 4MBPA 1CE2A 1LFIA 4H1XA 3QSLA 5AA2A 2ZYNA 3EHUA 3MW0A 1MS7A 2W7YA 1N3XA 2AL5A 1EH3A 1ZKBA 1GTKA 1EZ9A 5I56A 2AIXA 3CFZA 3C36A 5FTIA 5DVIA 1SI1A 2XX7A 3TDJA 4JSOA 1NH7A 4ONYA 1Z7NE 3R6UA 3TTMA 1VFDA 1M5EA 2A5TB 3B6QA 3DM0A 4OERA 1B46A 3G3FA 2I58A 4ZZAA 3KJ7A 2WKYA 5F1QA 4NF4B 1B2HA 3HV1A 3TELA 1LLSA 3LBSA 4EF1A 5DEXA 4NWDA 4LONB 3IK6B 2H25A 2DWIA 4OWDA 3SEVA 1JVXA 4ZEFA 1FQAA 3FVKA 1USYE 5AA3A 2REJA 4E0WA 1I6BA 3EHTA 2HEUA 1AH5A 4YMAA 4ZS9A 4PQJA 3MP6A 2Z8EA 3O9PA 3VLWA 1UIVA 4QFOA 5CBSA 4E0XA 5H8FB 2Q9TA 4EQ7A 1S9TA 3K00A 1IXGA 3CVGA 5FHNA 1Z7ME 4ESWA 2IEEA 2I0BA 4MLVA 3PUZE 1N0TA 2XXPA 3M3FA 2OK2A 5DVFA 4ZE9A 4QFKA 4JWOA 3T9VA 1US4A 4FECA 3PV0E 1HSLA 3O2AA 2QS1A 2ZNSA 2OWSA 2XXRA 3MJNA 1RYXA 4OENA 5FTHA 1GR2A 3PUYE 5I2NB 5EHMA 3T93B 3Q27A 3QAXA 4F1VA 2ONSA 3IB2A 5KCJA 4DZ1A 4JB7A 1MQHA 1OMPA 3MQ9A 1R9QA 4HCWA 3M3KA 4KYSA 4YZZA 1DOTA 5L9MA 4Z0IA 5H8SA 1DTZA 4AB5A 2B65A 3TCHA 1MQJA 5L9OA 3SDFA 3DP8A 3MP8A 4NF6B 4EQBA 3V5AA 1UTBB 4H65A 5FHMA 3T9XB 3LC8A 5KDTA 4F3GA 2F78A 4OEUA 5A5XA 2VD2A 3BFUA 5DTBA 2E0SA 4ZEIA 4GWOA 1B5HA 3ODBA 1ZU0A 1XVYA 5BWJA 3CSGA 3OOAA 2V3UA 3HN0A 4LUBA 2PYYA 2R9JA 3O6GA 1PC3A 4GF8A 1TXFA 3TZAA 1H45A 5I58A 1Q1KA 3MC2A 5I2KA 4MF3A 3MZ9A 3FGSA 4Q8RA 5KZTA 4XKNA 4U21A 1SBPA 1LBBA 5DVJA 1P1WA 1MY2A 2ZNUA 1S7YA 3M8UA 1A40A 1EZOA 1AIVA 1DPEA 3IOTA 1YPNA 3PMWA 1WDNA 3DELB 2P2AA 4R9FA 3SERA 4X48A 3HSTA 5K2YA 2DWAA 2P0SA 3G3HA 2G93A 3DP6A 5I57B 3LSXA 3MVYA 4I1DA 3FD3A 5H8NA 2I49A 3PU5A 4ZEDA 4JDFA 2DWJA 4NTLA 3FJ7A 5CBRA 4F1UA 4R73A 2I4BA 2XXVA 4FEBA 1XVXA 5L8DA 2F7BA 3W9WA 2I3VA 1QULA 1B4HA 1SQYA 4TQUQ 3T66A 1PB8A 1N7XA 1P1UA 2I4CA 4FJPA 4DCYA 2VP1A 1Y3NA 2ZNTA 3EN3A 2VOZA 2QS3A 4YICA 3MZ1A 1PB9A 1B51A 4HS7A 1IXCA 3CFXA 2D3IA 4KCDA 4KQPA 2FNCA 2OZZA 2ZYKA 4PFYA 1BIYA 4N07A 2HAVA 2XXTA 3FZVA 2ALUA 1URSA 3FUZA 3A3UA 4BDNA 4TLMB 3FJGA 4H5GA 3U8QA 1D9YA 3T9HB 3FV2A 1LFGA 4GLIA 1M5DA 4ZDMA 1B7HA 1MXZA 1LCFA 4OYVA 2CZLA 2OJTA 3D4GA 1OLCA 3ILUB 3IX1A 2HXWA 4KR5A 4K3FA 1FTJA 2PMSA 5TPAB 2XXUA 1LFHA 2QPQA 3MUQA 2PX1A 4H0WA 3KGCA 4RPOA 1OQGA 2QMWA 1MRPA 4KHZE 4LA9A 2THIA 1MQGA 3RUMA 4ZECA 4LZ7A 2F97A 2Y7WA 3V89B 1ELJA 3C32A 3O28A 3KBRA 1JEVA 4C0RA 3CIJA 3UK4A 3OO7A 1SYHA 3IOWA 4XKQA 1Y1MA 3MVZA 3K1MA 1EZPA 3S4UA 4OFOA 4QHQA 3PPQA 4GFRA 1MM6A 3OEKA 4TOZA 2X7PA 3T96B 3FV1A 2O51A 3FVOA 5ELVA 1NFTA 1B58A 2ZYMA 2I6EA 4XTCQ 1J1NA 2OLBA 4QFLA 3H7MA 3QUFA 4DIGA 2DE2A 4H8IA 3R7XA 1XHYA 3U1OA 3KEIA 1I69A 3O29A 1AMFA 1SVXB 4BDRA 2QS4A 4OFJA 3OEMA 3E4RA 1MXYA 2YPNA 2NVUB 3JZJA 3VV5A 1MM7A 3IO6A 2H4IA 4DXCA 3RPWA 2NXOA 2GHAA 3G7WA 4GIZA 2Z22A 1QUIA 3TUSA 1DPPA 4OFLA 3ZKLA 1SW2A 2QS2A 1NL5A 4LQ2A 4F29A 3TAJA 2ONKE 3I6VA 4IO4A 4UACA 3E3KA 3OO8A 3PUXE 2Y7IA 2A5TA 3PGFA 3KN3A 4KD5A 3FATA 3C31A 3VVDA 1RKMA 5LOMA 4NF4A 4PETA 3N94A 5B7DA 1FW0A 1HSEA 3CR9A 2QSXA 4F3PA 1UIUA 4XXUA 4R9GA 2OBGA 3EPEA 3N5LA 1LAGE 3RN8A 4KYDA 3PPNA 4G77A 3BFTA 2DOJA 3TFLA 3UORA 1B9JA 1DTGA 4G8HA 4KCCA 4BDMA 1FTOA 1ANFA 4P0GA 1JETA 5AA2D 3FJMA 4QFNA 5H8FA 1N84A 2GFEA 2B3FA 1QW0A 3DLNA 3KN8A 3PUWE 4YB5A 2F8DA 2VD3A 3VVEA 3HO7A 2PT2A 2QJEA 4F1YA 2Q2AA 2HFBA 3BBRA 3K6UA 4F39A 1Y3QA 3VXCA 1SDXA 4P11A 1FTKA 4MLQA 2RCAA 5DYHA 5I2NA 2F35A 4EDPA 1JNFA 2D21A 1JW4A 3RT8A 1JVYA 1MPDA 1OVBA 4FE8A 2NWJA 1MQDA 3VXBA 1MDP1 1LAHE 4UA8A 3HPIA 1II5A 4TLLB 4JBZA 3IR1A 3KFMA 4GRKA 4ELQA 2O7UA 5H8HA 1N04A 1N76A 1RYOA 1FTMA 2HAUA 1QUJA 1PDAA 4NF6A 3TTLA 3KN7A 1YTVA 1UTBA 4ESXA 1Q35A 2R71A 1Y1ZA 2DYXA 1MY3A 3UP9A 4NEDA 5HBCA 3OXNA 1EU8A 3L6HA 2Q2CA 2UVIA 3O6HA 1B5JA 5CMBA 5DT6A 2O68A 1IXIA 4F19A 1HSJA 2ZXTA 1VR5A 1LCTA 2ABHA 1MXWA 1MQIA 4RJZA 1OIBA 3U72A 3G3IA 4R74A 4OESA 3H6UA 1I6QA 3HCQA 2ZYOA 3FXRA 1Y20A 4BDOA 3IB0A 3UA8A 5M2VA 1A7LA 4WEPA 4NF8B 1SW1A 3IOUA 3WAEA 5CI5A 3C9HA 4NWCA 4PFUA 1R6ZA 5J1DA 3H6TA 1D4NA 1USYH 4WKMA 3CG3A 1BP5A 3C34A 1P1QA 5AA4B 3PD8A 3PUVE 2XXHA 3OD7A 1MXXA 1LB8A 3B6TA 1XT8A 3TQWA 4GOTA 1PEBA 4EXKA 5I57A 4LZ8A 4YKIA 3K1NA 5I59B 4NF5B 4BLAA 3GBBA 4DE8A 1GGGA 2DVZA 3PD9A 1R1NA 4N13A 4OETA 3P7IA 3EQ1A 3PMVA 3QUJA 2Y7PA 4GQOA 3RQTA 1F9BA 3OO9A 3CI8A 4H67A 3BKIB 2V93A 4KYEA 3C4MA 4U1ZA 3USDA 1FQCA 1PB7A 4G4PA 1NNKA 4KFQA 3GBAA 4IGTA 1A99A 4EXLA 2H98A 3FASA 3IAZA 4R6KA 4R2FA 3EHSA 4X1BA 3TPAA 4EUOA 1SI0A 3IOVA 3MPLA 1B0HA 4OTEA 4QSDA 3K01A 4C1UA 1L5TA 2F7AA 1D9VA 2GHBA 3T22A 1NKXA 3OSQA 3V83A 4ND9A 1XC1A 2XXXA 4DXBA 3CRBA 3QXMA 1GV8A 4C1TA 4OMBA 5TPAA 1B32A 3U93A 3W9VA 4BDLA 3WAFA 3S9LC 1QUKA 4ECFA 2F5XA 3K6WA 2REGA 3MP1A 1B3HA 2X26A 2F7CA 2F34A 2YLNA 4DLDA 4FATA 4IB2A 3K2DA 4ELOA 3HHFA 4U4XA 4IGRA 1QKAA 2GH9A 3Q26A 3IO4A 1TWYA 3K6VA 4RYAA 1B4ZA 3ILTB 3SEWA 5F7VA 1O7TA 4PFWA 4ELRA 2Q8JA 2OCUA 2IA4A 4Q30B 3N26A 4RY1A 3M3LA 5TP9B 2RINA 3QK6A 3VLVA 4ZEBA 1D3KA 3RNNA 4G68C 2F6GA 4GD5A 1P1OA 3H03A 3UN6A 1IEJA 4HCYA 1QJMA 3VDFA 4R2BA 3I5OA 4QRZA 1FQDA 3N6UA 3K02A 1B7ZA 3GXAA 1AL3A 3ZSFA 2O1MA 3TTKA 4O3AA 1ZJLA 3TCGA 4LZ5A 1A8FA 1URGA 1VFEA 5ISUA 2I0CA 1O63A 3H6WA 3PPPA 1B3FA 1Y4TA 4IY5A 1MG1A 1FQBA 5H8QB 3RLFE 4U1OA 4R6HA 1FQEA 3VFJA 1I6AA 3OELA 3HHGA 1QVSA 2Z8FA 2RF1A 3RY3A 1MDQA 4F2QA 1IITA 4U4SA 2XXIA 2F36A 4JWYA 3SESA 2D5WA 3TTRA 4GL8A 1P99A 1BKAA 4N6PA 1OVTA 3FIRA 3H3GA 2H9BA 3S9EA 4XKPA 3UIFA 4HTGA 1SW4A 1PBQA 1VE4A 2ONRA 2NUVA 2XXQA 5K2XA 5ICQA 4G8MA 3OO6A 4U22A 2XD3A 4PFTA 4JXIA 4KI0E 2Y7KA 2E1SA 3E9XA 2ESNA 1MXUA 2XX8A 2O6AA 2RC9A 4GL0A 3V8XB 3OSRA 3RTWB 4NE4A 1UTHB 2DS9A 4QF9A 3VVFA 3TTNA 1IQ7A 2Q88A 5JTYB 2VHAA 2VGQA 4G68B 2PBWA 1OQHA 2I48A 1SYIA 3U92A 2Q89A 3Q25A 4GXSB 3RGYA 3O6IA 3CSBA 3K0VA 1JW5A 3MVXA 3KZGA 4WEDA 1VSOA 4QFPA 3TKDA 4RK9A 4F3BA 4I62A 4U23A 1BLFA 5IAIA 4EQ9A 5AA2B 5ITPA 1TFAA 4H8JA 3SKPA 4G8NA 1ZMGA 1FTLA 2PVUA 3H6VA 4IO7A 3IJOB 5HPQA 1M5CA 2HZKA 5I56B 2XHDA 3OMBA 1MH3A 5JK4A 1KWHA 4WXJA 4RXLA 2DXRA 3ZKKA 4IO5A 2KLFA 3MAMA 4LATA 4ZEKA 5I84A 5CMCA 4IY6A 4YKPA 4NMYA 1WVJA 3KSXA 1B5IA 2V3QA 3W15C 4YKKA 4F31B 1IXHA 3D4CA 2V3TA 5DEXB 3SEUA 5CM6A 4MFIA 3MZBA 1JEUA 2QL3A 2B3BA 4R75A 1LB9A 1ZTYA 1A8EA 2O69A 1NNTA 3KOTA 4XKRA 3SETA 3KG2A 1P1NA 3GZGA 1OLAA 1B3EA 1Y3PA 3MWBA 2XXWA 1ATGA 2DSFA 2V84A 5CRYA 3L6GA 1ZBMA 1MPCA 3LR1A 1DSNA 3RTFB 2RC7A 1GVCA 2UVHA 1A55A 4QSEA 3G3KA 3G3GA 4FEDA 1POY1 1ZIUA 4YAHX 4LVQA 4OXVA 1B3LA 1XOCA 3S9NC 4HW8A 2UXAA 3KJTA 1LAFE 5H8HB 1H43A 4NF8A 4Q5TA 5CMMA 1B52A 4POXA 5CC2A 5FHOA 3TQLA 1B7UA 1M5FA 2RCBA 4PE5B 2FA7A 4POWA 4IO3A 2H5YA 1CB6A 1XS5A 4FAJA 5AA4A 1N3WA 3PPOA 3ZS6A 5KCJB 1QKBA 1JQFA 2XD2A 3GLBA 1LSTA 2GRVA 3S9MC 3VE1B 2HQ0A 4O3BA 5I59A 4NF5A 3MVWA 1LGBC 2DWHA 1IUDA 4OQOA 2DQVA 4OVJA 4JWXA 3FXQA 2ANJA 2DP8A 3N6TA 4H5FA 4DXUA 5KDTB 3H06B 3DP4A 3C33A 3S2VA 5A5XB 4DDDA 1LBCA 3ECRA 4RA1A 4L17A 1SW5A 2M8CA 2XXYA 2FYIA 4YU0A 3C35A 4RNSA 2DXYA 1URDA 4X9TA 4JSDA 5EYFA 2R6GE 3K6XA 3IORA 1WODA 3JV9A 4PP0A 4DCXA 3VLUA 4Z7EA 2AL4A 5I58B 3KSJA 1NNFA 3SEXA 3E13X 1MY4A 5I2KB 1FQFA 1YAEA 2A5SA 3TYHA 2Z23A 4F22A 2AYSA 5ICTA 2QRYA 4R6YA 4IO6A 4O3CA 5JEIA 1NNPA 3FVGA 3CG1A 2V25A 2G29A 3Q28A 4OEVA 3A09A 5ITOA 3LSFB 1A54A 1YCJA 1AOVA 4QSCA 4U2RA 4I8CA 5HM4B 4MH5A 2H99A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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3LUYA 3KBZA 2XWKA 3R26A 1VDWA 2DVCA 5AA1A 3JYRA 3A3CA 1PBPA 2OWTA 1O64A 2YJPA 1UTHA 1IZ1A 5B70A 3RT6B 3THIA 2NOOA 4X1DA 5JTYA 2V4CA 1RDXA 2LAOA 3K4UA 4G68A 2PT1A 2Y7RA 4XIGQ 4EF2A 4I9DA 3FVNA 5EHSA 1B05A 1MY1A 4MBPA 1CE2A 1LFIA 4H1XA 3QSLA 5AA2A 2ZYNA 3EHUA 3MW0A 1MS7A 2W7YA 1N3XA 2AL5A 1EH3A 1IMBA 2L5VA 4HXVA 4MAGA 1ZKBA 1GTKA 4XFEA 1EZ9A 2WYPA 5I56A 4PFBA 2AIXA 3CFZA 3C36A 4MNPA 5FTIA 2DDKA 5DVIA 1SI1A 1NUXA 2XX7A 3TDJA 4MX6A 4JSOA 1NH7A 4ONYA 1Z7NE 3R6UA 3TTMA 1VFDA 5EYHA 1M5EA 2A5TB 3B6QA 3DM0A 4OERA 2BJIA 1B46A 3G3FA 2I58A 4MNIA 4ZZAA 3KJ7A 2WKYA 5F1QA 4NF4B 1B2HA 1RDYA 3HV1A 3TELA 1LLSA 3LBSA 4EF1A 5DEXA 4NWDA 4LONB 3IK6B 2H25A 3MYUA 2DWIA 4OWDA 3SEVA 1JVXA 4ZEFA 3IFAA 1FQAA 3FVKA 3E78A 2VT5A 1USYE 5AA3A 2REJA 4OVTA 4E0WA 1I6BA 3EHTA 2HEUA 1AH5A 4YMAA 4ZS9A 4PQJA 3MP6A 2Z8EA 5I5PA 3O9PA 3VLWA 4MJOA 1UIVA 4OVQA 4QFOA 5CBSA 4N4UA 4E0XA 5H8FB 2Q9TA 4EQ7A 1S9TA 3K00A 1IXGA 3ROJA 3E79A 3CVGA 5FHNA 1Z7ME 4ESWA 2IEEA 2I0BA 4MLVA 5I3SA 4GBWA 3PUZE 1N0TA 2XXPA 3M3FA 2OK2A 5DVFA 2PCRA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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