3PD9A

X-ray structure of the ligand-binding core of glua2 in complex with (r)-5-hpca at 2.1 a resolution
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
258
structure length
258
Chain Sequence
KTVVVTTILESPYVMMKKNHEMLEGNERYEGYCVDLAAEIAKHCGFKYKLTIVGDGKYGARDADTKIWNGMVGELVYGKADIAIAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLSKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVFDKMWTYMRSAEPSVFVRTTAEGVARVRKSKGKYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSSLGNAVNLAVLKLNEQGLLDKLKNKWWYDKGEC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Glutamate receptor 2
publication title Biostructural and pharmacological studies of bicyclic analogues of the 3-isoxazolol glutamate receptor agonist ibotenic acid.
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Membrane protein
total genus 80
structure length 258
sequence length 258
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-10-22
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3pd9A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3pd9A02
5KZTA 4HS7A 5FTIA 3LUYA 1IEJA 3QUJA 3IJXB 3EHUA 3PD8A 4IO5A 1B1XA 4DLDA 4C0RA 1AMFA 4WEDA 4GXSB 1DTGA 5FHMA 4U4XA 1URDA 4X1DA 5AE4A 1FQCA 1B5JA 1MPBA 3HO7A 3T9UA 2OLBA 3LSFB 2G29A 3SEYA 4KYSA 4LZ5A 3G3KA 2ZYNA 3UIFA 4TLMB 3MP8A 3JZJA 4NF5B 1QUKA 3S9NC 1UIUA 2XXUA 3W9VA 1B40A 2B3BA 4QSDA 3LBSA 2V3QA 2KLFA 2QS4A 2PMSA 5AA3A 3K2DA 1MDQA 1ZTYA 4N07A 1LFGA 3OO8A 4THIA 1USYE 2I49A 3K0VA 3E9XA 1PB9A 4Z0IA 1GR2A 2RKMA 4O3BA 3K1PA 1B9JA 4RK9A 1CB6A 4XKNA 1S7YA 4FORA 4F3GA 4KD5A 3SEVA 3E13X 1SI0A 2XX8A 3SEXA 3O9PA 3QK6A 3UK4A 4QFKA 3KJTA 3PPPA 1VR5A 1Y4TA 4JWXA 3TYHA 3LSXA 1QW0A 3TTRA 1MQJA 3QYTA 4DXUA 4Q8RA 3DP4A 4GL8A 5L9MA 4ELOA 3FJ7A 4BDRA 1WDNA 3H6UA 1TFDA 2P1SA 4GLIA 4G8NA 1SYHA 1XVXA 1B05A 2ZXTA 4IB2A 3U92A 5A5XA 5I56A 3CG3A 1HSEA 2I0CA 1B7UA 1VFEA 1LB8A 4MF3A 4RNSA 4GOTA 3VFJA 3H06B 2A5TA 3H3GA 5H8FB 3V83A 3ECRA 3EN3A 4UACA 3BBRA 4I1DA 5I2NA 2ZYMA 1P1UA 1JW1A 2G93A 4XKRA 2A5SA 4DXBA 5CBRA 3PPOA 1A40A 3RQTA 3KGCA 4JSOA 4R6KA 4H5FA 1N76A 2ALUA 1US4A 2Q2AA 2AIXA 3FXQA 2P2AA 3SEUA 2DE3A 4G2ZA 2E1SA 3KJ7A 2QS2A 1H43A 1LSTA 5EHMA 5M2VA 3BKIB 5JEIA 3WAEA 2PX1A 3VXCA 4F2QA 1MM6A 4R9GA 4RK2A 3FVKA 2Z8DA 4OENA 3K01A 1QJMA 4ND9A 2XXXA 1OVBA 1MXUA 4EQBA 2NVUB 1PB7A 4NF4B 4C1TA 1SW2A 1KWHA 2LAOA 3FV2A 2ONSA 2XXHA 4JWOA 2XX7A 3H7MA 1UTBA 1ZU0A 1RYOA 4Q0CA 2Q8JA 3U8QA 4F3SA 1XOCA 4IO7A 4I8CA 2H4IA 2F35A 1TFAA 1VFDA 1US5A 3K6XA 1B3EA 3K1NA 4POXA 2ANJA 3MVXA 3OELA 1EH3A 5H8HA 1BLFA 4X9TA 3OO7A 3HHFA 3UN6A 4OFJA 2I3VA 3Q26A 4G77A 4G8HA 3KOTA 4EXKA 1SD3A 5HBCA 3FVGA 4QSCA 4F31B 3N6TA 3CVGA 1I6AA 4FEDA 3KG2A 3I5OA 1DPEA 1SYIA 5L8DA 5DVIA 2OCUA 3R7XA 5FTHA 4POWA 4EDPA 3HSTA 1TXFA 3PD9A 1XVYA 1O64A 3T9VA 2D3IA 4MLVA 2H99A 2ZYOA 2O68A 3K6VA 4MLQA 4EF2A 4H65A 1ELJA 4H8JA 1ANFA 1IZ1A 2O7IA 1JVXA 2UVHA 1LFIA 3Q29A 1AIVA 5L9SA 1II5A 5TU0A 1USYH 1ZLQA 1A8EA 3TODA 2RINA 4WXJA 4X48A 2PYYA 3GBBA 2XHDA 4OVJA 3U72A 3O6IA 1MQGA 3N94A 1H44A 2PBWA 3EHTA 4NEDA 2DXRA 1XHYA 4IO6A 2F7CA 3JV9A 2DS9A 1BTJA 4LP2B 4ZE9A 4Z7EA 4RPNA 4FEBA 2V3UA 3IX1A 4NE4A 3HPIA 2GFEA 4OESA 3KN3A 1B3FA 2F36A 2RC9A 1MY2A 1MY4A 4EQ9A 1UTHB 1MQIA 2O6AA 1OLAA 3TELA 1OQHA 5TP9B 5CMKA 3S9MC 5JK4A 2I58A 3BFTA 1P1WA 4IO4A 3O29A 2ONRA 1NFTA 2HZKA 4G8MA 2VHAA 3B6WA 1B52A 5KDTB 3W9WA 1MQDA 2W7YA 3C33A 1SBPA 2ZYKA 4F18A 2XXWA 3MBPA 3G3IA 3VV5A 5DYHA 3HN0A 4G68C 3CR9A 3QXMA 1ZIUA 3GXAA 1JQFA 3Q27A 5TPAA 4KYDA 4I62A 5I2KA 5ISUA 1LAFE 5I84A 2UVJA 2CZLA 3ILTB 3N6UA 1EU8A 2AL4A 1D9VA 5CMBA 4QFNA 5DT6A 1A7LA 3CFXA 4F2OA 3DELB 3MQ9A 3TTMA 4ZDMA 2I4BA 4ZZEA 4GFRA 2XXIA 3ODBA 1Y4CA 5H8NA 3OEMA 3MVZA 4QF9A 1H3DA 2I3WA 4OFLA 2F6GA 1B1HA 1N3WA 4DCYA 4JDFA 4F29A 5AA2B 4TOZA 1P1NA 1B2HA 4R6HA 4OMBA 2P0SA 5AA4A 1B0LA 1Z7NE 5J1DA 2ZNSA 3O6HA 3FVOA 4OZ9A 1URGA 2M8CA 4LUBA 1FQBA 3SESA 2F78A 3QUFA 2GHBA 3IJOB 4N13A 3PGFA 4GXAA 3C34A 1IXIA 4YKKA 1DTZA 3PMWA 4H5GA 1B3HA 3DP8A 4OQOA 3KZGA 1L5TA 4RXLA 1EZPA 3N5LA 4EUOA 3KEIA 4KQPA 1YCJA 1DSNA 1M5DA 1VSOA 2Q89A 2F7BA 3OSRA 1N7WA 3MP6A 4ECFA 4ONYA 3A09A 3U94A 2DP8A 1B5IA 3K4UA 3RUMA 1SW5A 3FUZA 3CRBA 4U21A 4RY1A 3C35A 1QULA 4TLLB 4JBZA 1Y3PA 1AH5A 1POTA 4EXLA 2ONKE 1POY1 1D4NA 3TQLA 2REGA 4QHQA 4BDQA 1LGBC 1LBBA 4YB5A 3MW0A 5LOMA 1T0KA 2NUVA 3ZSFA 2NWJA 4BLAA 1B5HA 4GF8A 4LQ5A 5H8QA 3SDFA 2R6GE 3DP6A 4N6PA 3OO9A 1N0TA 3ZKKA 1A99A 2XX9A 2Z22A 2Q2CA 5FHOA 4NF6A 1FTKA 4M4GA 4O3AA 4H67A 3MVYA 4TQUQ 4GRKA 1NH7A 3RGYA 1MXWA 3C31A 3UA8A 3VLVA 2HCAA 5K2XA 1Y1MA 3TQWA 1PB8A 1RYXA 2D21A 1LLSA 3IOVA 4IGRA 4F1UA 5CRYA 3A3CA 3PUVE 4OETA 3M3LA 4XXUA 3M3KA 5EYFA 3FXRA 2BJJX 1DMBA 4JSDA 1B7ZA 1HSJA 1NL5A 3FVNA 3THIA 3GLBA 4H1XA 4AB5A 3UP9A 2XXRA 5F1QA 5I59A 2Y7KA 1R1NA 5A5XB 2O69A 5I56B 5I58A 4ZS9A 3KN8A 2F6PA 3AXFA 4JWYA 2IEEA 1MXYA 4C1UA 4ELRA 2A5TB 4R9FA 4L17A 1IXGA 1FTLA 2OBGA 1I6BA 4YB7A 3VDFA 5I2NB 4U22A 2UYFA 1Q35A 3K1MA 3VLUA 3R26A 4UA8A 1R6ZA 4DXCA 1Y20A 3K02A 3KOSA 1MS7A 5CI5A 1DOTA 1MY0A 4IO2A 2AL5A 3FIRA 3QAXA 2CMOA 2X7QA 2QRYA 4EQ7A 3O2AA 4FIMA 5I57A 3OMBA 5CM6A 1CE2A 1B4HA 1SW1A 1M5CA 4F3BA 3CG1A 3PUXE 2GH9A 1RKMA 2F5XA 4QFPA 1ZMGA 3I3VA 4I9DA 1YAEA 1BKAA 3G3GA 3TUSA 3CIJA 2O51A 4DZ1A 1B7HA 4XKPA 2RF1A 2ABHA 4FE8A 3RTFB 1D9YA 1B46A 5K2YA 4BDMA 4NWCA 3MUQA 3U1OA 1B0HA 2V84A 4YKJA 2YLNA 3SERA 1I6QA 4PFYA 3RN8A 1LFHA 1MDP1 3T9XB 2UXAA 1NNTA 5ELVA 3S2VA 3CFLA 1Q1KA 1JW4A 4NF8A 4XIGQ 1SQYA 3Q25A 1FQAA 2Z8EA 2H5YA 2ZNTA 1UTBB 1FTJA 4HTGA 2B65A 1SDXA 4NTLA 2ZNUA 3T66A 3M8UA 4G68A 3FJGA 3FV1A 5JTYA 4JXIA 4R72A 3R6UA 4YU0A 1BP5A 1AOVA 3F11A 5CC2A 4QFLA 2VGQA 5H8HB 1FQFA 4OXVA 2NXOA 1B58A 2D5WA 4R2FA 4YB6A 4BDNA 4ZEFA 2HQ0A 3PPRA 3IO6A 1ZJLA 3A3UA 2QPQA 1MY3A 2DWHA 3RT8A 3TPAA 5KCJA 5BWJA 4K3FA 3RPWA 3OXNA 1SI1A 4AB6A 1LBCA 4R74A 4DIGA 4ESWA 1EZOA 2X26A 3KSXA 3S9EA 3TCGA 3TTNA 1GGGA 3LC8A 1MY1A 2V25A 3H4ZA 4R6YA 5IAIA 4RJZA 3VLWA 3E3KA 3PUYE 1YTVA 2ZMBA 3O97A 3FATA 1JETA 2RC8A 3HHGA 4E0WA 4F19A 4EF1A 1ZBMA 1FTOA 3T96B 4YICA 1MRPA 3L6HA 1B6HA 4OTEA 1Y3QA 4PFTA 4X1BA 2DQVA 3IR1A 1IIWA 3MVWA 1LCFA 3MZ9A 4XKQA 2O1MA 3W15C 5ITOA 2GRVA 5FHNA 4P0IA 5DVFA 4RPOA 1ATGA 4KYEA 1FQDA 3IOUA 3IB2A 3CFZA 4GWOA 1PC3A 5ITPA 1A8FA 1NMUA 2RC7A 3V5AA 2UVIA 3I6VA 4WEPA 1LB9A 1D3KA 1FW0A 2F97A 3M3FA 1HSLA 2I6EA 2FA7A 3V89B 3EHSA 4P11A 5EHSA 1NKXA 1GV8A 2HEUA 4PQJA 4YKPA 1GTKA 2YJPA 1MM7A 4F3PA 3RTWB 4LATA 3WAFA 1O63A 3CSGA 1I69A 5AA2D 4ZEIA 4FJPA 4R2BA 2OK2A 4MH5A 4ESXA 1F9BA 4DDDA 3PUWE 2R9JA 2HZLA 1Y3NA 3SETA 3EF7A 2Y84A 2XXTA 5TPAB 3CSBA 1LCTA 5I2KB 1JVYA 5IKBA 3O6GA 1M5EA 4G4PA 2I0BA 3LSLA 2QSXA 4KHZE 2DE2A 4IY5A 3TTLA 2DWJA 2OZZA 3IO4A 4NF5A 4P0GA 3H6WA 3PMVA 4RA1A 3CI8A 5H8NB 4OHNA 2FNCA 3KFMA 1FCKA 1MXZA 4HW8A 1IXCA 2VD3A 4YMAA 2REJA 5CBSA 3G3FA 2WKYA 2NOOA 3T22A 5AA4B 3FJMA 1MH4A 3B7DA 4Q5TA 1UIVA 3IB0A 3L6GA 2Y7RA 5L9OA 4YZZA 4ZEDA 1WODA 3G7WA 4ZEKA 1URSA 1M5FA 5DEXA 2Y7PA 1MPDA 3G3JA 4WKMA 1B32A 2V3TA 2B3FA 3C9HA 3OOAA 4OEUA 4F22A 1JEUA 1J1NA 1P1QA 3GZGA 1N3XA 3FGSA 1QVSA 1O7TA 4LONB 4NWDA 1LAHE 2RCAA 3IK6B 1VE4A 4ZECA 3MP1A 3N26A 3VVEA 1LAGE 5DEXB 4QSEA 3TFLA 3O28A 4QFOA 2PT1A 2UVGA 2X7PA 4OERA 3TAJA 5B7DA 4PP0A 4GQOA 1S50A 3OSQA 4KCCA 2XD3A 2RCBA 4BDLA 2O7UA 5AA1A 4M1VA 4DCXA 1OLCA 4F1YA 4GL0A 1B4ZA 5H8FA 3TCHA 2HFBA 1R9QA 2DXYA 5H8QB 3VE1B 3SEWA 4LA9A 3E4RA 1QKAA 4FAJA 2PVUA 3IAZA 5ICTA 1MG1A 3PU5A 1MH3A 4ISUA 1A55A 3FD3A 2F7AA 3VVDA 4NF6B 2QS3A 3UORA 3IORA 3RNNA 1QUJA 3RY3A 2DYXA 3HCQA 5ICQA 4MFIA 2I48A 1JEVA 3H6TA 4KFQA 2UYEA 2YPNA 3IOTA 2I4CA 1OIBA 4PFUA 1MPCA 4KCDA 1NH8A 3GBAA 4O3CA 2HAVA 4ZEBA 3EQ1A 3MZBA 1EZ9A 5H8SA 3IL1B 3C36A 2DWIA 5I59B 1B51A 3BFUA 2E0SA 3DLNA 1ZKBA 3B6QA 4BDOA 1BIYA 5I58B 3USDA 2QL3A 3RT6B 3T93B 3QIMA 2F8DA 4NF4A 3OENA 4YKIA 2Z23A 4IO3A 1TWYA 3MJNA 5CMCA 1SVXB 4HCWA 4OFOA 4IY6A 4R75A 4RYAA 3Q28A 2DOJA 1PEBA 1DPPA 3MAMA 3TDJA 1FTMA 3S4UA 1TT1A 2QS1A 1R9LA 3MZ1A 2F34A 5I57B 2OWTA 3VVFA 5B70A 3PUZE 3UGWA 4F1VA 1XT8A 4GVOA 3P7IA 3MWBA 4H0WA 1IQ7A 1H76A 4U1ZA 3PMXA 2PT2A 1N84A 3ONMA 3LSWA 4H6DA 2Q88A 1SW4A 2Y7WA 4ELPA 4R73A 2XXPA 4ZZAA 5BUUA 3S9LC 3FXUA 3ZS6A 4PETA 4E0XA 1IXHA 3KBRA 1JNFA 3H6VA 1OVTA 3TMGA 1MXVA 1IUDA 3OO6A 3TTKA 3PPQA 4KPTA 4OYVA 2AYSA 4YMBA 3JYRA 3U93A 2DWAA 3V8XB 2DVCA 3ZKLA 3MPKA 1Z7ME 4NF8B 5F7VA 3IB1A 4AQ4A 4U1OA 2QMXA 5HPQA 3C4MA 3SKPA 2DE4A 5DTBA 5DVJA 1N7XA 3MPLA 3K6UA 4G68B 2VP1A 5JTYB 3KN7A 1QKBA 2XXQA 2H98A 1B3GA 4DE8A 3D4GA 1A54A 3KSJA 4ELQA 2DSFA 4KR5A 3QSLA 4GD5A 2V93A 4NMYA 2HAUA 4HCYA 4U4SA 1XC1A 2OJTA 3VXBA 1N04A 1YPNA 4MBPA 3FZVA 1PBQA 3C32A 2Q9TA 2QMWA 5KCJB 4OWDA 2O1LA 1PBPA 4Q30B 2IA4A 2XXYA 4LQ2A 2Z8FA 1M5BA 3PPNA 4QRZA 1UTHA 1Y9UA 4PFWA 4OEVA 1NNPA 4KI0E 1LAXA 1NNKA 1OQGA 3IOWA 2Y7IA 5TP9A 5HM4B 3OD7A 2VD2A 2GHAA 3TZAA 4JB7A 4PE5B 3K6WA 2QJEA 3MC2A 1GVCA 1WVJA 2H9BA 1NNFA 4FECA 1P1OA 2HXWA 4U2RA 1H45A 1FQEA 2R71A 3FASA 3PV0E 1P99A 4GIZA 5KDTA 3TEPA 2THIA 4YAHX 4XTCQ 3G3HA 1MQHA 3HV1A 1UQWA 2FYIA 3OEKA 5CMMA 3RLFE 3H03A 4LZ8A 1JW5A 3T9HB 1S9TA 4F39A 3O66A 1IITA 4H8IA 1QUIA 4U23A 3K00A 2ESNA 2OWSA 3DM0A 1PDAA 1B3LA 2O84X 3ILUB 3EPEA 4FATA 2H25A 3B6TA 3D4CA 3TKDA 3LR1A 5AA2A 1AL3A 1MXXA 4IGTA 2XXVA 1Y1ZA 4ZE8A 2VOZA 4LVQA 3TCFA 1XS5A 1OMPA 4LZ7A 2DVZA 2XD2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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