3PGFA

Crystal structure of maltose bound mbp with a conformationally specific synthetic antigen binder (sab)
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
367
structure length
358
Chain Sequence
KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Allosteric control of ligand-binding affinity using engineered conformation-specific effector proteins.
pubmed doi rcsb
molecule tags Maltodextrin binding protein/de novo protein
source organism Escherichia coli
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein
total genus 122
structure length 358
sequence length 367
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-11-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3pgfA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3pgfA01
1LFIA 3PD9A 1XC1A 4AQ4A 4OENA 2DWAA 3MBPA 1R9LA 1P1NA 5CMMA 3QK6A 3PV0E 4OEUA 1MQGA 4QSDA 5KCJB 2DVCA 4ZECA 4IO5A 3H6TA 3PPOA 1USYE 4BLAA 1FQAA 4TQUQ 3SEVA 4R6KA 4JBZA 3V5AA 4GF8A 1IXCA 3U94A 3B6WA 2O69A 4IY5A 4ISUA 1PDAA 2I3WA 2RCAA 3OENA 4JXIA 3I3VA 3GXAA 2A5TA 4NWDA 3UGWA 3I5OA 2VD2A 4YMAA 4F18A 2DOJA 4F29A 4POXA 2RKMA 1XOCA 3FJGA 3H6VA 4F3PA 3G3FA 2HAUA 5L9OA 2VGQA 4FAJA 1HSJA 1USYH 4OESA 5CMBA 4OFJA 3LSXA 5L8DA 5AA2A 3OSQA 2ZYKA 2DQVA 1TT1A 3PUZE 3KBRA 3O66A 1B1XA 4LZ8A 4DE8A 4TLLB 4XIGQ 5A5XA 1D3KA 4QFPA 1B4HA 3CFXA 1QW0A 4YKPA 3H4ZA 3TDJA 1T0KA 4N13A 1R9QA 1QKAA 3KN3A 5DYHA 1QJMA 1FQCA 4DZ1A 3MP1A 4YU0A 2UXAA 3AXFA 2Z8FA 3Q28A 4GRKA 1MQDA 1II5A 4LVQA 1A7LA 3EHSA 5DVFA 4OZ9A 1H76A 5H8HA 1Y3NA 2DYXA 4PE5B 5I2KB 3FASA 2XXXA 4TOZA 4G4PA 2REJA 2X7PA 5BUUA 1OQGA 1S7YA 3N6TA 4X1DA 2F5XA 3VVFA 3QAXA 4LATA 3M3KA 4EXKA 3RY3A 1KWHA 1F9BA 3N6UA 3TTKA 1GGGA 3MPKA 3VVEA 1QUKA 4HS7A 1Q1KA 1N04A 4RY1A 2V93A 3E13X 1JVYA 3K0VA 1B40A 1B9JA 3CFLA 4G8NA 4BDNA 5JK4A 4ESWA 2P2AA 3E9XA 3F11A 4AB5A 1BTJA 1XS5A 1ANFA 4JWYA 4WXJA 3C4MA 1B3EA 4R6HA 2VP1A 2D3IA 3G3GA 3PMXA 3JYRA 3GLBA 1FQBA 1B3LA 4GOTA 1NFTA 1Q35A 5H8SA 4U4XA 1QUIA 2VHAA 3K1PA 1MXWA 3OEKA 1LB9A 1OLCA 2ZYOA 3ZKLA 2RC8A 3T9VA 4XKPA 3EF7A 3O9PA 4WKMA 5I2NA 1M5DA 4U1OA 3H7MA 3UN6A 4PETA 1LFGA 2P0SA 2HFBA 5L9SA 1LAHE 3FGSA 4DDDA 3BFUA 4O3CA 3N5LA 3IB2A 4JWOA 3FD3A 1Y1ZA 4G77A 2NOOA 4F3SA 5DVIA 1MDQA 1FW0A 2HXWA 2BJJX 4LP2B 3MQ9A 1N76A 4GFRA 4ZE9A 1B7ZA 4LA9A 5FHMA 3W15C 3TTMA 3SDFA 3TCHA 2HCAA 3LUYA 1DTZA 1XVXA 2F35A 3DP4A 5TP9B 4QSEA 3D4CA 3LC8A 3K4UA 3OSRA 3KSJA 4MLQA 1GTKA 1MH3A 1LAGE 3MP6A 1I6AA 3VV5A 1NNPA 3SESA 2AL4A 4KYEA 4ND9A 1B2HA 4IO3A 3G3KA 3KSXA 4GIZA 3TELA 1B3FA 4MF3A 4WEDA 1N7XA 3CVGA 1FTKA 5I59B 1IXHA 1FQFA 4H0WA 4WEPA 4F1YA 4F2QA 5EHMA 5ITOA 5B70A 3TTRA 1SW1A 3DLNA 2H98A 1OVBA 1UTBB 1MY3A 2F8DA 3QUJA 4KYDA 3UORA 5I56B 3H3GA 1AOVA 1A55A 4E0WA 4ELOA 3QUFA 1H43A 5I57A 2O84X 1RYXA 4QSCA 2O6AA 1L5TA 3K00A 3KOTA 5FHOA 2F6GA 2DXRA 2REGA 1B0LA 1P1UA 4DXCA 1IITA 4RNSA 5DEXB 2Z23A 3ODBA 1MPCA 1QVSA 4QFLA 5AA1A 2I6EA 1FTLA 3JV9A 5H8NB 1ZBMA 3E4RA 4IY6A 1SI0A 2NVUB 2UVIA 1LBCA 3PUXE 3IX1A 3PU5A 3M3LA 1S50A 2HEUA 3EQ1A 3FVOA 4Z7EA 2DWJA 4GL8A 3MP8A 3HO7A 2ABHA 3FZVA 3Q26A 2X7QA 4EQ9A 5I56A 1SDXA 4THIA 4DCXA 1IXGA 1JEVA 2ZNUA 3RTFB 4FE8A 3PPPA 2R9JA 1NNTA 2QSXA 2OLBA 3KJ7A 3N94A 4R2FA 4RXLA 4FJPA 1SQYA 2RF1A 3QYTA 3BKIB 4OETA 3MJNA 3ZKKA 1R1NA 4IB2A 3PMVA 2XX8A 4BDQA 4PFWA 4HW8A 5CI5A 3SEYA 1MPDA 1B0HA 1DMBA 4C1TA 2Q9TA 2R71A 1MQHA 2OJTA 4OHNA 4NF8B 3GBAA 1US5A 1HSEA 2Q2AA 2ESNA 3T96B 3CFZA 4OQOA 1ZJLA 3W9WA 4GWOA 3UIFA 4EF1A 4NMYA 1BKAA 1UQWA 3IOWA 1UTHA 1DOTA 3FV1A 1OQHA 4OYVA 3LSFB 4ZEKA 1PB9A 1TXFA 4HCWA 1XHYA 4F31B 2ZXTA 5JTYA 3T22A 3LSLA 3HPIA 3K6UA 4BDLA 4IO2A 1O63A 4R75A 1O7TA 3CR9A 3G3JA 4ZEIA 4FIMA 4HCYA 1N7WA 1FTJA 1H3DA 5H8FB 3O6IA 3N26A 2F78A 3KEIA 4LQ2A 3CSGA 2KLFA 1B6HA 3L6HA 4X9TA 1JW1A 3KN8A 4P0GA 2AIXA 5CC2A 1MDP1 4N6PA 3C9HA 3FXUA 4ZE8A 1EZ9A 1URSA 5TPAB 3U72A 2YLNA 1SYIA 4JDFA 1AH5A 4G68B 1POTA 5AA3A 5KDTB 2XHDA 5KCJA 4G2ZA 3TTNA 1M5FA 1VSOA 3FJMA 1QUJA 3C34A 1P1QA 3C31A 5CM6A 3IB1A 2A5SA 5I58B 1N84A 3TODA 3KFMA 5HPQA 4F1UA 3Q29A 2QS1A 1ELJA 2DVZA 1OLAA 1Y4CA 3ONMA 4KQPA 4GQOA 3VFJA 5ISUA 3PMWA 2Z22A 2RC9A 2QMWA 4GL0A 2F34A 2F7AA 1NMUA 1LBBA 4BDRA 3BBRA 4JSOA 4H8IA 1Y1MA 4H1XA 4U23A 3ZS6A 3PGFA 3G3IA 1OMPA 4YZZA 4POWA 4FECA 5DT6A 3C32A 4JWXA 3PUYE 1SD3A 1MM7A 2XXUA 4NWCA 3FXQA 3IOUA 3OD7A 1QULA 5KDTA 2QRYA 3KZGA 4ESXA 4DCYA 1PEBA 3UP9A 2DWIA 3V83A 4UA8A 4YICA 3RGYA 3JZJA 1BP5A 4BDOA 1FTMA 5HM4B 3HHFA 2XX7A 3RN8A 3SKPA 2I0CA 2UVHA 2DS9A 2Z8DA 4DLDA 4C0RA 1LLSA 4LZ7A 5EYFA 3EHUA 2AYSA 3FIRA 2FYIA 4R9FA 1ZTYA 3VDFA 4F39A 2XXWA 1UIUA 2OK2A 2PT1A 1MXVA 4PFYA 1LAFE 1FQEA 4Q30B 1B05A 2AL5A 3FXRA 5I2KA 3ILUB 4U4SA 3C35A 4DIGA 2QPQA 4NF6B 4H8JA 2DE4A 3MUQA 4F22A 1N0TA 1WODA 3KOSA 4I1DA 2B3FA 1NH8A 1Y3QA 5M2VA 2RCBA 3OXNA 3U93A 1VFEA 2Y7WA 1MY2A 3G3HA 3FVNA 5IAIA 1Y20A 2Y84A 1SBPA 3S9EA 4EDPA 4X1BA 1MM6A 3IOTA 3KG2A 4ELRA 3MWBA 2ZYNA 5AA4B 4ZEBA 3R26A 1TFDA 2PBWA 2B65A 4X48A 5J1DA 1A8EA 3ECRA 1URDA 2HZKA 1LGBC 2ZMBA 5CMCA 1DPPA 4NF4B 1HSLA 2O68A 4QHQA 3RLFE 1M5EA 4U22A 3OO7A 2DSFA 1IIWA 2PX1A 5F7VA 1TWYA 3IL1B 2Q8JA 2Y7KA 4F19A 1ZKBA 4RPNA 1SW2A 5F1QA 4NF5B 4U2RA 3V89B 2DE2A 4LZ5A 2B3BA 1MH4A 5KZTA 2I49A 3CG3A 4LONB 4N07A 4E0XA 1NNKA 2H99A 1LAXA 3PPQA 4ZS9A 2ZNTA 1SW5A 2O1LA 3D4GA 2VOZA 3VLWA 3RUMA 3GBBA 3SERA 4ELPA 4GVOA 1JW4A 3S9NC 1JNFA 1B58A 3Q25A 3S9LC 3B6QA 1OIBA 1B5IA 2D21A 3LSWA 3PUVE 5TP9A 4KPTA 2PMSA 1SYHA 3OOAA 4ONYA 3B6TA 2CMOA 3TPAA 4I9DA 3RPWA 3MVXA 3U92A 3IORA 3MW0A 3C33A 2Y7PA 2XXTA 4NF5A 5I59A 3T9XB 4QRZA 4KCDA 1MPBA 3MZBA 1J1NA 4IGRA 4OWDA 1B5JA 2V3TA 3THIA 1UTBA 1B7HA 4YAHX 1RYOA 3R7XA 1S9TA 3T9UA 2FA7A 1FQDA 3FV2A 4OMBA 3IOVA 2XXPA 3PPRA 4MFIA 4G68C 2F97A 2XXIA 1QKBA 2XXQA 1R6ZA 2QMXA 2ONKE 1B32A 4IO4A 4XKRA 3WAFA 5DEXA 1Z7ME 1IQ7A 1SI1A 3VLVA 4PFTA 2WKYA 4H65A 5IKBA 5H8QB 4M4GA 3FJ7A 3T66A 2IA4A 1RKMA 2ZNSA 3M3FA 4ZEDA 1AMFA 5CBRA 5H8NA 2D5WA 1EU8A 3E3KA 4FATA 2YPNA 3TQLA 1JW5A 2H4IA 4R2BA 2DP8A 1IEJA 3TKDA 1GVCA 3RNNA 3TZAA 1DSNA 3DP6A 1PBQA 3B7DA 4OTEA 1MQJA 1MY0A 2XXYA 2A5TB 1UIVA 3TUSA 3K1MA 1EZPA 2THIA 3IJOB 3PD8A 2UVGA 4IGTA 2FNCA 1MXYA 4R73A 1VFDA 4EQBA 1O64A 3P7IA 4EXLA 3S9MC 3CRBA 2Z8EA 5AA2B 3DP8A 4XXUA 2I3VA 2OWSA 4M1VA 1B3GA 5AE4A 2V3QA 4UACA 1P99A 2GFEA 2PYYA 1SVXB 3PUWE 4G8HA 2QL3A 3TQWA 3HSTA 3O97A 1LCFA 3L6GA 3OELA 3H6UA 5A5XB 2GH9A 2UYFA 3OMBA 5DVJA 5H8QA 1H45A 1BLFA 3KN7A 3MVWA 2F6PA 3MAMA 1GV8A 3UK4A 4H6DA 3ILTB 3EPEA 1M5CA 4H5GA 4OFLA 3LBSA 3QIMA 3MZ1A 1NH7A 5ICQA 1A99A 1A8FA 4OVJA 4R9GA 5K2YA 3GZGA 2ANJA 5H8HB 1OVTA 4Q8RA 4NF8A 1Y3PA 2GRVA 3HV1A 4QFOA 4RA1A 3T9HB 4AB6A 1MG1A 1MXUA 3OO8A 1I6QA 2Q89A 1I69A 3H06B 1P1WA 3CIJA 4FEDA 4XKQA 4ZZEA 1LCTA 1LFHA 1B4ZA 1CE2A 4I62A 1MY4A 2QS4A 2GHAA 2DWHA 4C1UA 3U1OA 1B3HA 4ZEFA 4KFQA 1CB6A 4U21A 4OFOA 1YTVA 4GD5A 1FTOA 4MLVA 2XXRA 2RINA 1IZ1A 2XX9A 2F36A 3IO6A 5H8FA 3VXBA 3W9VA 1A40A 4NEDA 3FVKA 1YAEA 4G8MA 3O28A 3O6GA 1JEUA 1PB8A 2CZLA 4EF2A 3O2AA 3VXCA 2IEEA 1TFAA 4FEBA 5TPAA 2M8CA 5I2NB 4PFUA 4YB5A 4PQJA 1LSTA 4RYAA 1DPEA 4G68A 3IK6B 2H25A 1JVXA 3HHGA 4YB6A 3USDA 2O7IA 3LR1A 3TFLA 3TMGA 3CG1A 1POY1 3BFTA 3TYHA 2E1SA 4QF9A 5I58A 1ZMGA 2G29A 3MVYA 3DM0A 2QS2A 1Y9UA 3H6WA 4KYSA 4P0IA 2XD2A 2XD3A 4YMBA 5I84A 2UYEA 2G93A 3R6UA 1MXXA 1URGA 4RPOA 3PPNA 1AIVA 1D4NA 4F3BA 4MH5A 4QFKA 4KI0E 3KGCA 2Q88A 3T93B 3SEWA 3CSBA 2I0BA 3C36A 3A3UA 1D9YA 1JETA 1N3WA 1YCJA 3CI8A 3SETA 2F7BA 3IR1A 4IO6A 4F3GA 4ZZAA 2Q2CA 2I58A 4LUBA 4R6YA 4HTGA 4EUOA 3K2DA 4U1ZA 4TLMB 1PC3A 4H5FA 1ATGA 4YB7A 1P1OA 4H67A 3WAEA 3K6XA 3IAZA 3RQTA 5FTIA 2ZYMA 3KJTA 4XKNA 3Q27A 3QSLA 1MQIA 2DXYA 5ITPA 3FVGA 1PB7A 3HCQA 5L9MA 5I57B 4XTCQ 4LQ5A 1B7UA 1MRPA 5ICTA 1I6BA 2V3UA 3IB0A 4ZDMA 3TCGA 2NWJA 2QS3A 5B7DA 1ZIUA 3MZ9A 1B1HA 4PP0A 4BDMA 1SW4A 3K1NA 1Y4TA 4MBPA 3S4UA 4JB7A 3S2VA 4I8CA 3OEMA 4RJZA 1D9VA 4IO7A 1VE4A 4NF6A 2GHBA 3V8XB 2NXOA 1JQFA 3RTWB 1B52A 2E0SA 4Q0CA 1B46A 3TCFA 2I4BA 3SEXA 2Y7IA 1N3XA 1IUDA 5CRYA 4OXVA 1M5BA 4NE4A 3SEUA 2X26A 5HBCA 3OO6A 2O7UA 4DXBA 2ALUA 1DTGA 2HZLA 2YJPA 3TTLA 3G7WA 2V84A 1WDNA 2Y7RA 5FTHA 3EN3A 2W7YA 1GR2A 5LOMA 4RK9A 5AA4A 3K6VA 4GXSB 2RC7A 4DXUA 2PT2A 3IO4A 3A3CA 2ONSA 1NKXA 3A09A 1AL3A 3VVDA 4K3FA 2DE3A 1H44A 3EHTA 1BIYA 4NF4A 1WVJA 3MPLA 1A54A 2P1SA 1LB8A 1ZLQA 5CBSA 4F1VA 1FCKA 2XXHA 5BWJA 2ONRA 2H5YA 3UA8A 2OBGA 4JSDA 1PBPA 3IJXB 4O3AA 2HQ0A 1EH3A 3K01A 2UVJA 2V25A 4KD5A 4KHZE 3MVZA 4OERA 2OZZA 1MY1A 2LAOA 4O3BA 3O29A 3QXMA 5ELVA 4GLIA 4OEVA 3K02A 3RT6B 3OO9A 1B51A 3O6HA 2I4CA 1VR5A 2QJEA 3VLUA 4YKIA 2OWTA 3TAJA 2PVUA 2VD3A 1MXZA 1IXIA 1MS7A 5DTBA 5EHSA 4YKKA 5CMKA 5TU0A 2F7CA 3I6VA 4GXAA 1UTHB 5JEIA 1EZOA 2R6GE 4P11A 4L17A 5FHNA 4ELQA 4Q5TA 4KCCA 2NUVA 3FATA 2I48A 1NNFA 1NL5A 2H9BA 3M8UA 3FUZA 5JTYB 3ZSFA 3U8QA 3HN0A 1XT8A 4F2OA 5K2XA 2XXVA 2HAVA 4KR5A 3K6WA 1XVYA 4QFNA 1Z7NE 1B5HA 4YKJA 3H03A 4ECFA 1US4A 1YPNA 3TEPA 1ZU0A 4EQ7A 2OCUA 3VE1B 4R74A 2O1MA 3RT8A 4Z0IA 4NTLA 3DELB 4R72A 4RK2A 3MC2A 4FORA 2O51A 5AA2D
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LFIA 3PD9A 1XC1A 4AQ4A 4NX1A 4OENA 2DWAA 3MBPA 1R9LA 1P1NA 5CMMA 1DK4A 3PV0E 3QK6A 4OEUA 1MQGA 4QSDA 5KCJB 2DVCA 4ZECA 4IO5A 3H6TA 3PPOA 1USYE 4BLAA 1FQAA 1RDYA 4TQUQ 3SEVA 4R6KA 4JBZA 3V5AA 4GF8A 1IXCA 3U94A 3B6WA 2O69A 4PBHA 4IY5A 4ISUA 1PDAA 2I3WA 2RCAA 1AWBA 3OENA 4JXIA 3I3VA 3GXAA 2A5TA 4NWDA 4PC9A 3UGWA 3I5OA 2VD2A 4YMAA 4F18A 2DOJA 4F29A 4POXA 2RKMA 1XOCA 3FJGA 3H6VA 4F3PA 3G3FA 2HAUA 5L9OA 2VGQA 4FAJA 1HSJA 1USYH 4OESA 5CMBA 4OFJA 3LSXA 5L8DA 4PCDA 5AA2A 3OSQA 2ZYKA 2DQVA 1TT1A 3PUZE 1JP4A 2CEXA 4XEQA 4MAGA 3KBRA 3O66A 1B1XA 4LZ8A 1RDZA 2GQ1A 1LBZA 4DE8A 1FTAA 4TLLB 4XIGQ 5A5XA 1D3KA 4QFPA 1B4HA 3CFXA 1QW0A 4YKPA 4GBVA 3H4ZA 3TDJA 1T0KA 4N13A 1R9QA 1QKAA 3KN3A 5DYHA 1FSAA 2WBBA 1QJMA 2CZIA 1FQCA 3QMFA 4PF6A 4DZ1A 3MP1A 4YU0A 2UXAA 3AXFA 2Z8FA 5DW8A 3Q28A 4GRKA 1MQDA 1II5A 4LVQA 1EYKA 4GWYA 1A7LA 3EHSA 5DVFA 4OZ9A 1H76A 5H8HA 1Y3NA 2DYXA 4PE5B 5I2KB 3FASA 2XXXA 4TOZA 4G4PA 2REJA 2X7PA 5BUUA 1OQGA 1S7YA 3N6TA 4X1DA 2F5XA 3VVFA 3QAXA 4LATA 3M3KA 4EXKA 3RY3A 1KWHA 2XWOA 1F9BA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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