3PGFA

Crystal structure of maltose bound mbp with a conformationally specific synthetic antigen binder (sab)
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
367
structure length
358
Chain Sequence
KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Allosteric control of ligand-binding affinity using engineered conformation-specific effector proteins.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein
molecule tags Maltodextrin binding protein/de novo protein
source organism Escherichia coli
total genus 122
structure length 358
sequence length 367
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-11-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3pgfA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3pgfA01
1UQWA 2DWJA 2HZKA 2QSXA 1JETA 3U72A 1SW2A 3C36A 3S9NC 2DXYA 3PUWE 5FHMA 4LQ5A 1FTKA 4R2BA 3O9PA 2QMXA 2A5TB 1URSA 1PB9A 4Q5TA 2RCBA 1YAEA 1WVJA 4KFQA 4ELOA 4LUBA 2DSFA 3HSTA 5CBRA 1EZ9A 3PPRA 1FTOA 3N5LA 2I3VA 1RKMA 3RN8A 3U1OA 4YB6A 1B1HA 5A5XB 1IITA 3N26A 2ZNTA 3OD7A 2F7CA 3MC2A 1NH8A 4X9TA 1TT1A 1LBCA 3PU5A 2VOZA 3LC8A 2VD3A 2RF1A 3KSXA 2OJTA 2XXQA 5H8HB 1AIVA 4H5GA 4R2FA 4R72A 1OIBA 3PV0E 1P99A 3A3UA 2I3WA 1B9JA 1B32A 3T93B 4THIA 4KHZE 1VSOA 4OFJA 1NNFA 2UVJA 3PUZE 1LB9A 1SW1A 2DE3A 1QW0A 3FVOA 4G2ZA 3SEUA 4XXUA 4DCYA 1LCFA 4QFOA 3K0VA 4U4SA 3VXBA 2OLBA 2HXWA 1MPBA 3HHGA 3OEKA 5FTHA 3K02A 1MM6A 3BFUA 3EHUA 1O63A 3FXQA 3E3KA 2F7BA 3OO6A 2I0CA 2F7AA 1B51A 3B6WA 4R9FA 2P1SA 4IB2A 4ESWA 1FTMA 1LFGA 1LB8A 5TP9B 3RLFE 3ECRA 1LCTA 2XXPA 3ONMA 4JXIA 1POY1 1Z7ME 3JV9A 2V93A 1EU8A 3FGSA 3O6HA 5CI5A 4U2RA 4ZDMA 3GBBA 4MBPA 1LFHA 1MH3A 1TWYA 3IO4A 2O7UA 1MQJA 3T66A 1PEBA 3C32A 4UA8A 3MWBA 1MY0A 3OSRA 1NNPA 5KDTA 3U8QA 5KZTA 5AA2A 2XX9A 2XXVA 3T9VA 5ICQA 4P0IA 4U22A 3PD9A 2HZLA 2ZMBA 4IGTA 3VLUA 4DCXA 4U4XA 3B7DA 2GRVA 4ND9A 1GR2A 4TLLB 4OEUA 3KOTA 2F35A 3ODBA 3C31A 2F36A 4GWOA 4F31B 3FASA 5H8FA 3CFXA 4AB5A 3MPLA 4NTLA 2RKMA 4POWA 5I58B 4DXUA 3TFLA 4X1BA 3H6VA 2R71A 2NVUB 3DP6A 2VHAA 4OWDA 5AA1A 1R9LA 2KLFA 3GXAA 3M3LA 2LAOA 4BLAA 1QULA 4OQOA 5B7DA 3PGFA 4BDQA 4I62A 4R6KA 4GFRA 3H3GA 4HCYA 4PFTA 5HBCA 2ABHA 5HM4B 5DEXB 1SD3A 2DE2A 1FQDA 2F5XA 3QIMA 1ZLQA 1Y4TA 5EHSA 4YZZA 4ZE9A 1XVYA 3O97A 5FHOA 3I3VA 4LQ2A 4ESXA 5IAIA 2Z22A 4KCDA 4PQJA 5AA4B 1HSEA 1NMUA 1Y1ZA 3C35A 1SW4A 1MM7A 1H43A 4YMBA 4RA1A 4R74A 1FTJA 4ELQA 5K2YA 4BDLA 5ICTA 4ZEKA 2QS1A 4I8CA 4MLQA 2NXOA 3OEMA 1LGBC 2PMSA 3K1MA 3FD3A 1Y20A 5AA3A 1SI1A 1M5DA 1MXYA 1PBPA 1F9BA 3PPOA 1B5IA 1JQFA 4RY1A 1P1WA 3SESA 3E13X 2O6AA 3K6XA 3UGWA 1NNTA 3CR9A 2Y84A 3K00A 1FQFA 3LSWA 1MXXA 3K01A 1JW1A 4EXKA 5AA2D 3KZGA 4OZ9A 4ZZEA 1D9VA 1FW0A 3IB2A 5H8NB 1ATGA 4H67A 1LLSA 4QSCA 4OFLA 2H99A 3OXNA 1JVXA 2FNCA 2QJEA 2NUVA 4QSEA 1N84A 2OWTA 4EDPA 5H8QA 1B3LA 3F11A 1VR5A 1US5A 3TTNA 4KR5A 1ANFA 4C1UA 1I6QA 2VD2A 2DOJA 3KJ7A 2Q9TA 2AIXA 4OYVA 3O6IA 4KQPA 1M5CA 3T96B 1AOVA 4JSDA 1Y4CA 5I57B 3FUZA 1FTLA 2G93A 5I2KA 2F97A 4F1YA 4F18A 1QUKA 1MY1A 4QFNA 2P0SA 2ZYKA 4XKQA 3IJOB 2I49A 4PFWA 1VFEA 5ISUA 4RK9A 1Y3QA 1TFDA 3UN6A 3G3HA 3LBSA 4OMBA 4P0GA 2F8DA 3IORA 1QVSA 2THIA 4WEDA 3TUSA 3MZ1A 3S4UA 5I2NA 1SYIA 4QSDA 4OEVA 5JTYB 1B46A 3H03A 1R9QA 3KN8A 5F1QA 4MLVA 4IO3A 4GQOA 3MP6A 4NF6B 4LONB 2RC9A 2Z8FA 3T22A 4NF8B 4NE4A 3MBPA 2AYSA 4Q30B 1M5EA 4NF5A 5TP9A 3O66A 3CSBA 4F29A 4YKJA 1MY4A 1IUDA 1JEVA 1B40A 3MAMA 4XKPA 2V3QA 4Q0CA 4QFKA 3H06B 1S9TA 3CFLA 1ZMGA 2E0SA 1LAFE 4O3AA 2Y7KA 3HO7A 4YICA 4FIMA 3RUMA 3CG3A 4RYAA 4RJZA 1D3KA 2Q2CA 2Y7RA 3PPNA 3VV5A 3BKIB 4IO5A 3BBRA 4C1TA 2CMOA 2Z8DA 3LUYA 3SKPA 3IK6B 1YCJA 4IO4A 4O3CA 1ZTYA 1B5JA 3UORA 3ZS6A 4O3BA 1UTHA 2XXWA 5DVFA 3G3IA 1MQHA 2QS2A 2V3UA 5L9MA 3HPIA 4EXLA 3IAZA 3KG2A 3FZVA 1DMBA 3IOUA 4BDMA 4ZS9A 3HCQA 1L5TA 1IIWA 5JK4A 3OO9A 4NF4A 1GGGA 1ZIUA 2UYFA 3D4GA 1OLAA 3RGYA 3OOAA 1OQHA 1MDQA 2XD3A 1B1XA 3IOWA 4WKMA 5BUUA 4H1XA 1MQDA 3TQWA 1ELJA 1R6ZA 3G7WA 1M5FA 3TZAA 3L6HA 3U92A 3SERA 2I58A 4C0RA 3N94A 4E0XA 2E1SA 3FV2A 3S9LC 2DVCA 2HCAA 1Y1MA 4OHNA 1WODA 5DEXA 4LA9A 5CC2A 2ALUA 1B52A 4IO7A 3QUJA 3SEXA 3FXRA 2HAUA 5CMKA 1A7LA 1BLFA 2ZNUA 3KFMA 3MVYA 3W9VA 3ZKKA 2I6EA 3CRBA 4PP0A 3C33A 5TU0A 4PFUA 4LATA 4QF9A 1I6BA 3MP1A 1PB8A 1GV8A 5KCJB 1PB7A 1I6AA 3W15C 1FCKA 3MP8A 1XT8A 3Q26A 3MZBA 4BDOA 3PUVE 3G3JA 1FQAA 2B3BA 2O69A 3V83A 5IKBA 1RYOA 4K3FA 4E0WA 1MXWA 4NWDA 3KN3A 2FYIA 3ILUB 1OLCA 1JW5A 3Q25A 3IOTA 4PFYA 1UTBB 2HEUA 2Y7PA 3TTMA 5HPQA 2O1LA 2V25A 3MVWA 3QAXA 4ZECA 3L6GA 5I56A 3FJ7A 4GD5A 1B58A 4ZZAA 1BIYA 1QKBA 2PT2A 1P1UA 3EHSA 1CB6A 1SBPA 4F3SA 2O1MA 5JEIA 1II5A 3UK4A 3R26A 3T9XB 1IZ1A 1N76A 3HHFA 3IX1A 1MXUA 2DS9A 2ZXTA 3IL1B 2OZZA 2R6GE 4OENA 3M3KA 2G29A 2XXHA 3CI8A 4AB6A 5LOMA 1B7ZA 3CFZA 3UP9A 4N13A 3EN3A 3JYRA 1JEUA 4NWCA 5CRYA 4RNSA 1DTZA 1NFTA 2HAVA 5EYFA 1IXCA 2F6GA 3RY3A 4YB7A 3RTWB 2QPQA 3TMGA 3OO8A 2DWHA 5F7VA 2VP1A 1ZBMA 1VFDA 1UIVA 4F39A 3VVFA 4ZEDA 3H7MA 5TPAA 3O6GA 1FQEA 5CMCA 1QUIA 2X26A 4L17A 4IY6A 1A54A 4FORA 3MZ9A 4WEPA 4NMYA 4ZEIA 3K2DA 1DPPA 2DXRA 1TXFA 3M3FA 3TCFA 2NOOA 1MXVA 1GTKA 4H8IA 4QRZA 4F22A 3RT6B 1HSJA 3VLWA 3K1PA 1I69A 1N3WA 5CMBA 4DIGA 4OFOA 1B05A 3TODA 4KYDA 3Q28A 4WXJA 2B3FA 1PDAA 3FIRA 4FATA 2VGQA 2O68A 2DE4A 4GOTA 4IO2A 1EZPA 1BP5A 3ILTB 4LZ5A 4OERA 3IB0A 1B7HA 3K6WA 2WKYA 4LZ7A 1IXIA 4H65A 4DDDA 3LSFB 4F1UA 3MQ9A 3TTRA 3OSQA 3IR1A 3S9EA 3K1NA 5L8DA 3TTLA 4KCCA 2X7PA 1KWHA 1VE4A 1MY3A 1PBQA 1RYXA 4Q8RA 2YPNA 1AMFA 4G68A 5I59A 1AL3A 1MDP1 4I9DA 4OETA 3IO6A 1AH5A 4FECA 5KDTB 4U1ZA 1EZOA 1B0HA 5AA2B 4R73A 3O2AA 3EQ1A 3IB1A 4OESA 1XS5A 3IJXB 1SQYA 2A5TA 4TOZA 4GLIA 2ZYOA 4M1VA 3SEYA 3QK6A 3GBAA 5CM6A 3THIA 2PVUA 4GXSB 2XXXA 4GXAA 3WAFA 1BKAA 3S9MC 4ZEBA 5AE4A 5H8FB 1XHYA 4DLDA 3KEIA 4MFIA 3RTFB 4KI0E 5A5XA 3QUFA 4EQBA 3TAJA 4GL8A 5BWJA 1UIUA 2OCUA 1IEJA 2XXTA 4YKPA 2YLNA 2H4IA 3K6VA 2RINA 4YKKA 5H8HA 4G8HA 1ZU0A 1P1NA 2XXYA 4Z0IA 4AQ4A 1USYE 1IXGA 1XVXA 2D3IA 5CBSA 5M2VA 4F3PA 4R9GA 4H8JA 3TKDA 1EH3A 4ZEFA 1DTGA 2I0BA 2QS3A 4ELPA 5CMMA 4QFPA 2GH9A 4U1OA 4ELRA 1PC3A 1O64A 1P1OA 3CVGA 4TLMB 3VVDA 4DZ1A 3GZGA 4G8MA 3PMWA 4FEBA 2H5YA 1NKXA 1IQ7A 4QFLA 2ZYMA 4PETA 3EHTA 3FJGA 3TYHA 5DT6A 4YMAA 1NL5A 2F6PA 5ELVA 1LFIA 2RC8A 1N3XA 3FV1A 4N6PA 3K6UA 2XXRA 1MRPA 4U23A 1H3DA 2X7QA 4F2QA 2D21A 1MY2A 4FJPA 5H8SA 3PUYE 1Y3PA 1JNFA 1B3FA 4GF8A 3R6UA 2H98A 3IOVA 2ANJA 1A8FA 1LBBA 3G3KA 4LZ8A 4ISUA 2AL4A 3KGCA 4XTCQ 3S2VA 1USYH 2UVIA 1N7XA 3FXUA 2DWAA 1M5BA 3BFTA 4G8NA 5H8QB 4DE8A 3DP4A 3EPEA 2DP8A 3C4MA 3TEPA 4GVOA 3LSXA 1N04A 2ESNA 4TQUQ 1CE2A 2ONRA 4YAHX 3PUXE 3SEVA 4EQ7A 1B6HA 5I58A 3EF7A 3RQTA 1DPEA 1B3EA 4R6YA 4IY5A 2PT1A 3FATA 3T9HB 4U21A 3VXCA 1B5HA 4MH5A 1FQBA 1O7TA 1OQGA 1FQCA 1MS7A 3VFJA 2Y7IA 4G4PA 1SW5A 4F19A 4BDNA 5I2KB 4ECFA 1SI0A 3O28A 1YTVA 1IXHA 3TQLA 1LSTA 4GRKA 1BTJA 1Y3NA 2ONSA 1D4NA 4IGRA 2AL5A 3PPQA 2OWSA 1XC1A 2HFBA 4XKRA 3H6TA 5EHMA 2QL3A 2UVHA 5I2NB 3N6UA 4FE8A 3D4CA 2V84A 4EF1A 2BJJX 2ZNSA 1B3GA 5AA4A 1Q1KA 5FHNA 4R6HA 1URGA 2F78A 4RPNA 1B4HA 4KD5A 2ZYNA 4M4GA 1MQIA 1S50A 1N0TA 3QXMA 1TFAA 3Q29A 1H44A 1NNKA 4NF5B 3V5AA 4EQ9A 2I4CA 3VLVA 4JSOA 3TELA 2A5SA 4JDFA 3MVXA 4P11A 1US4A 2XHDA 3TTKA 4F2OA 3PMXA 1T0KA 1MQGA 2Z8EA 4YU0A 2YJPA 1OVTA 1SDXA 4KPTA 1A55A 2V3TA 4ONYA 1LAGE 3LSLA 4HS7A 5H8NA 2H25A 1R1NA 1SYHA 3FVGA 3P7IA 3Q27A 4GIZA 2H9BA 3UIFA 2PX1A 4HW8A 4FAJA 1ZKBA 3PPPA 2XXUA 4R75A 3MW0A 2Y7WA 1UTHB 2FA7A 2I4BA 3MVZA 4IO6A 3FVKA 1MXZA 4KYEA 1B3HA 2I48A 1NH7A 4RK2A 1JVYA 3DELB 5DYHA 4LP2B 4H5FA 3DM0A 1MH4A 2UYEA 3HV1A 4OVJA 5J1DA 1H45A 3OMBA 4FEDA 4NF4B 2QRYA 2QMWA 3N6TA 2UVGA 4MF3A 3PMVA 2QS4A 3OELA 1S7YA 3OO7A 2R9JA 3B6TA 4POXA 5DVIA 1N7WA 5I57A 2PBWA 3QYTA 3O29A 4I1DA 1QUJA 3MPKA 3LR1A 2DVZA 3OENA 3SEWA 2O51A 3G3GA 4PE5B 2Q89A 2B65A 4YKIA 3USDA 1B2HA 3RT8A 3C34A 1B0LA 3U94A 2Q8JA 1WDNA 5FTIA 4F3BA 2F34A 1HSLA 5JTYA 3MUQA 3VVEA 4X1DA 4HCWA 1LAXA 1QJMA 2GHBA 1P1QA 4NF6A 4EUOA 3CSGA 3KSJA 4Z7EA 4H6DA 4NF8A 3JZJA 1YPNA 1D9YA 4H0WA 2RC7A 3I6VA 1DSNA 2OK2A 3RNNA 3FJMA 3ZSFA 2Q2AA 3G3FA 5ITOA 3M8UA 3MJNA 2RCAA 2UXAA 3WAEA 2P2AA 4JBZA 1LAHE 4BDRA 3DLNA 3TCGA 2W7YA 5I56B 1J1NA 3CIJA 3KOSA 4JWXA 4JWOA 1Z7NE 4RPOA 1XOCA 3H6WA 5L9SA 4YB5A 4GL0A 2XX7A 3HN0A 2OBGA 2D5WA 1MG1A 1OMPA 3PD8A 3AXFA 4DXCA 5B70A 2IEEA 3ZKLA 4F1VA 2IA4A 3FVNA 3B6QA 1B7UA 3CG1A 1MPCA 4F3GA 2PYYA 4ZE8A 2NWJA 2XX8A 3W9WA 4EF2A 4G77A 5ITPA 2O7IA 3A09A 3VE1B 4X48A 3I5OA 3R7XA 1JW4A 3E4RA 4UACA 2ONKE 3KBRA 5DVJA 3V8XB 2HQ0A 4KYSA 3E9XA 4LVQA 3KN7A 3TDJA 4OXVA 3KJTA 3RPWA 1DOTA 2REJA 2Q88A 5TPAB 2Z23A 3SETA 3SDFA 3A3CA 4XIGQ 2O84X 4QHQA 2REGA 1POTA 2DWIA 3C9HA 3TCHA 4RXLA 3GLBA 1SVXB 4JB7A 2XXIA 1Y9UA 5I84A 1B4ZA 4DXBA 3UA8A 3T9UA 1ZJLA 4JWYA 4NEDA 2CZLA 1A40A 5DTBA 1URDA 2DQVA 1A8EA 3K4UA 1MPDA 3V89B 3H6UA 1A99A 5KCJA 4OTEA 4N07A 2GFEA 5K2XA 3DP8A 2M8CA 3QSLA 4XKNA 1H76A 3VDFA 2GHAA 3H4ZA 1OVBA 2XD2A 4G68C 3U93A 1UTBA 1QKAA 5L9OA 4HTGA 4G68B 5I59B 1GVCA 2DYXA 1Q35A 3TPAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5EQ9A 1UQWA 2DWJA 2HZKA 1LBYA 1JETA 2QSXA 3U72A 1SW2A 3C36A 4HE0A 4P1LA 3S9NC 2DXYA 3PUWE 5FHMA 4LQ5A 1FTKA 4R2BA 3O9PA 2V4CA 2QMXA 2A5TB 1URSA 1PB9A 4OA4A 4Q5TA 2RCBA 1YAEA 1WVJA 1EYKA 4KFQA 4ELOA 4LUBA 2DSFA 3HSTA 5CBRA 2XWIA 1EZ9A 3PPRA 1FTOA 3N5LA 2I3VA 1RKMA 3RN8A 3U1OA 4YB6A 1B1HA 5A5XB 1IITA 1VDWA 3N26A 2ZNTA 3OD7A 2F7CA 3MC2A 1NH8A 4X9TA 1TT1A 1LBCA 3PU5A 2VOZA 5T3JA 3LC8A 2VD3A 2RF1A 3FBPA 3KSXA 2OJTA 2XXQA 5H8HB 1AIVA 4H5GA 4R2FA 4R72A 1OIBA 3PV0E 1P99A 3A3UA 4N15A 2I3WA 1B9JA 1B32A 3T93B 2HHMA 4THIA 4KHZE 1VSOA 4OFJA 1NNFA 2UVJA 3PUZE 4KXPA 1LB9A 1SW1A 2DE3A 1QW0A 3FVOA 4G2ZA 3SEUA 4XXUA 4DCYA 1LCFA 4QFOA 1LBWA 3K0VA 4U4SA 3VXBA 2OLBA 2HXWA 1MPBA 3SZPA 3HHGA 1YYZA 3OEKA 4HE2A 5FTHA 1FPDA 3K02A 1MM6A 3D1RA 2CZHA 3BFUA 3EHUA 1O63A 4OVPA 3FXQA 3E3KA 2F7BA 3OO6A 2I0CA 2F7AA 1B51A 3B6WA 4R9FA 2P1SA 4IB2A 1NV6A 4PBHA 4ESWA 1FTMA 1G0HA 1LFGA 1LB8A 4QBAA 5TP9B 3RLFE 4DI3D 3ECRA 1LCTA 2XXPA 3ONMA 3T0JA 4JXIA 1POY1 1Z7ME 3JV9A 2V93A 1EU8A 3FGSA 5I7IA 2Q8MA 3O6HA 5CI5A 4U2RA 2OX3A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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