3PHVA

X-ray analysis of hiv-1 proteinase at 2.7 angstroms resolution confirms structural homology among retroviral enzymes
Total Genus 13
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
13
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords UNLIGANDED HIV-1 PROTEASE
publication title X-ray analysis of HIV-1 proteinase at 2.7 A resolution confirms structural homology among retroviral enzymes.
pubmed doi rcsb
source organism Hiv-1 m:b_hxb2r
total genus 13
structure length 99
sequence length 99
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1991-11-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3phvA00
4DJUA 4RVJA 3PBDA 4FCOA 5P0TA 2NMZA 2B8VA 2PC0A 3S53A 5P5NA 5P2HA 5P7XA 2A4FA 1APWE 1W51A 4HA5A 4HDPA 4ACXA 2HIZA 3BHEA 5P3NA 2AZBA 1BVEA 4Y6MA 1BVGA 4LXAA 5OZ6A 2WF0A 3OQ7A 4QJAA 5P3JA 5OZUA 5OZ8A 4EYRA 3O9EA 5P0BA 5P02A 5P0PA 2CENA 1EPQE 2ZJKA 5OZMA 5P86A 4Q5MA 3TKGA 3FV3A 3SM2A 5P6DA 4GJCA 5P2TA 5P0XA 4OC6A 5P2LA 2O40A 1KJGA 1FG6C 3KF0A 2QMDA 5P2JA 2BPVA 2HPFA 3KDDA 5P6WA 3EBZA 7HVPA 4J1CA 5P3IA 4L6BA 3NU5A 4U8WA 5ER1E 1FFIC 5P3CA 3UCBA 2NXLA 4RCFA 1B6MA 4DVFA 3PWMA 5P4YA 5P4AA 3CKTA 5P2FA 2AOCA 3EL4A 4DJOA 3NDTA 4DJXA 4AUCA 5P85A 5P52A 4DJWA 5P7UA 2PSGA 4Q1WA 5OZ2A 3TPLA 3D1YA 5DGWA 3TH9A 5P2WA 2BQVA 2QI5A 5C9DA 5P6ZA 3PI5A 3OXVA 3GI0A 3CYWA 3MSJA 5P75A 1C6YA 3IXOA 1GVTA 5P3EA 4EQJA 1BV9A 5EZXA 5P73A 5P1ZA 5P72A 5P4XA 3SA8A 3OUBA 4RVIA 4Y3RA 4Y44A 5P5LA 2Q64A 5P6KA 2QHCA 5KOSA 2UY0A 3LITA 5P7WA 1HVCA 5P08A 3T7QA 4CPSA 5HCTA 3ZPSA 2J9JB 2IGYA 3I25A 5P5KA 1D4YA 1UH7A 5P01A 3S7LA 1E81E 1HTEA 1ME6A 5P6FA 4YA8A 1MSNA 2QMGA 1LYAA 3O9FA 2ZHSA 1LS5A 3L5EA 3VV7A 5P00A 5P5GA 1M4HA 5P1EA 3NLSA 3R0WA 3OUDA 3OOTA 3TOHA 5P39A 5P11A 3BUGA 5P3XA 3IXKA 1W5WA 3PB5A 2OHNA 2AOIA 4Y4ZA 2QNNA 5AHBA 5P48A 5P06A 4XX3A 4I11A 3VSXA 5JFUA 3CYXA 1NH0A 5P4SA 3S43A 5P74A 4LP9A 5P4CA 4FE6A 3FNUA 5P78A 2IKOA 5P03A 2AODA 5OZTA 5P5FA 5CLMA 5P15A 4Q1YA 2ZHTA 1YT9A 1AAQA 3UDYA 1IZHA 2G94A 2I0AA 5P2RA 4DFGA 3HDKA 1FMUA 2HB4A 1SIVA 4ZIPA 4X2LA 4ZE6A 2FXDA 4Y4JA 4D85A 1BIMA 1QBSA 5P3HA 1KZKA 4HZTA 2I4UA 1EC2A 2NXDA 1D4HA 5P7KA 1META 5KQFA 1XL5A 2HB2A 5SZ9A 1TCXA 1YX9A 4F76A 3VLAA 2WF3A 4UPJA 5P65A 4EJDA 4JOOA 5P4GA 4Y3LA 2OAHA 5OZ5A 3I7EA 1HXBA 5P3PA 7UPJA 5DQ2A 1ER8E 3OTYA 4BEKA 4ZSRA 5OYXA 5P7DA 2UXZA 5IVRA 4A6CA 2QI6A 1QBRA 5P3ZA 1UH9A 5AHCA 3VEUA 3Q4BA 5DR3A 5P5YA 3FX5A 5P36A 4H3JA 5P68A 1FMBA 4J1HA 1HVLA 3NUOA 5OZYA 5P0RA 1A8GA 3Q5HA 2MIPA 3CIBA 3NR6A 3VF7A 1PPME 2WF1A 5DQ4A 4U7QA 1CZIE 1SP5A 5P2AA 4PZXA 3NWQA 1TSQA 1D4SA 1B5FB 3HAWA 4RYGA 3GGXA 3KMYA 3O9LA 5P1WA 1HEFE 3O9DA 5P4VA 3HAUA 2AOFA 5P7YA 1AJXA 4Y37A 4RZ1A 4DV9A 2Z4OA 1EBZA 4TRZA 5P8FA 1EPLE 3EL5A 3A2OA 4I0JA 3PBZA 2AOEA 1EPPE 5P37A 5P8QA 4Y4UA 1MPPA 1FQ8A 5OZ1A 1YTJA 2WECA 3SACA 4LXKA 4HDBA 2OHSA 4ER4E 4B1CA 5OZWA 5P7SA 4YBFA 4DI2A 3S45A 1BBSA 4K4PA 3DV1A 4Q1XA 4J54A 4ER1E 4Y53A 2Z54A 5P0HA 3EM6A 2VIEA 5HTZA 2R9BA 5P5CA 2XFIA 3WZ6A 3IN3A 3LIXA 5P30A 5P8NA 4QGIA 4APRE 5P28A 2VNMA 4FSEA 5P4KA 1MT9A 5P81A 5HU1A 5P8GA 5P1CA 4I8ZA 4OBKA 3PLLA 4YD7A 1GVXA 5DGUA 3KMXA 4LHHA 5P0LA 4Q1NA 4MC6A 4Y4EA 2IENA 5P13A 2F8GA 1B6PA 1HPOA 2VA7A 1A30A 2ZJJA 2QD6A 3OXXA 3SLZA 1Z1RA 5P3WA 3S56A 2QI4A 1OD1A 1KJ7A 1YM2A 3SKFA 1IIQA 2PWRA 4F75A 5P5SA 2RSPA 4Y4GA 2QZXA 3I6OA 1BXOA 2Q5KA 2Q15A 4ZEAA 3FSMA 4J0ZA 4I0ZA 4GJDA 4Y4XA 2V00A 1K2BA 4Y58A 5P2GA 2OHRA 2Q11A 2R38A 3K5GA 3URLA 1FQ6A 5J25A 3LPJA 4Y45A 4Y41A 3I2LA 4OBGA 2IQGA 5P0FA 3UFLA 1TQFA 5P26A 5P1FA 5P79A 5P5WA 3KN0A 2OHUA 2ZHRA 5P0JA 1EC0A 1IBQA 1SBGA 5P40A 1YTIA 2G26A 2I4XA 4YD4A 5P2ZA 5P3AA 3ZKIA 1XE6A 2R5QA 3MXEA 2ZDZA 5OZBA 5P1IA 2ZJMA 2NMYA 1VIJA 1FEJC 2ER9E 2I4VA 2IS0A 1DPJA 4K9HA 5P6XA 3AUPA 3OHFA 4R8YA 4CPXA 2QI3A 4ER2E 2JJIA 4GJ9A 5HE4A 3OADA 5P32A 2QP8A 3VUCA 3QIHA 4J0PA 2BPZA 1LF3A 5OZCA 3FNTA 3KDBA 3EC0A 3L59A 5OYVA 5KR0A 3UFNA 2R43A 3NWXA 5P2DA 3QBHA 4Y5PA 3QVIA 3OUCA 2AOHA 1A9MA 5ER2E 4I0IA 3TTPA 5P8UA 3UDQA 1ENTE 1EC3A 1EAGA 5P44A 2HM1A 2BBBA 1TSUA 4OBDA 3OQFA 3H5BA 5P10A 5OZJA 5P69A 4I0GA 5KAOA 5P38A 5JG1A 5P8DA 2ZE1A 4K8SA 3WSJA 4CP7A 4DJVA 5P46A 3OXCA 4J5JA 1LF2A 5P5XA 2QZKA 1SDUA 1TZSA 4FM7A 2WEBA 4J17A 3NDUA 3PRSA 1EBWA 2P83A 3BVAA 5E5JA 3PSYA 1DW6C 4Y48A 3VLBA 5P3MA 3ZL7A 5OZRA 5P2UA 5OYYA 1W5XA 3D20A 4LAPA 4X7IA 3ZKNA 4YD6A 5P2BA 2PK6A 1K6VA 3HZCA 3ZKSA 2ZYEA 4E43A 4D83A 5P0MA 5P5ZA 1SH9A 3OUDB 5P7ZA 1IZDA 2QNQA 3LZVA 1EPRE 5P2CA 1UPJA 5P0NA 1HBVA 2APRA 1W5YA 3UQWA 2BPWA 3ZPTA 3BRAA 3S43B 5P5AA 1TW7A 4Y5CA 4YOBA 5P7QA 4RYCA 4HEGA 3PLDA 5KR1A 5P6QA 4A4QA 4TRWA 2G1SA 1MTBA 3S54A 4Y3HA 4XX4A 2A1EA 5P5JA 3OUAA 5P47A 5DR0A 1EPOE 3QP0A 5P17A 1LYBA 3U6AA 4HDFA 5OZAA 2FNTA 5P6AA 1DMPA 2QHZA 4Y4AA 5P82A 1BDQA 1SDTA 1HTFA 5P20A 1YG9A 5SY2A 4RCEA 2IGXA 4XKXA 4RLDA 2BKSA 5P3GA 3LIVA 4Z4XA 2FGUA 3APRE 4GJAA 4J0TA 4B1EA 5AGZA 1DIFA 1BILA 1B6KA 4Y3XA 5P4PA 3AIDA 3OU1B 1RQ9A 4I1CA 5P2MA 2NXMA 3CMSA 1QRPE 1LEEA 2QHYA 1PPKE 3VYDA 3UPJA 5P12A 3KYRA 4GYEA 1YTHA 5P61A 3JVYA 5P53A 1WKRA 5P24A 5P8CA 3EXOA 2OF0A 2OHQA 3KFSA 2B7FA 2WKZA 5BS4A 1K6PA 2XFKA 4RRNA 5P66A 1AVFA 5P8OA 1U8GA 3EMYA 5OZQA 1M43A 5OZSA 5OYZA 3NSHA 4GIDA 4K4QA 1FFFC 3RSXA 5P45A 4KE1A 3TPPA 2EWYA 3INEA 5OZ0A 1LYWB 2QZWA 3SA6A 4YDFA 3MXDA 2HPEA 4DJYA 1W5VA 4I0DA 4Y3SA 2VIJA 4Y3JA 5CONA 4OBZA 3D3TA 3BGCA 4D8CA 4RGHA 3UDMA 4H3IA 3PCWA 2XYEA 4L1AA 2FDEA 1C6ZA 5OYSA 5P6OA 1A8KA 2AVVA 2RKFA 1FGCC 1LV1A 1XS7D 4J1KA 1AXAA 3KT2A 5P1QA 1HWRA 5P22A 3C9XA 1NPWA 2FIVA 3APPA 5IS4A 3SA9A 3KFPA 3OTSA 5P1BA 5P8IA 4YCKA 4FSLA 5P4EA 3B80A 5P0DA 5DR7A 1W6IA 5OZZA 5P07A 2BPYA 4D88A 5DR8A 1IVPA 2PQZA 5P3FA 4Y56A 2O4NA 5P6TA 4M8XA 1IZEA 5P1MA 3ZPUA 4QLHA 3PMUA 1GVVA 4FLGA 3LPIA 1B11A 1UH8A 4Y5KA 4EP2A 4Y36A 3PGIA 2AQUA 5DQ5A 3BC4A 5ISKA 3UDPA 2I4DA 5P1OA 2F3FA 2Q63A 3BXRA 1PSOE 3RVIA 1LZQA 5P71A 2FMBA 4AA8A 3ZOVA 4NJTA 1GVWA 2P3BA 3LHGA 5P8LA 5TOLA 4Z22A 2JJJA 2J9KA 5P6HA 3LIYA 4CPTA 1MVPA 5P70A 5P2IA 2PSVA 3HVGA 5P3YA 5P7AA 3VV8A 3T3CA 5P0YA 3NDWA 5BRYA 2ZJIA 5P6IA 5P7RA 5P8EA 5P5BA 5P4LA 2FXEA 4EXHA 3T7XA 5E5KA 4ZSPA 5HDZA 5P2SA 3EL0A 5P2EA 5P2KA 5P1SA 5P33A 1CPIA 5P77A 5P8RA 4Y54A 4LC7A 1HVSA 4BFDA 4D89A 4J0YA 1ZLFA 4I8WA 5P0QA 1ZSRA 4NJUA 4I10A 4Y3AA 2HS2A 3UQPA 1OEXA 2BPXA 5AH7A 5P8KA 4OBHA 5KR8A 5P05A 5OYRA 5P7IA 4Y3QA 2ASIA 5P7LA 5P42A 4IVSA 5HE7A 3OAGA 3MSLA 2QAKA 4Y4DA 1RNEA 5P6PA 1NPVA 3O9BA 1T3RA 3K5FA 3SABA 3TPRA 2P3DA 1XE5A 3DV5A 3SA4A 5P5DA 2Q55A 2QZLA 3S2OA 2PH8A 3UTLA 5P1TA 4EXGA 5P3BA 4MC1A 5P3UA 5P1JA 2ZHUA 2PMAA 4HLAA 1XDHA 3FNSA 3OGQA 3TLHA 1T7IA 2AOGA 4QJ9A 5P2VA 5P3VA 4Y5NA 4Y47A 2QD8A 4PZWA 5P0IA 5P87A 5P6BA 4GJBA 5OZFA 5HE5A 5P1UA 3GI4A 4QJ6A 5P0WA 2NTRA 2G1OA 1T7KA 5P7OA 1E5OE 3DCRA 3LZSA 2WEAA 4DUSA 1AJVA 5P8HA 2P8HA 5P88A 5BWYA 2VA5A 4RRSA 2B60A 5P76A 1DAZC 4Y5MA 2RKGA 4NPTA 3UDRA 5P6VA 5P89A 5P41A 5P67A 3HW1A 3OWNA 3ZLQA 5KQXA 3LIQA 4GB2A 3Q70A 5P6EA 4PYVA 5SXNA 5T4SA 3QAAA 5FIVA 4FM8A 1K6TA 5F01A 2BJUA 1FQXA 3VYEA 3L5DA 3OGPA 5I3XA 3SPKA 3KDCA 4I0EA 2O4PA 2R3WA 2VJ9A 5P50A 3R4BA 6UPJA 3L5BA 3I8WA 1HPVA 4DQGA 4DQFA 4L7GA 3KM4A 5P0KA 3EM3A 3DUYA 2P4JA 2F3EA 1HPXA 3QRVA 2QI1A 5P4HA 4JPEA 2ZHVA 3MWSA 1XL2A 2P3CA 4RCDA 4Y38A 3EKPA 2O4LA 4APEA 5P0AA 1ZTZA 3ST5A 1TCWA 3UDKA 1C70A 1ODWA 1AM5A 4PPHA 3SQFA 3UQRA 2G27A 4YCYA 5P5EA 5P5RA 5P8JA 4L7JA 5COPA 5P4MA 4FS4A 3GI6A 5P6LA 5OYUA 4R93A 2H6SA 4AMTA 3WZ7A 3GGUA 5P4IA 2H6TA 2QNPA 5P4FA 5P8MA 2IDWA 5P4QA 6FIVA 5P5QA 2V12C 4MC9A 2OHTA 5P83A 2VIZA 2JXRA 5KR2A 5HDXA 5I3WA 4OC6B 4ZSQA 2VA6A 3H0BA 2HC0A 5P3RA 3CICA 1K1UA 5AH8A 4CPRA 3BVBA 4ZPEA 4BELA 3URIA 5P4RA 2WEDA 4Y35A 2B8LA 4Y3GA 4DJQA 4OD9A 1HEGE 3R0YA 2RENA 3IVHA 4AA9A 3IGBA 1OEWA 4ZPGA 2ER0E 2PYNA 2OHMA 5DQ1A 5P0CA 3NYGA 3VG1A 1KJFA 3KFRA 5KQYA 2FS4A 5P7JA 5P4DA 1ZAPA 4GMIA 5P1XA 5P7BA 4FRJA 4TRYA 4B0QA 2QD7A 2VNNA 5P3DA 3K5DA 5P0GA 5P0SA 3TPJA 3N3IA 2PH6A 3R1GB 3IN4A 5P1NA 5P34A 5KQZA 2IEOA 1G6LA 5P5PA 5HDVA 3K5CA 5P64A 2UPJA 1IDBA 3LIZA 4GJ5A 4B72A 5OZ7A 4L1AB 5P7PA 5DR1A 4Y3MA 1SDVA 2ZJNA 3GGVA 1Z8CA 5P84A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4DJU A;  4RVJ A;  3PBD A;  4FCO A;  5P0T A;  2NMZ A;  2B8V A;  2PC0 A;  3S53 A;  5P5N A;  5P2H A;  5P7X A;  2A4F A;  1APW E;  1W51 A;  4HA5 A;  4HDP A;  4ACX A;  2HIZ A;  3BHE A;  5P3N A;  2AZB A;  1BVE A;  4Y6M A;  1BVG A;  4LXA A;  5OZ6 A;  2WF0 A;  3OQ7 A;  4QJA A;  5P3J A;  5OZU A;  5OZ8 A;  4EYR A;  3O9E A;  5P0B A;  5P02 A;  5P0P A;  2CEN A;  1EPQ E;  2ZJK A;  5OZM A;  5P86 A;  4Q5M A;  3TKG A;  3FV3 A;  3SM2 A;  5P6D A;  4GJC A;  5P2T A;  5P0X A;  4OC6 A;  5P2L A;  2O40 A;  1KJG A;  1FG6 C;  3KF0 A;  2QMD A;  5P2J A;  2BPV A;  2HPF A;  3KDD A;  5P6W A;  3EBZ A;  7HVP A;  4J1C A;  5P3I A;  4L6B A;  3NU5 A;  4U8W A;  5ER1 E;  1FFI C;  5P3C A;  3UCB A;  2NXL A;  4RCF A;  1B6M A;  4DVF A;  3PWM A;  5P4Y A;  5P4A A;  3CKT A;  5P2F A;  2AOC A;  3EL4 A;  4DJO A;  3NDT A;  4DJX A;  4AUC A;  5P85 A;  5P52 A;  4DJW A;  5P7U A;  2PSG A;  4Q1W A;  5OZ2 A;  3TPL A;  3D1Y A;  5DGW A;  3TH9 A;  5P2W A;  2BQV A;  2QI5 A;  5C9D A;  5P6Z A;  3PI5 A;  3OXV A;  3GI0 A;  3CYW A;  3MSJ A;  5P75 A;  1C6Y A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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