3PI0A

Endothiapepsin in complex with a fragment
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Endothiapepsin
publication title A small nonrule of 3 compatible fragment library provides high hit rate of endothiapepsin crystal structures with various fragment chemotypes.
pubmed doi rcsb
total genus 86
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2010-11-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3pi0A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3pi0A01
5P2FA 4Y45A 2NXLA 1XL5A 3O9CA 1MT8A 3OWNA 2SAMA 3D20A 4MC9A 4PPHA 5P50A 4UPJA 2ER6E 5F01A 3KT2A 3BXRA 5P03A 5P0TA 3GW5A 5DGUA 5P0MA 5OZOA 5P2LA 1XE5A 1A8GA 1XE6A 4CP7A 3PJ6A 4Y50A 5P3LA 5SY3A 4GJDA 1QBTA 1HOSA 5P3DA 1XN3A 1APWE 5P07A 3S54A 5P57A 3F9QA 4YOAA 3EC0A 1MERA 4F73A 1D4LA 1MESA 5P3JA 3QN8A 3UCBA 4Y3AA 5OZQA 3KMXA 4Y5PA 3R4BA 3BUHA 3UF3A 3TPJA 3EL9A 5P2WA 3SAAA 5P0PA 1EC1A 2O40A 1GVVA 2VNNA 2HB2A 5P7HA 1B6MA 3L5EA 5P26A 4D88A 2BKSA 1K1UA 1SGZA 3OU4B 5P0YA 1HSIA 4TRYA 1ZLFA 4IVTA 1BBSA 4RCEA 4BFBA 2NMYA 4GJAA 3URIA 3NU6A 1QS8A 5P67A 5P89A 3OHHA 3JVYA 4XX3A 2HS2A 5OZ5A 4M8XA 1AZ5A 4Y3LA 2I4WA 5P2UA 1EPLE 3OY4A 5P38A 2AOGA 4DPFA 1HVKA 2NMZA 2ZJKA 1EC3A 5P1RA 4M8YA 2NXMA 3DJKA 5P1ZA 5P2XA 2NR6A 5P8VA 2VKMA 2Z54A 5P8RA 5P6ZA 3FNUA 1LYWB 5P1CA 3SPKA 1HIIA 5P7GA 5DGWA 3APRE 1KJGA 5HD0A 3H0BA 1NPAA 5I3WA 3WZ7A 3U6AA 1ME6A 5P15A 1A9MA 1BVGA 3KDBA 5KR8A 2NNKA 3HVPA 5E5JA 5P6KA 5DR3A 5OYZA 5P1HA 2WF1A 2ZGAA 1K6CA 1CMSA 3EKXA 4DJQA 5P84A 3UQUA 1B6LA 5P8PA 1KJFA 3OXVA 5P01A 4X7IA 3U7SA 1HXBA 5OZBA 3VSXA 2IEOA 4DPIA 4ER2E 3KN0A 4CPSA 4Y39A 5P58A 3EL1A 5P2ZA 1F34A 2G1SA 1MT7A 5P2NA 4CKUA 5P3YA 3NU3A 5P11A 3NUJA 3NYGA 4EP3A 2J9JB 3AIDA 3T7QA 2FGVA 3NWXA 4H1EA 3C9XA 2OHSA 2FDPA 4OBJA 3ZPSA 2ZHRA 4RYGA 5P5NA 3PGIA 3PEPA 4FM6A 3OTSA 1HSHA 3I6OA 5P0QA 3GI6A 3KFSA 3IA9A 3S8IA 3AUPA 4EHCA 5P7MA 3OQAA 4YD6A 3SO9A 5P4JA 3UQRA 3URLA 1MIQA 2AVMA 5P7CA 4DQCA 2VIJA 3B7VA 5P1QA 2F3FA 2R5QA 1AM5A 3OOTA 1A8KA 3K4VA 2IKOA 5P0LA 1C6ZA 3ZKSA 3IXJA 2A4FA 5HCOA 5P72A 2R3TA 4Y3NA 3QS1A 3A2OA 4E43A 5P1UA 5P7WA 4F74A 2VNMA 2B7ZA 5P3UA 3TOGA 3VFBA 2BPVA 3RU1A 3UQPA 2ZJLA 3EKQA 5P4WA 2PWCA 2FIVA 4Y4ZA 3UPJA 5P30A 3S56A 1HPOA 5P5WA 2I0AA 3O9BA 1HPXA 3INHA 3TOHA 5P1BA 2P4JA 5AH7A 2AVQA 2HC0A 3PLDA 5P4QA 5P1WA 5P7TA 5P0BA 1LYAA 5P52A 5P8LA 3PLLA 5DQ1A 5P8JA 1BVEA 2FNTA 5OYYA 3LHGA 1UPJA 3ER5E 3S7MA 4CPQA 3EKYA 5P6LA 3LIYA 4K4QA 3GGVA 1BAIA 3DOXA 2HPFA 4TRZA 3GGXA 1LYAB 2F3EA 1HVCA 2I1AA 2VJ7A 5P12A 1HVSA 2P8HA 4EXHA 3WB4A 4FCOA 1DW6C 4Y3FA 4Q1WA 1K6PA 4L1AA 4Y5LA 2FDDA 4OBGA 2QAKA 4I10A 4Y4GA 3ZKIA 3QRSA 2F80A 5P51A 5P3SA 4YA8A 4H3JA 3SKFA 1YTHA 1JLDA 4I0JA 1SDTA 1SDVA 4K9HA 5P32A 3SA7A 4L1AB 1C70A 1XS7D 4Q1XA 5P6AA 2QNPA 2BPXA 3T7XA 5P4OA 4J0VA 1EPME 3PM4A 3EKPA 5P88A 3TNEA 1HVLA 3R0YA 5P0WA 5P7OA 4DQBA 3FV3A 2HIZA 1M4HA 2QU3A 2R8NA 5OZZA 2FDEA 5OZCA 2A1EA 1W50A 4Y4UA 5KAOA 3LNKA 4I1CA 5P0IA 5P5KA 1PROA 2QI4A 1FG8C 2FS4A 2VA6A 1AJVA 4TVHA 5P85A 2B8VA 3QVCA 1HPVA 4DVFA 4A6BA 5P7KA 1OHRA 5DR0A 1YG9A 5P05A 1K2CA 4NPUA 1NH0A 3L3AA 2B7FA 5P6RA 3NDTA 2JXRA 4HEGA 4GJ6A 1EBZA 2F8GA 1TSQA 4DJXA 4Y5CA 3S53A 4DJYA 4JPCA 1BDRA 4ACUA 1LYBA 2UXZA 3TL9A 1BV7A 1LF3A 3NR6A 4H3FA 5P1GA 6APRE 2P3AA 3ZKQA 3EKVA 4YCKA 1FQ4A 3K5DA 4FRSA 5P4BA 3GGUA 1BV9A 1Z8CA 4Y5NA 5P5RA 3PMYA 3NDUA 1ZSFA 3LIXA 4YD7A 5I3YA 5P6FA 3HBOA 2PSGA 1HTGA 5P6YA 5OYTA 4QJ2A 4Q1NA 2AZCA 2OHLA 1YT9A 5OZ1A 2F3KA 2V0ZC 5P6UA 5KQYA 3K1WA 2B8LA 2OHKA 3Q5HA 4Y38A 5P4XA 5P7IA 5OZ7A 1HBVA 1MTBA 2H6TA 1DAZC 3MWSA 5P7RA 2QI5A 2V00A 4JECA 3OQ7A 4FAFA 5OZ8A 2H6SA 2WF4A 3APPA 3L58A 2PH8A 5OZWA 5P4CA 5P2OA 1APTE 4ZSPA 2PYMA 1MRWA 5P1PA 4DJRA 4HA5A 5P6MA 2IENA 3SACA 5P48A 4LXKA 5P76A 3OQFA 3VCMA 5P16A 2PSVA 3UDNA 1K6TA 4Y3PA 5P47A 4F76A 4OBDA 3DCRA 5P3QA 5KQXA 3NU9A 5P8AA 1FQ8A 3HAWA 5P3VA 4EQJA 4Q1YA 5HTZA 5P40A 5P8TA 5P6DA 4DV9A 4AA8A 1ER8E 2J9KA 3KDCA 3OU1B 3ZKNA 1FFFC 2QNQA 3NXNA 2OHNA 2OHTA 4HDBA 1HRNA 3QRMA 1HTEA 5P7VA 3T7PA 3NDXA 5KR1A 4AZYA 1W5VA 2Q64A 4HDPA 5P5XA 1HEFE 4H3GA 4FM7A 3JVWA 1ENTE 2O4PA 3LZVA 4DQEA 1GVWA 3MXDA 5P6IA 1EPRE 1MEUA 1GNMA 1FLHA 2QHYA 4PEPA 1G2KA 3HZCA 3TLHA 1M0BA 4APRE 3GGAA 4S1GA 5P6VA 4U7VA 2P83A 3ZL7A 3LIZA 1VIKA 3VV6A 2Q3KA 5BS4A 2R5PA 5IVSA 1OEWA 3OXWA 5P5YA 5P71A 3L59A 1C6XA 1IZIA 1TSUA 4CPXA 5I70A 2CENA 3L5DA 5P00A 3KA2A 1EPNE 1HVRA 2XYEA 2VJ9A 2AVOA 1NPVA 2RKGA 5P4KA 1HVHA 1HVIA 4Y3EA 4DJWA 5OZMA 2O4KA 2HB4A 4I0FA 3O9FA 4QJ9A 3OUCA 3IVHA 2AOHA 1ZPAA 2IKUA 1XL2A 2V10C 4DH6A 4I0IA 1FB7A 5BWYA 5P4HA 5P4YA 5JG1A 3TPPA 5P8GA 5P2SA 4ZSMA 2BPZA 5P0ZA 2BPYA 3IXOA 5P0XA 5P1VA 5P0HA 5P6TA 1OD1A 2HM1A 2V13A 5P35A 5P7ZA 1T7KA 1XN2A 4K8SA 4BEKA 4B78A 1D4JA 5OZHA 2XFKA 3UQWA 4I0DA 5P28A 2FLEA 4GMIA 2ER0E 4FS4A 1YTIA 2WEZA 5P8OA 3OUAA 2F81A 2O4LA 5P2QA 5SXNA 1IZEA 5P3BA 4HLAA 4D89A 3PHVA 2QHZA 3SFCA 4ZLSA 4CPRA 4EJ8A 2VA5A 5DR8A 5OYQA 5P2JA 3QROA 3UDYA 3Q70A 5OZ4A 4NKKA 3TPRA 2G1OA 5OYVA 5P5AA 1UH8A 5ENKA 3L5BA 2BQVA 4YHQA 4DJVA 4GJ5A 3ZPUA 4J0TA 4DI2A 3QBFA 1MSMA 3HW1A 3PSUA 3ER3E 2QMDA 4LC7A 5P3KA 4Y5GA 5DR1A 2I4XA 4B00A 2ZE1A 5AGZA 3PBZA 3TKGA 5DQ4A 5P1YA 3OK9A 5P6PA 4QGIA 3S2OA 1W5WA 2G21A 5P39A 3ZOVA 5P8BA 4I0EA 5P3OA 5P1OA 4NJTA 5P5LA 2JJIA 1MRXA 3R0WA 1SIVA 4QJAA 1T7IA 2OHMA 5P17A 3ZMGA 4FRKA 5P10A 2AQUA 1G6LA 1FQ7A 2IDWA 3IXKA 5P49A 1W5XA 5P8SA 5P4VA 2WHHA 2WF0A 5CLMA 2UPJA 3BC4A 6FIVA 4YD3A 3IGBA 3H5BA 1K2BA 5OYUA 5P6QA 2NXDA 5P5GA 5P7NA 5OZNA 4Y5BA 5P5HA 2WECA 5P5JA 4EJDA 3CKRA 2QI0A 3EM6A 2QMFA 3UDQA 5P45A 1ZAPA 3EBZA 4GJBA 3ZLQA 5P7BA 3INDA 3MSKA 3SA8A 2PYNA 5P6GA 5P4LA 3KFRA 3BUGA 5SZ9A 1HTRB 4Y44A 4DQFA 1EAGA 3OUDA 5TOLA 5FIVA 4RZ1A 4Y36A 5P0EA 4J0YA 1WBMA 5P1EA 1D4IA 4GJ8A 5P3FA 5P8IA 3BGCA 3NWQA 2IGYA 4AMTA 5P56A 4DQHA 1G35A 1KJ4A 5P4NA 3U71A 3RTMA 4A6CA 3HAUA 5P6JA 4GZFA 4L7HA 2VA7A 5P3PA 3OUDB 4Y3MA 5P0RA 1E80E 5P6OA 3PB5A 4ACXA 5PEPA 3VFAA 1ZPKA 3N4LA 4EJLA 3N3IA 2OHUA 2P3DA 5P5IA 1B11A 9HVPA 2FNSA 5P4GA 1BDLA 2XYFA 1Z1RA 3OGPA 3OQDA 4U8WA 3RSXA 3D91A 4CMSA 4RYCA 5P2BA 1T6GA 4BELA 1FQXA 5P69A 3BVAA 5P2EA 2APRA 2WEBA 5P2IA 1GVTA 1EPOE 4HZTA 4OBKA 5P82A 4RVXA 1QBUA 4NJVA 5P0CA 3WZ8A 1AAQA 4L6BA 4Y4EA 6UPJA 5APRE 1HSGA 4ER1E 2O4SA 4Y5EA 5P70A 2P3BA 2QI7A 4Y51A 1TW7A 2AZBA 5I3XA 2ZHTA 4YDGA 3IN3A 3HD8A 3O9HA 4OC6A 4R5NA 3ZKMA 3EXOA 4ZPEA 5OZIA 1AJXA 1PSOE 2VIYA 5P0KA 1GNNA 1YX9A 4Y3HA 3S7LA 5P5VA 5P13A 1M43A 3L5CA 1DPJA 2PQZA 1FGCC 5C9BA 4HVPA 3VF3A 4OC6B 3UHLA 4B70A 3NXEA 5P6HA 1IBQA 1YM2A 4I8WA 3PWRA 4X2LA 5P3CA 1LZQA 1XDHA 5P4MA 3QP0A 5P60A 1F7AA 5DQ5A 3EM3A 5P8UA 5P1XA 2AVVA 2I4DA 5OZ9A 4YD5A 3EL5A 3LZSA 3CIDA 4YCYA 4OBZA 4KE1A 2BJUA 3K5FA 5OZ6A 1YTGA 2I4UA 3HVGA 4Y4TA 5CONA 4R91A 5P33A 2G1YA 3TPLA 1MPPA 5P5ZA 1PSNA 4DFGA 4J17A 5P65A 1QBSA 4Y57A 4OBZB 3MXEA 2WL0A 4J1KA 5P2KA 5P8KA 5JFUA 4Y3RA 2Q11A 5COPA 4Y4JA 5IVTA 5P54A 1LV1A 1IVPA 3CICA 4Y5MA 2WF2A 5P25A 5P0VA 2AOCA 4DQGA 5P29A 5P5UA 1NPWA 4Y5AA 5P06A 5P79A 3HLOA 4LP9A 5ER2E 5P2MA 5P4FA 5P4ZA 5P2HA 1RPIA 4ZE6A 2R43A 1RV7A 3PCWA 2IL2A 2ZJHA 2ASIA 2G1NA 5P68A 5P63A 4GYEA 5P44A 3D1ZA 3LZYA 3VSWA 3DK1A 3OOZA 5P5SA 1SMRA 3D1XA 5EZXA 4RLDA 1BWBA 3FNSA 5P5CA 2QD8A 3I25A 5KR2A 3LIQA 1W6IA 3Q4BA 5P3GA 2I0DA 4LHHA 3FSMA 3VEUA 1B6PA 3R1GB 5OYXA 5P4IA 2HAHA 1LYBB 2FMBA 4XX4A 5P66A 3UTLA 3ZPTA 2NTRA 4Y3WA 2BBBA 1IDBA 4J5JA 1MVPA 3KFNA 3EKTA 3PWWA 5P3TA 5P5FA 5P8DA 4Y4DA 3OU3A 5P42A 1EBWA 1ZJ7A 2RENA 5P5TA 1LF2A 3SA6A 4JPEA 4ZSRA 1AXAA 1SDUA 1DIFA 3T11A 5C9FA 3KM4A 4ZPGA 3BHEA 2AOEA 2PWRA 4B1EA 4KE0A 3UFNA 1E5OE 3OAGA 5EZZA 3RTNA 3WZ6A 1HEGE 3BRAA 5P3MA 4J1CA 1QDMA 3QRVA 4Y58A 2AIDA 4J1HA 5P7FA 2JE4A 5P7JA 1ODXA 5JODA 3GI0A 3PBDA 2JJJA 1YM4A 1IIQA 3QAAA 2V11C 4Y3ZA 5P5BA 5P74A 5P6NA 2XFIA 5COOA 2CEJA 2VJ6A 2ANLA 4R92A 5P46A 1APUE 2AOFA 5P34A 1BXOA 4GJ9A 3DUYA 3M9FA 1IZDA 3SM2A 3SLZA 3KDDA 2VIZA 3QIHA 4Y6MA 5OZ2A 3EKWA 4WY6A 5P2DA 4R93A 3CYXA 1EEDP 3GI4A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P2F A;  4Y45 A;  2NXL A;  1XL5 A;  3O9C A;  1MT8 A;  3OWN A;  2SAM A;  3D20 A;  4MC9 A;  4PPH A;  5P50 A;  4UPJ A;  2ER6 E;  5F01 A;  3KT2 A;  3BXR A;  5P03 A;  5P0T A;  3GW5 A;  5DGU A;  5P0M A;  5OZO A;  5P2L A;  1XE5 A;  1A8G A;  1XE6 A;  4CP7 A;  3PJ6 A;  4Y50 A;  5P3L A;  5SY3 A;  4GJD A;  1QBT A;  1HOS A;  5P3D A;  1XN3 A;  1APW E;  5P07 A;  3S54 A;  5P57 A;  3F9Q A;  4YOA A;  3EC0 A;  1MER A;  4F73 A;  1D4L A;  1MES A;  5P3J A;  3QN8 A;  3UCB A;  4Y3A A;  5OZQ A;  3KMX A;  4Y5P A;  3R4B A;  3BUH A;  3UF3 A;  3TPJ A;  3EL9 A;  5P2W A;  3SAA A;  5P0P A;  1EC1 A;  2O40 A;  1GVV A;  2VNN A;  2HB2 A;  5P7H A;  1B6M A;  3L5E A;  5P26 A;  4D88 A;  2BKS A;  1K1U A;  1SGZ A;  3OU4 B;  5P0Y A;  1HSI A;  4TRY A;  1ZLF A;  4IVT A;  1BBS A;  4RCE A;  4BFB A;  2NMY A;  4GJA A;  3URI A;  3NU6 A;  1QS8 A;  5P67 A;  5P89 A;  3OHH A;  3JVY A;  4XX3 A;  2HS2 A;  5OZ5 A;  4M8X A;  1AZ5 A;  4Y3L A;  2I4W A;  5P2U A;  1EPL E;  3OY4 A;  5P38 A;  2AOG A;  4DPF A;  1HVK A;  2NMZ A;  2ZJK A;  1EC3 A;  5P1R A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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