3PJ6A

Crystal structures of multidrug-resistant clinical isolate 769 hiv-1 protease variants
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPVVTIKIGGQLKEALLNTGADDTVLEEVNLPGRWKPKLIGGIGGFVKVRQYDQVPIEICGHKVIGTVLVGPTPANVIGRNLMTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords HIV protease
publication title Contribution of the 80s loop of HIV-1 protease to the multidrug-resistance mechanism: crystallographic study of MDR769 HIV-1 protease variants.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-11-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3pj6A00
1FIVA 4Y50A 1D4HA 1W5YA 3LINA 5P3UA 7UPJA 4EXGA 3NU6A 3TLHA 3HVPA 2AZ8A 2QP8A 5OZJA 3VEUA 5AH9A 5P8VA 1SMEA 3ZL7A 3VCMA 4A6BA 4DI2A 2Z4OA 3OQAA 1MRXA 1WBMA 2NNKA 3NXNA 3TOFA 4Y36A 3A2OA 2F8GA 4XXSA 5KQYA 4OD9B 2P3DA 5HU1A 3S7MA 5P8LA 1FQ5A 4JOOA 4L1AA 1IZIA 1HSIA 3K5GA 3TOGA 4RRNA 4KE1A 2QI7A 5P4XA 5P0LA 4GIDA 3QBHA 5HDVA 5P4VA 5P4LA 4Y4WA 3Q4BA 1FG8C 3INHA 2P3BB 3WZ8A 2O4SA 3HVGA 3SKFA 2VNMA 3LPKA 4Y57A 5KAOA 5ER1E 5P2YA 4Y38A 3PBZA 4AUCA 5P4CA 4FSLA 4Y3PA 3WB4A 5P46A 1K2BA 3L5CA 1BXQA 1G6LA 1SIVA 5P2MA 4Y5MA 5P7AA 3PHVA 2BPZA 2NTRA 5P6GA 3MXEA 2BB9A 2VJ9A 4AMTA 1WBKA 2JYSA 5UPJA 3ZKSA 2NR6A 2NMYA 3APPA 4GB2A 3T7QA 3SA6A 3GGXA 2VNNA 1HXWA 5AH7A 3NYGA 3TTPA 4GJ9A 4Y56A 5DR8A 3GI6A 4Y3XA 5P16A 1MUIA 5P3TA 4Y4AA 4HZTA 4R5NA 4J1EA 4Y3RA 1D4JA 2ER7E 4Y5AA 4Y3WA 5P8TA 2Q55A 4GJ7A 4H3FA 5P5QA 5P8HA 5P36A 2QU2A 2AOEA 2QNPA 3VV7A 4LC7A 3LNKA 1IZEA 3RU1A 5P13A 3UDJA 3KT5A 5P51A 2WEZA 5KOSA 4JECA 1BWAA 3G6ZA 2VIYA 5HDXA 4J0ZA 1AXAA 4Y4DA 5HDUA 1RNEA 3KFPA 4QJ2A 9HVPA 1G2KA 5P3ZA 4RCFA 4Y4UA 3KMXA 3EC0A 3UQWA 3I8WA 3URJA 3OUDA 5P2ZA 4GJCA 2WJOA 3Q6YA 3PI0A 5E5KA 1HVLA 4Y3NA 1EC1A 1HRNA 3SO9A 5P6HA 3TH9A 3ZPUA 3N3IA 5OYWA 2QK5A 5P2AA 5P3DA 5C9BA 3O99A 5F00A 3O9BA 2QZLA 4HEGA 4JPEA 2PWCA 3ZKXA 5ENKA 5P6VA 5P82A 2ER9E 4PZXA 4KUPA 2J9KA 1M43A 2ZHRA 4DJRA 1T7IA 3UQPA 1YG9A 4CPRA 3L3AA 4BFDA 4YCTA 3R0YA 2Q15A 4I8ZA 3ER3E 4HDBA 3S2OA 4Y5LA 1MT9A 5AGZA 3JVYA 4GMIA 4EJLA 5OZGA 2FNSA 4FSEA 5TOLA 5P1IA 1OEXA 4RZ1A 1CPIA 2WF2A 3FNTA 5P6ZA 1HBVA 5P1EA 2Q5KA 5P75A 4DQEA 3DCRA 2F81A 3OK9A 2R8NA 3GI0A 5P5MA 4APRE 3SKGA 5P45A 3PCZA 5P6FA 5BS4A 3VLAA 1RQ9A 5P7BA 1C6XA 3BXRA 2JJJA 1MRWA 3PGIA 1TCXA 5P7TA 5P0FA 3QAAA 1C6ZA 3KMYA 3O9DA 3PM4A 5OYUA 5T4SA 2PH8A 5P8EA 1W6HA 2ZJLA 3OAGB 5BWYA 2F80A 1BV7A 3VFAA 5P7RA 2P3CA 2UY0A 4YDFA 5P6KA 5OZLA 5P6PA 5P4QA 3FNUA 5P0RA 6UPJA 3D1ZA 4R91A 5P17A 1HHPA 3APRE 3UQXA 3CIBA 5P1ZA 3OWNA 1HVHA 2AVMA 5SY3A 1YX9A 2Q54A 3EM6A 4AA8A 2I0AA 1PPKE 5P5WA 1FQ6A 4CKUA 1HIHA 5P4ZA 3O9FA 3B80A 4CPXA 1EPPE 3S54A 3OADA 3BUHA 4D85A 3TOHA 4FIVA 2P4JA 5P5XA 1FGCC 1QBTA 5P7GA 4WTUA 5P0UA 5P3WA 4Y3QA 1YM2A 3Q70A 5P15A 5P5CA 2FS4A 5P29A 4ZSRA 3OQDA 5CLMA 5OZIA 4J1HA 5P2FA 5OZ8A 1M0BA 2BPYA 4Y5BA 2B8VA 4DJQA 2AOHA 3LIYA 1EPLE 1BDQA 1SDUA 5P8MA 4B1EA 2OHKA 5P6EA 5P7KA 1ZLFA 4QJ7A 5OZFA 4BELA 1EPME 5P88A 4I1CA 1BWBA 2H6TA 2QHZA 1BAIA 2ZHVA 3O9IA 1KZKA 3QVIA 5P1YA 3K5FA 3NUJA 5P49A 1PSNA 4FLGA 2WF0A 3FV3A 4YA8A 4FRSA 5P5AA 3FIVA 3PI5A 1MIQA 3SA9A 1EBWA 1HPXA 1HWRA 2QZXA 1B6LA 1VIKA 5P7FA 2FXDA 1MT7A 5P8AA 5SZ9A 5P05A 1K6TA 5P8CA 3CKTA 5P71A 5PEPA 5P8DA 3AIDA 3SA5A 5P2QA 2ASIA 3KDCA 2HPEA 1HIIA 5P3XA 4B77A 3R4BA 1PPLE 3UDMA 1NSOA 5P1SA 1QS8A 5P4IA 2IENA 3VUCA 2G21A 2IDWA 4U8WA 4DPFA 5P3GA 4HDPA 5SXNA 5P8RA 5P7YA 5P1QA 4B70A 2I4WA 4XKXA 2A4FA 5P0IA 5P2HA 2I4VA 1BDRA 1IBQA 2O4LA 3EKQA 4DH6A 5P04A 2V13A 1ZP8A 4S1GA 2OHUA 3IGBA 4DJXA 5OZEA 2QI4A 3G72A 3EL0A 5P37A 1DAZC 1QBUA 1HEFE 1D4KA 4Y5EA 5P2WA 2BJUA 5P11A 3BGCA 4NJTA 5P54A 3T3CA 1XN2A 4GYEA 5P3MA 2VS2A 2QU3A 2R43A 1LYWA 3UQRA 2H6SA 5P52A 3BUGA 3KN0A 5OZ4A 4J0VA 3ZKQA 3PCWA 2G20A 5P0HA 5P5UA 4I12A 2AOGA 4OC6B 5P0VA 3EL4A 2PSVA 2NMZA 3EL1A 4R95A 4EP3A 3CKPA 3IN4A 3ZKMA 4Y53A 3NU3A 5P41A 2RENA 5P4JA 4F73A 5P1MA 5P1GA 2QI5A 5COOA 1EEDP 2G1OA 5P73A 5P5ZA 4LP9A 1SBGA 3UDNA 3PSGA 1LYAA 3IVIA 1EC3A 1ZJ7A 1K1UA 5SY2A 1MSMA 3VYDA 1BIMA 3PBDA 4ER2E 5P0MA 5ISJA 4X2LA 1W5XA 1NPVA 3ZKNA 2PK5A 2HAHA 1LF3A 2AVSA 1SMRA 5OZUA 1SIPA 2G94A 4J1FA 3SA3A 5P0AA 4Y43A 4QJ9A 4Y3FA 2B60A 2B7ZA 5P5NA 4ZIPA 2PYNA 5DGWA 4Y5PA 5P5LA 5P8QA 1PFZA 4DJOA 4YOAA 4MC6A 1ODXA 3RTHA 4F76A 1EAGA 4E43A 1ME6A 5ENMA 4RCDA 5KR0A 4HLAA 2ANLA 1APVE 2G27A 1XL2A 1XE5A 3IXKA 5P7SA 5OZNA 5P28A 3UHLA 5P35A 3URIA 1E5OE 1YT9A 4YOBA 3NU9A 5P3CA 1ZSFA 5IVQA 2R9BA 4PPHA 4FCOA 1E80E 5P6OA 3CICA 1DPJA 2PQZA 2XYEA 3DK1A 4GJ8A 1Z1RA 1HVRA 3I2LA 1T7KA 1EPOE 2O4PA 4B1DA 4EQJA 3EKTA 3O9LA 4ZSQA 5KQFA 3Q3TA 3OGPA 5P31A 4J1IA 3OXCA 3LZVA 5P3AA 1A8GA 1FB7A 5P3VA 4OBZB 3DUYA 3TKGA 3GGAA 4K4QA 5OZZA 3L5FA 3S43B 4FL8A 3OUBA 1CMSA 4DJVA 2G1RA 5P02A 3I6OA 3KFSA 3R2FA 3SQFA 3ER5E 2OHMA 4QJ8A 3S53A 5P8SA 3EKXA 4PEPA 5P5PA 3U7SA 1T7JA 1D4IA 4EJKA 4FAFA 4R93A 3TPJA 5P5SA 5P2DA 5P1KA 1HSHA 2I0DA 5KR1A 2G22A 3BVBA 1EPNE 1TQFA 5P2EA 3LPJA 4YHQA 3NLSA 5P1FA 3H5BA 4KB9A 3OXVA 1ENTE 1B5FB 1KJHA 5P3EA 5OZ3A 1Z8CA 2R3WA 4Y4ZA 5P2IA 2HS2A 3KT2A 4RYCA 2ZJHA 3SM1A 3L5BA 1F7AA 4Y37A 4Y54A 2CENA 2FNTA 5P3QA 2G1SA 3NDTA 4Y3EA 1C6YA 4OBDA 1GNMA 4K4PA 5P0ZA 1TSUA 4H1EA 1D4LA 4APEA 3N4LA 4YCYA 5COKA 2F3KA 2OF0A 5P18A 4Y45A 4F75A 1AVFA 1FQ8A 2AOFA 1NH0A 4HVPA 5P7WA 4GJ6A 4R92A 3QBFA 5CONA 2AIDA 3G70A 4LBTA 2IGXA 5P1WA 3OOZA 2BKSA 3S8IA 2IQGA 3LIXA 5P59A 4FM7A 5P4PA 5B18A 5P2RA 4Y3LA 2P3AA 1SDTA 5I3VA 1VIJA 2HC0A 1YTGA 2I4UA 2AZBA 5P55A 1SP5A 3OU1A 5P7PA 1XE6A 4BFBA 2OAHA 2Q64A 4H3IA 2QHYA 5P2SA 1EBKC 4D88A 1MEUA 4DQCA 5P4MA 3H0BA 5P58A 4COEA 1FQXA 2VIJA 1QBRA 2UXZA 4DUSA 3VYFA 3CYXA 1GNOA 2WF3A 2AOJA 4I0GA 1HPSA 3BGBA 5P43A 3QVCA 5P0GA 1U8GA 1XL5A 5P0DA 5P86A 3DOXA 1META 1QRPE 1HVIA 5P7OA 5P19A 5P3BA 2ZJKA 3VV8A 4J1KA 4L1AB 4LXKA 2BPVA 4MC9A 5P3OA 3D3TA 5OZAA 5P10A 5P79A 3QN8A 5DR0A 1FQ4A 2FIVA 3CMSA 1K6PA 4J55A 3EXOA 3NSHA 5P6YA 4L6BA 4RRSA 3D1XA 5EZXA 3SA7A 3HD8A 4Y3GA 5P5FA 1HXBA 5AHBA 1T6GA 4ZLSA 3R1GB 5P4YA 3TPRA 5P0JA 2ER6E 4R8YA 4XX3A 3OXWA 5P67A 4ACUA 4DJWA 5P3LA 5P61A 2QZWA 4Y39A 5P6JA 1HTGA 1EC2A 1KJ7A 2HPFA 1UH7A 1ODYA 5P5RA 4DQGA 4CPTA 4QLHA 1MERA 5P39A 2HM1A 3VF7A 3OU4A 2PH6A 5P1HA 3ZMGA 2OHRA 5P50A 3KA2A 5P48A 2ZJNA 5P30A 3O9EA 3LITA 1GVVA 2BQVA 7HVPA 5P3KA 5P6UA 5P7XA 5OYYA 5P5DA 3OUCA 4OBFA 4Z22A 1HVSA 5P6WA 1HVJA 1LV1A 5P76A 4J54A 3GI4A 4NJVA 5P60A 5P3RA 4EPJA 2AQUA 4CPWA 5P53A 4CP7A 1FMXA 2R5PA 2ZHUA 3TPPA 4DQFA 5P0YA 2IRZA 5P7CA 1PROA 5DPZA 2FLEA 1JLDA 5C9FA 5EZZA 3EKWA 2Q3KA 4J0PA 3UDRA 5P1CA 1DP5A 1ZTZA 1LS5A 1BXOA 3QP0A 1FFIC 2PSUA 4DJPA 4FS4A 3OUAA 5P1TA 1T6EX 5P84A 4LAPA 5P1AA 5P5IA 2NXMA 4B78A 5P6NA 5P4SA 4OBHA 3B7VA 1PSOE 5P1LA 1Z1HA 2WEDA 3PWRA 4H3GA 1YTIA 4YCKA 1HTEA 3R0WA 1LEEA 3OUDB 5OZVA 2V10C 5P7NA 4FRKA 4CPQA 2CEJA 3UFNA 3AUPA 5DQ5A 1KJGA 3RSVA 1KJ4A 1HSGA 5P6RA 2CEMA 5P5KA 5OZ6A 3UPJA 4IVSA 3ST5A 2OHLA 1SH9A 4Y48A 4Y5CA 3DCKA 2FGUA 5P7EA 3FNSA 2RSPA 4FRIA 3VSWA 1QDMA 1FQ7A 5BRYA 4DV9A 5P6IA 4CPUA 2G69A 5P87A 1IDAA 4K4RA 3EMYA 3UFLA 3VF5A 2QMFA 3OHHA 5OZBA 2WEAA 5OZHA 3PEPA 3OXXA 5P32A 3EBZA 2QD7A 3UDYA 1TW7A 3U71A 4N00A 1ZBGA 2HS1A 3O9AA 5P6CA 4Q1XA 1D4YA 2IL2A 2J9JA 4QJ6A 2G1NA 1LYBA 3FX5A 4PYVA 2Q63A 1HVCA 3KDBA 5JFUA 4GJAA 5P03A 1NPWA 3ZOVA 3K4VA 3UCBA 5HU0A 2QMPA 4DJYA 3S45A 4Y3HA 5P6QA 2AZ9A 4H3JA 3LHGA 5DR1A 3DV1A 5OZMA 5P26A 4YD5A 4YE3A 1NPAA 5P1XA 4Y4XA 5IVSA 1AJXA 1MSNA 3OQ7A 4RCEA 5E5JA 4RROA 4EHCA 5P5EA 3TKWA 5P5BA 2QAKA 4ZE6A 3SPKA 5I3XA 1EBYA 1EC0A 2JXRA 3URLA 4J17A 1HOSA 5KR8A 5OZQA 1RL8A 3KDDA 4B0QA 3IVHA 3HW1A 3L38A 3IA9A 3OTYA 2PC0A 3ZKGA 3O9GA 4Y5NA 4Y35A 4Y5GA 1Q9PA 3OTSA 5COPA 3LPIA 1DW6C 2G24A 2HB2A 5P2VA 5P8NA 3OADB 5P5OA 3OQKA 6APRE 1J71A 4MC1A 3CYWA 1ER8E 3NR6A 3BRAA 3JVWA 2VA7A 4FM8A 2XFJA 3NU4A 3QIHA 3UDHA 4OD9A 3IXOA 5OZDA 3DJKA 3UTLA 2JJIA 2AVVA 2G26A 4J0YA 5P1UA 4I0FA 5OZCA 4RVIA 2UPJA 2WF1A 4TVGA 3KFRA 3S7LA 3VLBA 2FMBA 1W5WA 3LZSA 2P3BA 2VA6A 5DR7A 3OQFA 1K2CA 2I4QA 3EL5A 4ZEAA 5P57A 1FFFC 1AAQA 5P1OA 3WSJA 3EKPA 1SGUA 1XN3A 4I0DA 3LIQA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1FIV A;  4Y50 A;  1D4H A;  1W5Y A;  3LIN A;  5P3U A;  7UPJ A;  4EXG A;  3NU6 A;  3TLH A;  3HVP A;  2AZ8 A;  2QP8 A;  5OZJ A;  3VEU A;  5AH9 A;  5P8V A;  1SME A;  3ZL7 A;  3VCM A;  4A6B A;  4DI2 A;  2Z4O A;  3OQA A;  1MRX A;  1WBM A;  2NNK A;  3NXN A;  3TOF A;  4Y36 A;  3A2O A;  2F8G A;  4XXS A;  5KQY A;  4OD9 B;  2P3D A;  5HU1 A;  3S7M A;  5P8L A;  1FQ5 A;  4JOO A;  4L1A A;  1IZI A;  1HSI A;  3K5G A;  3TOG A;  4RRN A;  4KE1 A;  2QI7 A;  5P4X A;  5P0L A;  4GID A;  3QBH A;  5HDV A;  5P4V A;  5P4L A;  4Y4W A;  3Q4B A;  1FG8 C;  3INH A;  2P3B B;  3WZ8 A;  2O4S A;  3HVG A;  3SKF A;  2VNM A;  3LPK A;  4Y57 A;  5KAO A;  5ER1 E;  5P2Y A;  4Y38 A;  3PBZ A;  4AUC A;  5P4C A;  4FSL A;  4Y3P A;  3WB4 A;  5P46 A;  1K2B A;  3L5C A;  1BXQ A;  1G6L A;  1SIV A;  5P2M A;  4Y5M A;  5P7A A;  3PHV A;  2BPZ A;  2NTR A;  5P6G A;  3MXE A;  2BB9 A;  2VJ9 A;  4AMT A;  1WBK A;  2JYS A;  5UPJ A;  3ZKS A;  2NR6 A;  2NMY A;  3APP A;  4GB2 A;  3T7Q A;  3SA6 A;  3GGX A;  2VNN A;  1HXW A;  5AH7 A;  3NYG A;  3TTP A;  4GJ9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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