3PMUA

Endothiapepsin in complex with a fragment
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Endothiapepsin
publication title A small nonrule of 3 compatible fragment library provides high hit rate of endothiapepsin crystal structures with various fragment chemotypes.
pubmed doi rcsb
total genus 85
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2010-11-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3pmuA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3pmuA01
4I11A 4RROA 4GJ5A 2HC0A 3NSHA 5P6IA 4Q1XA 5P2DA 2ASIA 4J1EA 2PSGA 2VIYA 1K6PA 4ZPFA 1FQ7A 1MIQA 5P4UA 1M0BA 1IDBA 2VKMA 5PEPA 2VS2A 2ZJHA 5SZ9A 1J71A 4J54A 3N3IA 4RVJA 4YBIA 5P2CA 4DJYA 3BXSA 4CKUA 1CPIA 5P3KA 1B5FA 1PPME 5P3MA 4B00A 5P0MA 4R93A 3APPA 4NJSA 4LXKA 1HOSA 4OBHA 3I2LA 4DH6A 5OZDA 3GI4A 2UPJA 3INEA 4I10A 5P5FA 2OHUA 3OAGA 5OZWA 5P0PA 5SY3A 5EZXA 5OZSA 3PWWA 4FGXA 3OUBA 5OZHA 5OYRA 1SP5A 4J1KA 4R92A 2QZWA 4OBZB 3VEUA 2IKUA 2R3WA 5P0DA 1HPVA 4FIVA 1HVRA 5P3JA 6APRE 5KQXA 5P6ZA 3KF0A 3IAWA 3FX5A 4HDPA 2WEAA 3GGAA 4DJXA 3ZPUA 1EC0A 1FB7A 3MWSA 1MEUA 5OYUA 5P6KA 5P7PA 5P3BA 2I4VA 5HDZA 1IVPA 1G35A 2FMBA 3ZKQA 1TZSA 2QP8A 1BWAA 2BKSA 5COOA 3UQRA 1B6MA 4J1CA 5P2BA 4TRWA 3S7MA 1PROA 3VV7A 5OZJA 2AZ8A 3S56A 5P65A 3ZMGA 4Y41A 4Y5MA 1QBUA 3CIDA 3D20A 5P6OA 5P7BA 4B05A 4D88A 3HAWA 5P6RA 5P4AA 2QI7A 2VIZA 1T7IA 1EAGA 3QPJA 3B7VA 5FIVA 5OZ9A 1HHPA 3VF3A 5P2NA 5P4OA 5HDUA 5P8VA 2RSPA 4U7VA 3LPKA 5P17A 2ZGAA 1FG8C 4JOOA 3T3CA 3SAAA 5P13A 1FMBA 5P2GA 3PM4A 5IE1A 5P28A 5P6VA 1GNMA 1C6YA 4JP9A 3O9EA 3GI0A 1MSMA 1QBRA 4QJ8A 1B6LA 4RZ1A 1BVEA 3WB4A 1MRXA 4J1HA 3S43B 2ZJMA 1QRPE 3Q3TA 2G22A 5P1UA 1ZSRA 3EL0A 1HTRB 1D4KA 1XE6A 5P12A 5P8RA 2FGVA 4Y3ZA 2WF1A 4FLGA 4RVXA 5P16A 5HE7A 4OC6B 5P70A 5P0VA 3UCBA 5OYSA 3OQKA 5BRYA 1HBVA 3TL9A 4QGIA 2FDEA 4J1IA 4DVFA 3LIXA 3S8IA 5P76A 5P55A 5E5JA 5P2IA 4J0PA 4AA8A 2AZ9A 1HIVA 4APRE 2JJIA 2V16C 1W5XA 5P7DA 4LP9A 1DPJA 2BPVA 4L1AB 4R95A 5P62A 4X7IA 2NXDA 5DR1A 3UHLA 3TTPA 3RTNA 4LL3A 1D4SA 3KMXA 3HD8A 5P46A 2QI4A 3OUCA 5P2VA 5P32A 1ZBGA 1YT9A 5OZ2A 5DR8A 1B6KA 4X2LA 2QI6A 4GB2A 5P37A 2V0ZC 5P52A 3K5GA 4Y3EA 3D3TA 3IVIA 1D4LA 5P5JA 1SGZA 5P0GA 4J5JA 5P1XA 5BWYA 4RGHA 3ZLQA 5P7UA 5P82A 3SKGA 4Y45A 3NUJA 5AH6A 3LINA 3PMYA 5P40A 2P3CA 5P27A 4B1EA 2QD7A 5I3VA 3RTHA 5P7IA 4Y3SA 3ZPTA 4NJTA 4AA9A 4Y53A 3HAUA 4KE1A 4HDFA 2I4XA 5P44A 3TPJA 4DJWA 1LYWA 4RLDA 2CEMA 3T6IA 5P61A 5P8CA 2FNSA 5P43A 2G94A 1E82E 3T7PA 1FKNA 4DQFA 4APEA 1W51A 5OZTA 4ZSQA 2VIJA 3NDUA 2Q54A 2PC0A 4YD6A 5P3EA 1HVCA 5P1AA 3LIZA 5F00A 3T7QA 1Z1RA 5OYTA 1HSHA 2WJOA 4DJRA 4HZTA 4Y58A 2FIVA 4ZIPA 3LPIA 3EKVA 5OZYA 3O9GA 4BELA 2O40A 3PBZA 5P2HA 1D4YA 4L7JA 4RRNA 2IRZA 5P23A 4LAPA 5P0IA 5SXNA 1T6EX 3SABA 3ZKMA 5P8QA 4TRZA 3UDKA 3OADA 4EJ8A 2JJJA 4LC7A 3KMYA 2OHRA 5P1IA 3OTYA 1EBKC 4Y5BA 3L5EA 3U71A 3DUYA 4TVGA 4Y3QA 5HDVA 4HVPA 1JLDA 2AVSA 4EWOA 3OGQA 1AZ5A 1GVVA 5P1LA 5P3NA 5P25A 3APRE 3OXVA 1FMXA 1XN2A 1LF4A 1XS7D 1PPLE 2WEBA 3QRMA 5KQYA 1LF2A 2XFKA 5P8EA 1W5YA 1EPME 1ZPKA 2P3AA 5T4SA 3RSVA 5UPJA 4I0EA 5P88A 4MC9A 4OBJA 4DQGA 3UDMA 3BRAA 5P47A 1GVWA 1EBWA 4GJCA 5OZMA 5OZNA 4CPSA 3SA7A 2QMFA 1PSOE 3TOHA 5P64A 5P8LA 5P5DA 3VF7A 1HRNA 2AVQA 5P6XA 2BPWA 5P30A 2BBBA 5OZOA 5OZ5A 4EXGA 3D1XA 5P1MA 4B77A 3SKFA 4ZPGA 4ACUA 3RVIA 5DQ2A 3OXCA 3OXWA 5P7CA 3UF3A 5KR1A 3OU4B 1AJVA 1K2BA 5P8GA 5P53A 1D4JA 5P6JA 3NXEA 4Y3LA 4AUCA 5P6DA 3OGPA 5AH7A 4K4PA 3SO9A 2WF4A 5AHAA 3QVIA 3Q4BA 4Y50A 4FRIA 4GYEA 2CEJA 1K2CA 1OEWA 1W50A 3F9QA 2B7FA 2RENA 5P0BA 2QI3A 5P0QA 2AOHA 4I0ZA 4DJOA 2G69A 1VIKA 5P29A 3SA5A 3T7XA 3LHGA 4PEPA 1ME6A 2ZHVA 4Y56A 5P8DA 5P8MA 1M4HA 2PQZA 4CPRA 3TOGA 4I0DA 5P1SA 3CYWA 3S54A 4Y3FA 1FIVA 3BVAA 4Y54A 3EM4A 2NNPA 1FQ8A 4Y3MA 2G1OA 2HM1A 5P5CA 3BUGA 1A8KA 1HXBA 2HB3A 3KDBA 3SA6A 4EXHA 1K6VA 3K4VA 5IVSA 3UFNA 4Y35A 1M43A 4Q1YA 4Y4BA 1SH9A 1OHRA 3QRVA 5P04A 5P4WA 1A9MA 1KJHA 5P4TA 3EL9A 4Y4TA 4Y36A 4EYRA 4Y3YA 5P2XA 1F7AA 3M9FA 4QJ9A 2HAHA 4XKXA 5P5IA 5P2TA 2QZKA 4WY6A 2WF2A 4OBFA 5P39A 1BWBA 4GIDA 3BVBA 3TKGA 4B72A 4KE0A 1OEXA 5P77A 5HD0A 5P3WA 3KYRA 2OHKA 1WBMA 3RU1A 3CYXA 4DUSA 1ZJ7A 3EKQA 4EJLA 3ZKIA 1ER8E 5OZZA 4HEGA 2ZHRA 1B6PA 4K4RA 4OBGA 2V12C 4DQHA 4Y4GA 2B8VA 4CP7A 1RV7A 4DPFA 5I3XA 4Y5EA 4H3IA 3B80A 4Y3JA 1CMSA 3S2OA 2O4SA 2O4LA 5DPZA 2XYFA 2FDDA 1LYAB 5AGZA 5P1EA 4YOBA 4H3JA 5P24A 5P05A 4F76A 1TCWA 1MTRA 2VJ7A 5P89A 4ZLSA 1EBYA 3BXRA 2B7ZA 2QMGA 2AOEA 5DQ5A 1UH7A 3LPJA 4DFGA 5P0AA 5P2KA 3ER3E 1A8GA 9HVPA 1G0VA 3QBHA 3UDHA 3UDYA 5P2ZA 3INDA 1KZKA 5P4DA 3JVWA 3S45A 5P71A 4JECA 4RCDA 3IXJA 2AOCA 5P68A 5HCTA 2Q3KA 2P3BA 1EBZA 3VLAA 3MXEA 5P78A 1XDHA 5DR3A 4Y5AA 2IL2A 5P5MA 5P0JA 4Y5GA 5I3YA 5P4MA 4OBZA 4YBFA 4D89A 2AODA 4DJVA 4AZYA 5P1RA 3L58A 3EKPA 5P6MA 5AH8A 4Z2ZA 5P7RA 3SACA 4I0HA 3O9AA 5P2LA 3OXXA 4YDGA 3EXOA 2BJUA 3I25A 5APRE 1ZAPA 1E80E 1Z1HA 5C9FA 2I0AA 4R91A 5P57A 5P3ZA 4GJ9A 3CIBA 4FRJA 1HSIA 2ZJLA 3G6ZA 3FNTA 1EC2A 5P8OA 5P5YA 3PCZA 4YDFA 3S85A 5P06A 4ER2E 2Z4OA 3NDXA 3WZ7A 4A4QA 5P7FA 4Y3PA 5P1CA 5P3GA 5P6TA 1EPQE 5IVRA 1YX9A 2QZXA 3LIVA 2IS0A 5OZFA 5P2SA 2QD6A 4CPUA 3K1WA 5OYZA 3DV1A 5HVPA 1SGUA 2PSVA 4Y3GA 4I8WA 5P3OA 1T6GA 1B11A 4ZSMA 1BVGA 3RSXA 1HPXA 2RMPA 5P59A 3PLDA 4TRYA 4FRSA 5P83A 5P6PA 1W5VA 5P7AA 1SIVA 4H1EA 5P0KA 3TLHA 3Q70A 1MRWA 5P5PA 4EP3A 3S43A 4Y6MA 4YD7A 1D4HA 2FGUA 4I12A 4ER4E 3SA3A 2OHQA 5DR0A 5BS4A 5P11A 5P6LA 5P80A 3IA9A 5P6HA 5P66A 1E81E 4FM6A 1QDMA 1MT7A 5P3CA 1HIIA 2ZHSA 5P5BA 2G24A 3ST5A 4GJDA 3UFLA 1FG6C 3U6AA 3WSJA 5P3VA 4KB9A 5P8KA 5P36A 4I1CA 1XL2A 3IN4A 1HTEA 2NMYA 2PWCA 3NUOA 1HXWA 4D85A 5P1VA 2WL0A 5OZPA 5P5ZA 4Y4EA 5ENKA 3EC0A 5P7SA 1T7KA 3GGVA 1YTHA 3L5FA 4KUPA 4EP2A 4F75A 1FQ5A 4IVSA 1ZSFA 1IZIA 1DIFA 4L1AA 5P1PA 5P1ZA 4Y4DA 3OQ7A 2QMPA 4FS4A 5P7EA 1MVPA 3HVGA 3S53A 3ZPSA 3KN0A 4NKKA 3A2OA 2NMZA 1YG9A 5JODA 5J25A 3KA2A 3KFRA 5P5EA 2I4WA 3OU1B 5P2OA 1DAZC 5P00A 4PYVA 1IIQA 1C70A 3VUCA 1WKRA 5P0ZA 5OZCA 1QS8A 4ZE6A 3VSWA 3OU3A 2O4PA 4GMIA 4Q1NA 5P15A 5ENMA 5P4YA 5OYVA 5HDXA 1ZLFA 5OZLA 1EPPE 4XX4A 4Y4XA 5HU1A 3G70A 3OQAA 5P6SA 1KJFA 5P8UA 4JPCA 1FQXA 3KFSA 3GW5A 2HIZA 4I0FA 3INFA 5COKA 4I0GA 1XE5A 4TVHA 3LNKA 2PYMA 5P4BA 3TPLA 3ZOVA 3G72A 5P4FA 1UH8A 1FFFC 1EPOE 5P5SA 1IVQA 5P3UA 4B0QA 3QN8A 3ZKXA 5P5QA 1XN3A 4BFDA 2BPXA 2F3KA 4ACXA 2PH6A 5P3PA 2G1NA 5F01A 2XYEA 5P0OA 2PWRA 4XXSA 3KT5A 2QI0A 4RRSA 3PVKA 5P5OA 5P7YA 4EJDA 5P0RA 5P4KA 4EPJA 3PMUA 4I0IA 2PMAA 5P3XA 2OF0A 4Y3XA 5P1JA 4M8XA 3GGXA 1MT9A 2OHLA 5P4SA 5P4VA 4Z50A 3OUDB 1FFIC 5P3SA 1EPLE 3QROA 4ER1E 5P2FA 2QAKA 4CPXA 5ISKA 2G1SA 3VYDA 3L5DA 4CPTA 3HZCA 1HPOA 1MTBA 5EZZA 4Z22A 1EEDP 1ENTE 2ZDZA 2OHPA 3TOFA 4Y3RA 1ZPAA 4FL8A 4Y57A 4FM8A 3HBOA 5P1OA 5P5UA 5P6UA 6FIVA 2VIEA 5DR4A 1GVTA 3UPJA 4RCEA 1HSGA 3UDRA 2NPHA 2IDWA 1LYBB 2FLEA 5KOSA 2BPZA 3PI0A 5OZ0A 5P4CA 5P4EA 5P3TA 5P50A 3JW2A 5P7ZA 5OYWA 1CZIE 4UPJA 4Y3AA 3HVPA 4BEKA 4GJBA 3CKPA 4NJVA 5ER2E 5P7NA 4S1GA 2I4DA 1ODYA 4PHVA 2O4NA 5P4LA 1IZHA 3FKTA 4HE9A 3PHVA 5P7VA 5E5KA 5OZBA 4Y9WA 1OD1A 1EC3A 4YD5A 5P10A 3L5BA 4YA8A 2I0DA 1C6ZA 3OU4A 1FQ6A 1DW6C 5P8IA 1RNEA 2OHNA 3PWMA 5OZ1A 3Q6YA 4R5NA 3DJKA 4DV9A 2XFIA 4L6BA 2PK5A 3PSUA 5P38A 4AMTA 3DK1A 4Y51A 4YD4A 2I1AA 3ECGA 5TOLA 3IN3A 3PGIA 5P54A 5P1NA 2QNQA 3R1GB 4D8CA 3D1YA 1SDUA 3QS1A 3PSGA 4Y47A 3FV3A 2J9KA 3L38A 1META 3AUPA 3R0YA 2HB2A 3K5CA 2QHCA 3CKTA 5P81A 4Y3WA 1IZDA 2ER0E 5HE5A 1PPKE 3ZKGA 3O9CA 3DM6A 5OZXA 3Q5HA 2BB9A 4Y43A 5AHCA 2IGXA 5P7QA 2NXMA 4Y4AA 2R5PA 5P09A 1E5OE 1T7JA 5P7JA 4RVIA 2V11C 4QJ2A 2ZJKA 4BFBA 4RCFA 3EM3A 5OZEA 3LIYA 1LS5A 2R38A 5P5HA 2G26A 5P73A 1AM5A 3QI1A 2AIDA 3O9HA 3TPRA 2RKFA 5P7TA 3NU4A 3HDKA 3GI6A 3O9LB 5P6AA 5DR7A 1FMUA 2IEOA 3TNEA 3L59A 5P3IA 3NU9A 1W6HA 1UH9A 4YD3A 1HWRA 2BPYA 4Y48A 3SM2A 3L3AA 2J9JB 3OY4A 2HB4A 4Y44A 5IVTA 5KR0A 4YHQA 5P8JA 4RYGA 1D4IA 5P84A 3BGCA 5P35A 1LYAA 1BBSA 1HVIA 3EL1A 3SA9A 4H3GA 2AOGA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4I11 A;  4RRO A;  4GJ5 A;  2HC0 A;  3NSH A;  5P6I A;  4Q1X A;  5P2D A;  2ASI A;  4J1E A;  2PSG A;  2VIY A;  1K6P A;  4ZPF A;  1FQ7 A;  1MIQ A;  5P4U A;  1M0B A;  1IDB A;  2VKM A;  5PEP A;  2VS2 A;  2ZJH A;  5SZ9 A;  1J71 A;  4J54 A;  3N3I A;  4RVJ A;  4YBI A;  5P2C A;  4DJY A;  3BXS A;  4CKU A;  1CPI A;  5P3K A;  1B5F A;  1PPM E;  5P3M A;  4B00 A;  5P0M A;  4R93 A;  3APP A;  4NJS A;  4LXK A;  1HOS A;  4OBH A;  3I2L A;  4DH6 A;  5OZD A;  3GI4 A;  2UPJ A;  3INE A;  4I10 A;  5P5F A;  2OHU A;  3OAG A;  5OZW A;  5P0P A;  5SY3 A;  5EZX A;  5OZS A;  3PWW A;  4FGX A;  3OUB A;  5OZH A;  5OYR A;  1SP5 A;  4J1K A;  4R92 A;  2QZW A;  4OBZ B;  3VEU A;  2IKU A;  2R3W A;  5P0D A;  1HPV A;  4FIV A;  1HVR A;  5P3J A;  6APR E;  5KQX A;  5P6Z A;  3KF0 A;  3IAW A;  3FX5 A;  4HDP A;  2WEA A;  3GGA A;  4DJX A;  3ZPU A;  1EC0 A;  1FB7 A;  3MWS A;  1MEU A;  5OYU A;  5P6K A;  5P7P A;  5P3B A;  2I4V A;  5HDZ A;  1IVP A;  1G35 A;  2FMB A;  3ZKQ A;  1TZS A;  2QP8 A;  1BWA A;  2BKS A;  5COO A;  3UQR A;  1B6M A;  4J1C A;  5P2B A;  4TRW A;  3S7M A;  1PRO A;  3VV7 A;  5OZJ A;  2AZ8 A;  3S56 A;  5P65 A;  3ZMG A;  4Y41 A;  4Y5M A;  1QBU A;  3CID A;  3D20 A;  5P6O A;  5P7B A;  4B05 A;  4D88 A;  3HAW A;  5P6R A;  5P4A A;  2QI7 A;  2VIZ A;  1T7I A;  1EAG A;  3QPJ A;  3B7V A;  5FIV A;  5OZ9 A;  1HHP A;  3VF3 A;  5P2N A;  5P4O A;  5HDU A;  5P8V A;  2RSP A;  4U7V A;  3LPK A;  5P17 A;  2ZGA A;  1FG8 C;  4JOO A;  3T3C A;  3SAA A;  5P13 A;  1FMB A;  5P2G A;  3PM4 A;  5IE1 A;  5P28 A;  5P6V A;  1GNM A;  1C6Y A;  4JP9 A;  3O9E A;  3GI0 A;  1MSM A;  1QBR A;  4QJ8 A;  1B6L A;  4RZ1 A;  1BVE A;  3WB4 A;  1MRX A;  4J1H A;  3S43 B;  2ZJM A;  1QRP E;  3Q3T A;  2G22 A;  5P1U A;  1ZSR A;  3EL0 A;  1HTR B;  1D4K A;  1XE6 A;  5P12 A;  5P8R A;  2FGV A;  4Y3Z A;  2WF1 A;  4FLG A;  4RVX A;  5P16 A;  5HE7 A;  4OC6 B;  5P70 A;  5P0V A;  3UCB A;  5OYS A;  3OQK A;  5BRY A;  1HBV A;  3TL9 A;  4QGI A;  2FDE A;  4J1I A;  4DVF A;  3LIX A;  3S8I A;  5P76 A;  5P55 A;  5E5J A;  5P2I A;  4J0P A;  4AA8 A;  2AZ9 A;  1HIV A;  4APR E;  2JJI A;  2V16 C; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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