3PMYA

Endothiapepsin in complex with a fragment
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Endothiapepsin
publication title A small nonrule of 3 compatible fragment library provides high hit rate of endothiapepsin crystal structures with various fragment chemotypes.
pubmed doi rcsb
total genus 86
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2010-11-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3pmyA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3pmyA01
3PJ6A 2G27A 3URLA 2WEAA 1XN2A 7UPJA 4J1IA 5OZMA 1K6PA 2NPHA 2AOHA 1FMBA 3R0WA 1TCWA 2ZYEA 5F01A 3EKPA 1EBWA 5P77A 5P05A 5P8FA 4WTUA 5P0LA 1HVHA 1HWRA 4GJ8A 5P22A 1B6KA 3Q70A 4MC6A 1HVKA 1GNNA 3S54A 3FSMA 2A1EA 3T7QA 4YDGA 3SLZA 1IZEA 2HS2A 3PMYA 5P17A 5I3YA 4EJDA 2BPYA 3K5GA 5OZZA 4FSLA 5P5MA 4TRWA 3ZOVA 2OHMA 5DR7A 3BRAA 5P1MA 4KUPA 2QNPA 3UPJA 4YBIA 3T6IA 4I0EA 3URJA 3IAWA 1W50A 2AQUA 3AIDA 5OYYA 2AVVA 1FQ8A 4Y3JA 1QBSA 5P4PA 2Q64A 2I1AA 4PPHA 1LEEA 2V12C 3IA9A 5P7YA 2R5PA 2BPZA 1BV9A 4Y3LA 3UDQA 2HB4A 3OUDA 4R92A 4CPQA 3VV8A 5P5SA 3KDCA 5P11A 4ZSMA 1G6LA 3UDKA 2QD7A 1EAGA 5P5KA 2Z4OA 4B0QA 2IDWA 3GGAA 3KMYA 1HXBA 3L5BA 2O4SA 4QJ9A 3OXXA 3UQUA 1YTJA 5P61A 4Y3GA 3VYFA 5P7BA 1K6TA 4J1KA 2JJJA 2FXEA 5C9BA 1IZDA 3VF7A 1EPRE 3EKXA 1J71A 5P1SA 5P4MA 1G35A 4FM7A 3ST5A 3B80A 3VYEA 5HCOA 4H1EA 1LF3A 1DAZC 2FGUA 3FNSA 1F34A 5P2QA 2QI0A 3OOTA 5P4YA 2PC0A 4HDPA 5OZCA 5P04A 3SPKA 1N49A 1GVWA 4Y3TA 3G72A 1KJGA 5P3UA 2AVOA 1HVLA 1W5XA 5P3CA 3IVIA 3GI6A 5P8SA 2R3TA 5P3BA 4Y48A 3HAWA 3BVBA 5IVQA 4Y36A 3HBOA 3PSYA 4HDBA 3EL1A 3KM4A 1FLHA 1EBKC 4OBGA 5P82A 1FIVA 5P4QA 3F9QA 1D4HA 4JPCA 4Y5GA 2P3AA 4YOBA 1MUIA 4BFBA 5BS4A 4QLHA 5P78A 1EPNE 2R9BA 3SA9A 4J17A 4J54A 5P09A 5KQZA 4H3IA 2CEJA 5P5ZA 5P3PA 2VNMA 2XFKA 3LZYA 3UF3A 3INHA 3MSLA 5P2VA 4GJ6A 3NWQA 3SA8A 5P4UA 3TKGA 2VS2A 1MERA 3S43B 3HLOA 3LHGA 2PWRA 5HE7A 4Y43A 3VV7A 1WKRA 3QP0A 4MC1A 5P0HA 5P3VA 2XYFA 5DR0A 5OZ3A 5AH6A 4JOOA 1M43A 5P59A 1FKNA 4JP9A 1W5YA 4GJ7A 2NNKA 3TH9A 1CPIA 3OU4B 3QVIA 1SIVA 5P83A 2NR6A 2QD6A 2WHHA 4Q1YA 4EJLA 4H3JA 5P7PA 2QI4A 1T7JA 4K4RA 5OYWA 2A4FA 2ZJLA 5P4FA 4HA5A 5P7WA 4NJTA 4HVPA 5IE1A 5P2IA 4ER4E 1Q9PA 5P26A 3TOGA 4FGXA 1UH9A 5DR4A 3BHEA 1MEUA 5OZFA 3VFBA 3BUHA 1HSGA 5P3DA 1XS7D 3DM6A 1B5FB 1SDTA 5JODA 5IVRA 4DJYA 1T7KA 1C6YA 3ECGA 5P3JA 2G1NA 4DJPA 1LF4A 5OYSA 3NDWA 1RQ9A 3L58A 5KR2A 2I4XA 4UPJA 1PSNA 4XX3A 4ACXA 4QJ8A 5AHCA 4Y54A 3I2LA 5P0TA 4Q1WA 2QHZA 5IVSA 3KFNA 4PEPA 3VCMA 1HXWA 5P5RA 5P31A 2O4KA 1IZIA 3NR6A 5P0MA 1BWAA 5IS4A 3G70A 4Y5PA 3KA2A 1BBSA 2ER6E 4FE6A 5P0QA 2QP8A 4FL8A 4QGIA 2OF0A 1SP5A 5P15A 2OHPA 1BDLA 3KT2A 3TTPA 4QJ2A 5I3XA 2XFIA 3INDA 1XL5A 4N00A 3MXEA 3PHVA 1ODWA 2EWYA 3DCKA 1T7IA 5P3QA 4FRSA 1W6HA 4ZPGA 5P37A 3ZKIA 4HDFA 5P7HA 2ZHRA 5P4EA 4OD9B 5ISKA 5P00A 5BWYA 3S43A 2B8VA 4DQBA 2HM1A 5DR3A 5P0KA 5P6UA 4Q1NA 3QI1A 5P0PA 4GZFA 2RSPA 4DI2A 5P5HA 5P0DA 2WEBA 3R2FA 3TPLA 4HLAA 5P0IA 3OGPA 1IBQA 2OHQA 4QJ6A 4Y47A 3S8IA 3IVHA 4K4PA 1GVVA 4TVGA 4J1HA 3OU4A 5P4CA 4D85A 2QNQA 5KR1A 4I0FA 4ZIPA 3UQXA 1HSHA 1DPJA 3L3AA 5P3MA 1E81E 2VJ6A 3UHLA 5P1QA 3H5BA 3LIXA 4EJ8A 4JECA 5P0NA 5OZDA 5P47A 1EPLE 2PSUA 2ZJMA 2WF3A 3D91A 3LPKA 1SGZA 2P4JA 1NSOA 5P2UA 1HRNA 3NDUA 3LZVA 3S85A 4QJAA 4Y38A 2WF2A 1XE5A 1NPWA 5P53A 2NMYA 1B5FA 4DQFA 4J0ZA 3VG1A 2PK5A 1E80E 5TOLA 3ZMGA 2V0ZC 1FMUA 4RCFA 3HAUA 1HOSA 5OZHA 5PEPA 3SA4A 2RMPA 2G24A 1HEGE 1FGCC 3OXWA 5P1NA 3QPJA 5P36A 4FCOA 5P5CA 4EXGA 4QJ7A 3BGBA 4AMTA 3LIYA 5P33A 4EWOA 4ZSPA 3UDJA 4L1AB 1EEDP 2OHUA 5P6BA 1EBYA 1EC3A 3CYWA 5P4JA 9HVPA 5P14A 2P83A 2BQVA 1DW6C 3EC0A 3NUOA 5P5YA 5P5GA 5C9FA 3EM3A 5P3HA 1ZPKA 4F73A 5P75A 3GGXA 4ER1E 5P1BA 1CMSA 3RTNA 3EM6A 4NPUA 4LHHA 3DJKA 1BVGA 3TNEA 5P5PA 4LP9A 3GGUA 5P7FA 3VLBA 3ZKSA 5OZAA 3VFAA 3U71A 5P58A 2NNPA 5P8HA 1HPSA 4Y5MA 5P79A 4DH6A 4I12A 2WECA 4NJSA 4OD9A 5ER2E 1SH9A 4YCKA 2QMGA 2J9KA 5P2DA 1TQFA 5HD0A 4I0JA 5P3FA 5P67A 5DGWA 3LZUA 3PLDA 3L5DA 1ER8E 5P0EA 1ZPAA 5P60A 2G22A 5OYTA 4F74A 5P5OA 5P5VA 3N4LA 5P88A 3VF3A 4I0IA 5P34A 1FQ4A 5JG1A 3FKTA 5P6TA 4B00A 1M0BA 3MSJA 4B1DA 2G20A 5P3WA 4Y57A 3TOHA 1BWBA 4J55A 2FS4A 1AVFA 5P86A 5ENKA 4GJDA 4EXHA 1MT8A 5P2FA 3UQPA 4Y58A 4ZLSA 3PM4A 4COEA 4Y3SA 1D4KA 2WL0A 1FF0C 3L5CA 2IGXA 1FMXA 2F3FA 2ER7E 3NU5A 3FNUA 5P43A 4B77A 1HEFE 5ER1E 3S7LA 1SMRA 2OAHA 3TOFA 2FDPA 5P5XA 5P08A 5P76A 6FIVA 4R95A 2WKZA 5P3XA 1FQ6A 5COPA 4A6BA 2WF4A 5P2GA 1EBZA 5P32A 3HVGA 5P03A 3RTMA 5P16A 1LV1A 3O9IA 4LC7A 4RVJA 5P6YA 5P6IA 1Z8CA 5P3EA 2HIZA 3D20A 3ZKGA 5P2YA 4I0HA 5P8BA 3VLAA 4CPWA 4RVIA 3KYRA 3CKPA 4DJWA 5HDZA 3KFRA 3OK9A 2H6TA 2QK5A 4CPXA 5OZ7A 2NXDA 5C9DA 2I4QA 5P8AA 4Y3EA 2QCIA 1UH7A 5P4DA 4FRJA 3LPIA 4L1AA 5P38A 5P5QA 2V00A 4EPJA 1SDUA 1B6JA 3HW1A 5P6MA 1IVPA 2AOEA 4K4QA 5P6JA 4RGHA 1BDQA 1HTRB 3GI4A 3S2OA 3NLSA 4Y53A 5E5JA 4CP7A 4YD3A 1PSOE 1FQ5A 2PK6A 1B6LA 5P6LA 1QDMA 4Y3PA 5P4KA 3SQFA 5P0OA 2RENA 4Y41A 3UCBA 1D4SA 4J1FA 5P7EA 2FNSA 4PYVA 2R43A 5P7DA 3PWMA 3FX5A 5P1CA 4KE1A 4RZ1A 3TL9A 1YG9A 5AHAA 5P55A 4OBZB 5OYXA 5I3WA 2RKGA 4R91A 3OADB 1E82E 1QBTA 2ZGAA 3GI5A 2O4NA 3D3TA 5DR8A 5P5AA 5P3NA 2QI6A 1UH8A 5DQ5A 1A8KA 2J9JB 3OOZA 5HVPA 3BGCA 5P02A 5P3LA 2JXRA 5P6RA 4LXAA 5P68A 1BILA 4A4QA 4I11A 3PI0A 2PMAA 2WEZA 1NPVA 4FRKA 4R8YA 5P63A 4DJXA 4RCEA 4DUSA 5P06A 3PWRA 3APPA 2Q5KA 3UFNA 2IKUA 4TVHA 3OAGB 2AZ9A 5IVTA 2QZWA 1APVE 3QROA 1D4YA 4YCTA 5P8VA 3S7MA 2O4PA 2VKMA 1SIPA 1HPOA 1A9MA 2AOCA 4ZPEA 1META 4Y44A 5AH7A 2R3WA 4U7QA 2PWCA 4L7HA 4DQEA 1RV7A 4YE3A 3QRMA 2WJOA 3O9HA 5P2XA 4LXKA 5OZSA 5P0YA 5P80A 2AOGA 5P6VA 1BIMA 2AZ8A 3CIBA 4TRYA 5P62A 2IS0A 5P4BA 3M9FA 5KOQA 3QN8A 5P85A 5P40A 2QZLA 4TRZA 5P6CA 5HU1A 5P0RA 5P6XA 1A94A 1HVJA 4DJRA 5P8UA 4FM8A 4Y3ZA 4YHQA 1K2BA 5P5NA 1QBRA 4XX4A 3EL5A 2JYSA 2R8NA 1AJXA 2WF1A 4AZYA 1Z1RA 2OHTA 2Q54A 1MIQA 5AGZA 3PGIA 5P4SA 5P1RA 4U7VA 4X2LA 6APRE 4DQGA 2NXMA 4OBHA 3U7SA 3EXOA 4Y39A 5HU0A 5OZGA 1BAIA 1FFIC 1YT9A 2AOJA 4Y3RA 1K2CA 1MPPA 5P2TA 3EBZA 1T3RA 2I4UA 1YTGA 1MRXA 2BPXA 2BB9A 4Y37A 3QAAA 3SM1A 3KFSA 5P23A 1MT7A 3NYGA 1FG8C 5P57A 1EC0A 1DIFA 5COOA 5OZEA 1T6GA 2VA5A 3GI0A 3O9CA 1SGUA 2F3KA 1GNOA 2HB2A 2IQGA 4ZEAA 3UDPA 5P39A 5KAOA 1ZBGA 5P44A 3ER3E 2ANLA 5P2SA 5DPZA 5P3YA 5P6KA 7HVPA 2HB3A 4B05A 4OBZA 5P74A 3O9GA 3OADA 5P8OA 1QRPE 1EPQE 4GIDA 3Q3TA 3TPRA 3A2OA 3WZ7A 1HBVA 2G21A 2ZHTA 3D1YA 3NSHA 1W5VA 2HPFA 5COKA 1UPJA 2J9JA 4BELA 1FQ7A 3UFLA 3OU3A 5HE4A 4Y3FA 1MESA 3PBZA 4M8XA 5BRYA 3DV1A 4APRE 1HVIA 5P2MA 3HZCA 3SA7A 5P35A 4NPTA 3LITA 4Y50A 2P3BB 3LIVA 1M4HA 5SXNA 2NTRA 3RSXA 1AZ5A 5P64A 1B6PA 3KN0A 1HVSA 3KDDA 3OAGA 1IDBA 4Y35A 5OZQA 5P8PA 3EKQA 4GJCA 1FQXA 5OZKA 2I0AA 5P56A 2IKOA 3JVYA 4Y3AA 3OHHA 2QI5A 5P4GA 3CMSA 5P1WA 2WF0A 3NUJA 2QI3A 4X7IA 4E43A 4Y4TA 2B7ZA 4PZWA 2I4WA 2QU2A 4J0YA 3KFPA 3INFA 5P0ZA 3AUPA 1RPIA 2G1OA 5P0AA 4D8CA 5OYUA 1KJ4A 1MVPA 4J0PA 1AXAA 5OZIA 4I8ZA 2VA6A 5HDXA 4DJUA 2XFJA 5P1DA 2V11C 2B7FA 3T7XA 2PYMA 1HPXA 4Y56A 1XN3A 3Q5HA 3CKRA 3R1GB 5P51A 5P1AA 1IVQA 1MSMA 3HD8A 2QMDA 2VIYA 2G26A 1YM4A 3SA5A 1LYBB 5P6OA 2IGYA 5HDUA 2OHRA 1BVEA 5ISJA 2PH8A 5P25A 3OQAA 3QRSA 5P1VA 2O4LA 5P12A 5P66A 2OHSA 5ENMA 4EJKA 3EL0A 3O9LB 2P3DA 2UY0A 3Q4BA 4PZXA 5OZ4A 2ZHUA 5P5DA 5P84A 2OHLA 5P4IA 1QS8A 5P6SA 1ZSFA 1XL2A 5P70A 4ZE6A 5P2BA 5OZYA 4EYRA 1EPPE 1HVCA 1EPME 5P0JA 1SDVA 3EKTA 3O9DA 4RYGA 4Y4WA 2Q15A 1CZIE 2QMFA 5DQ1A 3DOXA 5P7RA 4DV9A 3CICA 4Q5MA 3LZSA 1OEWA 3NXEA 1E5OE 4OC6B 4GJ5A 5P42A 5P69A 1B11A 5P8MA 2QZXA 5P6WA 3IXJA 1EC1A 3VSXA 4B78A 1T6EX 1TCXA 1B6MA 3R0YA 2P3BA 3PCZA 4BEKA 1ZJ7A 5KR0A 3CYXA 3NU6A 5P8CA 1WBKA 2G1YA 5P0VA 3TKWA 3OXVA 4Y3YA 4FRIA 4Z4XA 4Y3WA 2Q55A 1BXQA 1K6CA 1LF2A 3QBHA 5P8EA 5P8JA 5P19A 1F7AA 1GVXA 5P1KA 3PWWA 3PI5A 4J1CA 4DPFA 3VSWA 3PEPA 3OU1B 5P8TA 5CONA 3OQDA 3IXOA 4I0DA 3BXRA 4FAEA 2ER0E 3IN3A 5P5TA 5OYRA 3VUCA 1APUE 2ZHSA 3G6ZA 3OUBA 1GNMA 4F76A 5F00A 5P4AA 5P0SA 4R93A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3PJ6 A;  2G27 A;  3URL A;  2WEA A;  1XN2 A;  7UPJ A;  4J1I A;  5OZM A;  1K6P A;  2NPH A;  2AOH A;  1FMB A;  3R0W A;  1TCW A;  2ZYE A;  5F01 A;  3EKP A;  1EBW A;  5P77 A;  5P05 A;  5P8F A;  4WTU A;  5P0L A;  1HVH A;  1HWR A;  4GJ8 A;  5P22 A;  1B6K A;  3Q70 A;  4MC6 A;  1HVK A;  1GNN A;  3S54 A;  3FSM A;  2A1E A;  3T7Q A;  4YDG A;  3SLZ A;  1IZE A;  2HS2 A;  3PMY A;  5P17 A;  5I3Y A;  4EJD A;  2BPY A;  3K5G A;  5OZZ A;  4FSL A;  5P5M A;  4TRW A;  3ZOV A;  2OHM A;  5DR7 A;  3BRA A;  5P1M A;  4KUP A;  2QNP A;  3UPJ A;  4YBI A;  3T6I A;  4I0E A;  3URJ A;  3IAW A;  1W50 A;  2AQU A;  3AID A;  5OYY A;  2AVV A;  1FQ8 A;  4Y3J A;  1QBS A;  5P4P A;  2Q64 A;  2I1A A;  4PPH A;  1LEE A;  2V12 C;  3IA9 A;  5P7Y A;  2R5P A;  2BPZ A;  1BV9 A;  4Y3L A;  3UDQ A;  2HB4 A;  3OUD A;  4R92 A;  4CPQ A;  3VV8 A;  5P5S A;  3KDC A;  5P11 A;  4ZSM A;  1G6L A;  3UDK A;  2QD7 A;  1EAG A;  5P5K A;  2Z4O A;  4B0Q A;  2IDW A;  3GGA A;  3KMY A;  1HXB A;  3L5B A;  2O4S A;  4QJ9 A;  3OXX A;  3UQU A;  1YTJ A;  5P61 A;  4Y3G A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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