3PPRA

Structures of the substrate-binding protein provide insights into the multiple compatible solutes binding specificities of bacillus subtilis abc transporter opuc
Total Genus 103
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
103
sequence length
271
structure length
271
Chain Sequence
TIKIGAQSMTESEIVANMIAQLIEHDTDLNTALVKNLGSNYVQHQAMLGGDIDISATRYSGTDLTSTLGKEAEKDPKKALNIVQNEFQKRFSYKWFDSYGFDNTYAFTVTKKFAEKEHINTVSDLKKNASQYKLGVDNAWLKRKGDGYKGFVSTYGFEFGTTYPMQIGLVYDAVKNGKMDAVLAYSTDGRIKAYDLKILKDDKRFFPPYDCSPVIPEKVLKEHPELEGVINKLIGQIDTETMQELNYEVDGKLKEPSVVAKEFLEKHHYFD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structures of the substrate-binding protein provide insights into the multiple compatible solute binding specificities of the Bacillus subtilis ABC transporter OpuC
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Bacillus subtilis
molecule keywords Glycine betaine/carnitine/choline-binding protein
total genus 103
structure length 271
sequence length 271
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-11-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04069 OpuAC Substrate binding domain of ABC-type glycine betaine transport system
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3pprA01
3.40.190.120 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Osmoprotection protein (prox); domain 2 3pprA02
4ZDMA 4G68B 2NUVA 4ZEBA 2Q8JA 1NH8A 3QUFA 3THIA 1M5DA 2UVGA 3FASA 3USDA 3Q28A 5FTIA 2FYIA 3D4GA 4YAHX 1MXZA 2F8DA 4QSEA 1TFAA 3CR9A 5I57A 3IB0A 1ZKBA 3RNNA 2RKMA 3K1PA 3H4ZA 2AIXA 4XKQA 2Z8DA 3QSLA 2O69A 4OXVA 3K6VA 3PMVA 4F2OA 1JEVA 3LSWA 4K3FA 1JW4A 3MP1A 1MXYA 3DM0A 1LAGE 1F9BA 3EPEA 4ONYA 2R71A 2Y7KA 4OETA 2CZLA 1A7LA 3FXQA 4F18A 3R7XA 5J1DA 1B3HA 2ZYKA 3U8QA 1DTGA 1SYIA 4LZ5A 3VV5A 1OQGA 4O3CA 4JWYA 4RJZA 3TDJA 4XKRA 1Q35A 3IB2A 4GVOA 4RK2A 1LBBA 4QFOA 1MS7A 3CFXA 2V25A 4G8HA 3KGCA 2ZXTA 2V3QA 1SW5A 3OENA 1AH5A 1R1NA 5H8QA 2GHBA 3IO4A 3FVOA 3PUWE 4QFLA 3PMXA 1MQHA 4PE5B 4IY6A 3ILUB 5FHMA 4JSDA 4R2BA 1FCKA 1M5CA 3KN3A 4U21A 2X7QA 1MDQA 5ICTA 4YKIA 4I1DA 1P1OA 4MH5A 4GFRA 2O6AA 2Y7WA 2W7YA 4JWOA 2PX1A 4QFNA 1I69A 3L6HA 2YLNA 5A5XB 4F29A 2D3IA 3T9VA 1A99A 4OHNA 2PYYA 3A3UA 4ZE9A 1UTBA 2I4CA 1FW0A 3JZJA 1UQWA 2O1MA 4IO7A 1NNKA 4FEBA 2NVUB 3U1OA 1DPEA 1MRPA 1S9TA 4OFJA 2I3VA 2XXQA 1BTJA 3HSTA 3MVYA 3JV9A 4F19A 3S9LC 1B5HA 1MY1A 2NWJA 4ELPA 5L9SA 4EQ7A 2XXHA 5K2YA 5ITPA 3HHFA 3ECRA 3QK6A 4HW8A 2KLFA 3MC2A 4LONB 1ZMGA 4F3GA 5DEXB 4G68A 1R6ZA 4FIMA 3TCHA 1B3FA 1UTHB 3O6HA 3EQ1A 5TU0A 4GL8A 4IB2A 3CI8A 1SQYA 1O63A 3TTNA 2P2AA 2QL3A 1SW4A 4FAJA 1EU8A 5TP9B 1H43A 3KBRA 3GXAA 4YMAA 1MXVA 3MQ9A 3BKIB 3UIFA 2B3FA 4EQ9A 1URSA 3KN7A 1ANFA 3FXUA 3N26A 1MQJA 1N04A 4H5GA 4TLLB 3IK6B 4YKKA 3GBBA 2FNCA 4Z7EA 5IAIA 4R6HA 3O28A 4FE8A 1JVXA 2HAUA 2HCAA 4YKPA 1SW1A 5AA4B 2Y7PA 5F7VA 3LSLA 4IGTA 2VD2A 2F97A 2H9BA 2QSXA 2I48A 1DPPA 1B46A 3VVEA 4M1VA 2V93A 4NTLA 3V89B 2OWTA 1LAHE 1ZJLA 3E4RA 4LP2B 3C9HA 3OOAA 1FQCA 1FTMA 5BUUA 3EN3A 2HZKA 3IB1A 4OEVA 2UXAA 2DXYA 2F34A 2ZNUA 5JK4A 3FZVA 4JB7A 3V83A 2ONSA 2DS9A 3MJNA 4IO6A 3RTWB 3EF7A 3MAMA 2OCUA 3QXMA 3MPLA 4I62A 4DXCA 4FECA 3N94A 4QSDA 3CG1A 2OK2A 1IUDA 2O7IA 3S4UA 3N5LA 5LOMA 4M4GA 3OMBA 4YKJA 4LQ5A 3MP6A 1AL3A 2F35A 5A5XA 2PT2A 4ISUA 5ELVA 3PU5A 2VP1A 3HCQA 1FTKA 3FATA 4ZEDA 3DP8A 2XXXA 3RTFB 1H3DA 1MY4A 3SERA 1ZU0A 3H7MA 1MG1A 3U72A 1UIUA 3TCGA 1URDA 3LUYA 4R6YA 1NFTA 4H5FA 3M3LA 4H6DA 3K6WA 2B3BA 1LLSA 2B65A 1LSTA 4KYEA 1DSNA 2XXTA 4YB6A 1B6HA 1P99A 1QUIA 4XKPA 3HV1A 2RC7A 2DVCA 4N6PA 3TPAA 1Y1MA 4DDDA 4THIA 4JXIA 2IEEA 2DVZA 3K2DA 5H8NA 5TP9A 2ANJA 4ESXA 4Q8RA 2HXWA 1EZOA 4LZ7A 1IXIA 3O66A 5H8QB 3QUJA 3S2VA 4O3BA 1MQIA 3FV2A 3G3JA 3MP8A 3EHSA 3QYTA 3K02A 2RCAA 5I59B 3KSXA 2ONRA 3EHUA 4KCDA 4NE4A 1URGA 4PFTA 5F1QA 5ISUA 3OSQA 4RK9A 2DXRA 3R26A 3DLNA 4G8NA 1MXWA 3VVDA 3C34A 5B7DA 2WKYA 1MM7A 4F3PA 3G7WA 4GD5A 5JEIA 2UVHA 1B7UA 4KYSA 2O84X 5AA4A 1GR2A 4KFQA 4KD5A 3LC8A 5DVFA 3L6GA 3AXFA 2ABHA 1ZTYA 4L17A 2Q2CA 5BWJA 3TTKA 2OJTA 3PUXE 1R9QA 3R6UA 1ATGA 3OO8A 3KG2A 4HCWA 3IORA 1Y20A 1YPNA 1MPBA 3FJ7A 4LQ2A 2M8CA 1MDP1 1AOVA 2OLBA 1NNPA 3G3FA 1QUKA 4FEDA 1NMUA 1P1UA 2Q88A 4RNSA 1NKXA 2PVUA 2H99A 1B0LA 1FQDA 2VGQA 3SETA 3I5OA 1ZBMA 2THIA 2RC8A 3PPRA 3VLWA 4XIGQ 3KN8A 1N7XA 1TT1A 2F6PA 3W15C 1LFIA 3ZKLA 3G3IA 3OEKA 2X26A 4QFKA 3CRBA 3MWBA 1XVYA 3IOVA 3MW0A 3OELA 1VSOA 3HN0A 3K01A 2ZYNA 1B2HA 1Y4TA 2GFEA 3C36A 4GOTA 2QPQA 2XX8A 1B51A 5CC2A 2RCBA 1SYHA 4C0RA 4ZEFA 1ZLQA 4OZ9A 1LFGA 4GLIA 4H0WA 2YPNA 4R72A 1D3KA 1GVCA 2Y7IA 2DP8A 5I58A 2DE4A 3KFMA 4XTCQ 4ZECA 3H03A 3H6WA 1B7ZA 2DQVA 2XXVA 1EZ9A 3HPIA 4GRKA 1GV8A 3TTRA 4QHQA 5I59A 4ESWA 1VR5A 1OQHA 3RQTA 1XVXA 4U2RA 4AB6A 4ELQA 3ILTB 4GXAA 4OWDA 1H45A 2I0CA 2DWAA 3S9EA 3IOWA 4PFWA 2Q89A 4YICA 3KOSA 1I6AA 2FA7A 3IJXB 2UVJA 3TFLA 4EF2A 2REJA 4KQPA 4OENA 4DLDA 4QFPA 1I6QA 2V3UA 4G4PA 5EHMA 4OEUA 4OQOA 3E9XA 5ICQA 4FATA 4F1YA 1FQBA 3ZSFA 2AL5A 1N3WA 3LSFB 2F7BA 3IOTA 1PC3A 2DE2A 3SEWA 1POY1 4NWCA 4PFYA 5L8DA 4JDFA 1A40A 1OVBA 4O3AA 4ELOA 3UK4A 5DYHA 3TYHA 3T22A 1CB6A 2Q2AA 2XD2A 1IXHA 4F3SA 1JETA 4QF9A 5K2XA 3PPOA 4BDMA 3K00A 4POXA 1A54A 1XC1A 2XX7A 5DVJA 4JSOA 2O51A 3KJ7A 3P7IA 1N0TA 4QRZA 3PUVE 3UN6A 4EXKA 5HPQA 1QULA 2I0BA 5H8NB 3H06B 1IIWA 3N6TA 4U1ZA 1PBQA 3PD8A 5KZTA 3BBRA 1N84A 1FTJA 4OYVA 5FHNA 1D4NA 1OIBA 3PV0E 4IO2A 2XX9A 3MVZA 3ZKKA 4P0IA 2NOOA 1PBPA 1T0KA 5EHSA 1Y3NA 4BDRA 1Z7ME 2QS4A 4OFOA 1IEJA 1HSEA 1MY2A 1B1XA 3GLBA 4LZ8A 3ONMA 5AA2B 2UYFA 3HO7A 4U4XA 3TODA 2V3TA 2QJEA 2HQ0A 1Y4CA 4U1OA 3U94A 3T66A 1OVTA 1B3EA 3LBSA 3KEIA 3RT8A 5AA2D 1YAEA 2DWIA 4R75A 1O7TA 1L5TA 5CMCA 1A8EA 1BP5A 5CBSA 4NMYA 1B3GA 3KJTA 3VLUA 4N13A 5JTYB 2RINA 1BLFA 4X1BA 1Z7NE 5DTBA 1YCJA 2XXIA 3O6IA 3K4UA 3O9PA 1B40A 4LVQA 4C1UA 4JBZA 2OZZA 3D4CA 4R2FA 3B6QA 1GTKA 4ECFA 1B5IA 3GZGA 4NEDA 2E0SA 4DCXA 1LAXA 2XXRA 1XS5A 1SI1A 4AB5A 4H1XA 2RC9A 2OBGA 4X48A 3O97A 3C33A 3OO9A 3FV1A 1J1NA 3CFZA 4ND9A 1MH3A 4TQUQ 4FORA 3WAEA 2D5WA 1O64A 3H6VA 4WEDA 3SEXA 4BLAA 1KWHA 1NL5A 1EZPA 1YTVA 4RXLA 4YB5A 1LCFA 4RPOA 3OEMA 4Q0CA 1OMPA 4TOZA 2I58A 3CG3A 1DOTA 2F6GA 3FVKA 2IA4A 3TCFA 4Q5TA 3PPNA 3S9NC 3SDFA 2Y84A 3CSGA 1H76A 1FQFA 2DOJA 4MF3A 4HS7A 4IO3A 3MVXA 4OFLA 1H44A 1A55A 1B0HA 5I58B 2I3WA 4G68C 4KYDA 3SKPA 1N7WA 4RY1A 4FJPA 1Y9UA 3QIMA 3F11A 1B05A 2E1SA 5CMMA 3U93A 4N07A 1TWYA 4KCCA 1D9VA 1Y3PA 2ZNSA 1B58A 2F5XA 3PD9A 5AE4A 4G8MA 3E3KA 4MFIA 4DE8A 1JNFA 2A5SA 1B4ZA 2Z8EA 5TPAB 4H8JA 3VVFA 1P1WA 5AA2A 4XXUA 3IR1A 2GRVA 1LFHA 4R74A 3FJGA 4H65A 4OERA 4Q30B 1CE2A 1QKBA 1RYOA 1Y3QA 1NNFA 3CVGA 3OXNA 4I8CA 4P11A 3B6WA 3FVGA 3MPKA 1D9YA 1POTA 3K6UA 3RPWA 5JTYA 1R9LA 3LSXA 2QS1A 1MY0A 4G77A 2LAOA 1I6BA 1PB9A 4GWOA 2XXPA 4RYAA 4LUBA 1IZ1A 2G93A 4G2ZA 1B1HA 4F2QA 2VD3A 1M5EA 3H6TA 3TELA 5I84A 1JEUA 1NNTA 1WVJA 4F22A 3O2AA 3BFTA 3VE1B 3T9UA 4GF8A 3HHGA 2Z8FA 3M3KA 1DTZA 1AMFA 3MBPA 3JYRA 3TZAA 2F36A 1ZIUA 1N3XA 4OESA 4LA9A 3FD3A 4EDPA 1OLAA 5CMKA 4ELRA 2F7CA 3BFUA 3PPQA 3UP9A 5KDTB 2VHAA 3IJOB 4IGRA 4UA8A 4F39A 3M3FA 1IXGA 1QKAA 1EH3A 5CI5A 4YMBA 1USYE 4UACA 2P1SA 4NF8B 5H8HB 1LB8A 4TLMB 2ZNTA 4WXJA 1II5A 2H5YA 3FGSA 4HTGA 1MXUA 2QMXA 3Q27A 3KOTA 5CMBA 2Z23A 1SI0A 4U4SA 1VE4A 2ZYOA 4BDQA 1VFEA 3VDFA 4F1UA 1FTOA 5CBRA 4F31B 3GBAA 2AL4A 1WDNA 3C35A 3I3VA 1M5FA 5FHOA 4U23A 5CRYA 3C31A 1UIVA 4P0GA 3SEYA 4HCYA 1IITA 2F7AA 2HFBA 3S9MC 2AYSA 1LCTA 5H8FA 3DP4A 3I6VA 4BDOA 1LBCA 3IX1A 2QS2A 4ZEKA 4KR5A 3IAZA 3CSBA 3FXRA 2D21A 4MLVA 4EF1A 5L9OA 3RLFE 3UORA 4KPTA 2H98A 2Z22A 5I56B 2QRYA 3PUYE 1XOCA 3DELB 4YU0A 4OVJA 1S50A 1PB8A 3M8UA 5FTHA 1LGBC 1RKMA 1ELJA 5TPAA 2DE3A 1USYH 4DXUA 2DSFA 3LR1A 3Q29A 3Q25A 3T93B 1BKAA 4NF4B 3A3CA 1RYXA 2I4BA 1MY3A 4I9DA 4PP0A 4IO4A 1HSLA 2CMOA 3VXBA 4F3BA 5H8SA 3VFJA 4BDNA 4NF5B 4EUOA 1B7HA 3K0VA 2I6EA 3PUZE 2I49A 2ALUA 3E13X 3MUQA 4U22A 1OLCA 2HEUA 2YJPA 4OTEA 3TQLA 2ONKE 1S7YA 4R73A 3VXCA 1Y1ZA 4PQJA 1TFDA 3G3GA 4EXLA 3KSJA 3T9XB 1DMBA 2DWHA 2QMWA 1SDXA 3OO6A 3RN8A 1JQFA 3H6UA 5I2NA 2RF1A 2V84A 2ZMBA 4H8IA 3O6GA 3UGWA 2XHDA 5KCJB 3W9WA 4X9TA 4POWA 2HAVA 5DVIA 5KDTA 3UA8A 2DWJA 3B7DA 1QJMA 4PETA 3SEUA 4DXBA 5AA3A 1SVXB 2R6GE 4NF8A 5H8HA 4NF6B 3WAFA 2XXUA 4IY5A 1JW1A 3W9VA 2A5TB 3RT6B 2O7UA 4DIGA 3C32A 3TKDA 2R9JA 5AA1A 2GH9A 3OD7A 4GQOA 5I2KB 2PT1A 4YB7A 4GXSB 1US4A 2NXOA 4QSCA 3MZ9A 4OMBA 1N76A 3TUSA 4IO5A 1MXXA 2ESNA 3TTLA 3A09A 3FUZA 4WKMA 3MZ1A 2O68A 3MZBA 4WEPA 1PB7A 1FQAA 4RA1A 3V5AA 1MQGA 5I56A 1Q1KA 3Q26A 4AQ4A 3G3KA 4ZS9A 3PGFA 5M2VA 4GL0A 3RUMA 2UYEA 1MH4A 4NWDA 3FVNA 1HSJA 3U92A 4Z0IA 4ZE8A 4NF4A 1JVYA 4E0WA 1QVSA 4JWXA 5B70A 3SESA 3IL1B 5EYFA 1MPDA 4NF5A 3OO7A 3C4MA 5ITOA 2GHAA 4MLQA 1QUJA 1LAFE 2F78A 3O29A 5I57B 1SW2A 3MVWA 3PMWA 1US5A 4ZZAA 2VOZA 4E0XA 3T96B 3TMGA 4KHZE 2H4IA 2PBWA 3FIRA 1P1QA 4R9GA 1PEBA 4BDLA 1GGGA 4MBPA 4R9FA 2XXYA 2BJJX 1SD3A 1PDAA 1M5BA 5DT6A 3T9HB 1B5JA 1IQ7A 3TAJA 3DP6A 1AIVA 4R6KA 1BIYA 3FJMA 5DEXA 5KCJA 3IOUA 3K1MA 5H8FB 3ODBA 1UTHA 1JW5A 2X7PA 4PFUA 2DYXA 2XXWA 1XHYA 1B32A 1B52A 4F1VA 4NF6A 4ZEIA 2Y7RA 2REGA 3H3GA 3G3HA 3IO6A 4DCYA 3VLVA 2A5TA 3N6UA 2XD3A 3TTMA 3CIJA 2G29A 3K1NA 1MM6A 3EHTA 2ZYMA 2UVIA 4C1TA 3SEVA 4EQBA 3OSRA 1FQEA 1VFDA 3K6XA 5HM4B 5I2KA 2H25A 1TXFA 2O1LA 3CFLA 5IKBA 1B3LA 5CM6A 1IXCA 1B9JA 2P0SA 3TEPA 4H67A 1SBPA 2OWSA 4DZ1A 1NH7A 3QAXA 3B6TA 3PPPA 2PMSA 1MQDA 3RGYA 1UTBB 4GIZA 4ZZEA 2QS3A 4LATA 5L9MA 3V8XB 3TQWA 1XT8A 1MPCA 3KZGA 4RPNA 5HBCA 4X1DA 3ZS6A 3RY3A 4KI0E 1FTLA 1B4HA 4YZZA 1WODA 1LB9A 1P1NA 4XKNA 1QW0A 1A8FA 2Q9TA 2HZLA 5I2NB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4ZDMA 4G68B 2NUVA 4ZEBA 3FBPA 2Q8JA 1NH8A 3QUFA 4N8GA 3THIA 1M5DA 2UVGA 3FASA 3USDA 3Q28A 5FTIA 2FYIA 3D4GA 4NN3A 4YAHX 1MXZA 2F8DA 5IZ3B 4QSEA 1TFAA 3CR9A 5I57A 4MNIA 3IB0A 1ZKBA 3RNNA 2RKMA 5A5LA 3K1PA 4P8BA 3H4ZA 2AIXA 4XKQA 2Z8DA 3QSLA 2O69A 4OXVA 3K6VA 3PMVA 4F2OA 1JEVA 3LSWA 4K3FA 1JW4A 3MP1A 1MXYA 3DM0A 1LAGE 1F9BA 3EPEA 4ONYA 4N6KA 1FPFA 2VPOA 2R71A 2Y7KA 4OETA 2CZLA 1A7LA 3FXQA 4F18A 3R7XA 5J1DA 1B3HA 2ZYKA 3U8QA 1DTGA 4AS5A 1SYIA 4LZ5A 2XXKA 3VV5A 1OQGA 4O3CA 4JWYA 4RJZA 3TDJA 4XKRA 1Q35A 3IB2A 4GVOA 4RK2A 1LBBA 4QFOA 1MS7A 3CFXA 4NX1A 2V25A 4G8HA 3KGCA 2ZXTA 2V3QA 1SW5A 3OENA 1AH5A 1R1NA 5H8QA 2GHBA 3IO4A 3FVOA 1EYKA 3PUWE 4QFLA 3PMXA 1MQHA 4QBAA 4PE5B 4IY6A 4I3EA 3ILUB 5FHMA 2V4CA 4JSDA 4R2BA 1IMEA 1FCKA 4PFBA 1M5CA 3KN3A 4MMPA 4U21A 2X7QA 1FPLA 1MDQA 5ICTA 4YKIA 4I1DA 1P1OA 2XA5A 4MH5A 4GFRA 2CEYA 1Q9DA 2O6AA 2Y7WA 2W7YA 4JWOA 2PX1A 4QFNA 1I69A 3L6HA 2YLNA 4HE0A 5A5XB 4F29A 2D3IA 3T9VA 1A99A 4MEVA 4OHNA 2WYKA 3KC0A 2PYYA 3A3UA 4JVDA 4ZE9A 1UTBA 2I4CA 1FW0A 3JZJA 1UQWA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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