3PPRA

Structures of the substrate-binding protein provide insights into the multiple compatible solutes binding specificities of bacillus subtilis abc transporter opuc
Total Genus 103
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
103
sequence length
271
structure length
271
Chain Sequence
TIKIGAQSMTESEIVANMIAQLIEHDTDLNTALVKNLGSNYVQHQAMLGGDIDISATRYSGTDLTSTLGKEAEKDPKKALNIVQNEFQKRFSYKWFDSYGFDNTYAFTVTKKFAEKEHINTVSDLKKNASQYKLGVDNAWLKRKGDGYKGFVSTYGFEFGTTYPMQIGLVYDAVKNGKMDAVLAYSTDGRIKAYDLKILKDDKRFFPPYDCSPVIPEKVLKEHPELEGVINKLIGQIDTETMQELNYEVDGKLKEPSVVAKEFLEKHHYFD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structures of the substrate-binding protein provide insights into the multiple compatible solute binding specificities of the Bacillus subtilis ABC transporter OpuC
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glycine betaine/carnitine/choline-binding protein
source organism Bacillus subtilis
molecule tags Transport protein
total genus 103
structure length 271
sequence length 271
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-11-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04069 OpuAC Substrate binding domain of ABC-type glycine betaine transport system
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3pprA01
3.40.190.120 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Osmoprotection protein (prox); domain 2 3pprA02
4FEBA 3UA8A 2BJJX 1FQBA 3K1NA 4POXA 1QULA 4H65A 3HHGA 4U22A 1QUIA 1QVSA 1PBQA 4LQ5A 1YAEA 3IJXB 4OYVA 4FJPA 3EPEA 5HM4B 1MXYA 1QUJA 4U1OA 1LGBC 4EDPA 4ESXA 3O29A 1P99A 3Q25A 1XVXA 4XIGQ 4HW8A 4OWDA 4UACA 5L9SA 3O9PA 2P0SA 3RT8A 4KYSA 5FHOA 5FTIA 3K2DA 1DPPA 2A5SA 1L5TA 3IR1A 4Q8RA 3TZAA 2DP8A 2ZYMA 2H98A 2ZXTA 5J1DA 2ZMBA 3E13X 1H76A 1ZTYA 3FIRA 2DE3A 4OEVA 3JZJA 2XXXA 3TTRA 3K01A 5DVIA 4Z7EA 3FXRA 1MQJA 3KBRA 3LSXA 3FXQA 1LAFE 2ZNUA 4JWOA 2O68A 3MWBA 5CBRA 2XD2A 1FW0A 4RPNA 4X1BA 1B7HA 2I0BA 1QKAA 4NF5A 2OZZA 2Q9TA 1US4A 2ZNTA 2QMXA 2B3FA 4YB7A 3VE1B 1B3GA 2HAVA 3QUJA 1FTKA 2F97A 4GL0A 4G4PA 4OFJA 3MQ9A 3KN8A 1Y3NA 4X48A 3FV1A 3KFMA 2XXQA 5I84A 3DP8A 4KCDA 4XKPA 2DWAA 1NNFA 4WXJA 1UTHA 3T9HB 3SDFA 1UIVA 5I56B 3N5LA 3FVGA 2VOZA 1MH3A 1LAXA 4XKQA 5K2XA 1B1XA 3B7DA 2R6GE 2QMWA 4L17A 5I58B 4IO6A 1RYXA 3KEIA 3PMXA 4N07A 2NOOA 3PMVA 3MPLA 3Q26A 1PDAA 5EHSA 2F7BA 2V3TA 2DVCA 3IL1B 5CRYA 1O7TA 3MAMA 4YMBA 3TYHA 4ISUA 4HTGA 2GH9A 1M5EA 3ILUB 2XXPA 1IIWA 4EUOA 4ZE8A 4FECA 3PD9A 2GHBA 3DP6A 1MY2A 3ZKLA 4G77A 4R74A 4YKKA 2V3QA 1SI1A 1MH4A 4GLIA 1ELJA 3PUVE 3LC8A 4EXLA 2PVUA 1SBPA 4R9FA 4GL8A 3I3VA 1IUDA 2NUVA 1R9QA 1H45A 3RY3A 4POWA 4H1XA 1JQFA 3PGFA 1B58A 4E0XA 3MC2A 1Y9UA 3CFLA 3TCGA 3DP4A 3V5AA 2ESNA 3G7WA 3OO8A 2UXAA 3QIMA 5TP9B 3A3UA 5H8QA 4LONB 1URGA 3Q29A 1EH3A 2Z22A 1MPDA 4PFUA 1XOCA 4YKPA 1JW1A 4O3AA 2VP1A 4ZEFA 4QFNA 1MY3A 4QFKA 4EF2A 1A7LA 1YCJA 2XXWA 1II5A 1B0LA 4F1YA 4EXKA 3Q27A 3HN0A 3ZS6A 3R7XA 3EHTA 5TP9A 4I9DA 4FORA 3A09A 4PFTA 3LR1A 4KI0E 1Y3QA 5B70A 1GTKA 1WVJA 3V89B 1TXFA 5KDTB 3V8XB 5LOMA 3O6HA 3MVZA 2UVIA 1JETA 2R9JA 5ITPA 4GXAA 1R9LA 2OWTA 1SVXB 4BDNA 3O6IA 3H06B 3ONMA 4EF1A 3N26A 1MDP1 1Y1MA 3L6HA 1SYIA 1JVXA 3D4GA 1ZKBA 1USYE 3K6XA 4OVJA 4QRZA 4R72A 2O6AA 4Z0IA 4DDDA 3U8QA 4F3PA 4OENA 2DXYA 2O7IA 3TODA 5KDTA 5FTHA 1FQFA 4X1DA 3G3GA 1NNTA 3RNNA 1RYOA 1AH5A 1JEUA 1P1WA 4R6HA 4O3BA 4F1VA 2OJTA 3SEWA 1ZLQA 3C33A 2RC8A 4BDLA 4U21A 5AA2A 5AA4A 3UIFA 4XXUA 1B05A 3EF7A 3TTKA 4IO3A 3RGYA 1S50A 1MXZA 4RA1A 1Z7NE 2AIXA 3TEPA 1I69A 2G93A 2PBWA 3ECRA 4DIGA 3H3GA 4MLVA 3H6TA 5KZTA 2Q88A 4IGTA 1IZ1A 4H8IA 1Y1ZA 1B7ZA 3PUZE 5KCJA 1N84A 1SW5A 3TUSA 3FD3A 3VVFA 3KN7A 3OSQA 3OO9A 1ZMGA 1MQHA 3CRBA 4YMAA 3LBSA 2Y7KA 4GWOA 2XX7A 4WKMA 1IITA 1OQGA 4GXSB 3O97A 4U2RA 2XHDA 1LB9A 3WAFA 1GVCA 1NMUA 1I6QA 3IO4A 1POTA 1MM7A 2PYYA 4RJZA 1LCTA 4H8JA 3M3FA 3S9LC 4H67A 1M5FA 3PUXE 1O64A 2F6PA 2F36A 1FTJA 3SKPA 4F2QA 1AL3A 1B7UA 5EHMA 4TLLB 2HXWA 2AL5A 2Y7WA 3EHUA 4ONYA 1DTGA 3KSXA 2Y7PA 3K00A 2VHAA 1DSNA 2UYEA 4H6DA 4YAHX 3TKDA 2X7PA 3MJNA 1PBPA 1YPNA 4EQ9A 4RK2A 1OVBA 3KGCA 1DPEA 3V83A 2ONRA 1LFGA 1B40A 3K4UA 2UYFA 3SEYA 1PEBA 2FNCA 4AB6A 2QS1A 4IB2A 4GVOA 1SDXA 3CFXA 1BIYA 3PUYE 3QK6A 4OXVA 1MXXA 2FYIA 3A3CA 3QSLA 3MP8A 3O28A 3N94A 3IOVA 3E9XA 3PUWE 3IOWA 3S9EA 3WAEA 2ANJA 1VFDA 2I58A 1DMBA 5ICTA 3OO6A 1H43A 3FJMA 3RN8A 3IJOB 1N3WA 2KLFA 2V3UA 1IXCA 2Z8DA 4DXUA 4IY5A 4IGRA 1B3LA 3C34A 4ZS9A 3PU5A 1Z7ME 3K1MA 1TFDA 1ATGA 3VDFA 4R73A 3BBRA 3CSGA 5HBCA 3C32A 4X9TA 4IY6A 4OZ9A 1PB8A 4R9GA 2XXRA 5JK4A 1ZJLA 4MH5A 1XVYA 1UIUA 5CM6A 4JSDA 3C9HA 3T96B 1A55A 4NEDA 1Y20A 2E1SA 4YKIA 2E0SA 2DWJA 4QHQA 2I6EA 4ZEBA 3FUZA 2HQ0A 2RCBA 3N6UA 2O51A 4MF3A 1USYH 4I62A 2VD2A 2DWIA 2THIA 3CFZA 4M4GA 3MZBA 4ZECA 3OD7A 3KG2A 3U72A 3PPPA 4KR5A 3ODBA 4BDMA 2F5XA 1B2HA 4LVQA 4G2ZA 4RXLA 2DVZA 2PT2A 1NKXA 5CBSA 5I56A 3K6VA 4R2FA 3C31A 3SEXA 1D4NA 1PB9A 1GR2A 5ITOA 1LFHA 2Q8JA 5I58A 3CR9A 4PE5B 3GZGA 4DE8A 5F1QA 3W9WA 3FVNA 3DLNA 3IB0A 3OXNA 3K6WA 4IO7A 2H4IA 1MQIA 3MZ9A 5H8NB 3FVKA 2YJPA 2V93A 4R75A 3C36A 5DEXB 3IK6B 4JWXA 3VVDA 3OO7A 3N6TA 1BLFA 4ZEIA 2B65A 2YPNA 4FIMA 1B52A 4F1UA 4OFOA 1URSA 3OOAA 3O66A 5ICQA 4O3CA 2FA7A 3MVYA 3KN3A 4G8NA 3USDA 1DTZA 4M1VA 3TPAA 2UVHA 1Q1KA 1US5A 3PPQA 2ZNSA 1SW4A 5A5XB 5TPAB 5H8NA 3IX1A 1FQCA 4G8HA 4FE8A 4MBPA 2O69A 2A5TB 1B4ZA 1CE2A 4LZ7A 5I2NB 4F3BA 4PFWA 3H03A 2DS9A 4MFIA 4RYAA 2Q2AA 2RINA 4G68C 3HSTA 2OLBA 4HS7A 2WKYA 3C4MA 4N6PA 1A8EA 2VD3A 1N7WA 1IEJA 5EYFA 2IA4A 2QPQA 4QSDA 4PQJA 3MBPA 1OMPA 4QF9A 1IXHA 1NH7A 3RQTA 4H0WA 3P7IA 1B6HA 4TLMB 2AYSA 4DLDA 2A5TA 1NNPA 2I4BA 2V84A 3SERA 1BTJA 3W9VA 2DSFA 3MW0A 5B7DA 4F31B 3DM0A 3FV2A 1HSJA 2Z8EA 4KD5A 1B4HA 3B6TA 1B3HA 3PMWA 4ZEKA 3T9UA 5H8SA 4R6KA 1MQGA 4JWYA 4JB7A 2ZYOA 4YB5A 3VFJA 2O1MA 4IO2A 3RLFE 1B1HA 3Q28A 3FATA 1MXWA 1P1UA 2QL3A 4KFQA 5I57B 2G29A 4GIZA 5H8FB 1A54A 4FATA 4OQOA 2I3WA 3H7MA 3MUQA 3RUMA 4DCYA 1R1NA 3BFUA 1A8FA 1NFTA 5AA2D 1MM6A 4LZ5A 3H6UA 4YKJA 1TFAA 1ZU0A 1XT8A 5CMMA 3KJTA 2ZYNA 4AB5A 1B5JA 1FTLA 4EQBA 3AXFA 4OERA 5L9MA 3S9MC 1LFIA 4BDOA 4QFLA 2DXRA 4JXIA 1XHYA 3OEKA 2X7QA 4EQ7A 5I57A 1B9JA 1NL5A 3CVGA 3D4CA 1SW2A 4I1DA 3G3HA 2QS4A 3TDJA 4GFRA 3DELB 4F3SA 3G3IA 4XKNA 3K1PA 3VV5A 4NWCA 3T9VA 5M2VA 2RF1A 4G8MA 4KYDA 3VVEA 3FVOA 3THIA 4DZ1A 1M5BA 1VR5A 4NE4A 4BDRA 1ZIUA 3M8UA 2DE4A 4RPOA 4DCXA 3B6WA 1YTVA 3MP1A 2XXYA 3T93B 3VLUA 1FCKA 4PETA 4OETA 4FEDA 3GBBA 4JSOA 4OFLA 2NVUB 4R6YA 3IB1A 3I5OA 1IXGA 1SI0A 4DXBA 4QSCA 3FASA 1B3EA 1J1NA 2QRYA 1FTMA 1JEVA 1P1OA 4WEPA 2RCAA 1PB7A 2HZLA 3ZKKA 3HO7A 1DOTA 1XC1A 4C1UA 1Y3PA 4AQ4A 1HSLA 3I6VA 1D3KA 3LUYA 4YU0A 3ZSFA 3UORA 2H25A 2DWHA 3KZGA 1ANFA 2AL4A 4NTLA 1FQDA 2DQVA 2O1LA 5ELVA 1B3FA 4RY1A 2XXHA 4TQUQ 4U23A 4BLAA 5ISUA 5HPQA 3R26A 5DVFA 5H8HB 3OELA 2XX8A 3M3LA 1N0TA 2XD3A 4E0WA 4U4XA 5CMBA 1D9YA 1FTOA 3IORA 2Y84A 3UK4A 3CI8A 1AOVA 1TWYA 1MPBA 2I0CA 3H6WA 2V25A 1B0HA 4NF4B 4Q30B 3JV9A 3MZ1A 4F19A 1QJMA 1VFEA 4N13A 1GGGA 2Z23A 4LP2B 1MDQA 3KJ7A 4NF5B 5H8HA 2GRVA 3MPKA 5AA1A 1B46A 2O84X 3FJGA 2ONKE 4GF8A 2XX9A 1R6ZA 4LA9A 5CC2A 1ZBMA 1CB6A 4TOZA 4UA8A 1EZPA 2ZYKA 1B5HA 4GRKA 1LAGE 3CG3A 2DE2A 4NF4A 2XXTA 4ZZEA 2XXIA 4R2BA 2F35A 1S7YA 3EHSA 4ELPA 1B5IA 3KOTA 1JW5A 1UTHB 1EZOA 1MG1A 1SQYA 1URDA 1JNFA 1Y4TA 1H3DA 4KYEA 3OEMA 3QYTA 1MS7A 2H9BA 5I59B 4FAJA 3TTNA 4LATA 3S2VA 1M5DA 3U93A 4ZE9A 2ONSA 2Y7RA 3E3KA 4KHZE 1SYHA 1Q35A 3TELA 2I4CA 4OESA 5AA3A 3HHFA 3TMGA 2I49A 1NNKA 5DTBA 3FGSA 2QJEA 2D5WA 4F22A 2CMOA 3HCQA 1SD3A 1VE4A 4I8CA 1P1QA 3JYRA 3LSFB 5IAIA 1I6BA 3H6VA 4LUBA 3BFTA 2REJA 4ELOA 2B3BA 2QS2A 3RTFB 1XS5A 2Q89A 3W15C 4GOTA 5I59A 1MY1A 3TAJA 1QW0A 1LBCA 3UP9A 3U1OA 4G68B 3TFLA 3OENA 3G3FA 2Q2CA 3CG1A 1OLAA 4JBZA 2I48A 4F3GA 4JDFA 3MP6A 1P1NA 4F29A 3R6UA 3H4ZA 5AE4A 1UQWA 2HZKA 4OEUA 5FHNA 2XXVA 2Z8FA 3VLVA 3QUFA 1B32A 3CSBA 3IB2A 4BDQA 3OSRA 4ND9A 3UN6A 3KOSA 2F7CA 3EQ1A 3G3JA 5CMCA 2VGQA 3S9NC 4XKRA 2ABHA 3SESA 4ZEDA 2UVJA 4QSEA 1KWHA 5K2YA 5H8QB 2P2AA 4G68A 2PMSA 3PPRA 4Q5TA 5IKBA 2X26A 5F7VA 1O63A 1I6AA 2PX1A 5BWJA 1SW1A 2CZLA 3VXCA 1JVYA 3OMBA 2HFBA 4NF6B 3GXAA 2NXOA 4GD5A 2H99A 3HPIA 3MVXA 3F11A 3ILTB 1H44A 2W7YA 4KCCA 3C35A 1BKAA 2XXUA 1D9VA 2RC7A 4OTEA 3O2AA 4ESWA 3SEUA 4YZZA 5DEXA 3QAXA 4C0RA 4YICA 1MQDA 3M3KA 4THIA 2HCAA 3EN3A 3HV1A 5CMKA 3GLBA 4H5GA 3T66A 1EU8A 1POY1 1Y4CA 2I3VA 4ZZAA 4ECFA 4NF6A 2GFEA 3GBAA 1N3XA 2UVGA 5A5XA 5TPAA 5L9OA 2F8DA 1LBBA 3TTMA 2REGA 3PV0E 2OBGA 5FHMA 2RC9A 3O6GA 3B6QA 4PP0A 4QFPA 4U4SA 2OCUA 3K02A 3PPOA 1N76A 1MY4A 2M8CA 5I2NA 2D21A 1GV8A 3IO6A 1A99A 2F78A 2DYXA 3U92A 2F6GA 3FXUA 1LLSA 3T22A 4KPTA 5I2KB 2P1SA 2DOJA 4DXCA 2Y7IA 4RNSA 3SETA 5AA2B 1N04A 2PT1A 5TU0A 4IO4A 5AA4B 1OLCA 3KSJA 2GHAA 4P0IA 3BKIB 1S9TA 3VLWA 2QSXA 3S4UA 5DYHA 1A40A 4HCYA 3SEVA 1B51A 4P0GA 1OVTA 3FZVA 3PD8A 4C1TA 4F18A 4F2OA 1EZ9A 3U94A 4NWDA 3TQWA 4XTCQ 1LB8A 3PPNA 4QFOA 1LCFA 3FJ7A 5KCJB 1N7XA 2RKMA 2D3IA 4GQOA 2F7AA 5BUUA 5I2KA 4PFYA 1PC3A 2OWSA 4NF8B 1MY0A 2ALUA 2QS3A 3T9XB 1VSOA 4OHNA 1M5CA 1FQEA 1BP5A 4F39A 5H8FA 4ELRA 2NWJA 2R71A 3LSLA 3K6UA 1MPCA 3RT6B 3IOTA 5CI5A 3TTLA 4Q0CA 1NH8A 4MLQA 1HSEA 3IOUA 1LAHE 3RPWA 2F34A 1IXIA 1JW4A 4ELQA 1WDNA 1AIVA 4NF8A 3VXBA 1UTBB 4H5FA 3E4RA 5DT6A 1RKMA 5DVJA 4P11A 1T0KA 1OQHA 2O7UA 1TT1A 3TCFA 1MXUA 1MXVA 3RTWB 4OMBA 5L8DA 1F9BA 4K3FA 1FQAA 4LZ8A 4IO5A 4NMYA 2HAUA 5JTYB 1LSTA 3G3KA 3L6GA 1IQ7A 1QUKA 3IAZA 1MRPA 1OIBA 4HCWA 4WEDA 2LAOA 2IEEA 3MVWA 4RK9A 4U1ZA 2OK2A 1UTBA 1QKBA 4KQPA 2H5YA 4YB6A 3K0VA 3UGWA 3TQLA 3LSWA 1AMFA 5JEIA 2YLNA 4ZDMA 3QXMA 3TCHA 3CIJA 5JTYA 1WODA 4LQ2A 2HEUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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