3PSUA

Hiv-1 protease in complex with an isobutyl decorated oligoamine (symmetric binding mode)
Total Genus 20
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
20
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Protease
publication title Multiple binding modes of a symmetric inhibitor in HIV-1 protease
rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 20
structure length 99
sequence length 99
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-12-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3psuA00
5P33A 5P0JA 5J25A 1LS5A 2VIZA 4PPHA 5OZQA 1TCWA 3QI1A 5P0IA 4DJQA 5P5HA 1LV1A 2O4SA 1EPRE 3LHGA 4RVXA 1DMPA 3RSXA 1ENTE 4DJOA 2NXDA 4Y3FA 1E80E 5P8RA 2R43A 3SM1A 1RQ9A 5P6LA 4ZPEA 3BC4A 5P3JA 2CENA 5I3VA 1EBYA 5OZAA 1IIQA 4RZ1A 4J0ZA 4GJ5A 5BS4A 5P89A 5P1FA 4XX3A 5P4JA 1T6EX 4Y5CA 2VIJA 2ER9E 1FLHA 5P7UA 5OZWA 3APRE 5OZ6A 5P83A 3INEA 5P5FA 4Y4JA 5ENKA 1FQ4A 1PSAA 2I4WA 4D83A 3WB5A 3BUGA 1C6YA 4Y4GA 3I6OA 2HB2A 1UH9A 1D4JA 5P23A 5P1AA 2V16C 3VF5A 4FSEA 5P11A 2HB3A 3GI4A 1E5OE 5P3XA 5HD0A 3INHA 3O99A 5P30A 4CKUA 3EL5A 1ZP8A 1GNMA 1TW7A 3D1XA 1WKRA 4BFDA 4Y3ZA 5P56A 4QJ6A 2B8LA 2R9BA 4YDGA 2ANLA 5P7PA 5P3LA 5P5QA 3QROA 4I8WA 3DUYA 5P6EA 1SMEA 2QAKA 1BBSA 5OZCA 5P4GA 4QLHA 5P2VA 5P42A 5P6PA 4EQJA 5P2MA 2BJUA 4EJKA 3K5CA 5P1CA 2QHYA 4J5JA 1K1TA 5P2NA 1HEFE 2PYMA 5APRE 1M43A 3CIDA 4ZLSA 3KDBA 2FXEA 3L3AA 3TKGA 1FEJC 2QP8A 1W5VA 5HE5A 3NU6A 3UDQA 1XN3A 5P52A 3OWNA 4GJBA 3EXOA 3BUHA 1ZTZA 5P7JA 1AAQA 1YTJA 4I0EA 4DJUA 4Z22A 4MC1A 1IVPA 5HU0A 1MSNA 2HAHA 2OHUA 3QVIA 5AGZA 1B6PA 5P6QA 2QMFA 2ER0E 1HRNA 3ZL7A 5P3UA 4LAPA 1FG8C 1EC1A 4CMSA 1E82E 2PK6A 4I10A 5P02A 1HIHA 5TOLA 3S45A 1DW6C 4Q1XA 1IVQA 3IAWA 4AA9A 1LF4A 1OHRA 4H3IA 3OHHA 4DUSA 2J9JB 3K5GA 1ME6A 5P5VA 3RTHA 4OBKA 2ZHUA 2OHKA 5OZ9A 5P4PA 3MXDA 2OAHA 1MUIA 5P5JA 2WF3A 1IZHA 5P7CA 4PZXA 5F00A 1APUE 5P5SA 5OZHA 5P0EA 2VNMA 4FIVA 4GJ9A 4Z50A 2PH6A 1QBRA 5DQ1A 2QI1A 5P1JA 5P4BA 4B70A 3L5BA 2QMDA 2UXZA 5DQ4A 5P5GA 3U71A 3HAUA 1BV7A 1NPAA 3PSYA 2ZJMA 3FNSA 4Y54A 3EM6A 5OYTA 4TRZA 5OZIA 2IDWA 4M8XA 4RCFA 4EXHA 2FNTA 3QPJA 1BWAA 4Y4BA 5P2JA 3CKPA 4Y3TA 5P0UA 1ZSFA 3OXXA 5P1WA 1KJFA 5P2GA 2G1YA 5P3HA 5P0XA 1LZQA 1C6XA 2ZJKA 1GVUA 2G1NA 4GMIA 5P69A 4Y4AA 5DQCA 3O9EA 3D1YA 5P7FA 4DJXA 2RSPA 2ASIA 1K2BA 2ZJHA 5P6DA 4Y41A 3OUAA 4Y6MA 5P2ZA 3UDJA 5KR8A 1CMSA 1Z1RA 3URJA 2F8GA 4KB9A 3S53A 5P0DA 2PQZA 5P4DA 5OZMA 1BV9A 3CMSA 3PLDA 5P8MA 2JYSA 3INDA 5P4AA 2NXMA 3WB4A 4TRWA 3K5FA 4AUCA 2IGXA 4FRKA 5KR2A 4Y57A 1LYWA 1EPLE 2WF0A 5P3ZA 3F9QA 5C9FA 3PCWA 1EC0A 2CEMA 4DFGA 5P3MA 3LITA 5P7AA 3HD8A 1HEGE 4MC2A 1TZSA 3OOZA 4U8WA 5P4WA 1MRWA 2QU3A 4Q1WA 2VKMA 5P3AA 3SPKA 3RSVA 5OZ3A 4YHQA 5P64A 3LPJA 3TPRA 3PSGA 5P61A 4RYCA 2VS2A 1HTFA 5P0YA 2ER6E 5P4HA 5P1TA 2Q11A 5P1MA 4KE1A 3EKPA 5P0NA 3IVIA 5P8DA 1D4LA 3VCMA 1ZAPA 2P83A 2WEAA 2I4DA 2QD8A 5P7VA 3QRSA 3ZKQA 4YBIA 4EJ8A 4B78A 5P3FA 2QD7A 2P3CA 4KE0A 1XE5A 5P0GA 4FAEA 5P49A 2QZLA 5P68A 5OYWA 4J17A 4HVPA 3EBZA 3R4BA 5P2UA 4RLDA 5P36A 1QS8A 5P6VA 5P04A 5P1VA 5P1OA 4DVFA 4FM6A 5P66A 1IDAA 3D91A 5P3TA 2AZ8A 1RV7A 4CPTA 1PSNA 5IVQA 4TVHA 3LZYA 3SFCA 1HVIA 5HU1A 3SAAA 1AJXA 3GGXA 1U8GA 5P2KA 2VIEA 5P4SA 2VA6A 2Q15A 3PI5A 5P00A 1APVE 2HC0A 3IN4A 1IBQA 3ZKMA 5HTZA 3DCKA 5ER1E 5P7MA 3TLHA 1SBGA 4OBHA 5OZDA 2VA5A 5P8LA 5P86A 5P54A 1MEUA 3AIDA 1NPVA 2HPFA 4F76A 5P14A 5P31A 5P60A 2HB4A 3UFNA 2Q64A 2ZHTA 2IKOA 4PYVA 4YCYA 5IVRA 4EP3A 5P6ZA 3OQAA 1FMXA 1A9MA 2ZGAA 4OC6B 4ZSMA 5P8JA 4ZSRA 2H6SA 5P70A 5P6JA 1FGCC 5P4YA 2QMGA 2QCIA 2Q55A 2AIDA 2NNPA 1T7IA 1UH8A 1HVKA 1TSUA 1AVFA 1SH9A 4R5NA 4M8YA 3ZKIA 1KJHA 5T4SA 5P40A 3OU4A 5OZ2A 5OYSA 5P75A 4FCOA 3NU3A 5P5WA 4CPRA 5EZZA 1ER8E 7HVPA 2PK5A 6FIVA 2B7FA 5P5XA 4Y4XA 1BDLA 2JXRA 3NR6A 3QBHA 4ZSPA 5KQYA 5P0BA 5P5DA 5DR0A 4A6CA 2QMPA 3VEUA 2I1AA 5I70A 2J9JA 4YD3A 4BEKA 1M0BA 5P57A 5OZ0A 4Z4XA 5P5ZA 4DPIA 1D4SA 5P3CA 3RTMA 3PLLA 5KR0A 1HPOA 5P8KA 2ZJIA 2XFIA 3BRAA 4RCEA 1A8GA 5P76A 1IDBA 4Q1YA 5P29A 1FFFC 3O9CA 4K4QA 2SAMA 1YM4A 1YM2A 3FV3A 4B1EA 4F73A 5P0HA 1NPWA 3B80A 4GB2A 3CIBA 4D89A 2R3WA 4XX4A 1KJ4A 4Y53A 5P3SA 3NYGA 2V13A 5OZ1A 1AIDA 4D85A 3UDNA 4YBFA 3ZKXA 4FLGA 4LL3A 3KFRA 3S54A 5P5TA 1B11A 1D4IA 4Y36A 5SZ9A 3ZPSA 3HDKA 2A4FA 3KFSA 3T11A 5P5KA 2IENA 3NXEA 5P41A 1KJGA 3INFA 2PYNA 2R3TA 1KJ7A 2FIVA 3UDPA 3QIHA 4Y51A 3OQFA 4DQGA 2FDPA 2MIPA 1YTHA 1MT8A 3K5DA 3FX5A 5P7NA 5P2DA 4GJAA 5P45A 1PPKE 3MSJA 1TQFA 4DQFA 3OAGB 4Y4DA 4R93A 4ZEAA 2AOJA 5P4VA 1GNOA 4FRJA 4I0HA 3EM3A 1MSMA 2V12C 1VIJA 1LF2A 2BKSA 2QI5A 3BXSA 4LC7A 5OYXA 4DJRA 4L1AA 1YG9A 1LYWB 2UPJA 3OUCA 5P8IA 5HDZA 1W6HA 2G21A 3TOGA 3APPA 3L5DA 3PMUA 4B1DA 4OD9B 5P2OA 5P71A 5P8VA 2OHRA 3EKTA 3BHEA 4D88A 3NUJA 4ER1E 4J55A 2P3BB 1J71A 5P2QA 1JLDA 4K8SA 2OHLA 2WEBA 3RVIA 3UDKA 2FNSA 3KFPA 2V00A 2VJ9A 3S7MA 2Q54A 4HDPA 2QZKA 2RKGA 4I0IA 5P4EA 5P0SA 5P09A 1PFZA 3HW1A 1BVGA 4YD4A 5P1DA 2O4NA 2FMBA 3KMYA 3QRVA 2F80A 1FQ6A 3OK9A 4Y3NA 2G1OA 4I0DA 4Y3QA 3OTSA 4J1CA 3JW2A 3OXCA 2EWYA 1D4YA 1HOSA 2NXLA 2HPEA 3VV7A 1ODWA 4AMTA 4HDFA 4TVGA 2V0ZC 4CPXA 1FQ8A 5PEPA 3FSMA 3ER5E 4NJSA 4HE9A 5COOA 2ER7E 3UHLA 1K6TA 1IZIA 1MTBA 4DI2A 2A1EA 1RPIA 3EM4A 3EMYA 3EKVA 5P87A 1RNEA 1QDMA 2ZJJA 4Y4UA 3M9FA 4OC6A 5P46A 4QJ7A 5FIVA 3L59A 5P8EA 1XE6A 1G0VA 5P0MA 1XL2A 2B8VA 5P01A 4H3GA 1B6MA 1HVRA 1PSOE 3VFBA 1DPJA 1MT9A 1B5FA 2BPXA 2G1SA 4F74A 4S1GA 5P2XA 5P0PA 1G6LA 1FQXA 5P0AA 1W5WA 3HBOA 5P1HA 4ER4E 2PH8A 4Y3AA 2G20A 3CKTA 4FM7A 5P7TA 2XFJA 4K4PA 2VIYA 2FGVA 5P05A 4U7VA 3BXRA 4Y3HA 3PWWA 2O4LA 3OU4B 5EZXA 2R5QA 5P0CA 4NJVA 2QK5A 1XN2A 1MRXA 5P7HA 1FB7A 1EC3A 1ZSRA 2AVOA 2B42A 3K4VC 4QGIA 1EPNE 5P0LA 3BVAA 3GI6A 5ENMA 3WZ7A 5OZBA 3KFNA 1LYAB 2G22A 3MSKA 5P43A 1HSGA 5P6SA 4L7HA 1W5YA 1IZDA 5P3RA 4H3FA 4LXMA 5UPJA 2PSGA 4I12A 2B60A 3KMXA 3VYEA 3TNEA 4EJLA 4JECA 3PWRA 3O9BA 4Q5MA 3L38A 4HA5A 3OTYA 5IVTA 3S7LA 3EL1A 3TPJA 2WJOA 1SP5A 5KOQA 3S56A 1A94A 3PVKA 1HVLA 3UPJA 5P6KA 3PSUA 5OZKA 3NSHA 5P6CA 4H1EA 4Y39A 2IQGA 4RVIA 4EJDA 5BWYA 5P4MA 4EYRA 5P1UA 3OGQA 4AA8A 2NTRA 5P5UA 1QBTA 1QBSA 4DJVA 5P74A 1HPXA 3PBZA 5OYQA 3S43A 2QNPA 3NDWA 5P3NA 3ST5A 3UFLA 4MC9A 3RU1A 4CPSA 1RL8A 3FNTA 5HCTA 5P77A 1T6GA 4LXKA 8HVPA 2QHZA 1BXOA 5P63A 5OZ8A 2QNQA 1DAZC 2OHTA 5SY3A 5P1XA 5P1NA 4EXGA 3IN3A 5P6OA 4APEA 5OZVA 5P84A 5P0TA 3OAGA 1MESA 3NUOA 4K4RA 5P5EA 1BXQA 3G6ZA 1FG6C 5AH9A 1T3RA 5OZGA 4H3JA 1FF0C 1IZEA 2PWCA 3WSJA 1MPPA 5AH7A 3IVHA 1AJVA 5P1RA 1HTRB 4N00A 1EPQE 4HEGA 3HVGA 3LPKA 2J9KA 5P2AA 2Q3KA 1XDHA 3VSXA 1E81E 1GKTA 5P2TA 2RENA 4ER2E 5P17A 5P0ZA 4OD9A 5P7YA 1Z1HA 4R95A 3WZ8A 3D1ZA 3KT5A 1NH0A 4QJ9A 3KYRA 4DQEA 4L1AB 5AH6A 5P6IA 2P3BA 5P3DA 5P4NA 3UDHA 5P34A 4LXAA 4Y50A 2WF1A 3KDCA 3SA9A 4Y5NA 5P81A 3NWQA 5P6GA 3L5CA 5P78A 2FXDA 2G27A 4Y37A 2R8NA 1VIKA 5P1PA 5P6AA 5P7IA 4Y3YA 4HLAA 5OZNA 4J0YA 3QBFA 4DH6A 5F01A 2FLEA 3Q6YA 4YOBA 2AVQA 1AM5A 5P7DA 4Y5BA 3EKQA 3OXWA 1HXBA 1EEDP 3UQWA 5OZ7A 4QJ8A 5P7SA 3KA2A 5P3YA 1ODYA 3EKXA 1SIPA 3ECGA 1FQ7A 4GJ7A 1ODXA 4TRYA 4GZFA 1DP5A 4L7JA 3EL4A 3QN8A 3EL0A 1SMRA 1K1UA 3LNKA 5E5JA 4I0FA 2WKZA 5P1QA 1APTE 2AZBA 5I3YA 2I0AA 1SGUA 3O9GA 3N4LA 4APRE 3NDUA 4J0TA 2WEDA 5P3IA 5P4XA 4YOAA 2PMAA 5P80A 3DK1A 2VA7A 5P22A 4WTUA 5P7WA 4R91A 2AOFA 5P3GA 4QJAA 2QHCA 5P7RA 4J1IA 3MSLA 4OBZA 3SA5A 4Y3LA 1FKNA 5P28A 4WY1A 5P1SA 3NU4A 3I2LA 4BFBA 2ZJLA 3PJ6A 1SIVA 5P4IA 4I0JA 3VSWA 5P8OA 3T7XA 1CPIA 2ZHVA 5JODA 3OXVA 4NJUA 5KQZA 5P2EA 4ZPFA 3K4VA 2NNKA 3S8IA 3TOFA 1B5FB 2AOGA 2APRA 2BKTA 5DGUA 5KOSA 3LPIA 3Q5HA 2WF4A 3N3IA 5I3XA 5OZRA 5P7KA 4AZYA 5P6MA 1LYAA 5P50A 3QVCA 1TSQA 4J54A 4Y9WA 3GW5A 5P79A 1BVEA 2R38A 2QNNA 5P4TA 2QI7A 4Y3MA 1BILA 4Y3SA 3VYFA 1C70A 1K6VA 3ZKGA 3OQDA 4F75A 3WZ6A 1EPME 2UY0A 5P8UA 3PI0A 2OF0A 1NSOA 5P58A 5C9DA 3O9LA 5OZXA 3ZOVA 5P2FA 4DQHA 4YCTA 5P2YA 5ER2E 3PBDA 2F3EA 4NPUA 2PC0A 5COPA 3SQFA 5I3WA 3OUDB 3PCZA 5P8HA 1ZBGA 4PHVA 2BPWA 2FS4A 3GGAA 2CEJA 4DPFA 2P3AA 3DCRA 5P35A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P33 A;  5P0J A;  5J25 A;  1LS5 A;  2VIZ A;  4PPH A;  5OZQ A;  1TCW A;  3QI1 A;  5P0I A;  4DJQ A;  5P5H A;  1LV1 A;  2O4S A;  1EPR E;  3LHG A;  4RVX A;  1DMP A;  3RSX A;  1ENT E;  4DJO A;  2NXD A;  4Y3F A;  1E80 E;  5P8R A;  2R43 A;  3SM1 A;  1RQ9 A;  5P6L A;  4ZPE A;  3BC4 A;  5P3J A;  2CEN A;  5I3V A;  1EBY A;  5OZA A;  1IIQ A;  4RZ1 A;  4J0Z A;  4GJ5 A;  5BS4 A;  5P89 A;  5P1F A;  4XX3 A;  5P4J A;  1T6E X;  4Y5C A;  2VIJ A;  2ER9 E;  1FLH A;  5P7U A;  5OZW A;  3APR E;  5OZ6 A;  5P83 A;  3INE A;  5P5F A;  4Y4J A;  5ENK A;  1FQ4 A;  1PSA A;  2I4W A;  4D83 A;  3WB5 A;  3BUG A;  1C6Y A;  4Y4G A;  3I6O A;  2HB2 A;  1UH9 A;  1D4J A;  5P23 A;  5P1A A;  2V16 C;  3VF5 A;  4FSE A;  5P11 A;  2HB3 A;  3GI4 A;  1E5O E;  5P3X A;  5HD0 A;  3INH A;  3O99 A;  5P30 A;  4CKU A;  3EL5 A;  1ZP8 A;  1GNM A;  1TW7 A;  3D1X A;  1WKR A;  4BFD A;  4Y3Z A;  5P56 A;  4QJ6 A;  2B8L A;  2R9B A;  4YDG A;  2ANL A;  5P7P A;  5P3L A;  5P5Q A;  3QRO A;  4I8W A;  3DUY A;  5P6E A;  1SME A;  2QAK A;  1BBS A;  5OZC A;  5P4G A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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