3PUDA

Crystal structure of dhydrodipicolinate synthase from acinetobacter baumannii at 2.8a resolution
Total Genus 111
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
111
sequence length
291
structure length
291
Chain Sequence
TIQGSIVAIVTPMLKDGGVDWKSLEKLVEWHIEQGTNSIVAVGTTGEASTLSMEEHTQVIKEIIRVANKRIPIIAGTGANSTREAIELTKAAKDLGADAALLVTPYYNKPTQEGLYQHYKAIAEAVELPLILYNVPGRTGVDLSNDTAVRLAEIPNIVGIKDATGDVPRGKALIDALNGKMAVYSGDDETAWELMLLGADGNISVTANIAPKAMSEVCAVAIAKDEQQAKTLNNKIANLHNILFCESNPIPVKWALHEMGLIDTGIRLPLTPLAEQYREPLRNALKDAGII
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
source organism Acinetobacter baumannii
publication title Crystal structure of Dhydrodipicolinate synthase from Acinetobacter baumannii at 2.8A resolution
rcsb
molecule keywords Dihydrodipicolinate synthase
total genus 111
structure length 291
sequence length 291
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.1.52: Transferred entry: 4.3.3.7.
pdb deposition date 2010-12-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3pudA00
2ATSA 4TO8A 1RQEA 1VCFA 4HNUA 1OX4A 1NF0A 3NNTA 3IIXA 1ZY9A 3M16A 4LVFA 2X2GA 4OE7A 1AL8A 1GVSA 4IMCA 5AHLA 2CW6A 1SFJA 1KFJA 2GVGA 1FWWA 3HF3A 4PFMA 4LS2A 2PRLA 4LC6A 1KW1A 2CFFA 3G8EA 5DCBA 4AWSA 3C0JA 4DF1A 4NQ1A 1FWSA 3W73A 3GVGA 4LUJA 2H90A 5E1QA 2FJKA 4JYFA 3EX6A 5EY5A 1B57A 4UFMA 1TV8A 2P0OA 3IIVA 4WY0F 3GK0A 1VQTA 1F76A 3S5ZA 2QEZA 5HNRA 1T96A 3GR8A 1LRQA 2XN0A 3QW4B 2CLEA 3LLFA 1XM3A 1XBZA 3PVFA 3P5YA 2RDUA 3C6CA 4BI6A 3UWQA 3UWWA 3ZWTA 4WZHA 3QMRA 3FOKA 5CZTA 1KV8A 2ISWA 3M5YA 3RU6A 1DKWA 1Z44A 2X30A 1Y0EA 1XDLA 5DBTA 2QCEA 3QQ1A 1JCNA 2ZRUA 4AMAA 2GVJA 4GXMA 4NX5A 2AQWA 2DU2A 1YDNA 1VH7A 2HSAA 3G3MA 3L0NA 4PL1A 3WJYA 1THFD 3ABRA 3LLDA 4IX0A 4WOZA 2H6RA 2WOQA 2YXGA 5DELA 5D05A 5A8GA 4PEKA 3EXSA 3GKAA 2KZHA 3HG4A 1OYAA 2JGQA 4OHQA 4RLIA 1L6YA 1YTEA 1W37A 4JY9A 2Z2UA 1ICSA 1H63A 4ADTA 4M5PA 3LDVA 3MP3A 1G4EA 4IMEA 2C0AA 4O4WA 1UB3A 4O16A 4R33A 4OGZA 4BFAA 3ELFA 3NQ2A 1G7UA 4FB7A 1JVNA 4NJIA 2VOMA 1H5YA 3L67A 3GB6A 3QC3A 3IIPA 5FEWA 3GNDA 2TPSA 5F1VA 5D02A 1PVNA 4O18A 2A4AA 3QZEA 1VPXA 1VCGA 4EF8A 4UTWC 4IGHA 1EIXA 4JTGA 4NJJA 3NEVA 4TU1A 3P84A 1OVDA 4X2RA 5I3GA 4UTHA 3BLIA 1ZAJA 6TIMA 3ATYA 2B7QA 5LNRA 4QSHA 6ALDA 4HIBA 1W5OA 1WA3A 4RXFA 2BTMA 2RH9A 3UXDA 5F1UA 3LCHA 4FNRA 4YCOA 1W8SA 3EKLA 3KOFA 1SQ7A 1EP2A 3S5NA 1AG1O 4IPJA 5FF2A 3NG3A 2XN2A 1KBJA 5SWUA 1FWNA 4JTUA 2GQAA 1JCMP 3CC1A 1XDMA 2YYUA 4ONVA 1VRDA 3W88A 1QPOA 4GUFA 3P80A 2ZRXA 3EEGA 1TYGA 3DFOA 1CW2A 3SW6A 3M44A 3A24A 3CLMA 1Z41A 3QM3A 2WKJA 2R91A 1EB3A 3OVRA 1Q6RA 3HQ1A 2DZVA 3G1HA 4EOUA 3FJLA 5LKYA 2Q8LA 1A50A 4NX0A 1WOBA 2Z1BA 3W2UA 4UMBA 3NQ7A 4R7JA 3W9ZA 4M19A 2EF9A 3B03A 1ZJIA 3W1PA 3E96A 4CCEA 1TV7A 4UFJA 4O4VA 2PRHA 3S8HA 1K3UA 4GFSA 2ATMA 3PAJA 5G5IA 4NXKA 5CPOA 2E5BA 4MYXA 3W72A 2X1RA 4EF9A 3FYOA 1UUMA 2E77A 3RMJA 3EWWA 4WX2A 1LBLA 1S5TA 2NXGA 4I9AA 4DELA 2J24A 5F2MA 3O6DA 3PG9A 3DU0A 3UY7A 2ZZ4A 3TK7A 3GYEA 1QOPA 2UV8G 3M41A 3GLCA 1OFQA 4C1LA 1OF8A 3WJXA 2FPYA 5K3VA 4CCDA 4AB4A 4XBSA 2Y61A 1YTDA 3NYZA 1S5WA 2EPHA 3NL3A 4FNSA 3G0SA 1FDZA 2HTMA 3P67A 5FF4A 3S6DA 2FPVA 4EWND 4AH7A 2A1YA 1TPC1 4DQWA 1G69A 3LCXA 2C19A 3W7GA 3GZ3A 4Z0SA 2NXIA 3I7QA 1O95A 4ML9A 1D3HA 2V30A 5L9FA 4FX7A 4IUOA 2E6AA 4A2SA 4LVGA 4UFKA 3S1UA 3P61A 3GXPA 1BKSA 2YFOA 3W7CA 3KFTA 1KTNA 3W70A 3G1XA 3PSVA 2Y63A 4O57A 3LXBA 1WDWA 3PUDA 3L9CA 3W7KA 4HT3A 4MZYA 4WJEA 4UFLA 4LWWA 5K9CA 2CLOA 3WJZA 2V5LA 4OT7A 4IMFA 3W1UA 3B0PA 1SO6A 3HGRA 4UNKA 3WK0A 2J9ZA 3MHGA 1KM3A 3NL2A 4N2YA 4M6QA 3BGGA 2C14A 3PUEA 3PBUA 1WBJA 3NQ6A 3ZR4A 2ISVA 3KX6A 3P8IA 2LLEA 2YW3A 5TBOA 1LLZA 1XL9A 3BVJA 4FNTA 3GIYA 1P0KA 1H7NA 3L5MA 1R47A 3V75A 3SGUA 3W7HA 3DI0A 3IGUA 1GJPA 4UTMA 3BLEA 1FXQA 4FNUA 4S2CA 1XXXA 1Q6OA 1OFOA 3DH7A 3GDMA 1C29A 2PCQA 3G8RA 3QSRA 3NL5A 4ZL1A 4I7WA 4JDBA 1FWTA 2CZDA 3LERA 1G67A 3DFTA 5D32A 3MO7A 5DN1A 2V82A 4HN4A 4X22A 4XTDA 3W76A 4DO5A 3USBA 2X16A 5C55A 2D73A 3CU2A 1F6PA 1K8XA 3G1FA 5LZLA 1JQVA 1RV8A 3S1VA 1I2PA 1OX6A 3W7QA 4N6EA 4JTJA 5K4ZA 1SPQA 1TRIA 3Q2DA 3I68A 3RF9A 1NAL1 1GYNA 1TPB1 3G18A 4Z1AA 4KWVA 3VNDA 5DBUA 3LV5A 3NQ8A 4LS1A 3W1MA 2WV8A 2VENA 3RK8A 1OFDA 1VZWA 2FB2A 4K7VA 4O1AA 5DCDA 5HJLA 1L6WA 3KVJA 3QPYA 1GVQA 2FTPA 3LTPA 4I7UA 1D3GA 1M7OA 1RR2A 4LVAA 4QM1A 2Y85A 3IIZA 1XUUA 4TX9A 3W71A 4KWWA 1N55A 3R89A 2QCLA 4Q32A 2V0TA 3HBLA 1R2SA 1VYSX 4PODA 1I8JA 5K9XA 3A22A 1B4KA 5CPNA 3AJXA 3L2IA 1YDVA 2Z6JA 3JR2A 4ALDA 3W7PA 1H50A 4QQ3A 1FCVA 1RZMA 3TJLA 1FBAA 1VYPX 3EX1A 1J2WA 4J9JA 2GUUA 2ZFAA 1MEIA 2NWSA 3HGJA 1QAPA 5BW6A 1FCQA 1SSDA 4L4LA 4ADUA 5KINA 3O6CA 3N73A 1C9DA 3PBVA 4IMDA 5D04C 2DZPA 3TR2A 3HMJG 1TTQA 3SR7A 2R94A 4BR1A 1LYXA 4RZ4A 3T55A 3T7VA 1XUZA 1YXYA 4NNBA 4I7VA 4RR4A 2A6NA 2JK2A 4O15A 5D33A 3B05A 3JS3A 5C6MA 3UWZA 1ADOA 4O1BA 3NL6A 1G6CA 4LVDA 1TPDA 1VJIA 5CZSA 4K38A 1LOLA 2OT1A 1EUNA 1Q6LA 2A21A 5BMWA 3WK2A 1U83A 4H3DA 2ZZ7A 3MUXA 4CQ9A 4UMCA 1YXCA 2Y70A 4FXRA 2ZRZA 3MW7A 1VHCA 1TQJA 5J5RA 3RLUA 1OK6A 1RQBA 1JCJA 3FLUA 3FKRA 3I7SA 2NX9A 1DHPA 3W2JA 4WD0A 5D38A 2ZZ1A 5HWMA 1KM6A 4MLRA 5KSWA 4WUIA 5I3FA 2BSLA 3VE9A 1W3IA 3PBWA 4UC5A 1OABA 4N4PA 5CSSA 3GX9A 3HIJA 5BOOA 1BEUA 3M7WA 3LHYA 3B0UX 1PHQA 3NXFA 3GAKA 1LCOA 3MYOA 4HPJA 4ZQCA 4PTNA 3W1QA 1EWEA 3BW4A 1A5AA 4GBUA 1VR6A 3N2XA 1QMLA 4TIMA 3PM6A 3CQ0A 4JIPA 4PL2A 3IVTA 5TIMA 4RJEA 3B06A 3MHFA 3P8JA 3QFEA 1VYRA 1WBHA 1G4PA 3P7YA 2JBMA 3B4UA 1X1OA 1MZHA 3G3DA 4A22A 4B5NA 3HJZA 1YLVA 1W5NA 3W87A 4LRTA 4GC4A 4UTTA 3M5ZA 1H7XA 5FI8A 3UWVA 2J9XA 1N8FA 5KZDA 1IXOA 4C1KA 3AO0A 5A5WA 1DVJA 3NDOA 1OYCA 1XCFA 3FS2A 1S5VA 1JUKA 5G4WA 3HPZA 3SJ3A 3CTLA 4O14A 4NJHA 4IJBA 1LBFA 1Z42A 2E5CA 1VHNA 4HHPA 1KTBA 3W07A 1GQNA 3W7EA 3G1AA 3UD6A 4Z08A 5BMXA 4DPPA 4K37A 3STFA 3LGEA 3GKFA 1OFPA 1GYLA 1UJPA 3O63A 5AFDA 4JGDA 1O5XA 3NGJA 4GUHA 4KFPA 3PB0A 2OCZA 1XBXA 3DHDA 2JKAA 3NM3A 3WFAA 1DJNA 4LT9A 3S1WA 1LRNA 4Z1CA 3LCGA 3THAA 3IGXA 2WSRA 3GAYA 4JTSA 5FESA 4A2RA 2YPIA 3H53A 4NNAA 2GOUA 4GRSA 5MHBA 1WAUA 1H51A 2CLIA 5F2LA 3LI0A 2Q8ZA 3U6WA 2YR1A 3A9IA 2PRMA 4O12A 1EX5A 3LHZA 4O52A 3A5FA 4KFOA 5D2VA 3BG9A 3CEPA 3EKZA 1TJRA 3GXTA 5TQLA 1R46A 1ALDA 2V8ZA 4LOCA 2E6YA 4UMAA 3C61A 3ANYA 3W74A 4ZQNA 2YSWA 5LNVA 1A5BA 3ZFHA 1IF2A 4GWEA 4LRSA 4NZFA 1KFBA 1KM0A 1P4CA 1HG3A 3HO8A 2EAWA 4AEOA 3W6YA 5HMSA 3NO5A 3THQA 1T99A 5CKSA 5LNSA 1QFEA 3TMQA 3B04A 4IXXA 3MI3A 2CZFA 4AVFA 1L6SA 1SR9A 5K7JA 2TMDA 1WOAA 4OBTA 4JEQA 4MYAA 3ZS4A 2AGKA 5AC8A 2G96A 3SIZA 1H62A 2H3DA 4YMZA 4MOZA 2DORA 2DZUA 3G0UA 3KRSA 1B9BA 4NUWA 2QCCA 2DJXA 1W5MA 3OEXA 3OVQA 4L4MA 7TIMA 3QYQA 1SU5A 3W84A 4MKNA 3Q58A 1K7FA 2YX0A 4M7TA 3U2OA 2Y7DA 2NUXA 4OWGA 4GNJA 1M5WA 3FA5A 4ADSA 4JIQA 3L0KA 3QSTA 3M9YA 4TMCA 5EKYA 3C4UA 3CT7A 2GJLA 4IXHA 4K8EA 1R2RA 1GEQA 1K8YA 1W5QA 5FEZA 5C54A 3TUUA 3CHVA 3O05A 1K02A 2F84A 5DXXA 2CLKA 2CLHA 2ZRYA 4DXVA 1GPWA 1LP6A 1ZNNA 3BW2A 3LTYA 2VFFA 4UTWA 3WK3A 3NQEA 3BO9A 1WX0A 5F4XA 3M5XA 4UTUA 4HSNA 3VFLA 1OK4A 3LTSA 4X3ZA 2ZDRA 2ZRVA 1Z48A 2DP3A 2ZBTA 1IIGA 2GPTA 3QRHA 5HUPA 4DO4A 2VEMA 4LC8A 1R2TA 4O54A 3GR7A 1SW7A 3RLVA 5LHFA 3I65A 5G2IA 4Y8FA 1FY6A 4AHPA 2E68A 3TFCA 3BPWA 4ZQRA 1T0OA 3KHJA 3NPWA 5EMUA 3NA8A 5KTLA 3W7DA 3IRDA 2ZA2A 1DL3A 1QO5A 3MHUA 2QDHA 3TV8A 3UY8A 4AWTA 4JYEA 4QNWA 1TJPA 2C16A 2ZTKA 3EB2A 1JCYA 1F5ZA 3C56A 1I2QA 5AHEA 3PWAA 5IBXC 1UASA 2NUWA 3TE9A 1K8ZA 3G22A 3TIMA 1S3HA 1ZENA 1JCXA 3PULA 1L2UA 3UPWA 4O8RA 3BG3A 3NZRA 1J5TA 3DENA 3IVUA 1TPEA 1KM1A 2QKFA 3F4NA 1FXPA 1O4UA 5D30A 1FWRA 3W2NA 3LBMA 4HKPA 3P81A 2DZWA 2VFIA 3TAOA 4ZQOA 1BTMA 1KLZA 3DKJA 4W9TA 1SO3A 4Y9AA 1W56A 3TX9A 3H54A 2RHGA 3WJWA 1SFLA 1X1ZA 3C52A 4LV4A 2JKPA 5E0KA 5IM51 4O50A 5L6UA 5D2YA 5D2WA 3TKFA 3DBPA 3NR0A 1QR7A 4XZ9A 1TB3A 3L66A 2YDAA 4Y90A 2NWRA 1YTKA 3E0IA 3MI6A 1OFEA 3VKJA 4UFIA 1SZFA 2ZZ6A 4NU7A 2VFEA 3BK0A 4FIRA 2EKCA 1MSSA 1XBYA 2PE4A 3IGSA 3CPRA 1KBIA 3O15A 1HO1A 1W3NA 4GUGA 4JTKA 4UTJA 5I3HA 3N2MA 3C2OA 5FEXA 5EL1A 1SW0A 3C2VA 1FQ0A 3FEMA 1NEYA 3LHVA 3IVSA 3NQGA 4KKXA 4ORIA 3NQVA 2Z0IA 3CIXA 1KA9F 1PV8A 4PH6A 4JY8A 3BLFA 2CLLA 4GUIA 4RKAA 3EWBX 3DKLA 4WY0B 4XQ6A 2C13A 4HPXA 4JN6A 3F1QA 3IV3A 2BLEA 2Y88A 1L9WA 2C3ZA 5HULA 5H91A 3O06A 5DCEA 2WSYA 2C1HA 3LM7A 4XUGA 1H7OA 5LSMA 3W1NA 5G1YA 4K36A 2VC6A 3TMLA 4LU0A 3TNOA 2J9YA 5AN7A 2YCEA 3L21A 4MZ1A 3GDLA 1H61A 2O7QA 1DBTA 4YXGA 3VCRA 2FQIA 4N9CA 2ZRWA 5I3IA 1O5KA 2QCNA 1ZAIA 3MBFA 2ZTJA 3VI2A 2A85A 5CG7A 3UZJA 5HUOA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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