3PWRA

Hiv-1 protease mutant l76v complexed with saquinavir
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVVVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Protease
publication title The L76V Drug Resistance Mutation Decreases the Dimer Stability and Rate of Autoprocessing of HIV-1 Protease by Reducing Internal Hydrophobic Contacts.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-12-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3pwrA00
1ZJ7A 5OZ4A 1DPJA 5P7UA 1D4IA 5P53A 3SKGA 4EXHA 5P54A 3K1WA 3DM6A 5IVRA 5TOLA 1XS7D 2CENA 4RCEA 2BPYA 1HVSA 1LZQA 2OHMA 4Y3JA 2AZBA 2QD8A 4APEA 5OZWA 3OUCA 3DJKA 1ZP8A 1ODYA 2F3FA 3O9AA 5P2BA 4B1CA 3GI6A 5P3TA 3LIYA 5P5SA 2G24A 2IDWA 5P52A 3WZ6A 3OGQA 1OHRA 2QMPA 3T7XA 1MVPA 2QHCA 1HSGA 3K5FA 1E82E 1KJ7A 3EC0A 1HTFA 4CP7A 5P0MA 5OZDA 3L5FA 5KOQA 2PC0A 4U7QA 1DP5A 3UDPA 4I0FA 3IAWA 3TPRA 4R93A 5P71A 4JECA 3DUYA 5P38A 3S56A 3PI0A 3VCMA 2NMZA 4L1AA 2JJJA 4RYCA 3PWRA 1D4JA 3CKTA 5ER1E 3L58A 2V0ZC 5KR2A 4TRZA 5P8FA 3INEA 4ZSQA 4Y5PA 4GJ8A 3L5EA 1BXOA 1UPJA 5P7AA 5P8DA 4KE0A 3ZL7A 3OOTA 3TNEA 2AZ9A 1EEDP 3WZ7A 5P0PA 4ER2E 2G20A 5P8GA 3SM1A 1W5YA 4Y5KA 5P0GA 5P3BA 5P1LA 5P80A 4GJBA 3ZKQA 4J0YA 1B6PA 4ZSPA 5P2GA 5P25A 1BWAA 2ZJNA 5P01A 4DJWA 4Y3MA 5P11A 4Z4XA 3TH9A 3INHA 5P4QA 4EYRA 3OHHA 1GNNA 3MWSA 1GVWA 5P7LA 3GGXA 2ZJJA 3PRSA 4EWOA 2ER7E 5P3FA 5P8SA 3KFNA 2B60A 2IQGA 1LYAA 4MC2A 5P3LA 5P6FA 4YBIA 5P35A 1B6MA 3Q6YA 1M43A 2QU2A 4Q1NA 5HD0A 4I10A 4B00A 3GI0A 5P8PA 4PHVA 3OUAA 4X7IA 3HD8A 5HCOA 5T4SA 4NJVA 2I1AA 4ZSRA 4GJ5A 3EL0A 5OZOA 5OZPA 3T7QA 3ER5E 3QVCA 3OUDA 1GKTA 5P0BA 4R95A 2PYMA 3N3IA 1CMSA 3NUOA 7HVPA 1FMUA 5APRE 3CKRA 5P1PA 5KQXA 2ZJHA 2P3BB 1QDMA 4H3JA 4H3FA 5OZFA 5OYVA 5P5FA 1HSHA 1DAZC 1E81E 2FGUA 4QJ8A 5AHBA 1GVUA 4Y58A 2O4LA 5DR3A 5P8VA 1LYBA 2VJ6A 5OZLA 5EZXA 1SMEA 5P34A 3APRE 4X2LA 4Y4BA 1EPQE 4D85A 1C6XA 1TW7A 1LYWA 4K4RA 3EBZA 1A30A 3GGAA 5P2UA 3NYGA 3O9BA 2IENA 4Y45A 5P51A 2IRZA 1YTIA 5P0CA 2QZKA 1TZSA 5P73A 5P70A 1HVIA 5P14A 3NDXA 3S7MA 3O99A 5P0UA 5P48A 1N49A 1IZDA 2ZJLA 4DH6A 4FIVA 5P7HA 3PSUA 4OBDA 2NXDA 3SA9A 4QJ6A 3ZKGA 4Y57A 3TOGA 5P6EA 1FFFC 4XKXA 3BVAA 1HEFE 4RVXA 5P2QA 2V10C 2FMBA 1NH0A 3IXJA 4HDPA 4D88A 4EJKA 1AM5A 3O9GA 2HB3A 4Y4XA 4HA5A 5P2SA 1MTRA 4ZEAA 2PMAA 2IEOA 1XL5A 2R5PA 5P7JA 2J9KA 4NPTA 4MC6A 1HVKA 3UQUA 4YCTA 4Y3PA 5P2NA 4LAPA 1BBSA 1ODWA 4I0JA 4Y41A 4Y4GA 4OD9B 5OZKA 4EP2A 4QJ9A 3Q5HA 1BV9A 1TSUA 3QIHA 2V16C 3FKTA 1T3RA 3SPKA 4HVPA 5P3HA 1TSQA 5P3YA 3TKWA 1HVLA 5P6GA 2ZGAA 5P7QA 1MIQA 1EBWA 3LPKA 4E43A 5P82A 5E5JA 4DJUA 2QHYA 4PPHA 2O4KA 4TVGA 3K5CA 3ZKXA 5P7GA 1DMPA 4APRE 1FB7A 4ZPGA 3UFLA 5P7DA 2EWYA 3SA7A 3PLLA 3O9HA 2ZHVA 1EPNE 1Z8CA 5P1GA 5P8CA 1MSMA 2QK5A 5P4TA 1SDUA 3OU3A 2H6TA 3L3AA 2IGYA 5I70A 1QBUA 8HVPA 3TLHA 4ER4E 1BAIA 1MT9A 3VLBA 5P5LA 3L38A 4RRSA 1MSNA 2F80A 2PWRA 1YM4A 3CMSA 3RSVA 3PCZA 3T3CA 4OBFA 5P83A 4ZIPA 1EPPE 3NU5A 4I8ZA 4MC9A 4YD4A 2J9JA 3OQFA 3K4VC 5P2WA 5P10A 3R0WA 2XFIA 5P7ZA 4RCFA 3EM3A 4AUCA 4Y4AA 2PYNA 5P05A 4Y54A 5P6DA 5P4DA 4Y4WA 1KJ4A 1FG6C 2WF3A 3QROA 5P8UA 4Y5AA 5DR7A 5OZMA 1T6GA 3U7SA 3LPJA 4DV9A 5P5RA 1HSIA 2IKOA 4EXGA 4J1CA 5ER2E 3UQRA 4BFDA 1C6ZA 2ZJKA 1UH9A 4Y37A 5HVPA 1SIPA 2Q64A 3EMYA 3FV3A 4DPIA 5P68A 3KT5A 3GGUA 1ME6A 2P8HA 1XE5A 5P6AA 1AJXA 2G21A 3Q3TA 5P4VA 3BUFA 2QI5A 5P3QA 5P5VA 1HVCA 1MESA 3C9XA 5P61A 2AIDA 3SAAA 3DK1A 5P6MA 5P6VA 3LINA 3EKVA 5I3YA 5AH9A 1C6YA 3BGBA 4Y3NA 1D4HA 4B77A 1QRPE 3NXNA 4S1GA 5P3OA 1XE6A 2PQZA 5P19A 1MT7A 3NDWA 3F9QA 1BDLA 4DQEA 3H0BA 5AH8A 4GMIA 5P31A 3UDMA 1VIJA 2I4XA 5OZYA 4A6CA 4Y4ZA 2F3KA 2AVQA 4EJDA 5HDXA 3VF3A 3OTYA 5HCTA 5P4CA 5P85A 1LF4A 4I0IA 3L59A 2WEDA 4RVIA 3D1XA 5P00A 5DR0A 1W6HA 4FSEA 5P1HA 3UDNA 3SA6A 4Y50A 3TL9A 3I2LA 1BDQA 1HIIA 1FFIC 2AOIA 4QLHA 1IDAA 3QRMA 4Y5CA 1ODXA 1GVXA 2BKSA 3I25A 1NPAA 3OAGA 5P2FA 3Q4BA 1W6IA 5C9FA 4EJ8A 1HWRA 4WTUA 5P28A 5P4YA 5P4FA 2OHTA 5KOSA 1PSAA 4HDBA 5P4KA 3UQWA 5P5HA 1A9MA 5P3GA 5OZAA 3KM4A 3BUGA 3PWMA 1APVE 3QS1A 2VNNA 4R91A 4EQJA 5P7TA 3OU1B 3NWQA 3PVKA 5JG1A 5P36A 1XN2A 2JXRA 4GJ9A 4YE3A 1MTBA 3MSLA 1BV7A 1HVRA 5OZEA 2FNTA 2ZJIA 5OYZA 3BGCA 1B11A 1W5XA 3S43A 4A6BA 2NNKA 3RTMA 5P59A 4R92A 3NUJA 4EPJA 4J0VA 4JP9A 4Y3YA 1SBGA 5P02A 5P4ZA 5PEPA 2QNNA 3PMUA 5CONA 4DJQA 3VV6A 2PWCA 5P87A 4Y43A 5OZ3A 5P2ZA 3S8IA 2ASIA 3IVHA 4YD6A 4LXKA 3FNTA 4I0DA 4RGHA 2R3TA 4OBZA 3QBFA 2VIYA 4NJTA 2P4JA 5P7IA 1G0VA 4I12A 1HPSA 4LHHA 5P24A 4I0GA 5P4UA 3O9LA 5P1DA 5COKA 5P69A 3EM4A 5P75A 4QJ2A 2MIPA 5P6WA 5AH6A 2JE4A 5CLMA 3ZKMA 4B70A 2VJ9A 2PSVA 2Q5KA 1FEJC 1ER8E 5P8RA 3O9IA 1Z1HA 3WB4A 3S2OA 5P1BA 3ZPSA 5I3VA 2ZHSA 4ER1E 5P4HA 2FGVA 4FS4A 4OC6A 1RV7A 5P1OA 5P33A 1SGZA 2R38A 4EQ0A 3H5BA 4HZTA 5P5BA 3D1YA 5P4MA 3T6IA 4Y4EA 2AQUA 1ZSFA 2QMFA 4DPFA 1E80E 3VV8A 3OADB 5OYTA 2QD6A 1AJVA 1MT8A 5P79A 5P5UA 2QCIA 5KQZA 3LZVA 1ZAPA 2HB4A 1ZTZA 3CIBA 3LHGA 3NU3A 3PM4A 2ANLA 3DV1A 4DQBA 5BWYA 3IGBA 3PSGA 5P3MA 2BKTA 5OYXA 1HRNA 2IS0A 2AOHA 3NSHA 5P5MA 3HBOA 4TVHA 4FCOA 4FRJA 1ZBGA 3CKPA 1YT9A 5P3DA 5P7SA 5P5TA 2JYSA 1D4LA 3WSJA 3RTHA 5P63A 3EKPA 3QN8A 1ZPKA 3DV5A 5P5XA 5HTZA 2B8VA 2FXEA 2XFJA 2V13A 5OZBA 2I4WA 3UHLA 3EKWA 3UDQA 5P3VA 3FNUA 4YCKA 3ZPUA 3K5DA 5P5JA 5P86A 4Y35A 2Q11A 1ZPAA 3D20A 5BRYA 2PH6A 1G2KA 4L7HA 5P6QA 4Y44A 2QI6A 5DQ5A 5P46A 5P3SA 5P3IA 3ST5A 5OYUA 3R2FA 4GJCA 4AZYA 4Y47A 3QI1A 1B5FB 2H6SA 4FAFA 3OQDA 5P5IA 5P50A 3URIA 1W50A 2HPEA 2OAHA 4GB2A 4PZXA 2P3DA 2V12C 2ZE1A 5P20A 3UTLA 2ER9E 3AUPA 1W5VA 4Y3ZA 5P7EA 3WZ8A 4J1HA 4ACXA 1OEXA 5P4RA 1EPOE 5P0EA 1GVTA 5P0KA 2NPHA 2O40A 2G22A 5BS4A 5P0WA 3T11A 5HU0A 3SABA 4Y4DA 5SY3A 2A4FA 2AOJA 2O4PA 2F3EA 5DGUA 5OZHA 1A8GA 4FLGA 5OZ5A 2V11C 4CPWA 1EBZA 3LIVA 1SH9A 3U71A 1WKRA 5P4BA 3INFA 2QD7A 3OXCA 5OZRA 4GZFA 2ZJMA 1FLHA 4Y6MA 4TRWA 1A8KA 2BQVA 2BBBA 3OWNA 2HB2A 4FM7A 2QZWA 3MSKA 5P6JA 5P30A 3SA4A 5P5GA 1C70A 2G1SA 5OZZA 1B6LA 4LC7A 3A2OA 4MC1A 4L7JA 1HVJA 2I4DA 4Z22A 1EBYA 3KDCA 5OYQA 3PSYA 2OHPA 5P58A 1IDBA 3LIQA 2VIJA 1IBQA 3PMYA 2QI0A 5P1MA 5JFPA 1T6EX 4FSLA 3UDRA 4DJVA 1IZEA 3S54A 5OYWA 5P3WA 2I4UA 5P3AA 1LF2A 3OU4B 3OQ7A 1PPME 3R1GB 1XDHA 1KZKA 2FIVA 5P7OA 2I4VA 2NR6A 5P4XA 5OZQA 5P5YA 3FX5A 5P3JA 2P3CA 3UCBA 5P5KA 5P5EA 1K1TA 3NU6A 5P1RA 5OZ9A 3ZPTA 4KB9A 5P8QA 2G94A 5HE5A 2PH8A 3DCRA 6FIVA 5P1VA 4GJ6A 4J1KA 3OGPA 3TPLA 5DQ4A 2WEZA 2OHLA 5P72A 1HEGE 4DQFA 1NPWA 2G1YA 3DOXA 2G27A 4GJ7A 4JPCA 4RCDA 1UH7A 3SFCA 2NXMA 1K2BA 3NDUA 4J54A 2QNPA 3UPJA 3SQFA 3HZCA 5P2RA 2QMDA 3APPA 2G26A 1KJFA 5F00A 2PSGA 2PSUA 3LZUA 5P8HA 1PSNA 5P39A 3HW1A 2ZYEA 3MXDA 3OQAA 5P6IA 4B72A 1T7IA 3TOHA 5P8NA 5OZCA 2XYFA 5SY2A 1EC2A 1T7JA 5C9BA 2R9BA 5P16A 3UQXA 5P2MA 3UF3A 5ENKA 2RMPA 5P0FA 2Q3KA 4I11A 4ZPFA 1FQ4A 5P5QA 5DR4A 4LP9A 3JVYA 3L5CA 4J5JA 3QRVA 2QI1A 2RENA 4XXSA 3EKTA 3T7PA 4IVTA 3S7LA 1F34A 4NKKA 5OYSA 1MPPA 4FRSA 3TPPA 4K9HA 1HOSA 4L6BA 5P6RA 1FMBA 4Q1XA 2AVVA 5P4PA 1SDVA 3GI5A 5P8EA 2OHSA 5P4SA 4DQHA 5P7RA 1BIMA 5P1FA 5I3WA 5DR1A 2UY0A 4ZPEA 2NTRA 2VKMA 3EKQA 3PJ6A 1PFZA 3OXVA 3OXWA 1RQ9A 5P6XA 7UPJA 2ZHTA 1WBKA 5UPJA 4NPUA 2B8LA 3EXOA 5P37A 5P0JA 5P7CA 4CKUA 3D3TA 4L1AB 4Y5BA 4Y3RA 2WF2A 2BPWA 3UDKA 2HC0A 4Y9WA 5P08A 1BVEA 5P60A 1SDTA 1YTJA 5FIVA 5SZ9A 2WF1A 2HS1A 3RTNA 1HPVA 1SIVA 2F8GA 4B1EA 2XFKA 3BC4A 3MSJA 1FF0C 4Y4UA 4Y5NA 1IZIA 2B7FA 3SM2A 4Y5MA 1Z1RA 5P1KA 2FXDA 9HVPA 3KN0A 1YTHA 5HE7A 5P4WA 3MXEA 1APWE 1K6VA 2WKZA 5P6ZA 2AOFA 2QNQA 4CPTA 5P4EA 3LZYA 1K6TA 3PGIA 4A4QA 4L7GA 5P1WA 1ENTE 2OHNA 2G1OA 2HPFA 1BWBA 5KAOA 5DPZA 1PPKE 3OUBA 3CYXA 2WJOA 2P3BA 2XYEA 4Z50A 5P6OA 5P5CA 4B05A 4FRKA 3IXOA 3D1ZA 1D4KA 3CYWA 1PPLE 4D83A 2AVMA 2VA6A 1LYAB 4ZLSA 3FSMA 4M8YA 4OBHA 5P5WA 4R8YA 1MEUA 5P88A 1J71A 1FKNA 1FG8C 4H3IA 2R5QA 3UDJA 5OZUA 3OUDB 1EPLE 3SO9A 4RLDA 3PLDA 5DQ1A 3GW5A 1K1UA 1M4HA 3OHFA 2OHUA 4YD3A 1RPIA 2FLEA 2B42A 4H1EA 3M9FA 1MUIA 5KQFA 1FIVA 4I0EA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1ZJ7 A;  5OZ4 A;  1DPJ A;  5P7U A;  1D4I A;  5P53 A;  3SKG A;  4EXH A;  5P54 A;  3K1W A;  3DM6 A;  5IVR A;  5TOL A;  1XS7 D;  2CEN A;  4RCE A;  2BPY A;  1HVS A;  1LZQ A;  2OHM A;  4Y3J A;  2AZB A;  2QD8 A;  4APE A;  5OZW A;  3OUC A;  3DJK A;  1ZP8 A;  1ODY A;  2F3F A;  3O9A A;  5P2B A;  4B1C A;  3GI6 A;  5P3T A;  3LIY A;  5P5S A;  2G24 A;  2IDW A;  5P52 A;  3WZ6 A;  3OGQ A;  1OHR A;  2QMP A;  3T7X A;  1MVP A;  2QHC A;  1HSG A;  3K5F A;  1E82 E;  1KJ7 A;  3EC0 A;  1HTF A;  4CP7 A;  5P0M A;  5OZD A;  3L5F A;  5KOQ A;  2PC0 A;  4U7Q A;  1DP5 A;  3UDP A;  4I0F A;  3IAW A;  3TPR A;  4R93 A;  5P71 A;  4JEC A;  3DUY A;  5P38 A;  3S56 A;  3PI0 A;  3VCM A;  2NMZ A;  4L1A A;  2JJJ A;  4RYC A;  3PWR A;  1D4J A;  3CKT A;  5ER1 E;  3L58 A;  2V0Z C;  5KR2 A;  4TRZ A;  5P8F A;  3INE A;  4ZSQ A;  4Y5P A;  4GJ8 A;  3L5E A;  1BXO A;  1UPJ A;  5P7A A;  5P8D A;  4KE0 A;  3ZL7 A;  3OOT A;  3TNE A;  2AZ9 A;  1EED P;  3WZ7 A;  5P0P A;  4ER2 E;  2G20 A;  5P8G A;  3SM1 A;  1W5Y A;  4Y5K A;  5P0G A;  5P3B A;  5P1L A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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