3Q2EA

Crystal structure of the second bromodomain of human bromodomain and wd repeat-containing protein 1 isoform a (wdr9)
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
107
structure length
107
Chain Sequence
b'NWKKQCKELVNLIFQCEDSEPFRQPVDLVEYPDYRDIIDTPMDFGTVRETLDAGNYDSPLEFCKDIRLIFSNAKAYTPNKRSKIYSMTLRLSALFEEKMKKISSDFK'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Histone recognition and large-scale structural analysis of the human bromodomain family.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Bromodomain and WD repeat-containing protein 1
source organism Homo sapiens
molecule tags Signaling protein
total genus 41
structure length 107
sequence length 107
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-12-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 3q2eA00
5CPEA 5I86A 2RNWA 3MB4A 4A9IA 4WHUA 4NXJA 5FDZA 4OGIA 5A5OA 5EGUA 4O71A 5BT5A 5EISA 5A83A 4LDFA 3MULA 5H1TA 4J1PA 4MR3A 5BT4A 5EI4A 4UYHA 5FFVA 4A9EA 3UV2A 5A81A 2DATA 3S92A 4A9FA 3JVJA 4QEWA 5DBMA 4O7CA 3U5PA 4IR4A 5EP7A 3P1EA 5I40A 4UIYA 4HXRA 4HXSA 4X2IA 4YH3A 1ZS5A 2I7KA 4NRAA 5KO4A 4WIVA 2R0VA 3RCWA 4UIXA 5FB1A 4Z1SA 5A85A 5ETDA 5CQ8A 4Z1QA 5A5SA 4NRBA 4J0SA 2KTBB 4KCXA 4FLPA 5FH7A 5ENBA 5KTWA 5CZGA 5E9IA 5E3DA 4AKNA 1N72A 4J3IA 5F5ZA 5I29A 3SVFA 4N3WA 4XYAA 5DYCA 4BW1A 1JM4B 5A5RA 5LKTA 2DKWA 4YYNA 5A7CA 4HXKA 3LJWA 4ZC9A 4UYDA 4UYFB 5LVQA 5FH6A 4OUFA 5EV9A 5FH8A 5IGKA 4O70A 5L8UA 3MUKA 4YYDA 5EPSA 5CQ7A 2LSPB 5DYXA 5G4SA 4CUTA 4LR6A 4NYWA 4MENA 4NS5A 4MR4A 4IORA 5II2A 3DAIA 4YYHA 5LJ0A 5EWVA 5F61A 5DYUA 5CQ6A 4NQMA 4C67A 2YELA 3SVHA 5CRMA 5ENHA 4YYGA 2L5EA 4LYIA 5A5PA 4NRCA 4O7FA 5EQ1A 3AQAA 5LKXA 4QC3A 5HFQA 5L96A 5HELA 4RVRA 5I83A 4YC9A 5CTLA 3UVYA 4BW4A 4J0RA 5DKHA 5I1QA 5D3LA 4A9HA 4TZ8A 4UIUA 4O78A 4UIWA 5E9MA 5CFWA 5CQ3A 4A9MA 3U5JA 5FG4A 4MEQA 5DLZA 4TU6A 5CUBA 5CGPA 4XUBA 3U5LA 3MXFA 4E96A 5HJCA 5CS8A 5E9VA 5D3RA 1WUGA 4PTBA 2RO1A 5FE6A 5ACYA 4TT6A 4YBMA 4UIVA 5EWCA 3LQJA 5AD2A 3O35A 5D25A 2YEKA 4TTEA 5CUEA 4N4IA 4QNSA 4LZRA 5C87A 5D3JA 3JVMA 4UITA 4QEVA 5I7YA 5E7DA 4QSRA 2DVSA 2DWWA 5JWMA 4QR4A 5F62A 4KV4A 4YYIA 5EPBA 3U5NA 1X0JA 4IOOA 5EICA 5FBXA 4TU4A 4O76A 4HBWA 3Q2FA 4LZSA 4CFLA 2E7NA 4CUQA 5IIDA 3MB3A 4YABA 5II1A 3P1DA 4QY4A 4MEOA 2DVVA 5HENA 5HRVA 5HCLA 4IOQA 4LZ2A 5IGLA 5FE4A 4TS8A 3TLPA 3HMEA 5TCMA 3QZSA 4QSVA 3O33A 5D3NA 3AADA 5DKDA 2F6NA 5AMEA 4BW3A 4YADA 5CQAA 3MQMA 4ALHA 4IR5A 2N9GA 4QC1A 5HQ5A 4TT2A 2OO1A 5EWWA 4CURA 5IG6A 3UV5A 4ZW1A 5ENEA 5CUGA 4YK0A 5EWHA 4PCEA 1E6IA 5I89A 5E9KA 5FG5A 2YDWA 4O7AA 5KTUA 2WP2A 4PKLA 3HMFA 5CP5A 5HRXA 4NYXA 5EU1A 5FE1A 3UW9A 5HQ7A 4A9KA 4QZSA 5EM3A 1WUMA 4IR6A 5F2PA 5F60A 4N4FA 2DVRA 4NR9A 5DLXA 3U5MA 4YYMA 5H1VA 4LRGA 5HFRA 5HEMA 2MJVB 3UV4A 5D0CA 4HXLA 2E3KA 4PS5A 5CUDA 2OUOA 4CFKA 4NYVA 4A9LA 4NQNA 3Q2EA 2R0YA 4QYDA 5IGNA 5K29A 4ALGA 2G4AA 3LQHA 4Q0NA 3QZVA 4HXNA 2L85A 2RNYA 5F3AA 2DVQA 3P1CA 4TQNA 5DX4A 5F63A 4XUAA 4YH4A 4NUDA 5A5NA 5CUAA 5CQ5A 4LC2A 5DFBA 4QSSA 2L84A 5DW2A 5DKCA 4A9NA 5F1LA 4UIZA 5E3GA 5C89A 5COIA 4YYJA 5CU8A 2I8NA 4WHWA 2YQDA 5LUUA 2D9EA 5D3PA 4YY4A 3HMHA 4Z6HA 4CLBA 4LYWA 4YBSA 5IBNA 2GRCA 4QSPA 5E9YA 5L97A 5DYAA 5KTXA 5ENFA 5HQ6A 4Q0OA 5D26A 4CUUA 4QSUA 3UVXA 4QBMA 5D3HA 4NR7A 4CUSA 4YYKA 4NR4A 5D7XA 5CQ4A 5ENIA 3IU6A 5HM0A 4CUPA 5L8TA 4HXMA 2NXBA 5KU3A 5CY9A 4O7BA 5G4RA 4KV1A 5A5QA 4QSXA 4BW2A 4NUCA 2YEMA 3O36A 5JI8A 5L98A 5DFDA 4QUTA 5H85A 4QSTA 5FE8A 5BT3A 2OSSA 4YBTA 3K2JA 5FE7A 5HLSA 5E0RA 5C4QA 2FSAA 2E7OA 5FFYA 4YATA 3LXJA 4QR5A 4QEUA 5LJ1A 4N4HA 5EA1A 4NR6A 5F1HA 4O7EA 4TZ2A 5D24A 5LJ2A 5D3SA 2RI7A 3G0JA 4XY8A 4YAXA 4PY6A 4NR8A 5I80A 5DY7A 5FG6A 5E73A 4QSQA 3IU5A 2R10A 3O34A 2WP1A 5EPRA 3JVLA 5CRZA 5ENCA 4ZQLA 5EWDA 4HBYA 5F36A 3UVWA 5IGMA 4N4GA 2D82A 3SVGA 5HRWA 1JSPB 4QUUA 4IR3A 5C8GA 4UYFA 4UYGA 5DW1A 5ETBA 5FE0A 3O37A 3GG3A 5C7NA 5FB0A 4DONA 3P1FA 4YY6A 4Z93A 4NUEA 5FE5A 3S91A 2RNXA 2RFJA 5C85A 1F68A 5E9LA 3LQIA 5DFCA 4A9OA 4HBXA 4TT4A 3ZYUA 5KHMA 4MR6A 2YYNA 5TB6A 5LVRA 2YW5A 4QB3A 4PCIA 5FFWA 5H1UA 5AMFA 4Y03A 5F25A 3P5OA 5FE3A 4O72A 3U5OA 4HXOA 3I3JA 4HBVA 4TYLA 5L99A 5CQTA 5AD3A 3QZTA 5E74A 4NR5A 4QYLA 5I88A 4F3IA 4XY9A 3FKMX 3DWYA 4MR5A 5LKZA 4HXPA 2H60A 2R0SA 4Z6IA 4BJXA 5FE2A 5J0DA 5ENGA 3D7CA 5I7XA 5EVAA 3UVDA 4QR3A 3U5KA 4O77A 5CUCA 4O74A 4C66A 4O75A 5FE9A 5LKUA 5ENJA 3ONIA 4LYSA 5A82A 4UYEA 1EQFA 5D3TA 4MEPA 4BHWA 2F6JA 3JVKA 2RS9B 4QSWA 3G0LA 4GPJA 5EK9A 4CL9A 4OGJA 3NXBA 4A9JA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5CPEA 5I86A 2RNWA 3MB4A 4A9IA 4WHUA 4NXJA 5FDZA 4OGIA 5A5OA 5EGUA 4O71A 5BT5A 5EISA 5A83A 4LDFA 3MULA 5H1TA 4J1PA 4MR3A 5BT4A 5EI4A 4UYHA 5FFVA 4A9EA 3UV2A 5A81A 2DATA 3S92A 4A9FA 3JVJA 4QEWA 5DBMA 4O7CA 3U5PA 4IR4A 5EP7A 3P1EA 5I40A 4UIYA 4HXRA 3D1BA 4HXSA 4X2IA 4YH3A 1ZS5A 2I7KA 4NRAA 5KO4A 4WIVA 2R0VA 3RCWA 4UIXA 5FB1A 4Z1SA 5A85A 5ETDA 4AKIA 5CQ8A 4Z1QA 5A5SA 4NRBA 4J0SA 2KTBB 4KCXA 4FLPA 2EJNA 5FH7A 5ENBA 5KTWA 5CZGA 5E9IA 5E3DA 4AKNA 1N72A 4J3IA 5F5ZA 5I29A 3SVFA 4N3WA 4XYAA 5DYCA 4BW1A 1JM4B 5A5RA 5LKTA 2DKWA 4YYNA 5A7CA 4HXKA 3LJWA 4ZC9A 4UYDA 4UYFB 5LVQA 5FH6A 4OUFA 5EV9A 5FH8A 5IGKA 4O70A 5L8UA 3MUKA 4YYDA 5EPSA 5CQ7A 2LSPB 5DYXA 5G4SA 4CUTA 4LR6A 4NYWA 4MENA 4NS5A 4MR4A 4IORA 5II2A 3DAIA 4YYHA 5LJ0A 5EWVA 5F61A 5DYUA 5CQ6A 4NQMA 4C67A 2YELA 3SVHA 5CRMA 5ENHA 4YYGA 2L5EA 4LYIA 5A5PA 3D1DA 4NRCA 4O7FA 5EQ1A 3AQAA 5LKXA 4QC3A 5HFQA 5L96A 5HELA 4RVRA 5I83A 4YC9A 5CTLA 3UVYA 4BW4A 4J0RA 5DKHA 5I1QA 5D3LA 4A9HA 4TZ8A 4UIUA 4O78A 4UIWA 5E9MA 5CFWA 5CQ3A 4A9MA 3U5JA 5FG4A 4MEQA 5DLZA 1ZKRA 4TU6A 5CUBA 5CGPA 4XUBA 3U5LA 3MXFA 4E96A 5HJCA 5CS8A 5E9VA 5D3RA 1WUGA 4PTBA 2RO1A 5FE6A 5ACYA 4TT6A 4YBMA 4UIVA 5EWCA 3LQJA 5AD2A 3O35A 5D25A 5CUEA 2YEKA 4TTEA 4N4IA 4QNSA 4LZRA 5C87A 5D3JA 3JVMA 4UITA 4QEVA 5I7YA 5E7DA 4QSRA 2DVSA 2DWWA 5JWMA 4QR4A 5F62A 4KV4A 4YYIA 5EPBA 3U5NA 1X0JA 4IOOA 5EICA 5FBXA 4TU4A 4O76A 4HBWA 3Q2FA 4LZSA 4CFLA 2E7NA 4CUQA 5IIDA 3MB3A 4YABA 5II1A 3P1DA 4QY4A 4MEOA 2DVVA 5HENA 5HRVA 5HCLA 4IOQA 4LZ2A 5IGLA 5FE4A 4TS8A 3TLPA 3HMEA 5TCMA 3QZSA 4QSVA 3O33A 5D3NA 3AADA 5DKDA 2F6NA 5AMEA 4BW3A 4YADA 5CQAA 3MQMA 4ALHA 4IR5A 2N9GA 4QC1A 5HQ5A 4TT2A 2OO1A 5EWWA 4CURA 5IG6A 3UV5A 4ZW1A 5ENEA 5CUGA 4YK0A 5EWHA 4PCEA 1E6IA 5I89A 5E9KA 5FG5A 2YDWA 4O7AA 5KTUA 2WP2A 4PKLA 3HMFA 5CP5A 5HRXA 4NYXA 5EU1A 5FE1A 3UW9A 5HQ7A 4A9KA 4QZSA 5EM3A 1WUMA 4IR6A 5F2PA 5F60A 4N4FA 2DVRA 4NR9A 5DLXA 3U5MA 4YYMA 5H1VA 4LRGA 5HFRA 5HEMA 2MJVB 3UV4A 5D0CA 4AI6A 4HXLA 2E3KA 4PS5A 5CUDA 2OUOA 4CFKA 4NYVA 4A9LA 4NQNA 3Q2EA 2R0YA 4QYDA 5IGNA 5K29A 4ALGA 2G4AA 3LQHA 4Q0NA 3QZVA 4HXNA 2L85A 2RNYA 5F3AA 2DVQA 3P1CA 4TQNA 5DX4A 5F63A 3ERRA 4XUAA 4YH4A 4NUDA 5A5NA 5CUAA 5CQ5A 4LC2A 5DFBA 4QSSA 2L84A 5DW2A 5DKCA 4A9NA 5F1LA 4UIZA 5E3GA 5C89A 5COIA 4YYJA 5CU8A 2I8NA 4WHWA 2YQDA 5LUUA 2D9EA 5D3PA 4YY4A 3HMHA 4Z6HA 4CLBA 4LYWA 4YBSA 5IBNA 2GRCA 4QSPA 5E9YA 5L97A 5DYAA 5KTXA 5ENFA 5HQ6A 4Q0OA 5D26A 4CUUA 4QSUA 3UVXA 4QBMA 5D3HA 4NR7A 4CUSA 4YYKA 4NR4A 5D7XA 5CQ4A 5ENIA 3IU6A 5HM0A 4CUPA 5L8TA 4HXMA 2NXBA 5KU3A 3VKHA 5CY9A 4O7BA 5G4RA 4KV1A 5A5QA 4QSXA 4BW2A 4NUCA 2YEMA 3O36A 5JI8A 5L98A 5DFDA 4QUTA 5H85A 4QSTA 5FE8A 5BT3A 2OSSA 4YBTA 3K2JA 5FE7A 5HLSA 5E0RA 5C4QA 2FSAA 2E7OA 5FFYA 4YATA 3LXJA 4QR5A 4QEUA 5LJ1A 4N4HA 3VKGA 5EA1A 4NR6A 5F1HA 4O7EA 4TZ2A 5D24A 5LJ2A 5D3SA 2RI7A 3G0JA 4XY8A 4YAXA 4PY6A 4NR8A 5I80A 5DY7A 5FG6A 5E73A 4QSQA 3IU5A 2R10A 3O34A 2WP1A 5EPRA 3JVLA 5CRZA 5ENCA 4ZQLA 5EWDA 4HBYA 5F36A 3UVWA 5IGMA 4N4GA 2D82A 3SVGA 5HRWA 1JSPB 4QUUA 4IR3A 5C8GA 4UYFA 4UYGA 5DW1A 5ETBA 5FE0A 3O37A 3GG3A 5C7NA 5FB0A 4DONA 3P1FA 4YY6A 4Z93A 4NUEA 5FE5A 3S91A 2RNXA 2RFJA 5C85A 1F68A 5E9LA 3LQIA 5DFCA 4A9OA 4HBXA 4TT4A 3ZYUA 5KHMA 4MR6A 2YYNA 5TB6A 5LVRA 2YW5A 4QB3A 4PCIA 5FFWA 5H1UA 5AMFA 4Y03A 5F25A 3P5OA 5FE3A 4O72A 4AKGA 3U5OA 4HXOA 3I3JA 4HBVA 4TYLA 5L99A 5CQTA 5AD3A 3QZTA 5E74A 4NR5A 4QYLA 5I88A 4F3IA 4XY9A 3FKMX 3DWYA 4MR5A 5LKZA 4AKHA 4HXPA 2H60A 2R0SA 4Z6IA 4BJXA 5FE2A 5J0DA 5ENGA 3D7CA 5I7XA 5EVAA 3UVDA 4QR3A 3U5KA 4O77A 5CUCA 4O74A 4C66A 4O75A 5FE9A 5LKUA 5ENJA 1PUOA 3ONIA 4LYSA 5A82A 4UYEA 1EQFA 5D3TA 4MEPA 4BHWA 2F6JA 3JVKA 2RS9B 4QSWA 3G0LA 4GPJA 5EK9A 4CL9A 4OGJA 3NXBA 4A9JA
chains in the Genus database with same CATH topology
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 5CPE A;  5I86 A;  2RNW A;  3MB4 A;  4A9I A;  4WHU A;  4NXJ A;  5FDZ A;  4OGI A;  5A5O A;  5EGU A;  4O71 A;  5BT5 A;  5EIS A;  5A83 A;  4LDF A;  3MUL A;  5H1T A;  4J1P A;  4MR3 A;  5BT4 A;  5EI4 A;  4UYH A;  5FFV A;  4A9E A;  3UV2 A;  5A81 A;  2DAT A;  3S92 A;  4A9F A;  3JVJ A;  4QEW A;  5DBM A;  4O7C A;  3U5P A;  4IR4 A;  5EP7 A;  3P1E A;  5I40 A;  4UIY A;  4HXR A;  4HXS A;  4X2I A;  4YH3 A;  1ZS5 A;  2I7K A;  4NRA A;  5KO4 A;  4WIV A;  2R0V A;  3RCW A;  4UIX A;  5FB1 A;  4Z1S A;  5A85 A;  5ETD A;  5CQ8 A;  4Z1Q A;  5A5S A;  4NRB A;  4J0S A;  2KTB B;  4KCX A;  4FLP A;  5FH7 A;  5ENB A;  5KTW A;  5CZG A;  5E9I A;  5E3D A;  4AKN A;  1N72 A;  4J3I A;  5F5Z A;  5I29 A;  3SVF A;  4N3W A;  4XYA A;  5DYC A;  4BW1 A;  1JM4 B;  5A5R A;  5LKT A;  2DKW A;  4YYN A;  5A7C A;  4HXK A;  3LJW A;  4ZC9 A;  4UYD A;  4UYF B;  5LVQ A;  5FH6 A;  4OUF A;  5EV9 A;  5FH8 A;  5IGK A;  4O70 A;  5L8U A;  3MUK A;  4YYD A;  5EPS A;  5CQ7 A;  2LSP B;  5DYX A;  5G4S A;  4CUT A;  4LR6 A;  4NYW A;  4MEN A;  4NS5 A;  4MR4 A; 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