3Q2EA

Crystal structure of the second bromodomain of human bromodomain and wd repeat-containing protein 1 isoform a (wdr9)
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
107
structure length
107
Chain Sequence
NWKKQCKELVNLIFQCEDSEPFRQPVDLVEYPDYRDIIDTPMDFGTVRETLDAGNYDSPLEFCKDIRLIFSNAKAYTPNKRSKIYSMTLRLSALFEEKMKKISSDFK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Signaling protein
source organism Homo sapiens
publication title Histone recognition and large-scale structural analysis of the human bromodomain family.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Bromodomain and WD repeat-containing protein 1
total genus 41
structure length 107
sequence length 107
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-12-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 3q2eA00
4PCIA 5E73A 1JM4B 2KTBB 4HXSA 3HMFA 3LQHA 4TYLA 5C85A 5L98A 3IU6A 5E3DA 5L97A 5HQ5A 5EI4A 3UVWA 4CLBA 4PCEA 5A5PA 5CUDA 3Q2FA 4LDFA 5FE4A 5I7XA 5FE9A 3TLPA 5EWHA 5KU3A 4KV4A 5DFBA 3ZYUA 5F62A 2YEKA 4HXOA 5JWMA 2GRCA 5H1UA 4O77A 4QSPA 3O36A 4MEQA 4CUPA 5A5RA 5DY7A 4CUSA 2WP1A 3DWYA 4YADA 4A9NA 4Z1QA 5L96A 4LYIA 5E9IA 4AKNA 5FFWA 4YK0A 3JVMA 4QSWA 5EA1A 4NRBA 5IIDA 4IR6A 5H85A 3G0JA 5I83A 2YYNA 2DKWA 5C8GA 5LJ0A 1WUGA 4NR4A 4Q0OA 4QYDA 3AADA 5BT4A 4TQNA 3HMHA 4UITA 5CQ6A 4UIUA 5EPBA 1JSPB 5CRZA 2L5EA 4LZ2A 4YYMA 4NYWA 4TT6A 5FH7A 4QEVA 3UVXA 2MJVB 5D3SA 4TTEA 5A5NA 3O34A 4YY6A 5CPEA 4N4FA 2R0SA 5D3HA 3K2JA 5G4SA 4O71A 1EQFA 3QZSA 5F63A 5DLZA 4LZRA 5F61A 3LXJA 4NYXA 4WHUA 4YBTA 4XUBA 2F6JA 5CUEA 5A5OA 3UW9A 4YY4A 4NR8A 4LC2A 4YATA 4IR5A 4NUEA 5FE5A 5DW1A 3MB3A 2NXBA 5CU8A 3UV5A 4A9MA 3G0LA 5D3PA 2DATA 3LJWA 3P1CA 4YYDA 4MR4A 3ONIA 2R0YA 4YYJA 4YH3A 3U5LA 2FSAA 4QR3A 5EQ1A 2RNWA 2DVRA 4TT2A 4BW4A 5KTWA 4NR6A 4QC3A 5D3JA 5LKXA 4YBSA 4ALHA 4KCXA 5ENGA 4QSQA 4YABA 2H60A 5CUGA 5LKTA 4NRCA 3U5JA 4Q0NA 4BHWA 2DVSA 5L8UA 4UIWA 3IU5A 4N4GA 5H1VA 5A5SA 5HRWA 4O7AA 5ENBA 2RI7A 4TT4A 5ACYA 5D0CA 5CZGA 5L8TA 1E6IA 3SVGA 4O7FA 5F1HA 5LJ1A 5HELA 5HRXA 2E7NA 3QZVA 4WHWA 4FLPA 4E96A 5FE7A 2R0VA 4N4HA 4QY4A 5I86A 5JI8A 5CUBA 2RO1A 3P1FA 5LVQA 4MENA 5CRMA 5I80A 4TZ2A 4YYKA 5EWDA 5FG6A 5IG6A 4OGIA 5F36A 4A9LA 5ENEA 5E74A 5TCMA 4YYHA 4HXPA 2I8NA 3O37A 1WUMA 4XY9A 4J3IA 5KHMA 4YYIA 5HQ7A 4ALGA 3I3JA 5FB0A 4A9EA 2OSSA 5II1A 4UIYA 2R10A 2L85A 4O72A 2RFJA 4IOOA 5HJCA 5HQ6A 5HEMA 4QZSA 5DKDA 2YQDA 5FE2A 5EM3A 5CQAA 2YELA 2DVVA 5AMFA 4UIXA 3MUKA 5I7YA 4CL9A 2LSPB 5A83A 4OGJA 3QZTA 4HXMA 5L99A 5E9LA 3MXFA 5CUAA 5DKCA 5CQ8A 2I7KA 4F3IA 5F5ZA 4YAXA 4J0SA 2YW5A 5FE3A 4UYGA 4QB3A 4LYSA 4UYDA 5D7XA 4QR5A 4QYLA 5CQTA 5A81A 5EWVA 2G4AA 5A5QA 3UVYA 4QEUA 4C67A 2WP2A 4LZSA 5CY9A 5I29A 5I89A 4UIVA 4YYGA 2L84A 3U5MA 5C89A 5D3LA 4Z93A 4ZC9A 4XUAA 5FFVA 5F25A 5C4QA 5EISA 3GG3A 4NS5A 5CGPA 5II2A 4MEOA 4YH4A 5ENJA 3MQMA 4PKLA 5K29A 4QSRA 5I40A 3MB4A 4C66A 4O7EA 5CUCA 5FE6A 1N72A 4A9FA 4QSXA 4HXNA 5FH6A 4LYWA 2DWWA 5D25A 5HM0A 5D3RA 4XYAA 2RNXA 2YEMA 4QBMA 4CUQA 5EWCA 5EV9A 5A82A 2N9GA 5CQ7A 3P1EA 5KTXA 3HMEA 5I88A 4A9HA 3UV2A 4KV1A 4BW2A 3RCWA 4QSSA 4TS8A 5D24A 4Y03A 5CQ4A 5D26A 5CFWA 4UYHA 4UYEA 5DX4A 2D9EA 4A9KA 5LUUA 3UV4A 5EP7A 5I1QA 4NXJA 5IGMA 4IORA 5F60A 5BT3A 5IGNA 5AMEA 5ENCA 4BW3A 4CFKA 3SVHA 5KTUA 4O7BA 5ETBA 4NR9A 5ENHA 3SVFA 5DYCA 4O75A 4HBXA 5AD3A 5FG4A 5E9YA 5EPRA 4QR4A 2E7OA 4LRGA 5DYAA 5H1TA 5DFCA 5ENIA 5FDZA 4HXRA 3U5PA 3JVLA 5FE8A 4OUFA 5FE1A 4NUDA 4TZ8A 3NXBA 4PS5A 2OUOA 4QEWA 4NR5A 4NR7A 5DW2A 2E3KA 4MR3A 4YYNA 5J0DA 4NQNA 5G4RA 5IGKA 4O7CA 5FH8A 2OO1A 4QSVA 5ENFA 3D7CA 4CUUA 5LKZA 5C87A 5DYXA 4QNSA 5HRVA 5FB1A 4A9OA 5D3TA 4LR6A 4HBVA 3S92A 4J0RA 5COIA 2F6NA 4QSTA 2YDWA 3U5KA 4HBYA 4N4IA 4N3WA 5D3NA 4Z6IA 5HFQA 4O70A 4MR6A 5EWWA 3U5OA 4O76A 4TU6A 5CTLA 4PTBA 4IOQA 3FKMX 4Z6HA 2RS9B 4PY6A 4XY8A 4CURA 4HXKA 5ETDA 5E9MA 4X2IA 3MULA 5FE0A 5AD2A 2DVQA 4BJXA 1F68A 4DONA 5CP5A 3S91A 5CQ3A 3P5OA 4CUTA 5E0RA 4TU4A 4O78A 5LJ2A 5DLXA 4HBWA 4HXLA 4O74A 3UVDA 1X0JA 3AQAA 5HCLA 5F2PA 5E3GA 4RVRA 3U5NA 4NYVA 3JVJA 5EPSA 5EU1A 4IR4A 5EICA 5E7DA 5EVAA 4QC1A 5EK9A 4Z1SA 4MEPA 5LKUA 5LVRA 4A9IA 4UYFB 5CS8A 5F1LA 5TB6A 4UYFA 4A9JA 5HLSA 3LQJA 5CQ5A 5HFRA 5KO4A 5IGLA 4YC9A 5FBXA 5BT5A 1ZS5A 5E9KA 4QUUA 5HENA 5FG5A 3Q2EA 4QUTA 4J1PA 4NRAA 5DKHA 5A7CA 3O33A 5E9VA 5F3AA 5FFYA 2RNYA 5A85A 5EGUA 4GPJA 3JVKA 4NUCA 4WIVA 4QSUA 4ZW1A 5IBNA 4ZQLA 3LQIA 5DFDA 4MR5A 5DYUA 3P1DA 4BW1A 2D82A 4IR3A 3DAIA 3O35A 4UIZA 5C7NA 4CFLA 4YBMA 5DBMA 4NQMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4PCIA 5E73A 1JM4B 2KTBB 4HXSA 3HMFA 3LQHA 4TYLA 5C85A 5L98A 3IU6A 5E3DA 5L97A 5HQ5A 5EI4A 3UVWA 4CLBA 3VKGA 4PCEA 5A5PA 5CUDA 3Q2FA 4LDFA 5FE4A 5I7XA 5FE9A 3TLPA 5EWHA 5KU3A 4KV4A 5DFBA 3ZYUA 5F62A 2YEKA 4HXOA 5JWMA 2GRCA 5H1UA 4O77A 4QSPA 3O36A 4MEQA 4CUPA 5A5RA 5DY7A 4CUSA 2WP1A 3DWYA 4YADA 4A9NA 4Z1QA 5L96A 4LYIA 5E9IA 4AKNA 5FFWA 4YK0A 3JVMA 4QSWA 5EA1A 4NRBA 5IIDA 4IR6A 5H85A 3G0JA 5I83A 2YYNA 2DKWA 5C8GA 5LJ0A 1WUGA 4NR4A 4Q0OA 4QYDA 3AADA 5BT4A 4TQNA 3HMHA 4UITA 5CQ6A 4UIUA 5EPBA 1JSPB 5CRZA 2L5EA 4LZ2A 4YYMA 4NYWA 4TT6A 5FH7A 4QEVA 3UVXA 2MJVB 5D3SA 4TTEA 5A5NA 3O34A 4YY6A 5CPEA 4N4FA 2R0SA 5D3HA 3K2JA 5G4SA 4O71A 1EQFA 3QZSA 5F63A 5DLZA 4LZRA 5F61A 3LXJA 4NYXA 4WHUA 4YBTA 4XUBA 2F6JA 5CUEA 5A5OA 3UW9A 4YY4A 4NR8A 4LC2A 4YATA 4IR5A 4NUEA 5FE5A 5DW1A 3MB3A 2NXBA 5CU8A 3UV5A 4A9MA 3G0LA 5D3PA 2DATA 3LJWA 3P1CA 4AKHA 4YYDA 4MR4A 3ONIA 2R0YA 4YYJA 4YH3A 3U5LA 2FSAA 4QR3A 5EQ1A 2RNWA 2DVRA 4TT2A 4BW4A 5KTWA 4NR6A 4QC3A 5D3JA 5LKXA 4YBSA 4ALHA 4KCXA 5ENGA 4QSQA 4YABA 2H60A 5CUGA 5LKTA 4NRCA 3U5JA 4Q0NA 4BHWA 2DVSA 5L8UA 4UIWA 3IU5A 4N4GA 5H1VA 5A5SA 5HRWA 4O7AA 5ENBA 2RI7A 4TT4A 5ACYA 5D0CA 5CZGA 5L8TA 1E6IA 3SVGA 4O7FA 5F1HA 5LJ1A 5HELA 5HRXA 2E7NA 3QZVA 4WHWA 4FLPA 4E96A 5FE7A 2R0VA 4N4HA 4QY4A 5I86A 5JI8A 5CUBA 2EJNA 2RO1A 3P1FA 5LVQA 4MENA 5CRMA 5I80A 4TZ2A 4YYKA 5EWDA 5FG6A 5IG6A 4OGIA 5F36A 4A9LA 5ENEA 5E74A 5TCMA 4YYHA 4AKIA 4HXPA 2I8NA 3O37A 1WUMA 4XY9A 4J3IA 5KHMA 4YYIA 5HQ7A 4ALGA 3I3JA 5FB0A 4A9EA 2OSSA 5II1A 4UIYA 2R10A 2L85A 4O72A 2RFJA 4IOOA 5HJCA 5HQ6A 5HEMA 4QZSA 5DKDA 2YQDA 3VKHA 5FE2A 5EM3A 5CQAA 2YELA 2DVVA 5AMFA 4UIXA 3MUKA 5I7YA 4CL9A 2LSPB 5A83A 4OGJA 3QZTA 4HXMA 5L99A 5E9LA 3MXFA 5CUAA 5DKCA 5CQ8A 2I7KA 4F3IA 3ERRA 5F5ZA 4YAXA 3D1DA 2YW5A 4J0SA 5FE3A 4UYGA 4QB3A 4LYSA 4UYDA 5D7XA 4QR5A 4QYLA 5CQTA 5A81A 5EWVA 2G4AA 5A5QA 3UVYA 4QEUA 4C67A 2WP2A 4LZSA 5CY9A 1ZKRA 5I29A 5I89A 4UIVA 4YYGA 2L84A 3U5MA 5C89A 5D3LA 4Z93A 4ZC9A 4XUAA 5FFVA 5F25A 5C4QA 5EISA 3GG3A 4NS5A 5CGPA 5II2A 4MEOA 4YH4A 5ENJA 3MQMA 4PKLA 5K29A 4QSRA 5I40A 3MB4A 4C66A 4O7EA 5CUCA 5FE6A 1N72A 4A9FA 4QSXA 4HXNA 5FH6A 4LYWA 2DWWA 5D25A 5HM0A 5D3RA 4XYAA 2RNXA 2YEMA 4QBMA 4CUQA 5EWCA 5EV9A 5A82A 2N9GA 5CQ7A 3P1EA 5KTXA 3HMEA 5I88A 4A9HA 3UV2A 4KV1A 4BW2A 3RCWA 4QSSA 4TS8A 5D24A 4Y03A 5CQ4A 5D26A 5CFWA 4UYHA 4UYEA 5DX4A 2D9EA 4A9KA 5LUUA 4AKGA 3UV4A 5EP7A 5I1QA 1PUOA 4NXJA 5IGMA 4IORA 5F60A 5BT3A 5IGNA 5AMEA 5ENCA 4BW3A 4CFKA 3SVHA 5KTUA 4O7BA 5ETBA 4NR9A 5ENHA 3SVFA 5DYCA 4O75A 4HBXA 5AD3A 5FG4A 5E9YA 5EPRA 4QR4A 2E7OA 4LRGA 5DYAA 5H1TA 5DFCA 5ENIA 5FDZA 4HXRA 3U5PA 3JVLA 5FE8A 4OUFA 5FE1A 4NUDA 4TZ8A 3NXBA 4PS5A 2OUOA 4QEWA 4NR5A 4NR7A 5DW2A 2E3KA 4MR3A 4YYNA 5J0DA 4NQNA 5G4RA 5IGKA 4O7CA 5FH8A 2OO1A 4QSVA 5ENFA 3D7CA 4CUUA 5LKZA 5C87A 5DYXA 4QNSA 5HRVA 5FB1A 4A9OA 5D3TA 4LR6A 4HBVA 3S92A 4J0RA 5COIA 2F6NA 4QSTA 2YDWA 3U5KA 4HBYA 4N4IA 4N3WA 5D3NA 4Z6IA 5HFQA 4O70A 4MR6A 5EWWA 3U5OA 4O76A 4TU6A 5CTLA 4PTBA 4IOQA 3FKMX 4Z6HA 2RS9B 4PY6A 4XY8A 4CURA 4HXKA 5ETDA 5E9MA 4X2IA 3MULA 5FE0A 5AD2A 2DVQA 4BJXA 1F68A 4DONA 5CP5A 3S91A 5CQ3A 3P5OA 4CUTA 5E0RA 4TU4A 4O78A 5LJ2A 5DLXA 4HBWA 4HXLA 4O74A 3UVDA 1X0JA 3AQAA 5HCLA 5F2PA 5E3GA 4RVRA 3U5NA 4NYVA 3JVJA 5EPSA 5EU1A 4IR4A 5EICA 5E7DA 5EVAA 4QC1A 5EK9A 4Z1SA 4MEPA 5LKUA 5LVRA 4A9IA 4UYFB 5CS8A 5F1LA 5TB6A 4UYFA 4A9JA 5HLSA 3LQJA 5CQ5A 5HFRA 5KO4A 5IGLA 4YC9A 5FBXA 5BT5A 1ZS5A 5E9KA 4QUUA 5HENA 5FG5A 3D1BA 3Q2EA 4QUTA 4J1PA 4NRAA 5DKHA 5A7CA 3O33A 5E9VA 5F3AA 5FFYA 2RNYA 5A85A 5EGUA 4GPJA 4AI6A 3JVKA 4NUCA 4WIVA 4QSUA 4ZW1A 5IBNA 4ZQLA 3LQIA 5DFDA 4MR5A 5DYUA 3P1DA 4BW1A 2D82A 4IR3A 3DAIA 3O35A 4UIZA 5C7NA 4CFLA 4YBMA 5DBMA 4NQMA
chains in the Genus database with same CATH topology
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