The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
81
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sequence length |
222
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structure length |
210
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Chain Sequence |
ASKEEVPDNPPNEIYATAQQKLQDGNWRQAITQLEALDNRYPFGPYSQQVQLDLIYAYYKNADLPLAQAAIDRFIRLNPTHPNIDYVMYMRGLTNMALDDSRDPQHARAAFSDFSKLVRGYPNSQYTTDATKRLVFLKDRLAKYEYSVAEYYTERGAWVAVVNRVEGMLRDYPDTQATRDALPLMENAYRQMQMNAQAEKVAKIIAANSS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of Escherichia coli BamD and its functional implications in outer membrane protein assembly
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Escherichia coli
|
| molecule tags |
Protein binding
|
| molecule keywords |
UPF0169 lipoprotein yfiO
|
| total genus |
81
|
| structure length |
210
|
| sequence length |
222
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-12-28 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF13525 | YfiO | Outer membrane lipoprotein |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Alpha Horseshoe | Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat | Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4JA7 A; 4WNG A; 2AVP A; 3CEQ A; 3SZ7 A; 3AS8 A; 3CVP A; 3PE4 A; 4W9R A; 5ARG A; 4J8F A; 2WQH A; 5G05 C; 2XCB A; 3UUX A; 5C1D A; 4G23 A; 3MEK A; 2VQ2 A; 3NF1 A; 1Y8M A; 3S7D A; 4A1S A; 2UWJ G; 4APO A; 4BT9 A; 2C2L A; 3EDT B; 4GA1 A; 3LY9 A; 3Q49 B; 4G26 A; 5FT9 A; 2YHC A; 3ASD A; 2Q7F A; 3S7B A; 2P58 C; 3HYM B; 4NQ0 A; 4U0U A; 4B94 A; 4NRH B; 2QFC A; 4H7X A; 1KLX A; 4WND A; 4I2W A; 4U0Z A; 1A17 A; 3AS4 A; 3CV0 A; 3IEG A; 2XEV A; 4N3C A; 2MHK A; 3PE3 A; 5EKQ D; 3RO3 A; 5G04 C; 3TG5 A; 3U3W A; 1HZ4 A; 4CDR A; 2LSU A; 5CCL A; 2FF4 A; 3QDN A; 4AY5 A; 2HO1 A; 3VTY A; 5FJY A; 4J0U A; 4O6F A; 4N2Q A; 3RO2 A; 4G24 A; 4AM9 A; 5LCW J; 2PQR A; 4CGW A; 3RKV A; 3AS5 A; 2C0L A; 2KCK A; 2UY1 A; 3LYA A; 5CCM A; 2KAT A; 4GZ6 A; 4XIF A; 3ASH A; 4GCO A; 4F3V A; 2LSV A; 2VGX A; 5HQ8 A; 2Y4U A; 4Y6W A; 2J9Q A; 3QWP A; 4JA9 A; 5CHE E; 4UQZ A; 2LNI A; 3ZN3 A; 2KC7 A; 3CK9 A; 3GYZ A; 4GA0 A; 1YA0 A; 3OXG A; 3CK7 A; 4G25 A; 4G2V A; 4KYO B; 3UPV A; 5HI7 A; 2V5F A; 4GPK A; 2KCV A; 4GCN A; 2BUG A; 2L6J A; 4BTA A; 2PZI A; 2XGS A; 1B89 A; 2XGM A; 1OUV A; 4ME2 A; 4YND A; 2FO7 A; 2FBN A; 2IF4 A; 4GYY A; 5FZS A; 5JJ6 A; 5BNW A; 5KJK A; 2VGX B; 4N5C A; 4UI9 C; 1HH8 A; 4UI9 J; 3TAX A; 1XNF A; 4YVO A; 5DIZ A; 3KS2 A; 3BEE A; 4XI0 A; 3CKB A; 3ZPJ A; 4AY6 A; 2OOE A; 3CVN A; 3LCA A; 3LY8 A; 5JJT A; 3ZHE B; 4I9C A; 3CKC A; 4I2Z A; 2IFU A; 2WPV A; 4GYO A; 5G04 J; 4GA2 A; 3MKR A; 1KT1 A; 2HYZ A; 2VSY A; 4HOU A; 3GW4 A; 1WM5 A; 4XI9 A; 3OXF A; 3QKY A; 4U0S A; 2Y4T A; 4GYW A; 3QWV A; 2VSN A; 2JLB A; 5EX3 A; 2HR2 A; 5FTP A; 1QQE A; 3U4T A; 4J8D A; 3CVQ A; 1FCH A; 1NA3 A; 3MV3 B; 4KBQ A; 3N71 A; 3ESK A; 3CVL A; 4U04 A; 1WAO 1; 3ASF A; 5G05 J; 4HOQ A; 4BWR A; 4IN3 B; 1NA0 A; 4KXK B; 1ZBP A; 2DBA A; 2VYI A; 5FZR A; 5EX0 A; 3RU0 A; 4JHR A; 3ASG A; 3GZ2 A; 5D0O D; 4HOS A; 4Y6C A; 4CGV A; 4J8E A; 4WUY A; 5AYW D; 4BT8 A; 1P5Q A; 4I9E A; 3VTX A; 4HOR A; 3ZHE A; 1IYG A; 1ELR A; 2GW1 A; 3RIB A; 3OXL A; 3MV2 B; 3PDN A; 3ULQ A; 2PL2 A; 3ZGQ A; 3O48 A; 2R5S A; 4EQF A; 1ELW A; 2XGO A; 4RG9 A; 1QZ2 A; 3FP3 A; 1PC2 A; 1TJC A; 4WNE A; 5ARF A; 2NC9 A; 5A6C A; 2FEZ A; 3MA5 A; 3Q47 B; 4GZ5 A; 5KJN A; 3KAE A; 3Q15 A; 5KJL A; 2YQ8 A; 3E4B A; 3Q4A B; 3RJV A; 3FWV A; 3URZ A; 4N3A A; 4UI9 K; 5KJM A; 4WNF A; 4HOT A; 3K9I A; 3TG4 A; 1NZN A; 5BW8 C; 1KT0 A; 4RG6 A; 5D0Q D; 3UQ3 A; 2UY1 B; 2C0M A; 4GZ3 A; 1HXI A; 2XCC A; 3LKU A; 4BTB A; 3TGO A; 3FFL A; 2VGY A; 4H7Y A; 1E96 B; 4ABN A; 4AIF A; 3R9A B; 3S7J A; 4I1A A; 5LCW C; 3JYS A; 2OND A; 4G1T A; 4I17 A; 3QOU A; 4UQX A; 2FI7 A; 2E2E A; 4JL0 A; 5FZQ A; 4N3B A; 5A7D B; 3SF4 A; 4U07 A; 3LPZ A; 4UQY A; 3WXX A; 1ZU2 A; 3ZFW A; 5BT1 A; 4N2S A; 5JJ7 A; 5DBK A; 3S7F A; 3QWW A; 5M72 A; 3Q5M A; 2KCL A; 3CK8 A; 3LY7 A; 4LEU A; 2I6H A; 3KD7 A; 4N39 A; 2PQN A; 4YVQ C; 2XPI A; 3GZ1 A; 1W3B A; 1IHG A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2BKG A; 3EIQ C; 3L82 A; 5C1D A; 5KNH D; 2MYO A; 1K8K G; 2CFU A; 1HO8 A; 2GRO B; 3U3W A; 3DXK G; 2CG3 A; 2OEW A; 2P2C P; 4DX7 D; 4N2Q A; 2PQR A; 1TEZ A; 3D9H A; 4O60 A; 2VGX A; 5ANL A; 2I1J A; 2R03 A; 1K1A A; 4GA0 A; 4CT0 A; 3EIJ A; 1OUV A; 1H2V C; 2NYJ A; 3U64 A; 4K0R A; 5FWQ A; 2WPV A; 3FTZ A; 2VSY A; 1HFA A; 1DC2 A; 4KBQ A; 4EEC A; 4LNG A; 3FUK A; 2J4B A; 5D0O D; 4U7E B; 4BT8 A; 2GW1 A; 5KBA A; 4C9B B; 4GB9 A; 4NAC A; 2DYS E; 3B7T A; 2V0P A; 3UIO C; 5ARF A; 4JEH A; 2VJ8 A; 4GAA A; 5A6C A; 3R7Q A; 3Q4A B; 3V30 A; 3QK0 A; 3HIZ A; 4HRN A; 5CRU A; 4AIF A; 5IY5 E; 4FA6 A; 2XPI A; 4OAU C; 3UT4 A; 3CEQ A; 4W9R A; 2ETC A; 2I2O A; 3MGB A; 3RRN B; 2VTB B; 1K1B A; 3EDT B; 1SZ9 A; 5A23 A; 3S7B A; 2A4Z A; 2P9U G; 2WMO A; 1KLX A; 3EHR A; 5EKQ D; 1QYM A; 3E34 A; 3HXB A; 2IEJ A; 4G24 A; 1N9A A; 3FEX A; 4BSX A; 5CCM A; 3SI5 A; 3CVW A; 1JPL A; 1SA5 A; 4KYO B; 2BUG A; 2FBN A; 2IF4 A; 4HLE A; 3TAX A; 3DSU A; 4IYP A; 5FQ8 A; 3DEP A; 4OVV A; 3QNK A; 3IXE A; 3UT8 A; 4BET A; 3OXF A; 1O1R A; 4GML A; 4LNU D; 5FTP A; 2GGF A; 1E90 A; 3MV3 B; 2WXR A; 1TNU A; 3MKQ A; 3ASF A; 4J7W A; 3RU0 A; 2VTB A; 2DCP A; 3JQ0 A; 1IYG A; 2MRI A; 3FUM A; 2XRZ A; 3FH8 A; 4OYS A; 1TJC A; 5ENN A; 4GTR A; 3FWV A; 5KJM A; 4HOT A; 1KT0 A; 3TGO A; 4EZJ A; 4HI9 A; 2VGY A; 1RZ4 A; 3R9M A; 4I1A A; 4F1S A; 4UQX A; 5ENS D; 3AG1 E; 3T9K A; 1INZ A; 3I5P A; 3C3R A; 4AJW A; 1TN8 A; 4GZC A; 1K3Z D; 3UM1 A; 3I4G A; 2QFC A; 4AP2 A; 3Q7A A; 4F1P A; 3RRM B; 1L5J A; 5FJY A; 4KVM A; 3UKR G; 1IXV A; 1MX2 A; 3PNT B; 2BF0 X; 4V3I A; 3TXM A; 1PAQ A; 2FO7 A; 4N5C A; 4UI9 C; 4EBA A; 5AJL A; 4XEI G; 4YVO A; 3BG1 B; 5J90 A; 1TNB A; 4U8Y D; 1TNZ A; 1UOH A; 4TXQ A; 3CKC A; 3PUJ A; 4HOU A; 3GW4 A; 3QKY A; 2WXH A; 2H6I A; 3CHQ A; 1MQS A; 4J8D A; 1FCH A; 1PY1 A; 1HS6 A; 5AQ9 A; 5FQ7 A; 4DJA A; 4HOR A; 3PDN A; 3C5R A; 5B1B E; 4I6E A; 2RG8 A; 2P9N G; 4Q69 A; 2Y1L E; 2XS1 A; 3Q73 A; 3JYS A; 4CT4 A; 3PEU B; 1LD8 A; 2IQC A; 4U95 D; 3W9F A; 3FTU A; 1UN9 A; 2QC9 A; 5JMN D; 3ZYL A; 2H6H A; 3IV0 A; 3VLD A; 4HB5 A; 3Q78 A; 5ENO D; 2GRL A; 3MEK A; 1HF8 A; 5EIB E; 3D3M A; 4AXH A; 3FH5 A; 4N3C A; 2MHK A; 3LVQ E; 4JVS A; 2LSU A; 2J07 A; 1O5M A; 2R05 A; 2J8S D; 4O1P A; 1V54 E; 4UWK A; 3V31 A; 1E7V A; 2Y4U A; 2RKK A; 1OWP A; 3OXG A; 3UPV A; 4HVB A; 3G2V A; 2WQ7 A; 3FUH A; 3PZD A; 2OCC E; 3KSL A; 5DIZ A; 1BU9 A; 4A63 B; 2ZU6 B; 3G2U A; 5ENP D; 3SY2 A; 4I9C A; 3D9K A; 3EJN A; 4GYO A; 3BQO A; 4A55 A; 5HRY A; 5AAO A; 3EU5 A; 4K5B A; 4BY6 A; 4EPZ A; 4QQI A; 4LUN U; 3N71 A; 4FJY A; 2OVF A; 2VYI A; 1N0R A; 4JHR A; 3ASG A; 1OCC E; 2KM4 A; 4JZY A; 3NAW A; 2XGO A; 2LAI A; 3ZVV A; 3FEY A; 3GZS A; 3KAE A; 2A5E A; 3K9I A; 3MZL B; 2X3M A; 3LKU A; 1KZO A; 5AAR A; 5FZQ A; 3RRU A; 2FI7 A; 3TWW A; 4C48 B; 4I43 A; 4LER A; 5DBK A; 2PQN A; 3S7D A; 3UM2 A; 5C2Y A; 3L54 A; 1EF1 C; 1WDY A; 2WM9 A; 2ETB A; 2YHC A; 2QYJ A; 4ZFH A; 3IEG A; 3CHP A; 3AU5 A; 2IU1 A; 1JCQ A; 2FF4 A; 3HDX A; 3CQC B; 4AM9 A; 3L6A A; 1N95 A; 3LJN A; 4HRM B; 4GCO A; 3SBT B; 3T5V A; 5HQ8 A; 3ABM E; 2EIK E; 4CDM A; 3LXU X; 3ZU7 B; 4G25 A; 5AQA A; 1OWN A; 2KCV A; 5BV1 A; 2X6J A; 1E8X A; 5KJK A; 4DRX E; 5EIL A; 4ANU A; 2OOE A; 3CVN A; 1BLX B; 3LJ3 A; 4I2Z A; 3MJW A; 3L22 A; 4P29 A; 5G04 J; 2P9K G; 2VSN A; 4JW1 A; 5ENR D; 1ZBP A; 5FZR A; 3DBS A; 1FVH A; 3O48 A; 2XEN A; 2WXK A; 3FUF A; 2NC9 A; 2Y69 E; 2YQ8 A; 3E4B A; 4I6G A; 3ZYK A; 3U66 A; 2WXP A; 3FTY A; 1LF8 A; 4HBD A; 4ABN A; 4DLO A; 4LCT A; 3V2X A; 4E85 A; 3ML8 A; 3MCX A; 1VDY A; 3HXF A; 3QJZ A; 4N2S A; 3C72 A; 4PS7 A; 5M72 A; 2PNN A; 1SW6 A; 2IJG X; 5G05 C; 4FHJ A; 1NFI E; 1SZA A; 4APO A; 4MS6 A; 3QC1 A; 3E33 A; 3KSQ A; 3CIA A; 3NOC D; 2AXV A; 2ETA A; 3ZXS A; 2CHW A; 2H6F A; 4CGW A; 3UIN C; 2KZT A; 3E32 A; 4HI8 A; 2XS8 A; 4O1O A; 4JC8 A; 2WXM A; 4JXT A; 4J8S A; 5HI7 A; 2L6J A; 2XGS A; 4Z68 A; 2XGM A; 4GYY A; 1O1S A; 4I6J A; 1MHQ A; 2VSX E; 3DWL G; 4GYW A; 4BX9 A; 3VLF A; 4HOQ A; 4F7A A; 1NA0 A; 4HFG A; 3GZ2 A; 2GRR B; 3B95 A; 2WMN A; 2R5S A; 4XZ4 A; 3BUA A; 3CHS A; 2QYU A; 2VGE A; 4IUL A; 3L17 A; 4LSZ E; 2XZD G; 3PS6 A; 4N5Q A; 3SFX A; 2WQ6 A; 5D0Q D; 4GPM A; 4GTV A; 2C0M A; 2P9P G; 4FHK A; 1E96 B; 1MX4 A; 2F37 A; 5ITZ F; 4WWN A; 2Y3A A; 3CVY A; 5BT1 A; 5H7P A; 1UN8 A; 1S64 A; 3LY7 A; 5CBN A; 2I6H A; 2MOW A; 2PM7 A; 1RW2 A; 1W3B A; 5B1A E; 4JA7 A; 3AG4 E; 2AVP A; 5D66 A; 4F6R D; 4KVO A; 3AS8 A; 3CVP A; 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