The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
88
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sequence length |
252
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structure length |
252
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Chain Sequence |
QSITDYNYKKPLHNDYQILDKSKIFGSNSGSFVMYSMAADAYYIYNEKESRKRYSPNSTYKIYLAMFGLDRHIINDENSRMSWNHKHYPFDAWNKEQDLNTAMQNSVNWYFERISDQIPKNYTATQLKQLNYGNKNLGSYKSYWMEDSLKISNLEQVIVFKNMMEQNNHFSKKAKNQLSSSLLIKKNEKYELYGKTGTGIVNGKYNNGWFVGYVITNHDKYYFATHLSDGKPSGKNAELISEKILKEMGVLN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Lysine Nzeta-decarboxylation switch and activation of the beta-lactam sensor domain of BlaR1 protein of methicillin-resistant Staphylococcus aureus.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Beta-lactamase regulatory protein BlaR1
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| molecule tags |
Hydrolase regulator
|
| source organism |
Staphylococcus aureus
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| total genus |
88
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| structure length |
252
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| sequence length |
252
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-01-05 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00905 | Transpeptidase | Penicillin binding protein transpeptidase domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Beta-lactamase | DD-peptidase/beta-lactamase superfamily |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1VM1 A; 3BEC A; 5GHZ A; 2Q9M A; 3BM6 A; 3O87 A; 4OPZ A; 1FSW A; 2OV5 A; 3ITB A; 1PI5 A; 5TR7 A; 4OQG A; 4WEL A; 3SH9 A; 1YMS A; 5DVA A; 3AGE A; 5L2F A; 1XPB A; 4LV3 A; 3VP4 A; 4WMC A; 3D4F A; 4KQR A; 3A3J A; 4OLG A; 1LI0 A; 3E2K A; 5GLA A; 2CC1 A; 2ZQ9 A; 5FAQ A; 3VSL A; 2C6W B; 2WGW B; 2ZMA A; 5DF9 A; 3A3I A; 1CI9 A; 4LV1 A; 3G35 A; 4KQO A; 1BLH A; 3M6B A; 3VP2 A; 3SH7 A; 1K56 D; 2V20 A; 5JYP A; 5TGF A; 4EBP A; 2PU4 A; 4PM9 A; 1GA9 A; 1HD8 A; 1K54 A; 2JBF A; 1GHI A; 5EVI D; 1FR6 A; 1M40 A; 3VP0 A; 4JLF A; 4S2K A; 2ZC5 B; 2XD1 A; 4R4S A; 2Y2J A; 3FZC A; 5TFQ A; 3UDI A; 3EQV A; 5CGW A; 4WEK A; 3BFE A; 2J9O A; 2ZM0 A; 4RA7 A; 2R9W A; 4KEN B; 5DTK A; 1G68 A; 3Q81 A; 4JBF A; 1JTG A; 3ZFZ A; 2X71 A; 5EVL A; 5FDH A; 2A49 A; 2EXA A; 2HDR A; 2J7V A; 3PBO A; 1PWD A; 5DF8 A; 2HDQ A; 1FQG A; 5FQQ A; 1HTZ A; 5EVI A; 5GHY A; 3IF6 B; 3GMW A; 1W5D A; 3PTE A; 1U60 A; 3C4O A; 1YLZ A; 1K54 C; 1XX2 A; 1C3B A; 3MZD A; 4U0T A; 2JCH A; 1KE4 A; 2H0T A; 3QNB A; 3WS2 A; 1K55 A; 1YLT A; 4F94 A; 5M19 A; 1BLS A; 3ZNT A; 2Y2O A; 1Z6F A; 3IWO A; 3OPH A; 3BFC A; 4K0X A; 3CMZ A; 2Y2N A; 3G2Z A; 5FSR A; 5J8X A; 1NXY A; 1YLY A; 3A3D A; 4E3I A; 4GDN A; 2ZD8 A; 2IWD A; 5F1G A; 3FKW A; 2GDN A; 3GQZ A; 3ZG9 B; 4JF6 A; 1MKI A; 1YQS A; 4QY6 A; 5EVI C; 2XR0 A; 4N9L A; 1HZO A; 3IXB A; 1XKZ A; 2ZJ9 A; 4ZJ3 A; 3FV7 A; 4B4X A; 3MFD A; 3SS5 A; 3ZHH A; 3IT9 A; 4LV2 A; 1LHY A; 3IWQ A; 4X6T A; 3HLW A; 4IVI A; 4WZ5 A; 5GL9 A; 2IWB A; 4JXS A; 2QPN A; 5F1F A; 3GTC A; 4S2L A; 4DDY A; 4S2J A; 5D3O A; 3HVF A; 3W4P A; 1K4F A; 2EX6 A; 4Q8I A; 2OLU A; 1BUE A; 2P9V A; 4C3Q A; 1TDL A; 3WS4 A; 2RCX A; 3N8L A; 5HAR A; 1W8Q A; 2BG1 A; 1L0D A; 5FQJ A; 3Q7V B; 2X02 A; 1K25 A; 1Y54 A; 4GD6 A; 5FAS A; 4RYE A; 3ZG5 A; 5EOO A; 4E6X A; 4Z9Q A; 1IKI A; 2I72 A; 5HW3 A; 3IH8 A; 5GLB A; 5I94 A; 1G6A A; 2HPB A; 5GLC A; 3RJU A; 2B5R A; 2Y59 A; 4P0M A; 3DW0 A; 1W8Y A; 1JVJ A; 1NZO A; 3IQA A; 2XEP A; 5A90 A; 1NZU A; 3BEB A; 3TG9 A; 1DJA A; 3N4I A; 4BL2 A; 4GD8 A; 1PWG A; 1WE4 A; 3N8R A; 4MBK A; 5GLD A; 2XK1 A; 4R3B A; 5CGX A; 5FAT A; 3UE1 A; 2ZQ8 A; 1FCN A; 1YLW A; 3ZNY A; 2Y2L A; 4BD0 A; 1TVF A; 3BFG A; 3HRE A; 5BOH A; 1YM1 A; 3MXS A; 4KG5 A; 1WYC A; 1E25 A; 4QB8 A; 4N9K A; 3MBZ A; 5HX9 A; 2WYX A; 3PBR A; 2ZC4 B; 3MKE A; 1LL5 A; 3OPP A; 1K57 C; 3OPL A; 2ZC7 A; 3ZVW A; 3GSG A; 3WRZ A; 3DTM A; 3N8S A; 2WK0 A; 4GOG A; 3M6H A; 1DJC A; 1RGZ A; 1QME A; 3GV9 A; 4JXG A; 1H8Y A; 1HVB A; 2IWC A; 2WZX A; 4R3J A; 4Y0U A; 5FAO A; 5HL1 A; 1KGF A; 1BLC A; 2EXB A; 4A5R A; 5CED A; 4JXW A; 5FQK A; 5CEB A; 1GHP A; 1K6S A; 3NDG A; 2EX9 A; 2ZC6 B; 3CG5 A; 4FH2 A; 3ZG8 B; 4OH0 A; 1FR1 A; 5F82 A; 1PIO A; 5AQ7 A; 2XFS A; 3AGD A; 4KZ8 A; 2A3U A; 3NY4 A; 4EWF A; 3UE0 A; 1PW1 A; 4M3K A; 3OZH A; 1E3U A; 4Y0T A; 2Y2K A; 3UN7 A; 4KZA A; 5A92 A; 3W8K A; 3G31 A; 1IEL A; 3C7U A; 3IWI A; 3CZD A; 4RVA A; 4EBN A; 5M1A A; 2HDS A; 4ID4 A; 5FQI A; 4S2N C; 3ZCZ A; 4C6Y A; 3UY6 A; 4KG2 A; 1O07 A; 5FQ9 A; 1SDE A; 2FFF B; 5U47 A; 2X01 A; 1S6R A; 4MBH A; 3QNC A; 2V1Z A; 5HAP A; 3PBQ A; 5EUA A; 4MNR A; 2ZLY A; 3HL9 A; 4QJG A; 3PBT A; 5CTM A; 4PM7 A; 1NRF A; 3OC2 A; 3G30 A; 3WS0 A; 4EUZ A; 1CK3 A; 1SKF A; 1K56 A; 1FOF A; 3OCN A; 2DCF A; 1ZC2 A; 3A3F A; 1H5X A; 3Q7Z A; 1FCM A; 4P85 A; 2H0Y A; 1ERM A; 1SHV A; 5DF7 A; 3VP1 A; 2WGV A; 3S22 A; 1XXM A; 1RP5 A; 4IBX A; 1N4O A; 1S0W A; 4FSF A; 4EQI A; 4GKU A; 1IYS A; 3FWL A; 1N9B A; 3IF5 A; 1EI5 A; 1IYQ A; 4E3K A; 3ZDJ A; 2G2W A; 1ES5 A; 3IHB A; 2Y4A A; 1RCJ A; 2ZQA A; 2XH9 A; 3ZG0 A; 1OME A; 3A3E A; 1RGY A; 3N6I A; 3TSG A; 4WZ4 A; 3M2K A; 5CGS A; 5CEC A; 3Q82 A; 4X68 A; 3LY3 A; 4MEZ A; 3FKV A; 1KDW A; 3Q07 A; 1IYO A; 4KZ6 A; 4KZ4 A; 1SCW A; 4DE0 A; 2ZM2 A; 4MLL A; 4UA7 A; 2EX8 A; 3UPP A; 4L0L A; 4K91 A; 4BJP A; 2P9V B; 3BFF A; 4EBL A; 1WYB A; 4E3N A; 2C5W B; 3VP3 A; 4DXB A; 4OKP A; 4IED A; 1XGI A; 5FI6 A; 4X56 A; 4R1G A; 3GRJ A; 4UHU A; 3ZG7 B; 3IF6 A; 4OOL A; 2Y2Q A; 3V5M A; 3W4O A; 4KZ3 A; 4S2P A; 2ZQC A; 4QY5 A; 5E43 A; 4QU3 A; 3O3V A; 1GA0 A; 3G2Y A; 3HLE A; 3I7J A; 4PMA A; 3NC8 A; 5KSC A; 2E8I A; 1O7E A; 5FQM A; 3W4Q A; 4HBT A; 4PM6 A; 1ZG4 A; 1ES4 A; 2DNS A; 3JYI A; 1W7F A; 4R4R A; 4JF5 A; 1DJB A; 1CI8 A; 3P98 A; 3HLG A; 1L2S A; 4C75 A; 4X55 A; 3O88 A; 3NIA A; 4OP5 A; 1ERO A; 1KE0 A; 2RL3 A; 1JWZ A; 4N92 A; 2XGN A; 1BTL A; 1ONH A; 4P87 A; 4Y7P A; 3SOI A; 2JC7 A; 1K57 A; 4MBF A; 4WBG A; 3CJM A; 5M18 A; 5CRF A; 3VFF A; 1ESU A; 4S2I A; 3IF6 C; 4KQQ A; 5DTS A; 3HLC A; 4JKT A; 3RXX A; 5KMW A; 2HP9 A; 4X69 A; 1IYP A; 3ITA A; 1NYM A; 4ZAM A; 3BRM A; 3IXH A; 3WS1 A; 3VOY A; 3WWX A; 1BUL A; 1PI4 A; 4UA6 A; 4E3L A; 3HUM A; 4DF6 A; 2EFU A; 4GDB A; 1KGG A; 4PM8 A; 4CJN A; 5AQB A; 1JWP A; 1LI9 A; 4HEF A; 4OQI A; 3HUN A; 5A91 A; 1NY0 A; 2PU2 A; 5GHX A; 4DE3 A; 4NK3 A; 2WAF A; 2R9X A; 1LL9 A; 3EQU A; 1EWZ A; 1PZP A; 5CTN A; 1M6K A; 2Y2I A; 4QD4 A; 2OLV A; 1YT4 A; 4LEN A; 5EPH A; 2ZC3 B; 4S2N A; 1K4E A; 3BFD A; 1VQQ A; 4B88 A; 4DE1 A; 1ES3 A; 2WAD A; 2WKI A; 3V3S A; 4BQM A; 3VMA A; 2PBY A; 2WKE A; 5HAQ A; 2JE5 A; 3N7W A; 4YIN A; 4RX3 A; 1YLJ A; 4YFM A; 1KVL A; 2Y2P A; 2FFY A; 2Z2L B; 1PW8 A; 2XDM A; 3NBL A; 4Y0O A; 3FYZ A; 5E2G A; 4OQ0 A; 4O7D A; 1GCE A; 1MPL A; 4WMC D; 1MWU A; 4E6W A; 3UPO A; 3C5A A; 1H8Z A; 4X53 A; 1XP4 A; 4K0W A; 2XFT A; 2H5S A; 5A93 A; 4OPQ A; 4IBR A; 4IVK A; 4OPY A; 5F83 A; 3WS5 A; 1PWC A; 4BLM A; 1W79 A; 3SS3 A; 1I2S A; 2G2U A; 3E2L A; 3LY4 A; 4B4Z A; 3BYD A; 4OON A; 4DXC A; 2Y55 A; 5IHV A; 2WAE A; 4DDS A; 3ZGA B; 1BT5 A; 3MXR A; 4KZ9 A; 2WKH A; 3MKF A; 2Q9N A; 5EVI B; 4GN2 A; 1TEM A; 1QMF A; 4ZDX A; 4OQH A; 4WYY A; 4ZBE A; 3V39 A; 4WM9 A; 1CEF A; 1JTD A; 2EFX A; 4E3J A; 2QMI A; 4D2O A; 5EE8 A; 2XD5 A; 4OOM A; 4E3O A; 3UE3 A; 4U3T A; 2EX2 A; 5HFO A; 4KZ7 A; 4FH4 A; 1ESI A; 1SDN A; 1AXB A; 2WZZ A; 2V2F F; 2HP5 A; 4R23 A; 4N1X A; 2WGW A; 2HDU A; 4CPK A; 1BSG A; 1DY6 A; 1MWT A; 1NJ4 A; 1IEM A; 3P09 A; 1FSY A; 4LCM A; 1I5Q A; 3VOZ A; 2WUQ A; 4DKI A; 4LV0 A; 4ZJ1 A; 5FI2 A; 1PYY A; 1TDG A; 3LCE A; 1MXO A; 2Z2M B; 3LO7 A; 4KG6 A; 3VFH A; 5KZH A; 1BZA A; 1L0F A; 3NI9 A; 1GHM A; 5AQ9 A; 5AQA A; 3AGF A; 3UNW A; 4XUX A; 3UPN A; 5JYO A; 5CHJ A; 4BL3 A; 3S1Y A; 3GR2 A; 1ZKJ A; 1K6R A; 2ZQD A; 4JPM A; 3C7V A; 2Y2G A; 1XGJ A; 5HAI A; 4PM5 A; 1ERQ A; 3HBR A; 2ZQ7 A; 4R0Q A; 3PAG A; 5E2H A; 2P74 A; 1ZG6 A; 5E2E A; 3S4X A; 3ZVT A; 4KZB A; 4JXV A; 1L0G A; 2VGK A; 4S2O A; 2Y2H A; 3NDE A; 4FCF A; 4U0X A; 1MWS A; 5E2F A; 1FCO A; 1ALQ A; 3G34 A; 3MZE A; 1IKG A; 3PAE A; 3LEZ A; 2H10 A; 5CER A; 3SS4 A; 5FI7 A; 2DRW A; 3SH8 A; 3HLB A; 4H8R A; 1ONG A; 1E4D A; 1MY8 A; 5KSH A; 3DWK A; 1YMX A; 1NYY A; 2XQZ A; 5CHM A; 1JWV A; 4DE2 A; 4OVD A; 3V50 A; 1K38 A; 3VSK A; 1PZO A; 1XA1 A; 3ISG A; 4E3M A; 3UO9 A; 1K55 C; 4HES A; 4OPR A; 3QHY A; 4GB7 A; 4S2M A; 1KE3 A; 3G4P A; 4OP8 A; 5FA7 A; 3WRT A; 3O86 A; 2XLN A; 2BLS A; 3BLS A; 2J9P A; 4N1H A; 2J8Y A; 3DWZ A; 1CEG A; 3IXG A; 1I2W A; 3PBN A; 3OPR A; 5G18 A; 5CXW A; 3V3R A; 4KZ5 A; 1KGE A; 1MWR A; 3OCL A; 3IHA A; 1KDS A; 1MBL A; 1BLP A; 4GNU A; 2QZ6 A; 3PBS A; 2UWX A; 1L0E A; 3HLF A; 3HLD A; 4BEN A; 5EOE A; 2ZM8 A; 4UA9 A; 4ZTK A; 3IH9 A; 3RXW A; 4UAA A; 1ES2 A; 4LCL A; 4OLD A; 5CHU A; 3G32 A; 4JF4 A; 3UDX A; 4FD8 A; 2OSU A; 2XF3 A; 4WZ5 C; 1XA7 A; 1Q2P A; 3TOI A; 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