3QB0A

Crystal structure of actin-related protein arp4 from s. cerevisiae complexed with atp
Total Genus 117
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
117
sequence length
480
structure length
427
Chain Sequence
GGDEVSAVVIDPGSYTTNIGYSGSDFPQSILPSVYGKYTADEGNKKIFSEQSIGIPRKDYELKPIIENGLVIDWDTAQEQWQWALQNELYLNSNSGIPALLTEPVWNSTENRKKSLEVLLEGMQFEACYLAPTSTCVSFAAGRPNCLVVDIGHDTCSVSPIVDGMTLSKSTRRNFIAGKFINHLIKKALEPKEIIPLFAIKQRKPEFIKKTFDYEVDKSLYDYANNRGFFQECKETLCHICPTKTLEETKTELSSTAKRSIESPWNEEIVFDNETRYGFAEELFLPKEDDIPANWPRSNSGVVKTWRNDYVPLKRTKNELIGLADLVYSSIMSSDVDLRATLAHNVVLTGGTSSIPGLSDRLMTELNKILPSLKFRILTTGHTIERQYQSWLGGSILTSLGTFHQLWVGKKEYEEVGVERLLNDRFR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Structural protein
molecule keywords Actin-related protein 4
publication title Structural biochemistry of nuclear actin-related proteins 4 and 8 reveals their interaction with actin.
pubmed doi rcsb
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 117
structure length 427
sequence length 480
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-01-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3qb0A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3qb0A02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3qb0A03
1SZ2A 3GBTA 3AARA 5AQIA 3CJ7A 3R8EA 4BC4A 4BR5A 1E4FT 1T6CA 4CBXA 4FWSA 2QXLA 4FWOA 4HTLA 3AY9A 1NGBA 3ID8A 4QS9A 1DEJA 4BR2A 4DCHA 4IJNA 4FO0A 1U2VA 4BREA 5FPMA 4BRAA 1JCGA 2CGJA 3QICA 2VCPA 3MDQA 1YAGA 2PBDA 3CJAA 4K41A 2QWNA 3G25A 5LJWA 1TYQA 3HBTA 4BRLA 4IXCA 2HF4A 4DQ8A 3VEXA 5AQJA 3M1FA 4H0YB 1BO5O 5JLFA 2H3GX 4C23A 1C0GA 2P9PA 3FGUA 3DAWA 3QFPA 4BG9A 1MWKA 3FZHA 3LDNA 5TKYA 4CBUA 3LDPA 3I8BA 2F9TA 4BC2A 2IVPA 3KHYA 5JLHA 1RDWX 3CJ9A 4AM7A 4BR4A 3WXLA 2GWJA 3MN9A 3WEEB 3DXKB 2E1ZA 1JCEA 2P9SA 4FWRA 5KQDA 3A8YA 2E20A 5BRDA 4BRNA 1LCUA 4FSVA 3A0IX 1NGAA 1BUPA 3O1WA 1SAZA 1K8KA 5AQVA 4CZGA 1GLAG 5EVZA 5BRHA 1KAZA 4A62A 2V52B 3EZWA 5AQPA 1CZAN 4O5FA 1X9JA 4FPBA 5B8HA 5BRFA 3D2EA 4BR9A 5AQQA 1U2VB 4GNIA 3M6GA 3FZKA 4CD3A 1LOTB 2CH6A 1QQOA 5BN8A 2V7YA 1MDUB 3ENOA 3FLCO 4CI6A 3D2FB 3VEOA 3IDHA 4EAHD 2E1YA 1TUUA 3MN7A 3R9PA 1GLFO 4BRMA 3QB0A 3MK6A 2D0PA 1BOTO 5E84A 1NGJA 5AQUA 5AZJA 5F1XA 3LM2A 3VERA 2P9PB 3B8AX 4FOIA 3SMPA 2VWBA 3VGMA 4JD2A 1HUXA 1P8ZA 4B1YB 1RFQA 2Q97A 3EKSA 2VYPA 1HKBA 4BQZA 1NGIA 5KPZA 3O5BA 4H0XB 4H0OA 5AQSA 2AP1A 5F2RA 5BREA 3SMSA 4JNEA 2KHOA 2P9SB 2YJEA 3W0LA 4I6MA 2E88A 4BC5A 5EY4A 3CIPA 3H1VX 4BQLA 4FWQA 3EKUA 1K8KB 4M7XA 2GUPA 1GLLO 3L6QA 4E1JA 1NMDA 1HKGA 4JHDA 1TUYA 4PL8A 3U4LA 4BRPA 4FWLA 3R6MA 4B1WB 4ISEA 4CZFA 1HKCA 5EOYA 5BPMA 4CZJA 4FWMA 4FWPA 3VF6A 5BR9A 4H5WA 3CERA 1ZC6A 1SQKA 2CH5A 2P9KA 3KVGA 3UE5A 3VGLA 3DJCA 2YI1A 4JAXA 4B1UB 1R59O 4DHYA 4CD1A 5AQMA 2E2OA 2QWOA 5AQFA 1NGGA 2FSJA 3WXJA 3MMVA 1S3XA 5AZJB 4LC9B 4FOEA 2FF6A 2ASPA 3C7NA 3QBXA 4JD2B 4IJAA 2QWPA 2Q2RA 2NLXA 2E2QA 4H5TA 1Z05A 3D2FA 1BDGA 4WQ5C 3MN5A 4H0VB 4IO8A 1MWMA 3SJHA 1IG8A 5AQGA 1NBWA 4A61A 4MLHA 5AQHA 4WQ5A 1YVNA 4I6MB 2P9LA 1Q18A 3VF2A 4HWIA 4IWVA 3CI5A 1WUAA 3FE1A 2IVNA 4H03B 3VOVA 4RCHA 1QHAA 2A6AA 3LL3A 4BRIA 3WXIA 5AQTA 3WT0A 3RSEA 2YHYA 1X3MA 5AQRA 5KPTA 2YCHA 4JHDB 3VPZA 3BF1A 1HJOA 3ATUA 2YHXA 3BUZB 3QFUA 1JCFA 4MLEA 3BEXA 3UB5A 1EQYA 4ISGA 5FPNA 1QZ5A 3QMLA 1WOQA 4CZEA 2V7ZA 2W41A 1XQSC 3HI0A 4J8FA 3WQUA 2P9KB 1ATRA 3BF3A 1XUPO 1NLVA 4MO5A 2QM1A 2UYTA 5CE3A 2P9UA 1XC3A 1NGCA 3U9ZA 2Q1NA 4PKGA 4B1XB 1Y64A 5AQZA 1GLDG 3C7NB 1BWFO 2FSKA 3O8MA 2ASOA 5ADXA 5JICA 1HX1A 3EO3A 2GEMA 3O1BA 4H0TB 1H1VA 4BRHA 3JXUA 2FSNA 4O8KA 4CZLA 2FLOA 1NGFA 2QWQA 5KPRA 5AQKA 4KBOA 1ESVA 1OKJA 3GG4A 4BR7A 2P9LB 3H6EA 3VEWA 4NB4A 1V4SA 4K43A 3OHRA 3VESA 2A42A 3JS6A 3VEYA 3RSEB 2A3ZA 1V4TA 4RTFD 5EXWA 2HOEA 1NM1A 4CZHA 3WUHA 3UKUA 5AQYA 1QZ6A 3ULEA 3H3OB 4Z94A 3SK3A 5BN9A 2Q0RA 3H45C 3ATVA 3WXKA 3A5NC 1NGEA 3GL1A 3EL2A 3ZEUA 2P9UB 4WQ4C 5AQLA 3UKRA 4XH1A 4CZKA 1IJJA 2W40A 1RGIA 4EFHA 3CQYA 4WQ4A 4FWNA 1T44A 2J4RA 3EN9A 3ZETA 1QQMA 5BPNA 2E8AA 4BC3A 3LDQA 3DXMA 3MCPA 3CJCA 3C0BA 2A41A 3VGKA 4CBWA 4ISFA 1DGKN 3AAPA 3HTVA 3O80A 3FZLA 4QS8A 2Q31A 5E26A 5AFUH 5LY3A 4M7YA 3O08A 2FF3B 3CETA 4M63C 1D4XA 1T6DA 2ASMA 4MO4A 3ZX2A 1ZXOA 1ZBSA 1BA1A 4FL9A 3VENA 2FXUA 3H46O 5FPEA 4PKIA 3UKUB 1NWKA 4F9OA 3HZ6A 2E2PA 4H5NA 3ULEB 3WQTA 4BROA 5KQ8A 2CGLA 3QBWA 1U6ZA 3GDQA 2DPNA 5AZIB 4RWTA 2ITMA 4BR0A 3FFKB 5JMVA 1NGHA 3U9DA 2IVOA 3FZFA 4YDUC 3ZEUB 1GLEG 3CJBA 2A5XA 3DWLA 3GE1A 3A5LC 2BUPA 3J8AA 2YJFA 3UKRB 4QS7A 4A2AA 1KXPA 4BG8A 4YDUA 3FR0A 4PL7A 3H1QA 4NO7A 1J6ZA 4JN4A 1KAXA 3A5MC 3VETA 1ATSA 2P9NA 3ZETB 3LDLA 4WYBA 2ZGZA 3L4IA 3DXMB 3KZBA 4L3QA 2QWLA 3ENHA 3P4IA 3A5OC 2F9WA 4DB3A 3ZX3A 2D1KA 3F9MA 3HM8A 4A2BA 1BU6O 3QDKA 1HPMA 3W3DA 4B9QA 1KAYA 3CHWA 4H5RA 3GOIA 2YHWA 4CZMA 1YXQA 4FPAA 3LDOA 2V51B 3IFRA 2GTDA 2I7NA 2Q0UA 3VF4A 4CJ7A 4H0PA 2IIRA 3VEVA 1BA0A 2EWSA 4BRFA 2ZWHA 4BGAA 2QWMA 3D7EO 4PKHA 3CJ1A 2D4WA 3TU5A 3ZX0A 2P9IA 1GLJO 1S22A 2GWKA 4B1ZA 2I7PA 1QQNA 3CQXA 2OANA 5BPLA 1TYQB 4H5VA 3O6WA 5EX5A 4K25A 5AQWA 3FZMA 3VEZA 1X3NA 4CZIA 3LM9A 3AAQA 5AFUA 1ATNA 5AZIA 2ZF5O 2CGKA 1C0FA 2NZTA 4BVOA 2Q36A 1E4GT 2P9NB 1NGDA 3O4WA 4XH4A 3SLCA 2ZGYA 2WUSA 4B1VA 2HMPA 3L0QA 5AR0A 1GLBG 4EHUA 4BRQA 5FPDA 5AQXA 2QW9A 4BRKA 4EHTA 4BRDA 2GELA 5AQNA 2A40A 3S41A 3H3NO 3TPQA 1G99A 2AA4A 4AM6A 3MN6A 4BRGA 4BRCA 2NRHA 5LJVA 5ADXH 3U8XA 2E2NA 5F0XA 4BVPA 3IMXA 4EIAA 5AQOA 2QWRA 4Y0WA 4BGBA 1Z6RA 4XH5A 5I9EB 4IZ9A 3M3ZA 4GY2B 5ELZA 3WEEA 3DXKA 1BG3A 3IUCA 3HSCA 1GLCG 3BP8A 3D2EB 2HF3A 2BTFA 4XEIA 3I33A 1MA9B 4K42A 1YUWA 2PAVA 2P9IB 1DKGD 4FWKA 1HLUA 2D0OA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3OYHA 3AARA 1DT9A 4HTLA 4BR2A 4HHTA 1IKXA 1KFSA 4RG8A 5FPMA 4BRAA 4CCHA 3QICA 3AVAA 2NRXA 3CJAA 3V9XA 3V9WA 1FKOA 4HUEA 4IXCA 2HF4A 3KKSA 2O8FA 2EHGA 3NGIA 4DFKA 4E7LA 1BO5O 4ELUA 2VWKA 4M3TA 3S3OA 4MDAA 1K73O 4CBUA 1E3MA 3I8BA 2IVPA 3AVCA 1GOAA 2KZMA 4BR4A 1S1WA 3WXLA 3IKMA 3TAQA 4F3TA 2D0AA 3A8YA 4C8OA 3SI6A 1LCUA 4ICLA 4M3YA 1NJWA 4FW2A 3S3MA 3PX4A 3CCLN 3OA9A 3O1WA 5AQVA 1K8KA 2HB5A 3CCJN 4CECA 2HNDA 2HHUA 1EP4A 2YNFA 4BEBA 4OLAA 1CZAN 1WN7A 3THWA 4CEFA 3TARA 3D2EA 2C1GA 3K2PA 1N36K 3E66A 1U2VB 3M6GA 1KFDA 2W00A 3C6AA 1QQOA 4A59A 2DFFA 3CG7A 3RTVA 4EZ9A 1IKWA 4CI6A 3VEOA 1EKEA 3SBTA 3KIOA 4FLXA 4DU3A 4CJWA 5CYMA 1NGJA 4KTQA 1KQSM 3VERA 1HUXA 2WBNA 2G8UA 4Z4IA 4DQQA 1HKBA 1VQ6N 1HYSA 4JKBA 3J80O 1S1UA 5AQSA 1W7AA 1VQPN 3SMSA 4KHSA 4JNEA 2KHOA 2BGGA 2HHWA 5DMRA 2NUBA 1CZBA 1KSPA 3CIPA 1N8RO 3AO1A 4JKHA 4BY9C 3DMJA 5HLFA 1NMDA 1CXUA 3TAFA 4B3TK 4GV3A 3EEQA 5LMNK 3S9HA 3SQ0A 4CZFA 1VSKA 4B9LA 4FJ9A 2WONA 3DLKA 5BPMA 1OH5A 1RBVA 4FWMA 1F21A 4CZJA 4DS5A 1C6VA 2ETJA 3CERA 3E9OA 3HK2A 2CH5A 1SQKA 2P9KA 4JAXA 4DHYA 2YHBA 4CD1A 2QWOA 3P38A 5GINA 3WXJA 3MMVA 1S3XA 1S9GA 4DV1K 4FOEA 4JLHA 4WFNL 2ASPA 4JD2B 1DLOA 2RHKA 2QWPA 2NLXA 4H5TA 4Q5VA 4WQ5C 3MX5A 4FLWA 4F2RA 4FJNA 1IG8A 4A61A 2XO7A 4MLHA 5FRNA 2HBMA 4CJTA 1W0HA 4B08A 5C15A 3CI5A 1WUAA 2IVNA 1IBLK 1EWRA 1MU2A 5AQTA 4ILGB 2UXDK 3DLRA 3DRSA 3ZSZA 2JGUA 3N4PA 3L2WA 3CF5L 3BF1A 1LAVA 1HJOA 3J81O 2HHTA 3AVJA 3U3YA 1CLQA 4I9LA 5HRRA 2V7ZA 1HQEA 3CFOA 1A5WA 3SBGA 4FJ5A 2KZZA 2UYTA 5CE3A 3LAMA 4B1XB 4JKGB 3CMAN 3QLHA 4FJXA 2A1RA 4YORA 3C7NB 1Q7YO 1TK8A 5ADXA 3OYLA 3V6DA 2QTDA 3RR7A 3O1BA 4JI4K 3OYDA 2VGNA 4O8KA 4FYDA 3ZSVA 2ZM6K 5K14A 1FK9A 1ESVA 1OKJA 4OGEA 1WBDA 4JYAK 2RN2A 3RSEB 1C1BA 5EXWA 4JI2K 4CJ5A 1NG9A 3WUHA 2IAJA 1QZ6A 3ULEA 3H3OB 1NJZA 1WSJA 5GIPA 4B3OA 2O8EB 2Q0RA 1W2BM 1JL1A 1GOCA 3VQDA 1NGEA 3WXMB 4B9NA 3LDSA 3EL2A 4FJGA 3VQ8A 2HBKA 3NDKA 4N5SA 3SJJA 3CCMN 2O8CB 3MX2A 4CZKA 1XI1A 3RWUA 3V1RA 3NE6A 4DTSA 1A5XA 3THXB 1RBRA 4OPAA 3EZ5A 4CE9A 3U6FA 5BPNA 1DTTA 3DRPA 3BZKA 4KHWA 4E1NA 5CHIA 2A41A 4LFCK 4CBWA 3V81A 5JVGL 2Q31A 2UUAK 4IEIA 5E26A 4N76A 4FLUA 1KTQA 5LY3A 1TV6A 3O08A 1T6DA 3SV4A 1IKVA 1VQ8N 3VN5A 1RDUA 5H1SQ 3VENA 3MECA 5M1QA 1S1TA 3H46O 3UKUB 4DTJA 4CERA 4H5NA 4DSFA 1T05A 2CGLA 1N33K 2F7TA 3QBWA 1U6ZA 2DPNA 3O4QA 3NAEA 4FZZA 3FFKB 4IG3A 5GAHP 1WSGA 4C1NK 3DWLA 4Y1DA 4DSIA 4DWIA 2DFEA 3H1QA 1J6ZA 2O4GA 1KAXA 3MEDA 4CJ3A 2P9NA 4DV2K 2ZGZA 3DXMB 4LD0A 4QAGA 3L2VA 1WLJA 3P4IA 4DB3A 1NK9A 4JKCA 4H5RA 4CZMA 4DUZK 1YXQA 1XHXA 4DSKA 2BANA 2GTDA 2I7NA 2Q0UA 3VF4A 2FBVA 4DR1K 4H0PA 3QEXA 3VEVA 1BCMA 4BRFA 3B6PA 2ZWHA 4MQ3A 2P51A 4DQIA 4PKHA 3ZX0A 4E0DA 4N56A 4OX9K 2Z1GA 4DTPA 3E01A 4CJUA 1GLJO 3PY8A 2GWKA 3AO4A 1QQNA 3CQXA 2OANA 5BPLA 1TYQB 3A2FA 4H5VA 3V1QA 4CK2A 4I7FA 5AFUA 4KO0A 5HOOA 1C0FA 3HPHA 4FJMA 1XMQK 2NNWA 3THVA 3Q7BA 1YTUA 2WUSA 4CEBA 1VSHA 1OH8A 4CK1A 3L0QA 5AR0A 1WSIA 4LF7K 2WOMA 1N32K 1SL2A 4DQPA 5FPDA 5AQXA 4EHTA 3KLGA 1X1PA 4C8MA 1G99A 4AM6A 4BRGA 1JL2A 2NRHA 5ADXH 4J2BA 3LPTA 3ZSXA 4BVPA 4DLGA 3P31A 3M3ZA 4GY2B 3MEEA 1DTQA 4E72A 1ZBLA 4DR2K 1NNEA 1ASWA 2BTFA 3DLBA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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