3QB0A

Crystal structure of actin-related protein arp4 from s. cerevisiae complexed with atp
Total Genus 117
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
117
sequence length
480
structure length
427
Chain Sequence
GGDEVSAVVIDPGSYTTNIGYSGSDFPQSILPSVYGKYTADEGNKKIFSEQSIGIPRKDYELKPIIENGLVIDWDTAQEQWQWALQNELYLNSNSGIPALLTEPVWNSTENRKKSLEVLLEGMQFEACYLAPTSTCVSFAAGRPNCLVVDIGHDTCSVSPIVDGMTLSKSTRRNFIAGKFINHLIKKALEPKEIIPLFAIKQRKPEFIKKTFDYEVDKSLYDYANNRGFFQECKETLCHICPTKTLEETKTELSSTAKRSIESPWNEEIVFDNETRYGFAEELFLPKEDDIPANWPRSNSGVVKTWRNDYVPLKRTKNELIGLADLVYSSIMSSDVDLRATLAHNVVLTGGTSSIPGLSDRLMTELNKILPSLKFRILTTGHTIERQYQSWLGGSILTSLGTFHQLWVGKKEYEEVGVERLLNDRFR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural biochemistry of nuclear actin-related proteins 4 and 8 reveals their interaction with actin.
pubmed doi rcsb
molecule tags Structural protein
source organism Saccharomyces cerevisiae
molecule keywords Actin-related protein 4
total genus 117
structure length 427
sequence length 480
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-01-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3qb0A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3qb0A02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3qb0A03
3EKSA 1E4FT 3MDQA 4BGAA 4FWNA 4C23A 3IFRA 4H0YB 3AARA 4NO7A 4WQ5A 2GWKA 2DPNA 2NZTA 4BRMA 4EHUA 4BRNA 4B1VA 4LC9B 5ADXH 1NGDA 1BOTO 4BRQA 4J8FA 5AQQA 1HX1A 3BEXA 2P9SA 2E2PA 4BR4A 5BR9A 3F9MA 4B1UB 1NMDA 3SLCA 1BWFO 3QMLA 4HWIA 3ZEUB 1WUAA 4BC5A 3FLCO 4H5WA 4BQZA 1HKBA 1LOTB 4FWKA 2QWNA 4FWMA 3WXIA 1GLCG 2QWLA 4M63C 3ULEB 5AQYA 3TU5A 4BRHA 1RGIA 2J4RA 3WT0A 4FWOA 1X3NA 4DQ8A 3O80A 2ZWHA 4ISEA 3KZBA 3O4WA 2FF6A 3UKRA 1V4SA 5BN8A 3H3NO 5TKYA 4CZGA 3O6WA 3VEYA 1NGBA 2FXUA 3WXJA 2E2OA 1ESVA 5AQPA 3H46O 3EZWA 3B8AX 3O1WA 4BRKA 1OKJA 1LCUA 4E1JA 4AM6A 5LY3A 3U9ZA 4L3QA 3EN9A 5I9EB 3BUZB 3FGUA 4HTLA 1C0GA 1XC3A 4FWRA 3D2EB 3H1QA 3SMPA 4M7XA 3FZKA 1ZC6A 3P4IA 2VWBA 1QZ5A 2W40A 3C7NB 2P9KB 4FSVA 3VGKA 5AQWA 5FPMA 4GNIA 1EQYA 1NGCA 3VENA 3QFPA 3MMVA 3CI5A 2E1YA 2F9TA 3D7EO 5F0XA 1HPMA 2PAVA 4WQ4C 4WYBA 1NM1A 5F1XA 3VF6A 3ENOA 5BRFA 4FWLA 2P9IA 3A5LC 3VF4A 1X9JA 4O5FA 2YHWA 4RTFD 3VF2A 4FO0A 5EXWA 2GEMA 2W41A 3DXMA 4KBOA 5CE3A 2E2QA 1Z05A 2GWJA 3QICA 2KHOA 3LDQA 4PL8A 3ZETB 3WQTA 1XQSC 1SQKA 3GL1A 4FOIA 4FOEA 3VEVA 2ZF5O 1V4TA 2CGKA 2V7YA 4BR9A 1DEJA 5AFUH 1SZ2A 4ISFA 3HBTA 1QZ6A 3R9PA 3L6QA 3EL2A 1QHAA 2CGLA 1YVNA 1G99A 1Q18A 5FPNA 3R6MA 4CZFA 3WEEB 3VEZA 3H45C 4IZ9A 4IWVA 2IVOA 4CI6A 3A8YA 2P9UB 5EOYA 5EX5A 4BRGA 1BU6O 2FSKA 2I7NA 4JD2B 4IXCA 1MDUB 3O8MA 4EFHA 4QS7A 3FFKB 3KHYA 3AY9A 1GLLO 3LDPA 1YUWA 3WXKA 4CBWA 1QQOA 2HF3A 3BF3A 1NGFA 5AQIA 3VGMA 3R8EA 3GG4A 4CZHA 5EVZA 3W3DA 3RSEB 1BUPA 2IVPA 4H0PA 4QS9A 4A62A 2E2NA 5JLHA 1NWKA 3CJ1A 3LDOA 5KPRA 5AQLA 2Q0UA 1JCFA 2CH5A 2YJEA 1GLEG 4IJAA 4IO8A 4GY2B 3W0LA 4BR5A 5KQ8A 2ASPA 2QWQA 2FSNA 4YDUA 3ID8A 1X3MA 3VOVA 1ATRA 4BC3A 2FLOA 2YHXA 2Q36A 1NLVA 1YAGA 3ATUA 4FWQA 1GLJO 1QQMA 1TUUA 2CGJA 4WQ4A 2EWSA 3EO3A 3ZETA 4EHTA 2ASOA 3MCPA 1U2VB 5BPLA 2WUSA 4Z94A 3CHWA 2P9PA 3TPQA 1T6DA 3O08A 1S3XA 5JMVA 1ATSA 5BRDA 5BN9A 3A5NC 3J8AA 2V52B 1TYQA 4CD1A 5AQGA 1JCGA 3AAQA 2P9LB 1IG8A 4H0XB 2QM1A 5AQXA 3VPZA 4DB3A 1MWKA 5JICA 1DKGD 2ITMA 3VETA 4A2AA 5LJVA 2P9UA 3EKUA 4MLEA 4YDUC 3UKUB 1ZXOA 3A5OC 3HM8A 1NBWA 2NLXA 3DXKA 3MK6A 5AQHA 5LJWA 3UB5A 1GLBG 3CJBA 5JLFA 5E26A 3GBTA 2A5XA 3QBXA 4H5TA 3VESA 4F9OA 3I8BA 3D2FB 1RDWX 5KPTA 5AZJB 1NGAA 3VEOA 4O8KA 4I6MB 4CBUA 3ENHA 1CZAN 4BR0A 2P9NB 2FF3B 1K8KB 2ASMA 2D0PA 1GLDG 1KAZA 3O1BA 1ATNA 3O5BA 4FPBA 4XEIA 2E20A 5AQNA 4BRAA 4QS8A 1H1VA 4K42A 2QWRA 4Y0WA 3G25A 4BROA 3ZEUA 5ELZA 4PKGA 3WXLA 2YJFA 2A42A 4PKIA 2AP1A 4CZJA 2QW9A 2VYPA 4PL7A 4H5NA 1P8ZA 2A6AA 2P9SB 1D4XA 4BRDA 3ULEA 5AZIB 3H3OB 3MN5A 2E8AA 3MN7A 3IDHA 2QXLA 1KXPA 3LM9A 4BG8A 4BRLA 4AM7A 1Y64A 3MN9A 4BR2A 2YI1A 2GTDA 2OANA 1U6ZA 4MLHA 1HKGA 4CZMA 3CJCA 4BR7A 2HMPA 4K43A 1BO5O 5AQOA 4H0OA 5AQZA 3AAPA 3VEXA 3A5MC 5AQFA 1T6CA 3QDKA 4H03B 1BG3A 3H1VX 3UKRB 1J6ZA 3D2EA 3C7NA 4H5VA 2P9KA 3HI0A 2YCHA 3ATVA 3FZFA 2D1KA 4XH5A 3M6GA 2Q97A 1T44A 1MWMA 1BDGA 2HF4A 1NGJA 2QWOA 4EAHD 1S22A 3FZHA 3C0BA 5ADXA 3BF1A 3LM2A 3VGLA 3UE5A 3DJCA 3ZX0A 4CBXA 4A2BA 1WOQA 3GE1A 3LL3A 5AQSA 3LDLA 2IIRA 1RFQA 4BRIA 1NGHA 2YHYA 4B1YB 2V7ZA 3U4LA 4BREA 5BRHA 1MA9B 3HZ6A 3WUHA 4XH4A 1HKCA 5KPZA 3LDNA 2D0OA 4BQLA 5E84A 2P9IB 2NRHA 2I7PA 4BRPA 4A61A 3QB0A 5AZIA 5F2RA 3SK3A 4RWTA 3GDQA 4IJNA 3L0QA 4BRCA 4K41A 3SJHA 4H0VB 3ZX3A 3DXMB 3WQUA 3H6EA 2V51B 3JS6A 4ISGA 4MO5A 2FSJA 3VERA 5EY4A 3BP8A 3CJ9A 2A40A 3DAWA 1ZBSA 2QWMA 2A3ZA 3FZLA 3CQXA 4CD3A 2A41A 3WEEA 4JHDB 2E1ZA 4B1ZA 2Q2RA 4JD2A 1IJJA 5BPNA 2IVNA 3IUCA 1BA0A 4WQ5C 3A0IX 4EIAA 3MN6A 3HSCA 1GLFO 5AQKA 1DGKN 3VEWA 5AR0A 2ZGZA 2BUPA 4B1WB 3QBWA 2F9WA 2Q0RA 3FE1A 4BC4A 4CZIA 4JAXA 5AQTA 3RSEA 4DCHA 4M7YA 3IMXA 5AQJA 4BVPA 1Z6RA 4FPAA 1TUYA 2H3GX 4MO4A 2D4WA 1NGEA 4FL9A 4BC2A 5BREA 1C0FA 1R59O 2AA4A 4PKHA 1NGGA 5FPEA 2E88A 4B9QA 3CETA 3SMSA 1E4GT 5FPDA 3CJ7A 3CJAA 1QQNA 1YXQA 3M1FA 4H5RA 5AQUA 3DWLA 4JN4A 2QWPA 4BRFA 3S41A 4XH1A 4JNEA 3U8XA 4H0TB 1U2VA 3CQYA 1XUPO 3QFUA 5AQVA 3U9DA 5AFUA 1HLUA 5KQDA 1HJOA 3KVGA 5AQMA 5B8HA 1HUXA 3I33A 4CZKA 2Q1NA 3FR0A 2P9LA 2GUPA 3OHRA 4RCHA 3JXUA 3GOIA 4BVOA 2UYTA 4JHDA 2CH6A 3CIPA 3UKUA 4CZLA 2P9PB 2GELA 4K25A 5AQRA 1KAXA 2BTFA 1JCEA 2ZGYA 4DHYA 1TYQB 2Q31A 2VCPA 4CJ7A 2HOEA 1GLAG 1SAZA 4FWSA 3D2FA 4FWPA 4NB4A 5BPMA 5AZJA 2PBDA 3L4IA 3ZX2A 1KAYA 1BA1A 4I6MA 4BG9A 4B1XB 4CZEA 4BGBA 3M3ZA 2P9NA 1K8KA 3HTVA 3CERA 1NGIA 3FZMA 3DXKB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BGAA 1N36K 4DTPA 3IFRA 4H0YB 4WQ5A 4JKDA 3OW2M 4LC9B 3SQ2A 2EX3A 5ADXH 4KHYA 3G0ZA 3THWA 4JKFA 1IO2A 2P9SA 4IEIA 2HHWA 4RW8A 4ILGB 4F2SA 4JKGA 4KKOA 1DLOA 1BQNA 4OKKA 3RMCA 4OGEA 2HVIA 4BC5A 3K5LA 5DMRA 1QSSA 4FWMA 3WXIA 1ASWA 3OJUA 2G8IA 1GLCG 4M63C 4DG1A 5AQYA 3L3UA 2J4RA 1VRTA 4YOYA 4FWOA 3BZCA 3O9SA 3VN5A 2ZWHA 4NLCA 4QOZB 4GVEA 3SUOA 1CZ9A 3HM9A 4JI7K 3WXJA 2E2OA 4FW1A 3PX0A 3AVHA 5HBMA 4DV7K 4M41A 3H46O 3EZWA 1JJ2M 4FZYA 1BCOA 1A5XA 4E1JA 1FK9A 4CJQA 4M3WA 1YITN 4M7XA 3P4IA 1QZ5A 3OBYA 1XNQK 4KO0A 1NGCA 3V4IA 3QFPA 4Q5VA 3CI5A 2F9TA 1HPMA 4WQ4C 4CK3A 3ZCMA 4A5AA 3WNFA 1NM1A 5F1XA 3THVA 2P9IA 1HNWK 3A5LC 3P83D 3DMJA 4CJVA 5LL6Z 5KRSA 3ULDA 1HQUA 3KJVA 2OTJN 4RTFD 4OO1J 4NCAA 5HRPA 3LP1A 3HK2A 3DXMA 3KWGA 3DYAA 5CE3A 1YI2N 1NJXA 3THXA 3VQDA 3HOTA 1OH6A 1O1WA 4G1QA 4DR3K 4IDHA 4FJHA 3AO5A 4RW4A 2O8BA 1Z26A 4DSLA 4PA1A 4FJ9A 4CW7B 3NVMA 2ZJQL 4Z4CA 5GAHP 1KRPA 4K8ZA 3HPGA 3L6QA 3EL2A 4BWMA 4FLVA 2OPQA 1KVAA 3ZT2A 4CZFA 1X9MA 4I7FA 3VEZA 4B9VA 2IVOA 2P9UB 1IH7A 3AVJA 2FSKA 3O8MA 4Y1DA 3MECA 3VQQA 3E9LA 4WE1A 3WXKA 2IC3A 5C24A 2HF3A 3BF3A 4LFCK 1F21A 3VGMA 4FM1A 4CZHA 3AVKA 1XWLA 4JI8K 1BUPA 3QINA 2IVPA 4H0PA 5JLHA 1ZBFA 2E2NA 3J7YP 3NH0A 2NRZA 2CH5A 4BR5A 4DR1K 3ID8A 1TKDA 1RBTA 4ILHA 5JS2A 4GKKK 1RBUA 3RTVA 3BDPA 3P31A 2HNDA 1ATRA 3D6RA 4CEOA 3AO2A 4BC3A 3TAQA 2YHXA 2KFZA 4FXDA 3MAQA 2EWSA 2QXFA 2ASOA 3MCPA 5BPLA 1EWRA 3OYLA 3CHWA 2P9PA 5AJ3K 1RBVA 5BRDA 4JRQA 1YJWN 4KHWA 4JV5K 1CLQA 2HHUA 3AAQA 4DB3A 4BDPA 3VETA 1SL0A 2P9UA 3RR7A 1KC8O 1RT2A 2NLXA 2DFFA 4IFEA 3LPUA 5AQHA 4W5QA 4HCCA 4CHPA 4E1MA 3VQ7A 1C0TA 1U48A 1LWCA 4H5TA 3VESA 4DV5K 1RDWX 3VEOA 4C1NK 1WBDA 3F9KA 2PYLA 3ENHA 2FF3B 2ASMA 4CJPA 4FJXA 4CIEA 1ATNA 4O0IA 4O0JA 2E20A 4C8LA 1J53A 3CPWM 3LZIA 4BROA 3M8QA 1HMVA 3ZEUA 3SUQA 2A42A 3CCSN 4PKIA 2HHSA 1D9FA 2VYPA 4PL7A 4E72A 4H5NA 1P8ZA 2A6AA 3TAPA 3ULEA 5AZIB 3MN5A 2D0CA 1RTJA 2DY4A 3MN7A 1NOYA 3CFPA 3VTHA 4KAZA 1JKHA 3L4QA 1Y64A 3JYTA 4KHQA 4HVJA 3VQPA 2OANA 1U6ZA 3V6DA 3T19A 3CJCA 4C8KA 2X6NA 4Z4FA 5M1OA 4G9ZA 3VEXA 3OS2A 3KLEA 3L8BA 3A5MC 1BIZA 1T6CA 3QDKA 4DTOA 4F2RA 3AGKA 1BG3A 3K9KA 1RDUA 3C7NA 3S3OA 2YCHA 3ATVA 3FZFA 1N5YA 4OJRA 1OH7A 3M6GA 3OYJA 1L5UA 2Q97A 1MWMA 1EKEA 1S1XA 1YTAA 1BDGA 5HP1A 1NGJA 3RMDA 3FZHA 3C0BA 2BGGA 3LM2A 1Q9XA 3OVNA 3OS0A 3THYB 1WOQA 3GE1A 3DI6A 2DTUA 4CHNA 5HL7L 2LSNA 4BREA 3M5RA 4XH4A 1RBRA 5KPZA 3DLLL 3LDNA 2P51A 5SWMA 4OPHA 2HHIA 2I7PA 2NNWA 3ZT0A 1RILA 3OYMA 4ELTA 2UXDK 5AZIA 3GDQA 3V9XA 2Q3SA 3L0QA 4BRCA 4YHHK 1C0UA 3EYZA 1XHXA 3ENBA 3KD5E 2ZM6K 1ZBIA 3HYFA 3ZSQA 4YOWA 3MCAB 3DAWA 4YOXA 1ZBSA 4PQUA 3LP3A 4BE1A 4CGDA 4JHDB 3SBTA 4B1ZA 2HBJA 4FLYA 2OZMA 3SQ4A 2O8FB 2W42A 4CEAA 3NGYA 4ILJA 4R79A 1RDAA 5AQKA 4XIUA 2IAJA 3L3VA 3VEWA 3OJSA 4EP4A 4X65K 2BUPA 3TAGA 4CJEA 4CJFA 2Q0RA 3FE1A 2O8DA 4KPYA 4DCHA 4M7YA 2F96A 1TAQA 4PHTX 4BVPA 2RKIA 4MO4A 4OPAA 2OTLN 3PY8A 5BREA 4MQ3A 4YNQA 3CCMN 1L3VA 1LWEA 4PKHA 2NUBA 2E88A 4B9QA 3NVKA 3KK3A 4M3UA 1OVQA 4CJSA 1NK6A 3C65A 4FJGA 3CJ7A 3SPZA 3CJAA 4ID1A 1EO1A 4FLXA 5AQUA 4JN4A 4CJ5A 2QWPA 4BRFA 3S41A 4XH1A 1TL1A 4H0TB 4LSNA 3D45A 1VQ4N 1GOCA 5AFUA 5KTQA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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