3QBFA

Hiv-1 protease (mutant q7k l33i l63i) in complex with a three-armed pyrrolidine-based inhibitor
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Protease
publication title Design of a series of novel three-armed pyrrolidine-based inhibitors for HIV-1 protease
rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (bru isolate)
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-01-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3qbfA00
1YT9A 3APRE 5OZZA 3TNEA 3O9IA 5P4EA 2QHYA 2R43A 3URJA 4OC6B 3APPA 3EM6A 4J1CA 4YBFA 3S43A 3EKYA 6APRE 5P19A 5EZZA 2ZJMA 5ENMA 1B11A 2AVOA 3WB4A 2AOGA 2R9BA 4LBTA 3SQFA 5P7PA 5P2MA 5P3HA 3HBOA 1YTGA 4IVSA 2BKTA 1A94A 1PSNA 3IXKA 3LIYA 5P5IA 4HZTA 1AJXA 1HWRA 3QVIA 3OQ7A 4Y50A 5P2JA 3GI4A 3BGBA 1W5VA 1A8KA 3OADB 1D4HA 5P8FA 4CPTA 4RLDA 3PGIA 4LXMA 4YD5A 2O4NA 4ZSRA 4R95A 3GI6A 3DM6A 5P7FA 1FQ4A 3TPPA 5P3BA 3OU1A 1HVHA 5P5AA 5P1PA 2AZ9A 1D4JA 4ZPEA 3NDWA 5IVQA 5P13A 4OBHA 5P81A 5P50A 3HZCA 4PHVA 3K4VA 2V16C 4ACXA 2IGYA 1SMRA 3KDBA 5P0CA 5P83A 5P5WA 3BXSA 4Y9WA 4LC7A 2AVSA 5AHAA 1HBVA 1SGZA 3BXRA 4XX3A 3T7PA 5JFUA 4DQBA 5P26A 4EWOA 2CEJA 1MRXA 1YM2A 4KB9A 2OAHA 3RTHA 2WF3A 4DV9A 5ENKA 4Y3HA 4J0ZA 2ZHUA 4ZPGA 1YTIA 1E82E 4J1HA 5P0NA 2OHMA 4PPHA 2AVVA 3S53A 4AUCA 2IL2A 2V0ZC 5P7JA 2BBBA 5P66A 5OYXA 1LS5A 5JG1A 1PROA 3EKQA 1KZKA 5OZUA 5P0GA 5P7VA 2VJ7A 2FGUA 3U7SA 1MT9A 2B60A 2QMPA 5P38A 4Y5MA 5P4GA 5P64A 1B6LA 1BWAA 5P2OA 5P3RA 5P05A 2I4XA 4Y3ZA 5P4FA 2G1SA 4GZFA 1CMSA 3Q5HA 1HTEA 4H3JA 5I3XA 3K5GA 4R5NA 4ZEAA 5P8CA 1B5FA 1HEFE 1KJFA 4Y4EA 3UDMA 2P3BB 5P31A 4FSLA 5COPA 2I4UA 1D4LA 1LF2A 2QNNA 5P14A 3FV3A 2AQUA 5DGWA 1EPPE 4FM8A 1EPRE 1WBKA 1DMPA 3PSGA 3PWMA 3SKGA 2AZ8A 2MIPA 4WTUA 5P86A 4NJTA 4Y47A 4DJUA 1NPVA 5P4RA 1FG8C 1APUE 5ER1E 1EPQE 3UFLA 5P48A 3PMUA 5OZIA 1CPIA 3JVYA 4DJPA 5P3YA 5P1ZA 5KR0A 3OTSA 5P5LA 2OHTA 4J5JA 4HDPA 2G69A 5P0UA 3LITA 1T3RA 2AZBA 4A4QA 5OYUA 2P3DA 1SMEA 3CKTA 4FIVA 3OQKA 5HDVA 5HU0A 2IKOA 4Y3NA 5IS4A 2JJJA 1RNEA 3IXJA 5OZXA 2ZJLA 2HAHA 1BIMA 4RZ1A 5P5MA 3UDHA 1B6MA 2ZJHA 5I3VA 3KT2A 3M9FA 2ER7E 5P80A 4Z4XA 5P61A 3UQUA 4FS4A 1PPLE 2P3CA 4J0VA 4GJBA 4EYRA 4Y3FA 3N3IA 3OAGB 5P70A 3ZLQA 3VSWA 3K5DA 4F74A 5P3NA 5P0XA 5P42A 1MRWA 3NXEA 1LYWA 5OZ3A 5HD0A 4RRNA 1AJVA 5P58A 1HVCA 1DPJA 5P8BA 2AOEA 2WF2A 3BUGA 2XFKA 5P6YA 1EBWA 5P6TA 1EC1A 5P6AA 4XKXA 5P4VA 5DR0A 5OYRA 2G24A 2Q15A 4OBDA 4RVIA 5P2VA 5P08A 4Y3JA 5COKA 4PZWA 4B00A 4YD6A 5OZ7A 1HTRB 2ZJJA 5P3WA 4DUSA 2QMFA 5P5CA 3MWSA 3OY4A 2ZHVA 4DI2A 4Y3YA 4Y4TA 2G1YA 3O99A 4Y48A 5E5JA 5OZDA 4H3IA 2QZXA 3VF7A 1E5OE 3EKVA 4Y6MA 3T7QA 5P2KA 3S43B 3QVCA 4MC1A 2WEZA 5EZXA 4YE3A 4B70A 3PHVA 3CIDA 2J9JA 3H5BA 4L7GA 2AOFA 2AOJA 1ZAPA 1D4IA 1YTHA 2CEMA 4CMSA 3LPKA 3NYGA 3Q3TA 1IZHA 5HU1A 5P7RA 1BDRA 5P63A 3EC0A 1Z8CA 1BV9A 5E5KA 5C9BA 5P1WA 3ER5E 5P2RA 2A1EA 2B7ZA 4DJVA 5HE7A 2IDWA 1VIJA 5P6GA 5P35A 5KQFA 4Y3QA 1YX9A 2WKZA 2UPJA 1OEXA 4J1FA 2P4JA 2PK6A 4DH6A 4EJDA 1MESA 4Z22A 4M8YA 1XS7D 4FM7A 5P0FA 5CLMA 2O4LA 5I70A 2A4FA 1HTFA 5HDXA 1XE5A 4M8XA 1BAIA 1UPJA 5P7LA 3DOXA 3S56A 5P1XA 5P2AA 3WZ7A 4FRIA 4H3FA 3UQWA 3O9HA 3OUAA 2P83A 3D1YA 2QI5A 2Z54A 3NWXA 5P0OA 2PWRA 3ST5A 4J55A 4FLGA 4RYGA 3CYXA 1IDAA 4YHQA 3SA4A 5P1IA 4AA9A 3SM2A 3MXEA 2P3BA 1EC3A 1PPME 3TOFA 5P45A 3SPKA 5JODA 4Y54A 1HEGE 3NXNA 1TCXA 2QI1A 5P7AA 3G6ZA 3TPRA 3INHA 5P56A 2PH6A 5P5QA 3OHHA 5P6MA 4ZSMA 1IZEA 1GVXA 3MSLA 5OYWA 1MSNA 5P7OA 5DQ5A 5P6ZA 5AHCA 2ZE1A 1Q9PA 3PM4A 4Y4WA 5P4JA 1XDHA 5P7XA 2QI0A 2R5PA 5P4MA 5P2DA 3TH9A 4K4QA 5P69A 4JPCA 1B5FB 3FNUA 5P5XA 3OWNA 1APWE 3UDYA 5P2CA 2F80A 4DJYA 5P78A 1HIIA 5P2XA 5P11A 5IVSA 4L7JA 1BDLA 2ZJKA 2JXRA 3ECGA 5P6VA 3O9EA 4JOOA 3SLZA 5P72A 4TVHA 5P73A 1U8GA 4I8ZA 3D91A 1UH7A 5P15A 3BRAA 2VNNA 2QZWA 2AVMA 4DQGA 5P2BA 1DW6C 3LIZA 1FFFC 4Y3LA 2IGXA 3IAWA 2NMZA 5P79A 1CZIE 4X7IA 3QROA 3C9XA 5P1BA 1MUIA 1C70A 4ER1E 2PYMA 2WHHA 2I1AA 3NU9A 1TQFA 5P0JA 4CPWA 2O4KA 1EEDP 3NWQA 5P04A 5P8GA 4RRSA 2F81A 3CYWA 1D4SA 5P65A 1C6ZA 2H6SA 5F01A 5P62A 1QDMA 2HB2A 4QJ9A 3OGQA 4EPJA 3HAWA 2WECA 4Y5KA 1EAGA 1FQ6A 3OOTA 1JLDA 4YOAA 1ZLFA 4OBJA 3VFBA 5P30A 5P12A 2HS2A 4R92A 5P1LA 2P3AA 1KJGA 2ZHSA 4EXGA 4QJ6A 3KFRA 3LIXA 1IVQA 3RSXA 4L1AA 4QJ7A 3UDKA 3VF3A 3VLBA 1ZJ7A 5P8SA 1FF0C 3URLA 4ACUA 5P7IA 3MXDA 1LYWB 5P03A 1WKRA 3VYEA 5KQXA 1W6HA 2V00A 2FMBA 2VJ6A 1K6PA 5P5KA 2UXZA 1ZPKA 4CPUA 2FIVA 5I3YA 4NKKA 2PWCA 4DJXA 3R1GB 1GNNA 2QU3A 4D8CA 2AVQA 2JJIA 1UH9A 2F3KA 4Y4XA 2WF0A 3SAAA 1WBMA 4CKUA 2NXDA 1KJHA 4L6BA 3R2FA 3RSVA 3ZPSA 5P49A 2Q3KA 3DV1A 1GNMA 1HVKA 3EM3A 1G0VA 3INEA 5HTZA 3LINA 5P76A 1EBKC 5P02A 2FNSA 3VFAA 3ZMGA 4Y3AA 5P5PA 3O9AA 1GVUA 5P2EA 5P1SA 5DR4A 5P75A 3PBZA 3L58A 4U7QA 4QJAA 1GKTA 5P3CA 2J9JB 3CKRA 1AIDA 3KFPA 4Q5MA 2QHZA 1FKNA 4HA5A 3UPJA 3NU5A 2I0AA 3I7EA 5BS4A 3F9QA 2AIDA 3N4LA 2WEAA 2OHQA 3OUCA 2WEDA 4Y3WA 5P6IA 4Y4BA 1HRNA 4QJ2A 3OK9A 4Y3XA 4FAFA 4N00A 2XFIA 3GW5A 5OZNA 3QI1A 1FFIC 4FM6A 2QHCA 2PK5A 2WF4A 5OZ1A 1LEEA 5AH7A 1K6CA 1HPOA 5P51A 2HM1A 4EP3A 5KQZA 1FEJC 1TSUA 1HVLA 2G20A 1ODYA 2ANLA 3EMYA 4K8SA 1G2KA 3OQFA 5P7EA 3TKGA 5P32A 3OHFA 2QNQA 2ER9E 5OZ4A 3DK1A 3UCBA 1ZBGA 2PYNA 5P41A 5P1MA 5P10A 1C6YA 3PSYA 5C9DA 5P68A 4BELA 3OXXA 1KJ7A 1FMXA 4Y3TA 4A6CA 1PSAA 5P8HA 5TOLA 3SA8A 5P8IA 2HB4A 3GGAA 3PJ6A 1SH9A 4R91A 2BJUA 5P6JA 5P3QA 5P8QA 4Y3DA 3QS1A 2HB3A 5P4YA 2BB9A 1QBTA 1BVGA 5P4XA 1HSIA 3KF0A 5P40A 3NUJA 5P2GA 1M43A 5P4PA 4GJ9A 3TOGA 4PEPA 3PB5A 5OZOA 3IA9A 2R3TA 5OYQA 5P0LA 1MSMA 1K1UA 4JECA 1T7JA 3PLDA 5OZLA 4LAPA 4UPJA 5P3EA 5P4KA 3LZSA 2R38A 4RCDA 5DR7A 2FXEA 1YTJA 2B7FA 2B8LA 5P3AA 4APEA 4GMIA 3LZUA 3LZYA 4Y5AA 2IQGA 3GGVA 1B6JA 5SY2A 3KMXA 1AAQA 3IGBA 4Y3EA 5P8NA 4FSEA 5P53A 4Y53A 3T3CA 5P3KA 4CPXA 4HVPA 3BUFA 2OHSA 5P60A 5AH9A 1A30A 4OBKA 2QMGA 4ZPFA 1LF3A 4I0IA 3KYRA 3FSMA 3D20A 4OD9B 4KE1A 4NPUA 2OF0A 1NH0A 2BPXA 5P1OA 5KAOA 5OZPA 3VYDA 2VNMA 5P3UA 4DJQA 1RQ9A 3ER3E 4NJVA 5P5ZA 1EBYA 5P3IA 4K9HA 4ER2E 3QBFA 1QBRA 5OZAA 2NTRA 5P6LA 2QCIA 3SA7A 5OZTA 4OBZB 1B6KA 1OHRA 5P4LA 4Y5NA 3PI5A 2IRZA 5P7MA 5AGZA 2RKFA 1SBGA 1MT7A 2R8NA 3OXCA 4I12A 5P1UA 5P7UA 4HDFA 5P36A 3UTLA 5P0VA 2PH8A 1LYBA 4J1IA 3OU3A 2Q63A 2NXMA 3OTYA 9HVPA 2WJOA 5DQ2A 5P1HA 5P6NA 3QN8A 1ODWA 1ODXA 3QRVA 5P5YA 4AMTA 3KDCA 3L3AA 2V12C 3VYFA 5P6SA 2Z4OA 5P0AA 5OZGA 5P5GA 5P0HA 3QRSA 1KJ4A 4TRZA 4L1AB 1ENTE 2RKGA 5P1CA 1TSQA 5P1VA 2AOIA 2RMPA 4Q1XA 1HHPA 4Y45A 4OBFA 3ZKIA 1J71A 3EKPA 5P3JA 3O9LA 2G21A 2G26A 5P7TA 2WL0A 4LP9A 4YA8A 3FNSA 3I6OA 4Y5GA 2BPVA 3ZKMA 5DR3A 4Y3PA 3PWWA 4B1CA 1GVVA 2HS1A 4YDFA 5P1JA 1RV7A 3O9BA 5OYVA 2XYEA 4XXSA 5P1AA 2F3FA 4U7VA 2QK5A 2I4VA 1EPNE 1ZPAA 2OHLA 2NMYA 3LZVA 4APRE 2G94A 2WEBA 2OHUA 1OEWA 2G1RA 1BV7A 4LXAA 5P5OA 3DCKA 1TZSA 3DV5A 3QBHA 5P27A 2HIZA 3L5BA 1BBSA 4YCYA 1AZ5A 5P6RA 5P8JA 1W5WA 4BFDA 3DUYA 4DJWA 3A2OA 1YM4A 1HSGA 1LF4A 2PSVA 3RU1A 2NNPA 5P17A 1HIVA 4LXKA 4D85A 5DR1A 3L5CA 5P07A 5P6PA 2I4WA 1TCWA 5F00A 4K4RA 3ZKXA 4DQHA 5DQCA 1DAZC 2RENA 3L38A 3SA6A 5P5TA 1IBQA 3SFCA 5P6XA 5P4QA 2IS0A 4ER4E 2OHNA 3NLSA 5OYZA 2FDEA 3UHLA 3PLLA 5P2UA 5P8UA 5P67A 8HVPA 5P43A 4WY6A 1G35A 3PEPA 5P89A 6FIVA 3K5CA 3LNKA 5OZEA 2QAKA 2EWYA 2QNPA 3EL0A 2G22A 5P33A 4HDBA 3VUCA 4Y58A 1BXOA 3VLAA 5P6WA 5P8PA 1IZIA 3ZPUA 5P47A 4Y4GA 5P3TA 2VIZA 1PSOE 5OZYA 3VV6A 5P3PA 5P4IA 4YD7A 5OYSA 1FLHA 5HE4A 4ZE6A 1QBUA 2RSPA 2QMDA 1LYAA 5P0BA 2ZJIA 2OHRA 3ZL7A 2HPFA 3SM1A 3O9GA 3VF5A 4Y4ZA 5DR8A 2VJ9A 3PWRA 2UY0A 5P7DA 4D88A 2APRA 2FXDA 3UDQA 3R0WA 5B18A 5DPZA 4FRJA 4Q1NA 3G70A 2XFJA 3U6AA 3HVGA 4QGIA 4R8YA 5P3VA 4OD9A 2QZKA 5P3OA 1MPPA 4GB2A 4B77A 4TRYA 3S45A 3OXVA 7UPJA 3PRSA 4Y4DA 5P01A 4GJDA 3TOHA 4KE0A 5HVPA 5P5FA 1HTGA 2B42A 4OBZA 5P4UA 5P6FA 4GJ5A 5OZ8A 5P1EA 2PMAA 5P3LA 5P2ZA 5P23A 1SDTA 3SA5A 5P7HA 5P7YA 3WZ8A 4TRWA 4YDGA 1FGCC 4NJSA 2P8HA 3K4VC 2WF1A 3D3TA 5P0PA 5P18A 2FDPA 1HVRA 3BVAA 2OHPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1YT9 A;  3APR E;  5OZZ A;  3TNE A;  3O9I A;  5P4E A;  2QHY A;  2R43 A;  3URJ A;  4OC6 B;  3APP A;  3EM6 A;  4J1C A;  4YBF A;  3S43 A;  3EKY A;  6APR E;  5P19 A;  5EZZ A;  2ZJM A;  5ENM A;  1B11 A;  2AVO A;  3WB4 A;  2AOG A;  2R9B A;  4LBT A;  3SQF A;  5P7P A;  5P2M A;  5P3H A;  3HBO A;  1YTG A;  4IVS A;  2BKT A;  1A94 A;  1PSN A;  3IXK A;  3LIY A;  5P5I A;  4HZT A;  1AJX A;  1HWR A;  3QVI A;  3OQ7 A;  4Y50 A;  5P2J A;  3GI4 A;  3BGB A;  1W5V A;  1A8K A;  3OAD B;  1D4H A;  5P8F A;  4CPT A;  4RLD A;  3PGI A;  4LXM A;  4YD5 A;  2O4N A;  4ZSR A;  4R95 A;  3GI6 A;  3DM6 A;  5P7F A;  1FQ4 A;  3TPP A;  5P3B A;  3OU1 A;  1HVH A;  5P5A A;  5P1P A;  2AZ9 A;  1D4J A;  4ZPE A;  3NDW A;  5IVQ A;  5P13 A;  4OBH A;  5P81 A;  5P50 A;  3HZC A;  4PHV A;  3K4V A;  2V16 C;  4ACX A;  2IGY A;  1SMR A;  3KDB A;  5P0C A;  5P83 A;  5P5W A;  3BXS A;  4Y9W A;  4LC7 A;  2AVS A;  5AHA A;  1HBV A;  1SGZ A;  3BXR A;  4XX3 A;  3T7P A;  5JFU A;  4DQB A;  5P26 A;  4EWO A;  2CEJ A;  1MRX A;  1YM2 A;  4KB9 A;  2OAH A;  3RTH A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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