3QDNA

Putative thioredoxin protein from salmonella typhimurium
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
285
structure length
285
Chain Sequence
AMSVQNIVNINESNLQQTLEQSMTTPVLFYFWSERSQHCLQLTPVLESLAAQYHGQFILAKLDCDAEQMIAAQFGLRAIPTVYLFQNGQPVDGFQGPQPEEAIRALLDKVLPREEELKAQQAMQLMQEGNYIDALPLLKDAWQLSSQNSEIGLLLAEAQIALNRSEEAEAVLKTIPLQDQDTRYQGLVAQIELLKQAADTPEIQQLQQQVADNPQDAALATQLALQLHQVGRNEEALELLFSHLRKDLTAAEGQTRKTFQEILAALGTGDALASKYRRQLYALLY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Oxidoreductase
molecule keywords Putative thioredoxin protein
publication title Putative thioredoxin protein from Salmonella typhimurium.
rcsb
source organism Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium
total genus 94
structure length 285
sequence length 285
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-01-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
A PF14559 TPR_19 Tetratricopeptide repeat
A PF14561 TPR_20 Tetratricopeptide repeat
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.25.40.10 Mainly Alpha Alpha Horseshoe Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat 3qdnA03
1.25.40.10 Mainly Alpha Alpha Horseshoe Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat 3qdnA02
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3qdnA01
3DKSA 3P8WA 1JFUA 1GUKA 3GTUB 1ZL9A 1BEDA 1MTCA 4IQ1A 1GUMA 4ILFA 5D73A 1ZYQB 3UOMA 4JEDA 4UI9K 3SWLA 1F2EA 4JA9A 5DJMA 1TK0B 1PL2A 1QQEA 3ERWA 20GSA 2C4JA 5J3RA 3MWHA 4L5OA 3EINA 2VGXA 3KEBA 3KMNA 1EP7A 1GTUA 2HYZA 2DJKA 3HJOA 2OKAA 3TG5A 5IPHA 4XCSA 2BMXA 2EC4A 3IR4A 3FR3A 2TRXA 4K1FA 3AS5A 5J41A 2C3NA 3O3TA 1K3OA 19GSA 4ZILA 1QK8A 2CZ3A 2H6YA 1DSBA 2YJ7A 3BJ5A 3CK8A 3ME7A 2O7KA 4GWRA 1PX7A 2LSVA 2CVKA 4OO5A 2HZEB 1MEKA 1OC8A 5ECHB 4UI9C 5ECSA 1ERUA 2OE3A 1QXHA 5ECNB 5KN3A 3M9JA 2RUFA 1S3DA 4FO5A 3GA4A 5JWRB 3HJMA 4QL9A 1NSWA 2HRFA 4MPFA 3GH6A 1AQXA 2R5GA 2ZUPA 2KLXA 5ID2A 2OBIA 3BCIA 12GSA 2FO7A 2VCQA 2V32A 5ECLB 3EC3A 2VO4A 3QMXA 1XWCA 2H1GA 4GCOA 4G10A 2QC7A 2H71A 3CRUA 1NA0A 5G04C 1HNBA 1G0TA 3Q47B 5KJLA 2I4AA 4RI6A 2LNIA 5EVOA 2IF4A 3LGCA 2H30A 5CCLA 3ZFBA 3RO2A 3LKUA 3GUSA 3TJFA 2IMIA 2F8AA 3QWWA 1OKTA 2MBTA 5HR1A 3GL3A 2C1YA 3CRTA 3RHCA 3FWVA 2WDUA 2H72A 3VK9A 3GKKA 2HE3A 5H5SA 5HI7A 3TKRA 3KD7A 3QKYA 4MZWA 1FVJA 5LCWJ 2NDOA 4TXOB 1ON4A 2XEVA 3BCKA 4TR1A 5JJ6A 1A0RP 4A1SA 1JLVA 3Q49B 2RM5A 4CW9A 1X5CA 2IFQA 2WZ9A 1GRXA 2KCLA 4I2WA 2GGTA 2Y4UA 5ARGA 1ZOFA 5F8BA 2VL9A 4XS4A 4EE0A 4PXOA 1R5PA 3F8UA 2YPMA 4IS0A 5G31A 1H4OA 3Q5MA 2IPAA 5A5KA 4YVQC 2LJAA 5IMVA 2B6MA 5DJLA 5AN1A 3ZHEA 1X9WB 1U3AA 2DC5A 2A2RA 2H74A 2BTOT 3CK9A 1ZU2A 3F63A 1PL1A 4JHRA 2GQMA 18GSA 3FKFA 1URMA 2RIIA 1XWKA 5COHA 2UY1A 5D8IA 1WPIA 3W8JA 4ECCA 4LMWA 4PUFC 2PGTA 2PERA 3IDVA 2G2QA 2PPTA 2F51A 4NPBA 2FWHA 4OCFA 4NV5A 1UA5A 1K0MA 1XNFA 1GSDA 3KTBA 4PNGA 4MJBA 2ALBA 1K0CA 4ZB8A 3TJBA 1IHGA 4EO3A 1VGLA 2XBIA 1T3BA 2X8CA 3ZMLA 1GTAA 1BYEA 1SK2A 1A2LA 1KEBA 3JCML 4MJEA 5KN1A 4KGIA 2PVOC 2IMFA 1NM3A 6GSUA 1IYGA 4IN3B 3HCZA 5F05A 4NWYA 5ECOB 5H5RA 1HNCA 3IOSA 3DD3A 3GH9A 3NIVA 3RHBA 2LRCA 2FHEA 4MF5A 5CRDA 4ISDA 1ELWA 2A2SA 4H86A 4MP4A 1BX9A 4MDCA 2B1LA 3UEMA 4MZBA 2XPEA 3ZVJD 3PDNA 4XS1A 5HFIA 5J4UA 2J9HA 5C00A 1VF1A 4MA9A 5IIZA 4IJ3A 5DQYA 1V40A 1Z7RA 1SD8A 1EOHA 3GZ2A 3KP9A 1TP9A 3GNJA 2VGXB 4PQIA 4GF0A 5DVBA 1SJ6A 2VCXA 1EOGA 2JLBA 4LEUA 2C2LA 5EPFA 1DUGA 2HXKA 3GW4A 4GA2A 1PMTA 3QAWA 2VIMA 4P3YB 3FZ5A 2DBCA 3FZ9A 3C73A 2Z9SA 1R5AA 1SKRB 1LU4A 2VD0A 4I97A 3HYMB 3O76A 1K3LA 5JWOB 3D21A 3HXSA 2VLVA 2OBKA 2IJYA 2HR2A 4MPGA 1E96B 5ELAA 4POKA 3BEEA 4J0UA 4HUAA 2B5YA 4CDOA 4NAXA 2K8VA 4FYBA 4MLYA 3W8SA 4CHSA 3WGEA 2XPDA 4AY6A 3UUXA 4HOQA 3AS4A 4H7XA 3KZQA 2AB6A 2CVDA 2IIYA 2E2EA 5EL8A 2E0QA 4RI7A 4TW5A 1ACVA 4TRXA 3Q18A 2R5SA 4QQ7A 5ID2B 2MMNA 4V1Ap 2EIRA 3ISOA 3KIJA 1ERWA 3CEQA 3WGDA 3GL5A 3HJPA 3O6TA 4N3BA 1XCCA 5M72A 2DMMA 1A8YA 1ZGNA 3PINA 1W89A 3GKMA 3UVTA 1LBKA 2EIQA 3TKQA 4AM9A 1SKSB 4GYYA 5DCHA 1GSFA 3LY8A 5A4VA 2QGVA 2H75A 3TCOA 4MZCA 1O7UA 2VUPA 3EYTA 3ED3A 5GZZB 4IQAA 5IO2A 3TG4A 1A8LA 3R9AB 3KH7A 5BT1A 4K2DA 3QFAC 5F06A 3VWVA 1JZDA 2LS5A 4BPYA 1S3AA 4I1AA 2R37A 4HU9A 3EWLA 3IE3A 2XC2A 3LEFA 1QQ2A 5D9VA 1J08A 3RKVA 4K7IA 4NQ0A 1SL1B 1YKCA 4F3VA 1OE7A 3UMAA 5ECMB 1DE2A 2B3SA 4FYCA 5B6MA 3IV4A 4CDRA 1M0UA 2X99A 1W3BA 1WP0A 4PX1A 9GSSA 3EURA 3ZN3A 3TAXA 3KMOA 4F0BA 2RLIA 2GSSA 4KSOA 2PUKC 4TR1B 3G7JA 5AIVA 3QPMA 5ECPB 1XOAA 2M72A 3Q19A 2IFQB 5JCGA 2I9HA 5JJ7A 3N5OA 3ZYWA 3P2AA 4O92A 2K8SA 3KCMA 5CAXA 1SYRA 3BD2A 4KUNA 5ECQB 3F6DA 2WRTA 4XS4B 4U07A 3ZMKA 2WGRA 3KGKA 5KN2A 2P5QA 4GCNA 1NHYA 2JZTA 5BW8C 1A2JA 3ZZXA 5AYWD 3UAPA 3ZHEB 3J7Yb 4F9ZA 4GYOA 4G2VA 3QDNA 3KM6A 3MDKA 1T00A 2AUVA 2Q7FA 1EV4A 2XCCA 3QR6A 4YQVA 4I5QA 1PRXA 2JU5A 4HOJA 1ZCPA 1Z5YE 2HZFA 3TJJA 3ASGA 1VF3A 4MF6A 1Z3EA 4DSSA 1GNEA 1SJIA 2F3MA 1KLXA 1TU8A 2H0IA 2PZIA 4ID0A 4GSNA 2VCVA 3F4SA 1HQOA 2FUG2 6GSXA 4WR4A 1OKDA 5L71A 4RG6A 4HDEA 4ML1A 2IFUA 3G7YA 1T7PB 5G5EA 4QL7A 5FT9A 1J0FA 3H8QA 1BAYA 3DYRA 3OXFA 3PE3A 1K0AA 5G05C 3MEKA 3IXRA 2N5FA 3D22A 2VLTA 1TK8B 2VAFA 4ZBDA 3VWXA 2DMLA 2HFDA 5CP1A 5H5QA 1FB0A 1U3IA 1R26A 1YJ6A 5DAKA 4X1UA 5DCGA 4KDYA 4K8MA 1A17A 3F3QA 1CQGA 4WNDA 1YDKA 3E3EA 4HZ4A 1TRUA 1FVKA 4IBPA 2L6JA 1TTZA 1OAZA 3GYZA 1SU9A 2E7PA 2PMTA 3LWAA 3F3RA 3GMFA 1QUWA 3C71A 1NA3A 4HQZA 4UQYA 1GSYA 1Y6EA 2UWJG 1YQ1A 3G9BA 4N5CA 2B1KA 1ML6A 1K0NA 1ZMAA 4GXZA 2LUSA 5DDLA 4MJAA 1FB6A 3M8NA 3S9FA 3L4NA 3RDWA 3U3WA 5A6CA 3H79A 3LPZA 2OACA 2FF4A 3CKBA 4WNGA 1B89A 2FWEA 4PQHA 3S7JA 4BT9A 1GTIA 4N3AA 5J9BA 4EDZA 3RO3A 4BWRA 3HVSA 1QMVA 3TOUA 1KNGA 3CVPA 2PWJA 4HOUA 5DALA 3HYPA 3LY7A 5C1DA 3UBLA 2B5EA 1XFLA 4XIHA 4HZ2A 1GP1A 4OWYA 4NRHB 4BA7A 2CZ2A 5A7DB 3SF4A 4N30A 3LCAA 4N10A 1TOFA 1FHEA 4GRFA 3K8NA 5FHIA 2J9QA 4N2QA 1M9BA 2JZRA 1M9AA 2DIYA 5CNWA 4KX4A 2VD1A 4WBJA 2VL3A 3Q74A 2WJUA 4MK3A 2NC9A 1WAO1 4NHZA 2GTUA 4LA1A 2ON7A 5ECIB 3L9SA 2KCKA 4D73A 4G23A 1KBNA 2VM2A 1TU7A 4F03A 5DBKA 3URZA 1UN2A 3IAS2 5ARFA 4TR4A 1GUHA 1RW1A 2VCZA 2AAWA 1PX6A 3ZIJA 3ZVJA 1V58A 4EXJA 2KHPA 2P0GA 3D4TA 2X8HA 1B8XA 2YN1A 3F4RA 3ZPJA 1PA3A 2GLRA 2WB9A 2B7JA 5JCWA 3EU3A 3UQ3A 1GTBA 2GS3A 1P5QA 2GDRA 2RM6A 2MMAA 1GL8A 1EWXA 5IQYA 4I9EA 4UQXA 2YANA 2ONDA 4DVCA 3DMLA 4APOA 4HOTA 2FCHA 2X8GA 2HO1A 2DJ2A 3BOAA 1JHBA 1WMJA 4FIWA 2C3QA 1TDIA 1B4QA 1Q4JA 1TRWA 2PU9C 4ECJA 1HD2A 5D9TA 3LXTA 6GSSA 2IMDA 2QFCA 3ZIVA 2KC7A 2CAIA 3FR9A 1O6JA 3N71A 3RAZA 3A3TA 2P31A 1WM5A 4N0VA 4KE3A 1ST9A 1T4ZA 4JBBA 4K6XA 4JE1A 4G25A 3K9IA 2V6OA 2MYGA 4KNDA 4EQFA 3L78A 1TI3A 3VWWA 3GZ1A 1IYIA 3RIBA 5G30A 1EZKA 3UL3A 3HVXA 4U04A 2MMOA 3ASHA 5AGYA 3IAM2 2D2ZA 2MBSA 3UIWA 2V5FA 4J56E 1WWJA 3QWVA 5E4WA 16GSA 3ZLPA 1C72A 1K3YA 2HRNA 4I17A 4RQXA 4WEYA 5D9XA 1XXUA 1AW9A 3FW2A 3AY8A 4GA0A 1X9MB 3WYWA 1GH2A 4G24A 4DSRA 2TIRA 5BNWA 3VPQA 2PQRA 4AF2A 1A23A 5DAKB 4YQMA 4JR4A 4YVOA 3MNGA 4LL4B 3ZL5A 3C1RA 3ZFWA 4PGTA 4WBRD 2F8FA 4JRRA 2YQ8A 3US3A 4PQ1A 2YWMA 1TKDB 1G6YA 3CSIA 1F37A 1YF0A 5B8AA 4J8FA 2AYTA 2C0DA 1PGTA 4FYUA 5D9WA 1HXIA 1XW9A 2I1UA 1V57A 4HQSA 2GZPA 4GZ3A 1NHOA 1YEPA 2O87A 4KYOB 1XPVA 4LLRA 5KJNA 1I5GA 1GWCA 1TRSA 1VF4A 2KP1A 4IELA 2RUEA 2H8LA 5IOXA 1MDKA 2YOIA 3KXOA 4YAPA 1THXA 2JACA 1BG5A 2H1BA 5IMAA 4O5RA 4O6FA 3I6AA 3KAEA 5DALB 3DXBA 1Y25A 1BJXA 1Q98A 5B7CA 1ZZYA 2GVPA 4OFTA 2C0EA 3HY2A 4KCEA 3TB2A 3ERFA 2NPBA 2M80A 4K7NA 3HZ8A 22GSA 2WPVA 2ES7A 4Q5RA 4UI9J 4I2ZA 1FCHA 1RK4A 1E6BA 3GTUA 3G7IA 3CV0A 3S7FA 3LYAA 4BTBA 3CSJA 3CKCA 4K7OA 5CYYA 4NMUA 2HLSA 3VI7A 1O73A 3LYKA 1U88A 2VSYA 2QKEA 5JWQB 4ABNA 4BTAA 4PURA 1PKZA 4YH2A 2ON5A 2C0GA 1JZRA 2DBAA 2YNXA 5J9CA 4D73B 4G2EA 2TRCP 1A24A 3HKRA 4EVMA 2CT6A 1YA0A 3KS2A 4DEJA 2MMZA 1ILOA 5FTPA 2L5OA 3A2WA 3IPZA 1OUVA 3FFLA 4XI9A 4ZL9A 5G04J 1JZOA 1ZBPA 1FAAA 4F0CA 1K0BA 2GQLA 3FZAA 2FWFA 2H76A 5CO3A 1SKWB 5C04A 1EGOA 4IHUA 5B8BA 1F9MA 3HVVA 2BUGA 1TJDA 2E2MA 3FP3A 3MV3B 3VPTA 4XI0A 3PE4A 4HEA2 1QGVA 4IKHA 4RG9A 4ZIJA 4TN8A 1UC7A 2FEZA 4N2SA 2YP6A 4JA7A 3KP8A 3GN3A 1EP8A 5DQSA 4F82A 2M46A 5AIXA 4BVXA 3C8EA 3DEXA 3JYSA 3F4TA 2HSYA 5HR2A 3CVQA 2FI7A 3ZFLA 3BBYA 3F0IA 3TKSA 5HFKA 1AUCA 4GQFA 3DGQA 4EKZA 1AC1A 3S7BA 1TXXA 3MAKA 2V1MA 4E8EA 1O81A 5INYA 1YKAA 2B5XA 4GZ5A 1OE8A 3R2QA 1M2BA 4K9ZA 3APSA 3C1SA 5J5NA 1N2AA 2VQ2A 2YHCA 4J2FA 2R4VA 3KTLA 2PBJA 2DJ0A 4HI7A 4YQUA 4W9RA 4I2UA 2I6HA 2UY1B 5LCWC 2VCWA 4L0UA 2VGYA 5LD0A 2PN8A 3VURA 5IMFA 3NF1A 2H1DA 3LQ7A 2VSNA 4LMVA 3GURA 3SBCA 4KA0A 5A4WA 3E4BA 4GPKA 6GSWA 5HR0A 4U0ZA 1HH8A 1AIUA 3I9V2 3UVHA 3HDCA 4WUYA 1XWAA 2C3TA 1XW5A 5CREA 3EE2A 1GLPA 5IMDA 2VOCA 1J9BA 2YWNA 5E59A 3ULQA 2LSTA 3P90A 2I81A 2H6ZA 1TI1A 1EEJA 4Z7XA 2C0FA 3A5WA 2WQHA 2IMEA 4EUYA 4IGJA 1WE0A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4JU5 A;  1KT0 A;  2QSI A;  2NVL A;  4GSS A;  1OCO E;  5T3R A;  4G0K A;  1IKN D;  4EF0 A;  1IYH A;  3UPV A;  3VI5 A;  3L0H A;  3UIN C;  1SZ9 A;  3LW9 A;  3CK7 A;  2DIZ A;  6GST A;  3CSF A;  2K9F A;  3D9P A;  4A63 B;  4ZB6 A;  1L5J A;  1A2M A;  1PC2 A;  4XRD A;  1XVQ A;  4OO4 A;  1YEX A;  1U3C A;  3C98 A;  2VYI A;  1Z9H A;  5A4U A;  5GSS A;  2L9B A;  5G1K A;  2N5B A;  3RK6 A;  3UBK A;  3Q75 A;  1THO A;  1M99 A;  3BQO A;  1H6K A;  3L82 A;  4TUU A;  4OYS A;  3TGO A;  1T4Y A;  3EDT B;  2GSQ A;  1O8X A;  4IJI A;  5ABR A;  4UWF A;  3ASF A;  1QZ2 A;  1U6T A;  3J7Y k;  2MOW A;  4EDY A;  5KNH D;  2C0M A;  1N4R A;  1N54 A;  5AAO A;  1SK1 A;  3JXI A;  2FNO A;  1CQH A;  1B9Y C;  1LJR A;  3EJN A;  3SZ7 A;  4WET A;  2CVB A;  1HF8 A;  2E2G A;  3IK9 A;  1MDJ A;  3LXZ A;  17GS A;  4O1P A;  5G1L A;  1A5E A;  4CYM D;  4GZD A;  1QFN A;  3U6V A;  3I69 A;  3GIX A;  5FZR A;  3CTG A;  4XTS A;  5FJY A;  5D96 A;  2XCB A;  1X9S B;  3WT2 A;  5ANL A;  3HZ4 A;  4ACS A;  2WMN A;  4G1T A;  2P9K G;  2GRM A;  2A5U A;  1WJK A;  2C80 A;  4WWP A;  4V2N A;  2N5A A;  3ZW3 A;  4PNF A;  4WF5 A;  2I3Y A;  3FUE A;  4YND A;  3APD A;  1X5D A;  2J23 A;  1ZB1 A;  3HA9 A;  3FUH A;  2CQ9 A;  2FGX A;  1S70 B;  2YV9 A;  1GSU A;  4AJ7 A;  2ZNM A;  2XPI A;  3M0F A;  2J07 A;  4WKW A;  4WR5 A;  5GST A;  1N4P A;  1HZ4 A;  1DCE A;  2WCI A;  2KBX A;  3NZN A;  3M1G A;  3FDH A;  4QQI A;  5HS0 A;  1OC9 B;  3IRA A;  4J8E A;  3E32 A;  2LUH A;  1GUL A;  2RKK A;  3UM0 A;  3TWX A;  3DWV A;  3LSZ A;  2IWT A;  5EKQ D;  2JZS A;  4GA1 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
 4JW1 A;  3DKS A;  3P8W A;  3TXN A;  1JFU A;  1GUK A;  3GTU B;  3UT8 A;  1ZL9 A;  4PH4 B;  1BED A;  1MTC A;  4IQ1 A;  2CHW A;  1GUM A;  2VTB A;  4ILF A;  5D73 A;  1ZYQ B;  3UOM A;  4JED A;  4UI9 K;  3SWL A;  1F2E A;  2QY7 A;  4JA9 A;  5DJM A;  5FWQ A;  1TK0 B;  3G2V A;  1PL2 A;  1QQE A;  3ERW A;  4JC8 A;  20GS A;  2C4J A;  5J3R A;  3MWH A;  4L5O A;  3EIN A;  2WQ6 A;  2VGX A;  3KEB A;  3KMN A;  1EP7 A;  1GTU A;  2HYZ A;  2DJK A;  3HJO A;  2OKA A;  3TG5 A;  5IPH A;  4XCS A;  2BMX A;  2EC4 A;  3IR4 A;  3FR3 A;  2TRX A;  4K1F A;  3CHM A;  1HO8 A;  3AS5 A;  5J41 A;  2C3N A;  3O3T A;  1K3O A;  19GS A;  4ZIL A;  1QK8 A;  2CZ3 A;  2H6Y A;  1DSB A;  3T5V A;  2YJ7 A;  3BJ5 A;  3CK8 A;  3ME7 A;  2O7K A;  3JQ0 A;  4E85 A;  3MZL B;  4GWR A;  1PX7 A;  2LSV A;  4K5R A;  2CVK A;  4OO5 A;  2HZE B;  4UWH A;  5J08 A;  1MEK A;  1OC8 A;  5ECH B;  4UI9 C;  5ECS A;  1ERU A;  2OE3 A;  1QXH A;  5ECN B;  5KN3 A;  3FTV A;  3M9J A;  3ONL A;  3I4R B;  1H2T C;  2RUF A;  1S3D A;  4FO5 A;  3GA4 A;  5JWR B;  3HJM A;  3CVY A; 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