The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
0
|
sequence length |
49
|
structure length |
49
|
Chain Sequence |
b'SYNTPWGKVIINAAGQPTMNGTVMTADNSSMVPYGRGFTRVLNSLVNNP'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural Evidence That Colicin A Protein Binds to a Novel Binding Site of TolA Protein in Escherichia coli Periplasm.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Protein tolA
|
| source organism |
Escherichia coli
|
| molecule tags |
Protein transport/toxin
|
| structure length |
49
|
| sequence length |
49
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-01-19 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3QDR B; #chains in the Genus database with same CATH topology 3CD6 T; 2K6D A; 3CCS T; 4EMK C; 3CCM Q; 3E1S A; 1SRM A; 5CCA A; 5CVI A; 2OTJ A; 1C6V X; 1LVK A; 2K2M A; 4GBQ A; 2AKK A; 4QQD A; 3WVE B; 1OYX A; 1RAF B; 3CCV Q; 1UHC A; 1UJ0 A; 1OX9 A; 3Q1J A; 2WSC E; 1NPP A; 1WIE A; 2DET A; 5EG2 A; 4BI3 A; 5D6X A; 3CCM A; 2RI2 A; 2YRD A; 4VUB A; 2ATC B; 4N0A C; 1IXD A; 1NG2 A; 2KYB A; 5LJ3 f; 2PQW A; 4M75 G; 4M4Z A; 4Z02 A; 2BUD A; 2KI7 A; 3CCV A; 4E7J A; 1M27 C; 4OVA A; 3JCM X; 3OYY A; 1QLY A; 3DB3 A; 1S72 Q; 2E3H A; 1PSE A; 2QAS A; 2D9T A; 1WX6 A; 2DVE A; 2QQR A; 1WHM A; 2O2O A; 4NS5 A; 3OYF A; 1G5V A; 4PJO F; 4M7D C; 1SEM A; 1Q82 R; 1S72 A; 3FJP A; 2FYK A; 4J9F A; 4V2S A; 1B34 A; 2DMO A; 4GY5 A; 1MHN A; 3J80 E; 3LX7 A; 2YSQ A; 1AWW A; 1KG1 A; 2ZAE A; 1YIT T; 4KGZ B; 4JRQ A; 1UE9 A; 3QO3 A; 2G6F X; 2VC8 A; 3OYC A; 4CI0 C; 2LP5 A; 5A0L A; 1PKT A; 2XDP A; 4MZM A; 1NZ9 A; 2DZC A; 3LGF A; 2KDS A; 1D3B A; 2O01 E; 4DBR A; 2HNI A; 1KQS P; 4EIK A; 2IPO B; 3M57 A; 2QTX A; 1ZSZ B; 1UGR B; 2J6K A; 4M77 E; 4C92 D; 1YHQ T; 3PIO A; 2M02 A; 1BCM A; 2DBK A; 2X51 A; 5IH2 A; 4PL6 A; 4J6Y A; 4RTX A; 5KE3 A; 4XTZ A; 2L2P A; 2HDA A; 1E6H A; 3AT1 B; 2D0N A; 3OS5 A; 4C92 C; 1SHF A; 5FLX E; 4BY6 C; 1ZBJ A; 1YJW T; 4XTY A; 3OYA A; 2NUT A; 4Z89 A; 4HT8 A; 1KFZ A; 2DRK A; 2P0Q A; 5HK0 A; 1RL2 A; 1KD1 U; 2DK3 A; 1VIE A; 2LDM A; 1M8M A; 2DXB A; 4F04 B; 3A8G B; 2EJF A; 4ZN3 A; 1T0H A; 1BCO A; 2GBQ A; 2AHJ B; 2RHI A; 3EFO B; 3A8H B; 3M4Y A; 4C92 G; 1V76 A; 2K57 A; 3CEY A; 1XOV A; 1CSK A; 2EGE A; 1Y7X A; 3PNW C; 3VRY A; 2H8H A; 1W4S A; 2OAU A; 1M1K C; 3LLR A; 2CSQ A; 1N9S A; 2DIG A; 3X24 B; 3OY9 A; 3CME T; 1YJN A; 2XDB A; 3S6W A; 4L59 A; 4AFQ C; 4OMQ A; 4MML A; 3G7Z A; 1KC8 R; 2L3S A; 1WXT A; 2JMC A; 2HSP A; 1TUG B; 3OYJ A; 1N8R R; 5IHK A; 2KY9 A; 3A5Z B; 2YXY A; 1QVP A; 2ROL A; 2DL4 A; 1FYN A; 3FRN A; 3GOX A; 4FU6 A; 1U1T A; 4QVD A; 2K79 A; 2SEM A; 3SFM A; 2MK5 A; 3JCM c; 1UTI A; 3MP6 A; 4LDU A; 1HSQ A; 3PTA A; 2KE9 A; 2KXD A; 1VQM A; 1C1A A; 2JNG A; 2QEX T; 2RPN A; 2RHU A; 3EH2 A; 1W2B S; 4ZN1 A; 5GAN 7; 4M7A B; 2KSS A; 3CMA Q; 4II1 A; 3H9N A; 2Y4Y A; 2GF7 A; 3CCU Q; 5EC7 A; 1VQN T; 4JZ4 A; 4ZGJ B; 4HCC A; 3L2U A; 9ATC B; 1JEG A; 4M75 F; 3SWN B; 1Q82 U; 2MIO A; 3UWN A; 1PRL C; 3CMA A; 1W1F A; 4IKF A; 1K0S A; 4N4H A; 3CCU A; 2K3B A; 1IRE B; 2XID A; 1KQS A; 3I9Q A; 3PIP A; 1YBY A; 1MGQ A; 2GFU A; 5GAN d; 1JRI A; 2CSI A; 3JCM V; 3X25 B; 2HQE A; 1UGQ B; 4O6J A; 5KYX A; 2FZG B; 4C8Q D; 2YT6 A; 1Y96 A; 1I1J A; 1WHH A; 3M56 A; 3V7S A; 1TG0 A; 2OX7 A; 4XU0 A; 2XG8 D; 4RTZ A; 5KYU A; 4C8Q C; 2RH2 A; 1G3T A; 2FL7 A; 1BI1 A; 3M0U A; 5GAN g; 1VQK T; 2JOY A; 2RJF A; 2VXF A; 5J3B A; 3QXE B; 5IT9 E; 2V1Q A; 3WXM B; 5GMK j; 1TTH B; 1NJI C; 1I07 A; 2J6F A; 1FWZ A; 3CCJ T; 4M7D F; 3VS7 A; 1Q81 C; 3PFS A; 1X01 A; 1BB9 A; 2AT1 B; 3EG1 A; 2F69 A; 1YCS B; 4BE1 A; 3U23 A; 4LDX A; 4OMN A; 2M0O A; 3JB9 I; 3P8B B; 1UHF A; 4B9X A; 2CH4 W; 4JJB A; 2QDY B; 1D1C A; 3JCM d; 3QSU A; 1YJ9 T; 5GAO r; 2E70 A; 2B86 A; 4Y28 E; 1JBM A; 1X75 C; 4EDU A; 2D8J A; 4M7D E; 4GLK A; 3RKX A; 4JJC A; 2VV5 A; 1YCY A; 2MAM A; 2DTI A; 1NLO C; 1VQ5 Q; 5C0M A; 3HKS A; 4R55 A; 2HAX A; 3RBB B; 3TQ7 P; 4LD6 A; 2JS0 A; 5GAN 5; 1M90 R; 1V29 B; 4PJN A; 3JSC A; 2LZ6 B; 4X9C A; 5LJ3 g; 3QG1 A; 2VWF A; 3VS3 A; 1I81 A; 2E4H A; 1SHG A; 5HKC A; 1KC8 U; 5L23 A; 2QA4 Q; 1VQ5 A; 3QJ6 A; 1N8R U; 1FMV A; 1R77 A; 4C92 F; 3J7A F; 4JDS A; 4WTO B; 3JCM h; 2EFI A; 4RTY A; 3CCQ Q; 5KCO A; 4JJN K; 2M16 A; 3L2Z A; 3P8H A; 2QA4 A; 1QQJ A; 3DKM A; 2EBP A; 2WSF E; 2M1H A; 2EW3 A; 2QXF A; 4ZGE B; 2CP3 A; 4AG2 C; 1RI9 A; 4R0K A; 1AVZ C; 4A4G A; 2XI9 A; 3M58 A; 4ZGD B; 5FU6 C; 1M1F A; 3CCQ A; 3M4G A; 1PD0 A; 1WHL A; 4EMK A; 3I55 A; 2CYZ B; 3MO8 A; 5GAM g; 5GAO l; 3G6E Q; 2H3J A; 4MZP A; 3OYD A; 5IAY A; 2DL5 A; 4F14 A; 1E7O A; 2LRQ A; 1RAA B; 2BZ8 A; 2DKG A; 2DNU A; 2DPP B; 3PVL A; 3JB9 J; 1QP2 A; 1SPK A; 2C0O A; 4ELY C; 2KK4 A; 3CC4 T; 1I8F A; 4E7I A; 1M9S A; 3G6E A; 4N0A A; 3DB4 A; 3CBP A; 1JXO A; 1K8A C; 1UG1 A; 4M77 D; 1JO8 A; 5DM7 R; 3A8O B; 2F1L A; 2DZ9 A; 1YP5 A; 5CKF A; 4M77 C; 1ZA2 B; 1Q7Y C; 2K9G A; 4E2F B; 1WYX A; 4KGV B; 1X2Q A; 1RUW A; 4Z88 A; 1WHG A; 4M78 B; 1H3H A; 2BIV A; 5GMK e; 2V8K A; 3FDR A; 1OPL A; 1OEB A; 4M7D A; 3OYM A; 3LH5 A; 3VS0 A; 2LTO A; 3UAT A; 2F5K A; 2DIQ A; 4OB3 B; 2P84 A; 1BIA A; 5LJ5 d; 2GCX A; 1D0X A; 4XK8 E; 1AHJ B; 4PJJ A; 1Q86 C; 1RLQ C; 2YRC A; 2WSE E; 3RIR A; 2KMT A; 1GFC A; 2X4W A; 1PWT A; 2COW A; 3VS1 A; 3X20 B; 1G2B A; 1OU9 A; 4C0Z A; 2V8J A; 1T3S A; 3BW1 A; 3FC3 A; 2CP0 A; 1WJQ A; 5GAN j; 1I5L A; 1UEC A; 3N5B B; 3HFO A; 5GJW B; 4FW1 A; 3OB9 A; 2JM9 A; 2RJC A; 1Y07 A; 2VUB A; 1VQ7 Q; 2JXB A; 1M1K R; 1AWO A; 4JLG A; 2LT4 A; 4C92 A; 3QKJ A; 5KYW B; 1QW1 A; 3NFC A; 2HKQ B; 2X35 A; 4J9H A; 2JW4 A; 5KCH A; 3LWI A; 1M90 U; 4C8Q F; 1NEB A; 2QAZ A; 2CZ6 B; 5D6Y A; 1SG5 A; 2M9U A; 3RER A; 3GNF B; 3BE3 A; 3ASK A; 1GL5 A; 4J7F A; 4OMO A; 2OAW A; 2MMP A; 4NL3 A; 2X4J A; 2BKD N; 5LL6 S; 4PFZ A; 2X3W D; 1OX8 A; 4HVW A; 4OP0 A; 2EQK A; 4KGX B; 3RMQ A; 3LYI A; 5FRN A; 5GAO m; 5KYY B; 4C8Q E; 5A2Q E; 4BUG A; 4Z8A A; 1TUC A; 2D6F A; 2KVQ G; 1K1Z A; 2HEQ A; 2XD0 A; 2EYW A; 4BDY A; 4Y91 A; 2C0I A; 1Q95 G; 4F7U F; 4ZTF A; 2K4Y A; 3M0P A; 4C0D B; 1VQ6 Q; 2LJ3 A; 3EGD A; 3OYN A; 1VQP Q; 2L5Q A; 4JRK A; 2E6Z A; 2OTL T; 1MV3 A; 4HCK A; 3CCR Q; 1YFN A; 5CKB A; 1IB8 A; 2RI3 A; 3MPU B; 1VQ6 A; 1WJR A; 3HRU A; 2SRC A; 4F7U E; 1VQP A; 1U06 A; 2RNA A; 1TU0 B; 4FL6 A; 3G71 Q; 1VQ4 T; 4RMO A; 2YUP A; 2YWW A; 3CCR A; 3OMC A; 3GP8 A; 1ZSZ A; 1MMN A; 4QVC A; 1QVG S; 3EG3 A; 4OMF B; 2CP5 A; 1B07 A; 3G71 A; 1ZQ1 A; 4ATO A; 4XU1 A; 2CP2 A; 4PKC C; 2HCK A; 3RUX A; 3OQ5 A; 4MDW A; 1EX4 A; 2V26 A; 4JJD A; 1HJD A; 3M53 A; 2VGM A; 2HKN A; 2HL3 A; 1AT1 B; 2KXC A; 2Y90 A; 1BI3 A; 2P0P A; 2X3X D; 3EHQ A; 5HY6 A; 1Q81 R; 1WZO A; 1LOJ A; 1BI2 A; 2FEI A; 4M7D D; 5GAN e; 4FT2 A; 2ZPF B; 3JCM f; 4HXJ A; 3DLM A; 4BI8 B; 3QYG B; 3PVQ A; 2F2X A; 1OV3 A; 4C5I A; 2EIF A; 4JS4 A; 3EFO A; 2E5K A; 4RG2 A; 1YJN T; 4J6W A; 2QGG A; 1IO6 A; 2R5M A; 3QPH A; 4E47 A; 4C8Q A; 2CKK A; 5GAN 4; 1O75 A; 3OS1 A; 2DBM A; 2PVD B; 3JCM J; 2KQW A; 2A08 A; 4BDZ A; 3QDR B; 5IXF A; 4M77 F; 2Y4X A; 4OML A; 1M1K U; 3CC7 Q; 1PC0 A; 1VQ9 T; 3A98 A; 4J6X A; 3A1P A; 5I2S A; 3OYI A; 5LJ5 j; 5A0G A; 3M54 A; 2K5L A; 2YRV A; 2EPD A; 1QCO A; 3MP1 A; 4M7D G; 4WF2 A; 4O5V A; 3CPF A; 1VQM T; 1S1N A; 3CC7 A; 5GMK h; 5D7U A; 2XK0 A; 2EGA A; 1M3B A; 4LN2 A; 2YLB A; 3JCM e; 2NYS A; 3CD6 Q; 5CAI A; 2GFA A; 1WJS A; 2HBW A; 3I56 T; 4F7U A; 3CCS Q; 3E9F A; 5I21 A; 1LNX A; 4FYW B; 2C0T A; 2W0Z A; 2FPE A; 2DD5 A; 3CD6 A; 2XIC A; 2LJ1 A; 3CCS A; 3C95 A; 1SKU B; 3BDU A; 1JQQ A; 4RCB A; 5CR2 A; 2CS7 A; 2LCS A; 3EG0 A; 3QWY A; 1AOJ A; 3QII A; 1YI2 T; 4C5G A; 4BD3 A; 3EAE A; 1KSW A; 3V7R A; 3VS2 A; 1PKS A; 3H41 A; 1K8A R; 2DF6 A; 1MMG A; 1FX7 A; 3G4S T; 3L2V A; 2QQB A; 1QCF A; 1BU1 A; 2NUP A; 1WGS A; 4C0G A; 2BZX A; 5CKE A; 4IUQ A; 3CBM A; 3M0S A; 3HHT B; 4JLI A; 3URG A; 1ABQ A; 2J05 A; 3NHN A; 3HRS A; 1B34 B; 1OI1 A; 3NTI A; 3EG9 B; 4QVZ A; 5CIU A; 2EKO A; 1RAG B; 1TUD A; 2FHD A; 3OMG A; 4AFZ C; 2JT4 A; 1P92 A; 2FZK B; 1YIT Q; 5FWB A; 3JB9 H; 1QVG P; 1PD1 A; 3OW2 S; 3HP9 A; 1OZ2 A; 1OZ3 A; 1QKX A; 1RAH B; 1Q81 U; 1Y71 A; 2VGN A; 2DA9 A; 2GTO A; 1BKB A; 1G8X A; 1ZSZ C; 2LCL A; 4QKU A; 3H0I A; 3R6N A; 2NWM A; 2ZPI B; 3M0R A; 4IIO A; 1YHQ Q; 1TSF A; 4M78 E; 4M77 A; 2ZZD A; 3MKD A; 5C6S A; 1OQK A; 1VUB A; 2DJQ A; 2OI3 A; 3CCL T; 2V1R A; 3CC2 T; 3JCM P; 2RJD A; 1WNL A; 3M5A A; 1YJW Q; 3PMT A; 3A8L B; 5LJ5 e; 1YHQ A; 3LW5 E; 3CPW S; 2NUT B; 1KD1 C; 2A37 A; 1RLP C; 4D8K A; 3EGX A; 2F2W A; 4JUV A; 3UA6 A; 4LDV A; 2D8H A; 2YUN A; 2CT3 A; 1O9S A; 1VQ8 T; 1RAE B; 4OMP A; 1YJW A; 4LE9 A; 4RTT A; 2RA2 A; 1SSH A; 1IGU A; 1H8K A; 2JTF A; 2CH4 A; 4J9G A; 4XQ3 A; 4FT4 A; 1Y57 A; 3CCE T; 2PNI A; 4A54 A; 1PG5 B; 1QWE A; 4XTX A; 3I55 T; 3QZ9 B; 3M59 A; 1LPL A; 4XU2 A; 2AKL A; 1XJW B; 1G83 A; 2EYZ A; 2RQR A; 1LJO A; 3NMZ C; 1K9M R; 1B7T A; 1M3C A; 1AEY A; 3CME Q; 4OMM A; 2VB6 A; 3H0F A; 2EQM A; 1T3L A; 2E64 A; 3VV0 A; 1BYM A; 4FW2 A; 3VS4 A; 4FYV B; 4AT1 B; 3EFR A; 2EJ9 A; 2CDT A; 4IUR A; 4J9C A; 1LCK A; 5IN1 A; 5GAN h; 1X27 A; 1VQL T; 2J6O A; 1YIJ T; 3HFN A; 4KH1 B; 3JB9 D; 1UDL A; 4M7A D; 4C8Q G; 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3HL8 A; 5AT1 B; 2RI5 A; 3CPW P; 3JCM W; 2QQ9 A; 2M0Y A; 5I22 A; 4IUT A; 4C5E A; 3CCJ A; 4GLM A; 2RQU A; 3UPU A; 1MMA A; 1YJ9 Q; 1M30 A; 5FU7 B; 4LUD A; 2J06 A; 2IG0 A; 3QDF A; 4DOV A; 1UGP B; 2FPD A; 3UA7 A; 1R0C B; 1JJ2 S; 3RR6 A; 4WCI A; 5CK9 A; 3QYH B; 2COZ A; 5L8R E; 4J9B A; 1YJ9 A; 2KRS A; 3VUZ A; 2H3E B; 5IHI A; 2BTT A; 1K9M U; 2HMA A; 2DXT A; 1AD5 A; 1CKA A; 1UUE A; 2JZ2 A; 3O5Z A; 1KC8 C; 5GMK i; 2BE9 B; 4RCC A; 3HSB A; 1WDX A; 3M0Q A; 2RQV A; 4J8O A; 1N8R C; 2GQV A; 4J9E A; 1WPY A; 2LT1 A; 1H92 A; 2MWP A; 4M77 G; 2E12 A; 1BK2 A; 4KUI A; 4QQ6 A; 1I0C A; 5DLO A; 4ESR A; 3GPL A; 3S3N A; 2AIR B; 2RF0 A; 2X4Y A; 2OTJ T; 4A53 A; 2PTK A; 3OBW A; 3MET A; 4RTV A; 4KRT A; 4M75 B; 1GBQ A; 2DTO A; 5LJ5 h; 4PLI A; 2KNB B; 4BE0 A; 3CCM T; 2LJ0 A; 1HYO A; 2RQT A; 4EMK B; 2ZPH B; 3M0T A; 3QHS A; 1D0Z A; 5DLQ E; 2E1H A; 2YHT A; 4E6R A; 4HVV A; 3CCV T; 1AWJ A; 1VQ7 A; 3CC4 Q; 3QBY A; 7AT1 B; 4B6M A; 1Y0M A; 3OW2 A; 4DA4 A; 3KXT A; 2RQW A; 5I2M A; 3SHW A; 3AHU A; 2E41 A; 4M78 D; 4AMC A; 2LQW A; 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