3QI1A

Design and synthesis of hydroxyethylamine (hea) bace-1 inhibitors: prime side chromane-containing inhibitors
Total Genus 97
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
97
sequence length
389
structure length
382
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGAWAGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Design and synthesis of hydroxyethylamine (HEA) BACE-1 inhibitors: prime side chromane-containing inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 97
structure length 382
sequence length 389
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2011-01-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3qi1A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3qi1A02
4ER4E 5P8FA 1B6LA 5P0QA 3OUAA 3RVIA 3ZMGA 3VG1A 2I0DA 4J0VA 3SKFA 4KE1A 5P0NA 5P6MA 2FS4A 3L5BA 1EPNE 3ZPUA 2QD7A 4X2LA 4Y3PA 5P3KA 4NKKA 3PWRA 4PYVA 3QRVA 3BUGA 3OXXA 5P55A 4LAPA 1SDUA 5P29A 2B42A 5P4QA 3DM6A 4FS4A 2Q5KA 4GJ9A 1M43A 4GJBA 3PLLA 4I0EA 4Y4JA 4Y4EA 4Y3JA 5P5KA 3O9DA 3IN4A 5P4YA 2P3AA 1W51A 2UPJA 5KQFA 3PMYA 1Z1RA 1DIFA 2Z4OA 4TRZA 1SGZA 1A8KA 2I4XA 1NPAA 4ZE6A 1D4IA 4FIVA 3LHGA 4YD6A 2QI0A 5P8VA 1PFZA 3NU9A 2CEJA 2ZJNA 3S43B 1ER8E 3ZOVA 4PHVA 8HVPA 2Z54A 5DR8A 3NWXA 1FLHA 2FGVA 2QI3A 5ISKA 5AGZA 5P7BA 5P5UA 3OAGA 1SP5A 2F3FA 5P3EA 2G27A 5OYZA 4I0JA 4PZWA 2V16C 3OXWA 1MVPA 2R38A 4J1IA 3VV6A 5I3XA 4RRSA 5OZ8A 5P3IA 4Z50A 4Y4WA 1NPVA 5P2VA 4DJYA 2QI5A 2VJ9A 3CKTA 5P3SA 2G69A 5P5IA 4Y5CA 5I3YA 2VJ6A 2AOIA 5P71A 2VS2A 2H6SA 3N3IA 5OZXA 2G1OA 2UY0A 5P7WA 5COKA 3URIA 1EEDP 3MSKA 2BQVA 4I8ZA 3IVIA 4Y4ZA 5IS4A 1APUE 3S43A 3MXDA 3FNUA 1B6KA 4Y3TA 5P0OA 5P6UA 4Y3HA 3D91A 3OXVA 3OOTA 3OWNA 3WZ7A 3LPKA 2BPXA 1W6HA 2Q55A 1IBQA 1GNNA 5P56A 4KB9A 5AHBA 5P7NA 4GJ8A 1HIIA 3VEUA 3EKQA 3TOHA 2VNNA 5P3QA 2QCIA 2VNMA 5P8OA 5HCTA 2R8NA 3QP0A 2G1NA 5P5AA 1G35A 1HVLA 4WY6A 2QI1A 5P6QA 4DPFA 3UHLA 2NNPA 3AIDA 1K1TA 3L5DA 4Q5MA 5P35A 3UQUA 4OC6A 5P4AA 4EP2A 1EC1A 4BFDA 4D8CA 4RVXA 3NUOA 4CPTA 3OY4A 2J9JB 3NDXA 1LZQA 5P5QA 1FMXA 3VLAA 2XFJA 5P2IA 2I4DA 5P2ZA 5OZIA 5OYWA 4J1EA 4YCKA 4I8WA 5P00A 1RPIA 4E43A 5P6SA 4I0ZA 4D83A 3UDKA 4EWOA 1EPQE 4ACUA 3SA8A 1W5XA 5IVRA 5P1WA 1EC2A 2BPWA 4OBZB 3BRAA 2AOFA 1LYBB 2PH6A 1OEWA 4NJTA 5SXNA 1EPLE 1MESA 3APRE 1SIPA 1HEFE 1XDHA 2P3DA 4QGIA 5OZHA 4I11A 4J0ZA 5P2HA 5P82A 1G0VA 1BV7A 2BPVA 1BDRA 5P54A 1MSMA 5P1KA 3VLBA 4Y5MA 4Y54A 2J9JA 4J1KA 1YM4A 5P7LA 5P3ZA 2HPFA 5P7UA 3HW1A 4Y3ZA 2I0AA 1LYAB 5OZ7A 3SO9A 3UQRA 2OHNA 1EBKC 4CPQA 4FAEA 2IKUA 1HBVA 5P40A 2R9BA 5OZ3A 4Y3NA 1F7AA 5P49A 1U8GA 5P77A 5ER2E 4RYCA 1YTIA 3LPJA 3INDA 2IGYA 1ZSRA 3IA9A 3APPA 3SFCA 5P0CA 1OHRA 3G72A 2P83A 2PSGA 1W5WA 4COEA 5P89A 5ENMA 3IXKA 1VIJA 3UQPA 5P7YA 1LYBA 2HM1A 1JLDA 3O9LB 2HC0A 2OAHA 5P62A 1GVTA 1W50A 3QAAA 5P64A 5P73A 2PSVA 5OZKA 5UPJA 5P3UA 5HDVA 2ER6E 2ASIA 1XS7D 3O99A 4GJAA 5P74A 3D20A 5P70A 2AZBA 3R2FA 3TPJA 2XFKA 3OUCA 4TRWA 4XKXA 1GNOA 3UDHA 1FFIC 1LYAA 1YX9A 2ZHRA 3T11A 3NR6A 2JE4A 5P66A 4Y4XA 5P02A 5P4UA 4JPCA 4ZEAA 3OADB 4I0DA 2WF1A 1WBKA 5P5DA 5OYUA 4EQJA 5P3LA 3JVWA 2AZ8A 4Y3DA 1EAGA 5OZSA 5P4VA 4EPJA 4FAFA 4GMIA 4I0FA 2WF2A 4X7IA 3A2OA 2VA5A 1BVEA 2WEAA 2R5QA 2IRZA 1LF2A 3FV3A 3Q4BA 4Y5AA 3EKTA 5JODA 5OZ2A 4Y3YA 5P76A 2ER0E 2FDDA 1TW7A 3T3CA 2QHCA 4JOOA 3TKGA 2VIYA 4Q1YA 4RROA 4IVSA 4J1HA 2HB3A 4K4RA 5P80A 3PMUA 5P7ZA 4Q1WA 1BDLA 5P0JA 4GJDA 5P68A 5OZVA 1N49A 5OZFA 4EXHA 4F76A 4WTUA 1T7JA 4R5NA 1HEGE 1MSNA 5P88A 1M4HA 5P7JA 3OQDA 1D4YA 5BS4A 5OZOA 4OBKA 2VA7A 5OZEA 4DQCA 3JW2A 3OADA 5E5KA 3QRSA 3K5CA 5KAOA 1MEUA 4Y3GA 3PRSA 4KUPA 4F75A 2ZJKA 5P44A 3QVIA 2I1AA 2OHTA 3SACA 1TSUA 1AVFA 5P7PA 3VYDA 5P2GA 5P1RA 3SM2A 3FIVA 1LS5A 5COPA 5P84A 3BVAA 3JVYA 4APRE 5P5EA 3VUCA 1KZKA 5P4OA 3NWQA 3SABA 5P46A 5TOLA 2WF0A 4DQFA 2Q54A 4JP9A 1KJ7A 4Y3LA 4HDBA 5OZJA 2NXLA 1MUIA 3D1YA 4DQBA 2AZ9A 1T7KA 1GNMA 4FRIA 5P5FA 3BHEA 3LIQA 3D1XA 3IXJA 3OQ7A 5P0VA 5P30A 4DJQA 4IVTA 1CMSA 1C6ZA 4L7GA 5P8CA 5OZWA 4RCDA 3UDQA 4Y4UA 3B7VA 5P60A 4B1CA 5F01A 1D4JA 2JJIA 3EMYA 5P6YA 5P1ZA 5P5CA 3RTHA 3KM4A 5P5RA 5P1GA 3CKRA 2HB4A 3QI1A 5P5TA 4Y43A 2PH8A 3LPIA 4F73A 4QJ2A 5P2MA 5T4SA 2NPHA 2PK5A 3DV1A 3PEPA 1SMEA 1K6TA 2F81A 5OZ0A 2R3TA 1K6VA 4OD9B 5P7XA 2ZJLA 3OU4B 3KF0A 3ZKIA 1K2BA 3LINA 5P59A 4DQHA 1Z1HA 3EM4A 5DQ4A 4HVPA 3GI6A 3OK9A 2JJJA 3KDCA 3URJA 3PI0A 1ZSFA 3KDBA 5P45A 4CKUA 5HE4A 2WJOA 5P22A 2ANLA 5EZZA 4H1EA 5P28A 1HSGA 1HSHA 4Q1NA 1KJGA 3EM6A 5P85A 3Q3TA 3WZ6A 5P2EA 5P11A 4HLAA 4NPTA 5P78A 2OHLA 4YD3A 4EXGA 5I3WA 1TZSA 5P2WA 5OZ1A 1BVGA 3LZVA 3KA2A 2AVMA 2O4SA 3L5CA 3GGXA 5OZQA 3L5EA 3EL4A 1MTRA 4OD9A 3WB4A 3OU4A 5P5GA 1NPWA 2ZHVA 3DUYA 1FQ4A 1QBUA 2ZJJA 1IDBA 2AOGA 2AVOA 5P34A 5KQXA 5IE1A 1BIMA 5P4NA 1LYWA 5OZ9A 1SIVA 3G70A 5P3OA 5P19A 4ZPEA 4CPXA 3PBDA 3UDNA 5OYQA 2Q3KA 4J0YA 3FKTA 3R0WA 3OU1B 1SH9A 3AUPA 4XX4A 5P5XA 4Y3RA 1EBYA 1XL2A 1HVRA 4MC1A 1ZTZA 6FIVA 5IVSA 3UDJA 4FRJA 5DQ1A 3K4VC 5B18A 4K4PA 5P1VA 2F80A 5P86A 5P8SA 3DOXA 1TCWA 2G94A 2ZJIA 5OZBA 4LP9A 4Y5NA 3PJ6A 2I4QA 4EHCA 4Y4AA 1MT7A 5P47A 5P7GA 2OHPA 1XN2A 1FEJC 3IAWA 3TH9A 1A9MA 1HOSA 4Y45A 4DFGA 3OXCA 5P8KA 1A8GA 4PPHA 3OU1A 4Y3FA 2AVQA 5P5JA 5HU0A 2EWYA 5P1XA 1HWRA 5P0FA 4Y3QA 2BBBA 2QI6A 5P8PA 2Q63A 2ZJMA 4APEA 3PSUA 2OF0A 1MT9A 5P79A 4R95A 5P48A 4YBFA 4BELA 2FXEA 3PSYA 5P5HA 4JPEA 1AM5A 5P0AA 5P12A 3NU5A 2IGXA 3UQXA 5P14A 4FM7A 5I3VA 5P7OA 4YA8A 2CEMA 3GI5A 4ZLSA 2AVSA 4DH6A 1ZPKA 5P3GA 5P37A 4NJUA 5OZPA 1XL5A 5P24A 5P20A 4Z22A 1HTGA 4A6CA 5P4PA 5HTZA 3EL1A 4I0IA 4R93A 2P3BB 4Y44A 1E5OE 1XE5A 7UPJA 4BFBA 5P7SA 1AXAA 5P2NA 1ZP8A 5AHAA 5P51A 3S8IA 1FMBA 2G20A 3FNTA 3RTMA 2QU2A 3VV8A 4QJAA 2HS2A 5P8DA 1APVE 2Q11A 3L59A 1HVHA 4RLDA 2QI7A 5P1EA 1FGCC 3L3AA 3I2LA 5SZ9A 2F3EA 5P10A 5DQ2A 1WKRA 2G1RA 1KJ4A 5P75A 4J1FA 4DJUA 5P3RA 3LNKA 1SMRA 1M0BA 1G2KA 1FFFC 5P1SA 3UFLA 2IKOA 2VKMA 3Q5HA 5P8HA 3SA6A 4Y57A 1FQ6A 1T6GA 3OUDB 1LF3A 2P3BA 4L7HA 4Y5KA 1K6PA 5DQ5A 5P7IA 3EBZA 4YCTA 4DQGA 4FRSA 3O9FA 1QBSA 2PYNA 1FMUA 1AZ5A 1E80E 5I70A 5P17A 1ZJ7A 1DW6C 5DR1A 5P4LA 3OU3A 3S54A 1UH9A 3T7PA 1FKNA 5P0YA 5P0UA 3VF5A 1HPSA 1MERA 5OYRA 5P04A 1BXOA 5P1BA 3DK1A 1IZDA 4ER2E 2ZHSA 3CIBA 2AOHA 5P87A 5P6KA 2FNSA 3S45A 3QBHA 5P23A 5P18A 5P25A 5P6ZA 2Q64A 5P5NA 2ZHTA 5HDUA 4Y3MA 2QNPA 2V00A 2QAKA 1QBTA 1ZLFA 3UPJA 4FL8A 5P31A 1GVWA 1W5VA 3KYRA 5DQCA 4LHHA 4B70A 3DJKA 3LZYA 1D4LA 2QMPA 1MIQA 3EL9A 3VYFA 3OUDA 4TVHA 5P05A 5J25A 3NUJA 5P57A 3VF7A 5JFPA 5OZGA 4DJVA 1K6CA 5DPZA 2RKFA 4YOBA 3PM4A 5P0IA 5P7EA 5OZAA 5KR2A 5SY2A 4DQEA 4Y5PA 1APWE 3ZPTA 2QD8A 2VIEA 2AVVA 1HVKA 5P0LA 2PYMA 3EXOA 5P1FA 5P5VA 4I12A 3SM1A 3VFBA 3NU6A 4Q1XA 2B8VA 2ER7E 4H3GA 4LC7A 3VYEA 4OBZA 2WECA 5P7TA 5OZUA 4RYGA 4J5JA 5P7DA 3I8WA 1ODXA 4ER1E 1EC3A 1SDTA 3NYGA 5P50A 3QPJA 5ISJA 1RV7A 5P01A 3TLHA 3NU3A 4Y4BA 5AH8A 1W6IA 3OGPA 5CLMA 4ZPGA 3D3TA 3EM3A 2FMBA 4OBJA 5P3XA 3SA9A 2F8GA 5P7FA 2PMAA 5P2YA 1B6JA 3OQFA 5P6VA 3RTNA 1B6PA 5DR0A 5OYYA 2AZCA 3O9HA 5C9BA 5P63A 3BUHA 5OZLA 4UPJA 5P7KA 5AHCA 1BILA 4QJ7A 3TOGA 2WEZA 2O4LA 3QVCA 2UXZA 5P4BA 2J9KA 3TTPA 4DUSA 2RSPA 2V0ZC 5OZMA 3PB5A 4R92A 3SKGA 5P5YA 5P08A 3NXNA 2AOJA 3CYXA 5P4FA 3O9LA 1C6YA 1TQFA 4Y58A 1LV1A 3PBZA 5P0XA 1B6MA 2AODA 2VJ7A 4RVIA 3SQFA 4OBGA 2IDWA 5P6JA 4EJLA 5DR7A 3HBOA 5P03A 1HVCA 4Y3EA 2OHKA 2NR6A 2OHRA 4DI2A 4L6BA 5P69A 3PWMA 4YCYA 1APTE 5P2XA 5P6HA 3I6OA 1ME6A 5P6PA 3PWWA 4LXKA 4U8WA 1PSOE 4GJCA 2FNTA 3O9AA 3NDTA 2VIJA 4Y47A 5P3CA 1F34A 1EPPE 5F00A 2V13A 3HVPA 3DV5A 3KMYA 2ER9E 3ER3E 2FDPA 5P2JA 2G1SA 3SA4A 2PK6A 5P3AA 3SPKA 2QI4A 5KOSA 4Z2ZA 1FQXA 3OOZA 3ZKQA 3PHVA 5OYSA 2JYSA 5P1UA 3S56A 3S85A 4M8XA 3VSWA 5C9DA 3CMSA 3WSJA 4J0TA 1ENTE 4EP3A 2V10C 3Q70A 5P6NA 2BPYA 5IVQA 3VV7A 1W5YA 3QS1A 3O9CA 3T7XA 2ZDZA 4Y48A 4FSEA 1FQ7A 3IVHA 5P8GA 2PWCA 1E82E 4GYEA 4Y51A 2QZLA 2HS1A 5OZ5A 2WHHA 2WKZA 4PZXA 4F74A 3OGQA 5KOQA 3D1ZA 5P6XA 5OZYA 4RZ1A 2NTRA 4HDFA 3FX5A 3BGBA 2QHYA 5CONA 1UH7A 4QJ6A 4Y3SA 5P1PA 3LIZA 5P06A 4Y38A 5P3DA 1LF4A 2HIZA 5SY3A 4MC9A 5HCOA 4GJ7A 5P1IA 2AOEA 4YE3A 4B00A 3TL9A 5OZ6A 4BEKA 5P2RA 3H5BA 2OHUA 5HD0A 5P4WA 1ODWA 3UFNA 5OZ4A 3H0BA 1YG9A 5P6OA 3EKWA 2QU3A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4ER4 E;  5P8F A;  1B6L A;  5P0Q A;  3OUA A;  3RVI A;  3ZMG A;  3VG1 A;  2I0D A;  4J0V A;  3SKF A;  4KE1 A;  5P0N A;  5P6M A;  2FS4 A;  3L5B A;  1EPN E;  3ZPU A;  2QD7 A;  4X2L A;  4Y3P A;  5P3K A;  4NKK A;  3PWR A;  4PYV A;  3QRV A;  3BUG A;  3OXX A;  5P55 A;  4LAP A;  1SDU A;  5P29 A;  2B42 A;  5P4Q A;  3DM6 A;  4FS4 A;  2Q5K A;  4GJ9 A;  1M43 A;  4GJB A;  3PLL A;  4I0E A;  4Y4J A;  4Y4E A;  4Y3J A;  5P5K A;  3O9D A;  3IN4 A;  5P4Y A;  2P3A A;  1W51 A;  2UPJ A;  5KQF A;  3PMY A;  1Z1R A;  1DIF A;  2Z4O A;  4TRZ A;  1SGZ A;  1A8K A;  2I4X A;  1NPA A;  4ZE6 A;  1D4I A;  4FIV A;  3LHG A;  4YD6 A;  2QI0 A;  5P8V A;  1PFZ A;  3NU9 A;  2CEJ A;  2ZJN A;  3S43 B;  1ER8 E;  3ZOV A;  4PHV A;  8HVP A;  2Z54 A;  5DR8 A;  3NWX A;  1FLH A;  2FGV A;  2QI3 A;  5ISK A;  5AGZ A;  5P7B A;  5P5U A;  3OAG A;  1SP5 A;  2F3F A;  5P3E A;  2G27 A;  5OYZ A;  4I0J A;  4PZW A;  2V16 C;  3OXW A;  1MVP A;  2R38 A;  4J1I A;  3VV6 A;  5I3X A;  4RRS A;  5OZ8 A;  5P3I A;  4Z50 A;  4Y4W A;  1NPV A;  5P2V A;  4DJY A;  2QI5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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