3QINA

Crystal structure of hiv-1 rnase h p15 with engineered e. coli loop and pyrimidinol carboxylic acid inhibitor
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
148
structure length
137
Chain Sequence
MYQLEKEPIVGAETFYVDGAANRETKLGKAGYVTNRGRQKVVTLTDTTNQKTELQAIYLALQDSGLEVNIVTDSQYALGIITQWIHNWKVKNVDLVNQIIEQLIKKEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDKLVSAGIRKV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural and Binding Analysis of Pyrimidinol Carboxylic Acid and N-Hydroxy Quinazolinedione HIV-1 RNase H Inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Gag-Pol polyprotein,Ribonuclease HI,Gag-Pol polyprotein
molecule tags Transferase, hydrolase/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1 group m subtype b
total genus 43
structure length 137
sequence length 148
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-01-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3qinA00
1IKYA 4O44A 3HVTA 4M42A 2HMIA 3VN5A 1BCMA 2D0BA 4FK2A 3L8BA 4DS4A 4B9MA 3SUPA 4FJXA 4PY5A 1W0HA 1NOZA 1WSHA 1Y97A 3TAQA 4FLUA 4PUOA 3MEGA 3PUFA 4GVMA 1HNVA 3WNGA 3V6DA 4J2BA 4J2DA 1J53A 3WNFA 3SUQA 2VG6A 5JS2A 4AILC 4CF8A 1GOAA 1VSKA 5K14A 4DU4A 4I9QA 4KPYA 3JYTA 4DTRA 2OYQA 1BQMA 3C94A 4KO0A 5C24A 1GOCA 3NH2A 3CYMA 3OYBA 1TKXA 4E1MA 3C6TA 4R5PA 2P5GA 1QQCA 1RT3A 4F3OA 1WSIA 3MEEA 1C0UA 1UAXA 1L3VA 4M3YA 4B8CA 4CFCA 2P1JA 1ZBLA 4NCGA 1Z26A 3QESA 2F8TA 4AHVA 4UQGA 1DTTA 2YNGA 3DRRA 3VQ4A 3SQ0A 4W5RA 4FZYA 2KFNA 4DLGA 2R7YA 1SKSA 3HK2A 1EETA 1UWBA 3PV8A 1KVBA 2FBTA 1N6QA 1BIZA 3OYMA 1W9HA 1HPZA 1VSMA 3RMAA 1J9AA 3MEDA 3LP1A 1SV5A 1KLNA 4E1NA 3PO4A 2RF2A 2PY5A 1JLQA 1WSJA 3QO9A 3RRGA 2RPIA 1X9SA 3IS9A 3RRHA 1XWLA 4CESA 1S6QA 4I9LA 1NK8A 1KSPA 1HYSA 4YFUA 1LWFA 3QERA 1TV6A 2NUBA 3M8PA 4Y1CA 3VQEA 5KRSA 5CZ1A 3OVNA 2ZD1A 3LALA 2Y1IA 3OYJA 3CQ8A 4FLYA 3K5OA 1LWCA 3M8QA 4CHNA 4J2EA 5SWMA 4FCYA 1U04A 4CFBA 4Q0BA 3L3VA 3ZT3A 3IG1A 1U45A 4F4KA 4H4MA 3KD1E 4FZXC 2Z1JA 4E7HA 3NF9A 4O0IA 1D8YA 3AV9A 3ZSOA 2BGGA 2HHTA 3MXMA 3LP3A 4RW6A 2OZMA 1S1VA 3ZT0A 2XRIA 4DMNA 2G8WA 3KLFA 4DTPA 3AVCA 3DLEA 4DU1A 3NE6A 2G8FA 5KGWA 2YHBA 4O5BA 3ZCMA 4ZHRA 3HM9A 2D0CA 3AVFA 4CHQA 1QSSA 1C0MA 3RR8A 4GMJB 4CHPA 3AVJA 2G8KA 4B08A 1EX4A 3HL8A 4DQSA 1NKBA 2HHQA 3IRXA 4DTXA 1NJWA 2OPRA 4DFJA 1RT1A 4RW9A 1REVA 3QIPA 3S3MA 3V9SA 3V9ZA 3HPOA 4O0JA 1U48A 1Q9XA 4GW6A 1XHZA 3RWUA 1O1WA 4K8ZA 1GOBA 4ZTFA 1NJXA 4OKJA 2HNZA 4EZ9A 3ITHA 2GV9A 2YKMA 4CFAA 4K8XA 1D9FA 2W42A 4FM0A 3VA0A 3U6FA 1JLEA 3VQQA 4CJ3A 4Q5VA 3OJUA 3P83D 1SKRA 2E6LA 1UA1A 4N56A 4KRFA 4OGCA 4H4OA 3ZT1A 4M41A 3PX0A 4CHOA 3NGZA 4AHRA 3LPTA 3TABA 2IOCA 1BI4B 3EZ5A 5HRRA 4N76A 4CHYA 4DSFA 4B3OA 4LSLA 3L2VA 4CEEA 3NAEA 4OLAA 2ITGA 3O3GA 4DSEA 3SI6A 4B9LA 2D5RA 4ELUA 5FRMA 4AHUA 4ZTJA 1JLGA 3DI6A 3OYIA 3OS0A 3DMJA 3V1QA 1T7PA 4DSKA 3MXJA 3AA5X 4NCBA 4DU3A 2DFHA 2VG5A 5J2MA 1SKWA 2Z1IA 1JXBA 4CF9A 3AVKA 2IS3A 1HNIA 3ZSVA 2IC3A 3KKSA 3VQCA 2G8UA 4F2SA 3AO2A 1WSEA 1HQUA 4CJ5A 1ASVA 1S6PA 4LH5A 1KCFA 1VSDA 3QEVA 5J2QA 1WSGA 2FBXA 4FW2A 2KFZA 2Z1GA 3NF7A 1KLMA 4IFYA 4O55A 5KI6A 3SJJA 3T1AA 4CJWA 1L5UA 4FJGA 4J2AA 3O4QA 2RN2A 4FZZA 1NK7A 4M45A 1JLCA 1WN7A 3VQ8A 4E7JA 4KTQA 4FJ8A 3QEWA 2XY7A 4Z4IA 3C95A 5J2NA 1CXQA 4OVLA 4IDKA 3DLHA 3DRSA 4M3XA 3L2WA 4H8KA 3F9KA 1RTHA 3HT3A 3ZSQA 4FLVA 4E3SA 1KTQA 1YT3A 1RBTA 3CG7A 3HPHA 3O3FA 1X9WA 4OLBA 4PQUA 2B5JA 2X6NA 3BDPA 1VSJA 4WE1A 4JRPA 4M3WA 4CECA 2EHGA 1D9DA 4FM2A 4FYDA 3LDSA 4BDZA 1HYVA 4BWJA 1RDBA 4BE0A 2B6AA 4B9SA 4C8KA 1TGOA 1A5XA 1JL2A 1RT2A 1ASWA 3OYHA 1QSYA 4DTOA 3ISNC 3KLHA 4BDPA 1RT6A 4FM1A 3ALYA 1KFSA 1CXUA 1VRUA 4DTNA 4FK4A 4CF0A 4FJMA 3SCXA 1IH7A 3AVAA 4OJRA 1WNSA 5FROA 1LV5A 1SL2A 4ELVA 5JS1A 3V81A 5SZTA 4Z4CA 2FBYA 3K2PA 4KREA 3NGYA 4LSNA 3V1RA 4I7FA 4KTZA 1MU2A 4CEZA 3OS1A 3TAPA 4KAZA 5E41A 1QTMA 4KB1A 5HP1A 3IAYA 3NFAA 4IFVA 1B92A 1KFDA 1TVRA 1Z25A 1RNHA 4KHNA 3F73A 1VSIA 4KI6A 2ZE2A 2QKBA 2VWJA 4NYFA 3OYFA 3AVNA 4OPKA 3I8DA 1BI4A 5T7BA 3I0RA 2HHSA 3ZSXA 3PY8A 4CGJA 4F2RA 3KLEA 2DTUA 1R0AA 4FJ7A 4M3UA 1T8EA 1C0TA 2OPQA 4DSIA 3P5JA 3LWLA 2VG7A 2F8SA 1T03A 4HUFA 4KTWA 3M8RA 3VQ7A 4HTUA 3LAMA 2FBVA 4CK2A 3OS2A 1FXXA 4RW8A 3QETA 3DLBA 1LW2A 4EP4A 3O3HA 4FLXA 4LD0A 3SNNA 2B4JA 2LSNA 3DLGA 3PO5A 4CCHA 4ID5A 4CGIA 4CJSA 4FK0A 1C1CA 3I0SA 2P5OA 4C8MA 1NK4A 1QE1A 2KTQA 1BHLA 3WNEA 1S1WA 4CGFA 3KLGA 1LAWA 3QNNA 3NBPA 2Z1HA 4HCCA 4IKFA 2Q3SA 1RDAA 1A5WA 1VSFA 3ZSRA 2PYLA 3RMBA 3B6PA 3RR7A 1J5OA 3RTVA 2HNYA 3OYKA 1ZBUA 4Y1DA 1JKHA 4CJLA 1NKEA 2PZSA 1DLOA 3G0ZA 1WSFA 1S1UA 3KLIA 2A1RA 3G10A 3L2RA 2IGIA 1KVCA 3NF6A 3CM5A 3KTQA 2HHUA 3RMDA 4CJVA 1ZBHA 5HLFA 1RBVA 5DMRA 3EY1A 2HB5A 3SUOA 3KIOA 3P1GA 5EU7A 1RTJA 1KVAA 2QXFA 1L3TA 4CJKA 3SQ1A 2DFEA 2WOMA 3AO3A 4FJNA 4L8RB 4QOZB 1WLJA 1X1PA 1U49A 4DQPA 1CZBA 1YVUA 1EP4A 2PYJA 3K59A 1C6VA 1NK5A 1XHXA 1IG9A 2X74A 1L3SA 1HJRA 1JLBA 2G8HA 4M3ZA 4ICLA 1RILA 4LH4A 4Z0UA 4DFMA 3LWMA 3OYEA 1VK0A 4N47A 1TAQA 5HBMA 2QKKA 3D45A 4Z4HA 4BE2A 1YTAA 3LP2A 3CFRA 3KK2A 3OYGA 4DFKA 3PX4A 4M3TA 5CYQA 3AA4A 1IO2A 4IG3A 4CJTA 2A1SA 4FJLA 4DF4A 1VSEA 2EX3A 3ZT4A 3NH0A 1RT7A 4AHCA 4CEAA 3ZT2A 4KFBA 4C8LA 3K5LA 1TAUA 4F3TA 3QINA 3KKRA 3VQBA 4FLZA 1FK9A 1XC9A 1S1TA 2OPPA 3L3UA 4E19A 4N5SA 4BDYA 3VQ6A 1YTUA 2DY4A 2XY5A 4Z4GA 4AHTA 2YNIA 2IDOA 4RW4A 5C42A 3CFPA 3QEXA 3K5NA 4KHYA 2OPSA 2ZQBA 3DLRA 1RBSA 4TSXA 4C8NA 4EZ6A 1BCOA 2XY6A 4CJEA 4CK1A 4DTJA 2KZMA 4CEOA 4AHSA 5KGXA 4E7IA 1B9FA 1RCHA 2HVHA 4DTSA 3SPZA 3NH1A 4HCBA 1IKXA 1JXEA 4BACA 3TR8A 2O4GA 3CFOA 4CJ4A 4DTMA 1TK5A 3S9HA 4DF8A 2D0AA 3KD5E 2GBZA 3NHGA 2HHXA 3SQ4A 3RMCA 4B9UA 1RTDA 2P51A 3KJVA 1BQNA 4KKOA 1UA0A 5HRNA 2YV0X 1B9DA 3DYAA 3LPUA 1JL1A 4FLWA 3QEIA 2YNHA 2YHAA 4FJIA 3VQPA 4OPJA 1HRHA 3HSTB 4EP5A 4HUGA 1K6YA 4CJRA 3HYFA 4ID1A 4JRQA 4PA1A 5KRTA 1S5JA 3U3YA 1TKDA 4CJPA 5DK5A 2HHVA 1SL0A 3K5MA 4I2QA 2E4LA 2BDPA 3JSMA 2BE2A 3L2UA 4KV8A 1U47A 3DM2A 2XHBA 4FLTA 1BGXT 1D5AA 1LAVA 3C6UA 2I5JA 3VQAA 4HVJA 4BE1A 3TAGA 4E7KA 4KI4A 2F96A 3LP0A 1TKTA 4OKEA 1N5YA 3DRPA 1RBUA 3SV3A 4DLEA 1U4BA 4DSJA 4CJFA 4FJHA 3LZIA 2Y1JA 2G8IA 1FKOA 2X6SA 3AVBA 3UIQA 3MECA 3OYDA 2WONA 3B6OA 3KK3A 4HUEA 4W5QA 4JS5A 2BANA 2AJQA 1I39A 1IKVA 2HNDA 2RKIA 3THVA 4YNQA 1ITGA 3AA2A 1T05A 2ATQA 4CGHA 2HVIA 4W5NA 4CF2A 1G15A 1J54A 4FJ5A 1ZBFA 4DQRA 3AVMA 2KQ2A 3OYLA 4N41A 5I3UA 4C8OA 3DOLA 5CY4A 3V9UA 1IKWA 2ETJA 1RT4A 4CEQA 1XI1A 1FKPA 4CGGA 1VSLA 1VRTA 3SPYA 1RDDA 4CGDA 5CYMA 4BWMA 4B9NA 1UOCA 3AO5A 2KZZA 1TKZA 1TL1A 4QCLA 4NYNA 4KHSA 3FFIA 4KB0A 4FJJA 3BGRA 3DLKA 3V1OA 5HRSA 3TWHA 3SZ2A 3V9XA 3TAEA 1QSLA 4Z4EA 3PX6A 1NOYA 3NF8A 3WNHA 4KHWA 1BISA 3O4NA 4CIEA 5J1EA 3VA3A 2QK9A 2OZSA 1HQEA 4MFBA 3AVGA 4AH9A 3V4IA 1KRPA 4FVMA 4CJQA 3KK1A 3SV4A 4CIGA 3HP6A 4G1QA 4DTUA 1JLFA 3EYZA 3ZSWA 3AO1A 4I2PA 3LANA 1S9GA 3K58A 3TARA 3VQ5A 1LW0A 4FW1A 5CZ2A 1SL1A 4CEBA 5D3GA 4FXDA 3SUNA 2X78A 1WAJA 3QNOA 2FC0A 2YNFA 4B8AB 2XY8A 2JGUA 1EXQA 4KHUA 4O4GA 4DS5A 1HYZA 3VQDA 2G8VA 1C1BA 1F21A 1TK8A 2GUIA 3K57A 1QS4A 1C1AA 5HRPA 3D0PA 3SQ2A 1L3UA 3A2FA 3S3OA 2KW4A 3T19A 4PWDA 1CZ9A 4M3RA 3QEPA 4DG1A 4IBNA 3OYNA 1LWEA 4CEFA 3L2QA 2IAJA 2DFFA 4E89A 3OY9A 5FDLA 1I3AA 4JS4A 4ELTA 3AA3A 4LY7A 3HPGA 5HROA 4DSLA 4CF1A 5FRNA 4MQ3A 3SYZA 3U3GA 3T3FA 1QHTA 3MXIA 1S9EA 1ZYQA 4CFDA 3NCIA 3QLHA 4KHQA 3DOKA 4CERA 3S3NA 4OGEA 1Q9YA 4DQIA 4FJKA 3NGIA 1RDCA 3V9WA 1SUQA 1RT5A 1S1XA 3TI0A 3TANA 2YKNA 1TK0A 2HHWA 1ZBIA 3ZSYA 4B9VA 3AVHA 4DQQA 1RTIA 3LAKA 1BIUA 3AVIA 1A5VA 4NCAA 4W5TA 1BL3A 1NK9A 1DTQA 4B9TA 1CLQA 1ASUA 3HP9A 4XIUA 5I42A 5KTQA 4RW7A 3HJFA 3CM6A 4DFPA 2XO7A 4F8RA 1TL3A 4W5OA 3ZSZA 4CIFA 3H08A 4E0DA 5C25A 2JLEA 1VSHA 4CK3A 3MAQA 3LZJA 1WAFA 4DWIA 1HMVA 3ASMA 4FJ9A 2VWKA 4RG8A 4CJUA 3E01A 1JLAA 4IG0A 5J2PA 4HHTA 3TAFA 1NK6A 3VQ9A 4Z4FA 3NDKA 4CEDA 1X9MA 3HO1A 3TAMA 4E7LA 1NJYA 4QAGA 1Q8IA 3OYCA 3AO4A 2O4IA 3QIOA 4JLHA 2HW3A 4OKKA 1NK0A 4CHZA 3HXMA 1NJZA 1EKEA 3OYAA 4CE9A 1NKCA 3HVRA 3AVLA 2E6MA 3ULDA 3OJSA 1RBRA 3M8SA 2OA8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CI6A 3HVTA 2NNWA 4FJXA 5EX5A 3SUPA 4PY5A 3TAQA 4FLUA 5JICA 3PUFA 4GVMA 1SS6A 5KPRA 4M7XA 3SUQA 3JYTA 2Q0RA 4LFAK 4KO0A 5C24A 3KHYA 4DHYA 3CYMA 3C6TA 3IUCA 4FWSA 3ATUA 5AZIA 5AJ3K 2P5GA 3VTIA 1L3VA 4B8CA 3JXUA 4NCGA 2Q1NA 4FZYA 1SKSA 4I6MB 2ASPA 1N6QA 3SBGA 4ILGB 3F9MA 4DCHA 3PO4A 2GWKA 2RF2A 2PY5A 4DV6K 3QO9A 4YOWA 3RRGA 3CXCM 3IS9A 4K41A 4C1NK 1S6QA 3FZLA 4JK7A 3D2FB 1TV6A 1KAXA 2QA4N 1RGIA 1TUYA 3OYJA 4J2EA 4CHNA 4WFNL 4FVUA 5SWMA 1U04A 4CFBA 3IG1A 4F4KA 4H4MA 3NMUA 2Z1JA 3CCRN 4BRKA 2KKZA 3ZSOA 2HMPA 1YVNA 4RW6A 2P9UB 3O9TA 3DLEA 4DU1A 2G8FA 3A5OC 5AZJB 2IVPA 5B8HA 3I56N 3KVGA 1XQSC 2D0CA 4CHQA 1QSSA 3RR8A 1K9MO 1ZC6A 4B08A 4DTXA 1RT1A 3O08A 3S3MA 1XNQK 2GELA 3V9SA 5FPMA 3HPOA 3V9ZA 4KH5A 1U48A 1IBKK 3CHWA 2O8CB 3RWUA 1O1WA 4K8ZA 2VGNA 2HNZA 3S41A 3ITHA 3UKUB 4K8XA 4CZJA 2W42A 2Q31A 3VA0A 1SKRA 4Q5VA 2ZJRL 3WXMB 3M1FA 1XMOK 4KRFA 3NGZA 3TABA 3LPTA 1HX1A 3J7YP 1BI4B 4N76A 3CCLN 3CQXA 1VQ4N 3SMSA 1OH8A 3SI6A 2D5RA 2CH5A 4YDUA 4CZIA 4A61A 3OS0A 3V1QA 3I8BA 3MXJA 1NLVA 2DFHA 2VG5A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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