3QINA

Crystal structure of hiv-1 rnase h p15 with engineered e. coli loop and pyrimidinol carboxylic acid inhibitor
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
148
structure length
137
Chain Sequence
MYQLEKEPIVGAETFYVDGAANRETKLGKAGYVTNRGRQKVVTLTDTTNQKTELQAIYLALQDSGLEVNIVTDSQYALGIITQWIHNWKVKNVDLVNQIIEQLIKKEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDKLVSAGIRKV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Gag-Pol polyprotein,Ribonuclease HI,Gag-Pol polyprotein
publication title Structural and Binding Analysis of Pyrimidinol Carboxylic Acid and N-Hydroxy Quinazolinedione HIV-1 RNase H Inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1 group m subtype b
molecule tags Transferase, hydrolase/inhibitor
total genus 43
structure length 137
sequence length 148
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-01-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3qinA00
1TKDA 3ZCMA 4DSIA 3MXIA 4AHTA 4CHZA 4DFPA 2D0BA 4DSKA 1DTQA 3LAMA 4FJ9A 3ZSWA 2RN2A 4CHQA 1TKXA 4J2DA 4KHSA 1RDDA 3V9ZA 4DTJA 5JS1A 1NK5A 1NKBA 4JRPA 5E41A 5KGXA 4FJNA 1U04A 3DOKA 2JGUA 1NOZA 1SUQA 1T05A 3RR8A 1EX4A 1FKPA 1MU2A 5SWMA 3L2WA 4BDYA 1ZBHA 2QK9A 3I0RA 1A5XA 3V9WA 3HPGA 4DMNA 3SPYA 3V9XA 4OKKA 3NHGA 3CM6A 5FDLA 4DSJA 2DY4A 3U6FA 4TSXA 3QIOA 1KCFA 2OPQA 2XO7A 3ZSVA 3P83D 1D8YA 2BGGA 4Q0BA 1X9WA 4OGEA 3PY8A 2HW3A 2IGIA 2E6LA 4ELTA 1IH7A 2PYJA 1QSLA 1S5JA 2RKIA 2Y1IA 4CJKA 3VA0A 1RBSA 3LAKA 3QERA 1Y97A 1NK7A 2FBYA 1RT6A 2XHBA 3AO4A 3AVLA 4MQ3A 4FJHA 2OZSA 1XHXA 3K5LA 4F2RA 3QO9A 4CECA 3NH0A 1YTUA 4E7HA 3KD5E 4LSLA 4OPKA 3OYNA 3AVJA 2A1RA 3MEDA 4CJSA 2YV0X 4CF8A 4JS5A 1TVRA 4H8KA 3S9HA 3AVFA 1U45A 4DSFA 1VRUA 4M41A 1B92A 1HRHA 3ITHA 3AVGA 4OKJA 3VQ7A 4FLYA 1IKWA 1YVUA 4PUOA 1VSMA 2P1JA 3D0PA 3VA3A 4CJEA 4DTXA 2HHSA 2KZZA 4CJ3A 3CM5A 4Z4CA 4B9MA 2A1SA 5C24A 2IC3A 3LP3A 3VQAA 1L3SA 4CGGA 3QNOA 4PQUA 4FJ5A 1BISA 3RMAA 1WSHA 3ZSQA 4FJMA 5SZTA 3BDPA 4K8ZA 1C0TA 2ZQBA 1T7PA 4CJPA 3NGIA 3HJFA 4I9QA 3QEIA 4M3ZA 3KKSA 1HYVA 4O0JA 3NFAA 1WAFA 4W5TA 4C8LA 4FJ7A 5CY4A 1REVA 4CJQA 4CK1A 3QETA 2YNIA 2W42A 3CFRA 1JLGA 4KO0A 4E0DA 4DS5A 3AVKA 1BIZA 2G8IA 3OYBA 1NK8A 4CE9A 2Z1IA 1RILA 3M8SA 3KLFA 4BE1A 1RBUA 4CERA 2RPIA 5HRNA 4ZTFA 4CF0A 5FROA 2QXFA 3AVCA 3DLGA 1VK0A 4IG3A 4UQGA 2OZMA 2HHTA 1A5VA 2X74A 3OYCA 3LP2A 1X9SA 4BE2A 3V9SA 1TK8A 4J2AA 2HVIA 4DFMA 3AVNA 1C1BA 3NF8A 3QESA 2OPSA 3H08A 4AHVA 4HHTA 1HQEA 3B6OA 5K14A 4O44A 2BE2A 3VQEA 4YFUA 4CCHA 1WSGA 4KV8A 3C94A 3ZSRA 1SL2A 4Z4HA 3DLKA 1C1CA 1K6YA 4DTMA 4CJRA 2HMIA 2HVHA 1LAWA 2G8HA 2Z1JA 1X1PA 3HXMA 3KKRA 4B9UA 1HJRA 3WNHA 4CEBA 3SUPA 1VSLA 1QHTA 4BACA 4O5BA 4BDZA 3QEVA 3SZ2A 3RRHA 5D3GA 4IFYA 4PWDA 4N56A 2YKNA 3IRXA 5HRRA 4R5PA 4W5RA 4NCBA 3VQCA 3EY1A 1RT1A 5KRSA 3P1GA 4Z4IA 1TL3A 1S1UA 1RT4A 2YHAA 3KK1A 3EYZA 1GOBA 4FJLA 2HHVA 2FBXA 2DFHA 3RMBA 1KSPA 2OA8A 4QOZB 4KKOA 3HPOA 3A2FA 3NH2A 3SQ0A 1WSFA 1Z26A 4OJRA 3BGRA 3VQ9A 1SKRA 3PO5A 4B3OA 4DTSA 1T8EA 3T3FA 4CESA 2F8TA 4N76A 1O1WA 2IAJA 4B9LA 3JSMA 4DU4A 2IS3A 4CF9A 2D5RA 1R0AA 4KREA 4KTQA 4I2PA 4KRFA 3OVNA 1CZBA 3K57A 1WLJA 1C1AA 5JS2A 4AHUA 3AVMA 1RBVA 1WSJA 2EX3A 4DTRA 4ELUA 1ZBFA 2VG7A 3VQ4A 4KFBA 3RMDA 4DF4A 3HPHA 4LH5A 4CIEA 4N5SA 1GOAA 3B6PA 4BWJA 4DU3A 4DSLA 4KAZA 1J53A 1QSYA 3RRGA 3KK3A 3ZT1A 5C42A 2Z1GA 4DFJA 4CGFA 3KTQA 4FZXC 4CHPA 1L3UA 4J2BA 3LANA 3I8DA 3NAEA 3NF9A 4HUGA 2QKKA 1DTTA 5HRPA 3PV8A 3WNGA 3TAEA 1HPZA 3NF7A 4ICLA 4DQIA 4FK2A 1GOCA 4LD0A 1JLBA 2IDOA 3I0SA 2NUBA 3K5MA 3OYGA 3SQ1A 3OS2A 3AVHA 2YNFA 1NK4A 4E7IA 3OYEA 3OYAA 3O3HA 3L2UA 2XY6A 4GVMA 4E3SA 4NCGA 4QCLA 3HO1A 4E7LA 4DSEA 3MXMA 4RW4A 1WAJA 5HROA 2ETJA 3SUNA 3AVAA 3AV9A 4C8NA 5J2PA 1SL0A 3ASMA 3NCIA 3SCXA 4F3OA 1W9HA 3ZSOA 2JLEA 4ZHRA 1L5UA 3HVRA 2LSNA 3O3GA 3RWUA 4F4KA 1LWEA 4KI4A 2HHWA 1RTIA 3LDSA 1TAUA 3AA4A 4FM2A 3HYFA 5CYMA 1LW2A 2HNZA 4C8MA 4CHOA 3OYFA 4FLVA 3KK2A 3F73A 4LY7A 1XHZA 3QEPA 3LALA 5KRTA 3OJUA 3LWLA 5HRSA 4DLGA 3MXJA 4AHCA 3L8BA 3TARA 2VWJA 1D9FA 1SKSA 4XIUA 1VSEA 1VSJA 2Q3SA 4M3TA 1JLEA 1RT7A 3WNFA 3KJVA 2AJQA 3OS0A 4M3UA 3DLHA 3AA2A 1S6QA 4CJFA 4YNQA 3PX0A 1BI4A 4KTZA 4FLTA 4CEOA 1TL1A 4AILC 1KTQA 1I3AA 1RNHA 5FRMA 2KFZA 3V1OA 3ZSYA 3K5NA 3DRPA 3O3FA 3ZT2A 3OYLA 1SL1A 4FJKA 3U3GA 4EZ9A 3KD1E 2DFFA 1CZ9A 1I39A 4B9SA 1QSSA 1C0UA 1KFDA 4Z4EA 2F8SA 1CLQA 4ID1A 1NK0A 1NJXA 3VQDA 4KHQA 1ZBUA 2B5JA 2OYQA 4C8OA 5C25A 3TAQA 1EETA 2ITGA 1ZBLA 4HCCA 4FJJA 5I42A 4RW7A 2QKBA 1WSEA 3NDKA 2FC0A 3V1RA 1ASUA 4DQSA 1L3VA 3ZT3A 4CEQA 3M8PA 4FJIA 3VQBA 3VQQA 1RTHA 3KIOA 4E1MA 4PY5A 2D0AA 3OYIA 2FBTA 4AHRA 2X6NA 3AA3A 4F2SA 3L2VA 3C6UA 1JLAA 1KVAA 5J2NA 2OPRA 3NF6A 3SV4A 2G8FA 1QTMA 2DFEA 4B9VA 4G1QA 3DM2A 4KHYA 3G10A 4JLHA 3E01A 3V6DA 1LV5A 4I2QA 2BANA 3L2RA 3DYAA 2ZD1A 3V9UA 3S3OA 1XI1A 3P5JA 4RW8A 3TAMA 3TWHA 4FCYA 2HNDA 3SQ4A 2GUIA 1S9GA 2F96A 1EKEA 2GBZA 4W5NA 2EHGA 3DMJA 3ZSZA 1TGOA 1BL3A 1LWCA 1NKCA 3TAGA 2HHQA 1S1WA 3FFIA 3MEEA 3VQPA 2XRIA 3TAPA 1U48A 1KLNA 4FJGA 4DLEA 1IKXA 2IOCA 1D9DA 3DI6A 4KTWA 1RDCA 4QAGA 1S1XA 4IDKA 1VSHA 2HB5A 1C6VA 4DWIA 4IG0A 3OYMA 4FM0A 3TAFA 4FLWA 4ZTJA 1N6QA 4CEFA 1SKWA 2KZMA 1HMVA 3OYJA 4CJTA 1Q8IA 1NJYA 4B08A 3ZSXA 3L3VA 3G0ZA 4IKFA 4CIFA 4DS4A 2KFNA 4DG1A 2YNGA 1YTAA 4M45A 1BIUA 5KGWA 5J2QA 3QEWA 1IKYA 3PX4A 3HK2A 1NK6A 4FZZA 4J2EA 1HYSA 3C6TA 3QIPA 1B9FA 4CGDA 1F21A 3HL8A 4K8XA 4O4GA 4CFAA 4HVJA 1L3TA 4DF8A 3RTVA 2YHBA 4E19A 3THVA 2BDPA 3RR7A 2B6AA 3AVIA 5I3UA 4HCBA 3F9KA 2ZE2A 3T1AA 4Q5VA 1VRTA 4EP5A 4KHUA 4CGHA 1BQMA 4B9TA 1LW0A 3ZT0A 1RT3A 3DRSA 4CFCA 1RTDA 5CZ1A 4OLAA 1VSFA 1NJWA 4FLZA 3OYHA 3AO3A 3JYTA 1JLQA 4GW6A 1S1VA 5DMRA 4B8CA 4MFBA 4KI6A 3VQ5A 3CQ8A 1HNIA 4I9LA 1BCOA 1NJZA 3L3UA 1LWFA 1IO2A 1UOCA 3LP1A 4NYFA 4CJUA 2G8WA 4CIGA 1B9DA 1KRPA 5FRNA 4H4OA 4M3XA 2KTQA 4AHSA 4E1NA 2FBVA 4HUEA 3VQ8A 2X78A 4B8AB 5KTQA 2OPPA 4CJVA 4DTNA 1TAQA 3OYDA 4FJXA 3SJJA 1ZBIA 2R7YA 1RBTA 1VSKA 2Y1JA 1XWLA 1ASWA 4CEDA 3SI6A 1UA1A 1A5WA 1BQNA 4CGJA 4FK0A 2G8VA 1JLFA 1S6PA 3O4NA 4OLBA 4CK3A 3HP9A 4LSNA 1CXUA 2VG5A 4OVLA 1J9AA 3K59A 4FLUA 2RF2A 4CJ5A 3TR8A 3K5OA 4CF2A 3K58A 1FK9A 4M3RA 4FLXA 1T03A 3MAQA 1NKEA 1KVBA 1KFSA 3HVTA 1EXQA 5HBMA 1DLOA 3NGZA 1G15A 1ASVA 2I5JA 3EZ5A 2G8UA 1J5OA 1TV6A 3K2PA 3QLHA 5J2MA 4KHNA 2HHXA 3NE6A 2VWKA 3OJSA 2P5GA 4E7JA 3HSTB 4CEEA 1RTJA 1FKOA 3S3NA 4RW9A 5EU7A 3HM9A 2XY5A 1U4BA 3SYZA 1ITGA 1YT3A 3OYKA 1BHLA 3UIQA 4FYDA 3CYMA 3T19A 1UA0A 1WNSA 2PY5A 4NCAA 3QEXA 1TKTA 4Z0UA 4ID5A 4KHWA 4M42A 2DTUA 1RDBA 3TABA 5T7BA 3PO4A 5CZ2A 1BGXT 4CEAA 5KI6A 4HUFA 4OKEA 1RT5A 4FW1A 1JL2A 4WE1A 4DTUA 1TKZA 5HP1A 3QNNA 4CFBA 3AVBA 3PUFA 4Y1DA 1LAVA 1D5AA 4O55A 4JS4A 4DTOA 4F3TA 1Z25A 2O4IA 4JRQA 1RBRA 2YNHA 4OGCA 1ZYQA 3MECA 3QINA 3NH1A 2PYLA 4Z4FA 4M3YA 4CHYA 3ZT4A 1JXBA 3VQ6A 1TK0A 3O4QA 4FK4A 4CGIA 2PZSA 3IS9A 3NGYA 3LWMA 3KLIA 4RW6A 4B9NA 1WSIA 3V81A 4KPYA 1S1TA 4BE0A 3WNEA 4FW2A 2WONA 2XY8A 4LH4A 3VN5A 3M8QA 3KLHA 4DQRA 1RT2A 1J54A 1VSDA 4BWMA 1U47A 1QE1A 4FM1A 3SQ2A 3S3MA 1X9MA 3AO5A 4Z4GA 3RMCA 4E7KA 2E4LA 4AH9A 3DRRA 4CK2A 3OS1A 4N47A 1CXQA 2P51A 2YKMA 3U3YA 2G8KA 1EP4A 2HNYA 4O0IA 4DQPA 3ALYA 4F8RA 4FJ8A 4C8KA 4IFVA 3TANA 3IAYA 4M3WA 4PA1A 1C0MA 3LZIA 4KB1A 4N41A 3CFPA 2Z1HA 2B4JA 3AO2A 1N5YA 4FZYA 1KVCA 3AO1A 2P5OA 4DFKA 1U49A 4CFDA 4E89A 4CF1A 3M8RA 4GMJB 1JLCA 4RG8A 1JXEA 1HQUA 1FXXA 1SV5A 1W0HA 3CFOA 3KLGA 4ELVA 3D45A 3DOLA 3L2QA 2XY7A 3SNNA 4I7FA 4EP4A 1JL1A 1XC9A 1Q9YA 1IKVA 1WN7A 3IG1A 2KW4A 3ISNC 3V4IA 5J1EA 3AA5X 1BCMA 1IG9A 4H4MA 1VSIA 1QQCA 4CJ4A 3HT3A 4DU1A 3PX6A 1KLMA 3LPUA 2VG6A 4NYNA 3ULDA 4KB0A 4DTPA 1HYZA 4CEZA 3OY9A 5DK5A 3DLEA 2WOMA 2D0CA 4FXDA 1HNVA 3V1QA 3SPZA 1NOYA 3LPTA 4BDPA 2GV9A 1S9EA 4FVMA 3KLEA 4DQQA 1UWBA 1UAXA 2KQ2A 1Q9XA 4L8RB 3SUOA 2HHUA 4EZ6A 3CG7A 3DLRA 3SUQA 4CJLA 3MEGA 2O4GA 4W5OA 2ATQA 4Y1CA 3LZJA 3NBPA 4CHNA 3SV3A 5HLFA 3HP6A 5CYQA 4HTUA 1NK9A 1QS4A 3DLBA 4W5QA 3C95A 4OPJA 1TK5A 1BI4B 3TI0A 1JKHA 1RCHA 2E6MA 3LP0A 4IBNA 4CJWA 1RDAA 2X6SA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DSIA 4KH6A 4CHZA 4DFPA 4PKIA 3LAMA 1NKBA 4JI0K 4IXCA 4BR2A 3DOKA 2V7YA 3QDKA 2JGUA 1NOZA 1T05A 3B8AX 4JI3K 1ZBSA 3I0RA 1RDWX 1GLJO 4O8KA 3SK3A 2YJEA 3SLCA 5AQWA 3SPYA 4OKKA 3NHGA 3CM6A 2DY4A 2QWRA 3U6FA 3QIOA 1KCFA 1JJ2M 2E2OA 4Q0BA 4OGEA 2O8EB 1S5JA 2Y1IA 4CJKA 4LFAK 1HPMA 3VA0A 3QERA 1Y97A 1U2VA 4YOTA 4JHDB 3ATUA 4FJHA 5GIPA 1XHXA 5AZIA 4WFAL 3NH0A 3UE5A 4Y0WA 4CZKA 1NLVA 3VOVA 4CF8A 4DV4K 5GAGP 1OVQA 3AVGA 2YJFA 4OKJA 3VQ7A 1IKWA 1YVUA 3D0PA 4CJEA 4B9MA 2A1SA 5C24A 3LP3A 1VQPN 1VQ9N 2GWKA 1BISA 4BVPA 3E9PA 5SZTA 3BDPA 1NMDA 4BR7A 1C0TA 2ZQBA 1T7PA 4OO1J 5AQYA 3QEIA 3KKSA 1HYVA 3NFAA 4W5TA 4C8LA 4FJ7A 4BC4A 3ZX2A 1VQ6N 3ENOA 1NMNA 1ESVA 1VQKN 1VQLN 3ENBA 2Z1IA 3MMVA 1MA9B 4CF0A 3DLGA 1A5VA 1X9SA 3C6HA 3QESA 3NVKA 1QZ5A 2IIRA 3H08A 4HWIA 4CI6A 4CCHA 3ZSRA 1SL2A 3LL3A 2VCPA 4JD2A 4DTMA 2HVHA 2O8CB 3THYB 1X1PA 3SUPA 2O8BB 1QHTA 4BACA 4BDZA 3SZ2A 3MCAB 5D3GA 3LDNA 1QQMA 4GKJK 4NCBA 3GE1A 3THWB 4Z4IA 5KRSA 4DR1K 4NLCA 4FJLA 2HHVA 3BY5A 2OA8A 4QOZB 3MN6A 3HPOA 3FZFA 3A2FA 3NH2A 2KHOA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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