3QINA

Crystal structure of hiv-1 rnase h p15 with engineered e. coli loop and pyrimidinol carboxylic acid inhibitor
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
148
structure length
137
Chain Sequence
MYQLEKEPIVGAETFYVDGAANRETKLGKAGYVTNRGRQKVVTLTDTTNQKTELQAIYLALQDSGLEVNIVTDSQYALGIITQWIHNWKVKNVDLVNQIIEQLIKKEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDKLVSAGIRKV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural and Binding Analysis of Pyrimidinol Carboxylic Acid and N-Hydroxy Quinazolinedione HIV-1 RNase H Inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Gag-Pol polyprotein,Ribonuclease HI,Gag-Pol polyprotein
source organism Human immunodeficiency virus type 1 group m subtype b
molecule tags Transferase, hydrolase/inhibitor
total genus 43
structure length 137
sequence length 148
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-01-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3qinA00
4W5TA 4RW4A 4CK3A 4LSNA 4FVMA 3AVBA 4CERA 2HMIA 1BI4B 4YFUA 3NH0A 1SKSA 1TKTA 3G0ZA 3V81A 4JS4A 4HCBA 3PX6A 4Q5VA 4QCLA 4DSEA 3QNOA 1DLOA 1VSDA 1RTDA 3KLGA 2P5GA 3MXMA 3ZSRA 3ZSZA 4FM2A 1S1XA 2PY5A 2IOCA 2VG5A 1RT6A 4KHSA 4CIFA 4B9MA 3VQDA 5I42A 4N5SA 4DU1A 2DY4A 2DFHA 2NUBA 3VQBA 4N56A 2O4GA 2D0CA 4CHQA 3QETA 1JXEA 3RMAA 3JYTA 1IKWA 4BE0A 3HP6A 2HNZA 4KI6A 4CGIA 5FRNA 3SCXA 5HRRA 4KRFA 4CJQA 3DLRA 1U48A 3MECA 3ASMA 2HNDA 4AH9A 1HJRA 1R0AA 2F96A 3KK1A 2XY6A 3MXIA 3KLHA 4O55A 3OYGA 3WNHA 1T8EA 3HJFA 3AVLA 3PX4A 1WAJA 4OKJA 2YHAA 2GBZA 4E0DA 3AVCA 4CHZA 5HLFA 4FJ7A 3QESA 1DTQA 1SUQA 1F21A 3TARA 2X6NA 1C0MA 2B4JA 2OPRA 5SZTA 1HNIA 3U6FA 3VA0A 2HHQA 2AJQA 4CJRA 2LSNA 4OKKA 2D0AA 1UA1A 3TWHA 1KSPA 5EU7A 3NF8A 1WLJA 1NJWA 2RKIA 1BCOA 2YNFA 4DTUA 4CEEA 1HYSA 4FK2A 3LPTA 1IG9A 5CYMA 4LY7A 4CJEA 2HHWA 4DG1A 3BGRA 4E89A 3LWLA 3RMBA 4FJ8A 4CFAA 1UAXA 2KFNA 4CJ3A 3NAEA 4CJKA 1KCFA 3PUFA 1B9DA 2QKKA 4DQPA 1JLCA 4DFKA 2OPQA 4W5RA 3ZSQA 4HUGA 2VG7A 3AVNA 1CXUA 3LANA 4KKOA 4CJ4A 3SUNA 2KW4A 5DK5A 1WNSA 4AHRA 3P5JA 1IKVA 3ZT0A 1HYZA 3O3GA 4BDZA 2G8KA 3TAPA 3AA3A 2EX3A 4OPJA 3DLBA 1Z26A 1HQEA 2FBTA 3NFAA 4I9LA 1RTJA 3OYDA 3HSTB 4JS5A 2G8VA 4IKFA 1BIZA 3L8BA 4FJMA 4LH5A 4M3WA 2JLEA 3LZJA 1WSHA 1UA0A 3SI6A 3IAYA 1D8YA 3HPOA 3T19A 4W5NA 3M8PA 2G8FA 2B5JA 3O3HA 3ZCMA 4FYDA 2EHGA 1RT4A 2XY8A 4O4GA 5SWMA 1RDCA 1RDDA 1RT7A 3EYZA 5K14A 4CF8A 4FLVA 1QS4A 3E01A 4CFCA 4IG0A 2KTQA 1A5XA 1RILA 3D0PA 4Z4CA 4CJ5A 4DLGA 3DLHA 4IBNA 4EP5A 2IC3A 4J2AA 5J2PA 4RW8A 3OS2A 4PWDA 4KB1A 3MEGA 1CLQA 2OA8A 5JS2A 3EY1A 1YT3A 2FBYA 2RN2A 3NF9A 3V9SA 4E7JA 1KVCA 1U49A 5DMRA 1VSJA 4CHYA 3QNNA 2Z1JA 4FLXA 2B6AA 4KTZA 4FXDA 4LD0A 1NK4A 1ITGA 4CGHA 1KTQA 2KQ2A 1W0HA 3V1OA 4CHPA 1XC9A 4KHQA 1WSIA 4CJLA 2VWJA 3HVRA 3ULDA 1FKPA 4CEBA 4DTMA 2HHXA 3CG7A 1LW2A 1S6QA 3OYKA 1BI4A 3PY8A 1ASUA 1RBTA 3HL8A 4O0JA 3AVAA 4CF0A 4ICLA 4CE9A 1SKWA 1T05A 4B8AB 2ZQBA 2GV9A 5J1EA 4DTSA 3RMDA 1JLFA 3SPYA 2I5JA 4CIEA 3C6TA 5CZ1A 3S3OA 3QERA 3V9UA 3U3YA 3RWUA 3LAMA 3F9KA 1SV5A 3ISNC 2FBVA 3OYAA 5I3UA 2VWKA 3G10A 4FW2A 2XHBA 1RT1A 4GMJB 4RW7A 1ZBUA 4CCHA 4CF1A 1B92A 3QINA 3TABA 2D5RA 3LDSA 5HBMA 4EZ6A 2YNHA 3A2FA 3NF6A 4DF4A 2YKMA 2E6LA 3TAQA 1ZYQA 4FJXA 3AVGA 2PYJA 1S9EA 1EETA 1TVRA 5HRPA 3QEXA 1U47A 3RRGA 3TAFA 4B9VA 1NK0A 3DLGA 1KLNA 4KI4A 2VG6A 3V6DA 1D5AA 3LAKA 3PX0A 2YNGA 3TAEA 4CHNA 3CYMA 4DSKA 1EX4A 4DTXA 3DRSA 3VQ7A 3CFRA 4CIGA 4CF9A 3JSMA 4EZ9A 1Q9YA 4DU4A 4CJVA 4DU3A 3KD5E 1U45A 1NKCA 1GOBA 2KFZA 2E6MA 1S1WA 1RDAA 4OVLA 5CY4A 3ZSXA 5KRTA 3MEEA 3VQQA 1DTTA 2FC0A 4NYNA 5FRMA 2P51A 1JXBA 2ATQA 2OYQA 2E4LA 1TKXA 4DTPA 2WOMA 5C24A 1BGXT 4IFVA 1G15A 2IS3A 5HRSA 1JKHA 1WSFA 3MAQA 2JGUA 3SV3A 1QQCA 1TV6A 3UIQA 3OJUA 2IDOA 4RW6A 3ZT3A 1T03A 4L8RB 3HT3A 4CEZA 1WN7A 1LAVA 2FBXA 4HTUA 1JLQA 4OGEA 1WSGA 3HPHA 1CZ9A 3CFPA 1XWLA 1NOYA 3C94A 4M45A 1BQMA 3NGIA 4DFMA 2F8SA 4CESA 4CF2A 3M8SA 3SZ2A 1SL1A 2RF2A 3DOKA 3ZT2A 4F2SA 4DS4A 5C25A 4CGFA 4FK4A 5FROA 1RT5A 1ZBLA 2YV0X 4DTJA 5CYQA 4ZHRA 1TK8A 5CZ2A 1X9WA 4DSFA 4CGDA 3TI0A 3O4QA 4H8KA 3K57A 4F3TA 1BHLA 3CQ8A 1RBUA 1ASVA 4KHYA 3NH1A 2RPIA 2HVIA 1RT2A 3AO1A 3C95A 1VSIA 2X74A 3OYLA 1VSKA 4CJTA 4HUEA 3AO2A 3QEIA 4EP4A 4JRPA 2GUIA 4PA1A 3SQ4A 2BGGA 3IS9A 1VRUA 4I2QA 3K5NA 5KGWA 3RMCA 4M3YA 2G8WA 1GOAA 1UWBA 3IG1A 5C42A 4W5QA 1TL3A 4E7HA 4FLYA 1D9FA 1NK7A 3NHGA 2XO7A 3TANA 3OS0A 1C1AA 1I3AA 1LWCA 1RBSA 4AHSA 3QIOA 3SYZA 1Y97A 3TR8A 4CJFA 1S1VA 3L2RA 4E7LA 4KHNA 3KD1E 1C0UA 3DYAA 3KKSA 3NBPA 4PUOA 4CJWA 3B6OA 4CEFA 1MU2A 3QEPA 3FFIA 2QKBA 4Y1CA 4E7IA 4J2BA 4ZTFA 4DMNA 4KREA 1LWEA 1LW0A 1CZBA 2XY7A 4C8MA 4KPYA 4C8OA 4OLAA 1S5JA 4NCBA 3SV4A 4I7FA 1K6YA 3K59A 2IGIA 4GW6A 4CJUA 4KHUA 3CFOA 1S9GA 1RT3A 3F73A 3K58A 3AVIA 1C1BA 4B9TA 2BANA 1RNHA 3VA3A 4FJGA 3KKRA 4AHCA 3AVHA 5KRSA 3V9XA 1X9SA 4OGCA 4FM1A 3L2QA 4FW1A 4JRQA 5J2NA 1X1PA 1KVAA 5KTQA 3HPGA 4I9QA 4TSXA 1LWFA 3P1GA 4CEDA 1NJZA 4K8XA 1J5OA 3SUOA 2P1JA 3ZT1A 4CFDA 3OYIA 3QEWA 4KV8A 1JL2A 1JLAA 4BDYA 1NJYA 2ZE2A 1J53A 4M3ZA 4M3XA 2F8TA 2YKNA 3QIPA 5KI6A 4DQSA 4FLWA 4CECA 4B9NA 3D45A 3OJSA 1IH7A 3DRPA 3ZSVA 4CGJA 4CJSA 1J9AA 3OYBA 4FZYA 1REVA 4CFBA 3OYMA 4F3OA 3LP0A 1QE1A 4B9UA 3KJVA 3LPUA 3NF7A 1VK0A 4DS5A 3OYNA 4E3SA 3C6UA 1Q8IA 2G8UA 1ZBIA 2DFEA 1VRTA 3LP2A 1J54A 3MXJA 4NYFA 1RCHA 1XHXA 2XRIA 2ZD1A 3DMJA 4FZXC 3IRXA 1WAFA 3VN5A 3S9HA 1I39A 1NJXA 4M3TA 3HP9A 1NOZA 3VQ5A 3QEVA 1HQUA 4BACA 4IFYA 3VQAA 1NK9A 1T7PA 4FZZA 4CK1A 5T7BA 4M3RA 2X6SA 1NKBA 3LWMA 1BQNA 4KFBA 3L3UA 1VSEA 2HB5A 4IDKA 2OZMA 2P5OA 1ZBFA 4F8RA 4B8CA 2X78A 4DTOA 1JLEA 4FJNA 2KZZA 4PY5A 3LZIA 3HK2A 2DFFA 2IAJA 1KRPA 4BDPA 4B3OA 1B9FA 3O4NA 4KTWA 1FK9A 1IKXA 3L2WA 4F2RA 1YTAA 3K5OA 2YNIA 1HRHA 3V1RA 3QO9A 4HVJA 4DWIA 1RBVA 3OVNA 3U3GA 1A5WA 4DSLA 4QOZB 4B9SA 4E1NA 3WNGA 2KZMA 3M8RA 3SQ2A 3K2PA 4LSLA 3AV9A 4N41A 3NGZA 4Z4IA 3KIOA 3DLEA 3DM2A 4HUFA 1A5VA 4OPKA 4F4KA 4FJJA 1KFDA 4ID5A 2ETJA 4CEAA 3OYHA 4K8ZA 4DQIA 5HP1A 4M42A 1CXQA 2HHUA 1TL1A 1VSFA 3L2VA 1KFSA 1QHTA 1YVUA 3V1QA 4ZTJA 2XY5A 4NCAA 1VSLA 2Z1IA 2ITGA 3NGYA 4RW9A 3RR7A 5D3GA 4FJHA 4Z4FA 4DF8A 3S3NA 4DSJA 4DFJA 4FJ9A 4FJLA 4ELVA 3ZSWA 1Z25A 3NDKA 4AILC 1HYVA 1QTMA 4O5BA 3HO1A 4FM0A 3NE6A 3S3MA 1GOCA 1L3VA 1IO2A 4AHUA 3DOLA 3OS1A 1QSSA 1QSLA 1BISA 1ASWA 1NK8A 3CM5A 2HNYA 5FDLA 3SUPA 1JL1A 4HCCA 3H08A 2BDPA 3SPZA 2DTUA 4Q0BA 1TKDA 2PZSA 4UQGA 4FLZA 1EXQA 2A1RA 2PYLA 4E19A 2BE2A 3AVMA 3NH2A 4YNQA 3OYEA 1JLBA 3V9ZA 3SQ0A 1TAQA 4NCGA 3VQCA 4CHOA 4DQRA 3L2UA 2OPPA 3SJJA 1UOCA 4WE1A 3V9WA 4DQQA 3HYFA 1HMVA 3ZSYA 3KTQA 1WSEA 3KK2A 1TK0A 4J2DA 4DTNA 3KLIA 3I8DA 3SQ1A 3T1AA 1X9MA 3I0RA 1NK5A 4FCYA 3SNNA 4B08A 3K5LA 4C8KA 1HPZA 1FXXA 1BL3A 3LP1A 4RG8A 4KB0A 3SUQA 3LALA 1L3TA 4QAGA 3AVKA 4DLEA 4FJIA 3AA5X 1TK5A 4CEQA 3HXMA 3VQEA 1NKEA 2HVHA 3AVJA 3TAGA 4KAZA 4Z4HA 4OKEA 2QXFA 3AO5A 4I2PA 4GVMA 1O1WA 3RR8A 4DTRA 4PQUA 3OYFA 1TGOA 4R5PA 2HW3A 3PO5A 1QSYA 1VSHA 3AVFA 4LH4A 4Z4GA 4Z0UA 4G1QA 4Z4EA 5E41A 4O44A 2OPSA 1ZBHA 4ID1A 4N76A 2QK9A 1W9HA 2Y1JA 1EKEA 5HROA 1BCMA 4MQ3A 3OYCA 1RBRA 4FLTA 1LAWA 1L3SA 1RDBA 2Z1HA 1SL0A 4JLHA 1YTUA 1WSJA 4CK2A 5J2MA 1D9DA 1IKYA 3WNEA 2OZSA 1RTHA 1FKOA 3KK3A 4KTQA 2O4IA 1TAUA 4H4MA 1U4BA 4N47A 3ALYA 1XI1A 3KLFA 2Y1IA 4DSIA 4ELUA 1SKRA 3ITHA 3VQ4A 1C6VA 4AHTA 4J2EA 4KHWA 3NCIA 3M8QA 1LV5A 4FLUA 4FK0A 1C0TA 4MFBA 3PO4A 1RTIA 3I0SA 3V4IA 4E7KA 3O3FA 3B6PA 4BWMA 4BE1A 4M3UA 4KO0A 1EP4A 3VQPA 3MEDA 4FJ5A 4CGGA 3HM9A 5KGXA 1S1UA 3K5MA 3DI6A 5J2QA 1JLGA 2WONA 3WNFA 4O0IA 4AHVA 4E1MA 3ZSOA 4OJRA 3RRHA 4C8NA 3BDPA 2HHSA 2Q3SA 4DFPA 4H4OA 3HVTA 1N5YA 3ZT4A 1KLMA 3EZ5A 2G8HA 2HHVA 3AO3A 1S1TA 4BWJA 3CM6A 4CEOA 4FJKA 5JS1A 1XHZA 1Q9XA 1C1CA 4C8LA 4ELTA 4XIUA 3VQ8A 3VQ6A 3OYJA 2Z1GA 1S6PA 3DRRA 3LP3A 4B9LA 2G8IA 4BE2A 3TAMA 4CJPA 2D0BA 4M41A 3AA4A 3T3FA 4W5OA 2A1SA 1HNVA 4Y1DA 1L5UA 3QLHA 2HHTA 3PV8A 2YHBA 5HRNA 2R7YA 3P83D 3THVA 1N6QA 4OLBA 1L3UA 3L3VA 1NK6A 3VQ9A 3DLKA 4HHTA 1KVBA 1TKZA 1VSMA 3KLEA 1SL2A 1U04A 1BIUA 3AO4A 4IG3A 3OY9A 2W42A 3RTVA 3AA2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4W5TA 4RW4A 3O5BA 2VGNA 4K42A 1SKSA 1TKTA 3V81A 3IFRA 3EKSA 4DSEA 3A0IX 3KLGA 2CGLA 3BZCA 1T44A 3ZSZA 4FM2A 1S1XA 2PY5A 4KHSA 1RT6A 2NUBA 1NGDA 2O4GA 2D0CA 3RMAA 4BE0A 2HNZA 4CGIA 5AQUA 3SCXA 3BUZB 1HNWK 3QMLA 2QWRA 2FXUA 5F1XA 1HJRA 3CCMN 2F96A 3KK1A 1T8EA 1WAJA 2W40A 4FJ7A 1DTQA 1SUQA 3DXMB 1F21A 1G99A 5C15A 1HNIA 2D1KA 3A5NC 5F2RA 4FWSA 5BN8A 3FFKB 1HX1A 3LPTA 3E9PA 1Q7YO 2KFNA 3WXJA 1NJIO 1B9DA 5GINA 1XNRK 2OPQA 3J80O 4IXCA 2KW4A 3BF3A 1WNSA 5DK5A 3P5JA 1IKVA 2IVPA 1HYZA 3O3GA 2FBTA 3D2EB 4U67L 5AR0A 1RTJA 2DTUA 3Q7CA 4LH5A 1UA0A 4J8FA 3HPOA 2A3ZA 3T1YK 1RT4A 3GE1A 1RT7A 3EYZA 3H3NO 4CFCA 1HLUA 1X3MA 4IOAL 2ASOA 3D0PA 5C12A 3L4QA 5AQJA 4EP5A 2NNWA 2IC3A 4DV1K 3CMEN 3SJHA 1K8KB 4KB1A 2E2PA 4E7JA 1U49A 4CHYA 1QQMA 2Z1JA 4CZKA 2B6AA 4LD0A 1KTQA 2KQ2A 1XC9A 2O8EB 4CHPA 2FLOA 4CJLA 3HVRA 3ULDA 5M1PA 1DT9A 4DTMA 4JI6K 2F4VK 1LW2A 3QFUA 4X66K 3PY8A 4CE9A 3PSFA 3AVAA 4M63C 1TUUA 4QS7A 5I9EB 4DTSA 3ZLJA 2FSNA 4XH5A 4LFBK 3V9UA 3OYAA 4H5NA 3AGRA 4RW7A 4CF1A 3QINA 5HBMA 4EZ6A 2YNHA 1ZYQA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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