3QINA

Crystal structure of hiv-1 rnase h p15 with engineered e. coli loop and pyrimidinol carboxylic acid inhibitor
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
148
structure length
137
Chain Sequence
MYQLEKEPIVGAETFYVDGAANRETKLGKAGYVTNRGRQKVVTLTDTTNQKTELQAIYLALQDSGLEVNIVTDSQYALGIITQWIHNWKVKNVDLVNQIIEQLIKKEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDKLVSAGIRKV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase, hydrolase/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1 group m subtype b
publication title Structural and Binding Analysis of Pyrimidinol Carboxylic Acid and N-Hydroxy Quinazolinedione HIV-1 RNase H Inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Gag-Pol polyprotein,Ribonuclease HI,Gag-Pol polyprotein
total genus 43
structure length 137
sequence length 148
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-01-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3qinA00
1RCHA 1RDBA 3LZIA 4DSFA 1IKVA 1KLNA 3NF6A 4FZZA 1RBUA 4KHYA 3AA5X 1SUQA 5CZ1A 3QEIA 3OS2A 2DFHA 4AHUA 4CF8A 2HB5A 3TAGA 1C6VA 4KHQA 2DFEA 4YFUA 1BCOA 1DTQA 5CYQA 1HQUA 1S9EA 2DY4A 4NCAA 4FLUA 4O55A 1TGOA 4FVMA 2PY5A 1WAJA 4O5BA 3ZSOA 4E7HA 3SUQA 5JS1A 3HVRA 1ASWA 1NK7A 1XWLA 3NE6A 3DLBA 4M3UA 4CJ5A 3QESA 3NBPA 3ALYA 4KO0A 4DTOA 4W5TA 2KTQA 2E6MA 4W5OA 4JRPA 4CJFA 1RNHA 3SI6A 3AVNA 2HHWA 3V9XA 4DSEA 1R0AA 1X1PA 1TK5A 3ZSZA 4UQGA 4O44A 4DQRA 2G8WA 4J2DA 4KTWA 4IBNA 4ZHRA 3HPOA 4HTUA 3HVTA 1NJZA 3ZT4A 3IAYA 2YHAA 1GOBA 2VG5A 1J9AA 3C6TA 3F9KA 3E01A 1QSYA 1HPZA 4G1QA 5DMRA 4BACA 3SUNA 4CIEA 4HCBA 1FKPA 2OYQA 4KREA 2A1RA 1W9HA 4KI6A 3C95A 1RT7A 1B9DA 1RBSA 1YT3A 1WLJA 1JL1A 3WNGA 5HRNA 5JS2A 3V81A 3HL8A 3V1RA 2OA8A 4FJ9A 4BDZA 4CHQA 3A2FA 3SNNA 3LPUA 3B6OA 4OKJA 1SKWA 3HPGA 4AHTA 4M45A 3EZ5A 4BE0A 1KSPA 3OYGA 1BIUA 1BL3A 3TWHA 3S3MA 1VSMA 3SUOA 1D8YA 2PYJA 1ZBIA 3VQEA 3ZT1A 3OJSA 3KLEA 4I9QA 3MXIA 1TKDA 2ZD1A 1L3TA 4RW7A 4EP5A 3I0RA 2X6NA 3S9HA 4ZTFA 4ELUA 3LANA 4DTXA 3VA3A 3SJJA 4PUOA 1GOAA 5FRMA 4CJWA 4CEFA 3HM9A 4CGIA 2ZE2A 3V9ZA 1S5JA 1L3VA 1BI4A 2Q3SA 3JYTA 4PY5A 3M8PA 3P5JA 4AHSA 2G8HA 4R5PA 5SZTA 3TANA 2P51A 2KFZA 3DLHA 2IGIA 4C8NA 4OJRA 1U49A 4Y1CA 3EYZA 4CJVA 4B8CA 2BANA 3V9SA 3ISNC 4C8LA 4K8ZA 5E41A 2X74A 4HCCA 4F8RA 3KK3A 1LWFA 4PQUA 4M3YA 3HP6A 3SQ2A 1QE1A 3CFOA 4NYFA 5KRTA 4FLTA 4LSLA 4CJEA 4DF8A 4CHOA 1NK8A 1VSEA 4CJ4A 4CF2A 3L2WA 3NF8A 3ASMA 3AVAA 4KI4A 2YKMA 3VQ7A 3PUFA 4DTJA 3RMCA 5HROA 3NH0A 3RMDA 4N5SA 3IRXA 1JLEA 4DQSA 1UA1A 4FJJA 1RBVA 4CK2A 4CK3A 4I2QA 4CHNA 3OYMA 1VRUA 3WNFA 1HRHA 2WONA 4DLEA 1SL0A 1NK5A 4DTNA 3OY9A 1JL2A 3PX0A 4B9UA 1TKXA 1RDAA 4JLHA 5HBMA 4F4KA 3HK2A 5FDLA 1S9GA 4AHRA 2G8UA 3KK1A 1JXBA 1WSFA 4E7JA 3AVMA 3C94A 1KVAA 3V1QA 2D0AA 4CJLA 2BDPA 4HHTA 2WOMA 3CM5A 4Z4FA 1VSDA 3LP1A 1U47A 3AO2A 3DOLA 1SL1A 1BHLA 1CZ9A 1BISA 2YHBA 3NHGA 1NJWA 1NK0A 1UA0A 4C8KA 3KD1E 1TL1A 4CGHA 4OPKA 3SYZA 1YTUA 1JLQA 4FLYA 3DLRA 1S6PA 3AV9A 1Z26A 3RTVA 3QETA 3NF9A 5HRRA 3HYFA 2FBYA 2RN2A 4RW6A 3QO9A 4CGFA 1VSFA 3OYKA 1JLAA 1T05A 3TABA 4FK0A 4PA1A 1NK9A 4OKEA 1NK4A 1HQEA 2E6LA 3KTQA 3O3GA 4KAZA 5SWMA 3THVA 1FK9A 1WSGA 4BDYA 2HHQA 5C42A 4JRQA 4FJMA 4B9NA 4FZYA 3ZT2A 3L3UA 4C8OA 4FLZA 3MECA 4EP4A 3NDKA 2OZSA 1IO2A 4AHVA 3I8DA 3LWLA 4DFMA 1RDDA 1VSKA 2IOCA 2HMIA 4CHPA 4CIFA 1FKOA 3VQBA 2PZSA 2HHVA 3VQQA 3OJUA 3KKRA 2I5JA 3VA0A 2F96A 2RKIA 4CEEA 3QERA 1UAXA 3VQCA 1RT1A 3C6UA 3LAKA 3SQ1A 4O0JA 1Q9YA 1JXEA 1CZBA 3SV4A 5CZ2A 4DTUA 2HHTA 1KFDA 4H4OA 1QSSA 1VRTA 4FJ7A 3CQ8A 1BI4B 1NKCA 4BDPA 3ZSYA 3L3VA 3CYMA 1JKHA 4Z4HA 4DMNA 4DSKA 4N41A 4N47A 1XI1A 3QNNA 1B92A 1EKEA 2GV9A 4CIGA 2E4LA 4BE1A 1VSLA 2KZMA 2IAJA 4HUEA 3V1OA 4RW4A 1LV5A 3V6DA 4DSIA 3LPTA 5K14A 4N56A 1VSHA 3DLEA 3VQ5A 1ITGA 3JSMA 1NJYA 1TL3A 1D9FA 4DWIA 4Z4EA 4KFBA 4FXDA 4W5RA 3OYBA 1L3UA 3K2PA 4FCYA 4QOZB 2LSNA 1X9WA 3L2UA 2YNIA 5HRSA 1Q9XA 4W5NA 2KFNA 4CERA 5T7BA 4IKFA 4ID5A 3TAFA 3SPYA 1F21A 4GMJB 3ZT3A 3RMBA 1XC9A 1RT6A 4DU1A 3ZSQA 3V4IA 4KHUA 4BWJA 1TAUA 2YV0X 3DRSA 2XY6A 4KRFA 2OPSA 1C0UA 3K57A 5DK5A 1UWBA 4DFJA 5KRSA 3K5NA 4FJHA 3DLKA 1RTDA 4CJSA 3TARA 1KVCA 3KKSA 2RPIA 2HNYA 3CFRA 2KW4A 3P1GA 1BQNA 3AVGA 3MAQA 1NJXA 4Z0UA 1G15A 1LWEA 2XHBA 3KJVA 2DFFA 4JS4A 3UIQA 4M3XA 3MEGA 3K5MA 2KZZA 4E7LA 1VSIA 1N6QA 1X9SA 2B5JA 1K6YA 3AO5A 2GUIA 3ZSWA 2Z1IA 2FBVA 3HJFA 1C1BA 2HVHA 1QHTA 4CECA 3L2QA 3L2VA 4AILC 1U4BA 4F3OA 1D5AA 1S1VA 4M3WA 1XHXA 1J53A 5HLFA 1KCFA 3DOKA 3AVHA 3QEVA 2B4JA 1SV5A 4FJLA 3WNEA 1T7PA 3RR7A 1LAVA 3WNHA 3QIOA 3TAPA 3ULDA 3VQPA 3TR8A 3KLHA 3OYFA 3HXMA 4DS4A 3KIOA 2BGGA 4E0DA 4LSNA 4B9TA 3KLFA 4MQ3A 4CEBA 3M8QA 3PX6A 4FW1A 1RBTA 2FBXA 4H4MA 4CGDA 4B9MA 4E1NA 2JLEA 1BIZA 2D0BA 3QEXA 1RT3A 2P5GA 2HHXA 3NF7A 3PV8A 1SL2A 1TKTA 1VK0A 3CG7A 3HSTB 3QNOA 4DFPA 3NH1A 4M3TA 4OLBA 1IH7A 4F2RA 4CHYA 4I9LA 1S1UA 3VQ9A 1KTQA 4CGGA 4CGJA 4CEZA 4HVJA 3H08A 3KLGA 4EZ6A 1REVA 3AO1A 3QLHA 4E1MA 4E89A 2VWKA 3OYNA 3DLGA 4LY7A 2QXFA 4OGEA 4DTMA 4DF4A 1CXUA 4DG1A 4FZXC 1HYVA 2YNFA 4BWMA 1T03A 3ZSVA 5KI6A 4FM1A 3AVCA 4K8XA 5EU7A 1U45A 1S1XA 4CJ3A 5I3UA 4KTQA 4CJTA 2P5OA 3KLIA 1WSJA 4E3SA 4F3TA 2ETJA 4DQIA 2QK9A 3V9UA 2HNDA 3AVIA 2QKBA 2F8SA 4M42A 3HO1A 1NOZA 3NCIA 3VQ8A 3DRPA 2KQ2A 3AA2A 4B3OA 4J2AA 3OYJA 2X6SA 1MU2A 2OZMA 2YNHA 3QIPA 2A1SA 4CFBA 3OYDA 4N76A 3OVNA 3AO3A 2OPRA 4NCGA 4C8MA 1ASUA 1WNSA 4FJ5A 2ZQBA 1VSJA 3LZJA 3NH2A 3SCXA 4ID1A 1N5YA 2GBZA 1EX4A 2Z1JA 4E19A 2VWJA 1HMVA 5HP1A 4OLAA 3MXMA 3K58A 4FJIA 1HNIA 2XO7A 4CFAA 2XRIA 3SV3A 3KK2A 4CJPA 4DTPA 4CEDA 2PYLA 2JGUA 1J54A 3IG1A 4H8KA 1FXXA 3OS1A 3L2RA 1X9MA 4GW6A 2G8FA 1ZBUA 1TKZA 4Y1DA 5KTQA 1YTAA 2ITGA 3MEEA 4KTZA 4DQQA 4OPJA 4DFKA 4FJXA 2DTUA 1RTJA 4OVLA 4CESA 4Z4GA 1EXQA 3NGZA 3OYCA 3L8BA 1O1WA 4RW9A 4E7KA 1U04A 3D0PA 4DU4A 3S3OA 4FJ8A 4JS5A 2OPQA 3ZCMA 3T19A 3AO4A 2O4GA 1IKXA 1T8EA 3M8SA 3TAEA 4DSJA 4KHSA 3B6PA 3RWUA 1S1TA 2FC0A 5CYMA 1C0MA 3NGIA 3DI6A 3SUPA 4YNQA 3TAQA 4B9SA 4LD0A 5KGXA 4O0IA 3RMAA 1JLFA 1RILA 1WSIA 3IS9A 4IG0A 4IDKA 4KV8A 3O4NA 1KFSA 3RRGA 2NUBA 1ZBHA 4BE2A 4FLWA 3ITHA 4B08A 1TAQA 1A5VA 4OGCA 1A5XA 2FBTA 3LALA 4IFYA 4FM0A 4FM2A 3PX4A 4RG8A 1C0TA 1DLOA 3SQ0A 2G8KA 2R7YA 3VQAA 3LAMA 2RF2A 3AA3A 4Z4CA 4DSLA 4M41A 2G8VA 3AVBA 4KHWA 4O4GA 2O4IA 1RT4A 4B9LA 2Z1HA 4CEQA 3NGYA 1NKEA 1QQCA 3RR8A 1YVUA 5J2QA 2IDOA 4IFVA 4DTRA 3K5LA 2D0CA 4Q5VA 4M3RA 1SKRA 4QAGA 2XY5A 5KGWA 1RTIA 1Z25A 4NCBA 1C1AA 2HVIA 2VG7A 2ATQA 4ICLA 3V9WA 1RBRA 1LW2A 3LP3A 1NKBA 3AA4A 5J2PA 3MXJA 4AH9A 1J5OA 3LP0A 4LH4A 1A5WA 1Q8IA 3TAMA 3AVJA 4I7FA 4CE9A 4IG3A 2W42A 3P83D 1L3SA 4F2SA 2AJQA 1ZYQA 4FJGA 1LW0A 2VG6A 1QTMA 1DTTA 2YNGA 4W5QA 4CCHA 4LH5A 3HT3A 2Y1IA 1GOCA 2QKKA 3CM6A 2YKNA 4KHNA 5HRPA 1QS4A 1JLBA 3U3YA 2X78A 4Q0BA 2F8TA 4FYDA 1RT2A 3AVFA 3G10A 3VQ4A 4DLGA 2Y1JA 3M8RA 3BGRA 1IG9A 1RT5A 3OS0A 3KD5E 3OYAA 1IKWA 3O4QA 2HHUA 3DM2A 2XY7A 4B8AB 1EETA 3T1AA 3OYIA 3NAEA 1U48A 4FW2A 4DU3A 3I0SA 4CK1A 3DYAA 3OYLA 4FJNA 1BGXT 3BDPA 3SQ4A 1D9DA 2EHGA 4CHZA 4E7IA 3AVLA 3LP2A 4I2PA 4QCLA 1LWCA 4FJKA 4EZ9A 1WSHA 4FLVA 4CJKA 3K5OA 3ZT0A 3CFPA 1KRPA 3NFAA 1I39A 3U6FA 3HP9A 1ZBLA 1BCMA 4KB1A 4OKKA 1WAFA 4DS5A 2EX3A 1W0HA 4HUFA 2IC3A 1S6QA 3VQ6A 3SPZA 1B9FA 1UOCA 3D45A 1QSLA 4FK2A 1C1CA 2HNZA 4M3ZA 3K59A 4HUGA 2G8IA 2HHSA 1S1WA 1TK8A 1HNVA 5C25A 3T3FA 2Z1GA 1KVBA 3VQDA 5J1EA 3O3HA 1LAWA 1XHZA 2XY8A 3ZSRA 3OYHA 4KKOA 1TK0A 5FRNA 4J2BA 4DTSA 4J2EA 1ASVA 1L5UA 3DRRA 1KLMA 4FLXA 1JLCA 4ELVA 5FROA 2HW3A 3OYEA 1CXQA 4GVMA 4Z4IA 4L8RB 4DQPA 4MFBA 1I3AA 2BE2A 1HYSA 1EP4A 3QEPA 4TSXA 4RW8A 3PY8A 1ZBFA 3PO5A 3AVKA 3VN5A 2IS3A 4B9VA 2D5RA 4CJRA 2P1JA 3LDSA 3U3GA 3QINA 3DMJA 3SZ2A 3PO4A 4CF1A 4CEOA 1TVRA 4CFCA 3TI0A 4ZTJA 3ZSXA 4CEAA 3RRHA 1RTHA 5J2NA 4WE1A 1SKSA 1NOYA 4KB0A 1HJRA 4NYNA 4AHCA 1CLQA 1WN7A 3EY1A 3QEWA 3S3NA 1NK6A 4KPYA 5D3GA 5J2MA 4CJUA 1IKYA 4CFDA 1TV6A 3G0ZA 2OPPA 4ELTA 4XIUA 3LWMA 4CF0A 3FFIA 4CJQA 4CF9A 4FK4A 1HYZA 1BQMA 1WSEA 1Y97A 3O3FA 1JLGA 1RDCA 5C24A 5I42A 4PWDA 3MEDA 5CY4A 3F73A 3HPHA 2B6AA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1RCHA 4B1VA 4DSFA 1KLNA 1JCGA 4H5WA 4CZMA 4AHUA 3TAGA 3D2EA 5H1SQ 1HQUA 3TU5A 1IBLK 3O9SA 1R59O 1C0FA 4E7HA 1ASWA 3NE6A 3UKRA 4CJ5A 2FLOA 5CE3A 4JRPA 2P9LA 2HHWA 2NRHA 3V9XA 1R0AA 3O9RA 4HTUA 1HPZA 4G1QA 1U6ZA 1FKPA 1YHQN 1I94K 4KREA 1W9HA 1B9DA 3IFRA 3WNGA 1WLJA 3A5MC 2IVNA 3HL8A 2YJFA 4OKJA 3EZ5A 3TWHA 3S3MA 1VSMA 4JKAA 3VQEA 4EFHA 2QWMA 4H5VA 2IVOA 3LANA 2QEXN 3D7EO 4FL9A 2F7TA 1GOAA 1VQ8N 4CEFA 3N4PA 4CGIA 3A0IX 1S5JA 5DM6L 1NGFA 4PY5A 3HI0A 3M8PA 4AHSA 4R5PA 5SZTA 2P9PB 3TANA 2IGIA 4C8NA 4C8LA 3U4LA 4M3YA 3MCPA 2NRRA 2O8BA 5BN8A 5KRTA 1Y64A 4CJ4A 3L2WA 4KI4A 3ASMA 3LDQA 3VQ7A 5AQIA 5BPMA 3IRXA 2WFBA 3CETA 3CJ9A 1RBVA 4CK3A 1KRPA 5AQUA 1SL0A 1VRUA 3WNFA 1HRHA 4FWPA 5AQJA 4F9OA 2V52B 1TKXA 4BRKA 1HNXK 2RE2A 3HK2A 2G8UA 4E7JA 3AVMA 4U67L 2BDPA 4HHTA 3UKUB 1VSDA 3R3LA 1U47A 3DOLA 1SL1A 4KHQA 3TTDA 2CGKA 1BISA 2YHBA 4C8KA 1NK0A 3WQTA 2W40A 4CGHA 4OPKA 1VQ7N 4FLYA 3MX5A 3RTVA 4LF4K 1BWFO 3QETA 5HRRA 3CMEN 3QO9A 3TABA 3EL2A 1NK9A 3FZKA 3KWGA 5AZIA 1NM1A 4ISGA 3O6WA 4CZLA 4BDYA 4JRQA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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