3QIOA

Crystal structure of hiv-1 rnase h with engineered e. coli loop and n-hydroxy quinazolinedione inhibitor
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
148
structure length
136
Chain Sequence
b'MYQLEKEPIVGAETFYVDGAANRETKLGKAGYVTNRGRQKVVTLTDTTNQKTELQAIYLALQDSGLEVNIVTDSQYALGIITQWIHNWKKNVDLVNQIIEQLIKKEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDKLVSAGIRKV'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural and Binding Analysis of Pyrimidinol Carboxylic Acid and N-Hydroxy Quinazolinedione HIV-1 RNase H Inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Gag-Pol polyprotein,Ribonuclease HI,Gag-Pol polyprotein
source organism Human immunodeficiency virus type 1 group m subtype b
molecule tags Transferase, hydrolase/inhibitor
total genus 43
structure length 136
sequence length 148
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-01-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3qioA00
1RDBA 3C6TA 3NF8A 1RT7A 1J54A 2HNYA 1LW0A 3OYNA 4FLYA 3CM6A 4CJVA 4DTUA 3VQ7A 3HP9A 4F4KA 2F8SA 4I7FA 1IO2A 3K5LA 3HYFA 4Z4GA 3KKRA 4CECA 5HROA 3HVRA 4BDYA 3SV3A 2ATQA 3U3GA 4CJRA 4JS4A 1QE1A 4RW7A 3NGIA 1LWEA 3P1GA 1I3AA 4LY7A 5KTQA 3T19A 1NJZA 4DQIA 3NDKA 1D9FA 3K58A 1RT3A 3DMJA 3VQ9A 1HRHA 3OY9A 3AVAA 3KK3A 3TAFA 2QKBA 3VQDA 5KGXA 1S6QA 2B5JA 3KD1E 4HCBA 5CYQA 1DLOA 5I3UA 1G15A 3NF6A 4CIFA 4E7JA 1BIZA 5FDLA 4AILC 3G0ZA 4CGFA 4HCCA 4L8RB 3LP0A 1T8EA 4W5OA 1NK0A 1NJXA 3M8SA 1NOZA 1BI4A 1WSHA 3HT3A 4DTSA 2OPRA 4AH9A 4IFVA 4FLXA 2VWKA 3HVTA 3LZIA 4CJLA 4M41A 1HNVA 3NGYA 4ZTJA 4CGDA 3QEXA 1UA1A 3K5OA 3MXJA 4FJMA 4YNQA 1XC9A 3DM2A 1I39A 1XWLA 4F3TA 1IKWA 5EU7A 1VRTA 5SZTA 4CJ4A 3RMDA 3OVNA 3CQ8A 4CJ3A 4W5NA 5HRPA 4O0JA 2DFFA 4AHSA 4CEAA 2OPPA 4B3OA 3AVGA 4B9UA 1SL2A 4DF4A 1L5UA 1JLQA 3KKSA 4DQRA 3QO9A 1TK5A 3KLGA 5J2QA 1B92A 4DS4A 3LDSA 5KRSA 2F96A 4GVMA 1NK8A 2X74A 3DRRA 3TAEA 5J2PA 1JLFA 3BGRA 1BI4B 2HHXA 1EXQA 1X9WA 4E19A 3KD5E 2KZZA 4E7LA 5DK5A 3TAQA 4B9TA 5HP1A 4Z4CA 2YNIA 4DLEA 4ID5A 1BL3A 1HPZA 1ITGA 2RF2A 4E1NA 2E6MA 4Q5VA 3VQCA 4E3SA 2P5GA 4DWIA 2G8IA 4W5RA 3AO4A 3TABA 1ZBIA 4H4OA 3ISNC 5KGWA 1RDCA 2D5RA 1WSIA 2EX3A 4MQ3A 4CEEA 4W5QA 3K57A 1HYZA 3CFOA 3TR8A 4JS5A 4FK4A 4Z0UA 4HVJA 3RR7A 1VSLA 2ZE2A 3ZT1A 4LH4A 3QEWA 2Z1GA 4RW6A 1TKTA 4DQSA 3SQ0A 2RPIA 1XHZA 3U3YA 5C42A 2Z1HA 3OS0A 1RTDA 4K8XA 2WOMA 4AHUA 2HMIA 4DU3A 1FKOA 4KKOA 4KTQA 4FJ7A 1S9EA 4FLWA 5FROA 2G8VA 2HVHA 1GOBA 3QIPA 3FFIA 1REVA 1TV6A 1TVRA 1RT6A 4DS5A 4DSJA 2IC3A 1S1TA 4J2EA 4QCLA 4CF1A 1TK8A 5DMRA 2DY4A 3NFAA 4CGIA 1N5YA 4CJWA 4B8AB 2HW3A 2OPQA 4F2RA 1W0HA 2YHBA 4C8LA 1KTQA 1JXBA 1JLGA 4KV8A 1X9MA 2PY5A 1RBSA 4B9SA 3V9UA 2D0BA 4KI4A 1L3TA 1JL1A 1B9FA 3ASMA 3SJJA 3OYKA 2G8WA 1CLQA 3L2UA 4Z4IA 4OJRA 4C8MA 1VSKA 1VSHA 2E4LA 4FW2A 1U04A 1L3SA 3C6UA 3SNNA 2FBXA 4DFPA 4B8CA 1CXQA 1HYVA 4EP5A 1RT1A 3QNOA 2G8HA 3SI6A 1RBUA 2X6SA 4OKEA 4CJUA 1NJWA 1KFSA 1T7PA 4K8ZA 3QNNA 4DTOA 4M3ZA 4C8OA 4CK2A 4CESA 3OYHA 3NAEA 1U48A 3QIOA 4J2BA 4OKJA 3OYGA 3NHGA 4CHQA 1B9DA 2OPSA 3ZT4A 3OYCA 4CEQA 3NCIA 4Z4FA 4B9VA 4ZTFA 1IKXA 4KHSA 1LV5A 1U47A 3LP3A 5HRNA 3SV4A 1QTMA 3AA2A 3OJUA 3VA0A 2D0CA 3PO4A 3PV8A 1S9GA 4E1MA 4YFUA 4FM0A 1HJRA 4I2QA 3NH2A 3SUOA 2YHAA 3HP6A 1D5AA 1TK0A 3LAKA 3L2VA 3L2RA 1QSYA 4FJJA 3O4QA 4FLUA 1YTAA 5HLFA 2YNGA 4I9QA 3AA5X 1KRPA 4PUOA 4LSLA 1HYSA 3KIOA 3I0SA 4BE0A 3ZT0A 2OZMA 3OS2A 5FRNA 3PO5A 3NF7A 1VSJA 1WN7A 1QSLA 2EHGA 2B6AA 3V4IA 3PX6A 2BANA 3ALYA 3K5NA 2Y1IA 3WNEA 2A1SA 1Z26A 3TANA 1HMVA 3DRPA 4FK0A 4FJNA 4TSXA 3QERA 4I2PA 4G1QA 4EP4A 3OYBA 2GBZA 1KSPA 2PYLA 4KREA 3L8BA 4PY5A 4DTJA 2X78A 3QESA 1RTHA 1TAQA 3MEDA 2IOCA 1BHLA 3IAYA 3PX4A 4CF9A 1DTTA 1ZBFA 4CIGA 4DFMA 1T03A 4QOZB 3AVHA 3VQEA 1EP4A 4NYFA 4DSIA 4FZXC 4FXDA 1TL1A 1BCMA 1RBTA 3L3UA 3V81A 1VSEA 1KVBA 2YV0X 3M8QA 3O4NA 5SWMA 3OS1A 3QETA 2G8FA 4CFDA 4FJKA 2VG6A 4KRFA 3RTVA 2HHTA 1SKWA 4M3UA 2KFNA 2DFHA 4BWMA 4DTRA 1CZ9A 3WNHA 1S1WA 1IG9A 4NYNA 3T3FA 1NK5A 5CYMA 3U6FA 1C6VA 4FW1A 1LAWA 4CF0A 4OPJA 1W9HA 1EKEA 4RG8A 1QQCA 1JLBA 2HNDA 2O4IA 1X1PA 3TAMA 4ELTA 2D0AA 3HXMA 4J2DA 1JLEA 3B6PA 4FJ5A 3DLRA 1KVCA 4O0IA 2FBTA 3OYIA 1KVAA 3WNGA 4Z4HA 1ZBUA 3O3HA 3ZSWA 4OPKA 3A2FA 3ZSYA 1JLAA 4PQUA 4FJ9A 3PY8A 4IFYA 2P1JA 5J1EA 1KLNA 3AVNA 2Q3SA 1VSMA 3AV9A 4FM1A 1NK7A 3MEGA 4CGGA 1X9SA 2XY6A 1BQNA 3LP1A 2R7YA 4FZZA 3HSTB 1WAJA 4NCGA 4CHZA 4J2AA 4DSKA 4CF2A 5K14A 3V9SA 3EY1A 1JLCA 4KB1A 2G8KA 3AVCA 3AVLA 3LZJA 4N76A 4W5TA 1A5VA 3V1QA 1IKVA 4KI6A 1HNIA 2XRIA 4HUEA 1U4BA 3CM5A 1D8YA 3LWLA 3S3OA 4CHNA 2XY7A 4JRPA 4KTWA 4FYDA 4CEFA 3IS9A 3O3GA 3KTQA 3VQ4A 3NF9A 4BE1A 2HHWA 4KPYA 4Q0BA 1K6YA 4ICLA 1SL0A 4DLGA 4DTNA 1A5XA 1RT5A 2IGIA 4DMNA 3HM9A 1RTIA 4CJPA 1KCFA 3VQ8A 2VG7A 3ZSRA 4CF8A 4XIUA 1UAXA 3KLHA 3QLHA 4N56A 5D3GA 1TKDA 3UIQA 1ZBLA 3DLBA 2KTQA 4FVMA 4RW9A 2HNZA 3RMCA 1TGOA 3JSMA 1BIUA 1DTQA 1QS4A 3SUQA 4CJEA 2LSNA 1S6PA 5E41A 3AVFA 4GMJB 2P5OA 4M3RA 1RT4A 3SQ1A 1SKRA 4FJGA 3AVMA 1ASVA 4HTUA 3CYMA 3CFRA 3D0PA 4B9MA 2QK9A 2X6NA 3KK1A 4ZHRA 2DTUA 4DF8A 1RT2A 4BACA 1VK0A 3KLIA 1RDAA 3LWMA 4DU1A 3LALA 1GOCA 3RMAA 3ZCMA 4IBNA 4CFCA 4BE2A 4FJLA 4KHYA 1YTUA 3OJSA 2Z1IA 4CJKA 3KK2A 1S1UA 4CEBA 4DSEA 1BQMA 5C24A 4C8NA 4JLHA 4DFKA 4AHTA 4IG3A 3EZ5A 4AHRA 3OYLA 3AO2A 1KLMA 5FRMA 2HHVA 5JS2A 3WNFA 4DU4A 3L2QA 5HBMA 4FM2A 1GOAA 3MAQA 3D45A 1L3UA 3KLFA 2VWJA 5JS1A 2RN2A 4B08A 3M8RA 4IKFA 3IG1A 3TAGA 2OZSA 3DOKA 3OYAA 4CFBA 4FJXA 4O5BA 1HQUA 1D9DA 4CHYA 1L3VA 4OLBA 1RNHA 1C1CA 3VA3A 3TAPA 1SKSA 5HRRA 2XY5A 1TAUA 1UOCA 3LPUA 4B9NA 4CFAA 3KLEA 3TI0A 4OLAA 3ITHA 3SYZA 2OYQA 4M3YA 1S1XA 4CGHA 4FCYA 1RILA 3VN5A 2G8UA 3DLEA 3AVKA 3TARA 5T7BA 1FKPA 4FZYA 4HHTA 4Y1CA 2QXFA 4I9LA 3ZSVA 3AVJA 4E7IA 2NUBA 3NGZA 2PYJA 4OGCA 1YT3A 1ASUA 4Y1DA 4KHWA 3V6DA 4F3OA 1SV5A 3C95A 3M8PA 3SUNA 4DQQA 3LANA 5HRSA 3PUFA 4H4MA 3HJFA 4LH5A 4N41A 4ELUA 1XHXA 2ZQBA 2GV9A 4KHQA 3LPTA 4B9LA 1C0MA 4PA1A 1JXEA 2FBYA 1QHTA 2KQ2A 4O55A 4FJ8A 3HPHA 4N47A 2A1RA 3MEEA 1EX4A 4N5SA 2W42A 1TKXA 3S3NA 4BDPA 1YVUA 3SQ4A 2GUIA 3B6OA 5CZ2A 3VQPA 1HQEA 3V9XA 4WE1A 3TWHA 3ZSXA 4DFJA 2HHSA 2YNFA 4F8RA 2F8TA 3G10A 2HHQA 3AO3A 3DLKA 1NKCA 3OYMA 2ETJA 3DLGA 3KJVA 3BDPA 1KFDA 4FJIA 4DTPA 4FLVA 3NBPA 4CE9A 3SUPA 3HPOA 1QSSA 3QEVA 1N6QA 3L2WA 1Y97A 5CY4A 3RWUA 1JKHA 2BGGA 4DTMA 3K2PA 3QEIA 4M3WA 1CXUA 4CJTA 1VSFA 1BISA 3DYAA 4MFBA 1NK6A 1A5WA 2QKKA 1WAFA 4CHOA 3OYDA 3QINA 2BE2A 5J2NA 4KFBA 4AHVA 1NK9A 1NK4A 4DSFA 2Y1JA 1VSDA 1NKEA 1WNSA 4E0DA 5CZ1A 2HHUA 3K5MA 1UA0A 4LD0A 4HUFA 1FXXA 4CEZA 4CIEA 4CHPA 3MECA 3ZSZA 4E7KA 1RDDA 3VQAA 3MXMA 2BDPA 1IKYA 4F2SA 1BCOA 3SPYA 1T05A 2E6LA 1WLJA 4DSLA 4M3TA 4IG0A 1CZBA 2HB5A 4C8KA 1C0TA 1C1BA 3JYTA 1TKZA 3HK2A 1LW2A 1R0AA 2FBVA 4NCBA 4KB0A 4DG1A 4AHCA 3THVA 1U49A 4CK1A 4EZ9A 1F21A 1SUQA 3CG7A 1LAVA 2OA8A 4CK3A 1J5OA 2B4JA 3QEPA 4FK2A 3ULDA 1C0UA 1WSGA 3AA3A 3AO1A 3I0RA 1WSEA 3P83D 3O3FA 3OYJA 1Q9YA 3NH1A 1NOYA 3OYEA 2PZSA 3RR8A 5KI6A 1RCHA 3P5JA 3ZT2A 3SZ2A 2IDOA 3DRSA 2AJQA 1LWFA 4CGJA 1RBRA 1S5JA 2JGUA 4ID1A 2WONA 3ZT3A 4H8KA 3NE6A 1J9AA 4RW4A 3F73A 1FK9A 2IAJA 4BDZA 3V9ZA 1XI1A 4KTZA 4EZ6A 2YKNA 1NKBA 3DLHA 3E01A 3LAMA 4O4GA 4HUGA 1SL1A 2XY8A 4KHNA 1ASWA 3AA4A 3VQBA 4M45A 2XO7A 2KW4A 1VSIA 3DI6A 3LP2A 4CJFA 3SPZA 3I8DA 5J2MA 5I42A 1IH7A 1ZBHA 5C25A 3VQ6A 3T1AA 2YKMA 2Z1JA 4R5PA 3SCXA 4KAZA 4JRQA 4CJSA 1Z25A 1VRUA 1O1WA 2DFEA 3L3VA 3V1RA 3PX0A 1ZYQA 4NCAA 4OKKA 4M42A 2FC0A 1BGXT 4E89A 4KO0A 4FLTA 3V1OA 1TL3A 4CERA 1U45A 4CEDA 1Q8IA 4FLZA 4O44A 4UQGA 4GW6A 2ZD1A 1MU2A 3V9WA 4CJQA 4E7HA 4DQPA 3F9KA 3H08A 1Q9XA 2YNHA 3AVBA 4BWJA 3MXIA 2JLEA 2I5JA 3VQ5A 3ZSOA 3OYFA 3S9HA 3CFPA 1J53A 3C94A 2P51A 3AO5A 2HVIA 4LSNA 1C1AA 4CJ5A 1LWCA 4OVLA 4PWDA 4OGEA 3EYZA 1NJYA 1WSFA 3HL8A 3HPGA 3AVIA 4RW8A 5KRTA 4ELVA 3HO1A 2O4GA 1WSJA 4DTXA 2ITGA 2VG5A 4KHUA 3NH0A 3ZSQA 1RBVA 3S3MA 4CCHA 3VQQA 4FJHA 4CEOA 1RTJA 2RKIA 3RRHA 3K59A 1JL2A 4IDKA 3IRXA 2XHBA 3RMBA 4M3XA 4QAGA 4Z4EA 3DOLA 3RRGA 3SQ2A 1UWBA 2KZMA 1S1VA 1EETA 2IS3A 2KFZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CM6A 4CJVA 4F4KA 3PSFA 1P90A 2CGJA 5MLCQ 3SAHA 3KKRA 4CECA 1EQYA 4CJRA 3LDQA 3I55N 1YXQA 3NGIA 1LWEA 3P1GA 4LY7A 1D9FA 1WOQA 3VQ9A 3AVAA 4CZFA 3CJ1A 4DV0K 1TYQA 3GL1A 3P4IA 3VQDA 4JI5K 1S6QA 5CYQA 2E8AA 5LJWA 4CIFA 3SBTA 2GUPA 5FDLA 1J5EK 4CGFA 1BOTO 3LP0A 2FF3B 5M1KA 4FWMA 1NOZA 2WTUA 2ASPA 4BRKA 2OPRA 4IFVA 2KKZA 3HVTA 1UA1A 3EE8A 3K5OA 3MXJA 1HR0K 4FJMA 2F4VK 3DM2A 1IV0A 4FVUA 1VRTA 2P9KA 3RMDA 3OVNA 3UB5A 3ID8A 3WXJA 2IVPA 2E2QA 4B3OA 3AGKA 1JLQA 1DT9A 5J2QA 1QVFM 5AJ3K 3IFRA 5KRSA 3CJAA 1BI4B 2YCHA 2A40A 5DK5A 1HJOA 4IOXA 2P5GA 4E3SA 3VQCA 3RSEA 4W5RA 5AQSA 3TABA 1ZBIA 3ISNC 2D5RA 4GV6A 3TR8A 1ESVA 3SBGA 2NRZA 3M5RA 2P9PA 4HVJA 3RR7A 5AQIA 3DXMB 4RW6A 2RPIA 1XHZA 5C42A 3OS0A 4J8FA 1FKOA 3VERA 4GNIA 5FROA 3QIPA 3FFIA 1TV6A 4DS5A 4DSJA 2F7TA 5BPMA 3H1QA 4J2EA 1QQNA 2OTLN 3H1VX 2HBJA 2QI2A 5DMRA 4DHYA 4CJWA 4JKDA 2V51B 1W0HA 2YHBA 3OA9A 3THWA 4C8LA 1KTQA 5JVGL 1JLGA 2PY5A 3DAWA 2UXDK 3KVGA 2D0BA 3ZLJA 3HOSA 5FLXO 3L2UA 4BR4A 4Z4IA 4OJRA 4C8MA 4FWLA 1O13A 4KH6A 3QNOA 4GKJK 3QBXA 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 3LDN A;  3SPY A;  2E6L A;  4WQ5 A;  2ASM A;  1LW2 A;  1U2V B;  3THV A;  3VF2 A;  1SUQ A;  3CG7 A;  3QEP A;  1N34 K;  3L4I A;  1VQ5 N;  1C0U A;  3AA3 A;  3P83 D;  4J2B A;  1W7A A;  1WSE A;  3JAM O;  3RR8 A;  5AQX A;  1RCH A;  5I9E B;  3SZ2 A;  3DRS A;  1S5J A;  4H8K A;  2A3Z A;  1J9A A;  4RW4 A;  4KTZ A;  2YKN A;  3VPZ A;  3DLH A;  4FWK A;  5BRE A;  4KHN A;  4A5A A;  1NGC A;  3VQB A;  3T1Y K;  4M45 A;  2W41 A;  2Q0U A;  2YKM A;  2Z1J A;  1Z25 A;  4NCA A;  4OKK A;  4M42 A;  1BGX T;  4NLC A;  4KO0 A;  3NMU A;  3V1O A;  4CER A;  4WQ4 C;  2ZD1 A;  4XEI A;  1MU2 A;  3V9W A;  4DQP A;  1Q9X A;  3J7Z O;  1JCF A;  4MLH A;  3I33 A;  3J8A A;  1C1A A;  4PWD A;  3EEQ A;  3CD6 N;  3HPG A;  4RW8 A;  4EIA A;  2O4G A;  1WSJ A;  3MCA B;  1HNW K;  1KAZ A;  2QM1 A;  4FJH A;  4DCH A;  3RRH A;  4Z4E A;  3VEV A;  4BVP A;  4L3Q A;  1UWB A;  4DV3 K;  1EET A;  2IS3 A;  3RVC A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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