3QIOA

Crystal structure of hiv-1 rnase h with engineered e. coli loop and n-hydroxy quinazolinedione inhibitor
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
148
structure length
136
Chain Sequence
MYQLEKEPIVGAETFYVDGAANRETKLGKAGYVTNRGRQKVVTLTDTTNQKTELQAIYLALQDSGLEVNIVTDSQYALGIITQWIHNWKKNVDLVNQIIEQLIKKEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDKLVSAGIRKV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Gag-Pol polyprotein,Ribonuclease HI,Gag-Pol polyprotein
publication title Structural and Binding Analysis of Pyrimidinol Carboxylic Acid and N-Hydroxy Quinazolinedione HIV-1 RNase H Inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1 group m subtype b
molecule tags Transferase, hydrolase/inhibitor
total genus 43
structure length 136
sequence length 148
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-01-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3qioA00
1LWCA 2JLEA 2IAJA 4O55A 4C8MA 4DFPA 2W42A 4CHPA 1KVCA 4DQQA 4EZ6A 1JLFA 3LANA 4DSEA 1KRPA 2Z1GA 3L2QA 2DFFA 3MAQA 3TR8A 3HVRA 4DTNA 3T3FA 4DLGA 1LV5A 4GW6A 3B6OA 3FFIA 4YFUA 4ELVA 2G8UA 2QKBA 1MU2A 1JKHA 4LSLA 5DK5A 3LDSA 1KSPA 3G0ZA 4H4OA 4CJRA 1RCHA 2OZMA 4BACA 4AHCA 2E4LA 4FZZA 1VSLA 2GBZA 3TANA 1T7PA 4B9SA 4DTRA 1QSSA 1JLBA 1N5YA 1HMVA 2YNIA 3VQAA 4E7IA 3QEPA 4CF2A 3D45A 3DRSA 4KHWA 1BL3A 2OPSA 4NCGA 5KGXA 3H08A 3V1RA 4CGGA 4DFJA 1WSEA 3QNOA 3VQDA 4B8AB 1L3UA 3LWLA 4FM1A 3QESA 4DQRA 2ZQBA 3QO9A 3CG7A 2KW4A 1U47A 1BISA 1CZ9A 1SL2A 1YTUA 3OYCA 4FJ8A 3SI6A 4HHTA 3U3YA 4HCCA 2P5OA 1KFDA 4FLWA 1F21A 4IBNA 1WSIA 4KAZA 3K5MA 3QEVA 1TL1A 3ZSXA 1S1XA 1FXXA 4YNQA 5J2NA 4M3RA 2YV0X 4CIFA 3E01A 3WNGA 1BI4A 4DSFA 1NK5A 4FK0A 2PY5A 4CFBA 1RT2A 3I8DA 1S5JA 3MXIA 3L2RA 2B4JA 5J2PA 3AVJA 2HMIA 1CLQA 5E41A 4OPKA 2DFEA 5FRMA 3T1AA 4J2DA 3VQ8A 4E19A 2G8KA 1FKPA 4L8RB 1L3TA 1L3VA 1Q9XA 5I3UA 4CFAA 4DLEA 4CEOA 1NJXA 4KTWA 3QEIA 4Z4EA 4H4MA 4AHRA 1TKXA 1UWBA 4JS4A 4CHYA 4W5RA 1SL0A 3SJJA 2OA8A 2GUIA 3ZT2A 3F73A 4DSJA 4KI4A 4PQUA 3QERA 2XRIA 3IAYA 4M3UA 4M3ZA 2QKKA 4Y1CA 1JLCA 1S1WA 2D5RA 4F4KA 4FJLA 2AJQA 4F3OA 3AVNA 1QE1A 3O4QA 3SPZA 1TKDA 3QIOA 3L8BA 4KHQA 1RTIA 3V6DA 3PO4A 4FYDA 1TKZA 3HPHA 4AHSA 1GOBA 3K5NA 1XHXA 4HUEA 4RW4A 3HP6A 3DI6A 4KB0A 2XY5A 1VRUA 2OZSA 3SUPA 3OYBA 3LP2A 3V1QA 4CJQA 4C8LA 4LH5A 4CJLA 1RT6A 4DTPA 5KTQA 1RBVA 3JSMA 3VA3A 4DMNA 1HYZA 2E6LA 3RRHA 3A2FA 3VQEA 4CEQA 2YHAA 3NFAA 4O44A 4OPJA 1T05A 4C8OA 1QHTA 3OS2A 3KK2A 4O5BA 1JLQA 3RR8A 3TARA 1S1TA 3LP3A 3L3VA 2I5JA 4E89A 1VSKA 3SZ2A 2G8WA 1FK9A 4ZHRA 3QNNA 4XIUA 1NKCA 2B5JA 5DMRA 1GOAA 2BANA 1J53A 4IG3A 3LWMA 3AVMA 3CQ8A 3TAEA 4OGEA 2HHWA 3AV9A 5SWMA 3AA2A 3M8QA 3HK2A 2B6AA 2HNZA 1D5AA 4FM0A 2X6SA 4CJPA 2PYJA 4FJGA 2IGIA 1FKOA 3LAKA 5D3GA 1SL1A 1BIUA 3JYTA 3WNEA 2RN2A 4FJKA 1TAUA 2D0CA 3U3GA 3CM5A 1Q9YA 1KLNA 2P1JA 4FW1A 4W5QA 1JL2A 4IG0A 1VSMA 3M8PA 1TVRA 1RDAA 4DTUA 4FLTA 3ULDA 1UA1A 1YTAA 4IFVA 1T03A 3OYFA 4CFDA 1DTQA 4EP4A 1NK9A 5J2MA 4H8KA 1KTQA 4KTQA 4JRPA 1VRTA 4MQ3A 3HSTB 1SV5A 4FJXA 3QEXA 4Z4CA 3KLGA 3NGZA 3KLIA 1TK5A 3NF7A 3TAMA 1ZYQA 2HNYA 1HPZA 2WOMA 4M45A 3RMBA 4GVMA 3AVLA 4CECA 4FLYA 3V9SA 1IH7A 3L2WA 4BE1A 4CHZA 1RBTA 1J54A 4OKKA 3K59A 3SPYA 1S1UA 3V1OA 2VWJA 1EXQA 4DWIA 3AO3A 4E3SA 4PUOA 2OYQA 4N41A 4ID1A 3I0SA 4J2BA 2HVHA 4I7FA 1QS4A 1WN7A 4CJFA 3S9HA 3HPOA 3OJUA 2ZD1A 1RTJA 3ZCMA 2HHTA 3HT3A 4E7HA 4I9LA 4C8NA 1RDCA 3DLRA 4BWJA 4WE1A 4FZXC 3PX0A 3CFRA 3RWUA 4PWDA 3AO2A 3ZSOA 3O3GA 1RTHA 3S3MA 2HHQA 4CFCA 2YKNA 3RMCA 1LW2A 2GV9A 3MEEA 3AVBA 3AO5A 1NKEA 1ZBLA 1TK0A 4B08A 4HVJA 4CHQA 3DM2A 3EZ5A 3RRGA 1J9AA 3QIPA 3RMDA 4FJNA 2Y1JA 3PX4A 4Q5VA 2KFZA 4CIGA 1X9SA 3SQ1A 3AVCA 1RBSA 2ETJA 2FBXA 4CGJA 4AHVA 4CERA 4CJVA 3SUOA 4B9TA 1LWEA 2OPPA 3UIQA 1SKSA 4KPYA 1VSHA 1Z26A 3TAGA 4KV8A 1QTMA 1U48A 2HW3A 4FK2A 4LD0A 3ZT4A 2ITGA 2PZSA 4RW6A 5C42A 3NF9A 2Y1IA 4I9QA 4Z4HA 5HRPA 4DSIA 3ZSVA 4HTUA 4ELUA 2HHUA 1D8YA 3V9ZA 2VG7A 1CXQA 4TSXA 3ITHA 1RT4A 3SNNA 1RDDA 2F8TA 4AHUA 4FJ5A 3V9WA 1EX4A 4CCHA 4IKFA 4K8ZA 4BE2A 2X74A 4N47A 1WAFA 2FBYA 2ZE2A 1BGXT 3G10A 3AO1A 2OPQA 3TI0A 4O0IA 4KHUA 3OS1A 4CF9A 2A1RA 4F3TA 4OKEA 1VSEA 3M8RA 3CM6A 4DU3A 3EY1A 1BCMA 1A5VA 3AO4A 4Z0UA 1JL1A 1HNVA 5FDLA 1QSLA 4OLAA 3K5LA 4KREA 1D9DA 1KVBA 4G1QA 4IDKA 4DG1A 3KLFA 4FW2A 3KLHA 3SUNA 4FVMA 5CY4A 1BQNA 4Y1DA 4ICLA 3K5OA 4CGDA 2KFNA 1WLJA 3LP1A 3NF6A 1O1WA 1QQCA 1C0TA 3CFPA 3TAQA 1RDBA 3KD5E 3VQ6A 3OYMA 2YNHA 2O4GA 1ASWA 2A1SA 1Y97A 1W0HA 3DRRA 3PX6A 2RF2A 1N6QA 5J2QA 5KI6A 5C24A 4DFMA 4FLXA 4FK4A 3TABA 1XI1A 4DTMA 2QK9A 3HJFA 3QEWA 2Q3SA 3AA3A 4CGHA 3PY8A 1NK6A 4M41A 4JS5A 3ZSZA 4CJWA 4DS5A 1HQUA 3MEDA 1S1VA 5CYQA 4FZYA 2E6MA 4O4GA 1NK7A 3NCIA 4FJMA 4DTSA 1HRHA 3LPTA 5HLFA 1RTDA 4RW7A 4NYFA 3AVIA 3HXMA 1UOCA 4Z4FA 2YNFA 1KFSA 4NCAA 4N56A 5HBMA 3C94A 1U4BA 1HJRA 4I2QA 3ZSRA 3CYMA 4BWMA 4CGFA 3TAFA 4CESA 4KI6A 5JS1A 4GMJB 4RW8A 3ALYA 1NK0A 4M42A 3OS0A 4OJRA 1K6YA 1U45A 4QCLA 2DFHA 3P1GA 4E7KA 3LP0A 1RBUA 1HYVA 1C1BA 4EZ9A 3PO5A 1X9MA 2Z1JA 1WSFA 4E7LA 2HHXA 3LPUA 1U49A 1JLEA 2XHBA 3VQPA 3LZIA 3AVHA 3NDKA 4CJUA 1TK8A 1ITGA 4DF8A 2IOCA 2DTUA 1A5WA 3BGRA 3OYAA 3OVNA 4CEFA 1SKRA 1BIZA 5HRNA 4CF0A 4CJEA 4O0JA 1ASUA 1YT3A 4QAGA 3ASMA 1S9GA 1RBRA 4DF4A 2DY4A 1IO2A 3OYEA 3O3HA 3OYIA 3OY9A 3TAPA 4DTXA 4KHSA 2Z1IA 4E1NA 5SZTA 3V4IA 3HL8A 5HRSA 4CEDA 3NH1A 2IC3A 3IS9A 1ASVA 3EYZA 4DTJA 4DFKA 1WNSA 3V9XA 1A5XA 4Z4IA 1I39A 4DSLA 3RMAA 4CK1A 4PY5A 3DLHA 5HRRA 3ZSYA 1XHZA 1S6PA 4BDPA 2EX3A 4KHYA 2O4IA 5KRSA 4DSKA 3NE6A 1LWFA 1BHLA 3AVAA 4W5TA 4ID5A 2EHGA 3KIOA 3HP9A 4BE0A 3V81A 3BDPA 4CEEA 2VG5A 2FC0A 1NK4A 4F2SA 5T7BA 3KLEA 3KD1E 3AVKA 1WSHA 2RPIA 4CJSA 3OYHA 1HYSA 4ELTA 3V9UA 3VQCA 3MXMA 1S9EA 3IG1A 4KO0A 4OKJA 3SV3A 1QSYA 2IDOA 1BCOA 1VSFA 2YHBA 1U04A 4KFBA 3L2UA 3S3NA 1X1PA 1BQMA 4JLHA 3SYZA 3VQ4A 4N76A 4BDZA 4FJHA 4F8RA 4CK2A 4DQSA 4KHNA 4W5NA 1C0UA 3AA5X 4FLUA 3DLBA 3NBPA 3QETA 2RKIA 1YVUA 1NOYA 3VQQA 1WAJA 3AA4A 1DLOA 3CFOA 4CEZA 4E1MA 3C6UA 2HNDA 4LSNA 1NKBA 1UA0A 4J2AA 4M3TA 4B9UA 1GOCA 1Z25A 2LSNA 1CXUA 4ZTJA 4M3WA 2F8SA 3C6TA 3MXJA 2G8VA 3OYGA 4CHOA 1SUQA 3MECA 2XY8A 5K14A 1VSJA 4CK3A 2XY6A 3S3OA 1IG9A 2G8HA 3VQ5A 3HPGA 5EU7A 3OJSA 1SKWA 4ZTFA 3ISNC 2XY7A 4CJTA 1VSDA 4KKOA 3SCXA 4B9LA 4K8XA 4FM2A 3TWHA 1KLMA 1VK0A 1NJWA 4FJJA 5KGWA 3SQ2A 1BI4B 3P5JA 3HYFA 1HNIA 1TKTA 1LAVA 2NUBA 3ZT1A 3OYDA 3NF8A 4OVLA 3VN5A 2IS3A 4NYNA 1ZBFA 2HB5A 1LAWA 2FBVA 3ZT0A 2XO7A 2G8FA 4FJIA 4DU1A 1JLGA 4FJ7A 4AHTA 2OPRA 3O4NA 3DLGA 3DRPA 4CGIA 2KTQA 3SUQA 4CF8A 4R5PA 3ZSQA 3RTVA 2HHVA 1C6VA 3KJVA 4FCYA 1J5OA 4C8KA 2D0BA 4N5SA 3OYLA 5KRTA 3SQ4A 3KTQA 2P51A 3DOLA 4CJ5A 2YKMA 4AILC 1RT5A 1R0AA 1C1CA 2YNGA 2ATQA 4BDYA 4W5OA 3K2PA 2WONA 3KK3A 3SV4A 1RT3A 3WNHA 4DU4A 1NK8A 3U6FA 4KRFA 3RR7A 4MFBA 4FLZA 3I0RA 3DLEA 3HM9A 4QOZB 1EP4A 3AVGA 1C1AA 4PA1A 4CIEA 1D9FA 3HO1A 3VQ9A 1TGOA 1LW0A 2BGGA 3KK1A 1IKYA 2Z1HA 4FLVA 3KKSA 1RNHA 1JLAA 3KKRA 3NAEA 1XWLA 4Z4GA 3LZJA 3NGYA 1L5UA 3K58A 4KTZA 2HVIA 3NH0A 4M3XA 1RILA 3NHGA 4DQIA 3B6PA 1KVAA 3AVFA 3NH2A 1NJZA 3IRXA 3C95A 3P83D 4RG8A 3D0PA 1X9WA 3PV8A 3K57A 4FXDA 1TL3A 1RT1A 4NCBA 1Q8IA 1IKXA 3OYNA 3M8SA 2FBTA 1CZBA 1REVA 4OGCA 4CEAA 2X78A 4F2RA 3DMJA 5J1EA 5JS2A 4B8CA 4HUFA 2P5GA 4CJ3A 1S6QA 2G8IA 4CF1A 5HROA 2HHSA 1WSJA 3ZT3A 3L2VA 4M3YA 4UQGA 1IKVA 2KZMA 4CE9A 1RT7A 2KQ2A 3VA0A 1B92A 1ZBUA 3HVTA 5FRNA 4RW9A 1C0MA 1HQEA 3T19A 5FROA 1T8EA 1G15A 3VQ7A 2JGUA 5C25A 2BDPA 3L3UA 4B9VA 4HUGA 4J2EA 2KZZA 1DTTA 4B9MA 4IFYA 2VG6A 3OYJA 1ZBIA 1W9HA 3DOKA 3F9KA 4CJKA 2PYLA 4Q0BA 5CYMA 3PUFA 1TV6A 4EP5A 4E7JA 3QLHA 1NOZA 1EETA 3ZSWA 1JXBA 4KB1A 4CJ4A 1I3AA 4E0DA 1IKWA 2VWKA 1NJYA 4DTOA 1TAQA 3DYAA 3OYKA 1B9DA 1XC9A 3LALA 4I2PA 2D0AA 4JRQA 3QINA 3THVA 1KCFA 5I42A 4B9NA 4FJ9A 1WSGA 5CZ2A 2X6NA 1UAXA 3NGIA 4DS4A 4DQPA 3VQBA 1ZBHA 3DLKA 4LH4A 3O3FA 1L3SA 3WNFA 2QXFA 4CEBA 4AH9A 2F96A 3MEGA 4OLBA 4CHNA 1B9FA 5CZ1A 1JXEA 3LAMA 1EKEA 2R7YA 4B3OA 3SQ0A 4HCBA 1VSIA 4LY7A 2BE2A 5HP1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FWLA 1KVCA 1JLFA 3EZWA 4CJ7A 1NJIO 2Z1GA 3L2QA 3ZEUB 3MAQA 2P9UA 1NGIA 2FSNA 4JKAA 3GBTA 4DLGA 3Q7CA 3MCPA 1LV5A 3B6OA 3FFIA 5GINA 4ELVA 3BZCA 2QKBA 3P38A 2V52B 4H4OA 4CJRA 3MN6A 3TANA 1T7PA 3NVKA 1EWQA 3V1RA 3EL2A 4CGGA 1NGEA 4QS8A 5LMNK 5AZJB 4JD2A 3THXA 4M7XA 1H1VA 5F0XA 5HOOA 3CF5L 3VPZA 2KW4A 3BZKA 1BISA 1YF5L 2NRWA 3J81O 4B1YB 3EEQA 3SI6A 3U3YA 4H0YB 1F21A 3QEVA 5LL6Z 5A2QO 2BUPA 3WNGA 5C10A 3FZHA 4DSFA 2PY5A 1X3NA 3L2RA 5J2PA 2ZJPL 4DR7K 5AQLA 2CGLA 2QW9A 3VQ8A 1L3TA 2OTJN 3Q7BA 1MWKA 5ADXA 3QEIA 4H4MA 1P90A 2QM1A 4M3UA 1EQYA 1S1WA 3F2KA 2P9NB 1QE1A 3SPZA 4KHQA 3ENHA 1TUUA 3PO4A 4V19S 1GOBA 1XHXA 3DI6A 3FZFA 1VQ7N 4KB0A 1VRUA 2OZSA 4FPBA 3LP2A 4LH5A 4DMNA 2YCHA 3A2FA 4OPJA 1T05A 2YHAA 3O9UA 5M1QA 1JLQA 2B5JA 1GOAA 4OGEA 1C0FA 1JCFA 2FF3B 5AJ3K 4YOTA 5TKWA 5SWMA 4FM0A 2PYJA 1D5AA 5FPDA 4IWVA 4GV6A 1SL1A 2GUPA 1RDWX 3MDQA 1U2VB 3K0SA 2D0CA 1HJOA 2P1JA 4FW1A 4I6MB 1N34K 4FK4A 4FLTA 1R59O 3HI0A 4H8KA 1KTQA 4KTQA 2FSJA 3HSTB 1BG3A 3NF7A 1ZYQA 4IJAA 3RMBA 4GVMA 4A5BA 2E20A 4OKKA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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