3QIOA

Crystal structure of hiv-1 rnase h with engineered e. coli loop and n-hydroxy quinazolinedione inhibitor
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
148
structure length
136
Chain Sequence
MYQLEKEPIVGAETFYVDGAANRETKLGKAGYVTNRGRQKVVTLTDTTNQKTELQAIYLALQDSGLEVNIVTDSQYALGIITQWIHNWKKNVDLVNQIIEQLIKKEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDKLVSAGIRKV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural and Binding Analysis of Pyrimidinol Carboxylic Acid and N-Hydroxy Quinazolinedione HIV-1 RNase H Inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase, hydrolase/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1 group m subtype b
molecule keywords Gag-Pol polyprotein,Ribonuclease HI,Gag-Pol polyprotein
total genus 43
structure length 136
sequence length 148
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-01-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3qioA00
2XHBA 1QHTA 1TV6A 2EX3A 3F73A 2XRIA 3V1OA 1TK8A 1A5WA 5KI6A 3QEIA 3VQEA 4M3ZA 3AA3A 4FXDA 1N5YA 2G8FA 3M8RA 3VQDA 2HHUA 4CEQA 4Y1DA 3CYMA 5SZTA 5C25A 2O4GA 1JLQA 3I8DA 4O55A 4C8OA 1BI4A 4GMJB 4KFBA 3SUQA 1DTQA 1L3SA 3QIPA 4K8ZA 1TK5A 1JXBA 2YHAA 1S1UA 1DLOA 4FLWA 5HP1A 4FK4A 2QKBA 1RDDA 3DLEA 4CFDA 1RNHA 1ASWA 3AVKA 4UQGA 4J2EA 3DLBA 4BDZA 3HXMA 1D9DA 1GOAA 2X78A 2XY8A 1VSLA 5HRPA 2HW3A 1WSFA 5SWMA 1KCFA 3ASMA 2E4LA 1TGOA 3LALA 4RW8A 2BANA 4CHNA 3AVMA 4OJRA 3OYKA 5CYMA 3ZSXA 1CXUA 4CF2A 1IKVA 5CYQA 1QSSA 4DSJA 3HJFA 3AVBA 4IG3A 4HHTA 2GBZA 1S9GA 3LAMA 4CEBA 1C0TA 2ZD1A 3DLRA 3T19A 1RTHA 4DS5A 4J2DA 3HM9A 4M41A 4DFMA 3ZSYA 4IDKA 2A1RA 3HVRA 3DI6A 2FBTA 4DF8A 1U48A 3RWUA 4DSLA 1BCOA 3IRXA 4K8XA 1ZBHA 3D45A 4C8MA 4FJMA 4HTUA 4AHRA 1TAUA 2D5RA 3PX0A 5KGXA 3L2RA 2BE2A 1K6YA 3ZT1A 4DTSA 4AILC 1BIUA 4E7LA 4DTUA 4FJHA 4O0IA 4N41A 3WNHA 5J2PA 1FKPA 4LSLA 1B9DA 1SUQA 1DTTA 3DRSA 1X9MA 1L5UA 4PQUA 3I0SA 2G8HA 4CE9A 3AA4A 3P1GA 3VQPA 4CIGA 3KLIA 4I7FA 4O5BA 4BDPA 4HVJA 1HPZA 4E7HA 4DF4A 4QCLA 2O4IA 4E1NA 4DTMA 1NJZA 1RT7A 3PY8A 2ZQBA 1VSJA 4ZTJA 3RR7A 3UIQA 1C6VA 1VSHA 3TAQA 2XO7A 3V1RA 3QERA 4TSXA 1NKBA 3SJJA 3L3UA 4LY7A 2HMIA 1EETA 4DU3A 4KHSA 4E89A 4CK3A 2B4JA 1HYSA 2KTQA 1VSMA 3OYLA 1X1PA 3LZIA 3QEPA 1WNSA 3V9XA 3HO1A 2DTUA 1U4BA 3AO2A 2QXFA 1NKCA 1ZBUA 3TWHA 5J2MA 4FJIA 1I3AA 1WSHA 4DTNA 1LWEA 1UOCA 3C95A 4FJLA 2IC3A 4DSIA 4KHWA 3O3HA 5CY4A 4Z4CA 3K5MA 3RRHA 4CJSA 4YNQA 4PWDA 3ZSQA 3AO5A 1WN7A 4BACA 4Z4EA 4B9SA 1X9WA 1RTJA 3HK2A 3LP1A 2JGUA 2VG7A 4OPKA 3DMJA 4CJPA 3KIOA 1W9HA 3OYGA 2P5OA 2FC0A 3AVHA 2QK9A 1TL3A 3QLHA 1ZYQA 4DLGA 3S3MA 4Z4GA 4I9LA 4DTOA 1C1CA 2YNFA 2FBYA 4DWIA 2Y1IA 4CGHA 4CFAA 5HROA 1WAJA 3S9HA 1SL1A 4FJJA 4E19A 3NF7A 4FJ7A 3E01A 3IG1A 2F8TA 4EP5A 2D0AA 3NGYA 3ZT2A 2X74A 4JS5A 3SZ2A 3QEXA 1L3TA 4N76A 4ZHRA 3NGZA 3TAFA 4M3UA 3WNEA 4NCAA 1JL1A 4J2BA 3ITHA 3OYAA 3SV4A 1NK5A 2F96A 1ZBLA 4BWJA 4HCCA 2G8IA 4N5SA 3EY1A 3KD5E 4BE2A 5HRRA 5FRNA 4H8KA 2OPPA 3KK3A 1T8EA 4KV8A 2XY5A 4G1QA 4CCHA 4MFBA 2B5JA 1ASUA 2YKMA 3HVTA 1JLBA 4NCBA 1J54A 3OYDA 3VA0A 2QKKA 1BIZA 1A5XA 1REVA 2HHQA 5KGWA 4M3XA 3NAEA 3M8PA 4KHYA 1C1AA 3K5OA 3K58A 3M8QA 3O4QA 2G8KA 3OYEA 4DSEA 2YV0X 3KLEA 3K2PA 4I9QA 1LAVA 3TANA 4FM1A 3QESA 1RTDA 3O3GA 5FDLA 3AV9A 3NFAA 4FVMA 3WNFA 2DFHA 2BDPA 1KFDA 1BQNA 4CJVA 1GOCA 3VQCA 4DMNA 1HNVA 3PUFA 1S6QA 4NYNA 4O4GA 4OKKA 3OS2A 4CF0A 4E7IA 4KTQA 4KI4A 4CGDA 4CFCA 1BHLA 4F3TA 1SKRA 3QIOA 3TAEA 4LSNA 3NH0A 2G8VA 4MQ3A 2KW4A 1S5JA 3QEWA 1XWLA 3HP9A 4PY5A 1BISA 1BL3A 2DY4A 1S9EA 3A2FA 4DQRA 2PY5A 4J2AA 1LW0A 4F8RA 1L3UA 3V4IA 4M42A 2ETJA 1RDAA 3F9KA 4FK2A 3DYAA 2Y1JA 1TVRA 5FROA 3S3OA 4DTPA 1GOBA 4CJKA 4GW6A 2E6MA 4CF9A 4DTXA 3BDPA 4DFKA 1RCHA 4M3RA 5DK5A 3H08A 2PYJA 3KLGA 3QINA 1U47A 4RW4A 3VQBA 4LD0A 2F8SA 4CHPA 3MECA 3VQ8A 2HVHA 3PO4A 4M3YA 4DTJA 3L2VA 1SL0A 3LP0A 4W5OA 1HQUA 4CHZA 5KRTA 3V9WA 4Z4FA 4CJFA 4BE0A 1RBUA 4OKEA 2ZE2A 3VQQA 3VA3A 1VSKA 3AVAA 5D3GA 1RBRA 1RT1A 2X6SA 3AA5X 1IH7A 2D0BA 4RG8A 4DU1A 4ELVA 4B8CA 1Q8IA 1XI1A 4OLBA 3LPTA 1VRTA 2HNDA 3AVJA 3OJSA 4FJKA 3NE6A 3PX4A 1KLNA 3QNNA 3SNNA 1IKWA 4CGJA 1QQCA 4Y1CA 1SKWA 1Z26A 4FZYA 5K14A 4H4OA 3K59A 3L2WA 4FLXA 3PV8A 1UA1A 3S3NA 1JLGA 2PYLA 4CGIA 3MEGA 3QNOA 3SQ1A 4CHQA 2OPSA 3O3FA 1RILA 3LDSA 4KHUA 1C0UA 1CZ9A 3ZSZA 3NBPA 1UWBA 4W5QA 4IBNA 1HYZA 1RT4A 1LWCA 2IS3A 3MXJA 3ZT3A 3OYJA 1R0AA 3LZJA 3V81A 1T7PA 2KZMA 4FJ5A 1FKOA 1S6PA 3ALYA 1QSYA 4OKJA 2OYQA 3DRPA 2B6AA 2OPQA 3G0ZA 5HRNA 5KRSA 1HMVA 3C94A 4KB1A 1NK8A 4CECA 3CFRA 1RBVA 4E0DA 1NK9A 1YVUA 4HUFA 4IG0A 4DQPA 3LP3A 1YT3A 1JLFA 5KTQA 4E7KA 4CF8A 3D0PA 4FLZA 4F2RA 2DFEA 1JLEA 3SQ4A 2EHGA 4F3OA 1I39A 4FLTA 2VG5A 4ELTA 3VQ4A 4DQQA 4Z4IA 4NYFA 4FM0A 3O4NA 4FW1A 4BDYA 1L3VA 2XY7A 1D5AA 1YTAA 4Q5VA 3VQ5A 4B9TA 3RR8A 1HYVA 3IS9A 1NK4A 4L8RB 2BGGA 4CERA 3JSMA 2IGIA 4OPJA 5CZ1A 1A5VA 4CJ5A 3SV3A 2P51A 5HBMA 4KPYA 2HVIA 4EZ6A 3MEEA 3AVGA 3VQ6A 4EZ9A 3P5JA 4DFPA 2KFNA 2Q3SA 4KKOA 3THVA 3I0RA 3KKSA 4CEOA 4FW2A 5HLFA 1SKSA 3M8SA 1NOYA 4LH4A 3V9SA 1IKYA 4FLVA 1YTUA 3SQ2A 3VQ9A 3BGRA 4B9NA 4EP4A 2OZSA 3KLHA 3U6FA 2P5GA 3LWLA 1BCMA 4AHUA 1J5OA 3DOKA 1LV5A 1NK0A 4B9VA 4KB0A 3CG7A 3NGIA 4DTRA 4FJXA 3MXMA 3C6TA 4W5RA 3V9ZA 4FLUA 1C0MA 4FJ8A 5C42A 1WAFA 1T03A 1ZBIA 2YNIA 2WOMA 3OS0A 4H4MA 3AO1A 5T7BA 1J9AA 1BGXT 4N47A 4KRFA 1HRHA 3G10A 3FFIA 3CM5A 2GUIA 4O0JA 3AVLA 3ZCMA 4FJNA 3RRGA 4I2PA 2ITGA 4DFJA 1S1TA 3SUOA 1LWFA 1EXQA 1HQEA 3HPHA 4HUGA 4CHOA 3PX6A 2G8WA 1NJXA 1G15A 3ISNC 5CZ2A 3NF6A 1TK0A 3CFPA 4FJ9A 2ATQA 1EKEA 3NH2A 3SUPA 4CK2A 1NOZA 4WE1A 2W42A 4B9LA 2Z1JA 3T1AA 4CHYA 1EX4A 2PZSA 4OGCA 4Z0UA 3HP6A 4N56A 1WSJA 4PA1A 1LAWA 3HL8A 3MAQA 5I3UA 3U3YA 4CF1A 3TI0A 1NKEA 1QSLA 2HHVA 3NCIA 3RMAA 4AHCA 3SUNA 3TAPA 3WNGA 1B92A 1TKTA 4KI6A 1ZBFA 3CM6A 3AO3A 2R7YA 3KTQA 2I5JA 3C6UA 4O44A 4YFUA 3V6DA 1B9FA 4KTZA 1X9SA 4E1MA 3NDKA 1D9FA 3MEDA 3OYHA 4QOZB 4CEDA 3NHGA 2OZMA 1TKZA 2VG6A 3TABA 4DG1A 3TR8A 3NF8A 1Q9YA 4ID5A 5I42A 4ICLA 4B9MA 1WSIA 3ZSOA 3VN5A 1TL1A 1J53A 4C8KA 4CEFA 3NH1A 1KLMA 4R5PA 4F2SA 3RTVA 3PO5A 1IKXA 4FYDA 2OA8A 3SQ0A 2HHXA 4CIFA 3KLFA 3U3GA 3ZSRA 4DSKA 2YHBA 1F21A 3RMDA 1NJWA 2OPRA 4ID1A 4M45A 1KVCA 3K5LA 1KVBA 2FBVA 1S1WA 4CJRA 4FCYA 1UA0A 3DLHA 3HSTB 5JS1A 2GV9A 1JLCA 3OYNA 4CJEA 4CJUA 4M3WA 4BE1A 3DLKA 5EU7A 4OLAA 2HHWA 4FK0A 3DLGA 1QE1A 2VWKA 2G8UA 3DM2A 4JLHA 4FLYA 4KHQA 4I2QA 4ZTFA 1RT5A 1S1XA 4LH5A 4RW7A 3L2UA 3CQ8A 3QEVA 1KFSA 1RT2A 3L2QA 4CFBA 5C24A 4RW9A 4DS4A 3RMBA 1XHZA 4B9UA 4QAGA 4XIUA 1TKDA 3TARA 1XHXA 4W5TA 4CK1A 3HPGA 3HYFA 1Q9XA 3KD1E 1ASVA 4CJLA 4RW6A 1WSEA 2RPIA 1TAQA 5JS2A 3OYMA 4AHSA 3L8BA 2RF2A 3OS1A 4CGGA 4CEZA 5DMRA 2KQ2A 3LPUA 4OVLA 1ITGA 3SPZA 3LANA 1BQMA 2RKIA 2X6NA 4E3SA 5HRSA 4ELUA 4DSFA 4CEEA 4KREA 1W0HA 3AVIA 4KAZA 3OYFA 1Y97A 2FBXA 5E41A 1CZBA 4CEAA 4JRQA 1RDBA 1HNIA 1SV5A 4DQIA 4FZZA 3QETA 2YNHA 4Q0BA 2A1SA 3KK1A 4KTWA 4B3OA 4CESA 2P1JA 3OJUA 2HB5A 3ZSVA 1VSEA 4JS4A 1VK0A 1VSDA 3DRRA 4IKFA 3AVNA 3AO4A 3LP2A 2NUBA 4CIEA 3MXIA 3SCXA 3HPOA 2HNZA 1U45A 1SL2A 1CLQA 4FJGA 4GVMA 3OYBA 1BI4B 1JL2A 3LWMA 1U04A 1U49A 1EP4A 3QO9A 1RT3A 4AH9A 2YKNA 2WONA 3OYIA 1RBSA 1HJRA 2IDOA 4IFYA 1QTMA 4FM2A 3RMCA 2KFZA 3OVNA 1FK9A 1RBTA 2HNYA 1VSIA 3ZT0A 3K5NA 3V9UA 4F4KA 4E7JA 4PUOA 1KVAA 1VSFA 3OY9A 4W5NA 4KHNA 1JLAA 4CJWA 3EZ5A 3T3FA 1C1BA 1VRUA 2RN2A 4IFVA 4B8AB 1FXXA 3AVCA 4DLEA 2AJQA 2IOCA 2Z1IA 1KTQA 4NCGA 3KJVA 1RDCA 1TKXA 2E6LA 1JKHA 3JYTA 1N6QA 5J2NA 1NK7A 1Z25A 5FRMA 3ZSWA 3SYZA 4CGFA 2Z1GA 1IG9A 1D8YA 3LAKA 3IAYA 3ULDA 4BWMA 4B08A 3VQAA 1UAXA 3L3VA 4OGEA 2HHTA 3KK2A 1KSPA 1CXQA 1KRPA 3B6PA 1MU2A 4AHTA 4FZXC 2KZZA 1XC9A 2LSNA 2D0CA 2Z1HA 3SI6A 3K57A 3B6OA 3CFOA 4CJ3A 3AVFA 4CJQA 3TAMA 1RTIA 1NK6A 1O1WA 3HT3A 1WLJA 4DQSA 1NJYA 4JRPA 4CJTA 4Z4HA 4CJ4A 3EYZA 2IAJA 4HUEA 2HHSA 1S1VA 4C8LA 1JXEA 2DFFA 5J2QA 2VWJA 3DOLA 3AA2A 5J1EA 3KKRA 4C8NA 3OYCA 4HCBA 4KO0A 3NF9A 1QS4A 2XY6A 4AHVA 3ZT4A 1WSGA 3V1QA 4M3TA 1RT6A 3P83D 1IO2A 3TAGA 2JLEA 3VQ7A 1LW2A 2YNGA 1T05A 4DU4A 3SPYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2F7TA 2HOEA 3FZHA 1TV6A 3QICA 2UXCK 2XRIA 3TTFA 1XNQK 5KI6A 3QEIA 3CCEN 3VQEA 3O1BA 3AA3A 2A40A 2BH1A 5KPTA 1LCUA 4CBUA 1BI4A 5JLHA 4K8ZA 3CHWA 1TK5A 1LOTB 1DLOA 1RDDA 1RNHA 3LM9A 1Z05A 4JKDA 5KQ8A 4BDZA 1VSLA 2E88A 2E4LA 2BANA 2GEMA 1QSSA 3LL3A 3HJFA 5AQRA 1S9GA 4H0XB 4CEBA 2NRHA 3RSEB 3ZSYA 4IDKA 2JWLA 4BRPA 4DSLA 4K8XA 3IRXA 3D45A 5GADP 1NGAA 1HKBA 4AHRA 2ZM6K 4FJMA 5KGXA 1K6YA 5M1FA 4O0IA 4DV3K 1T6DA 4LSLA 3DRSA 1DTTA 3AA4A 3P1GA 3VQPA 4FWOA 4O8UA 3KLIA 4I7FA 4HVJA 4E7HA 4B3RK 3MMVA 3FZLA 2ZGZA 2A5XA 4ZTJA 3RR7A 5AQLA 1C6VA 1VSHA 2XO7A 3QERA 3SJJA 2HMIA 2HHHK 2NZTA 1Y64A 3LZIA 3EO3A 3ZETA 1K8AO 3O9QA 3FLCO 1BA0A 1HJOA 3C7NA 5FPEA 4DR3K 4FJIA 4LF6K 1I3AA 1W7AA 4X62K 1EWQA 2W40A 2IC3A 1NWKA 3RRHA 4K0KK 1VHXA 5BPLA 3CC7N 3VOVA 1X9WA 3LP1A 1RGIA 2VG7A 3E9PA 4OPKA 3DMJA 5AQTA 3KIOA 2D0OA 3AVHA 4OPHA 3VGLA 5GAGP 2NRZA 4Z4GA 4FWPA 2O8DA 4I9LA 4XH4A 3VPZA 3O9SA 4BRHA 2Y1IA 2UUBK 3S9HA 3NF7A 1C0GA 2F8TA 4EP5A 2O8BB 4JS5A 1E4GT 4M3UA 3OYAA 1NK5A 2F96A 3J8AA 1HR0K 4BE2A 4WF9L 5FRNA 4ISFA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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