3QIOA

Crystal structure of hiv-1 rnase h with engineered e. coli loop and n-hydroxy quinazolinedione inhibitor
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
148
structure length
136
Chain Sequence
MYQLEKEPIVGAETFYVDGAANRETKLGKAGYVTNRGRQKVVTLTDTTNQKTELQAIYLALQDSGLEVNIVTDSQYALGIITQWIHNWKKNVDLVNQIIEQLIKKEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDKLVSAGIRKV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase, hydrolase/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1 group m subtype b
publication title Structural and Binding Analysis of Pyrimidinol Carboxylic Acid and N-Hydroxy Quinazolinedione HIV-1 RNase H Inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Gag-Pol polyprotein,Ribonuclease HI,Gag-Pol polyprotein
total genus 43
structure length 136
sequence length 148
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-01-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3qioA00
4BDYA 4FJGA 1XHXA 3M8QA 3CQ8A 1NK9A 3L2UA 1SKRA 3AO4A 3QERA 4E7IA 1TKZA 4DTJA 3KJVA 4DFKA 4I2PA 3TAGA 4F2RA 4IFYA 3G0ZA 1NK7A 4FK2A 1ASVA 4ELUA 3DOLA 1LWCA 3SCXA 4NCAA 1RT7A 4ID1A 4CEBA 2JLEA 2HB5A 4JS4A 4BE1A 4DWIA 3CFOA 1KLNA 2ETJA 3S3MA 2QKBA 3LZJA 5K14A 4FJJA 4DS5A 2O4IA 1K6YA 2F96A 1YVUA 4CEFA 1L3TA 4B08A 1S5JA 5CYQA 2GV9A 1HQEA 3KLGA 4M3ZA 3IG1A 3NDKA 2HHTA 2IDOA 4CK3A 3KTQA 2R7YA 1HNIA 1ASWA 3DLEA 3HPGA 4CF9A 3K5MA 1JXEA 2KW4A 4OKJA 3TR8A 4AHUA 4AHVA 1BISA 1T7PA 3IAYA 3QINA 4FJXA 3DRRA 3LDSA 3SI6A 1TK0A 1QSSA 1RBRA 4CFCA 3RWUA 3RR8A 3TAPA 3M8SA 3VQ6A 3HYFA 3AV9A 5HP1A 3AVHA 3HPOA 4CFAA 3L8BA 3KLFA 1VSIA 4CF1A 3LP2A 1C6VA 2FBVA 3LP1A 4QCLA 4AHRA 1L3VA 3KLIA 1LW0A 3ZSOA 1A5VA 4PY5A 1ZBIA 1XWLA 1WSFA 2OZMA 1WAJA 2G8WA 3TABA 1J54A 3LALA 1Q9YA 3ZT4A 1WSGA 1TV6A 3K57A 4JRQA 4BE0A 1NK6A 4RW4A 1X9WA 3ZSYA 5HRRA 3LZIA 4FZYA 4DFJA 2D0AA 4E7HA 3SYZA 4FK4A 1RT2A 4Q0BA 3JSMA 2IAJA 5I3UA 4KI4A 4CESA 1RBUA 4BWMA 3OYMA 3TAFA 2KQ2A 2DFEA 2DFFA 1S6QA 2YNIA 1U4BA 3C6UA 3VN5A 3O3HA 1Y97A 3KKSA 4KHQA 1TK5A 3SQ2A 2G8KA 2DY4A 5DMRA 5HRPA 3V9ZA 4ELTA 2YV0X 4Z4GA 4CJEA 4CEQA 3V9UA 4O44A 1R0AA 1REVA 3RMAA 3ZCMA 1D9FA 4ZHRA 4H8KA 2XY5A 4CJ4A 1W9HA 3I0RA 4KI6A 4QAGA 2IS3A 4O55A 2G8VA 4CGFA 3KKRA 1O1WA 4DTPA 3QESA 4EP5A 4CERA 4FJIA 5HRSA 4W5OA 4JLHA 4HVJA 3D45A 3F73A 4DF8A 4NYFA 4WE1A 4M41A 3AO5A 3O3GA 3HP6A 3HM9A 4DU1A 2G8HA 3TWHA 4B9SA 1G15A 4B9TA 2A1RA 1LAWA 3OYKA 1VSJA 3OYFA 4N47A 1HNVA 4ZTFA 3VQ4A 1J9AA 3DMJA 3KD5E 4DTMA 4FJNA 3NBPA 3NFAA 4J2BA 2ITGA 2HHUA 4CJPA 2FBTA 5EU7A 4CEOA 4CJUA 4E89A 3D0PA 3THVA 4R5PA 1U49A 1JLBA 1CXUA 1WSIA 2FC0A 1NK5A 1RT6A 4QOZB 2HHVA 5J1EA 2VWKA 1WSHA 2I5JA 4GMJB 1IH7A 2OA8A 4F4KA 2B4JA 5HBMA 4DSKA 1LWEA 4M42A 3AO1A 3VQ8A 1QTMA 4Z4IA 2Z1GA 1KVBA 5KI6A 3ZT3A 3OYLA 2O4GA 3NH2A 3OYBA 2AJQA 1I39A 4B9NA 1CZ9A 3EZ5A 5T7BA 1BIZA 3ZSXA 4DSJA 4CJTA 1RNHA 3LAMA 2YKMA 3O4NA 4CEDA 4DQIA 3ZSRA 5CYMA 4C8MA 1JKHA 1TAQA 4FM1A 3QO9A 2PZSA 4W5TA 3DRSA 1NKCA 4CJ5A 2Y1JA 4DTNA 1YTAA 4PQUA 1RBSA 2BANA 3QNOA 4CJQA 3PX0A 4AILC 4KHYA 4FLVA 4N76A 1GOAA 2YKNA 4CIGA 3OJSA 4CK1A 4KHNA 1RBVA 3SUOA 1Q9XA 4CGHA 4I7FA 4M45A 1RDDA 1C0UA 2BE2A 3ZT0A 2W42A 2DTUA 4N5SA 4K8XA 4HCCA 1JLAA 4KB1A 4PWDA 3DYAA 4E1MA 3OS2A 1S1TA 4AHCA 4CF2A 1TL1A 3OYGA 3U3YA 1KVCA 4ZTJA 4C8OA 1JL2A 1ZBHA 4KAZA 3WNEA 4CJSA 3HPHA 3NE6A 1IKYA 4DTOA 3SPYA 2VWJA 1BCMA 4LH5A 3FFIA 5J2NA 2OPRA 1NK0A 1NJXA 3MEGA 1RDCA 3SQ0A 3I0SA 3OYHA 1VK0A 1LV5A 4RG8A 1KCFA 2LSNA 4DTSA 1JXBA 4AHTA 1IKXA 2Z1JA 1BIUA 3C6TA 1UA1A 4F3TA 5KRSA 1JL1A 4G1QA 3AVKA 2ATQA 4FM2A 4KTQA 1JLEA 3VQAA 4F8RA 4FJHA 1KFDA 4CJRA 1L3UA 2VG5A 3RRGA 4M3YA 5CZ1A 4FJKA 3CM6A 3TAEA 3V1QA 5J2QA 3HP9A 3HSTB 4FLXA 4CJFA 3AO3A 1KTQA 3NCIA 4CEZA 3QEWA 2RN2A 4FYDA 3LP3A 1L3SA 3NF6A 4L8RB 3TI0A 4IG0A 4C8KA 4FCYA 4F3OA 4F2SA 4PA1A 5HRNA 4DSFA 4C8LA 3RMDA 3B6OA 1X9SA 3TANA 2HNZA 4IFVA 4ELVA 1VSLA 1S1XA 3DLBA 1TKXA 3AVBA 4DMNA 2JGUA 3V9WA 2XO7A 4OLAA 1EX4A 1SKWA 2X6SA 2B6AA 3TARA 4GVMA 4B8CA 3KLHA 4NCGA 4CHZA 2D0CA 4KHUA 1HYZA 1BQNA 4OKEA 3NH1A 2E6MA 2XY7A 2Z1HA 5DK5A 3OYNA 3RTVA 3HT3A 5JS1A 3S3OA 1S1WA 4NCBA 2IGIA 4CJWA 2G8IA 3HO1A 3VQQA 3M8RA 4CCHA 4KRFA 3LWLA 1BI4B 4DQQA 1RTIA 3WNFA 3AVNA 3WNGA 3T19A 4E7JA 3SQ1A 3IS9A 2F8TA 4DQPA 3PO5A 4DLGA 4LY7A 4MQ3A 3ZSQA 1D8YA 2Z1IA 3NH0A 3LP0A 3OYIA 3ALYA 3L3VA 1SKSA 3DOKA 1TVRA 3AVGA 4KHWA 5I42A 4IDKA 1KVAA 4I2QA 4MFBA 4W5QA 3AA4A 2KFZA 2XHBA 5J2PA 4M3WA 1S9GA 4CFBA 3V6DA 3HXMA 1XI1A 4FLWA 2Y1IA 4E19A 4KKOA 2P5GA 4N56A 5J2MA 1HPZA 2BGGA 1VSEA 3U6FA 3SUPA 1D9DA 4BWJA 4FJ9A 1QHTA 1HYVA 5D3GA 4DFMA 4XIUA 1RDAA 5FRMA 1DTQA 1WSJA 3ZSVA 3OJUA 5JS2A 4Z4HA 4BACA 2QXFA 1BHLA 1LW2A 3NF8A 3SNNA 2E6LA 3NF9A 1ASUA 4FK0A 1N6QA 1HJRA 3K2PA 5SZTA 1HRHA 1C1AA 1NOZA 4FJMA 1TAUA 4CGIA 4BDZA 3ZSWA 4CGGA 2HHWA 3KK1A 3RMBA 2P51A 1Q8IA 4O4GA 3I8DA 3NGZA 4FLZA 1RILA 1NK4A 4CJVA 3CFRA 1LWFA 2HNYA 2BDPA 2RKIA 3AA2A 3QETA 1T03A 2HHQA 3AVCA 2YNHA 5CY4A 2HNDA 3PV8A 2YNGA 1Z26A 1TL3A 1NKEA 3B6PA 1IG9A 2P1JA 2KTQA 3SPZA 3KLEA 1RTDA 4FZZA 4C8NA 1U47A 3G10A 1QQCA 3DLGA 2QK9A 3PX6A 4LH4A 4DU3A 2HHSA 5FROA 4FM0A 4OPJA 3S3NA 2OPQA 2NUBA 5E41A 3VQ5A 5KGWA 4DLEA 1TKTA 1QSYA 4BDPA 1IO2A 4KHSA 3L2VA 3CG7A 4I9LA 2IC3A 4CHQA 3NGYA 2B5JA 4CECA 3QEXA 1N5YA 2GBZA 3SV4A 3MXMA 4DQRA 1RTJA 1B9FA 1VSDA 1RTHA 3QIPA 3VQEA 1XC9A 2PYLA 5KGXA 2VG6A 3VQ7A 3EYZA 4OGEA 4B9LA 3BGRA 3U3GA 1KSPA 1QS4A 3AVAA 4M3RA 4FLUA 1ZYQA 3MECA 5C24A 3V81A 1W0HA 1KLMA 4Y1DA 3HK2A 1RDBA 3OVNA 4FJ8A 3QIOA 3TAQA 3CFPA 4PUOA 3IRXA 3KIOA 3RRHA 1JLCA 4J2EA 2ZD1A 3L2QA 1JLFA 3ULDA 1A5XA 3NHGA 3RMCA 1JLQA 1I3AA 1B9DA 2FBYA 1SUQA 4FJ7A 3KK3A 1GOCA 4HUEA 2G8FA 1VSMA 4H4OA 5C25A 3QLHA 1TK8A 1DLOA 4FVMA 4EP4A 2VG7A 4DSEA 3AVMA 4B8AB 1U48A 3RR7A 3OYEA 2D0BA 2OZSA 1WNSA 3SV3A 4CK2A 3O3FA 4LSNA 4HCBA 4GW6A 2D5RA 4BE2A 3LANA 4CGJA 2RPIA 4CF8A 4KPYA 5CZ2A 4CJ3A 4H4MA 1BQMA 4NYNA 3MEDA 1RT3A 3QEPA 2QKKA 4FZXC 1SV5A 4OLBA 2DFHA 3K59A 1FKPA 5FRNA 2RF2A 1T8EA 4M3TA 1DTTA 1WSEA 3SZ2A 4UQGA 3T1AA 2KZZA 1IKVA 1RT1A 3K58A 3LPUA 1HYSA 1JLGA 3EY1A 3AVIA 2HHXA 3V9SA 4CIFA 1S6PA 3DRPA 3QEIA 1U45A 2OYQA 4EZ9A 4K8ZA 1CLQA 3VA3A 1RBTA 3A2FA 3ITHA 3OYJA 4CGDA 4O5BA 3MAQA 1YT3A 4TSXA 4IBNA 4OKKA 2E4LA 3LAKA 4CJKA 1KRPA 4CJLA 2OPPA 3P5JA 4ICLA 4HTUA 4I9QA 1EP4A 1B92A 2YNFA 4HUGA 3CM5A 3SUQA 1T05A 1YTUA 3NGIA 1X9MA 3V1RA 2ZE2A 1Z25A 3P1GA 3ZT2A 4O0IA 1EKEA 4OGCA 1WN7A 2WONA 4OJRA 5SWMA 4DU4A 3AVJA 4B9VA 1UWBA 3VQBA 3SJJA 3DLHA 4FLYA 3V1OA 3VQCA 4FJLA 3AA3A 1FK9A 2OPSA 2PYJA 4DTUA 3VQPA 4KTWA 4DQSA 3WNHA 3OS0A 3DI6A 3L2RA 2PY5A 4E1NA 1J5OA 3OY9A 1HQUA 3ZSZA 3PY8A 3PX4A 1VRUA 1FKOA 1NKBA 3NAEA 5HROA 4E7KA 4AHSA 3QEVA 4E3SA 1QSLA 4KB0A 3OYAA 4Q5VA 3K5LA 3S9HA 3ISNC 1EXQA 4Z4FA 1VSKA 4KREA 2HW3A 2YHBA 1NJWA 2ZQBA 3C95A 1BGXT 1VSHA 1ITGA 1BCOA 3DM2A 3DLRA 1MU2A 5KRTA 1LAVA 3LWMA 4KV8A 4Y1CA 2A1SA 4DF4A 1ZBLA 2EX3A 2EHGA 3HVTA 1SL2A 4IKFA 1S1VA 5HLFA 4CF0A 4FW2A 3AO2A 3PO4A 4LD0A 2XRIA 4W5RA 4YFUA 4EZ6A 4M3UA 1IKWA 1NJZA 1RT5A 1S9EA 2HVHA 1J53A 2KFNA 2HVIA 3HL8A 1RT4A 4KTZA 2X6NA 1D5AA 2X78A 3AVFA 3HVRA 1NJYA 1WLJA 1FXXA 3OS1A 3MXIA 3V9XA 1BL3A 4JS5A 4DS4A 4J2AA 1ZBFA 1GOBA 1A5WA 4RW9A 2P5OA 1BI4A 1S1UA 2KZMA 4FLTA 1KFSA 3E01A 3ZT1A 1F21A 3LPTA 4CEEA 4N41A 1C0MA 1C1BA 4DTRA 3L3UA 3L2WA 1VRTA 3O4QA 4HHTA 4E7LA 3P83D 4FW1A 3DLKA 4AH9A 4CE9A 4CHPA 4YNQA 4FJ5A 4CHOA 3BDPA 4LSLA 2XY8A 1X1PA 4M3XA 2G8UA 3JYTA 4W5NA 1RCHA 1UA0A 1UAXA 3K5OA 1QE1A 4CHNA 1TGOA 4CFDA 3NF7A 3PUFA 1SL0A 1CXQA 4B9UA 4E0DA 4DFPA 4IG3A 1HMVA 2X74A 4DSIA 5C42A 1SL1A 3MXJA 1C1CA 1EETA 4RW6A 3OYDA 4DG1A 3ASMA 1ZBUA 4HUFA 3VQ9A 3K5NA 4Z4CA 4JRPA 2Q3SA 2XY6A 1U04A 4RW8A 3OYCA 3UIQA 2FBXA 4RW7A 4CIEA 4Z0UA 2GUIA 4CEAA 4J2DA 1NOYA 3HJFA 3SUNA 3C94A 4O0JA 2WOMA 3CYMA 3MEEA 1CZBA 1XHZA 5FDLA 1UOCA 4KFBA 4KO0A 3TAMA 3VA0A 3QNNA 3SQ4A 3H08A 2HMIA 3AA5X 1L5UA 3KK2A 1C0TA 1VSFA 3F9KA 3VQDA 3T3FA 4ID5A 1TKDA 4Z4EA 4OPKA 4OVLA 3V4IA 4FXDA 2YHAA 1NK8A 2F8SA 1WAFA 5KTQA 4DTXA 4CHYA 3KD1E 4DSLA 4B9MA 4B3OA 3AVLA 2IOCA 3M8PA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NGJA 4FJGA 1SKRA 1GLEG 2OCEA 4DTJA 3KJVA 3TAGA 4F2RA 4BRIA 1LWCA 3SCXA 2WTUA 3GG4A 2E8AA 4CEBA 2HB5A 4BE1A 1KLNA 2ETJA 3BUZB 3QFUA 5CR4A 5K14A 4FJJA 2O4IA 2YJEA 2A40A 5CYQA 1HQEA 2NNWA 5FPNA 4CK3A 2R7YA 1HNIA 3DLEA 5AR0A 2KW4A 3IAYA 4AHUA 4FWQA 1BISA 3QINA 3DRRA 1RBRA 1Q81O 2YJFA 4CFCA 3FZLA 5M1OA 2BTFA 3BZKA 3RWUA 3THYB 4B1VA 3OBYA 3AVHA 3CCUN 1VQMN 1EWQA 1VSIA 4CF1A 3LP2A 3LP1A 1LW0A 1ZBIA 4ISGA 4LFCK 2OZMA 1WAJA 2G8WA 1Q9YA 2ZWHA 1TV6A 4JRQA 4BE0A 4RW4A 2P9KA 4FZYA 1NGAA 5BRFA 4YOTA 3ZETA 2IAJA 3OYMA 3TAFA 1U4BA 2DFEA 1S6QA 4BRFA 2E2QA 3O3HA 1YJWN 4LF8K 1QQNA 1TK5A 2G8KA 1YJNN 5HRPA 4OPHA 3QICA 4Z4GA 4CEQA 2XY5A 1W9HA 5MLCQ 1NGGA 4QAGA 2G8VA 4CGFA 4EP5A 4W5OA 4JLHA 3H3OB 1OH6A 3O3GA 5KPTA 3CJ7A 3HM9A 4B9SA 1XUPO 5LJWA 2A1RA 3OYKA 1ZXOA 1K8KA 3A8YA 4RCHA 3VQ4A 3KD5E 3AAPA 2ITGA 4CJPA 2FBTA 5EU7A 3D0PA 4E89A 4R5PA 2HHVA 1WSIA 4QOZB 5M1NA 4H0YB 1IH7A 3ATVA 4JD2A 4Z4IA 1LOTB 3ZT3A 4CZHA 3OYLA 4JKGA 3UE5A 3VGKA 3OYBA 1I39A 3EZ5A 5T7BA 1BIZA 3CCJN 4CD3A 1HX1A 1JKHA 5BREA 1NKCA 1VQON 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1NGJ A;  4FJG A;  1SKR A;  1GLE G;  2OCE A;  4DTJ A;  3KJV A;  3TAG A;  4F2R A;  4BRI A;  1LWC A;  3SCX A;  2WTU A;  3GG4 A;  2E8A A;  4CEB A;  2HB5 A;  4BE1 A;  1KLN A;  2ETJ A;  3BUZ B;  3QFU A;  5CR4 A;  5K14 A;  4FJJ A;  2O4I A;  2YJE A;  2A40 A;  5CYQ A;  1HQE A;  2NNW A;  5FPN A;  4CK3 A;  2R7Y A;  1HNI A;  3DLE A;  5AR0 A;  2KW4 A;  3IAY A;  4AHU A;  4FWQ A;  1BIS A;  3QIN A;  3DRR A;  1RBR A;  1Q81 O;  2YJF A;  4CFC A;  3FZL A;  5M1O A;  2BTF A;  3BZK A;  3RWU A;  3THY B;  4B1V A;  3OBY A;  3AVH A;  3CCU N;  1VQM N;  1EWQ A;  1VSI A;  4CF1 A;  3LP2 A;  3LP1 A;  1LW0 A;  1ZBI A;  4ISG A;  4LFC K;  2OZM A;  1WAJ A;  2G8W A;  1Q9Y A;  2ZWH A;  1TV6 A;  4JRQ A;  4BE0 A;  4RW4 A;  2P9K A;  4FZY A;  1NGA A;  5BRF A;  4YOT A;  3ZET A;  2IAJ A;  3OYM A;  3TAF A;  1U4B A;  2DFE A;  1S6Q A;  4BRF A;  2E2Q A;  3O3H A;  1YJW N;  4LF8 K;  1QQN A;  1TK5 A;  2G8K A;  1YJN N;  5HRP A;  4OPH A;  3QIC A;  4Z4G A;  4CEQ A;  2XY5 A;  1W9H A;  5MLC Q;  1NGG A;  4QAG A;  2G8V A;  4CGF A;  4EP5 A;  4W5O A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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