3QIOA

Crystal structure of hiv-1 rnase h with engineered e. coli loop and n-hydroxy quinazolinedione inhibitor
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
148
structure length
136
Chain Sequence
b'MYQLEKEPIVGAETFYVDGAANRETKLGKAGYVTNRGRQKVVTLTDTTNQKTELQAIYLALQDSGLEVNIVTDSQYALGIITQWIHNWKKNVDLVNQIIEQLIKKEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDKLVSAGIRKV'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Gag-Pol polyprotein,Ribonuclease HI,Gag-Pol polyprotein
publication title Structural and Binding Analysis of Pyrimidinol Carboxylic Acid and N-Hydroxy Quinazolinedione HIV-1 RNase H Inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1 group m subtype b
molecule tags Transferase, hydrolase/inhibitor
total genus 43
structure length 136
sequence length 148
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-01-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3qioA00
1TK8A 4FLWA 1NK4A 3QEIA 1BISA 1IKYA 3E01A 3LDSA 4RW9A 4CJWA 3B6OA 3UIQA 3HSTB 4FJ8A 3HP6A 1J54A 1RBUA 3SV3A 3MXIA 4FJIA 1RT3A 2KFZA 3LP2A 1QSSA 1LWEA 1QE1A 1QSYA 4FM0A 5FROA 1REVA 4ZHRA 1QQCA 5CYMA 3V1QA 1SKWA 1U48A 1Y97A 3NH0A 2VWKA 3CM6A 4KV8A 4IDKA 5CZ1A 4CGGA 3CQ8A 4BDYA 1VRUA 3SQ2A 4Y1CA 2PZSA 3SPYA 1S1XA 2DFFA 4UQGA 4N76A 1BQMA 2YHBA 4LY7A 3SUQA 1HYSA 1RBVA 3MEDA 2VG5A 1ASVA 4XIUA 3EZ5A 2JLEA 4BDPA 1Q9XA 1RBTA 1RDBA 4OKJA 4L8RB 1KFDA 1YTUA 4FLXA 1FXXA 4FJKA 4M42A 3TAFA 4CEEA 4E1NA 1HPZA 1RT2A 3LPTA 3ZSOA 1HYVA 4CJ4A 2Z1HA 1U47A 4QOZB 4O4GA 4FZXC 1RT4A 4DQRA 5JS1A 1TGOA 2G8WA 3DI6A 2B6AA 1VSMA 1RTJA 4CF0A 4CJPA 3HT3A 1LV5A 5C25A 1FKPA 3V9SA 1ZBFA 2ZQBA 3DLGA 4CGFA 4KAZA 1JLAA 3F73A 4KKOA 3L2QA 2IC3A 3AA4A 3OYMA 4CJSA 1RT6A 4BE2A 3MEEA 1JLQA 1UA0A 2OPQA 5J2MA 1T7PA 4W5QA 4JRQA 1S9GA 2YHAA 3AVBA 4DLGA 2OPSA 3ITHA 3VQ9A 1KLMA 1A5WA 2VG7A 3LANA 3V4IA 1N6QA 4FJNA 4M3TA 4KRFA 2HVHA 2Z1GA 1D9DA 3TAQA 1DTTA 1A5VA 1RTHA 3DLKA 3ZT0A 2FBTA 3OS0A 5HP1A 1RBRA 4OGEA 2A1RA 2HMIA 1BQNA 4B08A 3OYCA 1BIZA 4C8OA 4FJMA 4KHNA 2EHGA 2KQ2A 1T8EA 1ITGA 3K5NA 3G0ZA 3OVNA 3LPUA 1KVCA 3DLRA 4PY5A 4HUEA 3C6TA 2FBXA 2KZMA 2YV0X 3RMCA 2HHWA 3HPGA 4FLVA 4KHQA 1WSFA 1CZBA 2OPPA 3U3GA 3ZT4A 3QERA 1C1CA 4Z4CA 3PX4A 3DLBA 1GOBA 1SUQA 3VA0A 3PO5A 3KK3A 2O4GA 1BL3A 4FM1A 3QIPA 1IO2A 1R0AA 2ATQA 3AVFA 3KD5E 4M3UA 1CLQA 3SZ2A 2F8SA 4YNQA 5EU7A 4PUOA 4CFAA 2HW3A 1XHXA 4C8NA 2XHBA 3ISNC 4M45A 4I7FA 4IFVA 2VWJA 1IH7A 1TV6A 4FYDA 4R5PA 1NK8A 4FJ7A 1IG9A 4B8CA 2ITGA 4NCGA 4DMNA 4CJLA 4CIEA 2D0BA 4RW8A 1Q8IA 4I9LA 4DTJA 3RMDA 3AVIA 4KO0A 3SI6A 4PA1A 4BDZA 3RRHA 2YNIA 1NOYA 1KTQA 3KLFA 4FM2A 1TK5A 3SUPA 5KTQA 2P51A 4ID1A 1ZBLA 1TAQA 3AO1A 3SYZA 4M3WA 1QSLA 4E7HA 1JLGA 3M8PA 3AVGA 2XY7A 4CFDA 3MAQA 1NKEA 4FJXA 4K8XA 4J2DA 3O4QA 3NGIA 3LP1A 2W42A 3DYAA 5D3GA 1VSLA 4DLEA 2X6NA 5T7BA 4HUFA 3NCIA 3A2FA 4JS4A 1C0UA 4LD0A 3OYDA 1EX4A 3ZSYA 4CHYA 3LZJA 4DTUA 2G8KA 2X78A 1SL1A 1IKXA 5J1EA 2P5OA 3M8SA 4CFBA 5HROA 3ZT1A 3BDPA 4B9NA 1S1WA 2OZSA 2Y1JA 1L5UA 1L3TA 1EETA 4DSKA 4CJ3A 3O4NA 1L3VA 4CF1A 4DWIA 3AA5X 2KZZA 4C8LA 3QEVA 4F2SA 1FKOA 1F21A 1HQEA 1S1TA 3AO2A 3S3NA 4B3OA 1S6QA 2FC0A 2IAJA 1XI1A 4ICLA 1JL1A 4DSJA 3C95A 5KI6A 3ZT3A 1BCOA 2PYJA 1VSJA 5J2NA 3KJVA 4FZYA 3OYLA 1X9MA 1IKVA 1RDAA 3ASMA 4N56A 4I2QA 4E7LA 3RR7A 4KHWA 3NGZA 4OLAA 4DTPA 4DQIA 3AVMA 4MQ3A 2Q3SA 5DK5A 3T19A 1QHTA 2GUIA 4WE1A 1X9WA 1NK0A 3ULDA 4CHPA 3S3MA 3I0SA 4DU3A 4DQPA 4NYFA 3QEWA 2HHVA 4Z4EA 3G10A 4DFMA 1U49A 3OYAA 4J2EA 3LAKA 3K59A 4Z4HA 3NFAA 1YVUA 4KB1A 4M41A 3PX6A 2QKBA 4FJGA 2YKMA 3L2UA 2HHQA 2OPRA 3HO1A 3B6PA 1C6VA 4PQUA 4DS5A 1X1PA 4IKFA 2KFNA 2HNYA 4IG3A 1VSFA 2IDOA 5CYQA 3NAEA 3QEPA 4F3OA 3TI0A 1ZBIA 3PUFA 4B8AB 4CF2A 4NCAA 4KI4A 1GOCA 4CEOA 1TKDA 4CF9A 3RWUA 4I2PA 4N47A 4M3ZA 2G8IA 2ZE2A 2EX3A 3P5JA 3OYFA 4EP4A 4DFJA 1HYZA 1VSDA 4OPJA 1T03A 3T1AA 1I39A 3VQQA 3QEXA 5HBMA 3NE6A 3AVKA 1SKRA 3NDKA 5FRNA 4K8ZA 4N41A 4CK3A 1CXUA 1UAXA 3OS1A 3IRXA 3K58A 2Z1IA 4QCLA 2OYQA 1JLEA 3EYZA 4PWDA 3DOLA 3K5OA 3AVJA 4CJUA 4CJVA 4FJ9A 3PX0A 5HRRA 1EP4A 3ZSZA 2D5RA 3V1OA 4O5BA 4FLUA 3ZT2A 4DSFA 4KHYA 1S6PA 4E1MA 1VSHA 4O0JA 4NYNA 2ETJA 4E7KA 1NKCA 4HHTA 4AHCA 1ZYQA 2PYLA 4HVJA 4CGJA 3LWLA 3KD1E 1RBSA 1VSKA 3VQAA 4AHRA 2ZD1A 4IFYA 2DY4A 1WSHA 3OS2A 4CEAA 3PY8A 4Q0BA 5HRSA 3PV8A 4CE9A 4CERA 3OYGA 3AO5A 4YFUA 3U6FA 4HCCA 4FK4A 2DFHA 1Z26A 1LWFA 3ZCMA 1CXQA 2FBYA 3F9KA 3MECA 4CFCA 1BCMA 3ALYA 4DSEA 2O4IA 3VQBA 4DTOA 4FZZA 1S5JA 4OJRA 3C6UA 4CEFA 3TAMA 5KGXA 1BI4A 4FLYA 1NJYA 3RRGA 1NJZA 2BGGA 4FK0A 5CY4A 4LH5A 1YT3A 2JGUA 1UA1A 4DF8A 3V1RA 3L8BA 4M3YA 1NJWA 3HYFA 1SKSA 1L3UA 3LAMA 3M8RA 2HVIA 1WAFA 4H4MA 3V9UA 1U45A 3L2WA 1NK6A 3KKSA 4FJHA 2IOCA 1RTIA 1NK9A 4F2RA 1TVRA 3K2PA 3SPZA 3TR8A 3VQDA 1J53A 1WSGA 3P1GA 4W5RA 4EZ6A 3OYJA 2E6LA 2HHTA 3AVNA 4EP5A 3HPHA 1NOZA 4F3TA 3AVLA 4JLHA 1RNHA 1NK5A 1VK0A 3QINA 1BHLA 1KFSA 2BANA 4GVMA 3HJFA 1JLFA 1C0MA 3MEGA 3TARA 3RR8A 4KREA 1VRTA 4CF8A 3ZSXA 2QKKA 4CESA 3T3FA 3U3YA 1BIUA 3TANA 3HVTA 4LSLA 3FFIA 4DQSA 1KLNA 1CZ9A 1RILA 4CJFA 1LW0A 5FRMA 2BDPA 4HTUA 2HNDA 4DTMA 1TL3A 2Z1JA 4CEQA 2HHXA 2NUBA 2G8VA 3HM9A 1T05A 3L2VA 3P83D 1GOAA 4BWJA 1LAWA 4G1QA 3VQ5A 4O0IA 3S3OA 1JLCA 1J5OA 5KRSA 4ID5A 4CEZA 3D0PA 3L3UA 3RMBA 4ELVA 4H4OA 5CZ2A 3OYBA 4AHUA 4KB0A 3KTQA 3VA3A 2FBVA 4E89A 3OYNA 4QAGA 3KK2A 2XY8A 1HJRA 3QO9A 4EZ9A 3O3GA 3L2RA 2HB5A 4CHZA 2P5GA 2X74A 1WNSA 4DFKA 4Z4IA 3TAEA 1WAJA 5E41A 4ELTA 1LAVA 2GV9A 2KTQA 3O3HA 5KGWA 2HHUA 3VQCA 4AHTA 1KCFA 4BE0A 4DU1A 4CGHA 2DFEA 1JXBA 2I5JA 3C94A 1WSJA 1G15A 3H08A 2XY5A 1C1BA 1UOCA 3RTVA 3SNNA 3DLEA 5SZTA 3JYTA 2XY6A 1RT1A 1W9HA 1S1VA 3AO3A 1RDDA 4OKKA 1QTMA 3PO4A 3KK1A 4CGIA 2XO7A 5DMRA 3HK2A 1D9FA 3V81A 4F4KA 2LSNA 2GBZA 3HL8A 4CHNA 1Z25A 1NJXA 3NHGA 4HCBA 3SUOA 1HNVA 2RF2A 1WSIA 4M3RA 1C1AA 2IGIA 4H8KA 4FJLA 4E0DA 3ZSWA 3HP9A 2OA8A 4N5SA 1ASUA 3KIOA 4C8MA 1HMVA 4CJKA 1JLBA 4E3SA 4FLTA 5FDLA 3ZSVA 3OYKA 1D5AA 2XRIA 2OZMA 1D8YA 1NK7A 3AV9A 1VSIA 4RW7A 2BE2A 3DRPA 3NGYA 3CFPA 1O1WA 4J2BA 2PY5A 3IG1A 3OYIA 1TKZA 3L3VA 4KHUA 2WONA 4GMJB 1DTQA 1SV5A 1XHZA 3DLHA 4M3XA 3NBPA 2G8UA 2VG6A 4BWMA 1B9DA 2A1SA 3LZIA 4OGCA 4W5TA 3V6DA 4KTQA 4NCBA 1RDCA 4ELUA 4O55A 1RT7A 3O3FA 2WOMA 3OJUA 2QK9A 2G8FA 1WSEA 4IG0A 2QXFA 3K57A 2YNGA 4FCYA 4AH9A 3BGRA 4E19A 3SQ4A 4DTXA 4CJEA 1B92A 1K6YA 1ZBUA 3NH1A 3V9XA 1EXQA 1L3SA 3VN5A 2AJQA 1TKXA 4DSLA 3K5MA 4CJRA 1KSPA 3LALA 1W0HA 3DRRA 3KLHA 5KRTA 4CECA 4DFPA 1YTAA 1ZBHA 3QNOA 4CCHA 1C0TA 3AA2A 4KHSA 1A5XA 4CHQA 3D45A 2E4LA 4ZTJA 3M8QA 3THVA 5C24A 1J9AA 3SUNA 1S1UA 2HNZA 3VQ6A 4B9MA 1RT5A 1HQUA 4AHSA 4J2AA 4FJ5A 1I3AA 2F96A 3LP3A 4CJTA 4HUGA 3VQEA 3HPOA 1RTDA 3KLIA 2B4JA 1TL1A 3VQPA 3OY9A 3OYHA 5J2PA 4AILC 3VQ7A 2HHSA 3NF6A 4MFBA 1FK9A 4CHOA 3JSMA 3CYMA 5HLFA 1WN7A 2G8HA 3QLHA 3QIOA 3NF8A 3QNNA 4LSNA 4DF4A 4B9UA 5HRNA 3CM5A 4FVMA 4O44A 3RMAA 3CG7A 2DTUA 3WNGA 2D0AA 4RG8A 4BE1A 1VSEA 3IS9A 4CJQA 3KLEA 3QESA 3TAGA 2RKIA 4CK2A 3DM2A 5HRPA 3IAYA 5K14A 1QS4A 4OPKA 1UWBA 2R7YA 3EY1A 4W5NA 4I9QA 3AVCA 3WNHA 4FXDA 4RW6A 4AHVA 4CIFA 1LW2A 1JXEA 1XWLA 2X6SA 2Y1IA 4IBNA 3DRSA 1U4BA 1SL2A 4ZTFA 4FK2A 3WNEA 3HXMA 3SQ0A 1ASWA 1DLOA 4RW4A 3KLGA 3S9HA 2D0CA 3KKRA 3AA3A 4DS4A 1TK0A 4KTZA 4Q5VA 2E6MA 4DTSA 1JL2A 4F8RA 1SL0A 2P1JA 4DQQA 1KVAA 3V9WA 3K5LA 5SWMA 4Z4GA 4B9SA 1MU2A 3AO4A 2B5JA 1U04A 4B9LA 1KVBA 4OVLA 3LWMA 1HRHA 3NF9A 4KTWA 4BACA 5I42A 4E7JA 1BI4B 2YNHA 4DU4A 3TAPA 3TWHA 1X9SA 4KFBA 4Z4FA 3HVRA 3SCXA 3AVAA 4CEDA 1WLJA 3OYEA 2KW4A 4DSIA 1Q9YA 4OKEA 1NKBA 3LP0A 3NF7A 4DTRA 1XC9A 4FJJA 4CJ5A 3SJJA 1N5YA 3AVHA 1HNIA 4LH4A 4DTNA 4CGDA 4KPYA 1JKHA 4FW1A 4CK1A 3WNFA 3DOKA 3SV4A 1BGXT 3OJSA 3CFOA 3ZSRA 1RCHA 1KRPA 3ZSQA 3I8DA 3V9ZA 3SQ1A 4W5OA 4KI6A 4C8KA 4FW2A 3VQ4A 4FLZA 3QETA 1TKTA 4E7IA 4JS5A 2YNFA 4Z0UA 3I0RA 5JS2A 1TAUA 4OLBA 2F8TA 1EKEA 3DMJA 1S9EA 3CFRA 4CIGA 1B9FA 4B9TA 5I3UA 2IS3A 4CEBA 4B9VA 2YKNA 3NH2A 4Y1DA 3MXMA 1LWCA 3TABA 4JRPA 4GW6A 4TSXA 2RN2A 2RPIA 5C42A 5J2QA 3VQ8A 1IKWA 3MXJA 4DG1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FLWA 3MN9A 3QEIA 1BISA 4YOXA 3NMUA 4CJWA 4BQLA 3LP2A 4QS8A 1QSSA 1E3MA 5FROA 2QWOA 2VWKA 5CZ1A 4LF8K 3GDQA 3VEYA 2PZSA 3SPYA 1S1XA 2Q0RA 1BQMA 1HYSA 2O8CA 3MEDA 1ASVA 4JI6K 3G25A 1RBTA 4OKJA 1QQNA 1I94K 4FLXA 3THYA 3RSEA 4FJKA 4M42A 5HL7L 4CEEA 4E1NA 3LPTA 1K8KB 1U47A 3VF2A 4DQRA 3J7AP 1VSMA 1RTJA 1LV5A 1IBKK 5C25A 1FKPA 3CJ7A 3V9SA 3DLGA 3N4QA 4KKOA 3L2QA 3O9SA 4H0YB 5M1FA 1UA0A 5J2MA 4H0OA 3R6MA 3H46O 2YHAA 1WBDA 1GLFO 5AQNA 2OPSA 1NBWA 4FJNA 4BR9A 2NRHA 2AP1A 4M3TA 2HVHA 5HP1A 3DLKA 1RBRA 1BQNA 3B8AX 3OYCA 1ITGA 3OVNA 4BR2A 1KVCA 3DLRA 4PY5A 1IV0A 4QS7A 3RMCA 4FLVA 4KHQA 1K73O 3ZT4A 3PX4A 3DLBA 4K41A 4BQZA 3SLCA 2O4GA 1BL3A 4JI3K 1R0AA 2GTDA 4CZHA 5BRDA 4CFAA 1QZ5A 3R1XA 5JVHL 4IFVA 3GG4A 4MO5A 1N34K 4FJ7A 4B8CA 4NCGA 2FSKA 4YOWA 4CJLA 2YHYA 4WFNL 3M3ZA 4KO0A 2YNIA 5KTQA 3AO1A 3SYZA 5BRFA 4KHPK 2XY7A 1NKEA 4WFBL 2Q36A 4J2DA 3ZYYX 5CR4A 3LP1A 5D3GA 3ZEUA 1VSLA 2RE2A 5T7BA 3VEWA 1C0UA 3OYDA 4BRMA 4B1YB 3ZSYA 3LZJA 2Q0UA 1NGJA 4OPAA 4YOVA 5A2QO 3O80A 4O5FA 1ZBSA 3O4NA 4CF1A 4DWIA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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