The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
59
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sequence length |
141
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structure length |
141
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Chain Sequence |
VLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKGLGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKYR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Determination of Pathways for Oxygen Binding to Human HbA
rcsb |
| molecule tags |
Oxygen transport
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| source organism |
Homo sapiens
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| molecule keywords |
Hemoglobin subunit alpha
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| total genus |
59
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| structure length |
141
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| sequence length |
141
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-01-28 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00042 | Globin | Globin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1HCO A; 4WCH D; 3CY5 A; 4O4Z A; 4PQC A; 1CMY A; 2PEG B; 1MYJ A; 2ZT4 A; 3GOU B; 3D4X A; 1LFZ B; 3R0G A; 1VXA A; 1MLQ A; 4MQG A; 1UT0 A; 1G9V A; 1RTX A; 5IKS A; 3OZV A; 1IOP A; 1O1I A; 3NML A; 2OHA A; 3G4U A; 2R4Z A; 1T1N A; 5M3S A; 1ASH A; 2ZLV B; 3ECL A; 1YEV B; 1UC3 A; 1MGN A; 1HDS A; 5B84 A; 1MLL A; 1YFF B; 1WMU B; 3AQ6 A; 3AQ9 A; 3UHX A; 3DUT B; 3UHU A; 3OGB A; 3BA2 A; 3WCU C; 1Y4G B; 3IC0 A; 1MYZ A; 5ILM A; 1BVC A; 1S61 A; 1O1O B; 4U8U D; 1YCA A; 1URV A; 1XXT A; 1W92 A; 3AT5 B; 1Y8W B; 3E5O A; 1FHJ A; 4ODC B; 1RQ4 A; 1V4W A; 5CNF A; 2R4X A; 1GCV A; 4F4O B; 1S6A A; 4PQB A; 1UIW B; 1B86 A; 1BZZ B; 2QFN A; 3UH6 A; 1X9F D; 3PI9 B; 4N7O B; 1YEQ B; 3GQG B; 1LJW B; 1OFK A; 1O1L A; 2H8F A; 2D2M B; 2HBD A; 1MWD A; 3ZJP A; 5EUI A; 2BWH A; 1CBM A; 2OHB A; 3WI8 A; 4UUR A; 2GL3 A; 2G0X A; 2ZSN A; 3EOK B; 1BUW B; 5CN9 A; 2MHB A; 3EU1 B; 2MGH A; 3KMF A; 2MGI A; 1KD2 B; 1CH7 A; 2ZFO B; 3QJB B; 2LH6 A; 1O1J A; 3HYU A; 2GDM A; 1Y01 B; 4ROM B; 1A9W A; 1OUU B; 3QZX A; 1F5P A; 3MYN A; 4F6F A; 1O1P B; 1Y8K A; 2AV3 A; 1DUO A; 3NFE B; 2GRF A; 1YOG A; 3K8B B; 1MWB A; 2HBS B; 3KUO A; 1BBB A; 4F69 A; 3LB1 A; 1N9H A; 3U3E A; 1HBB B; 1CQX A; 5HBI A; 2JHO A; 3P5Q A; 2RI4 B; 1HBI A; 1BZ1 A; 2H8D B; 1C7D B; 3A0G A; 1O1M B; 1YIH B; 1MYM A; 4FC3 B; 2GRH A; 1N9X A; 3WCW C; 3GQR B; 2NX0 A; 1JY7 A; 1Y5F B; 2RAO A; 104M A; 1A0Z A; 2ZLT B; 1NZ3 A; 1LH7 A; 3S65 A; 1CH2 A; 1Y5K B; 2R80 B; 1LFV A; 2LH3 A; 4TWU A; 3CIU A; 3WCU D; 3DHT B; 5CN4 A; 1V5H A; 1RTE A; 1C7B B; 4M4B A; 1JF3 A; 1LH1 A; 3HEP A; 2W6X A; 1O1N B; 1PBX B; 2DXM A; 3EDA A; 1VWT A; 1AJ9 B; 1FAW B; 4NXC A; 1HDB B; 3HHB A; 2GKM A; 1G0A A; 3ARL A; 2B7H A; 3KUN A; 3A5G A; 4MQJ A; 1IWH B; 3D17 A; 3NMM A; 1WLA A; 3CY5 B; 5CNC A; 2H35 B; 1BZ6 A; 1CP0 A; 2D60 A; 2M6Z A; 2Z6T A; 1MBN A; 1CMY B; 4C0N A; 3D4X B; 1QXD A; 1MYG A; 3ASE A; 1OR4 A; 3H57 A; 3QM8 A; 4MQG B; 3AQ8 A; 2QLS A; 1G9V B; 5CN7 A; 3GLN A; 2W6V A; 3QJD B; 1DXV A; 5KER A; 1O1I B; 3WFT A; 1QSH B; 2W6W A; 3UHN A; 1T1N B; 4BJA A; 3IA3 B; 1XY0 A; 4DWU A; 4JYQ A; 1Y22 A; 2O5B X; 1YEN A; 3MKB A; 3SDN A; 3HEN A; 1OUT A; 4WJG A; 4C44 A; 1Y4B A; 1CG5 B; 3LR7 A; 4XS0 B; 3VRG A; 3IC0 B; 5CNB A; 1YZI B; 4MBA A; 3WCV C; 1XXT B; 2G14 A; 1BIJ A; 1A6G A; 1F5O A; 1N9I A; 3M39 A; 1SDK A; 1MOB A; 1FHJ B; 1BZR A; 1RQ4 B; 3K9Z A; 3UHE A; 1V4W B; 1GCV B; 1D8U A; 1MBA A; 1B86 B; 3TM3 A; 1Y7Z A; 2Z6N B; 4ESA A; 1UX8 A; 2MGF A; 2HBC B; 1X46 A; 1KFR A; 1R1Y A; 5E6E A; 1YIE B; 3WCW D; 1O1L B; 2H8F B; 1Y0C A; 3D7O A; 1UVY A; 1Y5J A; 5JDO E; 1YFF A; 1WMU A; 5EUI B; 3RJ6 A; 1Y7D B; 3DUT A; 4FH6 A; 1VRF A; 2R4W A; 2EVP A; 4O35 A; 2AUO A; 3O7N A; 2MHB B; 4DC7 A; 4F6G A; 3MOU A; 1CIO A; 3D1A B; 3VRF A; 3MN0 A; 2HHE A; 1C7C B; 1A3O A; 2QFK A; 3AT5 A; 2DN2 B; 3ZJJ A; 1M6M A; 1QXE B; 1VHB A; 3D1K A; 1XQ5 A; 3HF4 A; 4YU3 B; 1O1J B; 1HGA A; 2R1H A; 1DXT A; 3IC2 A; 2DN3 A; 1A6M A; 4IRO A; 1C40 A; 1HBH B; 3UHG A; 1Y8K B; 3ECZ A; 5EQM A; 1SPE A; 3PI9 A; 2MYA A; 1YEQ A; 3GQG A; 4O1T A; 1CO9 A; 3G46 A; 2ZS0 A; 2VLZ A; 2BLJ M; 3A59 A; 1YMC A; 1GBV A; 3O89 A; 4NI0 A; 1FDH G; 3UHY A; 3S48 C; 1VXD A; 1NS9 A; 1NZ2 A; 3PI1 A; 3P5Q B; 1CO8 A; 1JEB A; 3A0G B; 3PI3 A; 1KD2 A; 2O58 X; 1JY7 B; 2RAO B; 1MBI A; 4AVE A; 1NZ4 A; 2BNL A; 3UHC A; 3TLD A; 1LFQ A; 2SPM A; 4ROM A; 1SPG A; 1LFV B; 3B75 A; 4NK2 A; 4XDI A; 3CIU B; 1RVW A; 3WCV D; 1DWR A; 2DXM B; 1CBL A; 2KSC A; 2AUP A; 1VWT B; 3M38 A; 4MXK A; 2ZSR A; 3HHB B; 2HZ2 A; 1XZ2 A; 1MNO A; 2IG3 A; 4F6I A; 4OF9 A; 2MGM A; 1Y7G B; 4NZI A; 2B7H B; 1YHR A; 4FWZ A; 1YHU A; 1CP5 A; 2RI4 A; 3D17 B; 1HGB B; 3WHM A; 3NMM B; 3MYM A; 2D2M C; 1YIH A; 1LHT A; 4FC3 A; 3G4Q A; 2M6Z B; 2D60 B; 3UH3 A; 1DTI A; 3GQR A; 1LH6 A; 2G0V A; 1NPG A; 2ZLT A; 2MGA A; 2SPL A; 2ZS1 A; 1SHR A; 5CNG A; 1JPB A; 1MLF A; 3GKV B; 2W6V B; 1A00 A; 1DXV B; 1DLY A; 2BLI A; 3ZJS A; 2ZFO C; 5KER B; 1ECO A; 2NSR A; 4KN3 A; 3OZW A; 2ZSQ A; 1XY0 B; 1MLG A; 1Y4P B; 3WCP B; 2EB8 A; 3ZJM A; 4H0B A; 5E29 A; 1Y22 B; 5EET A; 1FAW A; 1V07 A; 1YEN B; 2XKG A; 3MKB B; 1O1K A; 1CH3 A; 4HRR A; 2R4Y A; 3SDH A; 4MQK A; 1AJH A; 3HRW A; 1XZ7 A; 1OUT B; 2HZ1 A; 2ZT2 A; 4NXA A; 1HDA A; 1BIJ B; 2H35 A; 1SDK B; 3UH5 A; 1QPW B; 2SPN A; 4MQI B; 1V4X A; 3QMA A; 1VRE A; 1Y7Z B; 4ESA B; 1OJ6 A; 1THB A; 3QJD A; 1BZP A; 2DC3 A; 3ZOM A; 4FH7 A; 2MYB A; 4O4T A; 3A5A A; 2D5X A; 1NZ5 A; 1G0B B; 2VYW A; 5F2A A; 2E2Y A; 1IT2 A; 1QSH A; 1R1Y B; 5E6E B; 3OJ1 A; 2EKU A; 1FLP A; 3LQD A; 1Y0C B; 3D7O B; 2V1J A; 4NI1 A; 1Y5J B; 3HC9 A; 1U7S A; 3ZH0 A; 2AA1 B; 2VM0 A; 4OOD A; 3UGZ A; 3AQ5 A; 4NS2 A; 1HLM A; 1JL6 A; 1NWN A; 1A6K A; 1CG5 A; 4XS0 A; 5E83 B; 1Y35 A; 3V2V A; 3GQP A; 2FRF A; 1JF4 A; 1YZI A; 3VRF B; 2HHE B; 2ZSP A; 1Y8I A; 1A3O B; 2O5T X; 3D1K B; 1XQ5 B; 3HF4 B; 3PI2 A; 1HGA B; 2R1H B; 1DXT B; 3IC2 B; 1Y0D A; 2DN3 B; 2G12 A; 1M6C A; 1YMB A; 4IRO B; 2V1E A; 3G4W A; 1CH5 A; 1C40 B; 1YMA A; 1Y0W B; 3V2Z A; 1EMY A; 1Y0T A; 3UGY A; 4LPI A; 3UHQ A; 1TES A; 2Z6N A; 1LTW A; 2BLH A; 4WJG 1; 1MYF A; 2D2M D; 2HBC A; 1Y4V A; 3A2G A; 4N8T A; 4PQ6 A; 2EF2 A; 1YIE A; 1HAC B; 2GTL A; 2ZS0 B; 5SW7 A; 3A59 B; 2ZFB A; 1GBV B; 4NI0 B; 5F0B A; 2G0S A; 5D5R A; 1NS9 B; 1J3F A; 3MJU B; 1WVP A; 2O5M X; 4B4Y A; 4MQH A; 1Y7D A; 4MPM A; 1LHS A; 1JP8 A; 3VRE B; 1GLI A; 1JEB B; 1CIK A; 3W4U A; 2ZFO D; 4F6B A; 3D1A A; 1LFT A; 1GDJ A; 1IBE A; 1GVH A; 5C6Y A; 1C7C A; 1TU9 A; 5CHR A; 2DN2 A; 1QXE A; 1QI8 B; 4FWY A; 3S66 A; 4YU3 A; 2D2N A; 5HU6 B; 1LFQ B; 3FH9 A; 1NGK A; 5EYS A; 3NL7 A; 1SPG B; 3B75 B; 1HBH A; 1DTM A; 1A01 A; 3WR1 A; 1G08 A; 1Y45 A; 3WCT A; 1RVW B; 2MGK A; 1MLH A; 2FRJ X; 3GKT A; 1A4F B; 2OH8 A; 1ABW A; 2HBG A; 4DC8 A; 1JDO A; 1DXD A; 1S5Y A; 3VHB A; 1XZ2 B; 2G3H A; 1YVT B; 4MBN A; 1A3N A; 1DO7 A; 1YOI A; 4H07 A; 1YHR B; 1YHU B; 1YE0 A; 5EYJ A; 3WHM B; 3UHH A; 3QJE A; 2BW9 M; 1LFY B; 1MBD A; 3G52 A; 1GCW B; 2MBW A; 1R1X B; 2VLY A; 4H2L A; 1AJG A; 1SI4 A; 3UHI A; 2ZS1 B; 2PGH B; 5CNE A; 1YOH A; 1SHR B; 2MYC A; 3KMF C; 1RQA A; 1A00 B; 1J7Y A; 1F63 A; 2VEE A; 1K1K A; 2FRK X; 1YH9 A; 107M A; 1YDZ A; 2DHB B; 1MLK A; 1YE2 A; 5E29 B; 1JZM A; 1O1K B; 1GZX A; 4HRR B; 1MDN A; 4MQK B; 2D5Z B; 3HRW B; 1XZ7 B; 1ITH A; 1Y7G A; 3S1I A; 3G53 A; 101M A; 3E4N A; 1HGB A; 2G10 A; 2BMM A; 1HDA B; 3QM9 A; 110M A; 1DLW A; 3M3B A; 1MBC A; 4QAU A; 1RSE A; 2XYK A; 1V4X B; 1URY A; 3GKV A; 3UHR A; 1THB B; 2WTH A; 4N7N B; 2D5X B; 2O5L X; 2QMB B; 2LHB A; 2W72 B; 1FN3 A; 2ZLW A; 3LQD B; 105M A; 3WCP A; 1Y4P A; 4VHB A; 4NI1 B; 3ARK A; 4KMW A; 3ZJR A; 1J40 A; 1S56 A; 1Y35 B; 3GQP B; 1DUK A; 5EV5 A; 1Y8I B; 5JGG A; 2HBF B; 2QRW A; 1HGC A; 2ZLU B; 4M4A A; 1FCS A; 1MTI A; 1QPW A; 108M A; 1J41 A; 1Y0D B; 4MQI A; 3AT6 B; 1DO4 A; 1MKO B; 1Y0T B; 2ZT1 A; 112M A; 3AQ7 A; 6HBW B; 2YRS A; 1BVD A; 1CPW A; 1HHO B; 1G0B A; 1Y4V B; 1A0U A; 4ZVB A; 4N8T B; 1HAB B; 1DO1 A; 2GTL B; 5SW7 B; 2ZFB B; 3G4R A; 1H97 A; 3VAU A; 2AA1 A; 5CN8 A; 1Y4Q A; 1DO3 A; 2Z6S A; 1Y46 A; 4MQH B; 2G11 A; 5E83 A; 1GLI B; 5KDQ A; 3W4U B; 1I3E A; 3HEO A; 1LFT B; 3R5I A; 3BJ2 A; 5C6E A; 1IBE B; 3RJN B; 1MBO A; 2MYE A; 1VXF A; 1V9Q A; 2ZSY A; 3S66 B; 3QM6 A; 1NAZ A; 2D2N B; 2G0R A; 1NIH A; 3FH9 B; 1BZ0 A; 3NL7 B; 3E5I A; 1Y0W A; 1A01 B; 3WR1 B; 1G08 B; 1QSI A; 1Y45 B; 3WCT B; 1BIN A; 2IN4 A; 4U8U A; 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1HSY A; 5JGG B; 2BKM A; 1Y0A B; 1HGC B; 1YHU C; 3PI4 A; 4M4A B; 1NS6 B; 1J41 B; 3QJC A; 3WFW A; 2SPO A; 2GKN A; 3G4Y A; 3H58 A; 2ZSZ A; 7HBI A; 1JP9 A; 1G09 B; 1LUE A; 2AV0 A; 3MVC A; 1FSL A; 2XKH A; 1GBU B; 3PT8 B; 2YRS B; 3IXF A; 4N7N A; 1Y83 B; 1V75 A; 2ZS1 C; 1A0U B; 2QMB A; 2HBE A; 2W72 A; 2HHD A; 4SDH A; 1CH4 A; 3ZJQ A; 2ZLX A; 4ROL A; 3QM5 A; 1YGF A; 2OIF A; 1S5X A; 1Y4Q B; 2AUQ A; 1FSX A; 1Y46 B; 1Z8U B; 4F68 A; 5KDQ B; 2MB5 A; 1HBR B; 2O5Q X; 3R5I B; 3BJ2 B; 5C6E B; 3UHK A; 1LA6 B; 5JDO C; 1UFP A; 2HBF A; 1DWS A; 2VRY A; 2ZLU A; 5CN6 A; 3QQR A; 1NIH B; 3UHT A; 1MYI A; 3AT6 A; 1BZ0 B; 4L7Y A; 3K3U A; 1MKO A; 3MBA A; 1QSI B; 3LB2 A; 1V4U A; 6HBW A; 4U8U B; 2ZS0 D; 1HHO A; 5MBA A; 1FDH A; 1Y7C B; 1HAB A; 1RQ3 A; 1JW8 A; 1J3Y B; 2BK9 A; 1DM1 A; 2QU0 B; 3NG6 A; 5CHQ A; 1LFL B; 2MGE A; 2W72 C; 1Y31 B; 3LHB A; 1NPF A; 4KJT A; 5CND A; 5JDO F; 1Y4F B; 1HV4 A; 1X9F B; 1HBS A; 1COH A; 4KMV A; 1MLR A; 2HCO A; 4HHB B; 3WCW A; 2GNW A; 3ODQ B; 4YU4 B; 1IRD A; 3GK9 A; 3E55 A; 1B0B A; 1YGD B; 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