The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
59
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sequence length |
141
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structure length |
141
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Chain Sequence |
VLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKGLGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKYR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Determination of Pathways for Oxygen Binding to Human HbA
rcsb |
| molecule keywords |
Hemoglobin subunit alpha
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| molecule tags |
Oxygen transport
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| source organism |
Homo sapiens
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| total genus |
59
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| structure length |
141
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| sequence length |
141
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-01-28 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00042 | Globin | Globin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1XYE A; 1X9F D; 3UHC A; 3S48 C; 4O4T A; 3D7O A; 1SDL B; 1GLI B; 2DN2 A; 2HHE B; 1EW6 A; 1MKO B; 1M9P A; 5EV5 A; 3NG6 A; 1NPF A; 2ZT3 A; 1MWB A; 1PMB A; 1S0H A; 1LA6 A; 4F69 A; 1A9W A; 1BZ1 A; 1HDB A; 1MYG A; 1YEU B; 5EU2 A; 3K9Z A; 2VYZ A; 2MGA A; 3PT8 A; 1EBC A; 1R1X B; 3QJD B; 2W31 A; 3UHD A; 1A0U A; 2JHO A; 3BJ2 A; 3RJN B; 1QSH A; 1V4U B; 2RI4 B; 1XZ4 A; 4HRT B; 3O89 A; 4N7P A; 1Y8H B; 5HLX A; 4NZI A; 2RAO B; 1YG5 A; 1TES A; 3WFT A; 3ZHW A; 1NZ5 A; 1BZZ B; 1O1L A; 4N8T B; 5JOM A; 1SPE A; 3WI8 A; 2BNL A; 1UC3 A; 1Y5F A; 2ZS0 A; 1YVT A; 1MLR A; 2D2M C; 5HLU A; 1HHO B; 2ZT4 A; 1HV4 A; 2H35 A; 1GBU B; 2IG3 A; 2FRI X; 2ZS1 A; 1U7S A; 2V1J A; 1U7R A; 1RQ3 A; 3OVU C; 4GZG A; 109M A; 1NZ4 A; 4H2L A; 1Y31 A; 1GVH A; 3UHS A; 1HCO A; 1Y4V A; 1IBE A; 1NIH A; 1MLM A; 1CH9 A; 1QI8 B; 112M A; 2DN1 B; 5EYJ A; 1MBO A; 1Y2Z B; 2AV3 A; 1K0Y B; 1DTI A; 3WHM B; 4LPI A; 3WFU A; 1G9V A; 1Y7G A; 1FN3 A; 3UHZ A; 2NX0 A; 1Y8W A; 2D6C A; 2ZFO A; 1G08 B; 2VEB A; 2V1E A; 1LFQ A; 4U8U C; 4MQG B; 1C7C A; 1JF4 A; 1HBB A; 1XZ7 A; 1A3N A; 1HBG A; 3ZJL A; 3R5I A; 3UHR A; 1MYI A; 2Z6S A; 5HU6 B; 1Y7D B; 1COH A; 1Q1F A; 3PI9 B; 1MZ0 A; 1MYH A; 3QJE A; 4UUR A; 4VHB A; 1GCW B; 3GKV B; 3H57 A; 2AUP A; 3M3B A; 3WCW B; 2HHB A; 4M4A B; 2VM0 A; 2BMM A; 2QMB A; 1O16 A; 5C6E A; 1D8U A; 2MGF A; 1GDK A; 1LFZ B; 4JYQ A; 3AT6 A; 1ABW B; 3WCT B; 2DC3 A; 1I3D A; 1C7B A; 4ILZ A; 1MLH A; 1YGF A; 2MGJ A; 1S56 A; 3PIA B; 4C0N A; 2GNW A; 5AZQ A; 2V1F A; 5EOH A; 4G51 A; 2ZLV B; 5EE4 D; 3IC2 A; 4OF9 A; 4MQK A; 1XY0 A; 2ZST A; 1O1I A; 3ODQ A; 2AUR A; 3S1J A; 1CG5 A; 1RQ4 B; 3BJ1 A; 1UVY A; 3M38 A; 3UHG A; 3MYN A; 2G0S A; 1Y0T A; 1XZ2 A; 2M6Z A; 1ECO A; 2SPM A; 1DXV A; 3SDH A; 3UHT A; 4BJA A; 1CPW A; 3E55 A; 1BVC A; 1AJ9 B; 1S5Y B; 2BKM A; 1MGN A; 1CIK A; 1UFP A; 1WMU A; 4DC8 A; 2D60 A; 5AZR A; 4ESA B; 1LFT A; 1HBA B; 1X46 A; 4N7N B; 1OUT A; 1FSX B; 2XYK A; 3QJC A; 1GCV B; 3WCV D; 2D2M B; 3CIU A; 1V75 B; 1VHB A; 1J7Y A; 3V2V A; 1DKE B; 4ZVA A; 1MYZ A; 1MOH A; 1Y5J A; 3OZW A; 3UH5 A; 3UHY A; 1DWR A; 1O1O B; 1C40 B; 2QSP B; 4KJT A; 3HHB A; 4MQH B; 1SWM A; 3D17 A; 3R0G A; 2DHB B; 4NS2 A; 1Y0D B; 2V1I A; 1J7W B; 1KD2 B; 2Z6N A; 1A4F A; 1GBV A; 3KMF C; 2HHD B; 3CY5 B; 5F0B A; 2SPN A; 3VRG A; 3VRE B; 1QXE B; 3OJ1 A; 1XYE B; 4MQC B; 4U8U B; 3ZJS A; 2H8F A; 3ARK A; 2G0X A; 3W4U A; 4UZV A; 3KUO A; 3D4X A; 1Y4R A; 2R4Y A; 4NI0 B; 1BIJ A; 1S0H B; 1LA6 B; 4AVD A; 1YHU C; 1HDB B; 3GOU B; 3GQP A; 106M A; 1YH9 A; 2XKH A; 1MNJ A; 4SDH A; 1J3Z A; 3P5Q A; 3LHB A; 1LFL A; 3A0G B; 1VXE A; 1Y4Q A; 3SZK A; 3UBC A; 2O5M X; 3DHT A; 3BJ2 B; 1BZP A; 2HBC A; 1J3F A; 1QSH B; 6HBW A; 1XZ4 B; 4ROL B; 4N7P B; 2BLJ M; 1RSE A; 3HEP A; 5ILP A; 2MBW A; 1S5X A; 1HBR A; 1CLS B; 3NL7 A; 1Y8K A; 1GZX B; 3D1A B; 5ILM A; 1BUW A; 3LQD A; 1JZL A; 1MLJ A; 3QM9 A; 1G0B A; 1Y5F B; 4YU4 A; 2ZS0 B; 2ZT0 A; 3OO4 A; 4MU5 A; 1RVW B; 1X9F A; 1RQA A; 1YGD A; 1MLU A; 3K8B A; 1DUK A; 2ZS1 B; 1VXC A; 4H2L B; 1Y31 B; 2EB9 A; 1N9I A; 1V9Q A; 1O1P B; 4UIQ A; 1HGC A; 1ECA A; 5CNB A; 3M3A A; 5MBA A; 1NEJ B; 3S66 B; 1YFF A; 1XCH A; 1G9V B; 1Y7G B; 3LB4 A; 1Y8W B; 2HBS A; 3HF4 A; 3HEO A; 2ZFO B; 1H1X A; 2LHB A; 2GNV A; 1Y5K A; 2PEG A; 3RGK A; 1O1M A; 1HLB A; 2IN4 A; 3V2Z A; 1YE2 A; 1BAB A; 2CMM A; 1FDH G; 1HBB B; 1XZ7 B; 3K3U A; 1A3N B; 1EMY A; 2ZSN A; 4ROM B; 3UH3 A; 1COH B; 4N7O A; 3QJE B; 1YEV A; 1JL7 A; 1A00 B; 3IC0 A; 1YE0 A; 2HHB B; 1HBS A; 4XS0 A; 5C6Y A; 1IRC A; 1JEB A; 1Y7Z A; 3GYS B; 5C6E B; 2MGM A; 2D2N D; 2O5O X; 2OIF A; 2QFK A; 3AT6 B; 1XQ5 A; 3BA2 A; 111M A; 3A59 A; 4DWT A; 5HY8 A; 3FH9 A; 1C7B B; 2EKU A; 1YOH A; 2ZLX A; 5B85 A; 2EVP A; 4G51 B; 5E83 A; 3AT5 A; 3OZV A; 3IC2 B; 4WCH D; 3UHV A; 3QQQ A; 4MQK B; 1J40 A; 3GQG A; 1O1I B; 3LB2 A; 5CN7 A; 1O1K A; 1SI4 A; 3UHQ A; 1MDN A; 3U3E A; 3ODQ B; 3PT7 A; 1X3K A; 4ZVB A; 1CBM A; 1BZR A; 3DHR A; 3HYU A; 1SPG A; 3UHU A; 1CG5 B; 4TWU A; 3BJ1 B; 3WCW C; 1SDK B; 3ZOL A; 1LH5 A; 1NS9 A; 3UHK A; 3GQR A; 1XZ2 B; 2M6Z B; 1WLA A; 4FWZ A; 2B7H B; 1JY7 B; 1MCY A; 2MGD A; 1J3Y A; 1YEN A; 1MWC A; 3WCT C; 1MLO A; 3VHB A; 1MOB A; 1ECD A; 1YVQ B; 1NAZ A; 2QRW A; 3G4Q A; 3BCQ A; 5AB8 A; 3BOM B; 1IWH A; 1WMU B; 2D60 B; 5E6E A; 2ZLU B; 1XXT A; 1LFT B; 1OJ6 A; 1MNK A; 1G09 B; 1Y22 B; 2W72 A; 1OUT B; 4NI1 B; 3QJC B; 3UGY A; 4F6B A; 1YDZ B; 2MHB A; 1CH1 A; 2G11 A; 3GK9 A; 3QJB B; 1O1N A; 1J7Y B; 2SPO A; 4KMV A; 4O2G A; 3MKB B; 1YEO B; 1Y83 A; 4FC3 A; 1UFJ A; 3WCU D; 1MBN A; 1C7D B; 1T1N B; 2LH2 A; 1MTJ A; 3HHB B; 4OOD A; 3D17 B; 3UHH A; 2V1H A; 2HBG A; 2NSS A; 2Z6N B; 3QM8 A; 1DXU A; 1A4F B; 3QZZ A; 2NRL A; 1GBV B; 5ILR A; 1H97 A; 2HCO B; 2YRS A; 4B4Y A; 3VRG B; 2GTL D; 3QM5 A; 3W4U B; 1HGB A; 3D4X B; 1Y4R B; 1VRE A; 1VWT A; 4FH6 A; 3WR1 B; 1QSI B; 1O1J A; 1BIJ B; 3HC9 A; 2MGE A; 3GQP B; 1EWA A; 5CNC A; 1YOI A; 1JPB A; 1MYJ A; 1CBL A; 2H8D A; 4O4Z A; 1QXD B; 1J3Z B; 2AV0 A; 2VYY A; 1LFL B; 3WCV A; 4MPM A; 1Y4Q B; 1B86 A; 2HBC B; 3MJU B; 2W6V A; 2GRH A; 2O5L X; 104M A; 1S5X B; 1N9F A; 3ONZ A; 2LH1 A; 5SW7 A; 1NS6 A; 4JAC A; 1CIO A; 1M6C A; 3ZJN A; 1DO7 A; 2HBF B; 3ZJO A; 4IT8 A; 1CH7 A; 1BUW B; 3LQD B; 4X0L A; 1J41 A; 5CNF A; 3AQ5 A; 1G0B B; 1RPS A; 1HGA A; 3UH7 A; 2O5B X; 4YU4 B; 1ABY A; 2R1H B; 1X9F B; 2KSC A; 1YGD B; 3K8B B; 3VRF A; 1Y46 A; 1JP9 A; 2D2M D; 1MBS A; 2ZSP A; 4HRR B; 1CO8 A; 2MYE A; 1LFY A; 1YHR B; 3ECL A; 3ECX A; 1F65 A; 1UT0 A; 3ZJP A; 1GDL A; 3UHE A; 4QAU A; 1V4X A; 1HDS A; 2NRM A; 1LH7 A; 1HGC B; 1JWN A; 1HAB B; 3BJ3 A; 1MLS A; 2HBS B; 1R1Y A; 3HF4 B; 4XDI A; 1V5H A; 3OZU A; 1DWS A; 2WY4 A; 4F6J A; 1DO1 A; 2QLS A; 1YE2 B; 1YCA A; 1Y85 B; 2FRK X; 1Y4G A; 1QPW A; 1YIH A; 4U8U D; 2MGK A; 2ZS0 C; 1Y45 A; 1ECN A; 4N7O B; 5CN9 A; 1YEV B; 1OFK A; 1F63 A; 3QM7 A; 2O5T X; 1YE0 B; 1A01 B; 1DLW A; 4XS0 B; 2ZS1 C; 1IT2 A; 4NXA A; 1FAW B; 1Y7Z B; 4WJG A; 5KER A; 2HBE A; 1MTI A; 3G4Y A; 1L2K A; 3QZX A; 2G3H A; 1CH3 A; 1DUO A; 1Y4B A; 1YMB A; 4MXL A; 3A59 B; 107M A; 5JDO C; 3FH9 B; 1EBT A; 2ZLX B; 1CMY A; 2DXM A; 5F2A A; 2ZFB B; 1MOC A; 3FS4 B; 2ZFO C; 3QQR A; 4MQJ A; 1XZU A; 2OHB A; 108M A; 4KMW A; 1SI4 B; 5D1V A; 5JGG A; 1XZ5 A; 3HYU B; 5EUI A; 3ZH0 A; 2HZ3 A; 4F6F A; 4M4B B; 1SHR B; 4F4O A; 2AA1 A; 3ED9 A; 3GQR B; 5EET A; 1MKO A; 1MYM A; 1MLG A; 1YIE B; 3EU1 B; 102M A; 2MYD A; 3LR9 A; 3ZJQ A; 2OLP A; 1NPG A; 4IRO B; 1YEU A; 2D2N A; 1YCB A; 3BCQ B; 2GL3 A; 3S1I A; 1CG8 A; 1BBB A; 1DLY A; 1IWH B; 3IXF A; 1N9H A; 1IRD B; 4MQI B; 2LH3 A; 1V4U A; 4FWY A; 1CO9 A; 3D7O B; 2W72 B; 2DN2 B; 1M9P B; 5CMV A; 3NG6 B; 2G10 A; 1BZ1 B; 1GJN A; 5IKS A; 1A3O A; 4PNJ A; 3B75 A; 3GLN A; 2G0R A; 1DTM A; 3PT8 B; 2VHB A; 1Y83 B; 1F5P A; 1F5O A; 1IT3 A; 2O5Q X; 1Y4P A; 2R80 A; 1A0U B; 1V4W A; 2MB5 A; 3OK5 A; 1M6M A; 2VLZ A; 1DWT A; 2YRS B; 4FWX A; 1YG5 B; 1O1L B; 2R4Z A; 3G4V A; 2DN1 A; 2C0K A; 1Y2Z A; 1MNH A; 2GLN A; 1VWT B; 3WHM A; 103M A; 3PI2 A; 1YVT B; 1O1J B; 4PQC A; 2BW9 M; 1HV4 B; 2H35 B; 7HBI A; 4TYX A; 2H8D B; 4MQG A; 2R4W A; 5CNE A; 3WCV B; 1YHU D; 1YMC A; 1RQ3 B; 1Y0A A; 1B86 B; 1HCO B; 1A0Z A; 1Y4V B; 1IBE B; 1NIH B; 5HU6 A; 1VRF A; 2MGL A; 3LB1 A; 1YOG A; 3WCU A; 1OUU A; 2SPL A; 3AQ9 A; 3ONZ B; 2BWH A; 3ZJH A; 1CH5 A; 5SW7 B; 1FN3 B; 1NS6 B; 1Y8I A; 1A6M A; 2GKN A; 3ZJI A; 3VAU A; 3EOK A; 1URY A; 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4U8U A; 2EKT A; 4F4O B; 1MNI A; 2AA1 B; 1W92 A; 3NFE A; 1Y5J B; 5CHR A; 3UHX A; 1J7S A; 1BIN A; 3MN0 A; 3WCW D; 4NK2 A; 1ASH A; 1VXB A; 4NI0 A; 4PQ6 A; 1GDI A; 2MGB A; 2ZLW A; 3GOU A; 3NML A; 2D2N B; 2ZSX A; 5E29 A; 3WCT D; 3A0G A; 1CG8 B; 1BBB B; 3TLD A; 3D1K A; 2NSR A; 1JF3 A; 3H58 A; 3TM3 A; 1B0B A; 1HDA A; 2QU0 A; 1FDH A; 2H8F B; 1MLF A; 2MGH A; 4ROL A; 3A5G A; 2MYC A; 4HHB A; 1CLS A; 1ITH A; 1GZX A; 1A3O B; 3B75 B; 1YH9 B; 3D1A A; 105M A; 3P5Q B; 1A6N A; 2EF2 A; 5HBI A; 3SZK B; 1Y4P B; 2R80 B; 1A6G A; 3DHT B; 1NWI A; 1RVW A; 3NMM A; 3G4R A; 3AQ7 A; 1V4W B; 6HBW B; 4TWV A; 3GKT A; 2D5Z A; 4YU3 A; 3HXN A; 3MJP A; 1FLP A; 1HBR B; 4HSW A; 3NL7 B; 4HBI A; 2ZWJ A; 1Y8K B; 4L7Y A; 1BZ0 A; 3LR7 A; 1Y0W A; 1O1P A; 3UHI A; 1VXA A; 2G0Z A; 2W72 C; 2ZT1 A; 4MBA A; 3PI8 A; 5EE4 C; 5JDO F; 1Y7C A; 1NEJ A; 3S66 A; 5M3S A; 3OO4 B; 3E5O A; 1RQA B; 1Y35 A; 1THB A; 1FHJ A; 3ZJJ A; 1NWN A; 3PEL A; 1S6A A; 5CN8 A; 1Y0A B; 1MOA A; 1MBI A; 3UI0 A; 1JP8 A; 1A0Z B; 4ROM A; 2Z6T A; 1MBC A; 1K1K A; 3WCU B; 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