3QMRA

Crystal structure of the mutant r160a,v182a of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with the inhibitor bmp
Total Genus 81
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
81
sequence length
219
structure length
219
Chain Sequence
VMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTAPERLSRLREIIGQDSFLISPGAGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDLL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: a structure-based explanation for how the 5'-phosphate group activates the enzyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
molecule tags Lyase/lyase inhibitor
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus str. delta h
total genus 81
structure length 219
sequence length 219
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2011-02-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3qmrA00
3EWYA 4Z1DA 4BI6A 3G22A 1H7XA 2ZFAA 1OX6A 4O19A 1DJNA 4I7UA 3WK0A 1YPIA 3B8DA 5LNUA 3OIXA 5F4XA 3B05A 3G3MA 5CZSA 2ZCGA 3M5YA 3KVLA 4Z0JA 5DY3A 4ADUA 4TX9A 3W88A 1TQXA 2CLMA 3TQ0A 1AW5A 4JEQA 1LTDA 4QJ1A 3EX3A 1ICPA 4PFMA 1P0KA 2ZA3A 3G8EA 3W7RA 2FB3A 4CQ8A 2FTPA 1DORA 5DXYA 4HPJA 3O6YX 1EIXA 3T78A 3VKJA 4UTKA 3A9IA 3E12A 3W1UA 4LY8A 4X9SA 1TYGA 3W2KA 2DJXA 4TIMA 3TH6A 4FHAA 1OFQA 5BNKA 1KFBA 1DBTA 3MBDA 2V5LA 2NX3A 1WOAA 2E6DA 3CWNA 2ZRZA 3KAOA 3P62A 2I14A 5H2ZA 4JX5A 5CZTA 3GNDA 4AF0B 3QMTA 4HIBA 3EWWA 3IIOA 3DHFA 2F84A 2NXGA 3UPWA 3W71A 1Q6LA 4IUOA 1GT8A 3RMJA 3A5FA 3STFA 4K37A 3G8RA 3ZR4A 3C56A 1C29A 1KV8A 2BX7A 3VI2A 2KZHA 1L9WA 4UFKA 2RFGA 2RH9A 3TJLA 2QAPA 3EWXA 3LRLA 4UTWC 1WA3A 4LNYA 3V1PA 5EA9A 1WX0A 2VFGA 4DF0A 4JTKA 1JUKA 1OX4B 3LV6A 3FJLA 2Y61A 4L4MA 2ZZ5A 4N9CA 3S6DA 4FNSA 5GVJA 3FLUA 2YYUA 1ZAIA 2QAFA 4JDYA 3FEMA 4EOUA 5I3JA 4TMCA 1K7EA 3GLCA 1THFD 1YTDA 3W1NA 1JUEA 2Q8ZA 2H90A 3N9SA 1FWWA 4FF7A 3EXSA 3HIJA 4B5NA 3L5MA 3LCFA 1I2PA 3NAVA 3I6RA 3SGZA 2VFHA 1VCVA 2J88A 4CLMA 4ORIA 5C55A 1LRNA 2YXGA 5FEPA 2GJNA 4YXGA 2VFFA 2EKCA 1JCMP 3W23A 1PVNA 4PTNA 3LB0A 3I7RA 1SFJA 2YPIA 4NNBA 3Q58A 4JNMA 3LDVA 1TB3A 5J5RA 1W3NA 1HFBA 1LBLA 3C0JA 3EEGA 3BG9A 4HSOA 4IMGA 3DU0A 1UBSA 2QCDA 1U83A 1SQ7A 5CZ0A 3KRSA 2J24A 2WJZA 4NNAA 5F2GA 3GDMA 4OV4A 4JTEA 1LORA 3DGRA 1TMHA 4FNQA 3C2VA 1VQTA 4LOCA 3W84A 3UY7A 5CGQA 2JKEA 3BW3A 2DU2A 3LX9A 3C6CA 4LVGA 1L6SA 3LCHA 4H3DA 2ZRYA 4M6VA 1QFEA 2J9YA 1QPOA 1QR7A 3U2OA 4N02A 4K39A 3BARA 2EHHA 1K3UA 2NUYA 3SZ8A 4JD4A 2DJLA 2X1UA 3M5ZA 5HMSA 2FQIA 2NWSA 4MJZA 1UCWA 1LCOA 3IIVA 5U4NA 3NYZA 4Z0SA 1SU5A 3HF3A 1ZAHA 3MI6A 3R12A 1WBHA 5CPNA 3DFNA 4ICNA 1IXPA 2UV8G 3LM7A 1Z42A 1XBZA 3DFQA 2QUUA 3L0KA 3BLIA 1MEIA 3PY2A 5IBXA 4UCGA 1XXXA 4UTMA 2QCLA 1L6WA 4OGZA 3OA3A 5DCEA 2W0UA 4N6EA 2CZFA 1ZY9A 5LNSA 4OWGA 3CQ0A 3GZ3A 3M43A 3P8IA 1BEUA 3BPWA 1AL7A 4MY9A 5CKSA 3PG8A 3WK2A 3DI1A 3F4NA 4NZFA 1IXOA 5FEWA 3S0CA 3CIXA 3TAOA 2OT0A 4U4MA 1FXPA 5F4SA 3L5AA 1FY6A 3NL6A 2GJLA 5AC8A 1TIMA 1JR1A 2Y85A 1H7NA 3ABRA 3H54A 1CX9A 3BW4A 2C0AA 4UUIA 1B9BA 5DBTA 1A5BA 2ISSA 3V75A 2Y88A 2WQPA 4NU7A 1MSSA 3STCA 3LXBA 2ALDA 3NVTA 1RPXA 1UUMA 3A22A 3NO5A 4YMZA 3LXCA 1G4PA 4FNUA 3S1XA 1TPB1 2FJKA 3C3NA 2OMAA 4AEOA 1NVMA 1XFBA 3E0IA 3DFTA 4OE7A 3NDOA 2V2CA 5J5DA 3TC7A 3OVPA 4LTSA 1ME9A 5CPMA 4GUGA 4BF9A 1FCBA 3T4CA 1RQEA 2QDHA 3VFLA 1XC4A 4C1KA 4DBDA 4NQ1A 1ME8A 2E09A 5AHNA 1N8FA 2CLLA 1TV7A 1OF8A 3BGGA 1LRTA 5G5IA 3GIYA 3W1LA 5DLCA 4O13A 5FF2A 3QSTA 4Y90A 4N9BA 4RJEA 3DI0A 5KITA 3A5VA 3GR7A 1RQBA 4NNCA 1NSJA 5CPLA 3Q94A 4A3UA 3G0SA 1YADA 4RZ5A 4DO6A 3TV8A 1SR9A 3GYEA 4BK9A 4DEFA 3P84A 4DF1A 2A21A 3W1AA 3OVRA 3KVJA 4DXVA 1SFLA 5CSRA 2BWGA 3C2FA 3IIZA 4AHOA 4EIVA 4MFDA 5FF3A 4HNNA 4O54A 2CLOA 1IF2A 2AQWA 3PC0A 1EP2A 1VC4A 2QCDB 3EKLA 1WDWA 3L5LA 3W73A 1QPQA 1YPFA 2G97A 1KM0A 4I7WA 2WV8A 1EUAA 4O1CA 1H7PA 5AHFA 1XBVA 5ABTA 3E9AA 1KTBA 2QDGA 1W31A 1L2UA 3HO8A 1SZEA 2TSYA 4JX4A 5A8GA 2WNZA 4FX6M 2QKFA 4DPPA 4ZVJA 3L67A 3NPXA 2DP3A 1KM5A 1I8JA 4ADTA 4UMAA 4IOTA 3SJ3A 4HN4A 4POCA 3TQKA 1PCWA 5EMUA 1K8XA 4CNPA 1FDYA 1EEPA 3NQ6A 6ALDA 2RHGA 2FIQA 4AB4A 5BOOA 4JTFA 3P60A 1EX5A 2ZZ6A 1TTPA 5HJLA 3B4UA 3OG3A 1VJIA 4PL2A 8TIMA 2QUTA 2E68A 1PV8A 2ABBA 3C4UA 3TW6A 2CLEA 2E5DA 1LYXA 2X1RA 3UWZA 4GE8A 3QH2A 4ADSA 3NEVA 1C8VA 3W7DA 4QIUA 2A0NA 1QNVA 3B0PA 5AYZA 4ZQNA 2HTMA 4UFHA 2GQ9A 1QO2A 3S42A 1P4CA 3BVJA 5I3KA 3TSBA 2VFIA 3H53A 1B4EA 2A2IA 2E1DA 3JS3A 1KM3A 1LOLA 3LI0A 5CG7A 5D38A 4AWTA 4LS1A 3UWWA 3W7CA 4XBKA 2B7NA 2OZ0A 3B03A 4NX0A 3O06A 2B0MA 2Q8LA 3M9YA 1KLYA 3QSRA 5KZDA 3EB2A 4Y6GA 5KMYA 3EWZA 3GXNA 3NL5A 2R91A 3TIMA 4JTLA 3E02A 1LM1A 3R89A 3PBYA 4BWLA 4RX0A 1FWNA 1LOQA 3DFOA 1W37A 5AB3A 3CTLA 5EYWA 4EF9A 4JYEA 3QMSA 4GUIA 4BI7A 4YCOA 4HT3A 3WK1A 4JXCA 3GAKA 2OJPA 1FUYA 1F6KA 5D04C 5D2TA 2Y7GA 3Q2DA 2FDSA 4LRTA 2VEKA 1M5WA 4A2SA 2C14A 5KTLA 1YLVA 3GR8A 4X22A 1ZNNA 1OFRA 3KFTA 4C1LA 3CWOX 3G3DA 1GWJA 2ZTKA 4MKNA 2H3DA 3A21A 3LCXA 1HTIA 2VOMA 4UR7A 1W1ZA 3GX9A 1QPNA 4K7YA 1V5XA 2QCFA 4QSHA 1H7OA 3W70A 1ADOA 1CI1A 3B0VC 1NEYA 2PURA 3NQCA 4N9EA 4R7JA 1TTQA 2QCEA 2CW6A 2AAMA 4UNKA 2E6YA 1FBAA 1VCGA 1KBJA 3NQMA 3T44A 1XDLA 1S3HA 2YYTA 3NQGA 3NL3A 1VCFA 2V82A 3G1DA 4IGHA 4FB7A 1EUNA 5SWUA 1FCUA 4TO8A 3B04A 4ZQMA 4LRSA 4WQ6A 3LTYA 3P61A 5CZJA 2O7SA 3S5OA 3F1QA 4QAIA 3IEBA 1WOBA 4IMDA 2BZNA 2YR1A 3QJAA 3WJZA 2VENA 1KM6A 3PS7A 2O7QA 1GVQA 3W6YA 1F05A 3L2IA 3NG3A 3QZEA 3FOKA 5D2VA 4L4LA 3W87A 3PAJA 1JCYA 4GUFA 5AHMA 1YXCA 2PC4A 1TPFA 3QEZA 1H61A 4S2BA 2YZRA 3NZ1A 4WY0A 4O10A 4WJEA 3UYCA 3NL2A 3NZRA 4O16A 4R34A 3QQ1A 1TCDA 4ONVA 5DCBA 1I2RA 1O95A 1UB3A 1A50A 2YW3A 2YFOA 1Y0EA 3WK3A 1MO0A 3E49A 3W2NA 3W7GA 3M6YA 3PUEA 4O11A 4KWVA 3S1UA 4WZHA 3W75A 3CEPA 4Y96A 1J4EA 1OFBA 1DV7A 4O52A 1JRCA 3GXTA 1LOSA 4OU1A 4O1DA 1EA0A 4O1AA 3P67A 3W7HA 3TC6A 3P80A 2QUVA 1VYRA 4I9AA 2ZRVA 2Z6JA 2F7FA 4NX5A 1DL3A 2NV1A 1WV2A 3MWAA 1JRBA 2QJHA 1EPXA 3H55A 4IWWA 3BK0A 4NVTA 1QWGA 4JS3A 1Q3NA 3ZWTA 4E38A 2ZZ7A 2NLIA 3FYPA 2YW4A 3W72A 4MFEA 4LVDA 2WKJA 3MMTA 3QPYA 3B06A 2CLHA 4P61A 1T96A 4HSNA 4M7TA 3CB8A 4RXFA 3O6DA 4LS0A 4XZ9A 1ZCOA 2XN0A 3N9RA 5DELA 3FS2A 2Y7DA 4O0ZA 4TR9A 1FQ0A 4O17A 1W5PA 2TPSA 3EX1A 2ZA2A 2DZWA 1TRDA 1KFEA 3OVQA 1XKYA 1F7BA 2WSRA 4Q4KA 3UZ5A 4NJHA 3C61A 1RQHA 3BG5A 3W7OA 3A24A 2Q3OA 3U8GA 1TPVA 2Z0IA 4WXYA 3UXAA 2V30A 1BKSA 4ML9A 1TJRA 1XBXA 4CNOA 2VKZG 5E0KA 1PIIA 3IIPA 3NQFA 1OFOA 4D2JA 1SW0A 2YDAA 1ICSA 1LRQA 4Q33A 1XDMA 4IXXA 3RF9A 1I2QA 3UWVA 5TBOA 1HL2A 2NWRA 3GDLA 1S5WA 4GUHA 1GYNA 3VE9A 3PBUA 3GXPA 1H7WA 5LNRA 3R5EA 3LOTA 2HS8A 4RLIA 2A4AA 1G67A 3FYOA 3UWUA 1YTEA 3W2MA 2YSWA 1GTEA 2NUXA 2QR6A 4UFLA 2H3BA 3W1MA 4H6KA 2VEIA 3NQVA 1TSIA 1QPRA 2E77A 3HGJA 3SI9A 3BLFA 3P74A 4RXGA 1TTIA 3PB2A 2V2DA 4O12A 3N2MA 1LDCA 1OFPA 5AYYA 3MBFA 1OFDA 3TAKA 4HHPA 4CCEA 1TREA 2FB2A 1LBMA 3AO0A 2DZVA 3MHGA 4MYXA 3STGA 3P8JA 3G1SA 3NM3A 5FEZA 4QM1A 3SGUA 3M41A 2D73A 3N2XA 3MW7A 2X1TA 1W5MA 3IGUA 4RZ6A 2TRSA 2CU0A 5HULA 1K03A 2V2HA 4MZYA 3LLFA 5DY2A 3L68A 2VFDA 4YLWA 5D05A 5IBXC 4N2YA 4YWIA 1OABA 2H8ZA 4KFNA 4LV4A 3PSVA 1VGAA 2R94A 4PEKA 3LCGA 3N34A 5BRBA 1U5JA 2QF7A 4K8EA 5HWMA 1SO5A 4Z1BA 1YDVA 2X2GA 1TV5A 4MY8A 2C15A 5FF0A 3UZJA 1X1OA 2ZZ3A 4DBEA 4O4WA 4A21A 5TQLA 1WXJA 5G2IA 1SSDA 1B57A 1KTCA 5KZMA 4IQLA 3QFEA 2CZDA 3G24A 3LXAA 3MUXA 3E96A 2GUUA 3W2LA 5D03A 5KINA 4QNEA 3LHZA 4GUJA 4JTSA 4UFIA 3RFAA 2J9ZA 1TPUA 5C54A 1DOSA 3G1AA 3ATYA 2PRMA 4PODA 4NJJA 3OHIA 2NUWA 1RD5A 2WNNA 4JY9A 1G6CA 5G4WA 4GC4A 5DCDA 3W7JA 2J9XA 4MPQA 1H1YA 4LC8A 1KFJA 1JJKA 1KM4A 5BMXA 1M6JA 2DORA 2EF9A 4JTHA 5HWNA 3NQEA 2DZUA 1LROA 3DFPA 4K6AA 4LT9A 4NZJA 1F5ZA 1R2RA 3C2EA 5D37A 5D33A 3PBWA 1I4NA 2YGYA 1Q6OA 3P81A 1A5AA 3LGEA 3TQVA 1VH7A 3SFKA 1UJPA 2FLIA 1C9DA 3KRUA 4UTUA 4NT0A 4XKYA 3TMQA 1XM3A 3IRDA 1H60A 4MLRA 5MHBA 3SECA 1W54A 1SW7A 4JGDA 1SZFA 3AJXA 2X30A 1F6PA 4LU0A 3G0XA 3ZWSA 1R46A 1OHLA 3QW3A 1DQWA 3W7KA 3KVMA 1X7FA 4HKPA 3LHUA 4NJIA 4HNVA 1QOQA 3O07A 1X6UA 4NUWA 2Y62A 4S1FA 1GVRA 3W83A 3VCRA 3EKZA 1TPDA 1MXSA 1ONRA 1H51A 5K4ZA 5BMWA 1HUVA 2RDWA 3SSJA 1R2TA 2VXNA 3PVFA 2WNQA 3PM6A 2B7QA 3M44A 3TXVA 3LBCA 1SZNA 4GWEA 5F2MA 4UTTA 3HMJG 5C5YA 4FIQA 5G2WA 4MLJA 4MVAA 2JKPA 5F2LA 1SW3A 1KM2A 1JCXA 1AW1A 5HQEA 1ICQA 2ZDRA 3O16A 3TROA 3PBVA 2A7NA 3FFSA 3PSWA 3IGXA 2ABAA 4LW7A 3LV5A 3SW6A 4HNTA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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