3QNNA

Rb69 dna polymerase (y567a) ternary complex with dgt opposite 3tco
Total Genus 319
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
319
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA polymerase
publication title Using a Fluorescent Cytosine Analogue tC(o) To Probe the Effect of the Y567 to Ala Substitution on the Preinsertion Steps of dNMP Incorporation by RB69 DNA Polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 319
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-02-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3qnnA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3qnnA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3qnnA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3qnnA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3qnnA03
4AILC 1VRUA 2FBTA 5J2PA 1TV6A 3OY9A 5C25A 3EZ5A 1XI1A 1HRHA 1JLBA 1RBVA 4BACA 1RDBA 1W9HA 3MECA 1IO2A 5SWMA 4PUOA 4CF2A 1S9EA 3IRXA 1O1WA 1Q9YA 3RWUA 3BGRA 1NJZA 3V9ZA 3RMBA 4DFMA 3WNFA 3AVMA 2KZZA 3O3HA 1WSHA 4CGGA 4YFUA 1C1AA 2DY4A 4WE1A 4M3WA 5CY4A 3V6DA 1L3VA 2D0BA 2Z1HA 3ZT0A 3RR7A 4H4OA 4FW1A 1KSPA 1SL2A 1U04A 2OYQA 3AVIA 3HXMA 1RT6A 1CXQA 1JKHA 2I5JA 4CEAA 3DLKA 4MFBA 3SUOA 1EKEA 4C8MA 4KHUA 2OPRA 3HYFA 3HT3A 3OVNA 1N5YA 3HVTA 4DSFA 3O4NA 4DSKA 1NOZA 3KLFA 1S6PA 4DFKA 3M8QA 1HQUA 2YNIA 1NKBA 1JLEA 4CF8A 2Z1JA 3LANA 2ATQA 4RG8A 1B9DA 3L8BA 1T7PA 4DTMA 3T1AA 1S5JA 3TR8A 1FK9A 4HUEA 5JS2A 4L8RB 4DTPA 4FJJA 3SNNA 2EHGA 3LP1A 3VQ4A 3HVRA 3K5MA 4M3RA 1IKXA 4M45A 1LW0A 2AJQA 3L2WA 4BDPA 4CCHA 3QNNA 2IGIA 2PY5A 2ETJA 3DM2A 1WSGA 1WAJA 4CK3A 4KHSA 3PV8A 1J54A 2GUIA 4HCBA 1EETA 4FLWA 4O44A 4B08A 3JSMA 3OS1A 5D3GA 4B3OA 5FROA 1GOCA 2RPIA 4CK2A 3KD5E 4GMJB 1ZBFA 5DK5A 3RMCA 4OPKA 3S3NA 4FJXA 1NJXA 4H8KA 4LSLA 1S1VA 1KLNA 4PY5A 1ITGA 3HK2A 1TKZA 1WSEA 1JLFA 4ELVA 3TI0A 1SUQA 4F4KA 1FXXA 3SZ2A 5CYQA 1KCFA 4DQRA 3DLEA 4LSNA 1FKPA 1RNHA 3QEIA 1TKTA 4CJQA 3RRHA 2XY7A 3KTQA 3OYAA 1S1UA 1HNIA 2HB5A 4FJ7A 3AVHA 4RW8A 3V9SA 2O4GA 4FW2A 4Y1CA 4CFCA 4IKFA 3NF7A 2QK9A 2KQ2A 1ASWA 4NCAA 3DLRA 3QEVA 3SQ2A 3EY1A 3I8DA 3TAQA 3QINA 1U47A 2OA8A 3I0RA 4CGFA 2O4IA 1W0HA 2HHQA 3AO5A 3QESA 4IDKA 3HPGA 1NK9A 4FJGA 4M3ZA 1J5OA 3KKRA 3KK1A 3SUPA 4B8CA 3VQBA 1BCMA 1J53A 4AH9A 4HHTA 3QERA 3V1RA 4CF1A 2IC3A 4CJLA 4KTQA 4C8KA 2FBXA 4IFYA 3K5NA 4CJSA 3AA5X 4DTXA 4I9LA 1F21A 3NAEA 2QKBA 3KLIA 4E7HA 2G8HA 1BL3A 4FLZA 2VG5A 1NJYA 4FJHA 3AVAA 4N47A 2G8WA 2DFHA 2RKIA 4OKEA 1BIZA 4EZ9A 2KZMA 2D0AA 2YNGA 1NK8A 3VQAA 1KRPA 3VQQA 3DLBA 4FJ9A 1WLJA 1ZBLA 4CJUA 3AO2A 4FZXC 1VK0A 3OS0A 2NUBA 4F2RA 2P5OA 3PX0A 4RW4A 4G1QA 2HHVA 4AHCA 1BCOA 3QNOA 4CJFA 4HTUA 3QETA 4CEZA 4LH4A 4KHNA 3UIQA 3A2FA 2KW4A 1L3UA 2VG7A 4NYNA 4CGJA 1JL2A 3D0PA 1KLMA 1RDAA 4E89A 1T03A 1IG9A 1RTJA 4Z4HA 3V81A 1C0TA 1DTTA 1JXBA 1QS4A 5C24A 3VA3A 3LDSA 2VWKA 1U49A 4ICLA 4CECA 3CQ8A 4CHYA 3PUFA 3OJUA 4FK2A 3HM9A 1RDCA 3VQ7A 1NK4A 4CJVA 3TAEA 3C6TA 2RF2A 4E7IA 3B6PA 1VSKA 1KVCA 2BE2A 5HRPA 2IDOA 4LH5A 1YTAA 4M3XA 1D9FA 3P83D 4KB0A 4GVMA 4FCYA 5HP1A 4Z4FA 3K59A 1NK6A 4DQQA 4M41A 4FYDA 3AO3A 4DLEA 4CERA 3SYZA 2HHTA 4M3YA 3K2PA 3K5LA 1VSJA 3VQ5A 3LPTA 4RW9A 4UQGA 3TABA 3NH1A 1YVUA 3NE6A 4DF4A 4FK4A 3PX4A 2HW3A 4M3UA 1VSIA 1SL1A 3QEPA 4ZHRA 3SV4A 5EU7A 4DLGA 3ZSOA 4B9SA 4J2BA 1TL3A 3RMAA 4KV8A 1QSLA 2Z1IA 4Z4CA 3V9WA 4FXDA 1RILA 3C95A 5T7BA 4JS5A 1T8EA 1VSLA 3C6UA 2IS3A 4CHQA 3OS2A 3K5OA 1L3SA 4KTWA 1RT3A 1S9GA 3LPUA 2Y1JA 1NKCA 1ZBHA 4I7FA 3QEWA 3NFAA 1TK5A 4F3TA 2Y1IA 3SQ4A 3L2UA 1WSFA 4DTNA 1BQMA 4ZTJA 4CHPA 2KFNA 1UAXA 2FBVA 5KRTA 3V1OA 4W5RA 4DTOA 1CZ9A 1RT7A 3WNGA 5KGWA 4E3SA 3VQ9A 4OKJA 1EP4A 2IOCA 4E1NA 1TK0A 4B9TA 3ULDA 1TVRA 1L3TA 2HNYA 4CF0A 1XHXA 3D45A 3V9UA 3HP6A 1BHLA 1RTDA 4KRFA 4EP4A 3AVLA 4KI4A 2YKNA 3L3UA 4QAGA 3ZSYA 2HHXA 3SPYA 1UA0A 1NK7A 3KLGA 4HCCA 1Z26A 3ISNC 3KK3A 5HRSA 2VWJA 3NHGA 2B5JA 1YT3A 4DS4A 4DQSA 1RBSA 3ZSXA 3OJSA 3TAMA 4J2AA 4E7JA 2GV9A 3DRSA 3LWLA 4CE9A 2HHUA 4CJ3A 3ZSZA 1CXUA 4FLUA 3AVBA 4LY7A 3E01A 1X9MA 4YNQA 3BDPA 3AVCA 3NF9A 4KO0A 1LW2A 3LALA 4OJRA 3OYKA 1RBUA 1IKVA 2KTQA 5DMRA 1NK5A 4CJRA 1ZBUA 4ELUA 1U48A 1Z25A 1RT1A 3H08A 4O55A 3VA0A 5FRNA 4B9LA 4CJEA 2OPSA 4KB1A 3IAYA 4FJIA 3AVFA 3NF6A 3VQPA 1TKDA 4I2PA 1D9DA 4QCLA 1VSMA 3OYGA 2GBZA 3KIOA 3SUNA 1ZYQA 1SV5A 4KHYA 4K8XA 3SQ1A 1HNVA 3M8SA 3NGIA 4KREA 1S1XA 3B6OA 1MU2A 3K58A 3T19A 1D5AA 4AHSA 5FRMA 1C1CA 4OGEA 4AHVA 3NBPA 4N56A 1BIUA 4DFPA 4F8RA 4Q0BA 3RMDA 1I39A 4EZ6A 4DTSA 4CJTA 4CFDA 4B8AB 4KHWA 3OYHA 1C1BA 3L2RA 1DLOA 3L2QA 1LV5A 4HUFA 4Y1DA 4LD0A 1LWFA 4DF8A 3NGZA 3OYFA 2KFZA 1TAQA 1UOCA 5CZ1A 3DOKA 5I3UA 4ID1A 2HNZA 4CESA 2QXFA 4IFVA 2X78A 3EYZA 4JRPA 1KVAA 4DSEA 5HBMA 4IBNA 1VSDA 1X9SA 4CGDA 3OYIA 4O0JA 1N6QA 3LZJA 4CFAA 4DTRA 1RT5A 4OPJA 4CEDA 1BQNA 4N5SA 4AHTA 1Q9XA 5I42A 1S1WA 2G8UA 3F73A 1CZBA 4DSIA 3SQ0A 4CEEA 1KFDA 1SL0A 1WSJA 1A5VA 3TAFA 2XHBA 3AVGA 2WOMA 3ZCMA 1QE1A 2DTUA 3T3FA 3U6FA 3MXMA 4KKOA 1RT2A 3MXIA 2G8KA 4CEBA 4Z4GA 1RBRA 2JGUA 2P1JA 5KI6A 1TL1A 4CJ4A 1JLGA 4NCGA 4CEQA 3LZIA 1LAVA 4DU4A 3PO4A 1IH7A 2YHAA 3AVJA 3TWHA 1QHTA 3HPOA 1TGOA 2P51A 3C94A 4DS5A 1S1TA 4ELTA 2ZD1A 1TKXA 3PO5A 4DSJA 3U3GA 3M8RA 3QEXA 3QIOA 1HJRA 2G8FA 4BE0A 4FM2A 4PQUA 3NF8A 1TK8A 3AA2A 2X6SA 2Z1GA 3DRPA 3OYLA 2F8SA 2A1SA 1C0UA 2OZSA 1XWLA 4OVLA 4B9NA 4W5OA 3OYNA 3AVNA 2YKMA 4RW6A 4TSXA 4CHOA 1XHZA 3QLHA 2VG6A 4Q5VA 1BI4B 1LAWA 1RTHA 2LSNA 4F2SA 1EX4A 3THVA 1QSYA 4NCBA 2HVHA 5JS1A 4FLXA 3CFOA 3CFPA 4FJ5A 1RCHA 3S3OA 4C8LA 3ITHA 4E7LA 3RRGA 4BWJA 3NDKA 4DU1A 4CIGA 2HMIA 2PYLA 3LP0A 3DYAA 3RR8A 3DLGA 4FLVA 1ASUA 2DFEA 2YNFA 1RTIA 5C42A 5KRSA 1Y97A 2YHBA 3U3YA 2PZSA 1LWCA 2OZMA 3O3GA 3PY8A 2BDPA 4DTUA 4AHUA 3TANA 1KFSA 2F8TA 1HPZA 3P1GA 4CJ5A 3LAMA 2OPQA 3CG7A 5HRNA 5SZTA 3KJVA 4FJ8A 1VRTA 4CHNA 3JYTA 3NH2A 4DQIA 3O4QA 3VQDA 1FKOA 3V1QA 4CIFA 1JLQA 1HQEA 2HHWA 4QOZB 4CK1A 1IKYA 3HP9A 3AA3A 2P5GA 5E41A 4HUGA 2BANA 4DG1A 3NH0A 1BISA 2PYJA 2XRIA 3G0ZA 5FDLA 1SKWA 4FJKA 2D5RA 3AVKA 4N41A 3LAKA 5HROA 4GW6A 3LP2A 2FBYA 2D0CA 3CYMA 3DMJA 3F9KA 3L3VA 3M8PA 1C0MA 3ZT3A 4CEFA 1X9WA 5J1EA 1HMVA 1B92A 2G8IA 4FK0A 3QIPA 4BWMA 1D8YA 1RBTA 3S3MA 4OKKA 4E19A 3O3FA 3PX6A 3G10A 1YTUA 4K8ZA 3I0SA 3ZT1A 5KTQA 3DOLA 3KK2A 4OLBA 1U4BA 4C8OA 4XIUA 2HNDA 3IS9A 5HRRA 3ZSWA 3MAQA 2WONA 4FVMA 4IG0A 1CLQA 4CFBA 1C6VA 1WSIA 3DI6A 4FLTA 3IG1A 3LP3A 3MXJA 4CF9A 1NKEA 4DFJA 4M42A 1VSHA 4Z0UA 4FZZA 2XY5A 1JXEA 1B9FA 4ZTFA 2HHSA 1GOAA 4O0IA 2YNHA 3K57A 4RW7A 3SPZA 3AO4A 3AA4A 3AV9A 2IAJA 3VQ8A 1REVA 3OYBA 1BGXT 1KTQA 3ASMA 2X6NA 3MEDA 1QSSA 2G8VA 1HYSA 1DTQA 1I3AA 3DRRA 3KKSA 4ID5A 1U45A 1JLCA 1ZBIA 4IG3A 1VSEA 4FM0A 5J2MA 3HL8A 3TARA 4O4GA 4DWIA 3NCIA 4HVJA 3HJFA 3S9HA 4O5BA 3SCXA 3OYJA 3ZSVA 1X1PA 4J2EA 1RDDA 1S6QA 1G15A 1JL1A 2JLEA 2ZE2A 3KLHA 2B4JA 1BI4A 3OYMA 4BDZA 1TAUA 3KLEA 2OPPA 3VQEA 3TAPA 3CM5A 2E4LA 4KFBA 3P5JA 3FFIA 2YV0X 3ZSQA 2F96A 4KPYA 1L5UA 4CEOA 4CGHA 3SV3A 5K14A 1WAFA 4CJKA 4PA1A 1Q8IA 1LWEA 3WNHA 1HYVA 1IKWA 2RN2A 3OYEA 4JS4A 4KAZA 1T05A 2HVIA 3OYDA 4H4MA 4W5TA 4FJNA 4KHQA 3LWMA 1VSFA 2B6AA 3MEGA 4Z4IA 4FJMA 4FLYA 4KI6A 5J2NA 4NYFA 1UWBA 2XY8A 1EXQA 3QO9A 2W42A 1WNSA 3ZT2A 1NOYA 3DLHA 1HYZA 3ALYA 1JLAA 3NGYA 2XY6A 4OLAA 4W5NA 4CGIA 4FM1A 2R7YA 4E0DA 4DMNA 4N76A 4C8NA 3SI6A 4EP5A 3AO1A 3V9XA 4E7KA 4DQPA 1A5WA 1NJWA 3TAGA 1KVBA 3OYCA 3WNEA 4PWDA 5HLFA 2ITGA 4MQ3A 3ZSRA 4CHZA 1WN7A 2DFFA 4I9QA 4J2DA 1A5XA 5J2QA 4AHRA 3CFRA 3VQCA 3V4IA 4F3OA 4R5PA 2ZQBA 4CIEA 2Q3SA 1RT4A 2X74A 4BE1A 1NK0A 4FZYA 3VN5A 2A1RA 3L2VA 3SJJA 3SUQA 4JRQA 4KTZA 1QQCA 4E1MA 4B9MA 3RTVA 2EX3A 4DU3A 2E6MA 1SKSA 1QTMA 1K6YA 4W5QA 1ASVA 4BDYA 1R0AA 4DSLA 4Z4EA 3HO1A 3ZT4A 3VQ6A 4BE2A 1UA1A 3CM6A 1J9AA 4I2QA 2XO7A 3HPHA 3HSTB 2FC0A 1XC9A 4OGCA 4M3TA 4DTJA 5CZ2A 5CYMA 4CJWA 5KGXA 3KD1E 4B9UA 4B9VA 2QKKA 1GOBA 2E6LA 1SKRA 4CJPA 3MEEA 4JLHA 2BGGA 4FJLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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5HL7L 3J80O 2HHVA 1U2VB 3CC7N 1BCOA 3QETA 4LH4A 3TU5A 2VIXA 2P9UA 3TL8B 1T03A 4BR0A 2GWJA 3GOIA 1DTTA 4MLEA 3LDSA 5AQYA 2P9PA 3HBTA 3CCEN 4CHYA 2QWLA 3OJUA 1MWMA 3FR0A 4FK2A 1RDCA 3VQ7A 4CJVA 3TAEA 4H0TB 3C6TA 3EEQA 3BEXA 2YJFA 3AGRA 2O8FB 4LH5A 4CVNE 4M3XA 1TYQB 4FCYA 3AGKA 4DQQA 3LM9A 4FYDA 3MDQA 4C23A 3UE5A 4DLEA 4CERA 3L6QA 3K2PA 3LPTA 3TABA 4GVEA 1VSIA 3QEPA 4ZHRA 1WUAA 2HSTA 2VCPA 4JV5K 1TL3A 1X9JA 4JN4A 5TKWA 1VQ6N 3D2FA 1OVYA 1RILA 1NGBA 3WXJA 5T7BA 1T8EA 1VSLA 4KTWA 4BRMA 2H3GX 2Y1JA 4I7FA 3H6EA 2CH6A 3VTHA 4DTNA 3A5NC 2FBVA 1KD1O 4W5RA 1CZ9A 4E1NA 1HKGA 3O80A 3RSEA 2ASMA 2HNYA 5F0XA 3D45A 1BHLA 1EWRA 5AFUH 2GWKA 1RTDA 4MDAA 3L3UA 4QAGA 1XUPO 4ADNA 2HHXA 4JKGA 2QWMA 4JEPA 3KVGA 5BR9A 3CCSN 4MO5A 4A2BA 3ZSXA 2HF4A 1K73O 5AQXA 3TAMA 1Q81O 1XVFE 2GV9A 1CZAN 2OANA 3SAHA 3VGMA 1CXUA 4JKBA 4FLUA 3EO3A 3E01A 3AVCA 4KO0A 3LALA 2Q31A 1U48A 4AQYK 1Z25A 2F9TA 4CJEA 3IAYA 3NF6A 4PKIA 4GV9A 5AQJA 4PHTX 4RCHA 2MZWB 3M8SA 2O8FA 3I8BA 3L0QA 3T19A 5BRDA 3A8YA 3U9DA 5FRMA 4B1XB 1C1CA 4OGEA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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