3QP0A

Hiv-1 protease (mutant q7k l33i l63i) in complex with a novel inhibitor
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Protease
publication title Novel inhibitors for HIV-1 protease
rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (bru isolate)
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-02-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3qp0A00
4PHVA 5OZNA 5P11A 3OUDB 4EQJA 5P01A 1RNEA 3S7MA 3GGAA 3QVIA 5HU1A 3SM1A 3LIZA 1XN2A 3OQFA 4DUSA 2B7ZA 2PK6A 3GGUA 1IVQA 5OZKA 3L3AA 5P1WA 3L38A 1IZEA 1K1UA 1A8KA 5P42A 2G1NA 1G6LA 4L7GA 3PBDA 3OQDA 2OHQA 3TTPA 1TZSA 4K8SA 3CIBA 5P17A 1PSNA 1AM5A 3GGXA 1TSUA 2I4VA 1DPJA 4NJSA 3S53A 4AA9A 4DV9A 4I0GA 5OYUA 1GVUA 5P8VA 5P7JA 3FKTA 2R38A 1K1TA 6UPJA 3PWMA 3KF0A 5P1XA 5P6HA 4RYGA 3EKYA 4YD5A 3KYRA 5P1GA 2WEBA 4YD3A 5OYWA 1FLHA 3TKGA 3OXWA 1YM2A 1YT9A 1YTGA 3HVPA 3HBOA 2UXZA 3EL0A 4Y35A 2QI1A 5P4ZA 2F80A 5P71A 1MIQA 4DPIA 3FNTA 3KT5A 3URIA 5P3IA 4LHHA 3NDXA 4Y36A 1A94A 5P4TA 5P62A 3KFRA 2NNPA 4OBJA 5OZLA 2RMPA 2FNTA 3KDCA 4Y54A 4QGIA 5P4UA 1HIIA 2BPZA 1KJHA 5OZ2A 5P2FA 2PK5A 5P20A 2OHMA 2ZHTA 4CPWA 5P12A 4DJVA 1AVFA 4YD4A 4PYVA 3OWNA 3RTMA 5P6OA 5P0UA 4F75A 3PJ6A 4Z50A 4ZSRA 2XFJA 5P8AA 4PPHA 1EPRE 2HC0A 1D4IA 3UDRA 5P84A 2QI0A 3AIDA 5OZ5A 3C9XA 1W5VA 5P3VA 5P47A 3T7XA 5P2QA 1NH0A 5OZBA 3T3CA 4B77A 2HM1A 5P5NA 1HEGE 3CYXA 2QAKA 2VJ9A 5P2DA 3NWXA 1MSMA 3R4BA 4J1KA 3PI5A 3L58A 5HDZA 1A30A 5P2IA 2BJUA 3PMUA 4N00A 4Z2ZA 3SLZA 5JFUA 2NR6A 5P5QA 1CMSA 2NMYA 5P0LA 3G70A 4F74A 1APVE 2V11C 4Y3ZA 3VG1A 2Z54A 4AUCA 4KE0A 2H6TA 2WKZA 3NXEA 4KUPA 4Y57A 2V00A 5P02A 2NNKA 5C9DA 2AOHA 4BFDA 3OGQA 5P79A 3OOTA 2XYFA 3APRE 1HVJA 4PEPA 5P4QA 4OBZA 5ENKA 4ER4E 1N49A 2QMDA 2XYEA 2ZJNA 2AZ9A 1NPWA 4CPRA 5OYQA 3TPJA 5P7LA 3BXRA 4XX3A 2NXMA 4XXSA 4F73A 4I0IA 4Y5CA 4B05A 2IDWA 3ZL7A 4I0DA 2OHNA 5P3CA 2BKTA 3S8IA 3NU9A 3QS1A 1DMPA 3R1GB 5P3YA 1B6MA 4B78A 1GNMA 4Y53A 5P0PA 5OYVA 3LIYA 4Y4GA 3EKVA 5SY3A 4B70A 1C6YA 5HE7A 1EC1A 4Y4WA 5P5XA 1W5WA 2G1SA 3EBZA 1BXQA 4KB9A 5AGZA 2AOCA 5KR2A 4Y39A 3NUOA 1GVXA 4B1DA 3KN0A 1MERA 5P52A 1LZQA 5P5PA 2ZJIA 5OYZA 5P37A 2QI7A 2F3FA 1IZHA 1PROA 4HDBA 1OEXA 5HDXA 5P7CA 3SA9A 5P8DA 3CIDA 5P25A 2JE4A 3O9LB 3Q3TA 4LAPA 4AA8A 5P2XA 5P04A 3PB5A 3PI0A 5P59A 2IRZA 4Y38A 5P4SA 1XE5A 2IQGA 3DJKA 3VV8A 4IVSA 2CEJA 1HVRA 4Y3WA 4DJXA 1TW7A 3ZPSA 3QBHA 4Y5BA 1FIVA 3EM6A 1C70A 5P58A 1PFZA 3HD8A 3G72A 1D4LA 3OAGA 3ZKMA 2O4LA 4YHQA 3UDJA 4Q1XA 1EPNE 5P4XA 3D3TA 4QJAA 3S56A 3NSHA 4Y3QA 4EQ0A 4GB2A 2VJ6A 4L1AB 5P6AA 5OZVA 5P5JA 2PSUA 5P39A 4I0EA 4EWOA 3OTYA 4U7VA 3TOHA 5P24A 3ZKQA 4K4PA 5P3GA 5KAOA 4J1HA 4EP3A 4DQFA 1IIQA 5P4FA 5OZ1A 5P6TA 2QD6A 4OBHA 1PSAA 2OHKA 1D4YA 3EL1A 4H1EA 3FIVA 1HPVA 1LF2A 1XN3A 1SGZA 1UPJA 4QJ2A 4ZE6A 3TKWA 3NU6A 2RKFA 2F3KA 1LEEA 6FIVA 3ST5A 2WEDA 3VFAA 2PYMA 3ER5E 4DI2A 1MESA 4X2LA 5P5CA 1XS7D 4EYRA 1LYAA 3OQKA 3ER3E 4Y4XA 4PZXA 3MSLA 2Q11A 5P7UA 1RPIA 4Y4TA 4I10A 2J9KA 1E5OE 2BBBA 4BFBA 2ZYEA 2QZWA 3LINA 3LZSA 3PSYA 5P1AA 5P3SA 5P78A 5P0YA 2ZJJA 1FQXA 2QZLA 3GI6A 1ODWA 5P3QA 5P7QA 4J0YA 4WTUA 5P3NA 3ZKIA 4YBIA 4OBFA 5P3XA 5C9BA 2AVOA 5ER1E 2IGYA 1HOSA 3LIVA 5AH7A 1KZKA 3GW5A 5P3JA 3CKTA 5P6VA 2P3AA 4OC6B 2R5QA 3VYFA 4FLGA 5P8BA 5P54A 3AUPA 4Y43A 1W6HA 5KR0A 4FSEA 5P1ZA 5P6QA 3L59A 5P82A 3TOFA 4Y3FA 2CEMA 4Y4EA 3IN3A 5P32A 1ZLFA 4HDFA 1GVWA 5P26A 5P0RA 4FM8A 4FRJA 4YD7A 4Y41A 2I4UA 4B1EA 1BV7A 2ZE1A 1QRPE 5P2MA 5P73A 5P3BA 3T7PA 3K5FA 5P3RA 2VIJA 4WY6A 1FF0C 5P0XA 1QBRA 4DJPA 4E43A 4OD9A 5ISKA 5P5SA 1MTBA 1HXWA 1FFFC 4YDFA 5BRYA 3RU1A 3PM4A 3EKWA 4S1GA 1AZ5A 5P6IA 4MC9A 1YTJA 5P7GA 3OUAA 4LXAA 2QNNA 5P6EA 2ZJMA 1HTEA 5P1YA 3K5CA 4RRNA 2XFKA 4YCYA 5TOLA 1K6PA 4FM6A 4TVHA 3WB5A 4NPTA 5IVSA 4F76A 2Q5KA 1SMEA 4B72A 3I8WA 4Y3GA 1K2CA 1GKTA 5DR0A 4Y5GA 1ZSFA 1F7AA 5IVQA 4DJUA 5P5GA 2HS2A 3O9HA 5P3TA 4CPSA 2I4XA 3KMYA 3FSMA 2HB4A 2ZHUA 3EC0A 1SIVA 3NYGA 5COPA 1FMXA 2QMPA 2QI3A 4NKKA 5P75A 2ZHSA 3L5EA 2VS2A 5P65A 4L7HA 2QHCA 5OZFA 1QBTA 3BGBA 2FXEA 5P3EA 5P27A 4EJDA 5P3PA 9HVPA 4J0VA 5P2LA 4Y44A 4R95A 1Z1RA 5KR8A 3BGCA 1B5FB 3OXCA 4Q1NA 2BPVA 5P7KA 5AHBA 3BXSA 3NUJA 3K5DA 2QNQA 4MC2A 5P7NA 5P0VA 5P6ZA 2AIDA 4LL3A 3OHHA 2UY0A 1HVCA 2VNMA 3S45A 2J9JA 2FDDA 6APRE 3GI0A 4RZ1A 1PSOE 2ZDZA 2WF4A 2OHRA 4I0JA 2FDEA 3TPRA 1IBQA 4U7QA 5P23A 4R91A 5P8OA 3DV1A 1K2BA 3OXXA 5P85A 3UTLA 1W51A 5OYRA 4XKXA 5P1BA 3CICA 4J0ZA 4FE6A 4Y3HA 4ER1E 5B18A 3UDPA 1MEUA 4PZWA 5P36A 3OGPA 4CPUA 3S85A 5P5HA 4Y3PA 2FS4A 3PBZA 2PWRA 5P4RA 1EC0A 4Y3DA 5P8IA 4GJCA 4RCFA 4GYEA 3VF5A 4DJRA 5P50A 3LPIA 4YA8A 5P3WA 5P4DA 4M8XA 5OZEA 1VIJA 5P2ZA 4QJ9A 4NJUA 1LF4A 3I2LA 5AH6A 5P05A 5P4JA 4CMSA 2FIVA 2IL2A 1META 3NDWA 4HVPA 5P7EA 1FG8C 1IVPA 1IZDA 2Q63A 3QAAA 2FLEA 5OZHA 2V16C 1ODXA 2HPEA 1ZTZA 1LS5A 5P7ZA 3MSJA 5P1FA 1YG9A 1MT9A 3RTHA 5P1UA 3L5DA 1RL8A 2QZXA 5P45A 5P08A 2BPYA 4Q1WA 5DQ4A 5E5KA 4EJKA 4YOAA 3VV6A 5P4EA 2SAMA 4FGXA 3NDTA 5P3LA 1HPXA 3TLHA 1QBSA 2FXDA 3URLA 2A4FA 3U71A 2HB3A 3LNKA 1HPOA 4B1CA 5KQYA 4ER2E 5P4AA 1HSGA 4HZTA 1Q9PA 5P6KA 3S54A 3BUHA 5P0OA 4H3GA 3JVYA 2HAHA 2AOIA 1UH7A 1FMUA 1JLDA 2AZCA 5P8MA 3URJA 3INHA 1YX9A 2H6SA 5SZ9A 3L5FA 3VLAA 5P6LA 4I11A 1LV1A 3O9AA 1BWAA 4B00A 2ZHVA 2BQVA 3O9GA 4RVXA 1D4KA 1HTFA 4CPXA 3N4LA 5P3DA 5P1NA 3OUBA 3QN8A 2G27A 1T7KA 2ZJHA 5P0IA 5P4PA 2WEAA 3F9QA 5P81A 2AODA 3IVHA 4Y5KA 1HWRA 2FDPA 4EP2A 5P7RA 4Y5MA 5P0EA 5P13A 5ISJA 2NMZA 3VCMA 1E80E 4QJ7A 4OBZB 5P19A 1B6KA 3UQPA 5OZTA 3L5BA 2G1OA 5P16A 3DCKA 3OU1A 3FX5A 5P5VA 2G1RA 5P2SA 4AMTA 3QI1A 4ZPEA 5P8PA 2IKOA 1LYBB 4Y3AA 2QD8A 3I6OA 2F81A 1HEFE 1HHPA 5P1QA 3DOXA 5T4SA 5PEPA 1MT8A 2P3BA 3SA3A 3QP0A 5P4OA 5OZ8A 5OZSA 5HE5A 4L6BA 5I70A 5P67A 3VYEA 2BB9A 3IVIA 3NU4A 3OUCA 3OU4B 2VA5A 1LYWB 1OD1A 5P6FA 3VEUA 5SY2A 3OU3A 1HVIA 5KR1A 4MC1A 1B6PA 5P2VA 3DM6A 1AJVA 1GVTA 4YDGA 4Y3TA 3O9FA 1SDTA 3TH9A 4H3FA 2QU3A 4FSLA 3FV3A 2G69A 2ZGAA 4QLHA 5P1DA 1BBSA 1APTE 5OZWA 4L7JA 1B6LA 4Y5NA 4Y4AA 3HAUA 1BXOA 3UCBA 5P07A 1NPVA 3S7LA 4JOOA 1A8GA 4Y56A 5ER2E 5OZUA 2PYNA 1BILA 5DPZA 3T6IA 4YE3A 5P3MA 5CLMA 2V13A 1D4JA 4J1EA 2R43A 3S2OA 4DJYA 3LZYA 5P1OA 3SKGA 5P3FA 5JODA 2G22A 3BUGA 1FQ5A 3BRAA 3EKTA 2QMGA 3PLLA 5HTZA 3K4VA 4Y5PA 3KA2A 3OAGB 1BV9A 1IDAA 5DR1A 4GJAA 2OHLA 3OOZA 2G1YA 3LZUA 5P49A 3S43A 5DR4A 1EAGA 5AH8A 2HIZA 1QBUA 1T7IA 3OK9A 2JJJA 2AZBA 4HEGA 3N3IA 5P0TA 3GI4A 5P0BA 1EEDP 2ER9E 1WKRA 2BKSA 5P5KA 1B11A 3HAWA 3M9FA 2AVMA 1FEJC 2MIPA 1SP5A 4R8YA 5P5DA 3GGVA 1AAQA 3OQAA 1ZSRA 4GJ5A 3SA6A 3EL4A 4TRYA 4DFGA 1DP5A 4I8ZA 1KJ4A 5KQFA 3RVIA 3B80A 4J1IA 4RVJA 1W50A 3OADA 3BUFA 4ACXA 2JYSA 2OHUA 2G26A 5P86A 1LYAB 5P0MA 5P48A 4YOBA 4K4QA 2QK5A 5P03A 1UH9A 4TRZA 3UDHA 4FAFA 2QI6A 1HSHA 1C6ZA 4DQCA 5P6XA 3D91A 2P3DA 3K1WA 1T7JA 5OZPA 4JPCA 5AH9A 4Y37A 4L1AA 3DUYA 4GJ9A 3VSXA 2VKMA 5P18A 4D85A 1UH8A 3JW2A 2NXDA 5OZCA 1OEWA 1MPPA 3PSGA 4JPEA 2FGVA 3LZVA 1G2KA 5OZAA 1HVLA 5P1MA 5P43A 4KE1A 4EPJA 5HCOA 3UDMA 1XL5A 5P2NA 2IKUA 4FRSA 2AOJA 4Y51A 5P76A 4RRSA 4FAEA 2R3TA 5P41A 2O40A 2ER0E 5P3KA 3T11A 2AOGA 4GJ8A 5I3YA 3ZKXA 5DQ2A 4EJLA 1FQ4A 5P3AA 1GNNA 1W5YA 4Y3EA 4GIDA 1APWE 4JECA 4GJDA 2ZJKA 4DQBA 2AZ8A 2QI4A 5OZIA 5P40A 5KQZA 4IVTA 5P6PA 4APEA 3MXDA 1EBZA 3CMSA 4WY1A 5OZ7A 5P5FA 3LIXA 5P2BA 5OZ0A 1SH9A 1F34A 2I4QA 5HDVA 3DK1A 5P5UA 3VLBA 1MT7A 2P83A 5IVRA 5P4GA 1M4HA 5P5MA 5P6UA 4DVFA 5P00A 4Y4BA 4A6BA 5DQ1A 1E81E 4DJQA 4Y4UA 3SM2A 3QRSA 3UQRA 4Y6MA 1A9MA 2OF0A 1KJFA 1HIHA 1IDBA 5P7MA 2Q54A 5P0DA 4D8CA 5P3OA 3CKPA 2WF0A 3LPJA 1TCXA 2WHHA 5P6JA 1AJXA 5P4CA 5BWYA 2O4PA 3UFNA 5AHCA 5P8CA 5P7XA 1MRXA 1K6VA 5P68A 5P77A 5COKA 3U6AA 4Y3JA 3HDKA 4EJ8A 1MTRA 5P5WA 5P4KA 5OYXA 5P0NA 5P1CA 3DCRA 2QZKA 2UPJA 4HDPA 5SXNA 2WECA 2I0DA 3NLSA 3CKRA 5P6MA 3D20A 3QBFA 3NR6A 5P8QA 5P28A 5OZ9A 4J55A 2VIZA 3K4VC 2O4NA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4PHV A;  5OZN A;  5P11 A;  3OUD B;  4EQJ A;  5P01 A;  1RNE A;  3S7M A;  3GGA A;  3QVI A;  5HU1 A;  3SM1 A;  3LIZ A;  1XN2 A;  3OQF A;  4DUS A;  2B7Z A;  2PK6 A;  3GGU A;  1IVQ A;  5OZK A;  3L3A A;  5P1W A;  3L38 A;  1IZE A;  1K1U A;  1A8K A;  5P42 A;  2G1N A;  1G6L A;  4L7G A;  3PBD A;  3OQD A;  2OHQ A;  3TTP A;  1TZS A;  4K8S A;  3CIB A;  5P17 A;  1PSN A;  1AM5 A;  3GGX A;  1TSU A;  2I4V A;  1DPJ A;  4NJS A;  3S53 A;  4AA9 A;  4DV9 A;  4I0G A;  5OYU A;  1GVU A;  5P8V A;  5P7J A;  3FKT A;  2R38 A;  1K1T A;  6UPJ A;  3PWM A;  3KF0 A;  5P1X A;  5P6H A;  4RYG A;  3EKY A;  4YD5 A;  3KYR A;  5P1G A;  2WEB A;  4YD3 A;  5OYW A;  1FLH A;  3TKG A;  3OXW A;  1YM2 A;  1YT9 A;  1YTG A;  3HVP A;  3HBO A;  2UXZ A;  3EL0 A;  4Y35 A;  2QI1 A;  5P4Z A;  2F80 A;  5P71 A;  1MIQ A;  4DPI A;  3FNT A;  3KT5 A;  3URI A;  5P3I A;  4LHH A;  3NDX A;  4Y36 A;  1A94 A;  5P4T A;  5P62 A;  3KFR A;  2NNP A;  4OBJ A;  5OZL A;  2RMP A;  2FNT A;  3KDC A;  4Y54 A;  4QGI A;  5P4U A;  1HII A;  2BPZ A;  1KJH A;  5OZ2 A;  5P2F A;  2PK5 A;  5P20 A;  2OHM A;  2ZHT A;  4CPW A;  5P12 A;  4DJV A;  1AVF A;  4YD4 A;  4PYV A;  3OWN A;  3RTM A;  5P6O A;  5P0U A;  4F75 A;  3PJ6 A;  4Z50 A;  4ZSR A;  2XFJ A;  5P8A A;  4PPH A;  1EPR E;  2HC0 A;  1D4I A;  3UDR A;  5P84 A;  2QI0 A;  3AID A;  5OZ5 A;  3C9X A;  1W5V A;  5P3V A;  5P47 A;  3T7X A;  5P2Q A;  1NH0 A;  5OZB A;  3T3C A;  4B77 A;  2HM1 A;  5P5N A;  1HEG E;  3CYX A;  2QAK A;  2VJ9 A;  5P2D A;  3NWX A;  1MSM A;  3R4B A;  4J1K A;  3PI5 A;  3L58 A;  5HDZ A;  1A30 A;  5P2I A;  2BJU A;  3PMU A;  4N00 A;  4Z2Z A;  3SLZ A;  5JFU A;  2NR6 A;  5P5Q A;  1CMS A;  2NMY A;  5P0L A;  3G70 A;  4F74 A;  1APV E;  2V11 C;  4Y3Z A;  3VG1 A;  2Z54 A;  4AUC A;  4KE0 A;  2H6T A;  2WKZ A;  3NXE A;  4KUP A;  4Y57 A;  2V00 A;  5P02 A;  2NNK A;  5C9D A;  2AOH A;  4BFD A;  3OGQ A;  5P79 A;  3OOT A;  2XYF A;  3APR E;  1HVJ A;  4PEP A;  5P4Q A;  4OBZ A;  5ENK A;  4ER4 E;  1N49 A;  2QMD A;  2XYE A;  2ZJN A;  2AZ9 A;  1NPW A;  4CPR A;  5OYQ A;  3TPJ A;  5P7L A;  3BXR A;  4XX3 A;  2NXM A;  4XXS A;  4F73 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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