3QQ1A

Crystal structure of a double mutant [a58p, del(n59)] of 3-deoxy-d-manno-octulosonate 8-phosphate synthase (kdo8ps) from neisseria meningitidis
Total Genus 79
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
79
sequence length
276
structure length
249
Chain Sequence
MDIKINDITLGNNSPFVLFGGINVLESLDSTLQTCAHYVEVTRKLGIPYIFKASFDKPRSSIHSYRGVGLEEGLKIFEKVKAEFGIPVITDVHEPHQCQPVAEVCDVIQLPAFLARQTDLVVAMAKTGNVVNIKKPQFLSPSQMKNIVEKFHEAGNGKLILCERGSSFGYDNLVVDMLGFGVMKQTCGNLPVIFDVTHSLQGRRAQALDLALAGMATRLAGLFLELHLLEDFLIRIKALDDLIKSQPIL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
source organism Neisseria meningitidis
publication title Targeting the role of a key conserved motif for substrate selection and catalysis by 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate synthase
pubmed doi rcsb
molecule keywords 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
total genus 79
structure length 249
sequence length 276
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2011-02-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3qq1A00
3VKJA 3UPWA 3PVFA 2VFIA 3RFAA 2VEPA 4QAIA 5K9CA 5G5IA 1W5QA 5FEWA 3NQ2A 1QOPA 2A7PA 1G69A 2GUUA 4OV4A 1GYNA 5G2IA 3DH7A 4RZ6A 4AMAA 1YPIA 2E1DA 2ABAA 4D2JA 4HIBA 1UBSA 1VYSX 3W1MA 4TR9A 5EBUA 3W74A 4LRSA 1TPEA 3JS3A 3GK0A 3MP4A 1Y0EA 4Y90A 5HJLA 2JK2A 1GPWA 2YR1A 3EB2A 1XBZA 4E0CA 4QIUA 3KAOA 3A9IA 4J9JA 3HOJA 1I2NA 1LLZA 3ABRA 4AWUA 3UPBA 2V2CA 2YXGA 3CC1A 3W7OA 4MFEA 4JTEA 1IXPA 3H54A 4LC6A 4ZMGA 3NQDA 3M47A 4AH7A 1GYLA 2C15A 4H6KA 1ICPA 3NO5A 3NQFA 2ZRYA 3O16A 4Y9AA 2A6LA 2NXGA 2CW6A 2R94A 5G1YA 5C5YA 4PL1A 1OF6A 3CM4A 3TNOA 1WYIA 3QFEA 4LVGA 3LHVA 3LXCA 4FX6M 5U7SA 1X7FA 3W1QA 1KFLA 2A1YA 5G4WA 4JTFA 3NYZA 4BF9A 4MY1A 4I7WA 3DHDA 4KWVA 2GOUA 2FLIA 3N2MA 3HG4A 1K02A 3G8EA 1BKSA 2YZRA 3MMTA 3TMLA 4HT3A 4FX7A 5G2HA 1DV7A 4JD4A 1TMHA 2DZXA 2V2HA 1N7KA 2Q8LA 5CZ0A 2WV8A 3THQA 5KITA 4FNSA 3NVTA 3TK7A 4I7UA 2CZDA 2JKAA 3C3NA 1L9WA 4K38A 2YX0A 2XN2A 1L6WA 4C1LA 5TIMA 3R13A 4K8HA 1E51A 1VLIA 2ZZ2A 4MOZA 8TIMA 1QO5A 3MJYA 2FB2A 1HO1A 5FESA 1D3HA 1XM3A 4UR8A 3GDMA 3PSVA 1TJPA 3RF9A 1LYXA 1XXXA 1TQXA 3FFSA 2ATMA 1GZGA 3EWZA 3P62A 4IMFA 3W7QA 3B0VC 2QCGA 1I2RA 1O60A 1OYBA 1QO2A 1R30A 4UFLA 4BWLC 3O63A 4UTLA 2RFGA 3Q58A 3CEUA 1HFBA 1FWWA 2OT0A 4EF8A 1TSIA 4RCXA 5KTLA 3TE9A 4O10A 2PRLA 1I45A 3W7HA 1SO6A 3W7JA 1JCXA 3GX9A 2ATSA 5LNVA 1O5XA 3FYPA 4JYFA 3HPXA 1H7XA 1KLZA 3ZS4A 4IPJA 3O15A 5DBUA 3W22A 2A0NA 4MIMA 4Z1AA 3INPA 5FF7A 2A2IA 5D2WA 2ISWA 2TMDA 3C2EA 5E0KA 2Q3RA 4GJ1A 4Q33A 4U28A 3GXTA 1NF7A 1QPQA 3LCFA 4O1DA 5I3IA 5DXYA 4O4VA 1CI1A 3BVJA 3B4UA 4YCPA 2DZTA 1LM1A 3W1PA 4DF1A 2DZPA 4X22A 3NQAA 3R89A 3TDFA 4W9TA 1KLYA 3ZFHA 2FFCA 2DZWA 3NPXA 2WQPA 3M44A 1EA0A 4Y96A 1DVJA 5LNRA 4RZ5A 1HL2A 2Y7GA 1QFEA 1XBVA 1WAUA 1F76A 3I7QA 3M5ZA 4N9CA 4WY0B 2QCHA 2C6QA 1XL9A 4MYAA 2C18A 1F7BA 2R8WA 1AL7A 3LRKA 1EX5A 2C13A 4NUWA 3VCRA 4LUIA 2QKFA 2YYTA 2ZRUA 4M6PA 5HNRA 5H2ZA 1GQNA 1DKWA 4DF2A 3KVKA 5AB3A 1X6UA 3G0UA 2DZSA 4A2SA 3BO9A 4WUIA 3HGSA 3BG5A 3HPZA 4R53A 3WJYA 5KZEA 1EB3A 3PB0A 3OG3A 1NVMA 3B03A 1UUOA 3EEGA 3WJZA 1N8FA 5CPOA 2E68A 3W76A 3C4UA 5KZDA 1YADA 3HF3A 3KXQA 1DJNA 2CLIA 4WY0F 4GNJA 3W2LA 2X1UA 4UNLA 3CU2A 4Y8FA 3I68A 3PUOA 1F6PA 3W73A 1AW5A 2GJNA 1OFEA 4YLWA 4GFSA 2ZRWA 4LTSA 1HTIA 2QCLA 4WY0A 3B06A 2VKZG 1T8XA 3M16A 5EYWA 4IQLA 1YXYA 1UB3A 2JGQA 3QW4B 3EX6A 2G95A 3YPIA 1DJQA 3SGUA 1SUXA 3PF3A 2ZBTA 3VE9A 1THFD 4KKXA 3R5EA 4DQWA 3IEBA 3TMQA 3C2RA 3N3MA 3KRZA 4N2YA 1UJPA 4NX0A 4TO8A 3TC6A 2J88A 3CTLA 2B4GA 3G3DA 1TCDA 3BGGA 3IIOA 4UTHA 4WOQA 1P5BA 4N02A 3BW4A 1MEWA 3LXBA 3GLCA 3GKAA 5U4NA 4LS1A 3W7PA 2RDWA 1KA9F 4KFOA 3L9CA 1LBFA 5EKYA 3LM7A 4O4WA 2WKJA 3S5YA 1FXPA 1C8VA 3LBCA 3C0JA 1RVGA 3ELFA 5A8GA 4JTJA 3HG5A 2WSYA 3CEPA 3DFNA 4UFHA 3HG2A 2E77A 4ZVJA 4OGZA 3PC0A 3UWVA 3HBLA 3NXFA 3TJXA 1KM2A 1H1YA 4O12A 1Q45A 4DELA 3LERA 3W1UA 5AOUA 4CNNA 3W2NA 4MY8A 3TJLA 4N6EA 3W88A 1A53A 3T4CA 4AF0B 4ADSA 1ZFJA 3QMRA 3CQ0A 1ZAHA 4AXKA 1ADOA 4GWEA 2YDAA 4O8RA 3FIGA 3GAKA 4BI5A 2P10A 3IIZA 5D38A 1TPC1 4A2RA 2JKPA 3TQ0A 5F2GA 1LOQA 5C6MA 4KWWA 1QPNA 1FWTA 1X1ZA 1SW7A 3EXTA 1RQHA 4RZ4A 1ZCOA 3S1XA 3OIXA 3ZR4A 3UWWA 3KOFA 4Z1DA 4HHPA 4JYEA 3FJ6A 3LHUA 4GUFA 4RR4A 5BRBA 4LVBA 3G18A 5F2IA 1R2SA 3TU9A 1EPXA 3W86A 4TMCA 1TPVA 3C52A 1EP3A 4ALDA 1JRBA 1ZJIA 3TW6A 1PCKA 1H7PA 2X1RA 1KBIA 3N9RA 5D09A 4DBDA 3LCGA 4UMAA 4QNEA 4U4MA 3O06A 4DPQA 2Z6IA 5CPMA 2C14A 3QSTA 4AF0A 2CFFA 3WK3A 1YPFA 1JUEA 1PCWA 3TROA 2I14A 4ICNA 4O18A 5I3JA 3UXAA 1XC4A 2E5BA 1GVRA 1FQ0A 3BK0A 1OYAA 1GTEA 2Y7EA 5A5WA 2B7OA 3MO7A 1SW3A 4PEKA 2QCEA 2A5HA 4RKAA 4UTTC 1R47A 3AO0A 3G1XA 4LVFA 2AAMA 4JTSA 3HQ1A 3A5FA 4DO5A 2NX9A 3OEXA 3TAOA 4FXRA 3BW3A 5LSMA 3SW6A 3BV4A 1WXJA 4UTWA 3TXZA 4CQ8A 3P8JA 3N9SA 4QSHA 4JX4A 4FO4A 2ZDRA 3FLUA 1PL9A 1U83A 2YW3A 4LWWA 1TYGA 3EX1A 5EMUA 4IUOA 1SO3A 2Y62A 3A23A 3WJSA 3T55A 3NA8A 2WSQA 4RV8A 3IVTA 3HGOA 3S6DA 5AYZA 2CZ5A 2Y61A 1BTMA 3F4NA 4WZHA 3EKZA 4X2RA 4CQAA 3LLDA 3PG8A 3P67A 3PR2A 3DAQA 5SWUA 4WXYA 5D2TA 5HQEA 3PM6A 4BI7A 2CLKA 3W87A 1SPQA 3FKKA 5KINA 4OBTA 4XKYB 3W2JA 1VPXA 3BLEA 4FNRA 4WD0A 4DXVA 2ALDA 1GJPA 2Y88A 1RD5A 4WOZA 3LHTA 2AQWA 1LBLA 4HNVA 2CLLA 1W3TA 4NVTA 2BZNA 3I65A 4DPPA 3HB9A 3N34A 2JGYA 4NX5A 1D9EA 4ZZ9A 3CWOX 3W7DA 1KFKA 1O94A 4CCDA 1QAPA 2QUUA 1MZHA 1P4CA 3NQ6A 4ZQMA 4LVDA 3M0ZA 1TB3A 1R2TA 1QNVA 4AHPA 3W1AA 5KZMA 1TJRA 1DQXA 1S5WA 3W6YA 5G4EA 3W7RA 3STCA 3LV6A 1P0KA 1PIIA 1NFBA 5AHIA 3TC7A 3NQEA 3O07A 2HS6A 1K03A 2DORA 3EX3A 1O95A 1Q6QA 4GUJA 4UTIA 2DJLA 2PRMA 2YW4A 5AYYA 4JTKA 4AWSA 1IGSA 1ZY9A 1VJIA 2HS8A 4O1CA 1GVFA 3JR2A 4XKYA 4EIVA 2NXHA 1WBJA 4OU1A 5D03A 2ZZ4A 2V5LA 4RK8A 1P1XA 3DI1A 4HKPA 1S3HA 1F2JA 3S5NA 1IIGA 3DZ1A 3HO8A 3HIJA 2VC6A 1KV8A 1IXQA 3NQVA 4JTUA 4EWND 3LTSA 3LCLA 3BLFA 3MI2A 3NQ8A 3O05A 3UWZA 3MWAA 1H5YA 4NXKA 3R2GA 4JS3A 2IQTA 3C2VA 4NJHA 5D32A 1HO4A 3TW7A 2WO5A 1YTKA 3PB2A 3W84A 4BWLA 1R46A 2Y89A 5GVJA 3WFAA 1RPXA 1WX0A 4GBUA 1J4EA 1X8FA 3GDTA 2PE4A 3L5LA 5FF0A 3WK1A 3A21A 4NZJA 1KFCA 1RZMA 4R34A 4DO6A 2RDUA 3FYOA 1S5TA 2GQAA 3L67A 3TQVA 2QCFA 1CW2A 2OCZA 1W5NA 4KFNA 2OZ0A 4UTUA 1LORA 3DFQA 1VRDA 3QMTA 1YXDA 1FCBA 3MYPA 2JKEA 3DI0A 4MY9A 2A85A 4QJ1A 3U8GA 1DHPA 1A5AA 4JTLA 2YSWA 3LDVA 3MHUA 2GPTA 3H53A 5EA9A 2C0AA 1TO3A 4YMZA 3O6DA 2ZFAA 2ZZ7A 4IXHA 3IIVA 1K7XA 1EIXA 4NT0A 4OV9A 5DY3A 1JCMP 5D05A 1QPRA 2QJGA 4XUGA 3LCXA 5CGQA 3Q94A 4LC8A 1TPUA 3TX9A 1DQWA 3H55A 2E5CA 5J5RA 3W7IA 1B4EA 2CLOA 2H3DA 2CU0A 5BMWA 3I6RA 5L9FA 2R14A 3LI0A 2OX1A 4NNBA 2WOQA 4FIQA 1YYAA 1JJKA 3DGRA 3CHVA 4AAJA 3KX6A 3S0CA 1XBYA 3KHJA 3IV3A 2VFGA 3K30A 4X3ZA 3VFLA 2ZZ6A 3LRLA 5LNUA 1H51A 1L6YA 1DOSA 1QWGA 3O1NA 1XDMA 2NV2A 3M5XA 3NNTA 3GYEA 4UTKA 4ZQRA 3ABQA 3W7CA 1O4UA 1PV8A 3ABSA 2Y7FA 2VFEA 3SI9A 3GB6A 4BFAA 2QCCA 2EGZA 3MW7A 4NZFA 4S1FA 4MPQA 2O7QA 3UY7A 5MHBA 2YCEA 3W2MA 1VQTA 5IBXA 3LRMA 2ZA1A 1FWNA 3TCEA 5G2WA 1KM3A 2ABBA 1XKYA 3IIXA 4FNPA 1S5VA 3DBPA 1C9DA 5D2VA 1K8YA 2J9YA 1TPWA 5I3GA 1ICSA 1SFJA 3GIYA 3P61A 4O16A 1TTQA 3W1TA 3W2UA 2G96A 1XFBA 4HSNA 2V30A 3HMJG 3UNDA 4JY8A 3W07A 2GQ9A 2Q3OA 4YCOA 4PCFA 3QF0A 1G67A 1K7EA 4HNNA 3R8RA 5F4WA 5F2MA 3HPSA 2QUVA 1R2RA 4RX0A 3UXDA 2QDHA 1YDVA 3GNDA 3TKFA 2HMCA 2QCNA 3G1SA 5CPLA 4O0KA 1J5TA 4UIOA 3P5YA 5D2XA 2XN1A 3Q37A 5AC7A 4K39A 3IGUA 3EWBX 4OQVA 2GVJA 2Z1BA 3A5VA 3SECA 3W23A 4XZ9A 4Z08A 5T26A 3UY8A 3FEMA 2ISSA 3NZ1A 3OVQA 4IJBA 2B7PA 4OE7A 4RXFA 1KTNA 1W1ZA 3FA5A 4ORIA 1QPOA 4PC8A 3KRSA 1Q6RA 3PUDA 5IBXC 3GDRA 2V81A 1LRTA 4LVAA 2X30A 5BW6A 3SZ8A 1XI3A 3M7WA 2PCQA 3PULA 5E93A 3LHYA 1KV5A 4Y6GA 3NR0A 1JCYA 3DFTA 4LT9A 1OF8A 2NUWA 1QDSA 3DXIA 4M5PA 4M7SA 4XTDA 1F5ZA 4MZ8A 3P81A 4M6QA 3QMSA 4OHQA 2ZRVA 5BMXA 1SO4A 2YPIA 1YDOA 2QEZA 3NZRA 4FF7A 4JIPA 1OG0A 1XCFA 4HSOA 4MZ1A 5I3HA 1TTJA 2E6AA 3EWYA 4ADTA 3C2OA 1W54A 5F4XA 2ZZ1A 3LI1A 3I7SA 5LZLA 3PS7A 1LBMA 3SFKA 2CZFA 3QRHA 5F2LA 1OX4B 1J2WA 4XBSA 3MHGA 2NX1A 5D2YA 3LCIA 3OVRA 5H91A 4QM1A 2NWSA 5DCDA 2C16A 4AB4A 2RH9A 3PG9A 5HINA 3P7YA 4AHOA 4ML9A 2ZCGA 3EWWA 4LOCA 3TFXA 3G22A 3Q2DA 3BW2A 1Z48A 5FEPA 3CB8A 4NNAA 1LTDA 5HUOA 1F74A 4Q4KA 1VHNA 2TPSA 1F73A 4MJMA 2NX3A 4FB7A 4LS0A 5CSRA 4XQ6A 5D04C 2ZRZA 3P74A 3V1PA 1V5XA 4CCEA 1IIHA 3M1ZA 2VOMA 3QPYA 4N4PA 4UFJA 1NF0A 1TPFA 3C61A 3TR2A 5DY2A 2FJKA 4NJIA 1I2OA 4Q32A 3O6CA 4IWWA 2BWGA 2F7FA 2V82A 1OX4A 2QDGA 5DCEA 2EAWA 5BOOA 5AYXA 1JUBA 3STEA 1EP2A 3HJZA 5HWMA 3P8IA 5CG7A 4UTTA 2TRSA 4WJEA 3EKLA 2VELA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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