3QRVA

Crystal structure of plasmepsin i (pmi) from plasmodium falciparum
Total Genus 75
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
75
sequence length
328
structure length
323
Chain Sequence
AGDSVTLNDVANVMYYGEAQIGDNKQKFAFIFDTGSANLWVPSAQCNTIGCKTKNLYDSNKSKTYEKDGTKVEGTVSGFFSKDIVTIANLSFPYKFIEVTDTNGFEPAYTLGQFDGIVGLGWKDLSIGSVDPVVVELKNQNKIEQAVFTFYLPFDDKHKGYLTIGGIEDRFYEGQLTYEKLNHDLYWQVDLDLHFGNLTVEKATAIVDSGTSSITAPTEFLNKFFEGLDVVKIPFLPLYITTCNNPKLPTLEFRSATNVYTLEPEYYLQQIFDFGISLCMVSIIPVDLNKNTFILGDPFMRKYFTVFDYDNHTVGFALAKKKL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Plasmepsin-1
publication title Crystal structures of the free and inhibited forms of plasmepsin I (PMI) from Plasmodium falciparum.
pubmed doi rcsb
source organism Plasmodium falciparum
total genus 75
structure length 323
sequence length 328
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.38: Plasmepsin I.
pdb deposition date 2011-02-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3qrvA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3qrvA01
4QLHA 2ER6E 2P3CA 4OBDA 2NTRA 5P2XA 2OHSA 5P83A 3OUDA 4Y3QA 5P6WA 5P7SA 5P8JA 5HDXA 1T7IA 3HZCA 3VF7A 3HAUA 5DQ5A 5P8HA 5P44A 3RTMA 4DJYA 4Z22A 1BVGA 2ZHSA 3F9QA 4FM8A 1XDHA 5P2NA 4GB2A 4HLAA 4PYVA 5P4YA 5P2SA 2PSVA 3OY4A 2JE4A 2QI5A 1HTFA 1SIPA 1WBMA 5P2OA 1SGZA 4PPHA 1Z1RA 2AVOA 5P5IA 3UQWA 4Y4EA 1W5YA 5P2QA 3UDPA 3FNUA 4FE6A 4DPFA 5P3NA 3UDMA 5P86A 1QBUA 4DI2A 2ZJIA 3OXWA 1U8GA 2FDPA 5FIVA 1ZBGA 1XE6A 4TVHA 2PWRA 2Q15A 5P0BA 3APPA 4Y3HA 2MIPA 5P1BA 2AQUA 5DR1A 5P5PA 2AZCA 4GJBA 2QI7A 3GI4A 3IVHA 5P46A 2AZ8A 1XL2A 2HM1A 2G1NA 3R4BA 1XE5A 5P2JA 3Q3TA 2AVMA 1LYWA 3U6AA 4DJVA 3OUBA 4AMTA 4Y38A 5P4EA 5I3WA 4WY1A 1ZLFA 3M9FA 5P3UA 3EKYA 4ZIPA 3FSMA 5P0TA 4LAPA 5P2AA 3O9EA 5P79A 5P18A 2B8LA 3SO9A 5P0JA 3VYFA 1HPVA 5IE1A 1PPLE 1KJHA 1A8KA 1BV7A 5P28A 4NPTA 2VJ9A 3H5BA 4CPWA 2V11C 2ZJMA 1AJXA 2QMFA 3OADA 5P47A 1KJ7A 1LF4A 5P8PA 2PK6A 2G21A 5DPZA 1GNNA 4LP9A 3SAAA 4GJ7A 4F74A 4FM6A 5P1JA 2V13A 1HEFE 1TSQA 3OQAA 3QRSA 5OZSA 3OXCA 5IS4A 4Y5CA 1ZJ7A 3FNTA 2FS4A 5P1YA 5IVTA 5P8GA 5P0FA 4FGXA 3MWSA 5HE5A 5OYRA 3UFNA 4FRJA 5P0ZA 3EL1A 5P52A 3NU6A 4Y3NA 2PH6A 1EEDP 4DJWA 3ECGA 5P0WA 6APRE 2ZJLA 1Q9PA 5P4JA 4RCDA 4X2LA 5P1IA 2I4XA 4RVIA 4Y3GA 4Y6MA 3PI5A 2I1AA 1D4KA 3URLA 1FQ6A 3ZMGA 3KA2A 2VIJA 5P81A 2G22A 1MIQA 3N3IA 3NDWA 1PSAA 5P03A 1VIJA 5KQFA 5DGUA 2G69A 3OHFA 2QCIA 5P62A 5P7GA 4DH6A 3SA6A 5P82A 1ZAPA 4Y3YA 1FQ5A 2NNPA 2R3WA 5P7VA 5EZZA 3QRMA 5OZ2A 3OU1B 5HDVA 5P8IA 1HTRB 3KFRA 5P6QA 3EXOA 4L6BA 2WF0A 5P4BA 2RENA 2ZHUA 5P74A 1ZPAA 2VNMA 3CMSA 3NU9A 3O9FA 4XX4A 2QNNA 4RVXA 4Y9WA 4DJUA 5P60A 1DMPA 5P3PA 4YBIA 2I4UA 3DOXA 5P69A 1IVPA 3CKRA 3L5EA 1D4LA 5P6XA 5OZDA 3WZ8A 5OZ1A 4Y3EA 3IVIA 5P5ZA 5P7JA 1HIHA 5P26A 3QBFA 2G1RA 3INEA 5P3AA 1D4YA 1QRPE 2FXDA 4Y58A 5P2VA 5HCTA 5P1RA 5P4ZA 3KMYA 2VJ6A 1LS5A 4AA8A 1T3RA 5OYVA 1XN2A 2B60A 2AVQA 4YD7A 1K6VA 2NXMA 4I12A 5P3LA 4CPXA 1SIVA 2AZ9A 4DPIA 1NH0A 4DFGA 3PM4A 2Z4OA 5P4HA 2Q11A 3OQDA 3QRVA 2QHCA 5P2GA 5P7CA 5P0YA 3OUDB 2QI0A 4BFDA 2OHQA 4FSEA 5P7LA 3HAWA 5JODA 3RTNA 3EM3A 3HW1A 5P7DA 3IXOA 4EPJA 3KDBA 5P8AA 1ODWA 4Y5KA 2IRZA 5P4TA 2VIYA 1N49A 4CMSA 4FS4A 1EC0A 1YTHA 3O9IA 4QGIA 5P0RA 3PVKA 5P7EA 4OBHA 2VIEA 2ZHTA 5HDZA 2I4QA 1HVHA 2AZBA 5P6LA 2AOIA 3O9HA 1UH8A 3NDUA 4NKKA 5P5RA 1TW7A 4OBZA 2RKGA 4DQBA 5P6TA 1SH9A 3S7LA 3TPPA 3NUOA 1LF2A 5P3JA 3NUJA 5P05A 1PSNA 4Y48A 3OUCA 1RL8A 1LYWB 5I3VA 2FIVA 3PI0A 4L7GA 3IXJA 3OWNA 4NPUA 1YTIA 3LIYA 4F75A 1YTGA 3PWMA 3OXVA 3N4LA 5OZGA 3CKPA 3UDJA 5P0NA 3QAAA 1EBYA 5AH8A 5P48A 5P31A 1FKNA 1MEUA 1MPPA 3GI0A 5HCOA 4ER1E 5P24A 1PROA 1AZ5A 2R9BA 5OYZA 3GW5A 3TTPA 5KAOA 5P5WA 1HXWA 3G72A 2QD7A 5P8TA 4YHQA 2H6SA 1NPWA 5P53A 5P87A 2VKMA 5P5CA 1EPOE 3L38A 3FNSA 4HZTA 4J54A 3OADB 3S54A 1MT9A 1GVTA 3LIQA 2JXRA 3EL0A 2AVVA 2FDEA 2R38A 1IZHA 2WF2A 2FGVA 2JJIA 2G20A 4S1GA 5HVPA 1D4JA 3O9BA 5P6IA 2WJOA 4IVTA 3PBDA 3KDDA 4YD5A 1EAGA 3SM1A 2AOJA 3R0YA 3QVCA 4J1FA 5P3BA 1NPVA 1C6XA 3RTHA 2ER0E 2NMYA 3AIDA 2WF4A 3TNEA 4R5NA 4J1CA 5P2HA 4FLGA 2P3DA 1KJGA 4Q1YA 1ODXA 5ER1E 4ZSMA 3T7QA 3URIA 4AA9A 5P2KA 1MRWA 2QMDA 5DR8A 4FM7A 1HWRA 5OZWA 2IDWA 5P41A 2ER7E 3BGBA 5P0GA 2PYNA 2P4JA 4Y53A 3VEUA 2BJUA 2BPYA 1UPJA 5P07A 3LHGA 3K1WA 5P84A 4GZFA 2G27A 4EJLA 4I8ZA 3VV6A 5KOQA 5BS4A 5P40A 4OD9B 4LXKA 1RV7A 3QI1A 4LL3A 1AJVA 2FMBA 4Y5EA 3PSYA 5P4GA 3U71A 5P4XA 2NXDA 2UPJA 3D1YA 1TZSA 5P6EA 2WKZA 5P0KA 4DJOA 5PEPA 5P4DA 3QVIA 2QMPA 3ZL7A 1FQXA 1IBQA 2PYMA 2BPXA 5P1UA 2J9JA 3VLBA 4ZPGA 5P1AA 4H1EA 1MSNA 1HSIA 3PLDA 5P3SA 3VSXA 5IVRA 5P68A 4TVGA 1FQ4A 2IENA 4GJ5A 3TOFA 5DR4A 5P1FA 3BVAA 4I8WA 5DQ4A 5P7HA 5P4UA 5OZMA 1IZIA 1B6JA 1TCXA 5P1HA 3OOTA 3I2LA 2RKFA 1MT8A 5P2CA 1OHRA 5P8VA 1K2CA 1ODYA 5COOA 5P78A 1ZSRA 5AGZA 5P42A 4I10A 1FMXA 1BIMA 3L5FA 3HLOA 5P58A 4M8XA 3OAGA 4R95A 3NU4A 3O99A 4Y41A 3L3AA 5P17A 1LYAB 4K8SA 1APWE 3VF5A 4Y4WA 5P6OA 4KUPA 1HPXA 3OGQA 3I7EA 2HPEA 5J25A 4KE1A 5I3YA 4RYCA 4Y3DA 3IA9A 2Z54A 2V10C 1B6KA 4FRSA 5P33A 5P1NA 5P0OA 3VV7A 1XS7D 1B6LA 1APTE 2WECA 1GVUA 4PZWA 5P12A 1IZDA 1J71A 2P83A 4BFBA 2FGUA 4YA8A 3WB4A 5COKA 2F81A 3UDNA 1B5FA 2B7ZA 4TRWA 4JPEA 4YE3A 2G24A 3LIXA 2F8GA 5OZ5A 4EQ0A 1MSMA 5P4QA 1BVEA 2QI4A 1HXBA 2FNSA 1GVXA 4Y3TA 1EPLE 1E82E 1LEEA 5OZYA 3WB5A 2AOHA 2WF3A 3GI6A 3L5CA 1A8GA 1WBKA 3PGIA 5P3XA 3LZYA 4B72A 5ISKA 3SLZA 3I25A 5OZOA 5OZJA 5ISJA 5P38A 5BWYA 3OQFA 5B18A 3LPJA 1MUIA 3OXXA 3IN3A 5P7XA 3D20A 5P7FA 5P20A 5P2WA 3VCMA 3PJ6A 5OZHA 4B00A 5P65A 5P3MA 3PRSA 1HTGA 5P5LA 3RSXA 5KQYA 1EBWA 1FQ8A 3JVYA 1M4HA 5P2IA 2WEAA 3ZKIA 5P49A 4EP2A 4PEPA 4LC7A 2VNNA 3GGUA 5P2BA 5P09A 3NXNA 5T4SA 4FSLA 4GJCA 4Y4XA 3K4VA 5OZNA 2F80A 4JECA 5P66A 5P8NA 4LXAA 4DQEA 3PB5A 5OYUA 2OHPA 5OZ4A 5P27A 5P7UA 1KZKA 3VLAA 5P8CA 3PSGA 3VF3A 2OHMA 1MRXA 2QI3A 1XN3A 4H3IA 3INDA 1HRNA 2O4SA 5ER2E 5P0QA 4EJ8A 2AOCA 3T7PA 2QK5A 3RVIA 2V00A 3BC4A 2XFKA 5P4IA 3PMYA 2I0AA 5OZ8A 5SXNA 2PQZA 2WL0A 3OQKA 3MXDA 5ENKA 2PMAA 1ZSFA 3K5GA 3DV1A 4Y54A 4HVPA 5P3DA 5P2YA 2WEBA 1EPME 3KFPA 5P55A 2PC0A 5P64A 3NU5A 5P5HA 3Q5HA 2BPVA 2R5QA 4Y3SA 2XYEA 1MTRA 4B0QA 2OHRA 2BKSA 2BPZA 4WTUA 4Z2ZA 4I0GA 2I0DA 5P5FA 3DCKA 2HB3A 5DGWA 1RNEA 5TOLA 2Q54A 4Y3RA 5P15A 5P5QA 4XXSA 5P5SA 2ZJNA 4JP9A 1BDQA 4DQGA 4Y4ZA 5P6CA 4Y4BA 1FG6C 1HEGE 2VA6A 4Y3AA 4KE0A 5OZLA 5P0DA 5P2FA 4Q1WA 5P0XA 1D4HA 3DCRA 4Y35A 4YD6A 2NNKA 1GNMA 3NSHA 2Q5KA 5P1DA 5P4WA 3CYXA 2RMPA 4QJ6A 3EKWA 3SKFA 5P4OA 2R8NA 1E80E 3G6ZA 4Q5MA 3D1XA 1AXAA 1FLHA 3K5DA 4J0VA 3JVWA 2OHLA 1FIVA 5P1SA 4OC6B 3PBZA 5P3QA 5P7BA 3R0WA 4ER2E 4E43A 2AODA 5OZIA 2XFJA 4MC1A 3KF0A 3AUPA 5OZ6A 5P6NA 1BAIA 4FCOA 4CPQA 3PSUA 3KT5A 4UPJA 4DQFA 5P5XA 1SMRA 4RGHA 1HVJA 5P8UA 2XFIA 3O9GA 3BUFA 5P3CA 3T11A 5P6AA 5P6RA 5OZKA 3NR6A 3OTYA 3SQFA 1K6TA 1ZP8A 3OAGB 3ZKXA 2XYFA 1CZIE 5P13A 4J0TA 5P16A 2HB2A 1FMUA 1TSUA 5P71A 2OF0A 2RSPA 3NWXA 4DJXA 5OZ3A 1FFIC 1B6MA 5OZ7A 4MC9A 5C9BA 2G26A 5P39A 3LITA 4B05A 4J1KA 4ACUA 3NDTA 3SA9A 3SABA 4ER4E 1SMEA 3INFA 4GJ9A 3FIVA 1Z8CA 5P4VA 1G0VA 2IKUA 5F01A 4J17A 5P1KA 4A4QA 1DP5A 1B5FB 1ME6A 3S8IA 2UY0A 5OZ9A 1A30A 2AOGA 2QHZA 2FXEA 3I6OA 5OZEA 4Y5PA 5COPA 5HDUA 5P8KA 4Y3XA 1DAZC 1SGUA 4N00A 3ZKMA 3LIVA 4Y51A 1GVWA 1DPJA 3ER5E 3EC0A 5P6BA 4DJPA 3LPIA 5DR3A 4TRYA 5P1PA 5CONA 4Z4XA 4QJ8A 1LYBA 5P4NA 5P51A 2Q55A 4I1CA 3EKTA 1OEWA 3BXSA 5I3XA 1LF3A 4YBFA 3OOZA 2PWCA 4Y45A 1TQFA 2AOFA 3NXEA 5P70A 5P19A 5P7ZA 3KFSA 4K4QA 5HTZA 5P3HA 3TL9A 2QI1A 4B1DA 3Q70A 1W5XA 1YX9A 3LNKA 4GJ8A 2OHUA 5P10A 3CICA 3MSKA 5E5KA 1KJFA 4Y36A 3SFCA 4DUSA 4Y3JA 3ZPUA 3PMUA 2HS1A 3QPJA 2WF1A 1IDBA 4U7QA 4YCKA 1HIIA 4J5JA 1ZTZA 4A6BA 5AHCA 1T7JA 5P43A 4Q1NA 1E81E 5P59A 4BELA 5KOSA 2QD6A 3S2OA 5P7PA 4YCTA 5P1CA 3RU1A 5KR8A 3BUGA 2QZWA 3WZ7A 2ZE1A 4LXMA 2NMZA 4RYGA 2ASIA 3URJA 1W6HA 3QBHA 1MERA 5OZRA 1HOSA 4J1IA 2I4DA 5P4AA 5AHAA 1BDLA 4R92A 2OAHA 2R43A 2AVSA 2O4NA 4Y4AA 1FG8C 5P80A 3SA7A 4XX3A 4NJVA 3TKWA 6UPJA 3LZSA 4Y57A 4FRIA 1K2BA 5P1OA 4NJSA 2OHNA 5CLMA 4R93A 3SM2A 3OUAA 3S53A 1BXQA 5OZTA 5P8OA 3VFBA 3BRAA 3HVGA 4J0YA 3L58A 4YD3A 2ZYEA 3T6IA 1NPAA 3MSLA 5P5KA 4PHVA 5P04A 1AM5A 4QJ9A 5P37A 2PK5A 4Y4UA 1BILA 5P5NA 1QBTA 1BWAA 5F00A 3UQXA 4A6CA 3UQRA 2NR6A 5P2MA 3PLLA 3OGPA 4HDBA 4Y50A 4Y44A 5SZ9A 4R91A 3TH9A 5KR0A 5P3WA 2PSUA 5P1LA 5P6GA 5OZPA 5P00A 3EL9A 1CMSA 9HVPA 3H0BA 3DUYA 1YT9A 2BBBA 2B7FA 4D88A 4GMIA 4FAFA 5OZZA 1K1UA 4R8YA 4DQCA 1Z1HA 4L7HA 2IL2A 3UDHA 2Q3KA 3L5BA 4CPTA 3UF3A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4QLH A;  2ER6 E;  2P3C A;  4OBD A;  2NTR A;  5P2X A;  2OHS A;  5P83 A;  3OUD A;  4Y3Q A;  5P6W A;  5P7S A;  5P8J A;  5HDX A;  1T7I A;  3HZC A;  3VF7 A;  3HAU A;  5DQ5 A;  5P8H A;  5P44 A;  3RTM A;  4DJY A;  4Z22 A;  1BVG A;  2ZHS A;  3F9Q A;  4FM8 A;  1XDH A;  5P2N A;  4GB2 A;  4HLA A;  4PYV A;  5P4Y A;  5P2S A;  2PSV A;  3OY4 A;  2JE4 A;  2QI5 A;  1HTF A;  1SIP A;  1WBM A;  5P2O A;  1SGZ A;  4PPH A;  1Z1R A;  2AVO A;  5P5I A;  3UQW A;  4Y4E A;  1W5Y A;  5P2Q A;  3UDP A;  3FNU A;  4FE6 A;  4DPF A;  5P3N A;  3UDM A;  5P86 A;  1QBU A;  4DI2 A;  2ZJI A;  3OXW A;  1U8G A;  2FDP A;  5FIV A;  1ZBG A;  1XE6 A;  4TVH A;  2PWR A;  2Q15 A;  5P0B A;  3APP A;  4Y3H A;  2MIP A;  5P1B A;  2AQU A;  5DR1 A;  5P5P A;  2AZC A;  4GJB A;  2QI7 A;  3GI4 A;  3IVH A;  5P46 A;  2AZ8 A;  1XL2 A;  2HM1 A;  2G1N A;  3R4B A;  1XE5 A;  5P2J A;  3Q3T A;  2AVM A;  1LYW A;  3U6A A;  4DJV A;  3OUB A;  4AMT A;  4Y38 A;  5P4E A;  5I3W A;  4WY1 A;  1ZLF A;  3M9F A;  5P3U A;  3EKY A;  4ZIP A;  3FSM A;  5P0T A;  4LAP A;  5P2A A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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