The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
124
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sequence length |
329
|
structure length |
327
|
Chain Sequence |
GSMVKSGKARAHTNIALIKYWGKADETYIIPMNNSLSVTLDRFYTETKVTFDPDFTEDCLILNGNEVNAKEKEKIQNYMNIVRDLAGNRLHARIESENYVPTAAGLASSASAYAALAAACNEALSLNLSDTDLSRLARRGSGSASRSIFGGFAEWEKGHDDLTSYAHGINSNGWEKDLSMIFVVINNQSKKSRSGMSLTRDTSRFYQYWLDHVDEDLNEAKEAVKNQDFQRLGEVIEANGLRMHATNLGAQPPFTYLVQESYDAMAIVEQCRKANLPCYFTMDAGPNVKVLVEKKNKQAVMEQFLKVFDESKIIASDIISSGVEIIK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Crystal structures of Staphylococcus epidermidis mevalonate diphosphate decarboxylase bound to inhibitory analogs reveal new insight into substrate binding and catalysis.
pubmed doi rcsb |
molecule tags |
Lyase
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source organism |
Staphylococcus epidermidis
|
molecule keywords |
Mevalonate diphosphate decarboxylase
|
total genus |
124
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structure length |
327
|
sequence length |
329
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chains with identical sequence |
B
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ec nomenclature |
ec
4.1.1.33: Diphosphomevalonate decarboxylase. |
pdb deposition date | 2011-02-22 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
---|---|---|---|
A | PF00288 | GHMP_kinases_N | GHMP kinases N terminal domain |
A | PF18376 | MDD_C | Mevalonate 5-diphosphate decarboxylase C-terminal domain |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | GHMP kinase, C-terminal domain | ||
Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Ribosomal Protein S5; domain 2 | Ribosomal Protein S5; domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5LL6 R; 2WW4 A; 1PVG A; 2DEJ A; 4WUB A; 5A2Q C; 1Z0T A; 3CWV A; 3PYG A; 4URL A; 4DUZ E; 2UUB I; 2HFS A; 4K0K E; 1FWL A; 1EA6 A; 4LFB I; 4DV6 I; 2R42 A; 4NXM E; 3V2U C; 5L3J A; 2CZ9 A; 1IBK I; 1ZM9 A; 4DR7 I; 4HY1 A; 3OTO I; 4X65 I; 3WU3 A; 5IWA E; 4FWD A; 3HUL A; 4GKK I; 5FLX Q; 4YY3 E; 1KTV A; 1I94 E; 4M1K A; 4JI5 I; 4LF9 I; 1FWK A; 4JI8 E; 4USM A; 2E5L E; 3ZM7 A; 1KKH A; 1IBM I; 5GMD A; 2F4V I; 1EI1 A; 2HKJ A; 1FKA E; 4X64 E; 1FJG I; 1Z5C A; 2UXD E; 3J80 Q; 4MYU A; 1ELO A; 1XNR E; 4DR3 I; 2NPF A; 5LMU E; 1MG7 A; 1N32 I; 4DV7 E; 3ZZU A; 4DV2 E; 1N36 I; 4JV5 E; 4B3T E; 4LFA I; 4I3H A; 1PIE A; 1MU5 A; 4FN5 A; 4DR5 I; 4KHP E; 4X66 I; 2VQE E; 4DPY A; 1HNZ I; 4KQV A; 1NZ0 A; 4FWH A; 4LF6 E; 4B3M E; 4X62 E; 4OX9 E; 1Z5A A; 3K1J A; 4WUD A; 3PYD A; 1Z5B A; 1BKN A; 4K0K I; 3WU4 A; 1NHJ A; 3F0N A; 4JI1 E; 2XEX A; 2BM0 A; 2J7K A; 1UEK A; 1XMQ E; 4P7A A; 4NXM I; 4DR1 E; 1RRE A; 3LTO A; 5BR8 E; 3B8H A; 4USK A; 1S16 A; 1K47 A; 1XHK A; 5GME A; 5IWA I; 4JG4 A; 2UUC E; 3QT5 A; 4YY3 I; 1N33 E; 1HR0 E; 1Z0E A; 1I94 I; 4DPW A; 1OJ4 A; 4JYA E; 4NXN E; 1Z0W A; 3B78 A; 4JI8 I; 3JAM C; 1J5E E; 3J81 Q; 2E5L I; 4JI3 E; 2UXC E; 4B3S E; 2AJ4 A; 1FNM A; 2V2V A; 4HXZ A; 1PKP A; 4X64 I; 2UXD I; 4LF5 E; 2UU9 E; 3J7A G; 2HK2 A; 1XNR I; 1S4E A; 4LF7 E; 2V2Q A; 5LMU I; 4GKJ I; 4DV7 I; 4JI0 E; 4DV2 I; 4JV5 I; 1N0U A; 4B3T I; 1XMO E; 5FLX C; 4Z7Y A; 4KHP I; 2VQE I; 1XNQ E; 1A6F A; 2HFU A; 4B3R E; 3T1Y E; 2OI2 A; 4DUY E; 4ED4 A; 4DV1 E; 4LF6 I; 4B3M I; 2VQF E; 4X62 I; 4HAC B; 4OX9 I; 3LNU A; 1N34 E; 1RR9 A; 4DPX A; 4DV4 E; 4HAC A; 3LPS A; 1DAR A; 4RPF A; 3PYF A; 1KVK A; 4JI1 I; 3J80 C; 4DU8 A; 2VF3 A; 4YHH E; 3WU6 A; 1XMQ I; 3ZZ0 A; 2X7I A; 4EMD A; 2UXB E; 1Z0V A; 4DR1 I; 1HNX E; 5LMN E; 1IBL E; 5BR8 I; 4DPU A; 1B62 A; 4FW9 A; 2A2D A; 4DUZ I; 2UUC I; 5IT9 Q; 2V8P A; 1N33 I; 1HR0 I; 4JI6 E; 2BM1 A; 1U2R A; 4DR6 E; 4DR4 E; 4JYA I; 3M6A A; 1Z0G A; 3V5R A; 4NXN I; 5A2Q Q; 1J5E I; 2HHH E; 4FWG A; 4JI3 I; 2UXC I; 1H72 C; 1ZM4 A; 4DV5 E; 4B3S I; 4JI2 E; 2EFG A; 1N0V C; 1HNW E; 1ZM3 A; 4LF4 E; 4LFC E; 4P52 A; 2ZM6 E; 1FI4 A; 4JI4 E; 4LF5 I; 2UU9 I; 4LF8 E; 4JI7 E; 3JAM Q; 4UT4 A; 1Z0B A; 4DV0 E; 3T1H E; 4PRX A; 1ZM2 A; 3ZZT A; 4DV3 E; 4DR2 E; 4HYM A; 1D6T A; 2UUA E; 4LF7 I; 4AQY E; 2ZBK B; 2Q2E B; 2LJP A; 1H7S A; 1ZXM A; 3J7A M; 4XTJ A; 4R1F A; 2E1R A; 4JI0 I; 2V34 A; 1XMO I; 1Z0C A; 3QT8 A; 1MX0 A; 1XNQ I; 4UTG A; 4B3R I; 3D4J A; 3T1Y I; 1VIS A; 4DPT A; 4DUY I; 4DV1 I; 2UUB E; 2VQF I; 3J81 C; 1N34 I; 4LFB E; 4DV6 E; 4DV4 I; 4DXL A; 3B82 A; 4ZVI A; 1IBK E; 4MYT A; 4DR7 E; 4YHH I; 4DU7 A; 3OTO E; 3QT6 A; 4X65 E; 2UXB I; 3ZKD A; 1HNX I; 5LMN I; 2HKE A; 1IBL I; 4GKK E; 4Z7C A; 4JI5 E; 2DEI A; 4LF9 E; 4JI6 I; 1ZXN A; 2ZIT A; 1H73 A; 4DR6 I; 2R3V A; 4DR4 I; 1IBM E; 4GKJ E; 3Q1Q A; 2F4V E; 4PRV A; 1Z59 A; 2A2C A; 2HHH I; 1FJG E; 1H7U A; 4WUC A; 2GS8 A; 4DV5 I; 4PU9 A; 4JI2 I; 1HNW I; 3QT7 A; 4LF4 I; 1B63 A; 4LFC I; 4DR3 E; 2HK3 A; 2ZM6 I; 4JI4 I; 3GON A; 4LF8 I; 2BV3 A; 4JI7 I; 1NHI A; 3H4L A; 4DV0 I; 3T1H I; 1N32 E; 4DV3 I; 4DR2 I; 1H74 A; 2UUA I; 4AQY I; 1N36 E; 4LFA E; 3PYE A; 2X36 A; 3K17 A; 4DR5 E; 1WUU A; 1KIJ A; 4X66 E; 1NHH A; 1HNZ E; 3ZKB A; 1QZR A; 5IT9 C; 2V2Z A; 3WU5 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1RAG B; 4KHP F; 3JAM U; 1SKU B; 3QID A; 3BQ2 A; 2WW4 A; 2VQE F; 2HRU A; 1S59 A; 1RAF B; 3NMR A; 1FF2 A; 1KRP A; 4Q0B B; 5KT3 A; 3KHL A; 2CZ9 A; 1IBK I; 1Y10 A; 1S0V A; 2HHX A; 4HY1 A; 4BA2 A; 2YNF B; 3GII A; 2VC1 A; 2HIQ A; 4B3O A; 2HVI A; 3MD1 A; 1WEY A; 4ED1 A; 1KFD A; 4DMZ A; 1N33 F; 2Y8W A; 4J90 A; 3K5O A; 1JMT A; 3ONQ A; 2GV1 A; 2BMB A; 1OYP A; 1Y3K A; 2Q6B A; 1K44 A; 2NXJ A; 3OL6 A; 3OSP A; 3T5H A; 3IG1 A; 3DGP A; 1HBM A; 3O5T B; 3M2V A; 4DX7 A; 2GJ2 A; 3HKW A; 1TL5 A; 1VK8 A; 2B56 A; 2O5D A; 1QTM A; 4Y2K A; 4C9D A; 5B0D A; 2LQ8 A; 1D0E A; 1U4B A; 2PO4 A; 5MAO A; 2EFV A; 4KHM A; 2B9W A; 2RHQ B; 2FC9 A; 3ISN C; 1FRM A; 1M5O C; 4J7C A; 1JXV A; 2DD8 S; 1KQG B; 1GMU A; 2HHH J; 1BKN A; 3HHL C; 2Z8Q A; 3WU4 A; 4PAB A; 4DF8 A; 4IR9 A; 4A46 A; 3MPY A; 4G1P A; 4IFD F; 2O1T A; 4ES3 A; 4DR1 E; 1VRU B; 2XLI A; 2BW7 A; 3B8H A; 4USK A; 3CMQ A; 4ATN A; 4LF1 A; 3BBC A; 3IMQ J; 1PJ7 A; 3AQO A; 2VPZ B; 4ECT A; 5KFB A; 1Z0E A; 3GJT B; 3G9C A; 2VG7 A; 4NLU A; 2A10 A; 2HFO A; 1C2P A; 4JI1 F; 2M5Y A; 4PR6 A; 2GCF A; 3M9O B; 2C22 A; 5IFM A; 3CCE S; 2N7Y A; 2GIR A; 3VZH A; 1GH8 A; 3NNH A; 4LF7 E; 4O3O A; 3RBE A; 1XR7 A; 2J6U A; 2JL9 A; 1NK4 A; 4I6W A; 2HFN A; 2UV8 A; 2BE2 A; 3KLG B; 4MU1 A; 4B3T I; 2YQ0 A; 1LFP A; 1SJF A; 4EO6 A; 4DSI A; 2XMM A; 3G8Q A; 3WHI A; 1GT8 A; 4AL7 A; 3AOD A; 4B3R E; 5CXT A; 3M6X A; 1F60 B; 2IM1 A; 1FKO B; 4ZP9 A; 3JAM Y; 3PW7 A; 5KFC A; 2XMA A; 1RBL A; 3NGT A; 2NZ4 A; 4C3K A; 3T19 A; 2GHP A; 3DCA A; 2B4O A; 2O67 A; 2OSR A; 4DZD A; 3MFI A; 4QIF A; 4U6P A; 2I0X A; 2NSB A; 4X84 A; 3SBM A; 1T8E A; 3P5B P; 2BVZ A; 1S9E B; 4NLP A; 6FDR A; 3CDI A; 2MQL A; 2FD2 A; 4C2M A; 2YNI A; 2MMY A; 2ZWP A; 2HYI B; 2G1H A; 3LAK A; 2AEF A; 1WC1 A; 5K9F A; 4DR5 J; 4JI6 E; 3ELH A; 2C39 B; 1REV A; 3B4M A; 1U1P A; 2JSX A; 3GE9 A; 3NS7 B; 2B0G A; 3H98 A; 2RRN A; 1OSD A; 4YB1 P; 3N6M A; 1XJW B; 1RTD B; 1FI4 A; 3R5J B; 4USV A; 2V8H A; 3MEE B; 3T1H E; 4DV3 E; 2J0S D; 1VQ6 S; 4DR4 F; 1E6Y A; 2DGS A; 1WC3 A; 3OVS A; 1N36 F; 5FDL B; 5DS7 A; 1P9Y A; 4DV5 F; 2MKS A; 5IOL A; 2ZJR Q; 2B9Y A; 3W63 A; 1NRK A; 4KR0 B; 2CZV C; 3M85 G; 1HD1 A; 3D4J A; 5ETQ A; 4AM3 A; 3IO1 A; 3MM5 B; 4ED5 A; 2HNZ B; 2CPZ A; 3OR2 A; 2CRL A; 2ZBR A; 4DV6 E; 4FNH A; 3DU5 A; 4AT1 B; 4LR8 A; 1WKL A; 2UUW A; 2PFF B; 3D3B J; 3M05 A; 2FGC A; 4MYT A; 4DR7 E; 2BRL A; 1M1G A; 1AA1 B; 4MIA A; 4DV1 J; 3D54 A; 4OLO A; 1YKW A; 2XCA A; 2HGN A; 4I68 A; 3CCL S; 3H20 A; 3TJ8 A; 4LF9 E; 1TV6 A; 1UDQ A; 2YX1 A; 4DQR A; 3GFH A; 3V6J A; 4IH5 A; 4JI8 F; 4OO1 C; 2J5A A; 1IBL J; 4QQB A; 5KFE A; 2NXU A; 1R27 B; 4X64 F; 1X5O A; 2YWK A; 2HW3 A; 3UI3 A; 4WBF A; 2HZC A; 4C11 A; 1MMN A; 4RNF A; 1EET B; 2G2Y A; 2EFQ A; 4I7F A; 3QWU A; 1WUU A; 2WP8 B; 2Y1J A; 4DL7 A; 3P3C A; 3DOK B; 4PXE A; 1EIY B; 3D2W A; 2DNN A; 2YQ1 A; 2HND B; 3TO8 A; 3FBE A; 3K85 A; 4CO4 A; 2FY1 A; 1ZAX A; 2W2N P; 1XTZ A; 3NCP A; 3QLH A; 2EXU A; 1FRJ A; 1B0V A; 2VUG A; 3KOA A; 1HFE L; 5GAG U; 2DTJ A; 3H4D A; 3LO3 A; 2D9O A; 2DYA A; 1F0X A; 3HUL A; 3CF5 Q; 1FD8 A; 1CJK B; 1YRT A; 3HX9 A; 4OV1 A; 4ERD A; 5J2M B; 4BA1 B; 5JUM A; 5I3U B; 1VBZ A; 4C0H A; 3AJ2 A; 4ECS A; 3W2V B; 4ZLN A; 2HKJ A; 2RB7 A; 4KKO B; 1C4C A; 3DLG A; 3ZTS A; 1ELO A; 4H54 A; 2FVP A; 5LMU E; 2KFZ A; 1YHQ S; 3JTO A; 4DV7 E; 5LJ5 Y; 2BJD A; 4N56 A; 1IJF B; 4PAA A; 5KFR A; 4EFA C; 4EBE A; 4KHP E; 2VQE E; 1XN9 A; 1K0V A; 3NCR A; 2N4C A; 4NCB A; 3PX4 A; 4B3M E; 2Q43 A; 3CWJ A; 3M32 A; 3KK1 B; 1S72 S; 4QIW D; 2AV5 A; 2DH9 A; 2QSF A; 2VQF F; 5F8G A; 2IMW P; 3F0N A; 1NHJ A; 2O3D A; 1R0A B; 4LSZ B; 3EZO A; 4PWD A; 3AB2 B; 2ZM6 J; 1N56 A; 4NXM I; 4JI7 J; 5JEA C; 2VPY B; 4ZPV R; 2BAN A; 4TLQ A; 3TZW A; 3P49 B; 1N33 E; 4OX9 F; 3IBC B; 5C2C A; 1T7P A; 2CWX A; 3N9U C; 1YJU A; 4K4U A; 2KDO A; 2MZS A; 2UUT A; 5D0H A; 3FEX B; 3A8E A; 2Z4P A; 1FX2 A; 1NLK L; 1HKA A; 1Y3J A; 1X31 C; 4M95 A; 2V2V A; 4KGV B; 1SH2 A; 3RR7 A; 1U0S A; 1VLO A; 2NYI A; 1IKX A; 1JXE A; 1W26 A; 2B8Q A; 5B09 A; 3UVJ B; 3A4T A; 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3PY8 A; 2DR8 A; 3T1Y J; 4IOB A; 2I1R A; 3DGP B; 1HBM B; 2ZHO A; 4RWW A; 4WU2 A; 3P5T L; 3M2V B; 3AQP A; 2XS7 A; 1RLD A; 4NLT A; 4KSE B; 4DR4 I; 1UA0 A; 4GKJ E; 5K5M A; 5ETM A; 1PCA A; 2K7J A; 3VAK A; 4IZJ D; 4DV5 I; 4PU9 A; 3K7R A; 4P7T A; 1M5S A; 2OJ3 A; 1IVZ A; 4GMK A; 2CG9 A; 2L9D A; 4LFC I; 1S6U A; 2IMO A; 3C6T B; 3BO2 A; 2PMH A; 3Q2S C; 5KFZ A; 1N36 E; 3X1L B; 1TL7 A; 3KKF A; 1G7C B; 1MWY A; 5GVQ A; 3KLH B; 4DV2 F; 3JS9 A; 2YWG A; 4K5S A; 3PRD A; 4GRS A; 1Y9O A; 3VAF A; 1JLB B; 2WAQ D; 1WC4 A; 4JYA J; 2APO A; 2O66 A; 3MAH A; 1F5C A; 5C0X C; 1YJT A; 2HVD A; 1HHS A; 2ADC A; 2IRX A; 4LQ9 A; 3HK2 A; 1TR0 A; 3ITH B; 4QR2 A; 1EKS A; 3PO5 A; 4DR5 F; 2KYX A; 2ZH7 A; 1S12 A; 3H2L A; 3PZP A; 1KQF B; 4KC5 A; 4I2Q A; 1S7I A; 5F8H A; 5DGB A; 5FII A; 4DX5 A; 5FJ4 A; 3CDJ A; 2WCX A; 1KTV A; 2GQ0 A; 5B0C A; 4DF4 A; 1RAB B; 3V6H A; 2VJV A; 5KFG A; 2WVE A; 2MQN A; 2NN6 F; 1HQE A; 1N4L A; 2JEA B; 3CIZ A; 4JI8 E; 3MMC A; 1SJR A; 3JYT B; 1XBW A; 4QYR A; 1KKH A; 2BE2 B; 3UDL A; 3POT A; 1RTH B; 4OV6 A; 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