3QVCA

Crystal structure of histo-aspartic protease (hap) zymogen from plasmodium falciparum
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
375
structure length
368
Chain Sequence
KYSTVGFNIENSYDRLMKTIKEHKLKNYIKESVKLFNKGLTKKDNVELKDLANVLSFGEAKLGDNGQKFNFLFHTASSNVWVPSIKCTSESCESKNHYDSSKSKTYEKDDTPVKLTSKAGTISGIFSKDLVTIGKLSVPYKFIEMTEIVGFEPFYSESDVDGVFGLGWKDLSIGSIDPYIVELKTQNKIEQAVYSIYLPPENKNKGYLTIGGIEERFFDGPLNYEKLNHDLMWQVDLDVHFGNVSSKKANVILDSATSVITVPTEFFNQFVESASVFKVPFLSLYVTTCGNTKLPTLEYRSPNKVYTLEPKQYLEPLENIFSALCMLNIVPIDLEKNTFVLGDPFMRKYFTVYDYDNHTVGFALAKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Histo-aspartic protease
publication title Structural insights into the activation and inhibition of histo-aspartic protease from Plasmodium falciparum.
pubmed doi rcsb
source organism Plasmodium falciparum
total genus 80
structure length 368
sequence length 375
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-02-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3qvcA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3qvcA01
5P67A 5P3OA 4CPTA 3DJKA 4Y45A 1DMPA 4Y57A 1HTEA 2AQUA 3D1YA 3OU4A 2IKOA 5P3EA 1HVLA 4LHHA 2QI6A 3KM4A 2G22A 3EM4A 3PLLA 1MVPA 3PSYA 4OC6A 4D88A 1EBWA 2B8LA 1WKRA 5COKA 5P5CA 5P86A 5HDUA 5P2LA 3LIVA 3GI6A 3SA7A 4YA8A 1EBYA 1EC3A 4EJDA 5P55A 5P2MA 4JPCA 5P4IA 5JG1A 3LIXA 3SFCA 5P3WA 5P7AA 1D4SA 4S1GA 4DQHA 4GJ5A 3SA5A 5P46A 5P04A 1PROA 3VCMA 1APWE 3NYGA 5P41A 1BWBA 3OAGA 5F00A 5P5MA 4ER4E 2VA5A 5P0CA 2QZKA 3S43B 5P3XA 1TQFA 5P5AA 5P4CA 1HIIA 1ZSRA 2A1EA 3ZKQA 1FQ7A 1EPQE 3I7EA 3NU3A 4Y4BA 3BXSA 4OBHA 5P2SA 3S54A 4LAPA 4I12A 4YCTA 1BV7A 4Y5MA 3TLHA 5KOSA 5OZEA 4CPXA 1HXBA 5P5PA 5OZ1A 2FGUA 3WZ7A 2ER0E 2R3TA 3ECGA 1OEXA 2V13A 4BFDA 3QP0A 3TH9A 5KQYA 3O9LB 4QJ6A 3FKTA 5SY2A 1BVGA 5P0MA 5P8UA 1LV1A 1LF3A 2OHPA 3CIBA 1FQ6A 5P2NA 3BVBA 2AOHA 5P89A 2AZ9A 3EBZA 3KDDA 5HU1A 5P4PA 2JE4A 3SKGA 5P0TA 2ZJJA 5OZHA 4LXAA 1IIQA 4DQBA 4GJCA 1Z1HA 3S2OA 1EC2A 3QAAA 4Y43A 1MT9A 5P4OA 4XXSA 2G21A 5P2CA 4FAFA 5P7LA 1NPWA 2OAHA 1FKNA 1GNOA 4J0VA 3OXWA 2I1AA 5OZRA 5OZ2A 2P3AA 5P4QA 2XYFA 5P3BA 1LYWB 4EXGA 3KT5A 1LZQA 3QBHA 3TPLA 4R92A 2P3BA 3PLDA 5P2UA 5HCOA 3UTLA 2FXEA 1HRNA 1XN3A 2QD8A 3OXXA 3OUDB 1G0VA 1EPOE 2ZDZA 4H3FA 3LIYA 5P2FA 2QNNA 4RZ1A 3EC0A 1G6LA 1HEGE 3QRMA 1M4HA 5P7XA 4HE9A 3SQFA 5ER1E 4DI2A 5P3HA 2OF0A 3A2OA 1IBQA 5P28A 3N3IA 2FGVA 2OHUA 1HPXA 3EKWA 1TW7A 3OK9A 1HVHA 5P7TA 1A30A 3PB5A 5P3TA 1MT7A 3QS1A 2OHMA 3PM4A 3CMSA 2NR6A 5KQZA 5EZZA 2APRA 2FDDA 5P8GA 1HTRB 2WF4A 5KQFA 1TZSA 5P71A 5P1AA 3EL9A 2V00A 3HD8A 3OADB 3O99A 4MC6A 4Y53A 2QMFA 1YT9A 4N00A 3O9IA 4EJKA 5P5OA 2ZJKA 5P2TA 1NPVA 1E82E 3LZSA 3IGBA 1G35A 5P6OA 2VS2A 5P4ZA 5HDZA 3D91A 5P7BA 3L3AA 5P2RA 2WEAA 3KF0A 3WB4A 2XFIA 4K4RA 1XS7D 3EM3A 3NU5A 5AH8A 4NJVA 5P0RA 3VF5A 4R5NA 5OZUA 9HVPA 2QI7A 3H0BA 3EKXA 3HVGA 5P7FA 3MSJA 3TKWA 3WZ6A 5HE4A 1GNMA 1QBTA 5P8SA 3APRE 1LYAA 1A8KA 2QZXA 4DH6A 3NSHA 3BUFA 2AIDA 3VSXA 3INDA 1ZPKA 3DK1A 2QMDA 3L5FA 5IVSA 5P2EA 5P29A 3G70A 1AJXA 3ZKXA 3C9XA 1FMBA 3O9LA 1DAZC 2R3WA 4A6BA 3NXNA 3D1XA 5P02A 5P3UA 5COOA 2I0DA 5P25A 2WJOA 2QMPA 2ZHTA 5P1GA 4TVGA 1C70A 5P5YA 3SA6A 3KFNA 2WF3A 3CIDA 3DV1A 5P7MA 5F01A 5APRE 3WSJA 4OD9B 4DJWA 1W5VA 2QHYA 2VIEA 3U6AA 3I6OA 1FMXA 1M0BA 1GVUA 5P4LA 2PC0A 2IGYA 2F3EA 3QVIA 1D4JA 4YD4A 2F80A 2PK5A 4EP3A 1DW6C 4FAEA 3R1GB 5P5FA 1LYWA 1HOSA 4FRJA 4YDFA 5P20A 3INFA 4HZTA 2AOGA 5P17A 1AAQA 5DR1A 5P60A 1K2CA 5EZXA 5P47A 3INHA 3KMXA 1LYBA 1EBKC 4Y5PA 4DUSA 5ISJA 2AVQA 4YHQA 5DQ5A 3PI0A 4COEA 4Y56A 4F76A 3QROA 5BS4A 3NDUA 1B6LA 1ZBGA 5P10A 4YE3A 5P4NA 5P61A 1ZP8A 3PJ6A 1EBZA 2F3KA 4ZPFA 3LZUA 3RU1A 1WBKA 2RENA 5P0HA 3DCKA 5OZOA 3URJA 2ER9E 4AUCA 2B8VA 1HPSA 4FRSA 1SP5A 1F34A 3OQAA 3I8WA 5PEPA 3TOFA 4B00A 4QJ2A 4RGHA 2NMYA 2J9JB 2JXRA 2B42A 3L5EA 1CZIE 5P2AA 3TTPA 2P8HA 3G72A 3VF7A 2BQVA 2QCIA 3OADA 4GIDA 1W6IA 3OTYA 4X2LA 5P1SA 3ZPTA 1ODWA 1AJVA 2AOJA 4RVJA 4CPRA 4J5JA 2PSUA 2RMPA 5P6AA 5P0XA 1GVTA 3B80A 5OZVA 5P5VA 2BB9A 5P34A 5P83A 3VLBA 5OZBA 4EJ8A 5P66A 1HHPA 1FQ5A 3L58A 2ZHRA 4RLDA 4E43A 3CKPA 2QI1A 2Q15A 5OZ8A 3VUCA 3D3TA 5P0LA 1K6TA 2I4UA 4I0EA 5P0QA 5P0SA 4Y4EA 4Y3FA 4HA5A 3UDMA 2O4SA 4DJPA 3RTNA 4R91A 2HS1A 5P1HA 3OQFA 4Y5NA 3O9AA 3OOZA 3TPJA 4Y41A 3NUJA 4YCYA 2WEZA 5E5JA 5P7CA 3Q6YA 4Y4GA 2O4LA 5P06A 1QS8A 1SH9A 2NTRA 2NXMA 3UHLA 3BGCA 3VYFA 2AZ8A 1LF2A 4PZWA 2ZJIA 5P1LA 5P0OA 4F74A 5DQ1A 3BHEA 4RVIA 4JP9A 4FE6A 3URIA 3ZKSA 2QD7A 5P7EA 2IL2A 3Q5HA 1W51A 3O9FA 5P2XA 4Y47A 4EP2A 5P5JA 2QZLA 3CKTA 3VLAA 5DQ4A 4J54A 5P0PA 1BXOA 3BVAA 1C6YA 1GVWA 4D89A 1MTRA 1BVEA 1PSAA 5P5XA 1YTGA 3OOTA 2FMBA 2ER6E 4AA8A 4ZIPA 4EQ0A 3LZVA 5P0GA 5P6QA 5P4KA 2J9KA 2ZE1A 5P2OA 5P2JA 2H6TA 3U71A 2PSVA 3OXVA 2V10C 1SDVA 4Q1WA 3TOGA 1W50A 4PZXA 5P62A 4B05A 4Y5CA 2ANLA 2VNMA 5P5SA 2R38A 3S85A 4L1AB 1BBSA 1AM5A 1T6GA 4HDFA 1FQXA 5P0AA 4Y3GA 3UDHA 3ZPSA 3B7VA 3FNSA 4GJ6A 3PSUA 3EL1A 4DQEA 1KZKA 2H6SA 2XFJA 3L38A 4I0FA 4I0GA 3DV5A 5I3XA 5OYXA 1IVQA 3O9BA 5P1RA 2OHRA 1J71A 1ZAPA 3UPJA 5P5IA 3JVYA 3SA3A 5P2YA 5P8TA 3KMYA 4DJRA 5P87A 1SIPA 3PCZA 3ZKMA 5P5WA 2VIYA 1MSMA 5DR8A 2ZHUA 4NKKA 1KJGA 2O4PA 8HVPA 2QNQA 5P11A 3FSMA 1HPVA 2UXZA 5HE5A 1PFZA 3HZCA 4YD7A 2QHCA 1D4LA 3D20A 1WBMA 4RRSA 3SPKA 4B72A 5J25A 1BILA 5OZ6A 3LHGA 3KN0A 3L5BA 5P3YA 5P0JA 3OU1A 1M43A 4K4QA 4YBFA 3S45A 2CENA 1T7KA 3NXEA 5AH7A 4Y4UA 4I0JA 5P6NA 3QPJA 3T7QA 5P1FA 3Q4BA 4ZE6A 4Y9WA 5P65A 4L7GA 2VKMA 3NDWA 2V0ZC 2ZHVA 5P6UA 2Q3KA 3OUBA 1MSNA 4B1EA 3SA8A 3PMYA 5P2HA 4R95A 5P1TA 3ST5A 5P4AA 1SDTA 4WTUA 4OBZA 4NJUA 3PEPA 1IZIA 5P8PA 5P56A 1APUE 5P1OA 5SXNA 5P54A 5P1DA 3OHHA 1GNNA 2FNTA 3PSGA 5OYWA 4IVTA 5BRYA 4FRKA 4J55A 4MC9A 3PMUA 3PRSA 1K6PA 3Q3TA 3ZL7A 4J1FA 5P0WA 4AZYA 4Y3JA 5P3IA 1BWAA 1PPKE 5P76A 3SO9A 3IXKA 3VYEA 1D4YA 3NDXA 5P5DA 5TOLA 1RPIA 5P0UA 5P81A 2VA6A 1UH8A 3OXCA 4DFGA 2FDPA 2P83A 3KFRA 1BDRA 5P6GA 1MTBA 3JW2A 2BKTA 2FXDA 4ZPEA 2Q54A 5P13A 1IZDA 1IDBA 4GJDA 5P69A 1ZLFA 4F73A 1CMSA 2IDWA 3LPIA 1XE5A 3OUCA 4Y6MA 3VV7A 4I0ZA 5P4SA 1MESA 5HU0A 2O4KA 5P8FA 5P1CA 4DV9A 1HVKA 3PWMA 1B5FB 1TSQA 4K4PA 2WHHA 5DGWA 2FNSA 1KJHA 2Q63A 1EAGA 4Y3SA 5P8CA 5P2IA 2WEBA 4PPHA 3ER5E 4OBGA 4L1AA 1AXAA 3OUAA 3EKVA 1XE6A 5AHAA 5DR0A 5P1ZA 3K5DA 5P36A 4J17A 2I4VA 5OZXA 4Z4XA 5P3CA 5P52A 1A9MA 4FM6A 5P0VA 3EXOA 5P19A 1FG8C 4H1EA 2NNPA 4CP7A 7HVPA 3BRAA 4QJAA 2CEJA 1HVCA 4H3IA 4ZSPA 1TCWA 5P7DA 5P7KA 2QD6A 4F75A 5P2VA 4Y54A 5HCTA 5P3LA 1DP5A 3K5GA 2VIJA 5OYZA 3HLOA 3VYDA 1ME6A 3HAUA 2G1NA 1HEFE 3UDKA 2WKZA 3NLSA 4DQCA 2HB4A 4OBDA 4LL3A 2ZGAA 1RNEA 4TRWA 5P03A 1LEEA 4KE1A 4Y5EA 5P27A 5P1YA 3O9HA 5P6CA 3LIQA 3GGXA 3PWWA 4Y5LA 5P22A 5P24A 4Y3ZA 5OZMA 1A8GA 5P08A 2P3CA 1PPME 3OHFA 5DQCA 5AH6A 5P3NA 3S8IA 2PQZA 5P8DA 2BPWA 3AUPA 1C6ZA 2RKGA 5CLMA 4TRYA 5OYSA 3UFNA 5I70A 3T11A 5P2KA 5P2ZA 5P37A 3H5BA 2QU3A 2FS4A 5P3AA 5P84A 5P8QA 5P3MA 1FLHA 2PH8A 5P3PA 5P3SA 3S43A 5OZAA 3QRSA 5P7HA 5P4UA 3KFPA 4YD5A 4RVXA 4WY6A 5KR8A 1ZJ7A 2OHNA 4OBFA 4LBTA 1IZEA 2UY0A 2BPXA 4JOOA 1Z1RA 1MERA 1DPJA 2PH6A 4QGIA 3HVPA 5C9DA 2AVOA 5OZ7A 1APVE 4OBJA 5OZGA 5B18A 4Y4DA 3RSVA 1A94A 4A6CA 2VJ9A 3K4VA 5P63A 3RTMA 5P8VA 4GJAA 5OYRA 1FQ4A 3HBOA 5P2BA 4L7JA 5SY3A 1LS5A 4Y5GA 3OGPA 4H3JA 5P5HA 3OQDA 3QVCA 4Y35A 5P50A 5P78A 1AVFA 5P5GA 5DR7A 4J0PA 1QBUA 5P72A 2IQGA 5AHCA 1QDMA 5P42A 5P0DA 1QRPE 4ZEAA 3GGAA 1BAIA 3IVHA 1NSOA 2O40A 1IZHA 5P3KA 4B77A 5P0KA 5P4FA 5P1EA 4HDPA 5KR0A 3IN3A 7UPJA 3FNUA 1OHRA 3ZPUA 5P45A 5P85A 3BUHA 1RV7A 2ZJHA 2G1RA 2HAHA 4Y3YA 5P8EA 4X7IA 5DQ2A 3OUDA 3CICA 3IN4A 5OZCA 1E80E 5P2DA 5P5TA 4YOAA 3S56A 1HPOA 5P6XA 4Y3AA 5OYVA 2R5QA 5P6VA 5OZYA 4PEPA 3WB5A 3PI5A 5P5UA 1BXQA 1HBVA 2QNPA 3EKTA 4FM7A 3UDJA 3TOHA 2O4NA 1ZTZA 1EPRE 2AOEA 4DPIA 4I0IA 5P31A 3T7XA 1KJ4A 1ODXA 4TRZA 3DUYA 4I0HA 2BKSA 3UDRA 1U8GA 4DJUA 1FIVA 2XYEA 2OHTA 4L6BA 3PGIA 4NJTA 1K6VA 2B60A 5P4WA 1CPIA 5OZ3A 3OTSA 1EEDP 5P5KA 1BV9A 1E5OE 4UPJA 4FCOA 1T7JA 4R93A 2P3DA 3UF3A 5IS4A 2ZHSA 5KR2A 4CKUA 4CPQA 5P39A 2JYSA 1ENTE 3OQKA 2BBBA 4Y4JA 1GVXA 3OU4B 3NU4A 4I8ZA 2RSPA 3ZMGA 4QJ7A 4D85A 5P30A 4OC6B 3UFLA 5AHBA 3GI0A 3OU3A 4R8YA 4K8SA 5P3FA 5OZ0A 3NWXA 4M8XA 2R5PA 4EJLA 3UQUA 2PK6A 5P7ZA 4XX4A 1RQ9A 5OZPA 2VA7A 5P8JA 1XL2A 1IVPA 2R9BA 4FGXA 3TNEA 1VIJA 3QIHA 3KDBA 4PHVA 3S7MA 2ER7E 5P0ZA 5P7UA 5P8NA 3OAGB 1Q9PA 5HDXA 4Y37A 4YCKA 3EKQA 1QBRA 5OZKA 5P8MA 3DCRA 3QBFA 1QBSA 1K1TA 1SGZA 3NUOA 4GYEA 3Q70A 3VFBA 5P2QA 4J1HA 5OZ5A 5OZQA 4OD9A 3VEUA 3CYXA 1HWRA 2QU2A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P67 A;  5P3O A;  4CPT A;  3DJK A;  4Y45 A;  1DMP A;  4Y57 A;  1HTE A;  2AQU A;  3D1Y A;  3OU4 A;  2IKO A;  5P3E A;  1HVL A;  4LHH A;  2QI6 A;  3KM4 A;  2G22 A;  3EM4 A;  3PLL A;  1MVP A;  3PSY A;  4OC6 A;  4D88 A;  1EBW A;  2B8L A;  1WKR A;  5COK A;  5P5C A;  5P86 A;  5HDU A;  5P2L A;  3LIV A;  3GI6 A;  3SA7 A;  4YA8 A;  1EBY A;  1EC3 A;  4EJD A;  5P55 A;  5P2M A;  4JPC A;  5P4I A;  5JG1 A;  3LIX A;  3SFC A;  5P3W A;  5P7A A;  1D4S A;  4S1G A;  4DQH A;  4GJ5 A;  3SA5 A;  5P46 A;  5P04 A;  1PRO A;  3VCM A;  1APW E;  3NYG A;  5P41 A;  1BWB A;  3OAG A;  5F00 A;  5P5M A;  4ER4 E;  2VA5 A;  5P0C A;  2QZK A;  3S43 B;  5P3X A;  1TQF A;  5P5A A;  5P4C A;  1HII A;  1ZSR A;  2A1E A;  3ZKQ A;  1FQ7 A;  1EPQ E;  3I7E A;  3NU3 A;  4Y4B A;  3BXS A;  4OBH A;  5P2S A;  3S54 A;  4LAP A;  4I12 A;  4YCT A;  1BV7 A;  4Y5M A;  3TLH A;  5KOS A;  5OZE A;  4CPX A;  1HXB A;  5P5P A;  5OZ1 A;  2FGU A;  3WZ7 A;  2ER0 E;  2R3T A;  3ECG A;  1OEX A;  2V13 A;  4BFD A;  3QP0 A;  3TH9 A;  5KQY A;  3O9L B;  4QJ6 A;  3FKT A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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