3QY4A

Crystallization and in situ data collection of lysozyme using the crystal former
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSSNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title Crystallization and in situ data collection of Lysozyme using the Crystal Former
rcsb
total genus 45
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2011-03-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3qy4A00
4TUNA 2W1XA 154LA 1B7SA 1B7RA 1LZEA 5J7CA 1JJ1A 1BB7A 3MGWA 3WVYA 1BWHA 2D4IA 5DM9A 1VDSA 1LSAA 3E3DA 4L41A 4LYCA 2BQHA 3AW6A 3B72A 4YF2A 2LYZA 4QEQA 5C6IA 1LSCA 1CKDA 1GBZA 1E8LA 4FJRA 1LZNA 3TMVA 3HBDA 1XGRC 4ETEA 2CDSA 1H87A 4LYTA 1CKHA 1J1OY 4WM3A 4NHTA 4NHQA 3W6CA 5HMVA 2ZIKA 1ZV5L 4OWCA 1JHLA 2H9KA 2I26L 1LOZA 2IFFY 2GV0A 1HERA 1UIHA 2DQHY 1LZ6A 3EO5A 3A3QA 1IORA 1YQVY 1I56A 1HMLA 1LZBA 1DKKA 2YBIA 4WLDA 1JTTL 3ZVQB 2FYDA 4QY9A 4LT2A 1CKFA 5B06A 3WUMA 4IASA 5I54A 5LAFA 3LZ2A 1IP4A 3TXJA 1DPWA 3AW7A 5FHWA 3WUNA 5I4WA 5KXKA 2YBJA 3WMKA 5I5QA 4PHIA 1LKRA 1UCOA 133LA 4IATA 1NQIA 4NGIA 1JJ0A 1GFJA 5C6LA 1B5UA 1ZVYB 2HECA 3A8ZA 1OUIA 3B0OA 4TX7A 5DN5A 3WXUA 1GXXA 4YEMA 1GFKA 2ZQ4A 1HEPA 1REMA 3LZTA 1D6PA 4HSFA 1WQOA 5KXWA 4OWEA 1LSYA 3LHMA 2ZYCA 5LIOA 1YANA 1JIYA 3AGHA 1HEMA 3EXDA 4KL7A 3AZ5A 2EPEA 4DDAA 1QTKA 1LSFA 2BQGA 2Z18A 4PGJB 4H92A 1GBSA 1GBYA 4WMGA 3RZ4A 1IP2A 1BB3A 4XJBA 5ILFA 5IELA 1ZVHL 2DBTA 1NMMA 1F10A 5A3ZA 5LYZA 1REYA 1JWRA 2HTXA 1B7MA 1VEDA 3T36A 4CFPA 3W6FA 1QTEA 2HEFA 1BB5A 1NWGA 5KXZA 4NFVA 1LJFA 2PC2A 2BQBA 5FDJA 4NGLA 4W94A 5I4YA 1T3PA 1LHJA 2Z12A 1D9UA 4HV1A 4LYZA 3VWOA 5LVIA 3N9EA 1HENA 1D6QA 2G4NA 1LHHA 5D5FA 1C46A 4NGVA 3TXFA 1LMOA 3HBHA 4LYBA 1IOTA 1AT5A 1IY3A 1EQ5A 1OUFA 5LA8A 2MECA 3LYTA 1GB0A 1WQPA 1LZ5A 1GE0A 2LZTA 2Z37A 3ATNA 3D3DA 1FLQA 4XN6A 3TMXA 4M6DA 4OW1A 4XADA 3WU9A 1YL0X 1VDQA 1LYSA 3WPJA 1LZAA 4GLVA 1LSMA 1GBWA 4XJDA 1IWYA 1GE3A 1HEWA 1B5ZA 2ZIJA 2D4KA 1LZTA 4HTQA 1B7QA 4H91A 3WU7A 3CSZA 4DD9A 1FKVA 1C10A 1F0WA 4H90A 1LZCA 1HNLA 1G7IC 4G4BA 5I53A 4CJ2A 3AGGG 1GB8A 4D9ZA 4ETBA 1P2CC 1JPOA 4RW2A 4P2EA 1IWTA 4XJHA 2NWDX 1GF7A 132LA 4H1PA 4LT0A 3CSRA 2C8PA 1NKHA 1BHZA 3AGIA 193LA 1GFVA 4ETAA 4LZTA 2MEAA 3AJNA 4LGKA 4B4JA 5T3FA 3IWRA 3WPLA 4NGWA 4NIJA 3WUAA 5LYMA 3A6BY 4UWNA 1OUCA 1IP5A 4NHSA 1DXJA 1FKQA 1AT6A 1YKYX 1TAYA 4DD1A 1VAUA 1QUSA 1DI5A 3P66A 4GCEA 3WH1A 1BVXA 1LZ9A 5KJ9A 4OWAA 4RLNA 1XGQC 3HFMY 1GDXA 1EQEA 4U3XB 3TXKA 1GB9A 5LXWA 4B0DA 3CT5A 1IWZA 1QSAA 1HFYA 4YENA 2Y8PA 4NY5A 2BQKA 1LSEA 2VB1A 3TXBA 2HEBA 3TXGA 1REZA 2Z2EA 4MCKA 1XFPL 1UBZA 5KXRA 4ZIXA 1FLWA 2FBBA 4NWHA 3RNXA 1IX0A 1BGIA 1MLCE 1RI8B 4GCDA 3QY4A 3A91A 4FDYA 1H6MA 5APDA 2BPUA 1BWJA 1D0KA 5F81A 4DT3A 1QDRA 1GFGA 2Z39A 1OUDA 1GEVA 2BQLA 1BB6A 2DQIY 2ZNWY 2XJWA 2ZILA 1JEFA 1UIGA 3CT0A 1HEQA 1UIEA 1WQQA 2N5ZA 1LJGA 2ZQ3A 1JTPL 3WPKA 2EIZC 3BKHA 2LYOA 1D0MA 1LSZA 1SLYA 3F6ZA 2EQLA 3IJUA 2LHMA 5F9UA 2IHLA 1JITA 7LYZA 5LINA 2EKSC 5LVKA 3W6AA 4GN3A 1HF4A 4I8SA 1INUA 1GB7A 1W6ZA 6LYTA 5KXLA 1DPXA 1LAAA 2W1LA 5FCPA 4PJ2C 1HSWA 4DWXA 3G3AB 1GFEA 1LJHA 2ZYPA 4N9RA 4WL6A 3P64A 4GCBA 3SP3A 1LYYA 1C7PA 1JISA 4XENA 2BQAA 1LHMA 4HPEA 1XGTC 2MEEA 4H9EA 1V7TA 5M1YA 4HV2A 4H94A 2D91A 1IP1A 4KPMA 4XJFA 4WLTA 1IVMA 1SQ2L 1DZBX 1G7JC 5E4PA 4EMNA 1KXWA 4ETCA 4Z46A 1UIDA 3A3RX 1XEIA 1LJ3A 1OUGA 4NGYA 4TWSA 1UA6Y 3A95A 1N4FA 1LZ4A 5LAGA 1QSWA 1B0DA 3A34A 2F4AA 9LYZA 4B4IA 1QUTA 1HMKA 1WQRA 4RDSA 2CWIA 1ALCA 2MEHA 2H5ZA 1C43A 4WM6A 4DYGA 1JKAA 5KKJA 1B2KA 3BKVA 3LYMA 4X3BA 5B1FA 1UIBA 2BLXA 3P68A 3WU8A 1XEKA 1LYZA 1LSDA 3B6LA 4HJYA 3WXTA 4CHXA 5KKIA 2B5ZA 134LA 3A93A 1OP9B 1NHEA 3A96A 4GCFA 4BAFA 1CJ7A 5KXPA 1JKCA 4DDCA 1GF0A 4ETDA 5KXMA 5KXTA 1LMCA 2YSSC 1KIRC 4H9FA 4H9HA 4DD2A 2HEDA 4O34A 1DKJA 1RCMA 1HSXA 1VATA 4PPOA 5FELA 2BLYA 1BQLY 1IY4A 4WLYA 4NHIA 1KXYA 4AXTA 3AZ7A 1WVVA 5DL9A 4MR1A 3WYHA 1LSNA 3ATOA 2BQIA 1IWWA 2YBMA 1PZYA 4LYMA 4WOAA 1B7PA 1UUZC 4ZEEA 5K7OA 1GEZA 2HU3A 1LSPA 4Z3MA 1RE2A 5F14A 1FLUA 3K3TA 1LPIA 4DD0A 4NSIA 5LVHA 1LMQA 1T6VL 2Z19A 2Z2FA 1HEOA 1UACY 3ZEKA 3ZVQA 4R0FA 2MEGA 4KT3A 1LZGA 4H9IA 5LVGA 1IWUA 5L3HA 1LTMA 4EOFA 5KXOA 4BS7A 1VDTA 2BQEA 1I1ZA 1GB6A 4OWHA 1KIPC 2FBDA 1B5VA 5LVJA 1LJNA 2DQAA 1J1XY 1YAOA 3A67Y 4H9BA 4NG1A 1GF6A 2BQNA 4NSJA 3P65A 4CGEA 5ILCA 4J7VA 2DQFC 2X0AA 2XTHA 2YBHA 1YAMA 2G4PA 4NWEA 4TTDA 4YOPA 5KXXA 1C08C 4WM4A 1LKSA 1LZYA 4XJIA 4M4OA 207LA 5F16A 3CSQA 3CB7A 4UWUA 1LZRA 4B49A 1REXA 4WL7A 2ZWBA 153LA 2YBLA 1GB5A 4LT3A 2FYCA 1GFHA 4QDNA 1DI4A 1UC0A 4G4CA 2XBSA 2I25L 4PRUA 4WO9A 1J1PY 4RW1A 3LYZA 4OWBA 4KXIA 4HJVA 3T6UA 3N9AA 1AZFA 1G7HC 1C45A 1IOSA 2Q0MX 4J1BA 1JSFA 3AZ4A 4GN4A 1HC0A 3EBAB 3A6CY 3HBEX 1FN5A 3AB6A 4WG1A 4R6CA 3WL2A 3RW8A 1B5WA 1IP7A 8LYZA 4RLMA 1IEEA 4Z41A 5B59A 2BQDA 2LZ2A 1TBYA 4C3WA 4G4HA 1UIAA 5APEA 1LSGA 5HNLA 2DQCY 5HMJA 1OUAA 1TCYA 3LN2A 3M18B 3TMWA 4IJ4A 1FDLY 1LCNA 1TDYA 1XSFA 3GXRA 2W1YA 4HJZA 1JKDA 1OQMA 1YKZX 2F4GA 4H9AA 2G4QA 5B05A 5L9JA 1IC7Y 1GFAA 3J6KA 5LYTA 4NEBA 4UWVA 1F6RA 2BQJA 2AUBA 194LA 1OUEA 1GBXA 1GE4A 2D4JA 2DQGY 2MEIA 2BQFA 1CNSA 1JKBA 1B7NA 1XGUC 3N9CA 3WULA 1IO5A 2RSCA 3TXEA 1GDWA 4I0CA 4QGZA 1GE1A 2CGIA 1D0LA 5HLLA 5D5CA 1GPQC 4NG8A 1GWDA 1B7LA 2BAAA 4NGKA 1GBOA 4HPIA 4TSBA 5IHGA 1HHLA 1LHKA 3FI7A 3GXKA 3ULRA 1BVKC 2WARA 1KXXA 1OUJA 2HUBA 3A90A 4HP0A 1OUHA 5B07A 3W6EA 2Z38A 1IC4Y 4H9CA 1GF8A 5F9XA 1JJ3A 5DN4A 2XBRA 4N8ZA 1GE2A 2DQJY 2YVBA 4HTNA 4YEOA 3QNGA 4GCCA 1G7LC 3WW6A 4LYOA 5KXSA 5E9RA 4G9SA 1FLYA 1LJIA 4ET9A 1CKCA 1LYOA 1VFBC 5APCA 5A3EA 1HELA 1JTOL 1GB2A 1XEJA 1GF9A 1VDPA 3W6DA 3B0IA 5APFA 1V7SA 4LT1A 4N1EI 135LA 1NF5A 4MSTA 4WG7A 4NGZA 4XYYA 1CJ6A 1BWIA 4TSCA 2HEAA 5HNCA 4NGJA 2MEFA 3J4GA 4PRQA 4Z98A 1LMPA 1IR7A 1LJKA 4II8A 3G3BB 2DQDY 1GAZA 1O23A 5EBHA 1PS5A 2HU1A 1WQMA 1DQJC 1TEWA 1GF3A 4N0JA 3TXHA 3W6BA 4ET8A 1LZ1A 4WM2A 1B7OA 1IP3A 1LSBA 3WVXA 1FBIX 2A7DA 3CQLA 4H8ZA 3TXDA 1YL1X 1WQNA 1DI3A 1GFUA 1W08A 1YILA 2CJLA 1GAYA 3A92A 6LYZA 1LZ8A 208LA 1QDTA 3QE8A 3OK0A 4H8XA 1WTMA 5L3IA 4WLXA 2BQMA 4BADA 2YDGA 5II3A 1LHIA 1LJ4A 1QIOA 2HEEA 3EMSA 4H8YA 4N1CC 1IIZA 1HFXA 1G7MC 3OJPA 3M3UA 5KXNA 1IWXA 4ML7A 1NDGC 5HQ1A 1AM7A 1CJ9A 4A7DA 1NBYC 3KAMA 4CFOA 1OUBA 2DKVA 4BAPA 4LFPA 1JUGA 1LMTA 3CT1A 5LA5A 1WTNA 4NGOA 1B5YA 1AKIA 1IC5Y 1KIQC 2DQEY 1IP6A 5FEKA 1GFRA 1IOQA 1YROA 1Z55A 1I20A 3LYOA 1B5XA 1LMNA 2MEDA 1LJEA 2BQCA 4B4EA 4DD7A 2LYMA 1JSEA 3TXIA 1ZMYL 4J1AA 1A2YC 3AYQA 1CKGA 5KY1A 5B1GA 1CJ8A 2D6BA 1EQ4A 3P4ZA 1NBZC 2W1MA 3WW5A 4DDBA 1LZSA 1EL1A 1GF5A 4XJGA 3TMUA 1BB4A 4LFXA 5FSTA 1YKXX 1QQYA 1GB3A 4W96A 3RU5A 1WVUA 1GF4A 4ZFPA 1GXV2 1YAPA 2F30A 1GHLA 2I6ZA 2ZNXY 4WO6A 4GN5C 4DD3A 1B9OA 1LMAA 2H9JA 5AMYA 4OOTA 4B1AA 2F2NA 4DC4A 4E3UA 4GLAA 1IR9A 1F6SA 1IOCA 1GFTA 4N5RA 1LZDA 4ANRA 4NHPA 5I4XA 1GD6A 2YBNA 2MEBA 1YIKA 4YM8A 1IR8A 1LJJA 1IWVA 1LHLA 1YAQA 1NDMC 4H93A 1RJCB 5DLAA 4AGAA 3B0KA 1MELL 4WM1A 4NSGA 1XGPC 3D9AC 3A94A 4OOOA 1RFPA 3RT5X 2A7FA 3AZ6A 2C8OA 5KXYA 4HTKA 5C6JA 4NSHA 4WM5A 4G49A 4J0LA 5IDDA 4C5FA 1UIFA 3W3EA 1UICA 1A4VA 3FE0A 2BQOA 1HFZA 5JENB 3IJVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4TUNA 2O7AA 154LA 1L82A 1LZEA 1XJTA 1L69A 1VDSA 4QEQA 197LA 4ARQB 3HBDA 1H87A 222LA 4I7TA 1QUDA 1ZV5L 3C7WA 2GV0A 2DQHY 1IORA 3CDVA 1HMLA 1LZBA 1CVKA 2YBIA 2OE7X 4LT2A 3TXJA 4W56A 5I4WA 2YBJA 2IGCA 102LA 1UCOA 4IATA 1L83A 5C6LA 1KNIA 3B0OA 1L19A 2ZQ4A 1D6PA 5LIOA 3LHMA 258LA 1YANA 4DDAA 1L57A 1QTKA 1LSFA 2BQGA 3G3WA 232LA 1L40A 5IELA 2DBTA 1F10A 131LA 5LYZA 1JWRA 256LA 4CFPA 1QTEA 5KXZA 2BQBA 4NGLA 1PQMA 4LYZA 189LA 2G4NA 1C46A 1LMOA 3HBHA 254LA 1EQ5A 3L64A 1OUFA 1C6JA 1GE0A 3TMXA 4M6DA 4OW1A 4XADA 1OWYA 1VDQA 1LYSA 1L97A 1CUPA 1LSMA 1GBWA 4XJDA 1C6LA 1C6GA 1QT6A 1OYUA 3WU7A 213LA 3CSZA 4ARJA 4DD9A 1FKVA 1C10A 1F0WA 3HT8A 1G7IC 3AGGG 110LA 166LA 1P2CC 4P2EA 123LA 1CV5A 2C8PA 1GFVA 4ETAA 6LZMA 3IWRA 4NIJA 5LYMA 1PQDA 4ZPUA 4NHSA 1DXJA 1QUSA 3P66A 4GCEA 161LA 5KJ9A 191LA 1L77A 3OE0A 1PQJA 1EQEA 1L86A 4U3XB 3TXKA 1L15A 1L24A 2OEAX 1C6FA 1FLWA 3RNXA 1MLCE 1BGIA 3A91A 1L91A 1QTDA 2F32A 3GUKA 1LYEA 1GFGA 1QDRA 1G06A 249LA 168LA 1JEFA 2ZQ3A 158LA 3WPKA 160LA 2EKSC 4I8SA 1L35A 5KXLA 1DPXA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4TUN A;  2W1X A;  154L A;  1B7S A;  1B7R A;  1LZE A;  5J7C A;  1JJ1 A;  1BB7 A;  3MGW A;  3WVY A;  1BWH A;  2D4I A;  5DM9 A;  1VDS A;  1LSA A;  3E3D A;  4L41 A;  4LYC A;  2BQH A;  3AW6 A;  3B72 A;  4YF2 A;  2LYZ A;  4QEQ A;  5C6I A;  1LSC A;  1CKD A;  1GBZ A;  1E8L A;  4FJR A;  1LZN A;  3TMV A;  3HBD A;  1XGR C;  4ETE A;  2CDS A;  1H87 A;  4LYT A;  1CKH A;  1J1O Y;  4WM3 A;  4NHT A;  4NHQ A;  3W6C A;  5HMV A;  2ZIK A;  1ZV5 L;  4OWC A;  1JHL A;  2H9K A;  2I26 L;  1LOZ A;  2IFF Y;  2GV0 A;  1HER A;  1UIH A;  2DQH Y;  1LZ6 A;  3EO5 A;  3A3Q A;  1IOR A;  1YQV Y;  1I56 A;  1HML A;  1LZB A;  1DKK A;  2YBI A;  4WLD A;  1JTT L;  3ZVQ B;  2FYD A;  4QY9 A;  4LT2 A;  1CKF A;  5B06 A;  3WUM A;  4IAS A;  5I54 A;  5LAF A;  3LZ2 A;  1IP4 A;  3TXJ A;  1DPW A;  3AW7 A;  5FHW A;  3WUN A;  5I4W A;  5KXK A;  2YBJ A;  3WMK A;  5I5Q A;  4PHI A;  1LKR A;  1UCO A;  133L A;  4IAT A;  1NQI A;  4NGI A;  1JJ0 A;  1GFJ A;  5C6L A;  1B5U A;  1ZVY B;  2HEC A;  3A8Z A;  1OUI A;  3B0O A;  4TX7 A;  5DN5 A;  3WXU A;  1GXX A; 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 1IWX A;  4ML7 A;  1NDG C;  5HQ1 A;  1AM7 A;  1CJ9 A;  4A7D A;  1NBY C;  3KAM A;  4CFO A;  1OUB A;  2DKV A;  4BAP A;  4LFP A;  1JUG A;  1LMT A;  3CT1 A;  5LA5 A;  1WTN A;  4NGO A;  1B5Y A;  1AKI A;  1IC5 Y;  1KIQ C;  2DQE Y;  1IP6 A;  5FEK A;  1GFR A;  1IOQ A;  1YRO A;  1Z55 A;  1I20 A;  3LYO A;  1B5X A;  1LMN A;  2MED A;  1LJE A;  2BQC A;  4B4E A;  4DD7 A;  2LYM A;  1JSE A;  3TXI A;  1ZMY L;  4J1A A;  1A2Y C;  3AYQ A;  1CKG A;  5KY1 A;  5B1G A;  1CJ8 A;  2D6B A;  1EQ4 A;  3P4Z A;  1NBZ C;  2W1M A;  3WW5 A;  4DDB A;  1LZS A;  1EL1 A;  1GF5 A;  4XJG A;  3TMU A;  1BB4 A;  4LFX A;  5FST A;  1YKX X;  1QQY A;  1GB3 A;  4W96 A;  3RU5 A;  1WVU A;  1GF4 A;  4ZFP A;  1GXV 2;  1YAP A;  2F30 A;  1GHL A;  2I6Z A;  2ZNX Y;  4WO6 A;  4GN5 C;  4DD3 A;  1B9O A;  1LMA A;  2H9J A;  5AMY A;  4OOT A;  4B1A A;  2F2N A;  4DC4 A;  4E3U A;  4GLA A;  1IR9 A;  1F6S A;  1IOC A;  1GFT A;  4N5R A;  1LZD A;  4ANR A;  4NHP A;  5I4X A;  1GD6 A;  2YBN A;  2MEB A;  1YIK A;  4YM8 A;  1IR8 A;  1LJJ A;  1IWV A;  1LHL A;  1YAQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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