3QZEA

Crystal structure of dapa (pa1010) at 1.6 a resolution
Total Genus 115
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
115
sequence length
291
structure length
291
Chain Sequence
MIAGSMVALVTPFDAQGRLDWDSLAKLVDFHLQEGTNAIVAVGTTGESATLDVEEHIQVIRRVVDQVKGRIPVIAGTGANSTREAVALTEAAKSGGADACLLVTPYYNKPTQEGMYQHFRHIAEAVAIPQILYNVPGRTSCDMLPETVERLSKVPNIIGIKEATGDLQRAKEVIERVGKDFLVYSGDDATAVELMLLGGKGNISVTANVAPRAMSDLCAAAMRGDAAAARAINDRLMPLHKALFIESNPIPVKWALHEMGLIPEGIRLPLTWLSPRCHEPLRQAMRQTGVL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Lyase
source organism Pseudomonas aeruginosa
publication title Tetrahydrodipicolinate N-succinyltransferase and dihydrodipicolinate synthase from Pseudomonas aeruginosa: structure analysis and gene deletion.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Dihydrodipicolinate synthase
total genus 115
structure length 291
sequence length 291
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.3.3.7: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase.
pdb deposition date 2011-03-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3qzeA00
1CW2A 2C6QA 4H6KA 3STGA 3HG4A 3G1VA 3W6YA 2ISSA 4MY1A 4FB7A 4NNCA 3TX9A 3TH6A 4FNPA 3W1MA 3DU0A 3UY7A 4IXHA 1KTNA 1F76A 1LCOA 1Z48A 2Y89A 4AF0B 1OX4A 3H54A 1W0MA 3S5YA 2QCMA 3GDMA 2E6FA 2VFEA 5G4WA 3PAJA 3NQDA 3R8RA 3G0SA 1ZHAA 4D2JA 3N3MA 3NG3A 2ZA3A 5HMSA 5K9DA 3EXTA 3MYPA 4DPQA 2A6NA 3TK7A 3C52A 3MHGA 3L5AA 5G4EA 3D0CA 5AHFA 1OFOA 4G1KA 3NA8A 1NEYA 2BX7A 1H60A 7TIMA 2O7SA 2C13A 1SW3A 1OYAA 1LRQA 4K7YA 2V5BA 3SECA 5DXYA 4QAIA 4HNVA 3HOJA 3LCLA 3G1SA 4LS0A 2YDAA 2Y7EA 3SW6A 5D2WA 3W1PA 4TR9A 4UNKA 3C2VA 2TYSA 3TW6A 1P5BA 1NF0A 3CIWA 5MHBA 1F05A 4FIQA 1RPXA 3CPRA 4GE8A 4NVTA 5J5RA 3W1AA 1FWTA 4N2YA 1L6WA 2Y70A 4N9CA 3K30A 3NQMA 3O05A 3NR0A 1ME9A 1THFD 4U4MA 4EWND 4MFDA 3FJLA 4BR1A 4R34A 4GUGA 2A1YA 3LOTA 3UZJA 3L0KA 5CGQA 5AFDA 1R2SA 1KM2A 3W76A 1GPWA 2YR1A 4C1LA 2JGYA 2H3BA 3T4CA 2ATSA 5LNUA 1BEUA 3O1NA 3IGXA 2WSYA 3LCIA 4UTHA 1TREA 1DQWA 3PF3A 3A5FA 3M7WA 5EPDA 2ISVA 3C2FA 4PH6A 1JQXA 3LCGA 3W86A 5FESA 1A50A 3UQNA 1VYSX 3QPZA 4WOZA 2ZBTA 3HGJA 3LHVA 1XBXA 4O28A 3QQ1A 3QRHA 3W1XA 1LOQA 3JR2A 8TIMA 3DFOA 1B57A 2GOUA 4RZ5A 1DOSA 1OFBA 4WY0B 2JKEA 3NDOA 4AVFA 3PUEA 1KM0A 2Y7GA 5D2VA 3TROA 4RX0A 5DY3A 1LORA 4IX2A 2BSLA 3VE9A 3TW7A 1J5TA 2ZYFA 1XXXA 5G1YA 3NOEA 3G1HA 4LVDA 2J9YA 1LBMA 2C15A 2I14A 3B05A 3TXVA 4O1DA 4RJEA 4O0ZA 1SSDA 5CPLA 5EKYA 3TKFA 1FCUA 3EX3A 4O54A 3TC6A 3O8AA 4NU7A 3MI6A 4DF2A 1FWWA 3A5VA 2C3ZA 2CW6A 3DFNA 1AMKA 1FWRA 1JCNA 2Y7FA 4DO5A 2A2IA 4I7VA 1W5MA 3PBUA 2Z2UA 2G96A 4BWLC 3W70A 5F1VA 1AW5A 1AG1O 1VLIA 3PBVA 4N6EA 3SI9A 2FLIA 1O95A 3L2IA 1DL3A 2WPBA 5K2ZA 3NPWA 4LVFA 2YFOA 5DCEA 1W37A 3KX6A 1G7VA 1VLWA 4OV4A 4WY0F 3FYOA 4LUJA 2DZVA 4FNRA 2X1TA 1JCMP 3W07A 1KM6A 3EKZA 3DH7A 4KWVA 3UXAA 1WV2A 3PUOA 2B7PA 5E0KA 4LVBA 1LDCA 2TSYA 3LI1A 1YDOA 1UJPA 1VHCA 3N9SA 4K8EA 1V7YA 2DZTA 4GBUA 3G24A 3JRKA 1FY6A 4LT9A 1DV7A 3MYOA 3S1WA 3CT7A 1JCYA 3NPUA 3LM7A 4O1BA 4MJMA 4LV4A 1SW7A 2RHGA 4YCOA 4M7SA 4JTEA 1TJRA 5FI8A 1YTDA 4LRSA 1DORA 2QUUA 1FCQA 3OVQA 2GJLA 3TAKA 3NL5A 3W9ZA 3DHFA 2VOMA 3E96A 3UWYA 2Q3RA 3KRZA 1QWGA 1H1YA 3B0PA 5D2TA 1G4EA 1WBJA 5LNVA 2GQ9A 3QJAA 4R7JA 3WJXA 3HPSA 4XBSA 2QCNA 1PCWA 1XBZA 1S5TA 1DJNA 2P1FA 4AWUA 1ZFJA 3C2RA 3C2OA 4Y90A 1FDZA 1KFKA 1ALDA 4TMBA 5K3VA 5LNWA 4ZQMA 2JGQA 2VFGA 2YFNA 2ZTJA 3OEXA 4ZMGA 1TPC1 3PULA 4ZQOA 3QMTA 4JTSA 3LLFA 4ML9A 1OK6A 2DJLA 2NXGA 2A7NA 3DZ1A 1SQ7A 2E6YA 2FB3A 1VCVA 4PFMA 3M5XA 3KVMA 1RV8A 1GJPA 3EWYA 3P62A 4FEZA 1XC4A 4CQ9A 4S1FA 4A21A 3UXDA 4XBKA 3HJZA 2DZXA 3LBCA 3N73A 4K39A 4UTMA 4MIMA 4UC5A 1YXDA 1JUBA 2A7PA 3LXCA 3W3OA 2A6LA 3QM3A 4XTIA 3DI1A 3N34A 2DZPA 4FNTA 1ONRA 4L4MA 2YZRA 3G18A 2NUWA 1D3HA 1UUMA 2QCDA 1OX6A 3W75A 3NL6A 3IVTA 4A3UA 5G2HA 5FF0A 3O06A 1H51A 3TC7A 3IIVA 5CPMA 5CG7A 2YSWA 1FWSA 2Y85A 4GUFA 4LTSA 5FF7A 1VJIA 4ZQNA 1WBHA 3W88A 3DBPA 4O0KA 2QAPA 4JR5A 3HMJG 4R53A 4YWIA 1L6SA 2AGKA 1SSGA 3H53A 4IWWA 4NXSA 3ZWSA 4NXKA 2HSAA 4WXYA 2JBMA 3M47A 5D03A 1KM4A 6ALDA 1QAPA 2WQPA 3NQ8A 4AH7A 4MPQA 2Q8LA 1IXPA 1VZWA 3ABQA 1S3HA 4OQVA 2ZCGA 1DJQA 4UMCA 3P84A 1T99A 1TTQA 3GIYA 1O5KA 4AXKA 4UR7A 3EX6A 5KZMA 1P0NA 3ZS4A 3N2XA 3WJYA 1XBVA 1ZAHA 1PV8A 4FX8A 1EUNA 4RLIA 1YPFA 3LHTA 4O8RA 3TAOA 3YPIA 3L65A 2NV1A 3KVKA 1RQHA 3MBDA 5AC7A 3DKLA 4JTGA 4TIMA 3SZ8A 4O15A 3EB2A 4DELA 3KVLA 3RNDA 1EWEA 1EEPA 1L6YA 3A21A 1ZCOA 1HFBA 1WDWA 2D73A 3W7DA 1TRIA 1QMLA 5K9CA 1WX0A 1A5CA 1OFEA 3TMLA 4EIVA 3W7IA 2YGYA 5KINA 1JUKA 4QQ3A 3TR2A 2PURA 3DI0A 1KV8A 2DJXA 3VE7A 1G6CA 3B8DA 2Y63A 4M5PA 4CCCA 5LGZA 5F2LA 3M6YA 2YXGA 3W2LA 1SUXA 3P7YA 2ZRUA 3P5YA 5HWJA 3W7JA 4BFAA 1JCJA 3GLCA 1DHPA 1VHNA 5AHMA 4ORIA 2J6XA 3IV3A 1GVFA 3LCFA 1B3OA 3LB0A 1ZJIA 4POCA 2RH9A 4JN6A 4ALDA 1Q3NA 4UTWA 5GVJA 4O11A 2B7OA 3PB0A 5D33A 5K4XA 4JGDA 1PCKA 4Y9AA 5E93A 3S1XA 1TPB1 4O57A 3GXPA 3ZFHA 3PWAA 3TU9A 1KM1A 3C3NA 1PHQA 3W72A 2F7FA 2DZUA 5G5IA 4E2DA 1F2JA 1KFJA 1KTBA 3PG9A 1AL8A 1VC4A 5H91A 3GKAA 3B4UA 2NX9A 1EB3A 3RLUA 1TPVA 4JX4A 1F6KA 1W3NA 5CZJA 3BGJA 4RZ4A 3QF0A 4LS1A 2YPIA 1QPNA 3V75A 5CZ0A 1V5XA 1Q6OA 1KBIA 2NUXA 4K7VA 4K6AA 1GG0A 3ZWTA 3W1NA 4UTTA 1EA0A 2W0UA 1UUOA 4N4PA 4KFNA 5AB3A 3MI2A 1C9DA 2GVLA 1FQ0A 2A85A 5KZDA 3R5EA 1GTEA 1KTCA 3CQ0A 2CWNA 4M6PA 2A4AA 3RLVA 4LC6A 2Q8ZA 1FUYA 3O6DA 5DELA 2AAMA 2OCZA 4QJ1A 1E51A 4WXZA 4P2VA 5AN7A 1H7RA 2WJZA 2X30A 5C55A 2V2CA 3FYPA 4N9DA 4W9TA 4HNTA 1GG1A 1SPQA 3G3MA 4TO8A 4UCGA 5D2XA 1YXYA 1WOAA 1VS1A 3BG5A 4HIBA 4DPPA 1UBSA 1ME7A 1YDVA 2TPSA 3LHZA 4I7UA 2ZRYA 2W6RA 1TIMA 5IM51 1PE1A 2VKZG 2V8ZA 1OYCA 3AJXA 5BNKA 5CSRA 4NQ1A 3LCXA 2JKAA 2YW4A 2ZRZA 4OT7A 2G95A 1GYLA 1IIGA 2E5DA 3S9YA 3UYCA 4O4VA 3W2UA 4MZ1A 5I3HA 1GVSA 4O1AA 4UFLA 1KM5A 4OBTA 1GVQA 4EVZA 6TIMA 1X1OA 3G1YA 1KFCA 1GZGA 4IUOA 5I3KA 4PTNA 2ZTKA 2NV2A 1C29A 1TPFA 2C14A 3NQ6A 1GEQA 1JULA 2NUYA 5K4ZA 3JS3A 4KWWA 3W84A 4FNUA 2WKJA 3MJYA 1X8FA 3INPA 1WA3A 4HNUA 3OBKA 1FXPA 3PBYA 2CFFA 4ADTA 3IIOA 2G5WA 1XFBA 3TFXA 1XKYA 4LRTA 3EWXA 4PC8A 3I7RA 3EKLA 3THQA 1OHLA 2HS6A 5I3GA 1CI1A 1GWJA 1M7OA 2ALDA 3W22A 3KHJA 3G8RA 1N7KA 2FIQA 2E09A 3CTLA 2YX0A 4H4IA 2OMAA 1LOSA 4KFPA 1GTHA 2F84A 3W1TA 1ZAJA 4ZQPA 5EL1A 1XI3A 2FJKA 5HUPA 1JUEA 3GKFA 2Z6IA 4GC4A 1X1ZA 4BI7A 3C0JA 3NAVA 1QDSA 3WFAA 1YADA 3M0ZA 3P67A 3NQFA 4UNLA 4WD0A 4EF8A 3QSRA 5D2YA 2CU0A 3M43A 2C19A 4JIQA 1WQ5A 3LLDA 3GDLA 1JRCA 2WNQA 1N55A 3LHYA 3UWZA 5A8GA 3S5NA 3C8FA 3LTPA 4JTTA 4GUIA 3U6WA 4P61A 2V9DA 5G2IA 1KM3A 3CIXA 1A53A 1TPH1 2R94A 3NL3A 4O16A 1Q6QA 3PBWA 3R2GA 3M41A 2QDHA 5ABTA 3HIJA 1P0KA 2QDGA 4AWSA 3NM3A 5EYWA 3CM4A 5AYYA 1WAUA 2X1RA 3STFA 1K8YA 1HO1A 4MFEA 3I6RA 1OF8A 4K37A 4Q4KA 3L68A 1TTJA 3NO5A 2QUTA 1K02A 3G1DA 3W7NA 5FEZA 4DF1A 3T7VA 1QO5A 4BWLA 3T44A 1U5JA 1Q6LA 2VENA 4HNNA 5LHFA 1RQEA 3DGRA 1W8SA 3R13A 3U2OA 3LHUA 4JTFA 3N14A 2QKFA 3NXFA 1TQXA 4OWGA 2VFFA 1G69A 2H90A 2WV8A 5F1UA 1W3TA 4GXMA 1YTKA 3G22A 3L5MA 5E1QA 5KZEA 2CLIA 5EA9A 1M6JA 4RK8A 4AHPA 3NPXA 3GDTA 2H8XA 4JTLA 1DQXA 5K7JA 4LS2A 2ZZ1A 2XN1A 3LV5A 3NM1A 1G4PA 4YMZA 1ZY9A 3FJ6A 1VR6A 1FCVA 1R47A 3LTSA 4LOCA 4DBEA 5HWMA 1LROA 3ABSA 3C56A 4JYEA 1XL9A 3LCWA 3OHIA 5FEWA 3W7QA 2RDUA 1M5WA 3FEMA 3NYZA 3THAA 4NT0A 1PS9A 3DFPA 5LZLA 4LUIA 4HN4A 4XWUA 1GVRA 3IRDA 1QO2A 3Q2DA 2YYUA 4N6FA 4UMAA 3FIGA 1OX4B 4ZQRA 3NVTA 1I2QA 1YYAA 2EPHA 1H50A 1R2TA 3GR8A 1EX5A 1N8FA 1OK4A 3NZ1A 4MZYA 4X9SA 4WOQA 3IGUA 4MLRA 3W7MA 1EP1A 1B4EA 5KITA 3HGSA 4ZVJA 4MYAA 3P81A 4UIOA 4MYXA 4X3ZA 3PC0A 4JICA 1I45A 1PVNA 4RV8A 2JK2A 4XUGA 5AHLA 1SO3A 2E5CA 3PS7A 4JD4A 4JDBA 1LTDA 5HINA 3TDFA 3BW4A 1XUUA 3L5LA 1VYPX 2XFWA 4O17A 2CLMA 2ZFAA 1FXQA 4XTDA 2FFCA 3W7GA 1MXSA 2QCLA 3KOFA 1ZNNA 2H3DA 3LRKA 5F4SA 3MW7A 3N9RA 1CX9A 4X2RA 2ZZ4A 3ATZA 3LXAA 4ZL1A 1Q45A 3LDVA 1XBYA 3BGGA 3HF3A 4BK9A 3E12A 4LU0A 4BI6A 2ZZ5A 3DAQA 1TRDA 4LW7A 4ZZ9A 1EIXA 4HKPA 5DLCA 3SGUA 1DKWA 3OIXA 2BZNA 3B03A 1C8VA 1YLVA 3W1LA 4IMCA 2YCEA 5EBUA 4UFMA 4UTLA 2BTMA 2IQTA 4UFHA 2FDSA 2XN0A 1MEIA 5HR6A 4B5NA 3SIZA 4N9BA 1J4EA 4E0CA 4FX7A 2V30A 1LYXA 2A0NA 4AHQA 1DVJA 1QOQA 1Z44A 2E68A 3HB9A 4MOZA 4MVAA 3A22A 3HGOA 1BWKA 3M5VA 3GR7A 3BG9A 2BWGA 2ZDRA 4LVGA 4EOUA 1JR1A 1I2RA 1K8XA 3DFTA 2UV8G 1Z42A 1YTEA 4N9EA 1GVOA 3P61A 4JDYA 3MP5A 3W1QA 1KLZA 3EX4A 1LOLA 5AHIA 2Q3OA 4LVAA 1ZALA 3SSJA 3KVJA 3SJ3A 1Q6RA 2H8ZA 3E02A 2HS8A 2ZRVA 3TSMA 4O18A 1Z41A 4PODA 2V2HA 3W23A 1ICSA 3BW3A 3USBA 3O07A 3U8GA 3G0XA 3RFAA 3N2MA 3R12A 4IJBA 3DFSA 1SO4A 2E5BA 3KXQA 5HWNA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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