3R0WA

Crystal structures of multidrug-resistant hiv-1 protease in complex with mechanism-based aspartyl protease inhibitors.
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPIVTIKIGGQLKEALLNTGADDTVLEEVNLPGRWKPKLIGGIGGFVKVRQYDQVPIEICGHKVIGTVLVGPTPTNVIGRNLMTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Multidrug-resistant clinical isolate 769 HIV-1 Protease
publication title Crystal structures of multidrug-resistant HIV-1 protease in complex with two potent anti-malarial compounds.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-03-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3r0wA00
1K2BA 3OTYA 5P5JA 5P7FA 3DV5A 2FMBA 2QNPA 3O9AA 4PPHA 5P85A 1CPIA 2G94A 5ER2E 5P27A 4OBGA 1TSQA 1W5VA 2WEAA 3VLBA 5HD0A 1GNNA 5P13A 1LS5A 4GJCA 5P3XA 4DFGA 1HVKA 3F9QA 3QRVA 5P0GA 3SFCA 5OZ5A 3DOXA 3TPJA 5HCTA 4Y47A 5OZZA 3ZPTA 3GI6A 2FXDA 5OZCA 4J5JA 1ZPAA 5JFUA 1HSGA 2ZJKA 3UDQA 4R93A 3O9EA 3K5FA 5OZQA 3QP0A 5B18A 4Y3WA 4RLDA 5KQYA 3O9HA 5HCOA 3INEA 1DMPA 1AVFA 4Y5LA 2BJUA 5P0YA 2BKTA 3O9DA 5P1XA 3JVYA 3HVPA 2V0ZC 3UCBA 5P3RA 3PLLA 1HOSA 2NTRA 5P6EA 3VF3A 5P2AA 4I0GA 3LZUA 5HDVA 5P0MA 5P37A 5P8PA 2UPJA 5P54A 2ER0E 5OZYA 2NR6A 5P3KA 3WB4A 1UH7A 5P68A 5KOQA 1W5YA 5P1SA 1B6LA 3WSJA 3PGIA 4NKKA 1NSOA 5P1FA 3NU3A 5P6JA 5P2OA 4Y39A 2JYSA 4CPTA 4J0YA 4ZEAA 2AZCA 5P74A 4RYGA 5P6WA 3NDTA 1FKNA 4HDPA 3ZL7A 5F00A 5P3FA 4Y37A 1BDLA 5P07A 3IVIA 1T7KA 3PMYA 5ISKA 4QJ2A 1QS8A 5P3QA 3S2OA 3H0BA 2I4VA 1D4YA 5P4MA 4TVGA 4Y3YA 5P5TA 5P77A 2NNKA 2NPHA 1HWRA 5PEPA 3MSLA 1IVQA 3OADA 4OBZA 1UH9A 3CKPA 5P0CA 5P7YA 2HAHA 5P02A 4DQEA 2VNNA 3DCRA 5OYVA 1DP5A 5P4NA 4RRSA 3PLDA 5P3NA 2G1NA 3OXCA 5P5WA 1W51A 5P5GA 2IGYA 2FDEA 2QZXA 4FAEA 4X2LA 3LPIA 1HIIA 6FIVA 1QDMA 1VIJA 2IENA 4A6BA 5P7AA 1AAQA 5OYUA 4HE9A 3O9LB 2OHPA 5P0RA 2WF4A 5P7RA 2WJOA 4JP9A 5P1AA 5DGWA 3IN4A 5I3YA 1LF3A 2NXDA 2VKMA 2G27A 3SABA 4EPJA 2RKFA 5P3YA 5P7XA 4EQJA 3NU5A 1CMSA 1WBKA 4Y5AA 4Y5BA 5P0HA 5P87A 4TRWA 4DQFA 4PYVA 1FGCC 2WF3A 3IXKA 5EZXA 5HE4A 5P62A 5IS4A 4DI2A 3RTHA 4DVFA 4Y3PA 5P1LA 3EL1A 4Q5MA 3URLA 2HS2A 5ER1E 2ZJJA 5P16A 3CMSA 5HTZA 2ER7E 4ZSMA 3PWMA 5P3WA 5OZBA 3O9BA 3L58A 3UDHA 2SAMA 4B05A 2FNSA 2AQUA 1BAIA 3Q3TA 5P41A 1MSMA 5I3WA 5P4YA 5OZUA 3ZKSA 2WEDA 5P3OA 5OZ3A 5P2HA 5P11A 4B72A 1ENTE 2J9JA 2A4FA 5P8FA 2OHUA 2BPWA 4XX3A 5P2KA 3KF0A 5P23A 5HDZA 3WZ8A 1MRWA 1FMUA 5AH6A 3G70A 3VSXA 2ZHTA 4FRIA 1FFFC 1W6IA 5DQ2A 3VG1A 1HSIA 2OHKA 3OGPA 4Y9WA 5P2TA 5P36A 1FQ7A 5P49A 5P80A 4Y3LA 4BELA 4Y3SA 3QRMA 5P7ZA 4FAFA 5COOA 3S45A 3PWWA 1EPRE 4PHVA 3TPPA 3G6ZA 1EPME 4AMTA 5E5KA 1QBTA 2V13A 5P7EA 5P0KA 4Y3RA 5P46A 5P6BA 2FDPA 3BRAA 5P4ZA 2QI0A 5P18A 5P6ZA 3B80A 3BHEA 4CMSA 3CKTA 4DH6A 1U8GA 5KR2A 2QZKA 4J1EA 5P7CA 4D8CA 4HLAA 2QHCA 3MSJA 5HVPA 4NPUA 2B8LA 3ZPUA 5OZ7A 4EJDA 4OC6A 5P2FA 3PSUA 4NJTA 3D1YA 1YTHA 3FSMA 5P4WA 4COEA 5P2NA 5P29A 4Y3HA 2V12C 3OHHA 4LC7A 4YCKA 1SGZA 3UDJA 5P81A 5P8GA 4Y4BA 4Y51A 4EP3A 5P86A 1G35A 1BVEA 4D83A 3I25A 3KDCA 2AVMA 4BFBA 1W5XA 5P84A 3OQDA 3LZSA 4Y56A 2R5PA 2QK5A 2O4SA 5P25A 5P30A 5P4TA 1MRXA 1EBKC 2AOEA 4JOOA 2Q55A 4Z4XA 1E82E 3TTPA 5P0LA 2QI1A 5ENKA 3EM4A 5EZZA 1W6HA 3T6IA 4J0TA 3VUCA 4DJWA 4ER2E 3PVKA 5P4OA 4NJSA 2NMYA 3VSWA 3LIQA 5P4FA 3SM1A 1XDHA 4FL8A 4ER1E 2AZ8A 4BFDA 3OXVA 2ZJIA 2VIZA 3QROA 1HPOA 4KUPA 5OZFA 1TZSA 3PB5A 5P60A 5P7VA 2B7ZA 3EC0A 1GVTA 5P88A 5OYWA 3K5GA 2PQZA 4I0DA 5P1IA 4RCDA 3KFNA 3QPJA 5P4EA 1BWAA 2AOJA 5OZAA 5P7IA 3BXRA 1GVXA 3QVIA 2QZWA 5KQZA 3O9IA 5SY2A 1ZTZA 3CIBA 1YTIA 3OU4A 4Y3QA 5OZ0A 1F34A 1SDUA 1YG9A 5P1PA 1MSNA 1LV1A 1MUIA 3OU3A 2JXRA 2OAHA 2FNTA 2XFJA 4QJ7A 4F73A 2QU3A 4CPRA 5AHBA 4GJ8A 4ZE6A 1XN2A 3HZCA 1RV7A 5P6GA 1SMRA 1GNOA 1A8KA 1EBWA 4FIVA 3EL5A 4GJBA 1RPIA 3OADB 3APRE 4F75A 3DV1A 5P7HA 3OUAA 1ZBGA 4J17A 5P7UA 4GJ6A 5P2SA 2HB3A 4L6BA 3OHFA 3IAWA 5P58A 4Y53A 5I3VA 3FNTA 5P71A 2BPXA 1LEEA 2FXEA 4R95A 4Y5NA 5P2YA 4CP7A 3AIDA 5DR7A 2PWRA 2HB2A 2NNPA 2JE4A 1HIHA 1FQ4A 2QAKA 5P0XA 4CPSA 3N4LA 4WY6A 1LYWA 2CENA 2PK6A 3O99A 3OK9A 2WKZA 4AA9A 2B7FA 3EKQA 4MC9A 4ACXA 3ZKGA 3DJKA 1MT9A 4QJAA 2VA6A 4H3GA 5SXNA 1SDVA 2Q5KA 5P5LA 4RVJA 5P4QA 5P06A 4YOAA 2P4JA 4Y3EA 2UY0A 4DUSA 1EC3A 5P6RA 1YM2A 3PRSA 4FRSA 5P8EA 5OZHA 5P3SA 4B1CA 4J0VA 3LIYA 3OAGA 3Q70A 2PMAA 3TL9A 4DQGA 3EL4A 2ZDZA 5P3JA 5P4HA 1HVJA 5P8KA 5P5SA 3AUPA 3DK1A 2QD8A 2B60A 3NWXA 5P1WA 2P3DA 2AOFA 2G22A 4DQBA 1TSUA 4Y4GA 5P0NA 2MIPA 3KFPA 2O4KA 5P39A 2QNNA 3NXNA 8HVPA 4B70A 1EPPE 1N49A 3M9FA 3QN8A 5P5QA 2VJ9A 3HAWA 3HAUA 1LZQA 3LNKA 5P6CA 3RTNA 3EL9A 3UHLA 4Y3MA 1FG8C 2QZLA 4J1IA 5APRE 4QJ8A 2PYMA 3G72A 5P48A 3L38A 3UFNA 4YOBA 5P76A 3FNUA 3ZOVA 2PYNA 1EC1A 1ME6A 2WEZA 2ZHUA 4R8YA 5P1YA 5P6HA 5COKA 3VFBA 4DPIA 4YD4A 3QRSA 5P5PA 2BBBA 3SA7A 5OZGA 2G24A 5P5NA 4AZYA 2FGVA 1Z1RA 1BXQA 1ODXA 4IVTA 2F3EA 2PH8A 2R43A 4R5NA 2JJIA 5P4LA 3K1WA 1T7IA 1FQXA 5OZIA 4LL3A 5P6AA 1OEXA 3TLHA 3EKWA 5P44A 1SGUA 1ZLFA 2VIYA 3S8IA 3URJA 5P72A 1K2CA 4J55A 4YD5A 4HZTA 4A4QA 1APVE 4LP9A 4XKXA 5P4IA 2Q15A 2O4NA 1FMBA 2IQGA 4Y4DA 5P65A 2IDWA 3R0YA 5P5DA 3KFRA 3MXEA 4OC6B 4NPTA 3VLAA 3UFLA 4U7VA 4IVSA 3SAAA 1DIFA 1IZHA 1KJHA 4Y3XA 3PSGA 5P4VA 1B6JA 4GJAA 5OZ1A 1GVUA 1M4HA 3GGXA 2PSUA 1A30A 4Y3NA 2NMZA 3U6AA 5P6PA 3CKRA 3PI5A 1C6XA 2QCIA 5P5KA 4Y58A 4YE3A 3CYXA 4RCEA 4Y5GA 3VV7A 1KJFA 4OBHA 4A6CA 3R4BA 5DR3A 5OZLA 1ZP8A 4FCOA 3OUDB 1T7JA 3INHA 3N3IA 1WBMA 3NU6A 2WF0A 1APWE 5OZEA 4WY1A 1SIPA 5P4BA 4Y3FA 5P8HA 5P8LA 5P5BA 5P1KA 3VF5A 3U71A 5P57A 5P20A 3LIXA 1SP5A 5P28A 4OBJA 3OGQA 1HVIA 3PHVA 4LXAA 1C6ZA 4HA5A 3BVBA 5OZTA 4GJDA 4EXHA 1D4KA 2ZHSA 3KYRA 1YTGA 3BGBA 5KAOA 5BS4A 4RGHA 1HVSA 4KE1A 1AXAA 3OU4B 2HPEA 3L5DA 5OZSA 2HPFA 5P7PA 3KDDA 1BV9A 4FLGA 3NXEA 3VV8A 5P4UA 2Q54A 5P2VA 5P6UA 4Y35A 4GJ9A 5P6OA 4QJ9A 5HE5A 4K4QA 5DQ4A 3UF3A 1VIKA 3RVIA 1TCWA 2AVOA 4JPEA 3LPKA 4U8WA 1QBUA 5P7NA 1JLDA 5P3HA 4I1CA 1EPQE 3CIDA 3K5DA 2Q3KA 5P7OA 3NUJA 1FQ6A 2OHRA 3B7VA 2G21A 3QI1A 3OUCA 5OYZA 1NPWA 2FGUA 4TVHA 5P7BA 2VIEA 5P33A 4GB2A 3EBZA 3EKTA 4M8XA 5P1QA 4FM6A 3OQAA 4CPWA 5JODA 4I0FA 2ZHRA 2QP8A 4QLHA 1LYWB 1QBSA 1B5FA 3MWSA 4F76A 2AOIA 5P2WA 4D88A 4ZPGA 5P5XA 3DM6A 4X7IA 4YBFA 1TW7A 3T11A 3NDWA 3PI0A 3EKVA 3VFAA 3ZKQA 5P35A 4Y54A 2CEJA 4HDFA 1EC0A 3OAGB 5AGZA 3S85A 5P78A 4L7HA 3GI0A 5P1JA 5P53A 2WHHA 9HVPA 4APEA 4Y3TA 3SA6A 5IE1A 3JW2A 5OZDA 1G2KA 2G1RA 1XE5A 5P1EA 4F74A 1HSHA 2AZ9A 3QS1A 4YD3A 2I4QA 5P4JA 3PBDA 5P3GA 4AA8A 2XFKA 5P5RA 5T4SA 2HB4A 2I4DA 1K6TA 1E81E 4MC2A 5P0FA 4J1FA 2PH6A 4LXMA 3ZMGA 1B6PA 5P14A 4YHQA 5DGUA 1CZIE 2AOGA 4EP2A 5C9FA 5P34A 1HXWA 3WZ7A 2G1YA 1DW6C 5DR0A 3SKGA 5P69A 1MERA 5ISJA 5AH7A 4E43A 4J0ZA 5P4PA 5P8OA 2VA5A 4WTUA 2G1SA 3VYEA 3UPJA 1RQ9A 1HVRA 5P7SA 1TCXA 4Y4EA 5P5CA 1PFZA 5P8JA 4MC1A 1GVWA 4K8SA 4DQHA 1IDBA 4B1EA 4Y4ZA 1FLHA 3TPLA 5UPJA 4GIDA 4J1HA 5OZRA 3Q4BA 5OYRA 1UH8A 1Z1HA 3TNEA 5OYSA 5P59A 2IGXA 2R3TA 4K9HA 1EEDP 4EJ8A 1ZSRA 5P0ZA 3CICA 3T7PA 4OD9B 4KB9A 4DPFA 5P0TA 2Q63A 1K1TA 4DV9A 3QVCA 3FV3A 3OUDA 4DJYA 4D89A 2RKGA 2QI6A 3GI4A 2G69A 5OZVA 3FKTA 3SACA 3ZKIA 5I3XA 5HU0A 2VA7A 4I0HA 4I0JA 5AHCA 1F7AA 1YT9A 3BXSA 3LZVA 1HTGA 1HPSA 5KOSA 4H3JA 5P6IA 3HLOA 4FGXA 3O9FA 4OBKA 3TOGA 1DAZC 5P2EA 3JVWA 5F01A 5P8AA 2F81A 5P05A 5HE7A 5P1NA 3SA8A 3C9XA 3FNSA 1FB7A 2Z54A 5P79A 3UQPA 1K6VA 5P3PA 1AIDA 1MEUA 3IVHA 3PWRA 5P0SA 3K5CA 1ODYA 4H3IA 5P3UA 1SIVA 2H6SA 2WECA 1EPNE 4BEKA 3L59A 4DJPA 4J1CA 5P0IA 1AM5A 5OZJA 5P73A 3PM4A 1LYAA 2ZGAA 5P10A 5P2DA 2I1AA 1BIMA 4I0ZA 5P0QA 3TOFA 1ZPKA 2RMPA 2V00A 4Y48A 5TOLA 5P0DA 4I10A 3LHGA 4Z2ZA 2XFIA 1W50A 5DR4A 4ZSPA 1NH0A 5OZ8A 2OHMA 2IKUA 6UPJA 5DR1A 5P4XA 1B11A 2BKSA 5P8BA 5P2CA 3KDBA 5IVRA 1J71A 2OHTA 5P09A 5P2LA 5OZNA 5P24A 5P1CA 5P2BA 2WL0A 1HPXA 4XX4A 3OWNA 1DPJA 2NXLA 1OD1A 2ZJLA 1B6MA 3KM4A 4I0IA 4J1KA 3SA4A 2XYEA 3ZKNA 2HM1A 5P5OA 5P82A 1LYBA 1EBYA 2RENA 5P26A 5P7MA 5P8RA 1SBGA 3PCWA 5P31A 1QBRA 5P4CA 4JPCA 4Q1WA 2Q11A 4QJ6A 4D85A 4EWOA 3RU1A 4QGIA 1PSAA 2BPZA 3UQRA 5P6XA 2P3BB 4Y4TA 3NLSA 3TH9A 5P8VA 4Y6MA 3UDRA 3H5BA 5OZ4A 3I8WA 1APTE 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1K2B A;  3OTY A;  5P5J A;  5P7F A;  3DV5 A;  2FMB A;  2QNP A;  3O9A A;  4PPH A;  5P85 A;  1CPI A;  2G94 A;  5ER2 E;  5P27 A;  4OBG A;  1TSQ A;  1W5V A;  2WEA A;  3VLB A;  5HD0 A;  1GNN A;  5P13 A;  1LS5 A;  4GJC A;  5P3X A;  4DFG A;  1HVK A;  3F9Q A;  3QRV A;  5P0G A;  3SFC A;  5OZ5 A;  3DOX A;  3TPJ A;  5HCT A;  4Y47 A;  5OZZ A;  3ZPT A;  3GI6 A;  2FXD A;  5OZC A;  4J5J A;  1ZPA A;  5JFU A;  1HSG A;  2ZJK A;  3UDQ A;  4R93 A;  3O9E A;  3K5F A;  5OZQ A;  3QP0 A;  5B18 A;  4Y3W A;  4RLD A;  5KQY A;  3O9H A;  5HCO A;  3INE A;  1DMP A;  1AVF A;  4Y5L A;  2BJU A;  5P0Y A;  2BKT A;  3O9D A;  5P1X A;  3JVY A;  3HVP A;  2V0Z C;  3UCB A;  5P3R A;  3PLL A;  1HOS A;  2NTR A;  5P6E A;  3VF3 A;  5P2A A;  4I0G A;  3LZU A;  5HDV A;  5P0M A;  5P37 A;  5P8P A;  2UPJ A;  5P54 A;  2ER0 E;  5OZY A;  2NR6 A;  5P3K A;  3WB4 A;  1UH7 A;  5P68 A;  5KOQ A;  1W5Y A;  5P1S A;  1B6L A;  3WSJ A;  3PGI A;  4NKK A;  1NSO A;  5P1F A;  3NU3 A;  5P6J A;  5P2O A;  4Y39 A;  2JYS A;  4CPT A;  4J0Y A;  4ZEA A;  2AZC A;  5P74 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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