3R0YA

Crystal structures of multidrug-resistant hiv-1 protease in complex with mechanism-based aspartyl protease inhibitors
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPIVTIKIGGQLKEALLNTGADDTVLEEVNLPGRWKPKLIGGIGGFVKVRQYDQVPIEICGHKVIGTVLVGPTPTNVIGRNLMTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Multidrug-resistant clinical isolate 769 HIV-1 Protease
publication title Crystal structures of multidrug-resistant HIV-1 protease in complex with two potent anti-malarial compounds.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-03-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3r0yA00
4COEA 2WF3A 1XL2A 3LZUA 1RV7A 1AJVA 4B78A 5P1AA 4ZPEA 3O9IA 5P75A 3VF5A 3EMYA 3VV8A 1WBMA 4KE1A 1AAQA 4Y43A 5P24A 2ZGAA 3QRMA 4XX4A 2FGUA 2AOGA 2F3FA 5P72A 2XYFA 1HIIA 4L7HA 4LL3A 3S45A 4L1AA 5P8EA 5P48A 5F01A 5P6TA 1QRPE 3L58A 4Y4ZA 1Q9PA 5P79A 4TVGA 2FXEA 3RSVA 5P3TA 5OZYA 3BHEA 3QROA 1C70A 2R43A 5HD0A 4OBHA 3GGVA 4Y3HA 5P84A 5P3UA 3UQXA 4R8YA 3R2FA 3BVBA 5HDXA 2UY0A 4XXSA 2R38A 1YTGA 4I1CA 2IL2A 3NU6A 2QNNA 2XFJA 4LXAA 5P89A 1ZBGA 3LZYA 5OZQA 5P0UA 3OU4B 1WKRA 1YTJA 3QVIA 4I0GA 3VYDA 5P1OA 4DQGA 1D4KA 2NR6A 3LIQA 1QDMA 4MC1A 5E5JA 3D20A 2PMAA 5P53A 3PJ6A 3PCZA 2ZHRA 4KE0A 3EKXA 5AGZA 4B70A 2G22A 2JXRA 3VSWA 4Y56A 4F76A 1BWBA 1W6IA 4Y3NA 4ZIPA 3SA3A 1BDRA 5OZSA 3K5GA 3BRAA 3IVHA 1HWRA 4RCEA 5P0NA 3UDRA 3JVWA 5P37A 5P3IA 1FFIC 3HDKA 3U6AA 5P8OA 3UPJA 3PGIA 5P8VA 2UPJA 5P42A 2PSVA 4I0EA 2HB2A 5P8TA 4Y3LA 4BELA 1QBUA 3APRE 1OEXA 3LPIA 1LYAB 4JPCA 2F3EA 2V0ZC 1FB7A 5P0MA 3S56A 1J71A 1D4SA 4YE3A 3VSXA 1A94A 3AUPA 2HS2A 4RCFA 4J54A 2ZHUA 2I1AA 5IE1A 4PYVA 1EPLE 5P25A 5OZ0A 1FQXA 1SH9A 2AOJA 3TPLA 5P87A 4I0JA 4RVXA 3T6IA 3VV6A 2AIDA 5P65A 4Y3GA 4ZLSA 5HDVA 2IRZA 4CPWA 5JFPA 1Z8CA 3S54A 3D1XA 4X7IA 5C9DA 1TSUA 5KOQA 4CKUA 4Y3AA 3HW1A 1K6TA 5P5KA 2NNPA 1OEWA 1IIQA 3IAWA 5P4MA 5P6GA 1D4JA 2AOCA 5P8RA 4KUPA 5SXNA 2ZJIA 1ZLFA 5P15A 5P3QA 4D89A 3UDQA 2R3TA 3EM3A 5P6EA 4J5JA 2NMYA 2A1EA 5P0TA 4Y4JA 2VA7A 4Y9WA 2G1YA 6UPJA 1EBYA 1BXQA 3PB5A 3OGQA 2OHNA 4Y3SA 1ER8E 4Y4DA 2WJOA 4I8ZA 2VIJA 3RSXA 5P7XA 5ISJA 3ZPUA 2AOEA 2QZWA 5P1PA 4J55A 3URJA 3NDWA 4Y5CA 2BBBA 3KYRA 5P1JA 4GJ7A 2FXDA 2AZBA 3TPRA 5P0KA 3EKQA 5OZBA 3G72A 1MPPA 5OZJA 2AVMA 2WEZA 5OZCA 5P6VA 1G35A 1TSQA 5P6BA 5DR8A 5P3MA 3O9DA 5OZEA 5P17A 4H3IA 3KA2A 1C6XA 5P35A 4OBGA 4Y50A 2Z4OA 1UH7A 1IVQA 2HPFA 3BUFA 1MEUA 4I0FA 3PLDA 3BXRA 3H5BA 5HVPA 1HSIA 2HC0A 1BDQA 3SA9A 4FM6A 4Y4WA 4R93A 5COPA 3GI6A 2WECA 2QI1A 3K5DA 2QD7A 1ODWA 5P1CA 4B72A 5P1VA 4Y3WA 5DQ5A 3IA9A 5ER2E 6FIVA 5P4ZA 5P3KA 1IZIA 3TTPA 5SY2A 4DJOA 2Q54A 5P69A 5COOA 1EEDP 4FS4A 1ZSFA 1APVE 4Y38A 2AQUA 1BDLA 4Y4AA 5P3HA 4APRE 4EXHA 1B5FB 5P3OA 5EZXA 1PPLE 4LXKA 2AVQA 4YD7A 5P83A 2Z54A 5P3DA 1YM4A 1BAIA 3HVGA 2FMBA 1META 2I4VA 3OAGB 2QMGA 3VEUA 4OD9A 1AXAA 2BB9A 5P31A 4OBZB 3WB4A 2ZJHA 3S43B 4Z50A 3AIDA 2G1NA 4HDPA 5OZNA 5P3JA 5P67A 4CMSA 2G20A 3LIXA 1NPAA 3BUGA 5P88A 5AHCA 4I10A 1T3RA 2Q11A 5OZZA 3KFNA 3IN4A 2NMZA 1AM5A 4E43A 5P2JA 3L5CA 2P3CA 3K4VC 2RKGA 5P7OA 1XS7D 2PYNA 2QZLA 3OWNA 2QU2A 4DVFA 5P3AA 2WL0A 2O4LA 4Y3ZA 1YX9A 5P0YA 5P71A 1FF0C 3EKVA 5P4YA 1PSAA 3ZL7A 2O4PA 5HCOA 5P0CA 1HXBA 1ZPKA 5P2AA 4DQCA 3QIHA 5OZRA 2G1OA 3O9LA 4Q5MA 3VUCA 3T11A 1MIQA 1B11A 1A30A 5P32A 4LBTA 3PBZA 2AVOA 1FQ5A 4OBDA 4QJ8A 2I4UA 1G6LA 5P6RA 1HVSA 1NSOA 5P36A 1KJGA 1NPVA 4NJSA 1YM2A 5P0GA 3QBFA 4A4QA 4Y39A 3UDJA 5P10A 2VS2A 2QI4A 1XE6A 2Q64A 1T6EX 4AUCA 3I6OA 4BEKA 5P58A 4PEPA 3K1WA 5P2OA 2Q63A 3DK1A 1B6KA 3GGXA 4WY6A 3OXVA 3UFLA 2NXLA 5P5FA 5P8BA 1EPPE 4K9HA 4LHHA 4JECA 1EPRE 3MSKA 3TNEA 5BWYA 5OYYA 3DCRA 3LPJA 5P5VA 3KFPA 3UHLA 5P1UA 5P8NA 4LC7A 1BVEA 5P51A 5I3YA 3PCWA 3HVPA 1SMRA 5P1QA 4YOBA 4DJWA 4ER4E 3NU5A 3FNSA 5IVRA 5P2HA 4EXGA 2JJIA 1DP5A 5P4GA 5P5OA 4OBJA 3UQRA 4R91A 4I0DA 1SP5A 5DGUA 5OZ7A 5P0IA 3K4VA 5P3ZA 5P82A 4FAEA 5P4RA 1BV9A 4Y5GA 2IEOA 4Y4GA 1IDAA 5P74A 4RLDA 2VNMA 3MXDA 4CPQA 2PK6A 4Q1XA 5P7GA 5P7HA 2ZJNA 3VLBA 4APEA 2PYMA 1MT8A 5HE7A 1T6GA 3UFNA 3IVIA 5P7ZA 4GJDA 5KR8A 2H6TA 5P4EA 1LF2A 2V00A 1KJ7A 3VYFA 5P1WA 3NWQA 5P1IA 5P47A 4DQFA 1RPIA 1IZHA 5OYZA 3NU4A 4GJ6A 2PC0A 2MIPA 5P8UA 3CKPA 5DGWA 2BPZA 2FDDA 4GZFA 1LYBA 1MTBA 4GJAA 5FIVA 4EJ8A 4HDFA 3SKFA 5P7LA 1IBQA 2QAKA 5OZXA 1PSOE 4Y54A 1RL8A 2J9JB 4M8YA 5CONA 2I4WA 1PSNA 2VA6A 4GMIA 4HDBA 1MT7A 5P2FA 2PWCA 4YD5A 5OZKA 5P6QA 5P61A 4RROA 4Y3QA 1LYWB 2OF0A 4EJDA 3KMYA 4H3FA 5EZZA 3PI5A 3S7LA 5P4FA 4FAFA 5P7QA 3OXXA 1A9MA 5P23A 1PFZA 1U8GA 5P0LA 5TOLA 4ZSRA 3OHHA 3APPA 3UTLA 1AVFA 1HRNA 4DJYA 4FSEA 1TQFA 3LIZA 4JPEA 4PZXA 4H3JA 2ZHTA 4Y48A 4MC6A 4NJVA 1EPNE 5P8IA 3OOZA 5P7PA 5P4WA 5P0JA 4I8WA 5P0FA 4QJAA 3F9QA 3Q3TA 3OU4A 2QNPA 5DR7A 5IS4A 3KDCA 4Y37A 3S7MA 2NXDA 3TOFA 5BRYA 4Y35A 5KQZA 5OZ9A 4MC2A 2HPEA 5P5NA 1YG9A 5P3BA 3O9FA 5P8AA 4Y58A 4GYEA 1EC0A 4LXMA 3RTMA 3PI0A 1BWAA 4Y5BA 2XYEA 3NR6A 3PWWA 3RTHA 1GVWA 3ER3E 5P03A 1N49A 5OYVA 3PEPA 4Y45A 2APRA 5P5ZA 4FRJA 2AZ8A 4DJRA 5P3PA 1ODXA 1YTHA 4FRSA 2CENA 4Y5KA 5P59A 5OZLA 3NDXA 3NU9A 2OHUA 3KDDA 1T7KA 2QHZA 1FG8C 3R4BA 1W5YA 2JJJA 5P4IA 5P4NA 5P4QA 2P83A 2FDEA 2QZKA 2O4SA 5IVQA 1FMXA 3EKTA 3KFSA 2FNTA 5P2DA 3S2OA 3NLSA 4ZPFA 1APWE 5P5AA 2B60A 2I0DA 5P54A 4OC6A 4CPSA 5DQ4A 3U71A 4Y57A 1HVKA 3IXOA 4DPFA 3S85A 4CP7A 3ZOVA 5F00A 1EBZA 2AOHA 1GVXA 3OU1A 5OZ4A 3IXJA 5SZ9A 1LZQA 3OADA 3NSHA 4EQ0A 4D83A 5P7RA 4I0IA 5P3GA 3CICA 1PPME 4Y3PA 2VIYA 3I2LA 1MRXA 1FMUA 4L6BA 3D3TA 5P1LA 3N3IA 5P4CA 1B6MA 2BPVA 1FEJC 1HEGE 4Y3MA 5P80A 2V10C 3EXOA 2QI3A 3M9FA 5P8GA 1K6VA 2F3KA 3BXSA 1MTRA 3ER5E 4ZE6A 3OHFA 5P46A 5P5QA 4B00A 3EM6A 5P70A 3U7SA 4I0HA 3EM4A 1CZIE 1HEFE 3FIVA 5P12A 1D4LA 5P4PA 3ECGA 4EP2A 2RMPA 2CEJA 5P1RA 4DUSA 3TOGA 5P86A 5OZ3A 5JG1A 4LP9A 2ER9E 5P1TA 5J25A 1AJXA 4JOOA 5P4TA 5C9FA 2IQGA 2NNKA 3HBOA 1W6HA 5IVSA 4CPRA 4GB2A 5P0RA 5KR2A 4DI2A 5P5XA 3I7EA 3MXEA 2QCIA 2P3AA 1W5XA 6APRE 5P16A 3TOHA 3I25A 2F80A 5OYTA 5P5HA 4I0ZA 2BKSA 5KOSA 3G6ZA 2QK5A 1PPKE 4Q1WA 1GVVA 5P1XA 3SM2A 4J1EA 3B80A 1Z1RA 2VJ6A 1IZEA 4RGHA 2B8LA 1IDBA 3BUHA 1ODYA 1KZKA 5P43A 2IDWA 3NUOA 1BIMA 5OZ8A 3LPKA 2IGYA 4J1KA 1MUIA 2ZJKA 3FV3A 4RYGA 1E82E 5P3XA 1SGUA 4XKXA 4ACXA 1HPVA 3TPJA 5T4SA 3SFCA 4FL8A 4UPJA 2QHYA 2ER0E 1HIHA 2I4DA 2FGVA 5P66A 2ER6E 1M4HA 5P8LA 2IENA 1B5FA 3KN0A 3WSJA 5P5WA 5P22A 2P3BA 1D4HA 4TRZA 1EC1A 5OZPA 1OD1A 2XFKA 1K6CA 4D8CA 5P1FA 5IVTA 3ZPSA 2PQZA 5P2RA 4LAPA 1K6PA 5P41A 4OBZA 3VLAA 1A8KA 4F74A 5P2ZA 5P4OA 4RZ1A 1XDHA 3OUCA 3BVAA 1FMBA 1HSHA 2G21A 3PWMA 4QJ2A 1HTRB 5P73A 2ZYEA 5P02A 3S8IA 3OQKA 4DJUA 1MESA 2B8VA 7HVPA 4GJBA 5P6JA 1SBGA 1DMPA 2G1SA 5P2BA 3PSYA 4S1GA 5P6MA 4B1EA 4Y53A 1HSGA 5AH7A 5P7AA 2HS1A 4K4RA 5P6NA 3BGBA 2B42A 4FM7A 5P5JA 3ST5A 4J1HA 5JODA 3JW2A 3UDPA 1M0BA 3WB5A 5OZ1A 1G2KA 5P3VA 1MT9A 2BJUA 5P4KA 3LNKA 5CLMA 3UDHA 4L7GA 3UDMA 5P0OA 3Q70A 4TVHA 1HVHA 2BPWA 2WEAA 4Y36A 5KAOA 5P13A 3SA6A 1E80E 5P6WA 1NPWA 3QAAA 3EL5A 4H1EA 3OK9A 3EL1A 1FFFC 3IGBA 4I11A 5P4DA 1HVRA 5P0DA 3SPKA 2G27A 5P8QA 4Y5AA 5P57A 3L38A 4ZEAA 5OYQA 1EPQE 5P6LA 3HAWA 5OZWA 5DPZA 5OZHA 3KM4A 3HLOA 4DQEA 5P18A 2QI0A 5P5GA 5P56A 1APTE 4H3GA 4K4QA 3D91A 4Y51A 4J0ZA 1JLDA 5P6IA 5ISKA 1EC2A 3I8WA 4ZPGA 3ZKSA 1ZPAA 2NTRA 3GGUA 3O9LB 3JVYA 5P5BA 2PWRA 4NKKA 5P3YA 1D4YA 5ER1E 4GIDA 5P60A 5P5IA 2WEDA 3H0BA 4WY1A 2AVVA 4RYCA 5AHAA 5P3EA 5P2YA 1ZTZA 5P20A 5P4SA 4J1IA 5OYSA 5P5LA 5BS4A 1HPOA 4EJKA 3FNTA 1YTIA 4PHVA 5P8SA 4NJUA 2OHRA 1B6PA 1QBSA 2QHCA 3O99A 3FX5A 2UXZA 3CIBA 2BQVA 3GW5A 3QN8A 5P6HA 4ZSQA 4FLGA 5P5RA 4R5NA 5P8MA 4YOAA 3RU1A 3QPJA 5P2UA 1KJHA 5P4XA 3GI0A 3OUAA 2R5QA 4GJ9A 4DFGA 2VKMA 4Y3RA 5P4HA 1FQ7A 5P40A 3DV1A 5P2CA 4AA8A 5P0AA 3LZVA 5KQFA 5P3SA 3GI4A 1CPIA 3SO9A 3PSUA 1APUE 5I70A 4CPTA 5P11A 2XFIA 2ASIA 4RCDA 4DQBA 3LINA 3PM4A 5P76A 5P6OA 2NXMA 1ENTE 5P5SA 3O9CA 5P0WA 2Q5KA 4AMTA 2WEBA 5P1DA 1RNEA 4ZSPA 1K1UA 4HZTA 3ZKMA 2J9JA 4YD3A 2OHMA 1QS8A 5P2VA 5P3LA 2HB3A 3TPPA 1HXWA 3Q5HA 4DJPA 1GKTA 5HTZA 1HHPA 2I4XA 3SQFA 5KR0A 5P7BA 2FIVA 2HIZA 4FCOA 4YDGA 4Z22A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4COE A;  2WF3 A;  1XL2 A;  3LZU A;  1RV7 A;  1AJV A;  4B78 A;  5P1A A;  4ZPE A;  3O9I A;  5P75 A;  3VF5 A;  3EMY A;  3VV8 A;  1WBM A;  4KE1 A;  1AAQ A;  4Y43 A;  5P24 A;  2ZGA A;  3QRM A;  4XX4 A;  2FGU A;  2AOG A;  2F3F A;  5P72 A;  2XYF A;  1HII A;  4L7H A;  4LL3 A;  3S45 A;  4L1A A;  5P8E A;  5P48 A;  5F01 A;  5P6T A;  1QRP E;  3L58 A;  4Y4Z A;  1Q9P A;  5P79 A;  4TVG A;  2FXE A;  3RSV A;  5P3T A;  5OZY A;  3BHE A;  3QRO A;  1C70 A;  2R43 A;  5HD0 A;  4OBH A;  3GGV A;  4Y3H A;  5P84 A;  5P3U A;  3UQX A;  4R8Y A;  3R2F A;  3BVB A;  5HDX A;  2UY0 A;  4XXS A;  2R38 A;  1YTG A;  4I1C A;  2IL2 A;  3NU6 A;  2QNN A;  2XFJ A;  4LXA A;  5P89 A;  1ZBG A;  3LZY A;  5OZQ A;  5P0U A;  3OU4 B;  1WKR A;  1YTJ A;  3QVI A;  4I0G A;  3VYD A;  5P1O A;  4DQG A;  1D4K A;  2NR6 A;  3LIQ A;  1QDM A;  4MC1 A;  5E5J A;  3D20 A;  2PMA A;  5P53 A;  3PJ6 A;  3PCZ A;  2ZHR A;  4KE0 A;  3EKX A;  5AGZ A;  4B70 A;  2G22 A;  2JXR A;  3VSW A;  4Y56 A;  4F76 A;  1BWB A;  1W6I A;  4Y3N A;  4ZIP A;  3SA3 A;  1BDR A;  5OZS A; 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 3I6O A;  4BEK A;  5P58 A;  4PEP A;  3K1W A;  5P2O A;  2Q63 A;  3DK1 A;  1B6K A;  3GGX A;  4WY6 A;  3OXV A;  3UFL A;  2NXL A;  5P5F A;  5P8B A;  1EPP E;  4K9H A;  4LHH A;  4JEC A;  1EPR E;  3MSK A;  3TNE A;  5BWY A;  5OYY A;  3DCR A;  3LPJ A;  5P5V A;  3KFP A;  3UHL A;  5P1U A;  5P8N A;  4LC7 A;  1BVE A;  5P51 A;  5I3Y A;  3PCW A;  3HVP A;  1SMR A;  5P1Q A;  4YOB A;  4DJW A;  4ER4 E;  3NU5 A;  3FNS A;  5IVR A;  5P2H A;  4EXG A;  2JJI A;  1DP5 A;  5P4G A;  5P5O A;  4OBJ A;  3UQR A;  4R91 A;  4I0D A;  1SP5 A;  5DGU A;  5OZ7 A;  5P0I A;  3K4V A;  5P3Z A;  5P82 A;  4FAE A;  5P4R A;  1BV9 A;  4Y5G A;  2IEO A;  4Y4G A;  1IDA A;  5P74 A;  4RLD A;  2VNM A;  3MXD A;  4CPQ A;  2PK6 A;  4Q1X A;  5P7G A;  5P7H A;  2ZJN A;  3VLB A;  4APE A;  2PYM A;  1MT8 A;  5HE7 A;  1T6G A;  3UFN A;  3IVI A;  5P7Z A;  4GJD A;  5KR8 A;  2H6T A;  5P4E A;  1LF2 A;  2V00 A;  1KJ7 A;  3VYF A;  5P1W A;  3NWQ A;  5P1I A;  5P47 A;  4DQF A;  1RPI A;  1IZH A;  5OYZ A;  3NU4 A;  4GJ6 A;  2PC0 A;  2MIP A;  5P8U A;  3CKP A;  5DGW A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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