3R4BA

Crystal structure of wild-type hiv-1 protease in complex with tmc310911
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords HIV-1 protease
publication title TMC310911, a Novel Human Immunodeficiency Virus Type 1 Protease Inhibitor, Shows In Vitro an Improved Resistance Profile and Higher Genetic Barrier to Resistance Compared with Current Protease Inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-03-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3r4bA00
4QLHA 3QVCA 2QI7A 1MERA 3SLZA 1CMSA 3LIQA 5P5HA 2G24A 1D4SA 4BEKA 4J1EA 2WKZA 2O4PA 2P3BA 3A2OA 5ISJA 5HCOA 5P26A 3N3IA 4J17A 2G1RA 4FIVA 4Y3WA 4KUPA 2G26A 2QMFA 4DJPA 4EJLA 1TCWA 3BGBA 5P2GA 2ZJMA 4GIDA 2ZHRA 2QHCA 3LHGA 1HEFE 1E80E 4DQEA 1SBGA 5P06A 3VFAA 5P8NA 5P73A 3VLBA 1ODXA 5P0DA 2QU3A 2BPXA 4X2LA 1FG8C 2PQZA 2F3KA 5P4KA 3INFA 4F75A 5P76A 3ZOVA 5P0ZA 3IVHA 1ZAPA 4ZSPA 5P5JA 4MC1A 2A4FA 1EBYA 3HD8A 2V13A 1M4HA 2XFJA 2ZDZA 4I8WA 5P0PA 5P3BA 3UQPA 5P1PA 3ECGA 4FRKA 1AJXA 2QP8A 1GNNA 1ZBGA 4I0FA 5OZ0A 4B70A 2VS2A 1MT7A 3HAWA 3PI0A 4Y3LA 5BWYA 1D4LA 5EZXA 3NDTA 2HAHA 5P4DA 5P82A 4Q1YA 3GGVA 1IDAA 4HA5A 2P3BB 3UDMA 3VYEA 3PEPA 4LXKA 1W5YA 1W50A 5P6XA 5OZUA 5DQ2A 4I0DA 5OZ3A 5P02A 2BPWA 5P2HA 1SMRA 5P7AA 4DJYA 4LC7A 1W5VA 1SDUA 4Y35A 2HS2A 1DMPA 2QNNA 4Y6MA 5P5VA 2AVVA 3IN4A 2NR6A 1FB7A 2QU2A 5P7OA 1W6IA 5P09A 2I0DA 1HSHA 3R2FA 1K6PA 5P50A 3O9IA 1HVSA 5P8EA 5P0VA 5UPJA 3L5CA 3O9DA 2OHQA 4M8XA 5P1VA 1BILA 3QIHA 4J0PA 3HVPA 3U7SA 5P7UA 3S8IA 3NU5A 4Y36A 4PEPA 1HVIA 1ZSFA 2OHUA 2HC0A 4KE0A 4U7QA 2QZXA 5P6DA 5P5FA 2IEOA 1YTGA 1EC1A 5P8AA 3OOZA 2BBBA 2QZLA 4Z2ZA 4YOBA 3EKWA 5OZQA 3OGQA 5P48A 3WB4A 5P4AA 5P4IA 1FMXA 4BFBA 5P8DA 1B6JA 3G6ZA 2H6TA 3PBZA 5P0HA 4RGHA 5OZ1A 5P7GA 3FIVA 4OBHA 5P3OA 5HU1A 5P46A 5OZ5A 5P38A 3BVAA 2CEJA 5P2CA 3S45A 1QBRA 3SA5A 2Q11A 3Q3TA 5P4PA 2AVMA 5P59A 3O9CA 5PEPA 2G1NA 5P1QA 1SIVA 2NMZA 5P3JA 1HVJA 3D20A 3L58A 4EXGA 2F8GA 4AUCA 2JXRA 3GI6A 2G1SA 5KQYA 3IXJA 2UPJA 4Q5MA 3OQFA 4Y5AA 1QBTA 1MVPA 5P2OA 3OWNA 3O9HA 5APRE 1Q9PA 4Y5MA 5P07A 1BXQA 3ZKXA 5I3YA 3VYFA 5P0GA 1HVHA 1KJ4A 5OZ2A 5OZ4A 5OZXA 4LBTA 3WZ6A 4CPXA 4F76A 3MSKA 3PWMA 1FQ6A 2Q63A 3R1GB 4XKXA 3PCZA 1OHRA 3EL1A 2QD7A 4H1EA 4RVXA 3D1XA 2G69A 3MXEA 1CZIE 2PK6A 3TKWA 3ZMGA 5P54A 5P2DA 1HTEA 5P13A 5I3WA 5P1GA 1Z8CA 5P8RA 3SM2A 3SACA 3EL9A 5P68A 2G21A 5HCTA 5OYVA 2R38A 2CEMA 3TPJA 4HDBA 4LP9A 1F7AA 5P0LA 4JP9A 3CYWA 5P0KA 5SY2A 1C70A 1MRWA 5P53A 4Z4XA 5P40A 2ZHVA 5HD0A 3QS1A 5P1TA 3EM4A 1BIMA 2VNMA 2R5PA 1A94A 5OZGA 1BWBA 5TOLA 4OBGA 3HW1A 4Y3EA 5P5PA 3MSJA 5ER2E 3OGPA 4RVJA 4DH6A 4HEGA 3URIA 3ZLQA 1E81E 4DJRA 3CIBA 4GJ7A 3OHHA 3PB5A 5P1EA 4Y47A 5P16A 3KMYA 4A6BA 3LIYA 5P62A 1EC0A 2VA6A 1APWE 2FS4A 1K1TA 1GVUA 2XFKA 4RVIA 3NLSA 2P8HA 3OQ7A 5P5DA 1APTE 3ZKMA 1B6PA 5OZ8A 3O9AA 4ZLSA 5P6OA 4EQJA 5P2WA 5OZ6A 2HS1A 5COKA 1FF0C 3RSXA 5P2KA 3MSLA 1HXWA 5P0YA 3K4VA 4Y3RA 4CPTA 3NU4A 5P3RA 3AIDA 4DJXA 2OHSA 1LF3A 5OZKA 5P4VA 5P2LA 3S85A 4NPTA 1XN3A 1MTRA 1YM4A 3KMXA 4LAPA 1IZEA 1HBVA 3EL5A 2G20A 5P8PA 3NR6A 3D91A 5AHCA 1EPQE 1EBKC 1D4KA 3S54A 2O4NA 5P2RA 5P8QA 4ZPGA 4YHQA 3Q6YA 1MPPA 3LIVA 3UQWA 5P49A 3LZVA 3DV1A 5DR1A 1AVFA 3DCRA 5P78A 5P0AA 5P1MA 5P7SA 2RKFA 4I0ZA 4A6CA 1LF2A 2R3WA 3TKGA 2IENA 2P3DA 3EKYA 5I3VA 5P1LA 3MWSA 2NMYA 3CMSA 1IVPA 5P7WA 5P6SA 5P6BA 1NPAA 5P8SA 1G2KA 3TOFA 3OUCA 3LNKA 4Y9WA 4L1AA 3CKPA 2G1YA 4FAFA 2QI4A 1B6KA 5J25A 4B78A 2PMAA 2OHLA 2FGVA 2QI1A 4FGXA 5OZIA 2MIPA 3VG1A 1NSOA 2QD6A 1W5WA 1G0VA 3HLOA 1FEJC 3NDXA 5OZPA 5OZ9A 4I0GA 4WY1A 5P1RA 2RSPA 1AIDA 1T3RA 4R93A 4J54A 4COEA 1HPVA 4FRSA 2IDWA 4WY6A 1FFFC 5OYYA 5P05A 3KT5A 1Z1RA 4DPFA 4Y57A 5KQZA 5OZHA 2AOGA 2QNPA 1GNOA 2VIJA 5P8MA 5IS4A 3QAAA 3SAAA 3NSHA 3SA9A 2R5QA 4PHVA 4FCOA 2BPYA 5P7ZA 5P0CA 3OAGA 2HIZA 3OUDA 4EP2A 4B77A 3IAWA 4OBZA 5P5AA 5P72A 2B7FA 3BUHA 4GJBA 5P5ZA 5P5KA 4EHCA 1W6HA 5EZZA 2ER6E 4RYCA 5P3QA 1W51A 4J55A 1A8GA 4L1AB 3SFCA 2QAKA 1GNMA 1XE6A 7UPJA 5P7FA 4Y3DA 5P7DA 3PI5A 3LZSA 4QJ7A 3EKPA 5P7MA 5P6VA 1PSAA 5OYRA 4CPUA 1AAQA 1FGCC 4J5JA 3SKFA 4LL3A 3BXSA 2JE4A 3R4BA 5P0SA 4CKUA 5P69A 3ST5A 5JG1A 3NWXA 5P2VA 1DW6C 4Y4AA 5P89A 2J9KA 3OQKA 5P23A 4EWOA 1HOSA 3S7LA 4YOAA 4ZPEA 3FX5A 3I7EA 5P0EA 2Q3KA 5P34A 1ZLFA 3OAGB 3R0WA 5DR4A 4GMIA 3OUDB 3BRAA 3DV5A 3SO9A 4OBZB 5P14A 1MSMA 3CIDA 1HHPA 2F3EA 2V12C 5IE1A 5P7QA 5KQXA 2SAMA 5P7XA 3Q70A 5KQFA 2AODA 4Y5PA 1W5XA 1PPLE 5P6TA 3LZUA 3I6OA 4Y4BA 5P56A 5P6QA 3WZ8A 4GB2A 5P5BA 1HSGA 5P7JA 2I4UA 5ER1E 3LPIA 5P3KA 2V16C 4UPJA 5P15A 5JFUA 5IVQA 1PPKE 3VUCA 1U8GA 3QRSA 5P4FA 4H3JA 2B42A 3H5BA 2HB2A 4YCTA 2QI5A 1LYAA 5OYWA 2PSVA 5P5TA 5OZLA 4K9HA 4D88A 3OQAA 1BDLA 3OXVA 3UQUA 2Q5KA 5P1CA 5P8UA 3QPJA 4OD9A 3VV8A 2F81A 4RCFA 3FKTA 2ZJIA 2QD8A 3DOXA 3I25A 4R92A 4I12A 4J1FA 4Y56A 2JJJA 4RCEA 1KJHA 3NDUA 5FIVA 5DR8A 4Y3HA 1HSIA 2I4WA 1QRPE 4RRNA 5P4HA 5DQ1A 5P3CA 3QVIA 5P2MA 2JJIA 4Y53A 1HWRA 4H3FA 4PYVA 5P75A 4DJWA 1D4IA 4Y4DA 5P8HA 5P58A 3O9FA 3GW5A 1LYAB 2AVQA 4I1CA 5AH7A 5P43A 1XDHA 3PJ6A 1HVLA 5P19A 2QMDA 4FSLA 5P79A 5P55A 4I0JA 1HVKA 4OD9B 2NTRA 4YDFA 5P61A 3LPKA 4K4PA 2Q54A 5P1HA 4FRIA 1K6VA 2P83A 5P5NA 4FM8A 3KFSA 2ER9E 4GJAA 4XX4A 5B18A 3WSJA 2AZCA 4TRWA 1FG6C 1SGZA 3SABA 5P6LA 5HU0A 5P1DA 1TSUA 3OUBA 5KR8A 4B1DA 5P4GA 1DIFA 4S1GA 1FLHA 4YD7A 3EKQA 3DM6A 5OYUA 5P74A 5HDXA 1BBSA 4ER1E 4EJDA 4ZSQA 5P1NA 5P0UA 1BV9A 3APRE 4QJ6A 1QDMA 5HDVA 4J0VA 2OHPA 4CPSA 4R5NA 1VIKA 4K4RA 1YG9A 1IZIA 4APRE 4CPQA 2OHTA 5P6JA 3INHA 3ZPUA 4B00A 3VFBA 1FMBA 4U8WA 5E5KA 1E5OE 1M43A 3UF3A 3OY4A 5P12A 3UDYA 5COOA 4Y38A 2IQGA 4DJUA 2WEDA 5F01A 2NNKA 5P35A 4AZYA 3SKGA 3K4VC 2O4LA 1IBQA 3ZKIA 3BUFA 1WKRA 1PPME 5P7HA 5P20A 5P36A 2UY0A 3OU1A 3HAUA 3UHLA 2BPZA 3TLHA 3DJKA 1D4JA 4HE9A 3VCMA 3R0YA 4Y5NA 3G70A 9HVPA 2ZHTA 1SDVA 2VJ9A 3RTHA 2QI3A 1SH9A 4RYGA 1EPME 4X7IA 1GKTA 5P3AA 5P37A 5P8BA 3H0BA 5P42A 5DR0A 5P2NA 5P4RA 5OZOA 5P7TA 3PLDA 4GJDA 4DV9A 3PWWA 1ME6A 3LZYA 1AJVA 5F00A 3JW2A 5P1YA 8HVPA 4OC6A 3RTMA 5P6KA 3EMYA 5SY3A 5OZWA 5I3XA 3FNTA 3NDWA 2I4QA 2JYSA 2J9JA 4Y51A 2PWCA 1XE5A 1SGUA 1ZP8A 5P31A 2V10C 3ZKNA 2AQUA 3UFLA 4EJ8A 2I0AA 5P8KA 5P5RA 3TH9A 5P6UA 4QJAA 5P0MA 5P65A 1C6XA 1EPLE 3VSXA 3PVKA 5HVPA 2BJUA 3VV6A 2VIZA 3GGAA 4TRZA 3OU1B 2NNPA 3SA3A 4Y5LA 5P39A 1RL8A 5P8JA 1NPVA 2ZE1A 2G22A 3KDCA 5OZJA 7HVPA 2VJ6A 5OZMA 5P32A 5P8CA 2FDEA 2AIDA 5P0FA 5P45A 4FM7A 3FSMA 1AZ5A 3EL4A 4RROA 2HB3A 4YD5A 2AZBA 3D1YA 4I0EA 3NYGA 3ZKQA 3SPKA 1A8KA 5P0WA 5P4LA 5P6PA 5P3PA 5T4SA 2QMGA 5P7CA 5HE5A 4OC6B 4TVGA 2P3CA 3VF7A 4I0IA 4Y5EA 4Y3PA 2R8NA 3ZPTA 4YA8A 1Z1HA 1IZHA 4Y3TA 4R95A 5P5OA 2J9JB 1B5FA 1ENTE 3NXEA 1LEEA 1T6EX 4JPCA 5P3YA 3UQRA 3IN3A 4FL8A 2PH8A 3QRVA 5P51A 4NJSA 4Y3YA 5P1JA 4KE1A 1ZTZA 4F73A 5P3LA 2VIEA 2Z4OA 1RPIA 1C6ZA 1N49A 3HVGA 4EXHA 4PPHA 5P7EA 3QROA 4K8SA 2FIVA 1ODYA 3VLAA 4YCYA 5DR7A 4OBFA 2IGXA 1ZPAA 4B1CA 5P6RA 5P7VA 1MUIA 2V0ZC 1A9MA 1HEGE 1IDBA 4YD4A 4FLGA 1AXAA 3UDPA 1MTBA 3RSVA 3SA4A 5JFPA 5P0NA 4Y3AA 2IS0A 5P29A 5P4OA 2NXLA 3NXNA 1ZPKA 2BKSA 3G72A 5P5SA 5DR3A 2ZJHA 5P5QA 4GJ5A 4DQBA 3PM4A 5CONA 3TTPA 3KDDA 1IIQA 1LYBA 3C9XA 3OXWA 3DCKA 3QI1A 1B5FB 3K5FA 1FMUA 4B1EA 4D85A 4GYEA 1MRXA 1OD1A 3BHEA 5P1SA 4DJQA 4N00A 3EM3A 1GVXA 4QJ2A 2VJ7A 3APPA 4EJKA 5AHAA 3CICA 4NJTA 5IVRA 5P67A 1HPXA 1PSOE 5P7YA 2B60A 5P3VA 1T7JA 5P47A 2AOFA 3JVWA 5P6YA 5P25A 3URLA 5P1BA 2ASIA 5P2BA 1BAIA 3L5FA 1FFIC 3AUPA 1QBUA 2F80A 2QZKA 1EPRE 4LXAA 3KFNA 1FQ7A 4CMSA 5P2TA 4GJ6A 5AH9A 4Y5CA 4E43A 3EKXA 1RQ9A 5SXNA 3UTLA 3NUJA 4R8YA 4H3IA 3KN0A 3OK9A 1LV1A 1GVVA 3FNUA 5P57A 2WJOA 1LYBB 2OHNA 2WF2A 3TOHA 4J1HA 4Z22A 1TZSA 5P2YA 1BVGA 3LIXA 4DUSA 3UDJA 4RLDA 1FQXA 1UH9A 1K6CA 3BVBA 4F74A 3GGXA 5KOQA 3WB5A 1D4HA 3NUOA 4YD6A 4B05A 5P7KA 3UFNA 4Q1NA 4YBIA 3T3CA 5P5GA 4BELA 3TPRA 1EAGA 4AMTA 3TL9A 3L3AA 4HVPA 5P6WA 5P0BA 4CPWA 1UPJA 1BDQA 1YT9A 2OF0A 5BRYA 5KR2A 4J0YA 5P6NA 4Y5BA 1YTJA 5P22A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4QLH A;  3QVC A;  2QI7 A;  1MER A;  3SLZ A;  1CMS A;  3LIQ A;  5P5H A;  2G24 A;  1D4S A;  4BEK A;  4J1E A;  2WKZ A;  2O4P A;  2P3B A;  3A2O A;  5ISJ A;  5HCO A;  5P26 A;  3N3I A;  4J17 A;  2G1R A;  4FIV A;  4Y3W A;  4KUP A;  2G26 A;  2QMF A;  4DJP A;  4EJL A;  1TCW A;  3BGB A;  5P2G A;  2ZJM A;  4GID A;  2ZHR A;  2QHC A;  3LHG A;  1HEF E;  1E80 E;  4DQE A;  1SBG A;  5P06 A;  3VFA A;  5P8N A;  5P73 A;  3VLB A;  1ODX A;  5P0D A;  2QU3 A;  2BPX A;  4X2L A;  1FG8 C;  2PQZ A;  2F3K A;  5P4K A;  3INF A;  4F75 A;  5P76 A;  3ZOV A;  5P0Z A;  3IVH A;  1ZAP A;  4ZSP A;  5P5J A;  4MC1 A;  2A4F A;  1EBY A;  3HD8 A;  2V13 A;  1M4H A;  2XFJ A;  2ZDZ A;  4I8W A;  5P0P A;  5P3B A;  3UQP A;  5P1P A;  3ECG A;  4FRK A;  1AJX A;  2QP8 A;  1GNN A;  1ZBG A;  4I0F A;  5OZ0 A;  4B70 A;  2VS2 A;  1MT7 A;  3HAW A;  3PI0 A;  4Y3L A;  5BWY A;  1D4L A;  5EZX A;  3NDT A;  2HAH A;  5P4D A;  5P82 A;  4Q1Y A;  3GGV A;  1IDA A;  4HA5 A;  2P3B B;  3UDM A;  3VYE A;  3PEP A;  4LXK A;  1W5Y A;  1W50 A;  5P6X A;  5OZU A;  5DQ2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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