3R6MA

Crystal structure of vibrio parahaemolyticus yeaz
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
212
structure length
212
Chain Sequence
AKILAIDTATENCSVALLVNDQVISRSEVAPRDHTKKVLPMVDEVLKEAGLTLQDLDALAFGRGPGSFTGVRIGIGIAQGLAFGAELPMIGVSTLAAMAQASYRLHGATDVAVAIDARMSEVYWARYSRQENGEWIGVDEECVIPPARLAEEAQADSKTWTTAGTGWSAYQEELAGLPFNTADSEVLYPDSQDIVILAKQELEKGNTVPVEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structural Analysis of the Essential Resuscitation Promoting Factor YeaZ Suggests a Mechanism of Nucleotide Regulation through Dimer Reorganization.
pubmed doi rcsb
molecule keywords YeaZ, resuscitation promoting factor
molecule tags Hydrolase
source organism Vibrio parahaemolyticus
total genus 52
structure length 212
sequence length 212
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-03-21
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3r6mA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3r6mA02
2FF3B 2P9NB 4MO5A 2ASOA 3C7NA 3LDLA 3ENHA 3CI5A 4CD3A 1NGDA 4Y0WA 4JD2A 3ENOA 3GOIA 4I6MA 5AQYA 2ITMA 3KZBA 1NGBA 3VEZA 3KHYA 1YUWA 1TUYA 1V4TA 1XC3A 2HMPA 3SK3A 1BOTO 2NLXA 2P9UA 2QW9A 3CHWA 2Q97A 4BC2A 4B1XB 5B8HA 5BREA 2BTFA 4FWLA 1QHAA 5LY3A 3A8YA 4BG8A 2ASMA 3D2FA 3QICA 4LC9B 3VGKA 3KVGA 1KAZA 4IO8A 1GLCG 4BC5A 5LJWA 4MLEA 1JCEA 3WUHA 4BRFA 3GBTA 2V7ZA 3ULEB 3U8XA 3VGMA 3CJ1A 1Z05A 4BVOA 1WUAA 2P9SB 3WEEB 1J6ZA 1K8KA 4BRNA 3MN6A 4FL9A 4MO4A 1BUPA 2E88A 3JS6A 1NGHA 2QWQA 5AQIA 1ATSA 4FOEA 1NGFA 2Q1NA 3RSEA 1SAZA 2DPNA 4BR0A 3R6MA 2YJEA 3IUCA 2P9PA 4RWTA 2V52B 3I8BA 5BN9A 3VEXA 5BPNA 5AQJA 2YI1A 3CQXA 3SMPA 3DAWA 4BRKA 1BDGA 3EL2A 3IFRA 1GLFO 4FWKA 1RFQA 3FFKB 4QS9A 4H0VB 2PAVA 1ESVA 3UKRB 4NO7A 4BVPA 1T6CA 2CGLA 3EO3A 1GLBG 1GLEG 2E2PA 3EZWA 3O4WA 2E1YA 3FZLA 5AQSA 3BF1A 4A2AA 4NB4A 5CE3A 3WT0A 5FPEA 4QS7A 1SZ2A 3H3OB 2AP1A 3O1BA 3R9PA 2AA4A 3DJCA 3LDPA 5AQMA 5AQVA 1X9JA 3BF3A 3VPZA 3M1FA 3H6EA 4JN4A 1NLVA 3OHRA 2E8AA 1U6ZA 3WXKA 4EHUA 1Y64A 3GE1A 4CJ7A 4XH4A 4BROA 3CJ7A 5AQQA 4BR5A 1X3NA 2ZGYA 1SQKA 3ID8A 3AAQA 5EY4A 4H0TB 3WXLA 1ZC6A 5AQTA 3W0LA 2J4RA 1CZAN 1MWKA 1H1VA 4M7YA 5AQUA 2P9LA 3O08A 3S41A 4FWPA 4B1YB 2CH5A 3CJCA 2QWPA 3EKUA 2I7NA 3HBTA 4O5FA 3CETA 1NGCA 2ZWHA 1BO5O 3L6QA 1NGJA 3A0IX 4IJNA 4H0YB 5AQNA 5FPDA 4BG9A 2QWMA 2HF4A 3H46O 3ZEUA 2QWRA 5I9EB 4EIAA 1S22A 4FPBA 4BRCA 1NGGA 4PKGA 2YHXA 1YXQA 3MCPA 4H5NA 2ZGZA 4BRDA 2GELA 4BRAA 2GTDA 3R8EA 1IG8A 1HLUA 1U2VB 2W40A 3VF6A 3DXKB 1OKJA 1GLJO 2D0OA 4IXCA 2QWLA 4B9QA 3M6GA 4KBOA 4B1VA 2NRHA 2F9TA 2YHYA 1Z6RA 1KAXA 4BR7A 1G99A 1GLDG 4O8KA 3A5MC 5AZIB 1ZBSA 4H5WA 3DXMB 3DWLA 2FLOA 4H5RA 3D2EB 3FZHA 3JXUA 3LDOA 5LJVA 3BUZB 2ZF5O 4WYBA 3U9ZA 1HX1A 4BRHA 4K43A 3O80A 4CZLA 1BWFO 3LDNA 4BRIA 4DCHA 1ZXOA 2V51B 4C23A 4CZMA 2D4WA 4XEIA 1T44A 3O1WA 1NGEA 3FZKA 4IWVA 3B8AX 3SLCA 2P9IA 4JHDB 4CBUA 1ATNA 1HJOA 1R59O 3UE5A 4CBWA 5JLFA 4MLHA 2Q0UA 2P9NA 5AQZA 2YCHA 3QB0A 3FLCO 1QZ5A 2FF6A 4BRPA 4WQ4A 5JLHA 3UKUB 3WXIA 1NMDA 1LCUA 2IVPA 5BRHA 5BRFA 4H0XB 4WQ4C 2CGKA 4JAXA 4BC4A 2VCPA 3WQTA 1BG3A 5FPMA 3DXMA 3QBWA 3P4IA 2A42A 3W3DA 5BN8A 1NGIA 2H3GX 5AQWA 4CZHA 4BRQA 4WQ5A 2D1KA 2FSNA 3VEVA 1TYQB 5KQDA 5KPTA 4WQ5C 3MDQA 1HUXA 1JCFA 3ULEA 3VEYA 2Q31A 3O6WA 1DGKN 2P9SA 3ZETB 3WEEA 2Q2RA 2WUSA 2HOEA 3HI0A 2OANA 1DEJA 1WOQA 2V7YA 4FWOA 3EN9A 3J8AA 4CBXA 3H45C 2P9KB 2A3ZA 3ZX0A 4EFHA 1RGIA 5E26A 3LDQA 3FE1A 3U4LA 2E2OA 3TPQA 4IZ9A 3LM9A 3WQUA 3SJHA 3CIPA 4A2BA 4H0PA 2QM1A 1BU6O 3UKRA 4FSVA 2A6AA 5EOYA 3FZMA 1GLAG 2GEMA 3L0QA 5AZJB 4B1WB 5AQHA 4CZKA 1MA9B 1V4SA 2D0PA 3MN9A 4CD1A 5KQ8A 3C7NB 3UB5A 2FXUA 4AM7A 2VYPA 2VWBA 4FWRA 5FPNA 1NM1A 4HWIA 4K42A 2A41A 3BP8A 4JD2B 2W41A 4I6MB 3QFUA 4CZFA 4H0OA 5BRDA 3VEWA 3U9DA 2E2QA 5E84A 4CZEA 3FZFA 4DB3A 1RDWX 3AARA 1YVNA 2P9UB 5ADXH 1HKCA 4CI6A 1KAYA 1TUUA 4GNIA 5AR0A 1HPMA 2P9KA 2KHOA 3ATUA 5JMVA 3D2FB 2ASPA 2GUPA 4IJAA 1NWKA 4F9OA 4PL7A 3IDHA 3O5BA 3WXJA 4K41A 3GDQA 5F1XA 5BR9A 2YJFA 3CJBA 1QZ6A 1K8KB 5BPLA 3MN7A 1QQOA 4A62A 5AFUH 4HTLA 2NZTA 5KPRA 3RSEB 5AFUA 2P9PB 1GLLO 4FO0A 3GG4A 3ZX3A 4BRMA 1QQNA 3HTVA 3MK6A 4BREA 4E1JA 3VF4A 3VENA 4CZGA 4PKHA 3IMXA 2E20A 5AQPA 2IVOA 4L3QA 5AQOA 1BA1A 4RCHA 1U2VA 2UYTA 3ATVA 2GWKA 3DXKA 5EX5A 3VETA 5JICA 3HZ6A 2I7PA 3VESA 3AAPA 1E4GT 4XH1A 5KPZA 3D7EO 4AM6A 3LM2A 1P8ZA 2QXLA 5AQFA 5AZIA 1NBWA 2GWJA 3CJ9A 3D2EA 4FPAA 4RTFD 2FSJA 1QQMA 4PKIA 5EXWA 3QBXA 4BQLA 4BRGA 1EQYA 1MWMA 5TKYA 4H5VA 3TU5A 4H03B 3GL1A 3I33A 1BA0A 1Q18A 3A5NC 3AY9A 4BRLA 1YAGA 4M63C 2P9LB 4BGBA 4FWMA 4K25A 4JHDA 1IJJA 4PL8A 1X3MA 4FWNA 5EVZA 4GY2B 2Q36A 5BPMA 3QFPA 3H1VX 2F9WA 3VEOA 3ZX2A 2IIRA 1E4FT 1C0GA 4ISFA 1XQSC 3CERA 3VGLA 4BQZA 1ATRA 3UKUA 4BC3A 1HKBA 2CGJA 2E2NA 4M7XA 1D4XA 3ZEUB 2QWNA 2BUPA 4FWQA 4Z94A 3QDKA 5F0XA 3QMLA 3SMSA 5F2RA 2QWOA 4FOIA 3MN5A 4XH5A 1HKGA 2CH6A 3LL3A 2A40A 4FWSA 3HM8A 4H5TA 3F9MA 4ISEA 5AQKA 3G25A 5AQLA 2IVNA 2FSKA 3CQYA 1TYQA 2PBDA 3VF2A 2YHWA 4A61A 4EAHD 1NGAA 4ISGA 3ZETA 2HF3A 5AQGA 3HSCA 4YDUA 1KXPA 4BGAA 3L4IA 4QS8A 4YDUC 3H3NO 3VERA 4B1ZA 2A5XA 1C0FA 4B1UB 4CZIA 3C0BA 2E1ZA 2Q0RA 2EWSA 4DQ8A 3O8MA 3BEXA 5ADXA 3A5LC 4EHTA 1DKGD 5ELZA 4JNEA 5AQXA 3FR0A 1JCGA 1T6DA 3CJAA 3EKSA 4CZJA 4BR9A 2P9IB 4BR4A 3VOVA 3H1QA 3M3ZA 4BR2A 5AZJA 4J8FA 3MMVA 4DHYA 1XUPO 1MDUB 5AQRA 3A5OC 3FGUA 1LOTB 1S3XA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2FF3B 4FCYA 3VQ9A 1VQ4N 3HSTB 4DTNA 4Z4FA 3T1AA 1XC9A 1FKOA 2HMIA 4I6MA 3AA4A 5J2QA 1JL1A 4PHTX 5AQYA 2ITMA 1RT3A 3PY8A 4CJQA 3SK3A 2OZMA 1BOTO 4DTSA 2G8HA 5K14A 2NLXA 3C95A 3CHWA 4B1XB 5BREA 1OH7A 4M3UA 1KAZA 1RT2A 4B3SK 3WUHA 3K9KA 4BRFA 3ULEB 4KFBA 3VGMA 3CYMA 2UUAK 1WUAA 4AHSA 4M42A 5M1OA 3MN6A 4LH5A 3KLGA 4H8KA 3AVIA 3TABA 1YJ9N 4DV4K 3SBTA 2Z1IA 3LZIA 3IUCA 4N76A 4OO1J 1YVUA 2P9PA 3O3FA 4CFDA 2V52B 2KFNA 3RWUA 2HHTA 3EL2A 1TK0A 4WFAL 5M1KA 2KLAA 1VQ7N 4DF8A 1RFQA 3FFKB 1BCMA 4QS9A 4H0VB 3UKRB 1ESVA 3KK3A 2CGLA 1GLEG 2E2PA 3EZWA 3O4WA 1UA0A 4IBNA 3L3VA 2E1YA 1T05A 1LW2A 4F3OA 2G8FA 5FPEA 4QS7A 1WSHA 4DU1A 2AP1A 4CJ4A 3LDPA 2DY4A 3VPZA 3H6EA 4JN4A 1GOCA 2E8AA 3E9PA 3F5TA 3WXKA 1Y64A 4EHUA 4XH4A 4BROA 3CJ7A 3VQAA 3TAGA 1CLQA 2GBZA 3ENBA 4KH6A 4Q0BA 3AAQA 4ILHA 4YNQA 3NGYA 1QHTA 3HM9A 3L4QA 5GAGP 3KD1E 1WBBA 4FM0A 2YX6A 4E1MA 4CGDA 2VG7A 1SL1A 5C10A 3RTVA 4C1NK 4LFBK 2ZQBA 3O08A 4DTUA 2YHAA 4FWPA 2QWPA 4CFCA 5DM7L 3SQ2A 1HMVA 2ZWHA 3WNEA 3L6QA 4DQQA 4BG9A 2RHKA 2HBLA 4MQ3A 3IS9A 3AA5X 2GV9A 4N47A 1VRTA 1C6VA 3VQEA 5DK5A 1YXQA 3T3FA 4KREA 3G71N 1QE1A 4BRAA 3V81A 1O1WA 3OYBA 3BZKA 1YHQN 3VA0A 1OKJA 4JI3K 4J2EA 1TV6A 4IXCA 4B9QA 3CXCM 4DFPA 3M6GA 4DV1K 2JWLA 4KBOA 3SUPA 4B1VA 2NRHA 4NXMK 3MX2A 1G99A 4O0IA 5AZIB 1ZBSA 4H5WA 3QIOA 4O0JA 4HCCA 3LDOA 3NF6A 3U9ZA 1HX1A 3CMEN 3HT3A 4K43A 1QSYA 4KHPK 2HVHA 4DCHA 4DQPA 4O5BA 1ZXOA 4CJLA 1RDAA 4XEIA 1U49A 1Z26A 2YKMA 1O13A 3B8AX 4O4GA 5HBMA 4JHDB 1KLMA 1HJOA 3BZCA 1YT3A 1IBLK 4AHTA 4KH5A 4CBWA 1VQ6N 1VQLN 4BE2A 3ZSVA 2FF6A 4F8RA 2NRWA 1C1BA 1WLJA 3UKUB 1QSSA 3WXIA 5BRHA 2IVPA 4N41A 1C1CA 4CEQA 3EE8A 2YNIA 2VCPA 3VN5A 4GV6A 3TAEA 4CF0A 3P4IA 1ITGA 4LH4A 2ZE2A 5BN8A 2H3GX 3K0SA 4FW2A 1VQON 1QSLA 3M8QA 4WQ5A 1JLCA 3VQBA 2OTLN 3I0SA 4WQ5C 3MDQA 3NH2A 1HUXA 1J54A 3ULEA 3VEYA 3DLLL 3O6WA 2Q2RA 3O3HA 1VHXA 2OANA 3EEQA 4CIGA 3SNNA 2V7YA 4CGIA 5JS2A 1EWQA 1UAXA 4DQIA 1JJ2M 2P9KB 1L3UA 3LPUA 1J53A 4DSKA 4KAZA 4DTJA 4DV6K 5CZ1A 3TPQA 3S3MA 4ILJA 4IZ9A 3I56N 3VTIA 3CIPA 4FJ5A 1KFSA 3CG7A 4A2BA 3SCXA 4FZZA 2O4GA 4DR4K 3UKRA 4KHQA 2O8DB 4FSVA 2A6AA 3HOTA 4PA1A 2W6KA 4CZKA 3K5NA 3MN9A 5KQ8A 3P38A 3C7NB 3UB5A 1YJWN 2KFZA 2FXUA 1JLEA 4HHTA 4FJ8A 3LALA 4CZFA 5BRDA 4N56A 3OYAA 3CCSN 1N8RO 1ASWA 3DM2A 3FZFA 1JL2A 1CXUA 1YVNA 1SL0A 3OJUA 3K5OA 4B9TA 2HSTA 5D3GA 3D2FB 2NRVA 4F9OA 3V6DA 1B92A 1JLFA 1NJYA 1IG9A 1KVAA 3OVNA 2HHHK 4K41A 1BIZA 5FRMA 3F2KA 5F1XA 4NCGA 1QVGM 1QZ6A 4CVNE 2XY8A 1K8KB 3AVKA 3CM5A 1EKEA 3MN7A 5BPLA 1QQOA 4A62A 2NZTA 4RG8A 3LP0A 3RR7A 3LP2A 4DUYK 3CCQN 3ZSRA 4B9SA 4CJVA 4X66K 1LV5A 3D45A 3OA9A 4LF5K 4CJSA 1XHXA 2YV0X 1NOZA 4KH4A 3KK1A 2O8CB 1IKWA 3D6RA 4CZGA 4PKHA 1VQ8N 3N4QA 4X62K 1HR0K 4L3QA 5AQOA 1CXQA 2OPRA 3ZLJA 2UYTA 3ATVA 3ZT1A 5A2QO 3C94A 4W5TA 5HRRA 2XRIA 5FROA 4YOUA 3MXJA 2XY5A 3SJJA 3CQ8A 3TTFA 4DG1A 4JS5A 1UWBA 1GOBA 5AZIA 1SS6A 4E3SA 4KHWA 4I2PA 2QKBA 1SL2A 1IBKK 1IKYA 5EXWA 4F3TA 3QBXA 3OYIA 3G6EN 1MWMA 1VSIA 3C6UA 3CC7N 3TU5A 4JEPA 4H03B 1VAZA 4JI6K 3Q7BA 3A5NC 2BGGA 1YAGA 3PSFA 4BGBA 4JHDA 1U04A 4PL8A 1WSIA 4M3TA 3CFPA 1MU2A 4FWNA 1U48A 4GY2B 4CJRA 1JKHA 4WCEL 3QFPA 2F9WA 1RDDA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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