3R6MA

Crystal structure of vibrio parahaemolyticus yeaz
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
212
structure length
212
Chain Sequence
AKILAIDTATENCSVALLVNDQVISRSEVAPRDHTKKVLPMVDEVLKEAGLTLQDLDALAFGRGPGSFTGVRIGIGIAQGLAFGAELPMIGVSTLAAMAQASYRLHGATDVAVAIDARMSEVYWARYSRQENGEWIGVDEECVIPPARLAEEAQADSKTWTTAGTGWSAYQEELAGLPFNTADSEVLYPDSQDIVILAKQELEKGNTVPVEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords YeaZ, resuscitation promoting factor
publication title Structural Analysis of the Essential Resuscitation Promoting Factor YeaZ Suggests a Mechanism of Nucleotide Regulation through Dimer Reorganization.
pubmed doi rcsb
source organism Vibrio parahaemolyticus
molecule tags Hydrolase
total genus 52
structure length 212
sequence length 212
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-03-21
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3r6mA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3r6mA02
2HMPA 3DXMB 2P9NA 5EOYA 1DKGD 1OKJA 4FWLA 5CE3A 3QBXA 3WXKA 2VYPA 3HBTA 2E2OA 1HPMA 3VF2A 1TUUA 1C0GA 2GEMA 5AR0A 2E88A 2IVOA 4JAXA 2F9TA 4FSVA 3FFKB 4BC3A 2ZWHA 2D0OA 3BP8A 1QZ5A 3HSCA 5BRDA 2P9SA 4O5FA 1NGJA 4XH1A 2ZF5O 3VPZA 4XH5A 1BG3A 1G99A 2V7YA 4Y0WA 3O6WA 5KPTA 3FZHA 3WQTA 4WQ5C 4B1UB 3FZFA 3FZLA 3ZX3A 2ASPA 3GL1A 4GNIA 4IJAA 5JMVA 3LL3A 2QM1A 4NB4A 1KAYA 1QZ6A 3CJBA 1EQYA 1NGEA 4IXCA 3HM8A 1T6CA 5BPMA 4B9QA 2D1KA 4PKIA 3M1FA 3MN9A 3BF3A 2FF3B 2VCPA 5BN9A 4PKHA 4BC2A 3G25A 3FE1A 4C23A 2E1YA 3F9MA 4JD2B 4NO7A 3QMLA 4CZJA 5EVZA 3R9PA 1BWFO 3BUZB 4BRPA 1HLUA 5KQDA 3HI0A 4DCHA 3GE1A 2ITMA 3VEVA 3JS6A 5BRHA 2FLOA 3CERA 4BRNA 4CBXA 1Q18A 4PL8A 4E1JA 4RWTA 3SJHA 2AA4A 3U8XA 1BUPA 1YUWA 2ASMA 2I7NA 2FSJA 3U4LA 4EAHD 3U9DA 4CI6A 3ZX2A 1MA9B 4WYBA 5AQPA 5AQGA 4B1VA 2E20A 3SLCA 4H0PA 1ESVA 5E26A 3GOIA 1BOTO 1BU6O 3ID8A 3WUHA 4BROA 5ELZA 4H5WA 4BR9A 4M63C 2AP1A 3D2EB 4BQLA 2QWPA 4AM7A 2QWQA 4FWSA 1YXQA 2FF6A 2VWBA 3VGMA 4FWRA 2D4WA 5FPEA 1NGBA 4MO5A 5AZIA 3VEZA 5JICA 4FL9A 4I6MB 2E2PA 1HUXA 1K8KB 5ADXH 3O8MA 2P9NB 2Q97A 2J4RA 3R8EA 1CZAN 3UB5A 3KHYA 1SAZA 2OANA 4K41A 4BGAA 3O5BA 5AQLA 3VF4A 4BRGA 1QQOA 1X3MA 4BRHA 2IVNA 2HOEA 3LDPA 1R59O 1ZXOA 2A6AA 4DB3A 2IVPA 1GLCG 5LY3A 2P9SB 1XQSC 3H46O 2YJEA 1ATSA 3GG4A 3M6GA 2GUPA 1BA0A 3EO3A 4CD1A 3MMVA 4DQ8A 4B1YB 3VF6A 4WQ4A 4MLEA 3WEEB 1KXPA 1T6DA 3H3NO 4I6MA 1NGFA 3UE5A 3KVGA 2WUSA 2YCHA 3SMPA 4ISGA 3ZETA 3H6EA 3QB0A 4H0OA 4BG9A 2QWNA 3GBTA 1RGIA 1HJOA 3EZWA 2GWJA 1ZC6A 3ULEB 1HKCA 4BR7A 4FPBA 4EHUA 2H3GX 4B1WB 2QWLA 1Z05A 3CIPA 3HZ6A 1BO5O 5AQUA 3DXKA 2A3ZA 5BN8A 4WQ5A 4H5NA 3L0QA 3UKRB 1GLLO 4H0XB 3RSEA 5BPLA 3WXJA 4AM6A 3MN5A 1X9JA 4BC4A 5KPRA 4JNEA 4CZHA 3LDLA 5E84A 5AQMA 5FPDA 2P9KA 4BGBA 5EY4A 1S22A 5FPNA 2Q0RA 5I9EB 4RCHA 3LM2A 1GLDG 2NZTA 3WEEA 4BRFA 3ZX0A 1E4GT 1TUYA 4BQZA 5AQQA 4H5VA 3DAWA 5KPZA 5AFUH 1NGGA 1BDGA 1J6ZA 3IFRA 4K25A 4A62A 4RTFD 3CHWA 3HTVA 4YDUA 4K42A 3H45C 3ULEA 2W41A 2CGLA 3C7NB 2Q2RA 2PBDA 4QS9A 2Q1NA 3A0IX 5F0XA 5AZIB 3UKRA 2KHOA 5AQRA 3EKSA 1Y64A 1QQNA 1NMDA 4BG8A 3FZKA 1WUAA 3R6MA 3WT0A 1NM1A 1LCUA 3LDQA 3FR0A 4LC9B 3IUCA 2ZGYA 3QFUA 4CZFA 1U2VB 1RDWX 1T44A 2QXLA 4EIAA 1SQKA 4PL7A 4BRKA 4HTLA 2FSKA 4L3QA 3L4IA 3O4WA 3VEWA 1ATRA 2P9UB 4M7YA 3CJ9A 3S41A 4EFHA 5BREA 3CQYA 5AZJB 3C7NA 4FOIA 3CJCA 5AQFA 3VGKA 3CJAA 1XC3A 1S3XA 5BR9A 5F1XA 3AAQA 4CZIA 4IWVA 2E2QA 4O8KA 3ZETB 3J8AA 3WXIA 3O80A 1GLEG 4FPAA 4IJNA 2YHXA 3A8YA 3WXLA 4BRAA 3VEXA 3C0BA 3H1VX 2GWKA 5AQVA 3A5MC 3VERA 1RFQA 3MCPA 3AY9A 3DWLA 1U2VA 2F9WA 5AQXA 3BEXA 3O1WA 1GLBG 3DXKB 3QBWA 4FWOA 1NBWA 2UYTA 4FWMA 4CBWA 3RSEB 2A42A 2CGJA 2NLXA 2E2NA 1NGHA 4H03B 1KAXA 2P9UA 3KZBA 4IO8A 3LDNA 1C0FA 2P9KB 2ZGZA 2IIRA 5AQSA 4ISEA 5KQ8A 1NGCA 3EKUA 3FGUA 3VENA 5AZJA 2GELA 3VOVA 1U6ZA 3QDKA 3CI5A 5JLHA 3IMXA 3FLCO 3VEOA 1V4TA 1V4SA 3QICA 3D2FB 4H0VB 4BR4A 3VESA 5BPNA 3A5OC 4B1XB 5ADXA 3MK6A 2QW9A 1KAZA 4QS7A 3ENHA 4J8FA 3UKUA 5LJWA 3VGLA 4IZ9A 2P9IB 4XH4A 3TPQA 3BF1A 4BVPA 4BVOA 4A2BA 2E8AA 5AQNA 1MWMA 2Q31A 3B8AX 3ENOA 3P4IA 4WQ4C 2GTDA 3D7EO 3W3DA 1NGDA 5AQKA 3JXUA 3ZEUB 1MDUB 4F9OA 3ATUA 1JCFA 1LOTB 2BUPA 2V7ZA 4BR0A 4CZEA 2Q0UA 2P9LA 3TU5A 3D2FA 3AARA 1NGAA 4GY2B 3SK3A 4CBUA 4CZGA 3W0LA 5AQWA 4BR5A 1BA1A 1HKBA 1H1VA 2QWOA 2CGKA 4FWQA 1YAGA 1E4FT 3EL2A 3H1QA 3MDQA 4KBOA 2P9IA 3QFPA 4CZKA 2A40A 4ISFA 4DHYA 3DXMA 5AQIA 2ASOA 1X3NA 4BREA 1JCEA 4XEIA 2I7PA 1HX1A 3CETA 3ZEUA 3GDQA 1DGKN 2NRHA 1IJJA 4FWNA 2YI1A 2CH6A 5BRFA 3I8BA 1GLAG 4QS8A 3H3OB 3IDHA 3M3ZA 2P9PB 1Z6RA 4H5RA 4YDUC 2E1ZA 1JCGA 4FWKA 4H0TB 5EX5A 1WOQA 2FXUA 4A2AA 2D0PA 3LDOA 5AFUA 3I33A 5AQYA 3WQUA 3CQXA 5LJVA 1ZBSA 4BRCA 4MO4A 4K43A 2PAVA 3O1BA 3MN6A 3A5LC 3VETA 2QWRA 2YHYA 4FWPA 5TKYA 4BRQA 3U9ZA 4B1ZA 4JHDB 4H5TA 2Q36A 1QQMA 5FPMA 4JN4A 2HF4A 1TYQB 2A41A 4BRIA 4FOEA 5AQZA 3AAPA 4JD2A 5AQTA 1SZ2A 3ATVA 4PKGA 5EXWA 3SMSA 3UKUB 2EWSA 4CD3A 3A5NC 3OHRA 3MN7A 4CZMA 1NWKA 2P9PA 4Z94A 5AQHA 4BRLA 1NLVA 2V52B 4M7XA 4BC5A 2BTFA 3FZMA 1IG8A 4CZLA 4A61A 2W40A 1XUPO 3L6QA 2YHWA 4MLHA 4EHTA 4BRMA 3EN9A 3O08A 4BRDA 1YVNA 5F2RA 1D4XA 2HF3A 3LM9A 1GLJO 5JLFA 5B8HA 3DJCA 2P9LB 2QWMA 1GLFO 4JHDA 4HWIA 3CJ7A 3VEYA 2DPNA 2A5XA 1QHAA 5AQJA 1DEJA 3CJ1A 2FSNA 1TYQA 1HKGA 3D2EA 1NGIA 2YJFA 4H0YB 4BR2A 4FO0A 2CH5A 2V51B 1ATNA 5AQOA 1P8ZA 4CJ7A 1K8KA 1MWKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1DKGD 4IOAL 4DR7K 4CFAA 5CE3A 2O8DA 3QBXA 4UQGA 4CGIA 4XIUA 2XO7A 4C8OA 3CD6N 4FLUA 1LWEA 2WFBA 5LMUK 4GV3A 3AA2A 2IVOA 2BH1A 3FFKB 3KWGA 4RW4A 2A1SA 2W6KA 5C2FA 2GBZA 3HSCA 1QZ5A 2IGIA 4O5FA 1NGJA 4FLXA 4XH1A 1YJWN 1TK8A 3AA5X 1NOYA 2DTUA 4XH5A 4Y0WA 1G99A 1XMQK 5IWAK 3FZHA 1RILA 3WQTA 4DR6K 4F2SA 3FZFA 3ZX3A 4GNIA 4WF9L 2ZQBA 4IJAA 4JK8A 1NGEA 1QHTA 3HM8A 1T6CA 4NXNK 5T7BA 1WB9A 4PKIA 3M8QA 1JKHA 5BN9A 2DFEA 3G25A 4CJ3A 1QQCA 4OKJA 3QEIA 4N5SA 4U7BA 4HUGA 5KRSA 5EVZA 3L3VA 3R9PA 3TABA 1T3VA 3BUZB 1S1VA 2X78A 3M8SA 1HRHA 1QVGM 3J7AP 3E66A 1S1XA 3VEVA 4G9ZA 2JLEA 4B8AB 5BRHA 2FLOA 4CBXA 4PL8A 4A5AA 3P5JA 1M90O 4BACA 1TKTA 3ENBA 4JKGB 4Z4FA 2Y1IA 2FSJA 4EAHD 3C65A 4CI6A 3KD5E 4EP5A 3NF8A 1BOTO 5FDLA 4BROA 4M63C 3CCRN 3ZSZA 4BQLA 4AM7A 4KTQA 1YXQA 1WAJA 2VWBA 3VGMA 1OVQA 4NXMK 1NGBA 2YNIA 4MO5A 2E2PA 3V9XA 3ZSVA 1BCOA 2Q97A 1CZAN 4CK2A 3UB5A 1HNWK 3KHYA 1RBVA 4LSLA 2OANA 1RBTA 4HCCA 3O5BA 4NCGA 5AQLA 2VG7A 3LWLA 1QQOA 3CC2N 2YX6A 4BRHA 2IVNA 3EY1A 2HOEA 2WC9A 1S1UA 4DB3A 3OYMA 4DUYK 1GLCG 4GVEA 4AQYK 3H46O 5C42A 2RHKA 1BA0A 3EO3A 4CHOA 3SQ4A 4B3SK 1NK6A 5C2DA 1RBUA 2Z1HA 4MLEA 4JI7K 3ULDA 1Q86O 3T1AA 2VGMA 3HVTA 4CJFA 3HM9A 4DSKA 4J2EA 2OTLN 2WUSA 3SMPA 4JKHA 1SKWA 3H6EA 1SUQA 4BG9A 4AH9A 1TL1A 3ZT3A 3L2UA 4IFYA 4EHUA 2G8FA 2UXCK 2H3GX 2QWLA 1D9DA 3CIPA 3HZ6A 1I39A 2A3ZA 4KKOA 4GV9A 4PHTX 3KLHA 4B3RK 1DTTA 3NH2A 3WXJA 4AM6A 2X6SA 1OH6A 4YOUA 1X9JA 1RDUA 4CZHA 3VQ9A 2P9KA 2QXFA 1N36K 2HHWA 4RCHA 3AVGA 4OKEA 3ZSWA 4BE1A 4KHYA 1C0UA 4J2AA 4BDZA 1J6ZA 1LV5A 1J53A 5DK5A 3HTVA 4PQUA 4BY9C 4DR4K 4X64K 3OYGA 4B3OA 4KREA 4U67L 4TSXA 2Q1NA 3SJJA 5KTQA 5F0XA 5AZIB 3I8DA 1ILYA 4HTUA 3CF5L 1WSIA 1HR0K 1FW6A 1S9GA 1VRUA 1QQNA 1WAFA 4DV1K 1HNIA 1KVCA 5SWMA 4LC9B 2QK9A 4DWIA 3QINA 1RDWX 2GUIA 3V81A 2HHVA 4EIAA 3O4WA 3T3FA 1YT3A 1RT3A 2GV9A 2ZJPL 4OVLA 2P9UB 5CHIA 4M7YA 3NAEA 3S41A 2NRZA 3OYNA 1KD1O 3L4QA 2UXDK 2Q3SA 3FFIA 1NG9A 4FJ8A 5BREA 1XMOK 1D8YA 5M1NA 1XC3A 3BZCA 1BL3A 4ZHRA 1U48A 4IWVA 4O8KA 3OYHA 3J8AA 3NGIA 3WXIA 4FPAA 1VQON 1VQ9N 3SUOA 2GWKA 3SBTA 5AQVA 2DFFA 3MEGA 3R1XA 1RDCA 3DYAA 5EU7A 1Y97A 4W5RA 1Z25A 3J7ZO 4FWOA 3LP0A 3T7ZA 3SV3A 1NK9A 1ZBHA 4DKWA 4FWMA 3RSEB 2A42A 2NLXA 2E2NA 3T69A 4H03B 4L8RB 1WN7A 1RT6A 2P9UA 3AGRA 2ZGZA 4ISEA 4CJ5A 1U47A 4O4GA 3EKUA 2ZJRL 1IKYA 2UUAK 1U6ZA 3IMXA 3VEOA 2ZM6K 4CHZA 1V4TA 4KV8A 4CK3A 3MEDA 3THXB 3BGRA 3AA3A 3HPGA 1T03A 3VN5A 4IDHA 3KLFA 3VESA 3TAPA 3A5OC 1JLBA 4CFDA 4DUZK 3MK6A 2B5JA 3NVMA 3LANA 4Z4IA 5LJWA 4DSFA 3KTQA 4YOXA 1JLEA 4I7FA 4ICLA 1SS6A 4BVPA 2HBLA 2E8AA 3P4IA 2GTDA 3D7EO 1NGDA 4CF1A 5AQKA 3JXUA 3ZEUB 3QEWA 2RF2A 3Q7BA 4F9OA 3ATUA 1FXXA 4JKAA 1JCFA 4LF5K 3OYIA 4DQRA 1LOTB 2V7ZA 4CZEA 3TU5A 2P9LA 3AARA 3VQBA 3B6PA 4CBUA 4LSNA 3G10A 3W0LA 1XC9A 4M3WA 3JAMO 1CZ9A 2IOCA 4M41A 1S72N 3LAMA 1YAGA 3A2FA 3TSUA 1XNQK 4IEIA 5KGWA 4DFJA 3SQ0A 2AJQA 4ISFA 4DHYA 4CIFA 1HJRA 1JLCA 1X3NA 3V1OA 4BREA 1JCEA 2XY7A 3BY5A 2ATQA 1KSPA 3ZEUA 1L3VA 2UU9K 3L2RA 1IJJA 1JLAA 4FWNA 2CH6A 1C1BA 2E4LA 4NCAA 1JJ2M 1GLAG 4QS8A 3IDHA 1BISA 2O4GA 2O8FB 5FRNA 5J2PA 1TL3A 3CPEA 4BE0A 3NF9A 1VRTA 2LSNA 2OPPA 4YOWA 1RCHA 4FM1A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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