3R6MA

Crystal structure of vibrio parahaemolyticus yeaz
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
212
structure length
212
Chain Sequence
AKILAIDTATENCSVALLVNDQVISRSEVAPRDHTKKVLPMVDEVLKEAGLTLQDLDALAFGRGPGSFTGVRIGIGIAQGLAFGAELPMIGVSTLAAMAQASYRLHGATDVAVAIDARMSEVYWARYSRQENGEWIGVDEECVIPPARLAEEAQADSKTWTTAGTGWSAYQEELAGLPFNTADSEVLYPDSQDIVILAKQELEKGNTVPVEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Vibrio parahaemolyticus
publication title Structural Analysis of the Essential Resuscitation Promoting Factor YeaZ Suggests a Mechanism of Nucleotide Regulation through Dimer Reorganization.
pubmed doi rcsb
molecule keywords YeaZ, resuscitation promoting factor
total genus 52
structure length 212
sequence length 212
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-03-21
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3r6mA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3r6mA02
2V52B 3LM2A 4K42A 3ZEUB 1C0FA 4RCHA 3RSEA 4H0YB 3CJ1A 4AM6A 4BC2A 3FGUA 2P9IA 4NO7A 5BREA 1QQOA 1U2VB 5AFUH 3BUZB 4FO0A 2E1ZA 4BRGA 1NGDA 4BR5A 1GLFO 5BN8A 3H1QA 5TKYA 2QWQA 4JN4A 5EVZA 1IJJA 1K8KA 4FWPA 5AQOA 1YUWA 3ZETA 1C0GA 3MN5A 4JD2A 1T44A 2WUSA 4FOIA 1NGCA 4H0OA 3EKSA 4B1ZA 1ZXOA 4H0VB 1RGIA 4FOEA 4FSVA 3G25A 1MDUB 1NLVA 5FPMA 1G99A 1KXPA 3LL3A 4FWLA 4B1UB 3VF6A 3GBTA 2P9PA 4CD1A 2Q0RA 3WXKA 4H5TA 3AAPA 4Z94A 5CE3A 5AQFA 2VWBA 3IUCA 3H3OB 1X9JA 2AA4A 2GUPA 2I7PA 2CGLA 2J4RA 2GTDA 2ZGYA 3D2EA 1OKJA 4GNIA 3WEEB 4O5FA 3HTVA 4FL9A 1QZ5A 2NLXA 1GLJO 3D7EO 3ULEB 4CZLA 2P9LB 4CZEA 1XUPO 2FF6A 2P9KB 3DAWA 3LDPA 5AZIA 1BG3A 4CD3A 3UE5A 1BA0A 1ATSA 3ATUA 1BOTO 1XC3A 4XH1A 5AQNA 4CZFA 1BWFO 4BRQA 2F9WA 4Y0WA 4ISEA 3DWLA 4FWQA 5AQWA 3HM8A 5AQPA 3SK3A 3LDNA 4BGAA 3J8AA 1Q18A 3SLCA 2F9TA 1LCUA 3CIPA 5KPZA 1YAGA 4BRNA 4BRDA 2YI1A 1NM1A 2Q97A 3QICA 3JXUA 2CH5A 5BPNA 3L0QA 3O6WA 1WOQA 3C0BA 5KQ8A 1NGAA 5AQKA 3TU5A 4M7YA 4H5NA 2FSKA 3CI5A 3VETA 2IVPA 3AY9A 4IZ9A 1E4GT 1XQSC 1TYQA 1GLEG 2QXLA 1E4FT 4BRKA 2E2QA 3QFUA 3SJHA 4BVOA 1WUAA 5AFUA 4BR9A 4JNEA 4JHDB 2ASMA 1GLAG 5E26A 4K41A 2KHOA 3WXLA 1NGFA 1HPMA 4RTFD 2PAVA 1T6CA 3CJ9A 3WXJA 1MWMA 3QB0A 5AZJA 4BVPA 5AZJB 2YCHA 4BROA 4BRFA 1KAYA 2Q31A 5KQDA 3CERA 4CZJA 4XH4A 3H3NO 3DXMB 3ZEUA 2FLOA 1NGGA 5KPRA 3BP8A 3CJCA 4BG9A 3QBWA 3I33A 3BF1A 5AQMA 3MN7A 2P9UB 2VCPA 5I9EB 3FZKA 1U2VA 3M3ZA 4MO4A 1YXQA 3LDLA 1ESVA 4FWRA 5FPEA 5LY3A 3VPZA 3MCPA 1TUYA 2E1YA 1QZ6A 5F0XA 4FWNA 4WYBA 2D1KA 2I7NA 2FXUA 5AQLA 3A5LC 2CH6A 3O1BA 5JLHA 4QS7A 4PKGA 3H6EA 3VEXA 2BTFA 1NGEA 2UYTA 3AARA 3HI0A 5LJWA 1HKCA 4H0XB 4BRLA 4K25A 3F9MA 2A42A 4I6MB 2P9SB 5AQQA 4EHUA 2FSJA 4MLEA 2YHYA 5BPLA 5AQIA 2ZF5O 4NB4A 4XH5A 4J8FA 4DCHA 2GELA 3WEEA 3UKUA 1NGBA 3UKUB 2A40A 3CQXA 4IXCA 2YHWA 5AQGA 3B8AX 4BRAA 4BC5A 2NRHA 3A8YA 3QMLA 1BA1A 1KAXA 3ULEA 4A62A 2P9LA 4QS9A 3U8XA 5LJVA 2HF4A 2AP1A 2QWOA 1S3XA 2P9KA 2Q0UA 3H1VX 4PL7A 5F1XA 4PL8A 3C7NB 4IJNA 4YDUC 5AQRA 3HSCA 1NMDA 4MLHA 2DPNA 4B1VA 3MN9A 1RFQA 2NZTA 1ATNA 4CZGA 5JICA 4FPAA 4YDUA 1NGHA 1NGJA 3R9PA 1DEJA 2YJFA 5E84A 4CBXA 3L6QA 4IWVA 3I8BA 4DQ8A 2QW9A 1CZAN 2HF3A 4FWSA 4BR0A 4CJ7A 2E2PA 3CHWA 3VEZA 5KPTA 4DHYA 1NBWA 2ITMA 1Y64A 3A5OC 3MDQA 3EZWA 4BRCA 2V7YA 3O4WA 3DXKB 1JCFA 2GWJA 4CZMA 3LM9A 4E1JA 1ATRA 3MN6A 1HJOA 1BUPA 1BO5O 2E88A 3EKUA 4CBUA 1Z6RA 5ADXH 1GLDG 3M6GA 4BQZA 3FZLA 4DB3A 5BRFA 1QQMA 5BPMA 2QWMA 5AQSA 2QWRA 3FZFA 4IJAA 3L4IA 4IO8A 5AQVA 5AQTA 3A5NC 1GLLO 2ZGZA 1Z05A 1HLUA 3S41A 2Q1NA 2YJEA 1T6DA 2HMPA 2E8AA 4A61A 3AAQA 4JHDA 2HOEA 3FLCO 1DGKN 2ZWHA 3KVGA 3A5MC 3MMVA 3VENA 4CZKA 2GWKA 1R59O 4L3QA 4PKIA 2QM1A 4QS8A 3VGLA 2ASPA 3O80A 3GL1A 3KHYA 5AQXA 3CQYA 3OHRA 3DXMA 3D2FB 3WXIA 5AQYA 3ZX2A 4BRIA 1QQNA 3R8EA 3JS6A 2P9UA 3HBTA 1HKBA 3ZX0A 1SQKA 4EAHD 1NWKA 4BGBA 4A2AA 4HTLA 3TPQA 5AQUA 5BRDA 2A3ZA 4M7XA 4CZIA 4JAXA 2ASOA 3IFRA 2P9NB 3ID8A 5EXWA 4H5VA 3VESA 5B8HA 5FPDA 5EOYA 5BR9A 1DKGD 3H46O 2D0PA 2EWSA 3QDKA 5AR0A 1V4TA 4K43A 3RSEB 4CI6A 1D4XA 4B1YB 4BR2A 2Q36A 3O08A 3CJ7A 4H0PA 2P9IB 3ZX3A 3CJAA 4H03B 3SMPA 2QWLA 1SZ2A 2QWPA 3VF2A 4CZHA 2GEMA 4I6MA 3CETA 4B9QA 2P9SA 5EX5A 1BDGA 3WQTA 1HKGA 3U9ZA 3VF4A 4CBWA 3ZETB 1K8KB 4RWTA 3VEVA 2A5XA 4JD2B 3GOIA 1QHAA 1GLCG 1TUUA 3O8MA 1H1VA 3EL2A 4EHTA 3VGKA 3P4IA 3A0IX 2BUPA 3HZ6A 2D0OA 2CGKA 4BRMA 4WQ5C 1J6ZA 4MO5A 3WUHA 2P9PB 4WQ4C 1MA9B 3IMXA 5BN9A 3U9DA 4PKHA 2OANA 3C7NA 3GE1A 3VEOA 4WQ5A 4BRHA 2E2OA 5ADXA 1SAZA 1YVNA 4WQ4A 3UB5A 1ZBSA 3D2EB 4ISFA 3EN9A 4XEIA 5ELZA 4LC9B 4EIAA 3BF3A 5BRHA 3QFPA 1ZC6A 2W41A 4M63C 2V7ZA 3UKRA 4A2BA 3UKRB 4B1WB 2E20A 2PBDA 1V4SA 4B1XB 1BU6O 3SMSA 5AZIB 3M1FA 3R6MA 3DXKA 3FFKB 3FR0A 1HX1A 2QWNA 3FZHA 3H45C 2IVNA 3LDOA 5EY4A 3DJCA 3IDHA 4EFHA 2IVOA 3O1WA 4FWKA 1X3MA 3O5BA 4O8KA 1S22A 3GDQA 1NGIA 3LDQA 2W40A 4KBOA 3KZBA 4BR4A 1P8ZA 2YHXA 1MWKA 3ENOA 1EQYA 1KAZA 4FWMA 1JCGA 3WQUA 3FE1A 2H3GX 4AM7A 5JLFA 1JCEA 2CGJA 2A6AA 2IIRA 2V51B 4BR7A 4BRPA 4FWOA 4GY2B 1RDWX 3VEWA 1HUXA 5JMVA 3VOVA 4BC3A 3ATVA 1IG8A 5AQJA 2D4WA 3VGMA 3GG4A 4HWIA 4C23A 3MK6A 2E2NA 3BEXA 1TYQB 3D2FA 4BREA 3FZMA 3W3DA 3WT0A 3QBXA 3U4LA 2FSNA 4ISGA 3CJBA 3W0LA 4BC4A 1GLBG 3VERA 2VYPA 4H5RA 4BG8A 3EO3A 4F9OA 4H0TB 3ENHA 4FPBA 3VEYA 2A41A 5AQHA 4H5WA 1X3NA 2P9NA 5FPNA 5F2RA 1U6ZA 1LOTB 4BQLA 2Q2RA 5AQZA 2FF3B
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4E1MA 1VHXA 1KVBA 4CGIA 4H0YB 3NCIA 2IAJA 4AM6A 2NRRA 1C1AA 5I3UA 4B9SA 1OVQA 1TL1A 1U2VB 1NK6A 4BRGA 2ATQA 1GOBA 4O5BA 2DFEA 2NRZA 1QTMA 4Z4HA 2QWQA 3OYIA 4JN4A 1VQLN 5IT9O 1K8KA 4FWPA 4A5BA 1T44A 4J2BA 3T69A 5DM6L 3NH0A 3EKSA 1U45A 3SAHA 1Q82O 5M1KA 4FSVA 4NCBA 1MDUB 4DS5A 4CK3A 1G99A 3KLIA 4FJMA 4JI6K 4K8ZA 4DSFA 4H5TA 5AQFA 4FW2A 1HJRA 2VWBA 3H3OB 1FXXA 1X9JA 1VSJA 4UQGA 2GUPA 2I7PA 2CGLA 3BY5A 3NGZA 3D2EA 3CYMA 4DR3K 1KD1O 2VG5A 2OTJN 3OS2A 4FCYA 3PX4A 4CZEA 1XUPO 5MLCQ 5JS2A 1T03A 2P9KB 4TSXA 3QIOA 4FK0A 1BG3A 3K59A 4M3WA 3JSMA 4DG1A 3B6PA 4CJRA 4EP4A 1ATSA 3ATUA 1BOTO 3MXJA 4CZFA 4DU4A 3OYCA 3V1OA 3DWLA 3RRGA 3HM8A 4CESA 3PIOL 1T3VA 4YOTA 4YOXA 5M1QA 4I2PA 5FLXO 5KPZA 4BRNA 3ZSZA 4CEBA 3NF7A 4HCCA 3DOLA 4FM1A 1HPZA 1M1KO 1JL1A 4DU1A 3U3GA 4FJNA 1CLQA 2W6LA 3AO4A 5AQKA 4DSLA 3SCXA 4M7YA 3HPGA 4H8KA 1EX4A 3CI5A 2HHTA 1B9DA 1JLAA 1XQSC 5GAGP 4DV4K 2GV9A 1GLEG 3PSIA 2G8KA 4AHVA 2ZM6K 2E2QA 4BVOA 4FJGA 1HNZK 2YV0X 5FRMA 4HUGA 1JLGA 2PAVA 3WXJA 2JWLA 5AZJA 1I94K 2WC9A 4BROA 4GKJK 2X78A 5KQDA 3DMJA 3DXMB 3BZCA 3HRGA 2HHHK 3BP8A 3CJCA 3ZSRA 3NVMA 4JRQA 2NRXA 3VQDA 2VCPA 4CGJA 5I9EB 4DSIA 4ICLA 4JKEA 4Q5VA 1U2VA 4E19A 4KI6A 1EWRA 3LDLA 3KWIA 3H08A 4B9LA 2NNWA 2OCEA 4FWNA 4WYBA 4EZ6A 3A5LC 3ZSQA 3HPHA 4M41A 3HOTA 1VQ4N 3PSFA 3HT3A 3V81A 1RTHA 3VEXA 3DM2A 3AARA 1FK9A 1IV0A 4N5SA 4BRLA 3F9MA 5I42A 3ID6A 1NK0A 3KK2A 1BISA 4X66K 3JYTA 1VQ5N 3V1QA 4LY7A 2HHQA 1XNRK 3RMAA 4DCHA 3SAFA 2GELA 1KC8O 2QTDA 4W5QA 3ZLJA 2A40A 2YHWA 4BC5A 3QMLA 1KAXA 2P9KA 5HRPA 2KKZA 4N47A 1YJWN 5CYMA 4IOAL 3M8QA 4B1VA 1QSSA 1O1WA 1WLJA 4CZGA 5JICA 4FPAA 4YDUA 1NGHA 1NGJA 3E01A 3TTCA 1DEJA 1XI1A 1JJ2M 4JKCA 1C6VA 2VG6A 4A5AA 4DQ8A 3M8SA 1D8YA 4CEFA 2JGUA 3E9OA 3O4NA 2O8FA 2E2PA 3VEZA 5KPTA 4KH5A 1TK0A 3A5OC 3EZWA 1IO2A 3AO3A 2GWJA 3LM9A 1SL0A 1VSKA 1B9FA 1ATRA 1JKHA 3K0SA 2E88A 3EKUA 5ADXH 1Z6RA 5C10A 4DMNA 3CCUN 5AQSA 2QWRA 2HW3A 4CGHA 3C65A 4F3TA 1IKYA 3OBWA 4IO8A 5CR4A 3HJFA 3A5NC 5HRRA 1SS6A 2B6AA 2Q3SA 4KTWA 3KLGA 4O8UA 3KVGA 4BWJA 3THXB 3A5MC 3SUQA 3M8PA 1NJIO 2GWKA 1ZBFA 2LSNA 4DV0K 2YKNA 2ASPA 4IOCL 3KKSA 2WBNA 1J54A 4ELVA 4MFBA 3O80A 4DS4A 3DXMA 3QEIA 1S6QA 3D2FB 3WXIA 2A1SA 3OJSA 3DLGA 4Z0UA 3HBTA 1Q86O 1N8RO 4A2AA 2B4JA 4CGGA 1K73O 2A3ZA 4CZIA 3PO4A 1XMOK 3IFRA 3ID8A 4IFYA 5EXWA 3HM9A 3VESA 3G71N 3TAMA 2D0AA 1DKGD 3H46O 4BY9C 5AR0A 3ZSOA 4CW7B 1X9SA 4K43A 3RSEB 4CI6A 1RDUA 2Q36A 4PY5A 2IGIA 1ZBHA 2P9IB 4OKKA 1QVFM 1X1PA 3SMPA 1HNWK 3VF2A 4KHWA 3CETA 4B9QA 3TAEA 3R3LA 3E66A 2PY5A 3U9ZA 1ZBUA 5HRSA 3THWA 4CERA 4C1NK 1NJZA 4DFPA 3ZYYX 3T19A 1FJGK 4EHTA 3VGKA 3OYNA 3P4IA 3SI6A 3J7YP 2CGKA 2Y1JA 5FRNA 4MO5A 4AQYK 2P9PB 4CECA 3L2WA 4KH6A 3IMXA 3NMUA 1RT3A 1IG9A 3GE1A 3ZSVA 2HB5A 2E2OA 3RVCA 4GKKK 5GIPA 3KK1A 4EZ9A 4EIAA 5ELZA 1TKDA 3BF3A 3L3UA 3BGRA 3CFRA 1SKWA 1NJYA 1ZC6A 2W41A 3TAQA 4ZTFA 3UKRA 4B1WB 2RN2A 5IWAK 4BE1A 5AZIB 3KLFA 3R6MA 3OY9A 2B5JA 3FR0A 1HX1A 3CCJN 3IDHA 4EFHA 2Z1GA 2IVOA 5CZ2A 4KPYA 1S22A 4BWMA 4DF8A 4KBOA 4CK1A 3OYHA 3F73A 2OPPA 2YHXA 4WFBL 3DLLL 4YHHK 1A5XA 3QO9A 3PUFA 3WQUA 3C6HA 5JLFA 1JCEA 1D9DA 2A6AA 1VSFA 1BL3A 5KGWA 4JKFA 3THXA 4FWOA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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