3R6MA

Crystal structure of vibrio parahaemolyticus yeaz
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
212
structure length
212
Chain Sequence
AKILAIDTATENCSVALLVNDQVISRSEVAPRDHTKKVLPMVDEVLKEAGLTLQDLDALAFGRGPGSFTGVRIGIGIAQGLAFGAELPMIGVSTLAAMAQASYRLHGATDVAVAIDARMSEVYWARYSRQENGEWIGVDEECVIPPARLAEEAQADSKTWTTAGTGWSAYQEELAGLPFNTADSEVLYPDSQDIVILAKQELEKGNTVPVEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural Analysis of the Essential Resuscitation Promoting Factor YeaZ Suggests a Mechanism of Nucleotide Regulation through Dimer Reorganization.
pubmed doi rcsb
source organism Vibrio parahaemolyticus
molecule tags Hydrolase
molecule keywords YeaZ, resuscitation promoting factor
total genus 52
structure length 212
sequence length 212
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-03-21
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3r6mA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3r6mA02
1TYQB 4CBUA 4PKHA 2CH5A 2QWRA 2F9WA 4FWPA 2YHYA 1U2VB 3O1WA 4QS7A 5AZJA 1BOTO 1JCFA 3GG4A 3HTVA 5KPTA 1MDUB 1BG3A 2GEMA 3C7NB 1GLFO 4K25A 2ASMA 2EWSA 3LDOA 3LDLA 4CZHA 3BF1A 4K41A 3CIPA 4BR2A 1NGIA 5AQNA 4RTFD 3CJ7A 3ULEB 4CZIA 2GUPA 3A5MC 3TPQA 3EN9A 3ZX0A 5AQHA 3ULEA 3AAPA 1BA1A 3MCPA 3VGLA 4FWRA 4BC4A 4WYBA 5JLFA 5BN9A 3QMLA 1S22A 1HKBA 4ISFA 3CJAA 2H3GX 2GWKA 5AQPA 3D2EB 3VERA 1U2VA 3VEWA 3FLCO 4BRFA 2KHOA 3L4IA 2NRHA 5AZIB 2ASOA 2J4RA 2E1ZA 2HMPA 2QWNA 3VENA 3FZLA 1BA0A 4FOEA 3TU5A 5AFUH 2I7PA 2WUSA 3VF4A 4HTLA 4C23A 2E1YA 5AFUA 4MLEA 1XUPO 3H1VX 2Q1NA 2DPNA 4BRAA 3DAWA 2E20A 2A41A 2Q0UA 2IVNA 3C7NA 2Q97A 4H0OA 3F9MA 2FSJA 4H5RA 5AQKA 3U9ZA 4QS8A 3ATVA 3VEVA 3CJBA 4MO5A 4CZMA 3FZMA 2AA4A 3CHWA 3EZWA 3M1FA 3VF6A 4NB4A 4BRMA 3KZBA 5FPDA 2Q0RA 3LM9A 4I6MB 2YJFA 4XH1A 2BTFA 4BGAA 2W40A 4BRDA 3DXMB 1RFQA 4J8FA 1KAYA 1Q18A 5AR0A 3A0IX 3H46O 4O8KA 3M6GA 2ZGZA 3D2EA 2QWPA 4H0PA 3BEXA 4BG9A 1NGBA 3U8XA 4B1ZA 4FWOA 1YXQA 3EKSA 3A8YA 4B1YB 3MMVA 1GLBG 1YUWA 4EHUA 4DQ8A 1V4TA 1D4XA 3QDKA 1Y64A 3CERA 3O1BA 2IVPA 4B1VA 1J6ZA 4RCHA 4AM6A 2VYPA 4CBXA 1GLJO 1GLEG 1JCGA 2IIRA 3L6QA 2CH6A 1E4GT 1ZXOA 4EIAA 5KPRA 3KVGA 1XQSC 3DXKA 3MN5A 3HSCA 5AQWA 4CZGA 3L0QA 3O08A 4BG8A 5BRFA 1MWKA 4WQ4A 3JXUA 4IJAA 2P9KB 5AQMA 3UE5A 4FOIA 3U4LA 1C0FA 4BROA 1LCUA 5FPEA 3SMSA 4A2BA 5ADXH 1S3XA 1P8ZA 2P9LA 3G25A 5BRHA 1TYQA 5F0XA 2VWBA 1G99A 2E2QA 3B8AX 2A6AA 4H0XB 2FLOA 4WQ4C 4JN4A 3QBXA 3D7EO 2HF4A 4K43A 3VF2A 2GWJA 1DEJA 1DKGD 4M63C 3HI0A 1HPMA 1XC3A 4PL8A 4JD2B 4K42A 3LDNA 3RSEB 3SMPA 3VEOA 1BO5O 3WXKA 4FPBA 3UB5A 2ZF5O 4KBOA 3OHRA 3IUCA 2P9SB 2QWLA 3ATUA 4FWQA 4Y0WA 3BF3A 1GLLO 3JS6A 5EVZA 1BDGA 3I33A 4XEIA 3ZEUA 2P9LB 1C0GA 4FWLA 4BRQA 1YAGA 5ADXA 3GBTA 5CE3A 4A62A 2VCPA 3H3OB 3DJCA 3VEXA 2QW9A 1TUYA 1MA9B 3O4WA 2PBDA 3ZETA 4BGBA 2QM1A 3ENHA 1HJOA 2E2PA 1NGEA 3S41A 5BR9A 2F9TA 3AAQA 4CD1A 2D0OA 3QFUA 5LJVA 2HOEA 2CGJA 4H0TB 2CGKA 2GTDA 4ISGA 3R6MA 2E8AA 1JCEA 2ZWHA 5FPMA 4MLHA 5EY4A 3LL3A 1ESVA 1KAXA 4CD3A 4Z94A 2QWOA 4O5FA 4CZKA 4XH4A 2FSKA 1T6CA 3CI5A 4QS9A 2NLXA 5E84A 4BQZA 2HF3A 5FPNA 4A2AA 3CJ9A 3WXJA 4FL9A 4BR4A 1IJJA 1Z05A 1Z6RA 4B1XB 1IG8A 3FZHA 5BPMA 4JHDB 1K8KB 3MDQA 1QQOA 2UYTA 4M7XA 5F1XA 4H5VA 4CI6A 4BRHA 3FZKA 3VETA 3WUHA 5JICA 3EO3A 3VEYA 1ATSA 3O8MA 4H0YB 3KHYA 1DGKN 1NMDA 2P9UB 1QQNA 2V52B 3O80A 3WXLA 2Q2RA 1ZBSA 4FWNA 1WUAA 4B1UB 4FWKA 2A5XA 3CJ1A 3P4IA 4FPAA 5AQRA 5KPZA 3BUZB 1HX1A 3VEZA 3QB0A 2P9IB 2E2OA 1ZC6A 3VPZA 2QWMA 4BR7A 3ID8A 4GNIA 2P9NA 5EXWA 2FF3B 3UKRA 4JHDA 2P9SA 1K8KA 3FGUA 5BPNA 4MO4A 4RWTA 4I6MA 2P9NB 2IVOA 1WOQA 1T6DA 3A5OC 3H3NO 3MN9A 5AQXA 4CZJA 4CZFA 4BRKA 2A3ZA 3CETA 3VESA 3WT0A 3ZETB 5LY3A 3CQYA 2YCHA 2ZGYA 5EX5A 3DXMA 1NGDA 3EL2A 1NGCA 2YHWA 4CJ7A 2P9UA 4JNEA 5TKYA 1NGJA 4A61A 2YHXA 1MWMA 2FXUA 3UKRB 4BREA 3H45C 1YVNA 5BPLA 3U9DA 4BVOA 4FSVA 3ZX2A 2V7ZA 4BRNA 3SJHA 4E1JA 5JMVA 2P9IA 1SAZA 3IDHA 3LM2A 5AQTA 4LC9B 4IZ9A 3ZEUB 5AQOA 4PKGA 1NM1A 2FSNA 1BUPA 3GL1A 2I7NA 1NWKA 1HKGA 4H5TA 5AQSA 4BR9A 1LOTB 4PL7A 4ISEA 3MN6A 5I9EB 4H5WA 3O5BA 5AQIA 1GLDG 3VGMA 3O6WA 4BVPA 3HM8A 3BP8A 1EQYA 4BRCA 3FZFA 4H0VB 3W3DA 4IWVA 2E88A 4YDUA 5AZIA 4WQ5C 3A5LC 1NGHA 2P9PA 5AQFA 1KAZA 3FFKB 3MK6A 3D2FA 1T44A 5AQUA 3DXKB 4BR0A 1X9JA 4FO0A 1V4SA 2CGLA 4EFHA 1ATNA 4L3QA 3CQXA 4YDUC 4IJNA 1OKJA 5AQJA 5BN8A 2PAVA 2ITMA 3SK3A 3H6EA 1QZ6A 5AQQA 3WQUA 2YI1A 1X3NA 4H5NA 3ENOA 4BQLA 2D4WA 1R59O 4B9QA 3MN7A 3WXIA 2P9KA 5AQLA 4CBWA 1TUUA 1HLUA 3IFRA 1X3MA 3A5NC 3I8BA 4IXCA 3EKUA 4AM7A 1SZ2A 2Q31A 3ZX3A 2P9PB 3QBWA 2NZTA 5F2RA 1RGIA 4F9OA 4BR5A 3R8EA 5AZJB 5AQGA 4BRPA 3UKUA 3R9PA 5AQZA 2FF6A 4JAXA 3GDQA 1QQMA 5AQVA 4IO8A 2A42A 3UKUB 2W41A 3VOVA 4BRLA 4PKIA 1QHAA 3LDQA 3DWLA 3FE1A 2QXLA 3C0BA 3QICA 1RDWX 5B8HA 2D1KA 4FWSA 3QFPA 4M7YA 2E2NA 1CZAN 1NGGA 3LDPA 1ATRA 2V7YA 1H1VA 5AQYA 2QWQA 2BUPA 3W0LA 4XH5A 5BRDA 4EAHD 3CJCA 2GELA 4BC5A 4BRIA 4EHTA 3SLCA 2D0PA 3AARA 4GY2B 4DCHA 5LJWA 1BWFO 1QZ5A 2YJEA 1NLVA 2ASPA 3WEEA 3AY9A 2V51B 1HUXA 3FR0A 4DHYA 3RSEA 4B1WB 3WEEB 1NBWA 2A40A 3H1QA 3D2FB 4JD2A 1U6ZA 4BC3A 4CZEA 4H03B 3M3ZA 4BRGA 3VGKA 3WQTA 3J8AA 2OANA 1BU6O 5EOYA 4DB3A 4WQ5A 2AP1A 3IMXA 4FWMA 3HZ6A 1NGAA 1E4FT 1SQKA 3GE1A 1GLAG 1HKCA 5KQDA 4NO7A 3HBTA 5E26A 1KXPA 4BC2A 1NGFA 5KQ8A 1GLCG 5ELZA 4CZLA 4HWIA 5BREA 5JLHA 3GOIA 2Q36A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1TYQB 4X66K 1X1PA 1RNHA 4OKJA 4AHUA 3Q7CA 1U2VB 4LF8K 4CEZA 4F3TA 3KIOA 3OYFA 3G6EN 3K59A 1D8YA 4DFPA 1JCFA 4JI1K 3GG4A 4ELVA 4PQUA 4B9TA 4FJIA 2G8IA 1MDUB 1BG3A 3C7NB 4K25A 1NJIO 4WCEL 3LDLA 4GKJK 3RR7A 4O55A 3CIPA 4BR2A 1NGIA 5AQNA 1IKVA 3KTQA 3HRGA 5AQHA 3VGLA 3OYEA 4JS5A 4WFBL 3LAKA 3RMCA 1HKBA 1S9EA 1RT7A 4CGGA 4Z4CA 1U2VA 3OYBA 4KTZA 2IS3A 3L4IA 3OYMA 1XMQK 3CCEN 4IOCL 2J4RA 1EO1A 3M8PA 1VAZA 4YY3K 2HMPA 2QWNA 1F21A 2VGMA 4DTRA 4LD0A 2I7PA 3VF4A 2F4VK 1L3TA 1BI4B 2Q1NA 3V9ZA 1C1CA 3DAWA 2IVNA 3VEVA 3T19A 1IKYA 4CEBA 3N4PA 2JWKA 1S1VA 2AA4A 3C94A 2HBJA 3EZWA 3VF6A 1U4BA 3KZBA 1KSPA 5HROA 4JKHA 3TAQA 3QNNA 5CZ1A 3MECA 4CF1A 4CCHA 3DXMB 1YI2N 3DLEA 3A0IX 3H46O 3P1GA 4Z4GA 3BEXA 3VQ9A 1YTAA 4CECA 4FLVA 3U8XA 4ILJA 3G4SN 1ASWA 3A8YA 4B1YB 3F73A 4EHUA 2VGNA 1V4TA 2YNGA 3CERA 4O5BA 1J6ZA 1WAJA 3SUPA 1GLEG 1NK7A 3KKSA 4TSXA 4ELTA 1JLEA 3K2PA 4M3UA 1TAQA 3RMAA 4Z4FA 1SV5A 3PX6A 2UUBK 2FBXA 2YNFA 3NVKA 3SAGA 4DS4A 1KC8O 4HVJA 3VQDA 3JXUA 3THYA 4IJAA 2P9KB 5AQMA 5J2QA 3UE5A 3TAGA 2BGGA 1OVYA 4BROA 1VRTA 4A2BA 4BDZA 4UY8O 3NFAA 4X64K 1QE1A 1S3XA 4FXDA 1P8ZA 1TYQA 5FLXO 5F0XA 1UA0A 1VQLN 3IAYA 4JRQA 2KZZA 1XNRK 3NH1A 3D7EO 4K43A 3VF2A 1DEJA 2RKIA 3NH0A 2YNIA 3VN5A 2RPIA 1NJYA 4AQYK 3ZT1A 2PYJA 4E0DA 4DQSA 2NRRA 3VEOA 1LV5A 1BO5O 4FPBA 4CJFA 4LH5A 1HYVA 3OHRA 4FWQA 3SCXA 4CHOA 3BF3A 3L2VA 4Y1DA 3ZEUA 5HOOA 1C0GA 3GBTA 2FBVA 4MQ3A 4JLHA 5GAEP 1J53A 4KHUA 3ZETA 4M3TA 3OYKA 1HJOA 5GAGP 1K8AO 5BR9A 1VSDA 1RT1A 4MDAA 1NNEA 3QFUA 5LJVA 2CGJA 2CGKA 2GTDA 3ZSRA 3OYAA 2E8AA 4DS5A 2Z1HA 1LWFA 4OKEA 4O5FA 4XH4A 4CFDA 2O8CB 2G8VA 1T6CA 4CHNA 1JXBA 4BQZA 5C25A 5JVGL 5M1OA 3TAMA 4A2AA 3ZT0A 2QKKA 1LWEA 2NRXA 4BR4A 3ID6A 1Z05A 1Z6RA 4B8CA 5HBMA 2ZD1A 1S9GA 1J54A 1K8KB 3MDQA 1XMOK 4QCLA 4CI6A 4FVUA 2O8BA 4DV7K 1IBMK 4IOAL 3FZKA 3KD5E 3NDKA 3HT3A 2KLAA 3VEYA 1Q81O 3OJUA 1SUQA 1DGKN 1KRPA 1NMDA 2P9UB 4HTUA 2V52B 4FWNA 4FK0A 4FWKA 2A5XA 4IO9L 3QEVA 5KGXA 1TV6A 3I0SA 3P4IA 3J81O 4DU3A 3TAPA 2Z1GA 4PUOA 1I39A 5CHIA 4CEQA 4CF8A 1KVBA 1ZC6A 1VQKN 5C42A 2YX6A 2P51A 2P9NA 4GNIA 2FF3B 3AO2A 3QIOA 3UKRA 3KLHA 3O3FA 1X9SA 5I3UA 1K8KA 1YJNN 2O8BB 1BIZA 1WOQA 4X62K 3A5OC 4JS4A 4CZJA 1JLFA 4BWJA 4WFAL 3I56N 1RT5A 3VESA 1VRUA 3WNEA 5LY3A 2W6LA 2YCHA 1FKOA 3NGZA 2GBZA 2YHXA 1MWMA 1NK6A 2ZQBA 2BE2A 3UKRB 3U9DA 1QQCA 4DKWA 3T69A 4DR3K 3OYCA 3SJHA 4CIEA 3CC7N 3HP6A 3K9KA 3OVNA 4LC9B 1TKDA 3ZEUB 3QEWA 1NM1A 4DV4K 1EP4A 4PA1A 1NK8A 3GL1A 2PZSA 4CERA 4H5TA 1NWKA 1HKGA 4BR9A 4NXNK 5D3GA 3M5RA 4AHVA 2X74A 4H5WA 5AQIA 4AHCA 3V9WA 1KTQA 3O3GA 3ULDA 3HM8A 3K58A 3BP8A 3HPGA 1YVUA 4H0VB 3CFRA 5SZTA 3S9HA 2Z1IA 3PIPL 3FFKB 3MK6A 4M41A 4OPJA 1X9JA 3DMJA 1VQ9N 3L2WA 3F5TA 2B4JA 4IJNA 4H4OA 3THVA 3TABA 3KJVA 4C1NK 4B3MK 3SK3A 5LMUK 3HSTB 4E3SA 3CC2N 4DR2K 5AQLA 4CBWA 3IFRA 2X6NA 1ZYQA 3A5NC 1ZBUA 3G71N 1OH8A 3QBWA 4GV9A 5IWAK 3CG7A 2AJQA 3UKUA 2FF6A 4JAXA 3TAFA 3GDQA 1QQMA 4DG1A 2A42A 4O4GA 2DFFA 3V9SA 4EZ6A 4BRLA 2F96A 2QXLA 1RT6A 1RDWX 5DM6L 2D1KA 4W5RA 1ATRA 1W9HA 2V7YA 2BUPA 4JKAA 3DLHA 5BRDA 4HUEA 1XI1A 3CJCA 4M3XA 4EHTA 4DUYK 2VWJA 3VA3A 2D0PA 4CHYA 3AARA 4DUZK 4GY2B 5LJWA 4J2DA 4CJPA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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