3R6MA

Crystal structure of vibrio parahaemolyticus yeaz
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
212
structure length
212
Chain Sequence
AKILAIDTATENCSVALLVNDQVISRSEVAPRDHTKKVLPMVDEVLKEAGLTLQDLDALAFGRGPGSFTGVRIGIGIAQGLAFGAELPMIGVSTLAAMAQASYRLHGATDVAVAIDARMSEVYWARYSRQENGEWIGVDEECVIPPARLAEEAQADSKTWTTAGTGWSAYQEELAGLPFNTADSEVLYPDSQDIVILAKQELEKGNTVPVEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural Analysis of the Essential Resuscitation Promoting Factor YeaZ Suggests a Mechanism of Nucleotide Regulation through Dimer Reorganization.
pubmed doi rcsb
source organism Vibrio parahaemolyticus
molecule tags Hydrolase
molecule keywords YeaZ, resuscitation promoting factor
total genus 52
structure length 212
sequence length 212
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-03-21
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3r6mA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3r6mA02
2CGJA 3FLCO 1NGBA 1NGAA 4JHDB 3ZX3A 1DEJA 5BR9A 5AQMA 4PL7A 2YI1A 3O80A 5FPDA 3L0QA 4CZJA 4CZLA 4BRMA 4CZGA 3QFUA 4B1YB 1HKBA 3ID8A 1KAXA 3LL3A 4H0PA 2P9PA 3I33A 3VPZA 4HWIA 2A6AA 3AY9A 1E4GT 3HBTA 5AQVA 2V51B 3VEYA 4E1JA 1QZ6A 1J6ZA 5EOYA 1ESVA 1QQNA 5AQQA 4BR0A 2P9IB 3WXKA 2P9IA 5F0XA 3B8AX 1YVNA 4PKHA 2VWBA 4ISEA 5KQDA 2F9TA 1Z05A 3GE1A 4IO8A 5AZIA 2NLXA 1GLJO 1MWMA 2P9KB 5AQLA 4FOIA 4A62A 2GWKA 5JICA 1U2VB 3GBTA 3ZETB 4EHUA 5AQOA 2Q1NA 1NGJA 4KBOA 2QWLA 4BRCA 5E84A 4BRFA 1X3NA 2P9KA 3WT0A 1NGIA 5EX5A 1ATNA 1X9JA 4BC4A 2ZGZA 3O8MA 4AM6A 2I7NA 4XH1A 2HMPA 1U2VA 4H0TB 4CZKA 5EY4A 2P9NB 4A2BA 1C0FA 3ENOA 4BRAA 4JD2A 5LJVA 3CIPA 1IJJA 4FWMA 1GLEG 1QHAA 1K8KB 1JCFA 3AAPA 3ZX0A 3UE5A 1NGEA 2W40A 3O6WA 5BRFA 5AQGA 4MO5A 3SLCA 3QDKA 1HJOA 4FWLA 2YHWA 4BR9A 4BC3A 3RSEB 3H45C 5ADXH 2OANA 4FPAA 1V4TA 1RGIA 3G25A 1NGGA 2DPNA 2P9SA 5I9EB 3EN9A 2P9NA 4H5VA 2Q36A 1XQSC 4K25A 1TYQA 1ZXOA 3WXLA 4H5WA 2YHXA 1SZ2A 4WQ5C 4K41A 1D4XA 3WXIA 3GDQA 4EHTA 1NBWA 1T44A 2CH5A 1E4FT 2Q2RA 4H5TA 3TU5A 3VEOA 3VETA 2J4RA 4XH4A 4BQZA 3S41A 3MMVA 5AR0A 2PBDA 3ZETA 2IIRA 4B9QA 4O8KA 3UKRB 3IMXA 4B1XB 3ENHA 3QBWA 3ATVA 3VERA 3FFKB 5AZIB 4BRNA 3CJ1A 3VF4A 4BC2A 3EKSA 1KAYA 1RDWX 3CQXA 3SK3A 2E88A 3C7NA 4IWVA 4IZ9A 1ZC6A 1BWFO 3GL1A 2E2NA 3A5OC 2V52B 3CHWA 3H3NO 3O5BA 4K43A 3VEXA 4BROA 1H1VA 4NO7A 4QS8A 2FXUA 3ULEB 3DJCA 4BRGA 4FWQA 3SMSA 3WUHA 4BVPA 2H3GX 3DXKA 2HF3A 2FLOA 5AQIA 3LDQA 4FWNA 4BG8A 3KVGA 4H03B 5AQWA 3O08A 3O1WA 2QWNA 5BREA 2GELA 5AFUH 3VESA 4BR7A 3WEEB 4JHDA 5LJWA 2F9WA 1S3XA 5BRDA 3FZMA 1RFQA 2IVPA 3KHYA 4RCHA 2QM1A 3IDHA 2ZGYA 2PAVA 1HUXA 5B8HA 2E2QA 4BGAA 1XUPO 4XH5A 1IG8A 3L6QA 3MDQA 3BEXA 1BG3A 1GLCG 5KPTA 2VYPA 4H0VB 2A3ZA 4GNIA 5AQYA 1U6ZA 1BU6O 2QXLA 4A2AA 4EFHA 5LY3A 2A41A 3HI0A 1T6CA 1SQKA 3M1FA 3DXKB 1NGFA 4H5NA 4ISFA 3IFRA 2E2PA 1NGHA 4NB4A 5BPNA 2W41A 5BPLA 2QWRA 4RTFD 4J8FA 3ZEUB 3CETA 2QWOA 3VF6A 5AZJA 4JNEA 1NMDA 3BP8A 4CBWA 3R6MA 4I6MA 5AQRA 1NGCA 3A8YA 4CZIA 2ASOA 3FZFA 1K8KA 4B1ZA 4B1UB 4BR5A 4CBXA 1ATSA 1HX1A 2YCHA 4YDUA 3D2FA 4BR2A 3D2EB 1HPMA 1NM1A 3M6GA 1R59O 5AQZA 1OKJA 2V7ZA 3DXMB 4CZHA 3MK6A 4FWOA 1SAZA 4MO4A 4BRIA 3W3DA 5AFUA 1BA1A 4WQ4C 4AM7A 4BG9A 3IUCA 3GOIA 5FPEA 5KPRA 1S22A 2Q0RA 4FL9A 2WUSA 5AQSA 3DXMA 4WQ5A 3I8BA 5BN9A 3R9PA 2NZTA 5BN8A 3WQTA 3H3OB 4FO0A 2QWMA 4GY2B 5ELZA 2A5XA 1C0GA 4BR4A 3JS6A 1HLUA 4CBUA 3FE1A 1Q18A 5TKYA 2EWSA 1QQOA 3WQUA 5FPMA 3EL2A 2FF3B 3MN7A 2ITMA 5AQJA 4WQ4A 4BRPA 4CZFA 3BF3A 3CJCA 3MN9A 1NLVA 3VGKA 4B1WB 3AAQA 5JLFA 1G99A 4FWKA 4BGBA 5FPNA 2GWJA 4IJAA 4JAXA 3UB5A 5JLHA 3JXUA 4CI6A 2P9LB 4BRHA 2VCPA 1Z6RA 3ULEA 3HZ6A 1JCEA 4Z94A 4YDUC 3AARA 3CJ9A 2FF6A 3QICA 3SJHA 1X3MA 3A5NC 4HTLA 2I7PA 2ASMA 2D0OA 3KZBA 4ISGA 4JN4A 3DAWA 2CH6A 2YJFA 2A42A 3ZX2A 1WOQA 4CZMA 4CJ7A 4BRLA 1EQYA 1V4SA 2CGLA 2D1KA 3D2EA 2IVNA 3F9MA 1ZBSA 1LCUA 1MDUB 4IXCA 1GLDG 3VGMA 2BUPA 2GEMA 1P8ZA 3UKUB 3DWLA 3HM8A 3D2FB 4DHYA 3VGLA 4L3QA 4DCHA 1TUYA 3QB0A 1XC3A 3MN5A 3EO3A 5AQHA 4CD3A 5KQ8A 5AQKA 1YUWA 2AA4A 3J8AA 3L4IA 4JD2B 2FSNA 1BA0A 1T6DA 3CJ7A 4M7YA 1BO5O 2CGKA 2QWPA 3SMPA 3MN6A 3LDOA 4FSVA 3ATUA 1HKCA 5AZJB 4Y0WA 1BUPA 4MLHA 1LOTB 2D4WA 3U9DA 2V7YA 3QMLA 3CI5A 3WXJA 4LC9B 3U9ZA 1KXPA 1YAGA 1NWKA 4H5RA 2ASPA 3EZWA 2ZWHA 4CZEA 1BOTO 3A5MC 2FSKA 3W0LA 2D0PA 3H1QA 1MA9B 5EVZA 4DQ8A 4H0OA 4EIAA 3A0IX 2AP1A 2E1ZA 3WEEA 2E1YA 1GLFO 2QWQA 1CZAN 3O4WA 3VEZA 1MWKA 2P9LA 2P9PB 3BUZB 3CQYA 3P4IA 3RSEA 2P9UB 3O1BA 1BDGA 4I6MB 1GLAG 3LDPA 5AQNA 2KHOA 2Q31A 4FPBA 4H0XB 1YXQA 3LM9A 5CE3A 2UYTA 3VOVA 5BRHA 3R8EA 4BQLA 2E2OA 2P9UA 3HTVA 3MCPA 5F1XA 1KAZA 4WYBA 4BREA 1TUUA 4IJNA 2E20A 4M7XA 3H46O 3LM2A 4BRDA 3U4LA 1WUAA 4F9OA 4BC5A 1JCGA 3LDLA 5JMVA 4BRKA 4FOEA 4M63C 4BRQA 2BTFA 5AQFA 5F2RA 4CD1A 4A61A 2A40A 1GLLO 5AQTA 2P9SB 3CERA 2E8AA 4QS7A 5AQXA 1QZ5A 3D7EO 5BPMA 2HF4A 3LDNA 3UKRA 3C0BA 4QS9A 2ZF5O 2YJEA 2IVOA 2FSJA 2GTDA 3FR0A 5AQUA 4RWTA 2Q0UA 4O5FA 3QFPA 4FWPA 1GLBG 2Q97A 4FWSA 3FZHA 3U8XA 4B1VA 4MLEA 1TYQB 3TPQA 5EXWA 4PL8A 1Y64A 4H0YB 5KPZA 3VEVA 1HKGA 3ZEUA 3VENA 1ATRA 3FZLA 5ADXA 2HOEA 4PKIA 3OHRA 1NGDA 3CJBA 3GG4A 4EAHD 1DKGD 3H6EA 4DB3A 3VF2A 5E26A 3FGUA 4K42A 3UKUA 3VEWA 1QQMA 2NRHA 2YHYA 3H1VX 3EKUA 1DGKN 3BF1A 3A5LC 4FWRA 4PKGA 2GUPA 3HSCA 3M3ZA 3C7NB 3CJAA 3FZKA 4BVOA 4C23A 2QW9A 5AQPA 3QBXA 4XEIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2CGJA 3FLCO 3PV8A 3VQ8A 3K5OA 1DEJA 5AQMA 3L0QA 4CZJA 4CZLA 1HPZA 3NH0A 3QFUA 4B1YB 3K57A 3CCJN 3TANA 4KH5A 4H0PA 3VEYA 2V51B 4Z4CA 3WXKA 2P9IA 4FJIA 5F0XA 1TKDA 5KTQA 3HK2A 5KQDA 1VRUA 2F9TA 4CGJA 3GE1A 3WNHA 1GLJO 1MWMA 2PFUA 2RN2A 2YX6A 5AQLA 3I8DA 3SQ2A 1NOYA 3SBTA 1NJZA 2G8VA 1TK0A 3T19A 1Z26A 2DTUA 5AQOA 4FZZA 2UXDK 3ISNC 1NGJA 2QWLA 4HCBA 2FBYA 2DY4A 1X3NA 1VQNN 4E7JA 4BDZA 1X9JA 2VG7A 3V4IA 1SKSA 4DQPA 3HJFA 2JLEA 2P51A 2HMPA 4FCYA 3TAEA 1Y97A 1YJNN 4BRAA 2B4JA 1TGOA 4A57A 3TSPA 2IS3A 3EYZA 1WBDA 5EU7A 4JI6K 1TL3A 3DI6A 3THYA 4FWMA 2B5JA 2JWLA 4F2RA 1J54A 3LANA 1M90O 1KFDA 5AJ3K 1ZYQA 1K8KB 1JCFA 4GKKK 3O6WA 4MO5A 1KQSM 3QDKA 5GADP 2YHWA 3C95A 4FW2A 3CCEN 3AO3A 4NXNK 1QVFM 4DSFA 5ADXH 2BE2A 4FJLA 3N4PA 1RGIA 3G25A 2DPNA 3THVA 2OZMA 3L2UA 1KVAA 2P9NA 3E66A 4H5WA 1NKEA 1LW0A 3CCMN 1WSIA 3NCIA 2ITGA 1NBWA 1VSDA 1F21A 2GBZA 3TU5A 3VEOA 3VETA 2J4RA 2XY6A 3OYBA 1RILA 3ZETA 4I9QA 4O8KA 3CC2N 1GOBA 3ENHA 3QBWA 3QETA 3VERA 4MDBA 4KKOA 3CJ1A 4DFKA 1WSHA 3EKSA 3AO4A 3VQ7A 4JKAA 2E88A 4FM0A 3LP3A 4F2SA 1ZC6A 4B9NA 3VA3A 2P5GA 1NKBA 4JKHA 3H3NO 3G71N 3P38A 4NO7A 4RW4A 2D5RA 2FXUA 1YTUA 4CJSA 4LF4K 1IKXA 1LV5A 5HRNA 2H3GX 3DXKA 1NG9A 1OH7A 4FWNA 4H03B 3T7ZA 3KK7A 1HYVA 5AFUH 3L8BA 1BIZA 3VESA 4JI0K 3DLBA 3TABA 5BRDA 1M1KO 1RCHA 2HVIA 3KHYA 4C8LA 2QM1A 2ZGYA 2Z1GA 2E2QA 3KIOA 5HLFA 3MX2A 4DFPA 1WLJA 2VYPA 2A3ZA 4GNIA 5AQYA 1X9WA 1U6ZA 4KHQA 4BDYA 4OO1J 1NMNA 5DMRA 4E7KA 4PQUA 1SQKA 4B08A 4DR3K 5JVHL 3OYGA 4NB4A 2G8HA 3AA4A 4ICLA 3WNEA 4J8FA 3VA0A 1RT2A 1NMDA 1SKWA 1NK9A 1L5UA 3RVCA 4DR1K 4CFBA 4WFNL 2YCHA 4FLUA 2QXFA 4M3ZA 1IO2A 2O8CA 4BR2A 3NH1A 3OYMA 5KGWA 1VSFA 1IKWA 3V9UA 3DRRA 3NH2A 5FROA 5AFUA 1BA1A 1W2BM 4AM7A 1CXQA 3GOIA 3SYZA 4AF1A 3PLAA 1S22A 3PIOL 2Q0RA 1XC9A 4YOWA 3DXMA 1IBKK 5BN9A 2YHBA 4KO0A 3KTQA 1ASVA 3H3OB 3SI6A 1DLOA 4KHSA 1VQON 4BR4A 3FE1A 1YHQN 2PYLA 4FJHA 1LWCA 3EL2A 3MN7A 1VQKN 2ITMA 4BACA 3AA3A 1S1TA 3PSFA 3D6RA 4FW1A 2X6NA 1WN7A 3CJCA 1NLVA 5JLFA 1YTAA 1S6QA 2XY5A 1S5JA 4BGBA 2GWJA 4DV6K 3JXUA 4WFAL 4CEAA 1Z6RA 3AARA 3CJ9A 3QICA 1C0MA 3SJHA 5C15A 4DR4K 1JLBA 1X3MA 2I7PA 4JN4A 4KH6A 3ZX2A 2Y1IA 4I9LA 3AA5X 1BCMA 4KV8A 3L2VA 1J9AA 4OLAA 2IVNA 3SV3A 1HJRA 1D5AA 1LCUA 1LW2A 3QLHA 2IC3A 5C0YA 4IXCA 5CYQA 3ZSRA 1B92A 2VG6A 2GEMA 3UKUB 1RDCA 4Z0UA 4DHYA 4L3QA 2Z1JA 3VQ9A 1RBRA 3CCSN 1XC3A 3MN5A 2HHTA 5HBMA 4R79A 3CD6N 3EO3A 1KVCA 4Z4EA 3HVTA 1P90A 4JD2B 3CC4N 4DV3K 2NRXA 1OH5A 4U67L 2X6SA 4KTWA 4FSVA 3LDOA 4MDAA 4GW6A 1HKCA 5AZJB 1RTDA 4AILC 1BUPA 3PX0A 1LOTB 4LFAK 3HXMA 2HHQA 3U9DA 1WAFA 4CGFA 5J1EA 1HYZA 4M42A 4LC9B 3TSUA 1CZBA 4CGGA 1NJWA 1YI2N 2YNGA 4H5RA 1RDUA 3KLEA 2ZWHA 1Q7YO 2D0CA 1BQNA 3A5MC 4H0OA 3B6OA 2E1ZA 4DSKA 3VEZA 1CZAN 1KLNA 2UXBK 3TAFA 3AVBA 2KLAA 2P9PB 4F4KA 4B3MK 4PY5A 1BI4A 2P9UB 4X66K 5JVGL 1S72N 3O1BA 4I6MB 4DU1A 2EHGA 4F3OA 4H0XB 2WONA 4NCBA 3LM9A 3HP6A 4DFJA 3AVAA 4KI4A 4CJLA 1HNZK 3R8EA 4BQLA 3QEXA 3MCPA 3Q7BA 4BREA 3ZT0A 3KKRA 4IJNA 4DF4A 3THXB 2E20A 3EZ5A 4BRDA 4FM1A 4DU3A 4F9OA 3E9LA 1X9SA 4CECA 4IOAL 1EWQA 4FVUA 5JMVA 4FOEA 3MEGA 4M63C 4CF9A 1NK6A 2BTFA 5F2RA 3TWHA 2A40A 1GLLO 1WSFA 4MFBA 4FJ9A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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