3R6MA

Crystal structure of vibrio parahaemolyticus yeaz
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
212
structure length
212
Chain Sequence
b'AKILAIDTATENCSVALLVNDQVISRSEVAPRDHTKKVLPMVDEVLKEAGLTLQDLDALAFGRGPGSFTGVRIGIGIAQGLAFGAELPMIGVSTLAAMAQASYRLHGATDVAVAIDARMSEVYWARYSRQENGEWIGVDEECVIPPARLAEEAQADSKTWTTAGTGWSAYQEELAGLPFNTADSEVLYPDSQDIVILAKQELEKGNTVPVEE'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords YeaZ, resuscitation promoting factor
publication title Structural Analysis of the Essential Resuscitation Promoting Factor YeaZ Suggests a Mechanism of Nucleotide Regulation through Dimer Reorganization.
pubmed doi rcsb
source organism Vibrio parahaemolyticus
molecule tags Hydrolase
total genus 52
structure length 212
sequence length 212
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-03-21
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3r6mA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3r6mA02
4BRKA 2A42A 4K42A 3DAWA 2Q97A 4IXCA 5B8HA 2I7NA 5JMVA 1NBWA 3B8AX 4BRNA 1NM1A 3UKUA 1HJOA 3HTVA 3VGMA 1ATSA 4H5RA 4FWKA 2HF4A 5BPMA 4O8KA 3CJ7A 4CZFA 1NGBA 4BRCA 3LDQA 1MA9B 5EY4A 4M7XA 4BRHA 1TYQB 3VEVA 1U2VB 3OHRA 4CZMA 1Y64A 4QS9A 4IWVA 2A41A 5BPNA 3MCPA 4H0VB 1MDUB 4BGBA 3LM2A 3O80A 2GELA 5EXWA 3L6QA 3TPQA 3BF1A 1E4GT 2E8AA 4AM7A 2E1ZA 4NO7A 4K41A 3JS6A 5EOYA 3VPZA 3A5NC 4L3QA 4H03B 3CETA 3H45C 4FWRA 3F9MA 3SJHA 4Y0WA 1QQNA 4B1UB 1TUYA 1WOQA 1SQKA 3A0IX 3TU5A 3IFRA 2GWJA 5E26A 3HM8A 1V4SA 3GE1A 1ESVA 2FXUA 3R6MA 5F1XA 3SMPA 2QWMA 1D4XA 3CJ1A 5LJVA 1X3NA 4HWIA 2QWOA 3WXLA 4BG8A 4H0OA 3CJCA 5BREA 2V7ZA 2V51B 3WXJA 3EN9A 1NLVA 1BO5O 3JXUA 3IUCA 2CH6A 2E20A 3H46O 5AQMA 5AQWA 3M3ZA 3QFPA 2D4WA 2E2OA 5ELZA 4A2AA 3DXMA 5AQGA 5ADXH 2YI1A 4A2BA 5KPTA 4RTFD 4F9OA 3BUZB 3R8EA 1NGHA 2QWNA 4KBOA 4J8FA 1GLBG 4CI6A 2FSNA 4JAXA 1P8ZA 1BUPA 2HOEA 5AQJA 2VYPA 2NRHA 2A3ZA 2FF6A 1BU6O 4QS8A 4ISEA 2W40A 2GUPA 1TUUA 1HPMA 2YJEA 3CQXA 3ULEA 2FF3B 2YHYA 3KHYA 4QS7A 1ZC6A 3UKRB 3ZEUA 5KPZA 4CD1A 3MN9A 3WQUA 3VGKA 4BRDA 4H0YB 2YHXA 4E1JA 2E88A 2F9TA 1X3MA 3CJBA 1LCUA 3ZX2A 1HLUA 1KAXA 1GLFO 4FSVA 1GLEG 4B1WB 4CBWA 2VCPA 3A5OC 4FWPA 2CH5A 4EHUA 4DHYA 3MN5A 4CZJA 3DXKA 3D2EB 4AM6A 5AQIA 3ZX0A 1JCGA 1XQSC 4H5TA 3LDOA 4PKIA 1BA1A 5AFUH 2AA4A 3SMSA 4BRPA 1QQOA 1BA0A 2QWLA 4CZHA 3H6EA 2F9WA 2E2PA 3ULEB 5FPDA 4H5NA 3LDPA 1EQYA 2ZGZA 1S3XA 3O5BA 3WXKA 4JNEA 3ZEUB 4B1YB 2A6AA 4BR2A 2EWSA 4DQ8A 1V4TA 2D1KA 4FWQA 1C0FA 3M6GA 1T6CA 1SAZA 1YAGA 3QMLA 3C7NA 3LL3A 5CE3A 2UYTA 5JICA 2QW9A 4JN4A 5AQYA 2YJFA 1YXQA 5KPRA 3CQYA 2V7YA 1QZ5A 5BRHA 1G99A 3EL2A 1RDWX 4CZLA 1NGCA 1DEJA 3U9ZA 1GLCG 3DXKB 2FSKA 2GEMA 4FPBA 5AQNA 1Z05A 3O4WA 4K43A 2FLOA 3ENHA 2IVPA 1C0GA 1HKBA 3QICA 5FPNA 4BC2A 1JCEA 4GNIA 1HKGA 4XH4A 2IVNA 3S41A 4CZEA 2Q2RA 3DJCA 3R9PA 3VF6A 4EIAA 3QBXA 3QFUA 3UKUB 3ENOA 4BRFA 3HZ6A 3AAPA 2ASPA 1BWFO 1SZ2A 5LJWA 1NGEA 2YCHA 3C7NB 5AQOA 4BR7A 3BEXA 5AZIA 3GBTA 4JD2A 4FPAA 3FLCO 3I8BA 1OKJA 1ZXOA 5TKYA 2Q36A 1KXPA 2QXLA 1GLAG 3RSEA 2QM1A 3FZHA 4M7YA 3U4LA 1T6DA 1YUWA 3EO3A 5I9EB 3LM9A 5AQZA 2KHOA 1NGGA 4BR5A 1GLLO 2HMPA 3W3DA 3ZETA 2CGKA 4ISGA 2D0PA 3VENA 3FZFA 3EKSA 3VEZA 2AP1A 3DWLA 3VEOA 3CJ9A 5AQFA 5BPLA 4H0PA 3VERA 1GLDG 3A8YA 5LY3A 4A61A 2GWKA 2Q31A 4XH1A 1BG3A 3CJAA 3VETA 3VF4A 5E84A 3HSCA 5JLFA 3WEEA 3UE5A 3W0LA 3AARA 4H5VA 4M63C 4WQ4A 4WQ4C 2GTDA 4FWLA 5AZIB 1NWKA 4JD2B 3HBTA 3GL1A 4FWSA 4BRAA 5AQLA 3L4IA 2P9SA 4WQ5A 4B1VA 4WQ5C 1KAYA 3GOIA 4NB4A 2ZWHA 5AR0A 3ZETB 1Z6RA 3A5MC 1RFQA 4I6MA 3CERA 3DXMB 3MMVA 4IJAA 4PL8A 3U8XA 1JCFA 3ATVA 1CZAN 3SLCA 4MLEA 1XC3A 3FZMA 4BRQA 4B9QA 1YVNA 2D0OA 4FO0A 4H0TB 4CBUA 2J4RA 4BC4A 2VWBA 2W41A 5BRDA 1DKGD 3VEWA 5AZJA 3FE1A 1TYQA 3SK3A 2HF3A 3FFKB 3O08A 4IZ9A 4LC9B 2P9PA 2ZGYA 3O1WA 5AQRA 3MN6A 4BGAA 5AQSA 2P9SB 4MLHA 4BRGA 3LDLA 1KAZA 5FPEA 3HI0A 3WQTA 3H1VX 2P9NA 3I33A 3U9DA 3O8MA 4MO4A 2ZF5O 3EZWA 4CJ7A 3H3OB 1NGDA 2P9UA 5BR9A 5EVZA 4I6MB 3BP8A 4FL9A 5EX5A 1LOTB 4RCHA 2CGJA 3ZX3A 3L0QA 4BQLA 3FZLA 4JHDA 4FWOA 3UB5A 2PAVA 3BF3A 3VF2A 3WT0A 5AQHA 3G25A 4H0XB 4WYBA 4BC3A 4BRIA 3KVGA 2NZTA 3VEYA 4EAHD 3H1QA 4BR0A 5AZJB 5BN8A 3KZBA 5BRFA 4BR4A 2P9LA 4FWMA 1WUAA 2P9PB 5KQDA 3VESA 4PL7A 3D2FA 4HTLA 3LDNA 3M1FA 2FSJA 1HKCA 2ITMA 4C23A 4B1ZA 4DCHA 3AY9A 4MO5A 2Q0RA 1BDGA 4FOIA 1RGIA 2P9NB 4O5FA 1NGJA 1QQMA 5KQ8A 2V52B 4PKGA 2P9UB 4FWNA 4YDUA 4YDUC 4BVPA 3D7EO 5JLHA 4BQZA 2P9IA 1HX1A 3IDHA 4JHDB 1QHAA 1X9JA 2ASMA 2DPNA 2P9KA 3C0BA 2E2NA 1NGFA 1ATRA 2ASOA 2QWQA 3IMXA 3O6WA 1MWKA 3EKUA 1DGKN 3MN7A 1E4FT 3VEXA 4H5WA 4BR9A 5AQVA 5AQUA 5AQKA 2H3GX 1GLJO 2P9LB 1H1VA 2WUSA 4XH5A 4A62A 3QB0A 3MDQA 3O1BA 2OANA 3D2FB 2IVOA 4XEIA 1U6ZA 1Q18A 3UKRA 4CZGA 2A40A 3WXIA 2I7PA 2NLXA 3CIPA 4CBXA 4BREA 4CZKA 3ATUA 2PBDA 3FR0A 3MK6A 5BN9A 1R59O 3J8AA 1NGIA 3AAQA 4CD3A 1HUXA 5ADXA 1J6ZA 4IJNA 3CI5A 3H3NO 5AQTA 2QWPA 2E2QA 2P9IB 4GY2B 3RSEB 2P9KB 3D2EA 2IIRA 2YHWA 1S22A 1NGAA 5AQQA 1K8KA 2CGLA 2Q0UA 4K25A 1IJJA 3A5LC 4FOEA 1T44A 3QBWA 3GDQA 3QDKA 4BRMA 2A5XA 1BOTO 4BRLA 4IO8A 5AQPA 4RWTA 2Q1NA 4DB3A 3GG4A 4B1XB 4BROA 4CZIA 1XUPO 3WEEB 3VGLA 4EFHA 2QWRA 1NMDA 3FGUA 3CHWA 4Z94A 1IG8A 2BTFA 3FZKA 1U2VA 2BUPA 1ATNA 1QZ6A 4BVOA 4ISFA 4EHTA 2E1YA 1ZBSA 3P4IA 1MWMA 5F0XA 5F2RA 4BC5A 3ID8A 4PKHA 3VOVA 5FPMA 1K8KB 5AQXA 5AFUA 3WUHA 4BG9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BRKA 3ZYYX 2OYQA 5B8HA 3TAQA 3CFPA 3ENBA 4KHPK 4DU4A 2O8DA 3SQ2A 2X74A 4OPAA 2HF4A 4KREA 3CJ7A 4CZFA 1BIZA 4OO1J 4CEFA 1TYQB 3VEVA 4ZTFA 3OHRA 4DFMA 5HL7L 2RHKA 4IBNA 3HP9A 3KTQA 4IWVA 2A41A 3EEQA 3MCPA 4JKAA 2GELA 4EP4A 3NDKA 4NYNA 4QAGA 5M1FA 5EXWA 4CEBA 4EZ6A 3TPQA 3SZ2A 2E1ZA 1S1UA 4K41A 1BCOA 3JS6A 2HB5A 1RBTA 4CK2A 4L3QA 1NKBA 4H03B 4WF9L 2KZMA 4FK2A 4FWRA 4DSKA 2YHAA 4B1UB 1WOQA 3TU5A 3TTFA 4CHZA 3HRGA 5E26A 3HM8A 1TK5A 4KHNA 4KKOA 3KLGA 1IG9A 5C0YA 3LAMA 4LSLA 4L8RB 3R6MA 3OS0A 5F1XA 3SMPA 2ZQBA 1WN7A 5GAHP 1D4XA 4YOXA 2HHHK 4CGGA 5LJVA 1X3NA 3O3FA 4CGIA 4BG8A 3OBWA 3AA3A 3EN9A 1K73O 4M3WA 1WSHA 3CF5L 4C1NK 3LZIA 2E20A 3M3ZA 4CJ3A 5ELZA 4A2AA 1N32K 3V9WA 1YI2N 3SPYA 2O8CA 5HROA 2NUBA 5M1KA 2G8HA 3LPUA 4KBOA 1HYZA 2OTLN 3SCXA 4X66K 5LMNK 2O8BA 1EKEA 1BU6O 3KKRA 4DSEA 4KV8A 1TUUA 4CHQA 3I0SA 4QS7A 4DTJA 1YITN 1VQ7N 3CM5A 4X62K 5KPZA 2W42A 3WQUA 3VGKA 3LALA 3SV4A 3ZLJA 1TKTA 5HRNA 2E88A 2F9TA 3E01A 4B3OA 4CIFA 4WFNL 1HLUA 1GLFO 4DS5A 4RW9A 3EY1A 3MN5A 4CZJA 3FFIA 1YTUA 4O44A 4AM6A 4M42A 4EP5A 4N47A 3LDOA 2O8BB 4BRPA 1BA0A 2QWLA 4CJWA 4H5NA 3ZCMA 1RCHA 3CMAN 3O5BA 4B1YB 4JNEA 1U49A 4JLHA 2UXDK 2IS3A 2D1KA 3CM6A 1T6CA 4DTUA 2W6KA 3QETA 5CZ1A 3C7NA 2UXBK 4CFBA 3F9KA 1X9WA 1TAUA 2G8VA 4JN4A 4OGEA 3O9UA 1YXQA 3HPGA 3CQYA 5M1OA 1N34K 4JKHA 1QZ5A 3EL2A 4DF4A 1RDWX 1NGCA 3U9ZA 5J2QA 3OYGA 1VSKA 4K43A 3CFOA 3ENHA 2IVPA 1C0GA 1HKBA 5FPNA 4BC2A 3DRSA 1WBDA 1HKGA 1K6YA 2WONA 3QEPA 3S41A 3TR8A 1S9GA 2Q2RA 3VF6A 3OJSA 3QBXA 5CZ2A 3QFUA 4JRQA 3ENOA 1O1WA 4I7FA 1D8YA 5KRTA 3SAFA 2PY5A 4BE0A 4ILJA 3NMUA 1BWFO 3LPTA 2YCHA 3C7NB 3G10A 5AZIA 3GBTA 3C95A 4JD2A 4CJ4A 3FLCO 2PYJA 3I8BA 5TKYA 4I2PA 4R79A 1GLAG 3ULDA 1RILA 4AHTA 5IWAK 1U47A 2QK9A 2VG6A 3WNHA 1BISA 1GLLO 3ZETA 3THVA 1HQEA 1WSFA 1HNWK 1RBUA 1T05A 4E7KA 2OPPA 4O55A 3K59A 2ZM6K 3ISNC 3VQPA 1VQ6N 2Q31A 1BG3A 3KK7A 3DLBA 4OX9K 3VETA 3VF4A 3RMBA 1JLEA 3SUOA 1NJYA 2OZSA 3UE5A 2X6NA 4E7LA 2A1RA 1Q82O 4ICLA 3ZSRA 3W0LA 4CVNE 4H5VA 2W6LA 4WQ4A 5AZIB 3NCIA 1NWKA 3LP0A 4CF9A 4JD2B 3KLHA 3C94A 3AGKA 1WSJA 1S1WA 3QIOA 2FBTA 4Y1CA 3GOIA 3SUNA 1RT3A 3OYKA 3T69A 3ZETB 1Z6RA 3A5MC 1SKSA 3CERA 4IJAA 5EU7A 2NRXA 3TTDA 1I94K 3ZSXA 4FJMA 4FO0A 2J4RA 3DLKA 4MDAA 4BC4A 3OYEA 2W41A 4BE1A 4CHPA 4DR3K 2ZE2A 4IZ9A 5GINA 2NRTA 4LF9K 3ALYA 4LSNA 1VSDA 1S1XA 3MN6A 4GMJB 4KTWA 5HBMA 5KGWA 3LDLA 1KAZA 3ZSWA 3I33A 3U9DA 1HQUA 4B3SK 3M8RA 4ZTJA 1C1CA 4DLGA 5BR9A 4FL9A 3VMFB 5CR4A 2PAVA 3WT0A 2JLEA 1KC8O 5AQHA 1R0AA 4K8XA 4WYBA 4Z4CA 3RRHA 4BRIA 4EAHD 3H1QA 3HO1A 1WB9A 2XY7A 5BRFA 4DQIA 2P9LA 4N56A 4LH5A 3SV3A 3TARA 1ITGA 2FSJA 4M3TA 2BH1A 4DU3A 4FOIA 1IBKK 1YF5L 3PSIA 3LZJA 1RGIA 4O5FA 3VQ6A 1IBMK 1RNHA 3DLLL 4QOZB 4KH4A 4MFBA 4FWNA 4HCCA 4YDUA 2LSNA 3D7EO 4CECA 2Z1GA 1ZBFA 3KD1E 4AHUA 3OYDA 4KHWA 3M8SA 4CJTA 4KHUA 4Z4FA 2VGMA 3IMXA 2ASOA 3O6WA 4NCAA 1MWKA 3ZT1A 3MN7A 3VEXA 4NXMK 3WXMB 2VQEK 4CIGA 3MXMA 5DMRA 2D0CA 2P9LB 4JKBA 1J9AA 3CCMN 1IKYA 4AH9A 4FJ8A 4E0DA 1OVYA 4ID5A 3QEIA 4AHRA 1KFSA 2WBNA 3WXIA 4CBXA 4IO9L 4JI3K 3ATUA 1U04A 3CCJN 2NNWA 1RBSA 1N5YA 1NGIA 3OYHA 2XO7A 4OVLA 1J6ZA 5KRSA 1HJRA 5IT9O 3TAMA 3D2EA 4CGJA 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1WSIA 4J8FA 4CI6A 5T7BA 4DFPA 1BUPA 4JI5K 2VYPA 1VHXA 2A3ZA 2FF6A 1VK0A 2IGIA 3RMDA 4QS8A 3OYNA 4KAZA 4IFYA 2GUPA 4ILGB 1HPMA 3TSPA 1KRPA 4C8MA 1KD1O 1S1VA 2WOMA 3KHYA 3RTVA 3SBGA 1KVBA 1ZC6A 3OTOK 3LAKA 5LMUK 3MN9A 1QTMA 3IS9A 2ZJPL 3HPHA 1C0MA 1X3MA 3KLFA 3CJBA 4DV2K 1TKDA 3KK3A 4UY8O 2HHUA 4LF6K 2O4IA 1S6PA 2VCPA 1WLJA 3HM9A 1XNQK 5FDLA 4DHYA 1VSLA 4KHQA 3DXKA 3L2UA 3OYMA 1UA0A 4B9VA 4PKIA 2HBKA 4W5TA 5M1QA 3K9JA 4ID1A 1QQOA 4H8KA 1EXQA 3TAEA 3V9XA 3LDPA 4LY7A 3VQCA 3SUQA 3WXKA 1WSGA 2A6AA 5CYMA 3M8QA 1V4TA 3L4QA 4J2EA 3I0RA 4A59A 5CE3A 2UYTA 3V4IA 2XY6A 3PX4A 4KPYA 5BRHA 1G99A 2EHGA 5HRSA 3HXMA 4W5NA 4OKKA 2YNFA 2HHWA 1GLCG 3AVBA 3DXKB 4DQSA 2GEMA 3E66A 2E4LA 5AQNA 4RW4A 1Z05A 1HR0K 4DSFA 2QTDA 3CC4N 3MAQA 2FBVA 1JCEA 1C1BA 3O9QA 4XH4A 4CHNA 1KTQA 3DJCA 4EIAA 2NRZA 1KQSM 2O8DB 3CFRA 4ELTA 3TTCA 3S9HA 4B9LA 4CF1A 3L3VA 1QSSA 1T03A 4CJVA 2RPIA 3NF7A 2ASPA 4I9QA 1SZ2A 1NKEA 3VN5A 4OGCA 5AQOA 3PX6A 3BEXA 3L3UA 4JEPA 4AF1A 4FM1A 4FPAA 3O9TA 3OYFA 1LWCA 1KXPA 2QXLA 5C24A 4CJLA 3AVGA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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