3R6MA

Crystal structure of vibrio parahaemolyticus yeaz
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
212
structure length
212
Chain Sequence
b'AKILAIDTATENCSVALLVNDQVISRSEVAPRDHTKKVLPMVDEVLKEAGLTLQDLDALAFGRGPGSFTGVRIGIGIAQGLAFGAELPMIGVSTLAAMAQASYRLHGATDVAVAIDARMSEVYWARYSRQENGEWIGVDEECVIPPARLAEEAQADSKTWTTAGTGWSAYQEELAGLPFNTADSEVLYPDSQDIVILAKQELEKGNTVPVEE'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural Analysis of the Essential Resuscitation Promoting Factor YeaZ Suggests a Mechanism of Nucleotide Regulation through Dimer Reorganization.
pubmed doi rcsb
molecule keywords YeaZ, resuscitation promoting factor
source organism Vibrio parahaemolyticus
molecule tags Hydrolase
total genus 52
structure length 212
sequence length 212
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-03-21
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3r6mA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3r6mA02
5AZJA 5FPNA 3W3DA 1NGEA 1H1VA 2FSNA 4KBOA 1QQMA 3QFPA 3SJHA 4BRQA 4BR2A 4H5RA 4WQ5A 1BO5O 3MCPA 4XH5A 3LM9A 2FF3B 3ID8A 1KAZA 4WYBA 4FWLA 3I8BA 4IZ9A 4FSVA 2E20A 2D4WA 3AY9A 3LM2A 3O80A 1ATSA 2FSKA 1P8ZA 4IXCA 4B1VA 4EFHA 1J6ZA 5BPLA 2IVNA 3KZBA 3JS6A 1V4SA 4BROA 1K8KB 3D2FB 1IG8A 4M63C 4BRDA 5FPEA 1XUPO 2P9IB 2PAVA 3VEWA 1X9JA 1BDGA 3FZLA 1NMDA 2A40A 3SMPA 4F9OA 4FWSA 1S22A 2IIRA 1HJOA 4I6MA 4C23A 4CZLA 2OANA 2E2PA 4FPAA 4IWVA 4EIAA 4BRKA 2NRHA 3MDQA 5AQUA 2A42A 2ITMA 3FE1A 3ATUA 2YCHA 3EN9A 4FWPA 1K8KA 3D2FA 1IJJA 1HLUA 1HX1A 3D2EA 1LOTB 3F9MA 4CZKA 5ADXA 3U8XA 1HUXA 1G99A 4K41A 4CI6A 3C0BA 3U4LA 4XH1A 3UKUA 4BC3A 1GLCG 2CH6A 3DXMA 2E88A 3HZ6A 3VOVA 4QS9A 3EO3A 2D0PA 4CZJA 3VESA 1WOQA 4CZEA 2YHWA 3C7NB 4Y0WA 4CZGA 1NBWA 4PKHA 2NZTA 1ZBSA 5BN9A 4GY2B 3M6GA 1NGCA 1E4GT 2GUPA 2BTFA 2IVPA 4FWKA 2EWSA 2FF6A 1TYQB 2A6AA 5F2RA 3LL3A 5KQDA 4J8FA 2ASMA 3HSCA 2GWJA 3BP8A 4MO4A 2IVOA 4BG9A 5JMVA 1T6CA 4BVPA 1CZAN 3C7NA 3VENA 3FFKB 3O1WA 5BREA 3GG4A 3WQTA 3VERA 3MMVA 3QFUA 3A5NC 1JCEA 1QZ5A 1DKGD 3RSEB 3ENHA 3CIPA 5AZJB 3IMXA 1BWFO 2E2OA 5KPRA 1C0GA 3MN7A 2V52B 3J8AA 3H46O 2ASPA 1SZ2A 5AQRA 1X3NA 4FWRA 5AQTA 3BF3A 4CBUA 4CBXA 2FSJA 3L0QA 1HPMA 5AQZA 3MN9A 1NWKA 3FR0A 3CJCA 3HI0A 3A8YA 2FLOA 4AM6A 4CBWA 2CGJA 3WEEB 4DHYA 3BUZB 2P9KB 2GWKA 2NLXA 1C0FA 3DWLA 1QQOA 4HWIA 2W41A 3A0IX 3CETA 1D4XA 4BG8A 4FL9A 5AQJA 4BRFA 2CH5A 4K43A 2A3ZA 1BA0A 4H5VA 3MN5A 3G25A 4CJ7A 1ZXOA 1YVNA 3H1VX 2V51B 3ULEB 4I6MB 2P9PB 1E4FT 5JLHA 3WEEA 4GNIA 5BPNA 2P9KA 5I9EB 3VPZA 3UE5A 1NGJA 5EVZA 3O1BA 5KPTA 2HF4A 4BR9A 4JD2A 5EY4A 5ADXH 2Q1NA 1GLEG 1EQYA 3D2EB 4A61A 5LJVA 4EHTA 3R8EA 1ATRA 4XEIA 2AP1A 3TPQA 3LDLA 4B1WB 4BR7A 1X3MA 4FWNA 1TUYA 5LJWA 4O5FA 4FOIA 1XQSC 3BF1A 3QBWA 4JAXA 3ULEA 2P9PA 3U9DA 2A5XA 3UKUB 1WUAA 3U9ZA 4BRMA 3DXMB 3KHYA 5KQ8A 4ISGA 3AARA 1V4TA 1BG3A 3AAPA 5JLFA 2ZGYA 3QICA 4A62A 1RDWX 3OHRA 2QWQA 1R59O 3VETA 2Q31A 4WQ4C 3L4IA 4IO8A 4BC2A 1YAGA 4CZMA 3H45C 3AAQA 3HBTA 3CJAA 2HMPA 3ZEUB 4BR4A 2WUSA 3FLCO 3SK3A 3IUCA 3WXLA 3ZETB 1HKCA 4CZFA 2GTDA 2FXUA 2J4RA 4PKGA 4RCHA 3VEOA 5AQQA 2Q0RA 2KHOA 3DJCA 4B9QA 3WT0A 1GLDG 4XH4A 5EXWA 5AQSA 3LDPA 3O08A 5AQWA 3P4IA 4JNEA 4EAHD 3FZKA 4LC9B 3WUHA 2QWMA 2Q2RA 4YDUC 3ZEUA 1KAXA 3O5BA 4H5TA 3D7EO 5F0XA 5F1XA 3ZETA 3R6MA 5AQYA 1QZ6A 1Z6RA 2I7PA 2VCPA 3UB5A 4BRLA 3CI5A 4H5WA 3VGMA 2QM1A 2E2NA 3MN6A 4NB4A 3SMSA 3LDOA 4M7XA 4H0XB 3B8AX 1JCGA 5E84A 5AQOA 3VEYA 4BRHA 3VGLA 2HOEA 3DXKA 4B1YB 4BRCA 4BC5A 2GELA 3TU5A 2W40A 1MA9B 4BRGA 4FOEA 3VGKA 2D0OA 5LY3A 3ENOA 4H0YB 1T6DA 3CJ9A 4H0TB 1NLVA 4YDUA 5EOYA 4M7YA 5KPZA 1GLAG 4BGBA 4B1ZA 2YI1A 2CGKA 4O8KA 3CHWA 2E1ZA 2YJEA 3HTVA 5JICA 1BUPA 3CQXA 2F9TA 3A5MC 3EKUA 3A5LC 3MK6A 5AFUA 2QW9A 2P9SA 4JD2B 2Q97A 3H3OB 4A2AA 4BRPA 2QXLA 2QWRA 3EL2A 2PBDA 4ISFA 5BRHA 2P9LB 3CJ1A 2ASOA 4H03B 3GE1A 2V7ZA 2VWBA 3O6WA 5AQFA 2E1YA 5FPMA 4PKIA 1TUUA 4B1UB 4CD3A 1NGFA 2AA4A 1DEJA 3FZHA 4K42A 5AQGA 4FPBA 5AQXA 1GLJO 5AZIB 4MLEA 2HF3A 5EX5A 3ATVA 5BRDA 2YHYA 2D1KA 3M3ZA 2QWPA 5AQHA 3W0LA 2P9LA 2Q0UA 3LDNA 3WXIA 4ISEA 3H3NO 3S41A 4BREA 5AQVA 2F9WA 4BQZA 3GBTA 4K25A 3QDKA 4DCHA 4RTFD 4FWMA 1MDUB 5CE3A 5BPMA 1KAYA 3EZWA 5ELZA 5AZIA 2H3GX 4BC4A 2Q36A 3FGUA 1U2VB 2ZF5O 4JHDB 3WQUA 1T44A 3GOIA 1RFQA 1NGIA 4BR5A 3VEVA 3SLCA 5AQMA 1Q18A 2V7YA 1NGHA 3IFRA 3UKRB 1BOTO 3ZX3A 4NO7A 1YUWA 1NGGA 3VF2A 5TKYA 4Z94A 1XC3A 2P9NB 3VF4A 5BRFA 3ZX0A 3R9PA 4E1JA 1ESVA 2QWNA 3CJ7A 1HKGA 3JXUA 2YHXA 3QMLA 4JN4A 1DGKN 1U2VA 3L6QA 2P9IA 1JCFA 4JHDA 3H1QA 4H0VB 5AQPA 3CQYA 1HKBA 2QWLA 3DXKB 4L3QA 1NM1A 4FWQA 4H0PA 5AQLA 4CZIA 3GDQA 1NGBA 3UKRA 4FWOA 2A41A 2P9UB 4WQ4A 4A2BA 3VEZA 1NGDA 1MWKA 4BGAA 5BN8A 1ZC6A 2P9NA 4MO5A 5BR9A 4BRAA 1Y64A 4AM7A 4PL8A 2GEMA 4RWTA 3CERA 1YXQA 1GLBG 3I33A 1SQKA 2UYTA 3QBXA 1S3XA 4BVOA 3O8MA 3GL1A 4IJAA 1U6ZA 4CD1A 4H0OA 3M1FA 5AQIA 3WXJA 3LDQA 1Z05A 4HTLA 3FZMA 2YJFA 4BQLA 3DAWA 3H6EA 2P9UA 1BU6O 5AQNA 4DQ8A 5AFUH 2E2QA 4QS7A 3WXKA 2CGLA 5E26A 5B8HA 2P9SB 4MLHA 4FO0A 1SAZA 5FPDA 1NGAA 3VF6A 3HM8A 1QQNA 2BUPA 4WQ5C 1MWMA 3A5OC 1RGIA 5AQKA 1TYQA 3EKSA 1KXPA 2E8AA 3ZX2A 1OKJA 2I7NA 4BRIA 4EHUA 4DB3A 1GLFO 2QWOA 3QB0A 1QHAA 3KVGA 1BA1A 2DPNA 3IDHA 4CZHA 4PL7A 2VYPA 3FZFA 3O4WA 4IJNA 2ZWHA 4BR0A 4QS8A 2ZGZA 3CJBA 1LCUA 1GLLO 4BRNA 4H5NA 1ATNA 3BEXA 5AR0A 4B1XB 3VEXA 3RSEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3HPOA 3W3DA 1NGEA 4KBOA 3E9PA 1QQMA 3ALYA 4CJLA 1YIJN 3SBGA 4OKJA 2HNZA 1XMQK 3ZCMA 1VSHA 1VSJA 1J53A 1J9AA 2XY8A 4WYBA 4Z4IA 3MX5A 1IG9A 3CCQN 4DF4A 2E20A 3TSQA 3ZSXA 3JAMO 1UWBA 1RTHA 4JI0K 4EFHA 2G8VA 3BDPA 1OVQA 1K8KB 4FLUA 1WSGA 2PAVA 3P39A 3VEWA 1ZBHA 2RPIA 2WONA 4FJ8A 1NMDA 2A40A 3U6FA 1S22A 1QS4A 2D5RA 2HBJA 5JVHL 1HJOA 1YTAA 2E2PA 4FPAA 5GADP 4PHTX 1S1VA 4CEZA 3ATUA 3EN9A 4FWPA 1LAWA 4Z4FA 5CYMA 2KW4A 4M41A 4CZKA 3WNEA 5ADXA 3ULDA 3CCVN 4CVNE 4K41A 3V9WA 4CJVA 4CJ5A 3C0BA 4XH1A 2B6AA 4BC3A 2CH6A 3TI0A 1HNVA 2BH1A 1LWEA 1A5VA 1WOQA 3LDSA 2YHWA 4NLBA 1EETA 4CGHA 1RDBA 5GINA 4FK4A 2DTUA 4E89A 4DTNA 4GY2B 3VQ4A 4KHNA 3MWPA 3M6GA 2XRIA 1QE1A 2IVPA 4FJ5A 2XY5A 1QQCA 3F73A 2DFEA 2P5OA 4R79A 1C0UA 2YNHA 1EKEA 3O3FA 4Z4CA 1RT2A 3HSCA 2ZJQL 2GWJA 3BP8A 4B9UA 5JMVA 4BG9A 4KH4A 4HUEA 4DR7K 1CZAN 3C7NA 4G1QA 3HP6A 2HNDA 3PX4A 5C2DA 1QZ5A 1HYZA 1WAJA 1UA0A 3ENHA 1D9DA 1C6VA 4DFPA 2VG7A 2V52B 2OZSA 1L3UA 1QVGM 2ASPA 1SZ2A 1HQEA 5M1QA 4FWRA 4CBUA 3AGRA 4CEEA 4KAZA 3MN9A 5J2PA 3FR0A 3A8YA 4JEPA 4AM6A 1OH7A 2PY5A 1JLQA 3QETA 1K73O 3WEEB 5C12A 4H4MA 3AVLA 3SUPA 1TGOA 2W41A 3A0IX 4CJ4A 4C8LA 3CFRA 4F2RA 2XY6A 4BRFA 3AVIA 2G8FA 4FLZA 3T3FA 3MN5A 3G25A 4CJ7A 1YVNA 3H1VX 3QEXA 3MXIA 3ULEB 4W5RA 4I6MB 2P9PB 1Q9YA 5I9EB 4Z4EA 4QCLA 3VPZA 4DU4A 3P5JA 1BQMA 4JD2A 4L8RB 3K5OA 5ADXH 4CJRA 4DS5A 4EHTA 2A1RA 4CEDA 4F3OA 3PY8A 2W6KA 4IEEA 1VQNN 4O5FA 4HCCA 4WF9L 4AH9A 2VQEK 1WBBA 3U9DA 3DXMB 3P38A 3KHYA 5KQ8A 4ISGA 3TAMA 3WNHA 3TR8A 1WLJA 1CZ9A 4A62A 2QWQA 3L4IA 4BC2A 2Z1GA 4FZZA 3C6HA 2ZM6K 3I8DA 3ZEUB 4CK1A 1HMVA 4DSJA 4IFVA 1HKCA 2YNFA 4IO9L 4NYFA 2FXUA 4AHCA 4MFBA 3SZ2A 2IAJA 4WFBL 3AO4A 4KHYA 2F4VK 5HBMA 4OKKA 5AQSA 3K5NA 4DMNA 1JLAA 2YKMA 3FZKA 3LP2A 3KLGA 3ZSZA 3THVA 2QWMA 4KPYA 4FJKA 4GV6A 4Z4GA 1KAXA 3DLHA 4H5TA 4B9SA 5FLXO 5F0XA 3RMBA 1Y97A 2NRWA 5SWMA 4BRLA 3CI5A 4H5WA 3MN6A 4NB4A 4FLWA 4H0XB 4CJQA 5AQOA 3KK3A 5E84A 3VGLA 2G8WA 4TSXA 5HOOA 4BC5A 4DV6K 1FXXA 3V9ZA 5GAGP 4BRGA 3VGKA 3EYZA 3HK2A 5LY3A 1T6DA 3CJ9A 1NLVA 1M90O 4OLBA 1OH6A 3EE8A 3QNOA 5EOYA 4DQQA 4U7BA 4YHHK 4B3TK 1KSPA 2Z1HA 5J2NA 4KH5A 3TTFA 3HTVA 1XNRK 3CQXA 3OBWA 2DFHA 3QLHA 2RF2A 4ILHA 3K57A 5CR4A 3A5MC 3EKUA 3A5LC 5AFUA 2QW9A 2Q97A 3H3OB 3NF6A 3Q7BA 2QWRA 2XY7A 3EL2A 5FRNA 2PBDA 2RKIA 3E9LA 4JV5K 3RMDA 3BZCA 3TSPA 1C1AA 4CEFA 3R3LA 2AA4A 3VQQA 4DTJA 1JL1A 4CJTA 4JI4K 4K42A 4LH4A 3PSFA 4OX9K 5E41A 4DV7K 1K9MO 3PV8A 3EY1A 1EWQA 4GV3A 5AZIB 2HF3A 5EX5A 5HRPA 5BRDA 3I55N 2LSNA 1OH5A 1VSMA 2D1KA 3W0LA 3TSUA 2D0CA 4EP4A 2Y1JA 3LDNA 1OH8A 4ISEA 3S41A 1JXEA 2F9WA 4FYDA 4O8UA 4IFYA 5KRTA 4FWMA 5HRRA 4M42A 3TAFA 5BPMA 4O5BA 5GIOA 3EZWA 4BC4A 4AILC 4WE1A 4FZYA 4CGDA 4JHDB 4ZTFA 2KTQA 2E6LA 3LP1A 4KI4A 3VEVA 3SLCA 1OVYA 4JI2K 5C25A 1YHQN 1NGHA 3FFIA 1BOTO 1YUWA 1NGGA 2YNGA 3AVCA 4NXNK 3VF4A 2P9NB 3NGYA 3QERA 1SKRA 3R9PA 2P51A 4BY9C 1FW6A 1A5XA 2QWNA 3JXUA 2YHXA 4KKOA 1W7AA 1DGKN 4DSEA 1U2VA 2P9IA 1RTJA 3OYLA 3I0SA 1WSJA 2HBLA 2KKZA 4DSFA 3CQYA 1HKBA 2QWLA 1SL1A 4H0PA 3V9UA 1TK5A 1U45A 3CCSN 4OVLA 4DLEA 2EHGA 3HT3A 1Q9XA 2B4JA 3CERA 5EU7A 1GLBG 3B6OA 3I33A 2X74A 3MECA 1D5AA 3T7ZA 4BVOA 3T1YK 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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